生態学のデータ解析 - 統計モデリング入門ファイル

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「本/データ解析のための統計モデリング入門」の例題ファイル置き場です (短縮 URL) http://goo.gl/8jE5WH

1. 確率分布：ポアソン分布
   • 種子数 data.RData
2. ポアソン回帰の GLM
   • 種子数 data3a.csv
   • うまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:
     • d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2016/Fig/poisson/data3a.csv")
3. 確率分布：二項分布，ロジスティック回帰の GLM
   • 生存種子数 survival.RData (二項分布の説明)
     • あるいは data <- c(4,3,4,5,5,2,3,1,4,0,1,5,5,6,5,4,4,5,3,4)
   • data4a.csv (ロジスティック回帰)
4. MCMC と階層ベイズモデル
   • ベイズモデル関係一式: jagsMCMC.zip (file size 10MB!! 注意!)
     • jags1: 第 8 章の MCMC 例題の JAGS 版
     • jags2: 第 10 章前半の JAGS 版
     • jags3: 第 10 章後半の JAGS 版
   • (参考) JAGS の mcmc.list を bugs データに変換する関数: mcmc.list2bugs.R

1. Stan 例題
   • simple regression (単純な直線回帰)