ぎょーむ日誌 2008-12-(11-20)

2008 年 12 月 11 日 (木)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0915 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• Annika さんがいきなりやってきて， データ解析こんさる …… そういえば明日午前は Annika さんセミナーだな．
• その後もこんさるメイルかきとか， 事務書類かきとか …… ひさしぶりにゑくせるファイル穴うめ作業やらされて 気分がわるくなった．
• といった場所できーきーもがいている最中に 午前がオワってしまったので， いよいよぐったり．
• 一年後ぐらい (?) に 霊長類研究所 でデータ解析な統計モデリングの集中講義をすることになってしまった …… どうなることやら．
• 昼飯． 窓の外はけっこうな降雪量．
• えーと …… 公務多忙のためやむにやまれず欠席した (うむ，順調に連続欠席記録を延伸しつつあるな) 一週間前のカイギの記録に， 来年最悪の凶事ぢゃなくて行事たる 「A 棟耐震工事 + その間の難民生活」 に関するすけぢゅーる表が入っていた (下の拡大図)． 院生も関心あるだろうから研究室雑用 wiki にアップロード …… ていうか， どうして事務側でこういう資料整理・公開ができないんでしょうね．

• テングザル論文原稿みなおし作業のつづき ……
• 論文よんでるうちに松田君がおっかけてたサルのグループ (BE unit) の挙動が気になってきた． R でちょっと図表にしてみると ……

  > data.frame(n = tapply(v.move, Nn, length),
  + med = tapply(v.move, Nn, median, na.rm = TRUE))
      n med
  0  86 150
  1  70 200
  2  40 100
  3  13 220
  4   5 265
  5   7 285
  6   5 495
  7   3  20
  8   1  NA
  10  1 420
  11  1  90
  

• なーんと言いますか， BE unit のまわりの群の局所密度が高くなると， BE の移動量がびみょーに増える …… つまり混んでくると「遠くに逃げる」といった効果があるような ないような?
• ということで， このあたりも階層ベイズモデルに組み込んで調べてみることに．
• で， 3 時間ほどかけていろいろ調べてみたんだけど …… たしかに「高密度 → 逃げる」 という傾向はあるんだけど， 事後分布 95% 区間内のはしっこにゼロがちょっと入ってる， というかんぢだ …… うーむ? 2040 研究室発． 2100 帰宅． 体重 71.4 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.8 合． キムチ・ブナシメジ・ネギ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キャベツ・ニンジン・ブナシメジ・ソーセイジのレモン蒸し煮．
  • 晩 (2200): キャベツ・ニンジン・シイタケ・鶏肉のレモン蒸し煮． ヨーグルト． リンゴ．

2008 年 12 月 12 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0945 自宅発． 曇． 1000 研究室着．
• 1030 より 研究室セミナー， Annika さん帰国前セミナーで， 北海道でしらべたコケ植物 (bryophyto plant) のハナシ． コケたちの挙動， いまいちよくわからん． 可塑性が高いのか， 「個体差」がでかいのか ……?
• セミナー室で， Annika さん送別ランチ． 院生たちが準備に尽力してくれた．
• またしつこくテングザルデータをみなおす． 移動距離の中央値にちかい 150 m でくぎって table() してみる． やっぱり「混んでくる → そこから逃亡」 は言えないような気がしてきた ……

  > v.long <- as.numeric(v.move > 150)
  > table(v.long, factor(Nn, levels = 0:11))
  
  v.long  0  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11
       0 32 25 19  4  1  1  0  3  0  0  0  1
       1 31 29 11  6  3  5  4  0  0  0  1  0
  

