ぎょーむ日誌 2006-03-(21-31)

2006 年 03 月 21 日 (火)

• 0840 起床． 電気つけたまま寝てた． 朝飯． コーヒー． 洗濯． すこし怠業． ネット雑用． なンか Gmail が不調ぎみだな．
• そして 自由集会 の準備に着手するわけだが …… これはなかなかの難題だ． 基本的には一月の 統計学授業 その最後の回の使いまわしである． 問題はこれを
  • いろいろと改善してみたい
  • しかし 40 分間ぐらいで全部説明しないといけない …… 一月の統計学授業ではその倍ぐらいの時間をかけて説明した
  内容はこれ以上ふやせない， しかしふやしたい， という困った状況である．
• そこで正面攻撃はさけて， まずは自由集会 website 内の GLMM 参照 の整備， という方向に迂回してみたり． どうせこのあたりも自由集会までには内容を改善する必要あったわけで．
• 買いもの． 気温の上昇とともに野菜・魚介類の値段がぢりぢりと下がってきた． 冬の北海道においては野菜なんかも輸入頼りなんだよね …… 昼飯． 1430 自宅発． あいかわらず雪． 1445 研究室着．
• GLMM 参照 整備のつづき． VikiWiki でインラインプラグインを使うときは

  	#{code glmmML()}
  

  というふうに書けばよかったのか!
• 生態学会新潟大会の一般講演 ポスター発表 について， 共著者の小林さん・加藤さんからコメントいただき， 修正する． ついでにいろいろと試行錯誤． a0poster.cls を最新のものにしてみたり …… 何か変わったようには見えないんだが．
• ps2pdf も高性能化してきているように思えたのだけど， なんとなくお茶部屋 Mac の Adobe Distiller 6.0 で postscript → pdf 変換．
• また GLMM 参照 を書く． 山口さんの R package アナウンスで知ったんだけど， library(aod) なるものがあり， これはベータ二項分布だの負の二項分布だのの最尤推定ができる． これが glm.nb() などと違うのは， どうやら random =~ ... で複数の random effects 項を指定できるらしい， ということで …… よく調べてないんで確信もてないんだけど， どうなんでしょ．
• で， こういう一覧を作っていたわかったんだけど， 自由集会で説明できることは， ホントにこの中のごく一部なのだ， と．
• 2110 研究室発． 2130 帰宅． 晩飯． うんどう．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): ヨーグルト．
  • 昼 (1310): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ネギ・ニラ・シイタケ・ホタテの炒めもの．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ネギ・ニラ・シイタケ・ホタテの炒めもの．

2006 年 03 月 22 日 (水)

• 0850 起床． 朝飯． コーヒー． 1010 自宅発． 曇． 気温高い． 1025 研究室着．
• 自由集会 の準備があまりススまん …… ので現実逃避に Crawley 先生 の本 ``Statistics: An Introduction using R'' の p.178 あたりからはじまる random effcts の説明 を翻訳してみる． 勉強にはなる．
• 昼飯． 窓の外は冬のような降雪．
• ネット雑用とか出張準備雑用とか事務雑用とか．
• 1F 地環研事務室から科研費実績報告書がつきかえされてきた． たしかに LaTeX 版はちょい古い書式なんだよね …… ということでしかたなく 腐れた書式のファイル をダウンロードしてきて， OpenOffice.org であなうめ．
• OpenOffice.org は ver.2 になっていよいよおひすファイル 解毒能力が向上してきたんだが …… 文部科学省謹製のケガれフォーマットのケガれ具合はさらに その「上」をいってしまっている． まあなんというか 「ゐんどーづ日本語版の中だけでまともに見えるから正しいのだ」 ぽりしーで， しかも制御記号がうまくつかえてないの …… なンというかぼろぼろなのである． いつまでもこの悪しき時代が続いていくとは思えないが (申請のほうはようやく少しだけオンライン化がススんだことだし)， 日本のお役所情報処理能力の低さには寒心させられる．
• そしてこの本邦どくとく(?) のケイ線書類 (現存する最古のお役所書類 にもケイ線がはいってるように見える) …… わーど技能がかなり不足しているらしい 文部科学省お役人がつくった 21 世紀のそれは OpenOffice を一度ならずくらっしゅさせてしまった． なかなかスゴいよ．
• 自由集会 ペイジに伊東さんの投影資料へのリンクを追加．
• 全日空ストライキ で新潟いき経路の確保に苦闘しておられる粕谷さんから random effcts の説明 のある部分についてよい訳例をおしえていただいたので， そのまま使う …… で， よーやく気づいたのだけど， おそるべきことにこのあたりの Yes/No 問答の久保訳がぜんぶまちがい， とわかったのであわてて修正． ほかにもまだヒドい誤訳が残っていそうだ．
• ポスター印刷おねがいしている にれ印刷 がわざわざ見本ずりをもってきてくれた …… poorpoint ぢゃないんだから文字ばけはないんだけど， RGB 出力したファイルを渡したんで「色」がちょっとくすんでいる． こちらの印刷出力みながら先方で修正してくれるそうだ．
• こちらで CMYK 色情報うめこんだファイルは作れるのかしらん? dvips した段階で RGB な postscript ファイルができている， ように見える． うーむ， 何かテがあるんだろうけど …… よくわからん．
• random effcts の説明， ``a populaton of effects'' を「効果のばらつきあらわす確率分布」 としてみた …… あまり改善されてないか? まあつまりべいぢあん的には事前分布のことなんだが．
• 私は頭痛もちではないはずなんだけど， 今日はなんかアタマがちょっとづつーぎみ．
• 2120 研究室発． また雪か． 2135 帰宅． 晩飯． よくわからぬづつーつづく．
• なぜかメイルやりとりなどつづく．
• お， 粕谷さんが R-help に 難しい質問 を． これって Bayes なモデルで推定計算するしかないような気がするんですが …… しかし世界中の R 達人たちがどう回答してみせるのか， かなり楽しみ．
• [今日の運動]
  • づつー休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): シリアル．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ハクサイ・ネギ・ニラ・シイタケ・ホタテの炒めもの．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． ニラ・シイタケ・豆腐の卵とじ．

