更新: 2018-10-10 14:42:35
生態学のデータ解析 - ベイズ統計 & MCMC
- ここはベイズ推定と MCMC 法 (Markov Chain Monte Carlo method; マルコフ連鎖モンテカルロ法) 関連についてのペイジです
- 特に階層ベイズモデルについて
[もくじ]
ネット上の Bayes 推定・MCMC 計算の解説
- 講義とか：統計学授業 や 出張統計学授業
- 解説記事：
- 岩波DS01 2016 階層ベイズモデルの解説記事
- 信学会誌ベイズ解説: 電子情報通信学会誌に書いた階層ベイズ解説 (2009 年 10 月)
- 数学セミナー 2007 年 10 月号に簡単な 解説記事 を書いてみました
- The Stata Blog 二項分布・ベータ分布
- 生態学会など
- 2008-03-15 深澤さん・角谷さんの企画集会「始めよう！ベイズ推定によるデータ解析」 http://tombo.sub.jp/bayes.html
- 久保こめんと (PDF file, 0.06MB): ベイズモデルをうまく使うと欠測にうまく対処できることも，といった内容 (例題の計算に必要なファイル→ 例/car.normal())
- 2008-03-15 深澤さん・角谷さんの企画集会「始めよう！ベイズ推定によるデータ解析」 http://tombo.sub.jp/bayes.html
- 伊庭さんの解説: 中央大学集中講義 2006
- Wikipedia
- Prior probability -- 事前確率，無情報事前分布など
- Jeffreys prior -- Jeffreys の無情報事前分布
- Prior probability -- 事前確率，無情報事前分布など
- Bayes and MCMC for Undergraduates: The American Statistician
「ベイズ推定を MCMC 計算で」なソフトウェアたち
- まとめ: 伊東さんの BUGS環境私的メモ 2007年12月版
- 統数研 R 2006 も参照
- JAGS - Martyn Plummer さんが作った Just Another Gibbs Sampler
- JAGS 雑, R で JAGS (rjags 編) を参照 -- R との連携がうまくいく方向で開発がすすんでいる
- Stan モンテカルロサンプラー
- library(nimble)
- OpenBUGS - WinBUGS の an open source version, Linux 版と Windows 版あり
- BRugs を使うと R から動かせる (ただし Windows 版のみ)
- OpenBUGS 雑 (準備中)
- WinBUGS - ゐんどーづ版のみ
- WinBUGS のインストール, WinBUGS 雑
- これも R とは別の世界のものだけど R と連動可能 → R2WinBUGS も参照
- C++ とかでの自作も不可能ではない，かも……
- MCMC++ -- C++ クラスライブラリ，Kent Holsinger さん作 → 本/環境科学の階層モデル
ベイズ推定と R
- R における Bayesian の近ごろの概況は CRAN Task View: Bayesian Inference みてください
- Rnews の 2006-1 は MCMCpack と BUGS 特集，http://cran.r-project.org/doc/Rnews/Rnews_2006-1.pdf
- これは「R でベイズの」入門的解説になっています
- RjpWiki の R でベイズ統計, R とベイズ
- Rnews の 2006-1 は MCMCpack と BUGS 特集，http://cran.r-project.org/doc/Rnews/Rnews_2006-1.pdf
- もっと一般的なベイズモデルを R 単体で何とかしようとするとMCMCpack か …… CRAN 内ペイジは こちら
- 伊東宏樹さん blog にさまざまな
MCMCpack研究あり
- 伊東宏樹さん blog にさまざまな
- 一般化線形混合モデル は階層ベイズモデル，とみなすこともできます
- 階層ベイズモデルを経験ベイズ法であつかっている
- baysm
- いくつかの Gibbs sampler 関数が準備されている
ベイズファクターなど
書籍
- Clark JS and Gelfand AE. 2006. Hierarchical modelling for the environmental sciences. Oxford. → 本/環境科学の階層モデル
- Clark JS. 2007. Models for Ecological Data. Princeton University Press. → 本/生態学データ統計モデル
- Gilks, WR et al. 1995. Markov Chain Monte Carlo in Practice. Chapman & Hall. ISBN: 0412055511.
- 伊庭幸人. 2003. ベイズ統計と統計物理. 岩波書店. ISBN: 4000111582.
- 伊庭さんのサポートペイジ も参照
- 伊庭幸人ほか. 2005. 計算統計 II: マルコフ連鎖モンテカルロ法とその周辺 (統計科学のフロンティア 12). 岩波書店. ISBN: 4000068520.
- 石黒真木夫ほか. 2004. 階層ベイズモデルとその周辺時系列・画像・認知への応用 (統計科学のフロンティア 4). 岩波書店. ISBN: 400006844X.
- McCarthy MA. 2007. Bayesian Methods for Ecology → 本/ベイズカエル本
- 丹後俊郎. 2000. 統計モデル入門. 朝倉書店. ISBN: 4254127529.
- よく読むといろいろとありがたいことが書かれている本
べいじあんな生態学研究者
- 2009 年 4 月号 Ecological Applications Volume 19(3) の Forum は Hierarchical Statistical Models in Ecology です
Ben Bolker
- web site: http://www.zoo.ufl.edu/bolker/
- 授業: Ecological models and data
- その授業用の教科書: Ecological Models and Data in R
Ottar N. Bjørnstad
- web site: http://asi23.ent.psu.edu/onb1/
James S. Clark
- publications: http://www.biology.duke.edu/clarklab/publications.htm
- 本/生態学データ統計モデル (2007)
- 本/環境科学の階層モデル (2006)
- Clark, JS, Mohan J, Dietze M and Ibanez I. 2003. Coexistence: How to identify trophic trade-offs. Ecology 84:17-31.
- 論文セミナーでの解説: 久保による紹介
- Clark, JS. 2005. Why environmental scientists are becoming Bayesians. Ecology Letters 8:2-14. (url - free content です)
- Clark, JS and Gelfand AE. 2006. A future for models and data in environmental science. Trends in Ecology and Evolution 21:375-380. (url)
Kiona Ogle
- 植物の生理生態学的なベイズモデル
- http://www.uwyo.edu/oglelab/index.html
- Hierarchical Bayesian Modeling Workshp: http://www.uwyo.edu/oglelab/esaworkshop.html
- すごそうな研究の一例: http://abstracts.co.allenpress.com/pweb/esa2005/document/?ID=48374 と http://abstracts.co.allenpress.com/pweb/esa2006/document/?ID=62053 ?
- おそらく (in review) OGLE, K., S.W. Pacala. A modeling framework for inferring tree growth and allocation from physiological, starvation, and allometric traits. Submitted to Tree Physiology.
John Silader
- (空間統計学 参照)
Christopher K. Wikle
- (空間統計学 参照)