• 昨日は「ダメかな」とほうりだした MCMC 計算， 収束の悪いところに着目して， 階層ベイズモデルに手をくわえてみる ……
• coding としてはちょっと問題といいますか， あまりよろしくない かもしれない方法で説明変数にノイズをあたえてみた (BUGS code)． このような変更をくわえると， MCMC 計算の各ステップがたいへん遅いものになる …… 計算まち時間に松田君がきたのでうだうだと議論しているうちに計算が終わった． 計算時間は 6 倍ぐらいに増大してしまった． 5700 秒． 事後分布表．

• ということで， 以前 (2008-09-09) からの改善点としては，
  • 全体の収束が改善した
  • 食べものと局所密度の関係がより明瞭になった (あいかわらず「お花見おサル」だけど; beta[5])
  • 寝場所が「混んでる」 → 翌日はやや大きく移動 という関係が明瞭になった (beta[8])
  といったところか．
• 計算ばてしつつ撤退 …… 1950 研究室発． 2010 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 食パン． キャベツ・ニンジン・シイタケ・鶏肉のレモン蒸し煮．
  • 昼 (1220): Annika さん送別昼飯会． セミナー室でパン・チーズなど．
  • 晩 (2140): 米麦 0.8 合． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・豚肉の煮物． ヨーグルト．

2008 年 12 月 13 日 (土)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• すごーくひさしぶりに掃除． かなり劣悪な状況だった， のかも． ethernet ケイブルの修繕． 昼飯．
• データ解析こんさるメイルがたてつづけにきて， けっきょく今日は学校に行けなかった． R2WBwrapper.R に関する質問とか …… ゐんばぐすとか普及しつつありますなぁ．
• 夕方にうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 35 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.8 合． アサリの味噌汁． ネギ・ホタテの煮物．
  • 昼 (1340): イソップベイカリーのクロワッサン．
  • 晩 (2020): 米麦 0.8 合． キャベツ・ニンジン・シイタケ・ソーセイジのレモン蒸し． ネギ・ホタテの煮物．

2008 年 12 月 14 日 (日)

• 0800 起床． なぜかしら夜中に何度も目をさましてよく眠れなかった …… しかも起きたら頭痛まで (私はさいわいにもめったに頭痛とかにならないのだが)． 朝飯． コーヒー． コーヒーのんでもアタマがすっきりしない． 頭痛を口実に怠業． カゼ， というわけではないと思うけど …… 体温測定してみたら， 37.2°C． ちょっとカゼっぽいのかな?
• 依然としてキブンはよろしくないけど， うがいして， 厚着して 1130 自宅発． 晴． 買いもの． 1150 研究室着．
• 来てみたもののアタマがぼーっとしていまいち ……
• そしてテングザル「高密度 → 逃げる」 解析にちょっとしたまちがいが混入している， と気づいた． データのこんたみ． われながらうかつ． 修正して再計算を命じてみる．
• ぼーっとしつつ昼飯．
• テングザル計算， なぜか収束が悪くなり， 試行錯誤に時間がかかる． まち時間に一昨日おくっていただいた苗場山データを整理 & 作図． 下の図はわざと文字ばけしたままなんだが …… 夏緑・常緑．腐性の区別はコマかすぎるような気も．

• もうちょっと整理した作図を …… まあおそらく， 生活型はほとんど関係なくて， カラマツぎらいの植物がいくつかいる， というかんぢで．

• 発注者の小川さんは Mac 使いなので， JAGS で試行錯誤してみる． 植物種数は 102 だけど， 単純ないる・いない問題なので MCMC 計算はそんなに時間かからない， とわかった．
• だいたいの計算のわくぐみができたところで撤退． 1930 研究室発． 1950 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 夜になると風邪ぎみ状態からは脱出したようで …… アタマが多少すっきりしてきたので， ついつい夜中まで JAGS をひねくってしまった ……

• [今日の運動]
  • うんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． キャベツ・ニンジン・シイタケ・ソーセイジのレモン蒸し． ネギ・ホタテの煮物．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キャベツ・ニンジン・シイタケ・ソーセイジのレモン蒸し．
  • 晩 (2040): 米麦 0.8 合． ニラ・豚肉・卵の炒めもの． ナガイモの酢のもの． ヨーグルト．

