生態学のデータ解析 - 新潟大学の集中講義2016

• 2016 年 11 月 15-16 日の新潟大学の集中講義 (出張統計学授業)
  • このペイジの短縮 URL https://goo.gl/lyhA8O
  • 新潟大学院自然科学研究科
  • (科目名) 集中講義「環境科学演習II」
• 参考文献: 統計モデリング入門

• 講義資料ファイル全部をまとめたもの: kubo2016ngt.pdf

11 月 15 日 (火) の予定  

場所: (A506-1)

• (a, b) 08:30-10:00 全体の概要 & 確率分布と最尤推定
  • 講義資料
    • ngt2016a.pdf, ngt2016b.pdf
  • 例題のファイル
    • 例題: data.RData
• (c) 10:15-11:45 一般化線形モデル (ポアソン回帰) とモデル選択
  • 講義資料: ngt2016c.pdf
  • 例題のファイル
    • 例題: data3a.csv
  • 参照: FAQ 一般化線形モデル, GLMM 参照, FAQ モデル選択
• (R1) 13:10-14:40 R と Rstudio 実習
  • 講義資料: ibaraki2016r1.pdf
    • データ: data.csv
    • Rstudio ダウンロード: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download3/
  • 参照: R のとりかかり

d <- read.csv("data.csv")
d2 <- d[order(d$size),]
plot(d$size, d$seed, type = "n")
dC <- d2[d2$treatment == "control",]
dT <- d2[d2$treatment == "trtX",]
lines(dC$size, dC$seed, type = "b", col = "blue")
lines(dT$size, dT$seed, type = "b", col = "red")

• (R2) 14:55-16:25 R で GLM など
  • 講義資料は午前中の (c) と同じです
• (d) 16:40-18:10 統計学的検定 と ロジスティック回帰
  • 講義資料:ngt2016d.pdf
  • 統計学的検定の例題のデータは (c) の例題
  • 例題ファイルなど:
    • data4a.csv (ロジスティック回帰)
    • data4b.csv (offset 項)
      • 時間があれば: 生態学会大会2012 内の kubo2012table.pdf (分割表の作図・GLM・ベイズモデル)

11 月 16 日 (水) の予定 

• (e) 8:30-10:00 階層ベイズモデル -- 個体差の統計モデル化
  • 講義資料:ngt2016e.pdf
  • data.RData
    • あるいは data <- c(4,3,4,5,5,2,3,1,4,0,1,5,5,6,5,4,4,5,3,4)
  • R で install.pacakges(c("rjags", "R2WinBUGS")) が必要
    • runjags.R
  • JAGS の入手先 (にリンクのある page): http://www-fis.iarc.fr/~martyn/software/jags/
  • 参照: ベイズ統計 & MCMC
• (f) 10:15-11:45 ネスト構造・時系列構造の階層ベイズモデル
  • 講義資料:ngt2016f.pdf
• ここで全員参加の講義は終了
  • 15 時ごろまでデータ解析相談: 個別に (相談したい人だけ)

単位取得する人のための課題 

• 締切 2016 年 11 月 25 日 (金)
• 提出方法: こちらのペイジから提出してください