生態学のデータ解析 - GLMM 解説記事

• 日本生態学会誌 (2006 年 8 月) の解説記事「『個体差』の統計モデリング」関連のペイジです．
  • 久保拓弥, 粕谷英一. 2006. 「個体差」の統計モデリング．日本生態学会誌 56: 181-190 (2006 年 8 月号)
  • GLMM 関連のリンクなど: GLMM 参照
    • この記事の glmmML() に関する内容は古くなっています
    • 新しい glmmML() については glmmML 紹介, この下の 追記 を参照してください
• 解説記事の原稿ファイル (PDF, 0.3MB)
  • この原稿ファイルの頒布もと: 北大 HUSCAP http://eprints.lib.hokudai.ac.jp/dspace/handle/2115/26401
  • 解説中に登場する Q 氏の観測データ: d.csv
  • 解説記事の見てくれ …… 上の PDF ファイルの図はカラーではありませんが

    

新しくなった glmmML()

• glmmML() で cbind(,) 記法などが使えるようになりました．
  • 参照: glmmML 紹介
• 例題も新しい glmmML() に対応させてみる
  • 新しい例題データファイル: dnew.csv (上の d.csv を書き換えたもの)
  • 新しい glmmML() の使いかたの例 (データは dnew.csv)

dnew <- read.csv("dnew.csv")
library(glmmML)
fit <- glmmML(
	cbind(n.seed, total - n.seed) ~ 1 + x,
	data = dnew,
	cluster = dnew$id,
	family = binomial
)
print(summary(fit))