2008 年 12 月 15 日 (月)

• 0800 起床． いやはや， 昨日の風邪ぎみ状態からは無事に脱出できたようだ …… 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． 0935 研究室着．
• テングザルと苗場山の MCMC 計算試行錯誤が並行してつづく …… ついでにメイル書き．
• 夕方まで両作業つづく ……
• うーむ， テングザルのほうはこんなものかな …… 計算時間は 2 時間ぐらい (長い!)． BUGS code と 事後分布表． 「高密度 → 少し遠くに逃げる」という関係 (beta[8]) は (やや残念ながら) それほど明瞭ではなくなった． まあ， とりあえず「群間の相互作用は多少は解析したけど， こんな単純な方法では言えることはそんなにありません」 といったハナシでよいか．

• カエルベイズ本輪読会の予習．
• お茶部屋で晩飯．
• 1900 よりフィールド科学センター (農学部の北西側) 2F 会議室で農学部院生の皆さん主催の カエルベイズ本 輪読会． 今日は第一章 (担当: 高橋さん) で introduction 的なところ． 私は「ベイズってそんなに変わったものではありませんよ」 という方向で説明することが多いんだけど， この著者はやたらと (やや無理やりに) ちがいを強調しているかんじだ．
• 2100 ごろ終了． この輪読会で明らかになるであろうこの本の良い点・悪い点について， ちょっと個人的なメモペイジを作りたくなってきたなぁ ……
• そのまま大学を出て， 2130 帰宅．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.8 合． ネギ・豆腐・卵の炒めもの．
  • 昼 (1300): 今日もいったん帰宅して昼飯． 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・豆腐・豚肉の炒めもの．
  • 晩 (1820): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・豆腐・豚肉の炒めもの …… 院生に食いすぎでは， と指摘されてしまった ……

2008 年 12 月 16 日 (火)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0925 研究室着．
• 雑用メイルかきあれこれ ……
• 1030 より 研究室セミナー， 本日は二本だて． 最初は藤沼君で， マレイシア Pasoh わきの二次林に侵入しているらしい外来植物 Clidemia hirta の分布は何で決まるか， というハナシ． まだ本格的な空間統計モデリングを導入する前段階なんだけど， 林縁からの距離よりもイノシシによる (? のかどうか?) 「撹乱」と関係あるとかないとか …… まあ， 最終的には car.normal() など使った解析が必要になるでしょう． さいわいにも一次元データなんで， Gaussian Random Field の計算量増大をそれほどおそれなくてすむかも．
• 次は山東君で， 有珠山の 6 個の火口周辺の土壌の含水量・有機物量・栄養塩類量の 観測データのハナシ． スケイル・微地形・植生の影響があるんだろうけど， いまいちよくわからんな ……
• ベイズカエル本 輪読会 のメイリングリスト構築 …… ezmlm のてくにかるな部分に苦しむ． 判明したことは， xx-Bayes@hosho.ees.hokudai.ac.jp といった大文字を含むアドレスでは (ezmlm-make はできるけど) qmail が正しく配信してくれづ， xx-bayes@... というふうにぜんぶ小文字に改める必要がある， ということだった． ぐったり．
• ここでいきなり アリ拉致けんか実験 論文作業のつづき． なんとかかんとか BES に押しこめるかも， という光明が見えてきたせいなのかどうか …… は私などにはわからぬところではあるけれど， 東さんがよーやくにして初めて原稿をチェックしてくださり， それがもどってきた． ありがたいことに， ほとんど修正点ナシ．
• ということで， そこをまず修正し， 次に associate editor から「ちょっとヘンじゃない?」 と言われていた References の再チェックにとりくむ (この工程をドわすれして再投稿してしまうところだった)．
• References をながめてみると …… なんだかヘンだ． で， いろいろ調べてみると， これまた「てくにかる」というべきエラーで， bibtex ファイルでしくじっていた． これの書誌データに Tsutsui, N.D. と書いておいて (さらに私が Behavioral Ecology and Sociobilogy 用に 作った bst file を適用すると)， コンパイル後は Tsutsui N となる． BES 的には Tsutsui ND になってほしい．
• 問題はもとデータにおける N.D. なるスペイスのない記法にあった． 正しくは Tsutsui, N. D. とスペイスをいれると Tsutsui ND となる. むろん， Tsutsui, N D や Tsutsui, Neil D でも同じく正しい結果がえられる (bst file にそう定義しているから)．
• てくにかるには以上のとーりだが， 実際文献リストをハシからハシまで入念にチェックしていくと， Tsutsui ND et al. (2003) の共著者の名前がもれている， とわかった． これは単純みす． いやはや． 修正．
• などとぢたばた修正作業を終了． このままぽいっと再投稿することに． えー， ぢつはいつものごとく 「なんで今ごろ & なにを今さら」 な大統領指令も届いてはいるのだが， そのあたりは無視して BES web site にアクセス． resubmision 工程で file upload， 一件落着． どうなることやら． まあ， とりあえずはめでたしめでたし．
• ぐったりしつつ撤退． 1855 研究室発． 1910 帰宅． 体重 71.0 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またまたうんどう休養日になってしまいましたよ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1300): 研究室． カロリーメイト． リンゴ．
  • 晩 (2220): 米麦 0.8 合． ナガイモのとろろ汁． キャベツ・シイタケ・ベイコンのレモン蒸し …… うっかり長時間加熱しすぎてしまって， ぐったりキャベツになってしまった ……

