生態学のデータ解析 - JAGS 雑

• 参照: ベイズ統計 & MCMC, R で JAGS (rjags 編), R で JAGS (runjags 編)
• ここは JAGS に関してのあれこれを書いてます

[もくじ]

• JAGS とは
• R から JAGS を使う
• WinBUGS との比較，みたいなもの
• JAGS でできないこと
  • JAGS インストールの注意 (Windows7) --- 古い情報?

JAGS とは 

• JAGS - Martyn Plummer さん (R コアメンバーの一人でもある) が作った Just Another Gibbs Sampler，簡単にベイズモデルを記述でき，MCMC (Markov Chain Monte Carlo) 計算によってベイズ推定ができます
  • JAGS News: 開発 blog
  • 作者 Martyn Plummer さんによる解説 こちらのペイジ にある manual (PDF file) を読むのがいいでしょう
  • 統計学エンドユーザーのための JAGS 入門 id:hikaru1122 さんによる，たいへんわかりやすいまとめです．
  • Windows, MacOS X, Linux で問題なく使えます
    • MacOS X 版については伊東さんの So-net blog にもいろいろな情報あります
    • Mac OS XでJAGS＆rjagsパッケージを動かす (yag_ays さんの解説)
  • JAGS News: 開発 blog
• JAGS のインストール: R で install.packages("rjags")

R から JAGS を使う 

• R で JAGS (rjags 編) を参照
• JAGS コードを書きたくないヒトたち用→ glmmBUGS
  • 久保の tweet (2016-10-09)

WinBUGS との比較，みたいなもの 

• JAGS が良い点
  • library(rjags) は library(R2WinBUGS) より格段にわかりやすいすぐれた設計になっている
  • JAGS 自体の設計がよいのでいろいろ将来性があるように思える
  • JAGS は完全な free software (GPL) であり，内部が完全に公開されている (改造も許されている)
  • JAGS は Linux, MacOS X, Windows 上のどこでも比較的無難に動かせる
• JAGS が負けてる点
  • MCMC 計算が遅いような気がする
    • だいぶ改善されたそうです: How fast is JAGS? (2010-09-20)
  • MCMC 計算の収束が遅いような気がする
  • 空間統計学への応用 (ただしこれは自力で拡張可能)

JAGS でできないこと 

• directed cycle (有向巡回閉路) を含むモデル (ver 0.90-0.97 時点)
  • cycle を含む model の例:

         model {
             x ~ dnorm(y, tau)
             y ~ dnorm(x, tau)
         }
  

  • OpenBUGS や WinBUGS ではこういう統計モデルも計算できる

JAGS インストールの注意 (Windows7) --- 古い情報? 

飯島勇人さんから以下のような情報を教えていただきました (2012-04-02; ありがとうございます)

• JAGSの3.2.0（古いバージョンでも同じ）をWindows7にインストールしようとすると、インストールの終了直前（インストールの進行の棒が最後のほうまで行ったところ）で、「JAGS-3.2.0は動作を終了しました」とエラーが出てインストールを完了できません。
  • ただ、問題なくインストールできた事例もあるので、必ずWindows7で起こるとは限らないようです。
• この解決策は東大の長田君に教えていただいて、それは以下のようです（飯島の環境で確認済み）。
  • このような警告が出ても，インストール自体はできているので、環境変数で「ユーザー側」に「JAGS_home」という変数を作り、プログラムがインストールされているフォルダまでのパスを通してください。私の場合はC:\の直下にjagsというフォルダを作ってそこにインストールしたので、「c:/jags」というパスになります。
  • ちゃんとパスが通っていれば、Rでパッケージrjagsをインストールし、library(rjags)が問題なく実行されます。パスがうまく通っていないと、指定したモジュールが見つからない、といったエラーが出てきます。
• さらに和田計也さんから補足情報もいただきました (2012-04-05; ありがとうございます):
  • これはJAGS-3.2.0.exeをダブルクリックして起動するウィザードで「Setup Wizard」→「License Agreement」→「Choose Install Location」→「Choose Start Menu Folder」→「Choose Components」 とOKOK連打していくのですが最後のコンポーネント選択画面で 64bit OSであるにも関わらず32-bit installationを選択済みにしてあると上記のエラーが出現しました。
  • ですので、64bit Win7の場合は「64-bit installation」と「Header files」の二つのみにチェックして「Install」ボタンを押せば無事インストールが終了します。