更新: 2019-07-16 14:26:50
生態学のデータ解析 - 統計学授業 2019
- 統計学の授業やります (2019 年度前期後半, 2019 年 7-8 月)
[おもな内容]
第 1 回: 7/22 (月) 観測されたパターンを説明する統計モデル
- 投影資料 kubostat2019a.pdf (slide), HOkubostat2019a.pdf (handout)
- (参考になるかもしれない)教科書「統計モデリング入門」
- R のインストール R download site
第 2 回: 7/22 (月) 確率分布と最尤推定
- 投影資料 kubostat2019b.pdf (slide), HOkubostat2019b.pdf (handout)
- Example data: data.RData
- how to read the data using R? --
load("data.RData")
- how to read the data using R? --
第 3 回: 7/29 (月) 一般化線形モデル: ポアソン回帰
- 投影資料 kubostat2019c.pdf (slide), HOkubostat2019c.pdf (handout)
- 例題データ: data3a.csv
- うまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:
第 4 回: 7/29 (月) モデル選択と検定
- 投影資料 kubostat2019d.pdf (slide), HOkubostat2019d.pdf (handout)
- 参考: FAQ モデル選択
- 例題データ: data3a.csv
- parametric bootstrap 尤度比検定: pb.R (関数 get.dd() と pb() の定義)
- うまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:
- d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2019/Fig/poisson/data3a.csv")
- source("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2019/Fig/lrtest/pb.R")
第 5 回: 8/5 (月) 一般化線形モデル: ロジスティック回帰
- 投影資料 kubostat2019e.pdf (slide), HOkubostat2019e.pdf (handout)
- 例題データ: (logistic 回帰) data4a.csv, (offset 項) d2.RData
- CSV file をうまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:
- 参考: 生態学会大会2012 内の kubo2012table.pdf (分割表の作図・GLM・ベイズモデル)
第 6 回: 8/5 (月) 階層ベイズモデル
- 投影資料 kubostat2019f.pdf (slide), HOkubostat2019f.pdf (handout)
- 本/データ解析のための統計モデリング入門 の第 8-10 章の例題なども参考にしてください
- MCMC の例題ファイルなど:
- data.RData (3. と同じ)
- あるいは
data <- c(4,3,4,5,5,2,3,1,4,0,1,5,5,6,5,4,4,5,3,4)
- あるいは
- R で
install.pacakges(c("rjags", "R2WinBUGS"))
が必要 - runjags.R
- JAGS の入手先: http://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/
- data.RData (3. と同じ)
- 階層ベイズの例題ファイルなど:
- R で
install.pacakges(c("rjags", "R2WinBUGS"))
が必要 - data7a.csv
- runjags.R (上のファイルと同じファイル名だけど別もの)
- JAGS の mcmc.list を bugs データに変換する関数: mcmc.list2bugs.R
- R で
第 7 回: 8/6 (火) 階層ベイズモデルと時間変化モデル
- 投影資料 kubostat2019g.pdf (slide), HOkubostat2019g.pdf (handout)
- 例題 1 (植木鉢上の植物個体の種子数) のデータ: d1.csv
- 例題 2 (給食と身長ののび) 関連ファイル: 岩波DS01
第 8 回: 8/6 (火) 生態学の時系列データ解析入門
- 投影資料 kubostat2019h.pdf (slide), HOkubostat2019h.pdf (handout)
- 2019 統計モデリング入門授業