2008 年 12 月 17 日 (水)

• 0820 起床． 生活周期がいまいちでひろーぎみ． 朝飯． コーヒー． 0940 自宅発． 晴． なぜか気温が高く， 雪がなかなか定着しない状況． 0955 研究室着．
• なんだか午前中はいろいろなデータ解析こんさるメイルかき， でオワってしまった ……
• さいきん， ウミガメ上陸数モデル に関するといあわせなんかもぽつぽつと． これは 3 月の生態学会大会でポスター発表しなければならず， それまでにはなんとか論文原稿化して「脱」ウミガメをはかっているところなのだが …… とりあえず今日の返信内容の一部をメモ的にはりつけてみる． 自分でもほぼ完全にどわすれしていて， いろいろ思いだしつつ書いてみたもの．

  この部分は，
  
    Landing[i] ~ dpois(landing[i]) # (1) 観測数 ← 上陸密度
    landing[i] <- exp(log.landing[i]) # (2) 上陸密度 ← 対数上陸密度
    log.landing[i] ~ dnorm(m[i], tau[1]) # (3) 対数上陸密度にノイズ付化
    m[i] <- x[LV[i]] + q.year[Year[i]] # (4) 対数上陸密度に全国共通年差付化
  
  となっているわけです．単なる overdispersion を表現しているのは (3) の部
  分です．まあ，許容されうる解釈としては長い上陸海岸線のごく一部しか見て
  いないので，上陸密度のムラがあらわれている，といったところです．
  
  (4) の「年差」 q.year[] はさらに解釈に仮説的な前提が必要とされるもので
  すが，これは「ある年が日本全国のウミガメの繁殖 (上陸) にとって良い年で
  あったかどうか」をあらわすパラメーターです．つまり q.year[] の値が高い
  と日本全国 (といっても観測地点は限定されていますが) の海岸でウミガメが
  わさわさと上陸するという状況です (ウミガメのあたり年，とでもいうのでしょ
  うか)．
  
  日本のあちこちで上陸密度が同調して高くなったり低くなったりするわけない
  じゃん，と思っていたのですが，現時点の推定計算では「あたり年・はずれ年
  みたいなものがないわけでもない」といった結果になっています．
  