2006 年 03 月 23 日 (木)

• 0740 起床． クスリのんだせいか， 頭痛は消えた． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 明日から新潟なんで．
• 生態学会新潟大会の準備． データ解析の自由集会 の話題提供は「改善したい，しかしこれ以上つめこめない」 ぢれんまにおちいったままなので， 気分をかえることにして， 明晩の自由集会「動物の分布拡大プロセスを予測する」 の準備． なぜかしらコメンテイターとやらを引き受けてしまったので． たぶん 5 分ぐらい場をもたせればよいのだろう．
• 「動物の分布拡大」なんて自分では研究したこともないのにね， と思うわけだが …… いや待てよ． 今の今まで完ペキに失念していたのだが， 私も (これまたなぜかしら) 組みこまれてしまってる 東正剛科研基盤 (A) 「外来侵入アリ類と融合コロニー形成に関する総合的研究」 において， なんだか動物の分布拡大みたいなコトを計算しないといけないんだっけ? いやはやー …… おそらく東大統領を含め， たれ一人としてそんなことは記憶していまい．
• 1005 自宅発． 曇． 1020 研究室着．
• スイスの R-help archive サーヴァーが死んでるな ……
• 自由集会の準備ススまぬ逃避として着手された， 「動物の分布拡大」コメントの準備 …… こっちもススまん． 八方ふさがり逃げ場ナシとはこのことか．
• いや …… メイル書きとかネット雑用， といった逃げ場は常にそこにある．
• データ解析のほうの自由集会， どうやら話題提供のみなさん glmmPQL() (in library(MASS)) を使った解析例を示されるみたいで (粕谷さんだけ nlme())． PQL とは「罰則つき擬似尤度」 (penalized quasi likelihood) のことで …… うーむ， この自由集会の中で quasi likelihood ぎらいは私だけ， なのか (粕谷さんも quasi likelihood ひいきだった， はず)． 孤立してしまった．
• ``Categorical Data Analysis'' (Agresti, 2002) よむと PQL の悪口が書かれてるような気がしたので， 孤独による不安感が少しおさまる．
• 昼飯． 仕事がイヤになりお茶部屋でうだうだしてみる． A 棟 7-8F のうち 6-7 名はすでに新潟に出発ずみで， 人口密度はやや低い． 残っているヒトたちと 「一日目はこういう自由集会があって……」 とか説明的雑談して， 準備という面倒にしがみつこうとはしているわけですよ．
• その後も文献よみとか …… いちおうこれは「コメント」のほうの準備のつもり， なんだけど．
• コメント用作図． 私は電気鼠で作図するのはあまり好きではないので， R で作図プログラムを描いてみる． もしかしたらいつものごとく Tgif でも使ったほうが速かったかもしれないけど， 「イライラ感」はこちらのほうがぜんぜん少ないんで …… こういうのってタテ・ヨコがずれてると気分わるいぢゃないですか． R にやらせればもう完ペキにぴしっと …… いかん， 少しココロを少し病んでいるのかもしれん．

