生態学のデータ解析 - OpenBUGS 雑

• ベイズ統計 & MCMC
  • OpenBUGS - WinBUGS の an open source version, Linux 版と Windows 版あり
    • BRugs を使うと R から動かせる (ただし Windows 版のみ)
  • windows のヒトは lindley さんの RとWinBUGS を参照されてください

Linux 版 OpenBUGS の作り方

• Tarn Duong さんのペイジ (http://web.maths.unsw.edu.au/~tduong/research/rlinbugs.html) を参考にしました

1. OpenBUGS サイト (http://mathstat.helsinki.fi/openbugs/) から最新の binary をダウンロード
2. これを $HOME/openbugs/ ディレクトリなどで伸張する
3. CBugs のペイジを参考にして cbugs.c というファイルを作る
4. コンパイル gcc -o cbugs cbugs.c -ldl
5. $HOME/bin/ などに以下のような linbugs スクリプトを置く

#!/bin/bash

export LD_ASSUME_KERNEL=2.4.31

OBDIR=$HOME/openbugs # OpenBUGS directory

echo "# Moved to $OBDIR ..."
cd "$OBDIR" # !!!
if [ \! -e "$OBDIR/temp" ] ; then
	mkdir "$OBDIR/temp"
fi

./cbugs "$OBDIR" "$OBDIR/temp" "/bugs.so" 

• これで linbugs を実行すれば $OBDIR に移動し，その中にある cbugs が実行されます
  • 計算結果もそちらに出力されてしまう …… どうしたらいいんでしょーかね?

(かきかけ)