• 昼飯．
• 昼飯後もメイルかきつづく． いやはや， またまた呪われ lmer() 問題 …… とりあえず最新版 (library(lme4) の更新頻度 がえらく高い，というのもこのあたりも呪われぎみかも) では family = Gamma(link = "log") といった指定は可能ですな．
• やっとオワった …… 気をとりなおして現状確認． したうけ系あれこれ:
  • アリ論文かきなおし: 昨日むりやりに再投稿してしまった …… これで「脱」アリできたか? いやいや， 蟻解説記事なるものがありましたなぁ ……
  • テングザル論文: 計算やりなおしは終了， 論文かきなおすべきときなんだけど ……
  • 白崎君 (M2) したうけ: さっさととりかからねば
  • 苗場山の樹木のいる・いないデータのベイズ解析したうけ: とりあえず階層ベイズモデリング & MCMC 計算は終了した
  • 帯広樹木開花モデリングの計算したうけ: とうぶん，むり?
  • 開花制御遺伝子発現時系列データの統計モデリング計算のしたうけ: とうぶん，むり?
  • 生態学会発表 & 論文かきにむけたウミガメモデル再計算: とうぶん，むり?
  げんこー・ぢゅぎょー系なあれこれ:
  • 「蟻」解説記事原稿: アリ原稿の記憶が脱落しないうちに書き終えてしまいたい ……
  • 「R の作図わざ」本のほんやく原稿: 共立出版の原稿チェックがぽちぽちと進行中なので， 当方も対応しなければならない ……
  • 岩波統計学本: 圧力もかんじてきたことだし ぽちぽちと書きススめなくては   (棒読み，というのでしょうか)
  • 1 月末授業 (1) 1/26 (月) GLM の基礎: これを 3 月の 自由集会 で使いまわせるような内容にしたい
  • 1 月末授業 (2) 1/28 (水) 階層ベイズモデルの基礎: これを 2 月の 統数研ベイズ講習会 で使いまわせるような内容にしたい
  • 2 月の 統数研ベイズ講習会: テキストも書かねばならないようなので (?)， これを例の工学系学会誌のベイズ解説記事に使いまわせるようにしたい …… うーむ， 今後は 「解説記事かき」 とかを安易にひきうけぬよう注意しよう ……
  といったところか． 今年度中の論文かきとしては， 生態学会で発表するころにはウミガメ論文をかいてしまって， 「脱」ウミガメしたい …… 無理かなぁ．
• ということで， 比較的よゆーのないところからテをつけるか． いろいろと気になるあれこれあるんだけど， とりあえず，
  • テングザル論文， 自分のススめられるところさっさとすませて， 松田君になげかえす
  • M2 したうけ， さっさと着手する
  といったところか． あとのことはあとで考える， と ……
• 来客あり， その対応で夕方はオワった ……
• ふちょーぎみなので， 1830 研究室発． 1850 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ふけんこううんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． レトルトパウチドのカレー．
  • 晩 (1930): 米麦 0.8 合． カレー．

2008 年 12 月 18 日 (木)

• 0900 起床 …… 絶不調だ． 0910 自宅発． 曇． 0925 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• じつは昨日から (現実逃避的に?) ネット作業あれこれを少しずつやっていたりする． FAQ 一般化線形モデル の更新とか．
• またデータ解析こんさるメイルかきとか．
• テングザル論文よみ．
• 先日掲載された R 自由集会 の解説記事， 日本生態学会誌の 編集部から「別刷り PDF ファイル」が届いたので， 他の共著者のかたにも連絡したのだが …… 「このファイルって web 上で公開していいの?」 といった質問をいただいた． 久保の回答:

生態学会誌編集部からの通達には，著作権は生態学会誌にあるのでおとりあつ
かいに注意してください，といったことが書かれていました．

おそらく，不特定多数には許可なく公開するな，ということかと思います．
現時点で久保 web site でやっているように，URL を知っている人だけがア
クセスできる，という方式は問題なかろうと思います．

