生態学のデータ解析 - 本/環境科学の階層モデル

• Clark & Gelfand (2006) 「環境科学のための階層モデリング」の紹介です

  Clark JS and Gelfand A (eds). 2006. Hierarchical Modelling for the Environmental Sciences. Oxford University Press.

  

  • 出版社のペイジ: http://www.oup.co.uk/isbn/0-19-856967-X
  • とにかく最初から最後までひたすら Bayesian 推定 & MCMC 計算 な生態学データ解析． 最初のほうに入門的な内容． Gibbs sampler の導出例．そして 30 人以上の contributors たちによる Bayesian データ解析の研究紹介．
  • 使われている計算ソフトウェアについて:
    • WinBUGS -- コード例多数 (ベイズ統計 & MCMC)
    • R -- R で実装された Gibbs sampler の例が p.165-169 に
    • MCMC++ -- C++ クラスライブラリ，Kent Holsinger 作．

内容

• Preface
• Part I. Introduction to hierarchical modeling (階層モデリング入門)
  • ベイズ推定，グラフィカルモデリング， Gibbs sampler，計算ソフトウェアに関する入門的な内容
  • 1. Bradley P. Carlin, James S. Clark and Alan E. Gelfand: Elements of hierarchical Bayesian influence
  • 2. Kent Holsinger: Bayesian hierarchical models in geographical genetics
• Part II. Hierarchical models in experimental settings (実験状況下での階層モデルたち)
  • FACE (Free-Air CO₂ Enrichment -- 野外二酸化炭素高濃度化) 実験状況下での植物の成長データ解析など
  • 3. James S. Clark and Shannon LaDeau: Synthesizing ecological experiments and observational data with hierarchical Bayes
  • 4. Janneke Hille Ris Lambers, Brian Aukean, Jeff Diez, Margaret Evans and Andrew Latimer: Effects of global change on inflorescence production: a Bayesian hierarchical analysis
• Part III. Spatial modeling (空間モデリング)
  • 空間相関を考慮した生物の「いる・いない」問題 (生物分布推定の問題)
  • 5. Alan E. Gelfand, Andrew Latimer, Shanshan Wu and John A. Silander, Jr.: Building statistical models to analyse species distributions
  • 6. Kiona Ogle, Maria Uriarte, Jill Thompson, Jill Johnstone, Andy Jones, Yiching Lin, Eliot J. B. McIntire and Jess K. Zimmmerman: Implications of vulnerability to hurricane damage for long-term survival of tropical tree species: a Bayesian hierarchical analysis
• Part IV. Spatio-temporal modeling (時空間モデリング)
  • 前の部に続いて，今度は生物分布の時間変動の問題を「隠れた状態」つかった階層ベイズモデルであつかう
  • 7. Li Chen, Montserrat Fuentes and Jerry M. Davis: Spatial temporal statistical modeling and prediction of environmental processes
  • 8. Christopher K. Wikle and Melvin B. Hooten: Hierarchical Bayesian spatio-temporal models for population spread
  • 9. Eric Gilleland, Douglas Nychka and Uli Schneider: Spatial models for the distribution of extremes
• References
• Index