• しかしこのまんなかの「鉛筆しゃしゃしゃ斜線」 ふうの「雲」はちょい面白いでしょう． R でもなければなかなか作れない効果だ．
• 「これからの時代はやっぱり R で作図だ!」 という同志のためここまでの作図コード fig0323.R.txt を公開しておこう (本番用作図コードは何種類もの似たような図を生成するので さらにややこしいものとなる)． 上の図から青矢印だけとったやつとか， 派生する図をいろいろ描くんで， こういうふうに関数にわけてるのである．
• 蛇足ながら上の図の意味は， 「動物の分布推定」 は隠れマルコフモデル (Hidden Markov Model) あるいは 一般状態空間モデル (generalized state-space model) の推定とみなすのが妥当であり， 状態と同時に見えない「相互作用」 (ここでは移動とか) を例によって MCMC 計算とかで推定しないといけませんね， というハナシ．
• 1940 ごろ にれ印刷 が月曜日の ポスター発表 につかう A0 ポスターとどけてくれる (じつはすでに月曜日から「ポスター発表」ペイジで Gibbs 林冠ポスター PDF ファイルは公開していたわけだが)． 印刷は完璧． たいへんすばらしい． 他の皆さんは Office24 札幌駅前通店 にだしてたみたいだけど， ヒトによってはけっこう苦闘したそうで ……
• けっきょく最後の図は R だけでは作れず， Tgif も併用することになった． しかし R でつくった EPS ファイルをそのまま Tgif にとりこめるんで， なかなか気分はよろしい． Tgif から EPS 出力してそれを LaTeX にとりこむ． EPS で完結する世界． 最終的には dvipdfmx で PDF 出力．

• 問題は私の作業ぶりがのろくさいというか， いよーに時間かかってるんだよね． 時刻はすでに 2030 ちかい．
• ふと思いついて root file system 不調ぎみの研究室 web server を reboot (file system 修復するため)． 再起動命じた時刻 2030 …… お， やはり bad block でそうとうにヤラれてるな． e2fsck で root の /dev/hda1 は簡単になおったんだけど， 他の partition は巨大なので (そしてこのマシンは非力なので) 苦闘している． ひょっとして数時間かかるのか?
• あ． /home も bad block にヤラれてる． 新潟から帰ったら新しい HDD 買おうかしらん． ともかく新潟前に修理できる部分は修理する．
• 三中さん から連絡いただき， ``The Lady Tasting Tea'' が翻訳されて 「統計学を拓いた異才たち―経験則から科学へ進展した一世紀」 となったそうで． この本は「買い」です． 面白くて感動できて統計学の理解が深まります (訳文が良いものであることを祈る)．
• こういうのが出版されるウラには， ちかごろの「数学書ぶーむ」とやらが関係してるのかしらん? いや， ちゃかしてるんじゃなくて， たしかに一般むけの良い数学関係の本はいろいろでてるよね ……
• Web server 機の HDD 修復， 2200 に完了． 1.5 時間もかかった ……
• ばてたので撤退． 2220 研究室発． 2235 帰宅． 晩飯．
• ともかく新潟にもちこむ ThinkPad が現地で壊れてもなんとかなる， というところまではススめておかねば ……
• 2420 金曜日夜と土曜日夜の PDF ファイルを USB メモリにコピー． いつもの rsync 利用 backup コマンドでサーヴァーにも最新状態を同期． まあ， これで ThinkPad 壊れたりしてもなんとかなるだろう．
• R-help server は今日の夕方ごろつまり現地の朝に復旧していた． しかしながら粕谷さんの例の 難しい質問 にはまだ回答がついてない．
• [今日の運動]
  • けっきょく新潟前は運動不足のままオワってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． ニラ・シイタケ・豆腐の卵とじ．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ニラ・シイタケ・豆腐の卵とじ．
  • 晩 (2250): 米麦 0.8 合． ネギ卵丼． 海藻スープ．

2006 年 03 月 24 日 (金)

• 0655 起床． 朝飯． コーヒー． 旅じたく．
• 0838 自宅発． 晴． 0845 JR 札幌駅着． 自動 ceckin 機で航空券うけとる． 0855 快速エアポートに乗って同発． わりと空いてる． 0932 新千歳空港着． 出発まで一時間ある． 空港内ちょっとうろうろしてみたり．

[J-79 ターボジェットエンジン]