さて，不特定多数に公開する方法ですが，私は北大図書館のネット上の「学術
リポジトリ」である HUSCAP にこの記事の原稿段階のファイル

http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/2008/jje/rprog2008.pdf

(ただし校正の結果を反映し，生態学会誌記事の書誌を追加したもの) を登録し
ようかと考えております (この点について粕谷さん・竹中さんの御了承，よろ
しくお願いいたします)．

HUSCAP にいったん登録されれば，登録された記事のダウンロードペイジにリ
ンクをはることで，だれでもこの記事を無料で入手できます．

じつは久保・粕谷 (2006) の原稿段階のファイルも HUSCAP に登録されていて，
ですね……この件に関して粕谷さんの御了承を確認したつもりだったのですが，
過去メイルをざっと検索してみたのですが，どうも私が一人で勝手にやってし
まったようです．どうもすみません．

たとえば，同記事の原稿ファイルの場合ですと，

http://eprints.lib.hokudai.ac.jp/dspace/handle/2115/26401

からダウンロードできるようになっています．これは北大図書館が生態学会誌
編集部の了承をえて掲載しているものだそうです (図書館の担当者が著作権保
有者と交渉してくれます)．

さて，ここからはグレイゾーンっぽいのですが (しかしおそらくシロ)，上の久
保・粕谷 (2006) に関しては，「原稿段階のファイルを公開していいんなら，
自分のサイトでやってもいいのかな」 (HUSCAP で公開しているファイルをダウ
ンロードして，自分のところで公開している，という解釈? …… これは
HUSCAP のライセンス上いちおう許容されているようです) ということで

http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/GlmmEsj2006.html

といったペイジもあったりします．

すみません，長くなりましたが，無難な策としては

・久保が原稿ファイルを HUSCAP に登録する
・登録できたら各自の web page から HUSCAP の当該ペイジにリンクする
・もしくは HUSCAP からダウンロードしたファイルを公開する

とすればよいのではないかと思います．

• で， 北大図書館に HUSCAP に登録してください依頼メイルをだすと， こういうお返事をいただき， しばらく待つことに．

この度は、原稿ファイルをHUSCAPにお寄せくださいまして、
誠にありがとうございました。

『日本生態学会誌』に掲載された論文は、学会の方針により、
学会へ申請の上で、原稿ファイルを登録できます。
早速、申請書を提出し、許可が下り次第HUSCAPに登録させていただきます。
登録が完了しましたら、改めてメールにてお知らせいたします。

• 毎年のクリスマス前の恒例の WinBUGS ライセンスキー配布メイル． うむ? 今年はなんだか様子がちがうぞ?

  Hi all,
  
  Here's your annual dose of festive poetry, going out to over 30,000 of you, 
  from our mystery rhymer... oh and there's a special key attached too :-)
  
   	Each year you wait with bated breath,
   	The old WinBUGS key nearing death,
   	And will the brand new key appear
   	In time to join the festive cheer?
   	The waiting's over - raise your glass,
   	And drink to rituals that pass.
   	Relax, sit back and have a chortle;
   	This time your WinBUGS key's immortal.
  
  That's right! No more of this key nonsense... this is the key to WinBUGS 
  immortality (well, actually this will only keep you going until the end of 
  2499, but if it hasn't converged by then I'd suggest you might have some 
  identifiability issues). On the downside, there'll be no more festive poetry 
  either, unless the mood takes us of course...
  
