更新: 2019-07-03 10:28:55
生態学のデータ解析 - FrontPage
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生態学会大会などでの活動
- 生態学会の自由集会など (これまでの一覧)
- 2018 年 3 月 札幌大会: データ解析で出会う統計的問題: R の新しい作図・作表
- 生態学会誌などに掲載された 解説文一覧 (ダウンロードできるものものあります)
- 参考：Statistical Ecology Virtual Issue (Methods in Ecology and Evolution)
- 生態学における統計モデリング - 統計数理 64(1) は生態学の統計モデルをあつかった特集号です (2016)
- 全記事を統合した PDF ファイル: http://www.ism.ac.jp/editsec/toukei/pdf/64-1-all.pdf#pagemode=thumbs
R 関連
- R cheatsheets ：チートシート，とても便利ですよ！
- R 関連 - R の一般的な内容について
- Rstudio
- RStudioアドイン 10選 http://blog.hoxo-m.com/2017/05/10/rstudio_addins_selections/
- RStudioではじめるGitによるバージョン管理 (瓜生さん 2018)
- R 講習会: R のとりかかり としてめざすべき方向は?
- R の data.frame を自由に操作できるようになる → 整然データ (tidy data)
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- ggplot2 作図,
- ggplot2、grid、gtable、gridExtraの関係とか (id:yutannihilation さん)
- R Markdown
- Definitive Guide Book https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/
- 2009 年 10 月 26 日 「R グラフィックス」
GLM/GLMM 関連
- GLM 関連 - 一般化線形モデルについて
- GLMM 関連 - 一般化線形混合モデルについて
- ランダム効果とは? - Crawley (2005) の random effects の解説
- glmmML 紹介, glm.nb() 雑, MCMCglmm
- 解説記事: GLMM 解説記事, 数学セミナー2007
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- FAQ 事前分布
- ゐんばぐす関係
- R2WBwrapper - WinBUGS を R から使う R2WinBUGS があまりにも使いにくいので，その使いにくさをおおう (ラップする) 関数セットです
- IwanamiDs2015
- MCMCglmm
- Bayesplotパッケージはいいよ (kosugitti さん)
- JAGS 関係: JAGS 雑, R で JAGS (rjags 編)
- Stan 関連: Stan モンテカルロサンプラー
- R 内での事後分布の処理: coda 雑
- 高速化に適した言語
- Julia
- Ecojulia 生態学のデータ解析用
空間データ解析
- 空間統計学関連 - 空間統計まわりの MCMC 計算なども
- LiDARデータ
- rLiDAR https://cran.r-project.org/web/packages/rLiDAR/
- Quantitative Ecology Using rLiDAR and FUSION to delineate individual trees through canopy height model segmentation
- Lasers in the Jungle Somewhere: How Airborne LiDAR Reveals the Structure of Forests https://methodsblog.wordpress.com/2016/12/01/airborne-lidar/
- rLiDAR https://cran.r-project.org/web/packages/rLiDAR/
- MaxEnt (これってだいじょうぶなの?）
時系列データ解析
- 時系列データ解析 - 時系列データの統計モデル
- 気象の時系列データ
- Prophet 入門 (R 篇) https://www.slideshare.net/hoxo_m/prophetrfacebook
- Stan モデリング例：[R] fb Prophet の解剖で学ぶベイズ時系列モデリング http://ill-identified.hatenablog.com/entry/2018/05/28/020224
- 時系列データのうたがわしい回帰 (spurious regression)
その他の重要そうなことなどなど
- 生態遺伝学 - 生態学と関係ある集団遺伝学まわり
- 勝敗解析関連 - 勝ち負けの解析
- ニューラルネット - 神経回路網モデルつかったデータ解析
- 極値分布 - 「最大値の確率分布」をつかったデータ解析
- ブートストラップ法 - ランダマイズその他
- Nature Statistics_for_Biologists
- 欠損値 https://atusy.github.io/blog/2018/08/25/missing-value-type/ (Atsushi さん)
- テスト＆アサート https://speakerdeck.com/s_uryu/rcode-test-assert (瓜生さん）
- 統計的時系列モデル (川崎さん) (PDF file)
- 頻度主義統計、ベイズ統計、統計モデリングからみた「真値」 (清水さん)
- 回帰分析を使った因果推論の仮定：パラメトリックモデルを使うということ (KRSK さん)