生態学のデータ解析 - Stan モンテカルロサンプラー

Stan は ベイズ推定 に使えるモンテカルロ (MC) サンプラーのひとつです．open source software であり，No-U-turn なハミルトンモンテカルロ法を使っています

• Stan という名前は理論物理学者 スタニスワフ=ウラム の愛称 Stan からとったとのことです
  • 下は Stan reference manual に掲載されている説明
• MCMC ではなく MC だ，とご指摘いただきました……その後，MCMC だという指摘も

  「ハミルトニアンモンテカルロあれこれ」 (伊庭幸人さん)

Stan と Rstudio

• もっとも単純な Rstudio + Rstan 例題 (Stan core team 2018)
• RStudioでRStanを実行する際のTips Kazutan さん (2016-12-16)

Stan あれこれ (2012 ごろ)

• Stan 公式ペイジ http://mc-stan.org/
  • ソースコードや reference manual をダウンロードできる
  • Guidelines for Developers of R Packages Interfacing with Stan
  • RStan package
    • library(rstanarm): stan_glm(), stan_glmer() など
      • library(bayesplot)
• Martyn Plummer さん (JAGS の作者) による 紹介 (以下のメモは久保が勝手にまとめたもの)
  • すごーく高速! (コンパイルされるから)
  • 説明変数の中央化とか不要になる，Hamiltonian モンテカルロ法によるブロックサンプリングのおかげ
  • コード中で対数尤度とか好きなように定義できる
• 伊東宏樹さんによる RStan の動作検証など http://ito-hi.blog.so-net.ne.jp/tag/RStan http://ito-hi.blog.so-net.ne.jp/tag/STAn
• Spatial Autoregressive Models for Statistical Inference from Ecological Data tweet
• 松浦さん (2017) Osaka.Stan#5 「MCMCサンプルの使い方 ～見る・決める・探す・発生させる～」 link
• 松浦さん (2017) IGMRFの尤度におけるrankの減少分に関するメモ link
• berobero さんの tweet

Stanのメーリスで空間構造を扱うCAR modelについて議論している形跡を見つけた。ここはクリアしとかないとな…。あとで読もう。https://t.co/T8DuArNScY

— berobero (@berobero11) 2014, 3月 11