  Best wishes, merry xmas + happy new year,
  
  The BUGS team :-)
  

  ま， よーするに「今まで毎年『一年間有向ライセンス』を無料で 配布してきたけど， 西暦 2499 年まで有効なキーを作ったから， 今後はそれで使ってね」 ということ． くわしくは ゐんばぐす ペイジを参照． 当方の インストール指南 ペイジも更新．
• テングザルぎょーむは進捗せづ， 無念の撤退． 1930 研究室発． 雨 …… いやみぞれだな． 2000 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯． ふちょーぎみなので， ゆっくり風呂につかって (やや) 早寝した．
• [今日の運動]
  • ふちょーうんどう休養日つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 研究室． 食パン．
  • 昼 (1300): 研究室． 食パン．
  • 晩 (2150): 米麦 0.8 合． ハクサイ・ネギ・油揚・豆イカ・タラの煮物． ヨーグルト．

2008 年 12 月 19 日 (金)

• 0630 起床． なんとなくおきてしまった． 朝飯． コーヒー． 0755 自宅発． 晴． 0810 研究室着．
• ちょっと早おきしすぎ (当社比) でねむい．
• テングザル論文のファイルを開く …… Linux 上の VMware 上のゐんどーづ上のえむえすわーどで． 共同研究において， かかるソフトウェアの使用を (結果的に，なんだけど) 強制されてしまうのがもっともツラい． どれくらいツラいかと言うと， ドブ川の中をはいずりまわって落した貴重品をさがしださなければならぬ， という時ぐらいツラい ……
• そのツラさの由来としては …… たとえバナシとしては， 自分で食べる野菜を畑で作っているんだけど， それらを自分自身の手でワケのわからぬ農薬まみれにしている (「虫がわいたら近所にメイワクだから農薬たくさんまいてくださいよ!」 といった無言の圧力のもとで)， といった状況と同じようなキブンでしょうか …… テキストエディタ + LaTeX だと無農薬・減農薬といったキブンなんだよね．
• で， ドブ川にとびこむ決心ができずに (あるいは，人間はいづれ死ぬのだから 多少の農薬ぐらいどうってコトないよ， といったサトりの境地に到達できづに) 逡巡している状態． いったんとびこんでしまうと， あとは作業を終わらせるしかない状況に追いつめられるわけだが ……
• どうしてみなさんこんなソフトウェアなんかで論文かくんでしょうね …… 将来的には何か対策を考えなくては．
• とゆーことで， また少し生態学データ解析さいとの手なおしに逃げてしまった． 怠業するとこのサイトが充実しますな．
• とりあえず再計算の結果を反映した図表を生成するべく， R プログラム + LaTeX ファイルなどを修正して make pdf． これは松田君が作ってくれた調査地の地図． 良い地図ですね．

• 全データ俯瞰する library(grid) 図． BE unit の移動量を追加．

• ボルネオ・メナンガル川ぞいのテングザルたちの人気ユニット ``BE'' の集客力ランキングがぢりぢり上がっていることを示す 事後分布ちゃーと (← 半分うそ)．

• 今日のデータ解析こんさるメイルかき． (次の生態学会大会で発表しなければならぬ) ウミガメモデル のように時系列データをあつかっている統計モデルは 状態空間モデル (state space model) と呼ばれているのだが …… これのふたつの「ばらつき」， すなわちプロセスにおけるそれ (ウミガメの例だと， ウミガメ個体群の年変動) と観測におけるそれ (ウミガメ上陸時のばらつき) がなぜ分離して推定可能なのか， その直感的な説明は? とゆーご質問． 回答文案．

私が思いついた直感的なハナシというのは次のようなものです．

結局，この問題であつかうデータを図として描くと，横軸に時間 t でタテ軸に
観測値 y_t の点々がぽちぽちとプロットされることになります．状態空間モ
デルで推定したことは何か，というとこれらの観測値の点々に対して「できる
だけなめらかな曲線を描け」というものです．ただし，このときに，

