更新: 2012-09-24 21:50:27
生態学のデータ解析 - 「合宿」2006 詳細
「合宿」での話の進め方 (粕谷さん)
- ”いまこんなことを考えている、こんなことをしている、こんなことで困っている”という話題提供あるいは問題編
- それに続いて、”それはこうしたらどうか、こういうやり方もできそうだ、こうすれば解決する”といろいろ意見を出し合うなどする解決編
- 複数の問題編-解決編に共通しそうな、あるいは役立ちそうな話
という要素で組み立てようと考えています。基本は１＋２で、３はいわば間奏として入る、と考えています。
さて、3/29-30の統計的方法「合宿」での話題提供順番の案です。だいたい一人あたりの「話題提供＋討論」に１時間強とれる計算になります。
ここをこうした方がよい、といったご意見をよろしくお願いします。 (参照: 「合宿」2006 粕谷)
(進行予定, 3/29 (水) 09:30 ごろから始める)
- １．【混合モデル】
- 飯島さん, 齋藤さん, 森本さん, 安元さん, 山口さん (順不同)
- 久保さんに適宜長めのコメントを述べてもらう予定
- 飯島さん, 齋藤さん, 森本さん, 安元さん, 山口さん (順不同)
- ２．【パス解析について】
- 伊東さん
- ３．【空間的な話】
- 奥田さん, 平尾さん, 鈴木さん (順不同)
- ４．【分子進化】
- 田辺さん
- 三中さんに適宜長めのコメントあるいは”間奏”を入れてもらう予定
- 田辺さん
当日，新潟会舘で使える機材など
- 液晶プロジェクター
- ホワイトボード
- おそらく有線のネット接続環境はありません
- (各自が) R などをインストールしたコンピューターを持ってくるとなにかと便利だと思います
- 統計学本
- (粕谷さん) 事前に宿に本などを送っておくつもりです。DobsonのGLM本、Everitt編の統計辞典、Crawleyなどを送ろうかと考えています
- 久保も少しはもちこむ予定 (未定)
当日の話題提供に関するメモ
- 飯島勇人: 植物1個体1個体の生残に、複数個体が含まれるプロットレベルで測定された環境条件が与える影響を、GLMMで解析するにはどうしたらよいか
- 伊東宏樹: ややこしいパス解析の例
- 奥田将己: 栄養繁殖による被覆面積拡大を行える植物分布状況を記述する統計的方法;（離散データでも処理が合理的に可能な）空間自己相関まわりの話や方向データ
- 粕谷英一: 二項比率のoverdispersion対策の４つの方法とそのちがい、という話は準備しておきます。ただ、誰かロジスティック回帰関係の話をされたときにした方がいいかもしれません。
- 久保拓弥: 混合モデルとか空間統計まわりの計算問題とかに口出しする予定です
- 齋藤大地: GLMMで複数のrandom effectがある時, MCMCつかってモデル当てはめ
- 鈴木牧: シカの糞数からシカ分布推定など，Gaussian Random Field (GRF)，geoRglm の MCMC 計算によるクリギング
- 田辺晶史: 1. 分子進化モデルのモデル選択規準は何を使うべきか?; 2. 分子進化モデルはどこまで作り込むべきか?; 3. 分子進化速度変化モデルの選択は必要無いのだろうか?
- 平尾聡秀: 生態学的な『できごと』の空間相関の推定について
- 三中信宏: 分子進化に関わるモデルの問題－とくにパラメトリック系統学とノンパラメトリック系統学－についての話題提供をしたいと思います．
- 森本元: GLMMでRandom factorを二つ扱うときの、欠損値; ケンカの解析で、ダイアドの中身に、特定の個体が複数回・多回入る影響など
- 山口典之: 森本君とセットで、GLMMのrandom factorをどう取り扱えば良いかについて質問させてもらえればと思います．簡単なプレゼンを作ろうと思っています．
- 安元暁子: 果実と種子のロジスティック回帰によるデータ分析
R package (山口さん 2006-03-20)
合宿会場にはインターネット環境がありません。従って、R パッケージをその場でダウンロードすることができません。
主要なパッケージについては、事前にインストールしておくと良いと思います。
混合モデル関係では
- glmmML
- aod
- dispmod
- nlme
- lme4 (これは Mattrix と lattice に依存)．
空間関係だと
- spdep (これまたいろいろと依存)
- geoR
- geoRglm
MCMC 関係だと
- MCMCpack
- coda