生態学のデータ解析 - bugs() 関数の返り値

• 参照: R2WinBUGS, coda 雑, ベイズ統計 & MCMC
• R2WinBUGS の bugs() 関数の返り値 (return values) である bugs クラスのオブジェクトについて

bugs() の返り値

• 以下は遠洋水研の岡村寛さんのメモから抜粋させていただいたものです (2006-12-06)
  • n.chains: chainの本数（インプットしたもの）
  • n.iter: 各chainの繰り返し数（インプットしたもの）
  • n.burnin: 各chainのburn-inの数（インプットしたもの）
  • n.thin: thinnig rate (n.thin-1個とばしのデータを保存）
  • n.keep: thinningした後，各chainにkeepされてるデータ数
  • n.sims: n.chains*n.keep
  • sims.array: 各chainごとのMCMCサンプル (arrayデータ [繰り返し数(1~n.keep),chain番号(1~n.chains),パラメータ番号(1~tnp+1)]：パラメータ番号の最後の+1はdeviance)
  • sims.list: すべてのchainを一緒にしたMCMCサンプルをlist形式にしたもの (listの数はnp+1：最後の1個はdeviance)
  • sims.matrix: すべてのchainを一緒にMCMCサンプルをmatrix形式にしたもの (matrixデータ [繰り返し数(1~n.sims),パラメータ番号(1~tnp+1)])
  • summary: 要約統計量 (mean, sd, 2.5%, 25%, 50%, 75%, 97.5%, Rhat, n.eff) (matrixデータ [パラメータ番号(1~tnp+1),9]：9は要約統計量の数)
  • mean: 各パラメータの事後平均のリスト (np+1：+1はdeviance)
  • sd: 各パラメータの事後標準偏差のリスト (np+1：+1はdeviance)
  • median: 各パラメータの事後中央値のリスト(np+1：+1はdeviance)
  • roost.short: パラメータの名前（np+1：+1はdeviance)
  • long.short: なんだかよく分からないがパラメータの識別番号のようだ (np+1のリスト：plotで使うようだ)
  • dimension.short: 　ベクトルパラメータなら1，スカラーなら0のベクトル
  • index.short: ベクトルパラメータの番号（パラメータがスカラーならばNULLとなる：np+1のリスト）
  • last.values: 各chainごとのMCMCの最後の値のoutput (さらに計算を繰り返すときはこの値を初期値にすれば良い)
  • pD: effective number of parametersの推定値
  • DIC: DIC = mean(deviance)+pDの値
  • DICbyR: 何だかよく分からない DICをRで計算するオプションがあるんだろうか？
  • model.file: bugsで使ったプログラム名
  • is.DIC: bugs実行時にDIC計算をTRUE/FALSEにしたか
  • program: 用いたprogram ("winbugs"とか"openbugs"とか)