・曲線はできるだけなめらかにしろ: 各時点で好き勝手な値はとらずにできる
  だけ「前後」にあわせるようにしろ

・点々にできるだけあわせろ: たとえば「観測誤差」が正規分布にしたがうの
  であれば，曲線と点々の二乗誤差を最小にしろ



といった矛盾するふたつの制約をつけられているわけです．つまり，曲線をで
きるだけなめらかにすると観測値とのずれである二乗誤差が大きくなり，二乗
誤差を小さくしようとすると曲線ががくがくぎざぎざになります．

状態空間モデルでは観測とのずれだけでなく，曲線のなめらかさも正規分布な
ど確率分布で表現されます．したがって，この統計モデル全体の尤度ができる
だけ高くなるように上の二条件のあいだの妥協点を見出すことができるわけで
す．

観測値からのずれも曲線なめらかさも正規分布で表現できる場合には，MCMC 計
算とか持ちださなくてもカルマンフィルターといううまいアルゴリズムで最尤
推定ができる，というハナシになっていると理解しております．

• ま， タネをあかせば， 時系列データも空間データと同じ， つまり， あの car.normal() の例題 とまったく同じってコトですよ． 歴史的には時系列統計モデリングわざを， 空間統計モデリングなヒトたちがぱくったわけですが．
• 北大図書館から連絡いただく． 去年の 自由集会ペイジ からもリンク． 「研究のいんふら」として北大をみた場合， 事務系とかネットワーク系とか (キビしく言えばわれわれ教員系とかも) かなりヘボヘボなかんぢなんだけど， その中にあって 北大図書館のヒトたちはホントにプロフェッショナル意識があり， 仕事の水準が高く， とてもすばらしいと感心させられることが多い．

Subject: HUSCAP: Submission Approved and Archived
		
タイトル: Rで改善する生態学のデータ解析

コレクション: 雑誌発表論文等 (Peer-reviewed Journal Articles,etc )

あなたの資料を、北海道大学学術成果コレクション(HUSCAP)に保存しました。
http://hdl.handle.net/2115/35063

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• しかしながら， ぷろへっしょなる意識けつらくぎみの私の テングザル作文はススまぬまま， 1930 研究室発． 寒いけど， あまり冬らしくない日々． 買いもの． 1955 帰宅． 体重 71.6 kg …… うーむ． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): 米麦 0.6 合． ハクサイ・ネギ・油揚・豆イカ・タラの煮物．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ハクサイ・ネギ・油揚・豆イカ・タラの煮物．
  • 晩 (2230): ハクサイ・ニンジン・シイタケ・煮干・豆腐の味噌汁． キャベツ・ショウガ・ニンニク・豚肉の炒めもの． 煮豆． ヨーグルト．

2008 年 12 月 20 日 (土)

• 0820 起床 …… うーむ， また寝すぎてしまった． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業．
• 2.5 年ほど前 に作った R 作図プログラムを流用して， 下のような図をつくり， 昨日の時系列モデル説明をデータ解析サイトに 追記 した． もちろん主たる目的は自分のど忘れ防止用．

• 1200 自宅発． 曇． 買いもの． 1220 研究室着． 昼飯 …… うーむ ……
• ぐだぐだとネット雑用． 研究室 トップペイジ に検索窓つけてみる …… そうか， UTF-8 化しないとあれこれ不都合だったな． 日本語・敵国語版 HTML 同時生成システムを UTF-8 化．
• テングザルろんぶん， ススまん ……
• しょうがないので， 明日・明後日の群集生態学の論文紹介勉強会の予習 …… こういう数式だらけの論文のほうがラク， とゆー気もする ……
• 1840 研究室発． なぜか雨． 買いもの． 1900 帰宅． 体重 71.8 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• 予習のつづき．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.8 合． ハクサイ・ニンジン・シイタケ・煮干・豆腐の味噌汁． ヨーグルト．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． レトルトパウチドカレー． プチトマト． リンゴ．
  • 晩 (2030): ハクサイ・ニンジン・シイタケ・煮干・豆腐の味噌汁． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．