IHI 製． 観察していておもしろい． 写真奥がわはダ=ヴィンチのはばたき機などの模型が展示されている． A ゲイトふきん．

• 1030 ANA767 便， 生態学研究者がたくさんのってる A320 機搭乗． いつもはこの便， こんなにはこまないんだろうな． 1040 離陸． いつもより早めにおきる & 乗機がちょっとだけ振動， で少しへろへろしてきたので， 機内では作業ススまず．

[越後平野]

信濃川・阿賀野川の沖積平野． 日本の穀倉地帯， ねえ …… ちょっと感銘うける．

• 1145 新潟空港着陸． 晴． 雪国とはいえ， こちらはよほど気温が高い． 新潟市にくるのは初めてだ． たぶん新潟県も初めて． 荷物回収． 空港バスにのって 1205 同発． 1235 新潟駅前着．
• 田代さん・明石さん・平尾君と新潟駅で昼飯． 学会大会開催地の「ソウルフード」研究家でもある田代さんの 事前の調査によると， 当地には「イタリアン」 とよばれるぢゃんく系たべものあるとのこと． 新潟市圏では「みかづき」 という系列が正調らしいんだが …… たいへん残念なことに JR 新潟駅にあったはずの「みかづき」 はバスセンターのほうに移転してしまったらしい． しょうがないので， 駅地下のパスタ屋で 「『イタリアン』ってこれとは違うんだろうな」 などと思いつつ昼飯．
• 昼飯後， 宿の サンルート新潟 へ． 位置を正確に把握していなくて (地図の印刷出力はカバンにいれてたんだが)， たまたま同宿の田代さんについていく．
• 部屋に入れたんで， さて準備のつづきを， と思ったんだが …… ばてた． ここしばらくのずれた生活 (時差) と乗り物にヨワい， という連鎖が原因か? とりあえずごろごろする．
• 時間は経過するが改善感ナシ． あきらめて起き上がり …… とーとつながら風呂に入ってみる． これは意外とよく， 体力・気力やや復旧感あり． しかしながら時刻はすでに 1630．
• ベッドに転がりながら考えてた変更あれこれ， を自由集会コメント PDF ファイルに反映させる． 現場で書き換えねばならぬ可能性大 …… と書いてたんだけど， 実際に自由集会はじまってわかったんだけど， ハナシについていくのがせいいっぱいで「書き換え」なんてやってるヒマ なかった．
• 1705 宿発． 簡単な観光地図片手に本州的「せまい」道を北上． 途中で森林総研関西支所の「シカの」高橋さんと， 兵庫県立人博の坂田さん (「動物分布拡大」の話題提供者!) といっしょになる． 会場につくまえからシカもーど．
• 1720 会場着． 受付すます． 出頭すべき C 会場， いまだヒトかげなし． なぜか小沼さん・岩崎さん・大東さんの 「農環研フテキな三人衆」 テイブルにつかまる．
• 1800 から C 会場で宮下さん・小池さん主催の自由集会 「動物の分布拡大プロセスを予測する」． 参加者は 100 人ぐらいもいるような …… 藤田さん (東大) たちの房総半島シカの解析と将来予測 (空間構造あり個体ベイスモデル)， 立田さん (国環研) たちの同じく房総半島シカのハプロタイプ集団遺伝解析 (中立モデルの適用)， 上記の坂田さんの兵庫県シカの解析と将来予測 (線形回帰，ニューラルネット回帰， ペトリネットモデルつかったシミュレイションと genetic algorithm つかった推定， シカ vs イノシシのパス解析)， 小池さん (横国大) の神奈川県アライグマ天下統一への道モデル (不均質環境の格子モデル) …… ととてももりだくさんな内容で二時間で終わるはずもなく， 二時間十分あたりで久保こめんととやらの時間．
• で， ここでどんな液晶プロジェクターでも順調につながるわが ThinkPad の投影画面がみだれ， USB メモリにいれた PDF ファイルでそこにあった PC に緊急避難． 内容は こんなもの (PDF file)． 内容は可もなく不可もなくと思うんだけど， 時間ない & ThinkPad 不調で誘導された動揺のもとでの 説明はいつもにもましてあたふたしたものになってしまいましたよ ……
• やはり自由集会が (今回から短縮された) 二時間ってのは そうとうに時間やりくりたいへん， と明日の自由集会への危惧を個人的に感じつつ， ともかくいろいろ勉強になって終了．
• 駅前の居酒屋でうちあげ． 動物生態学研究する大学院生・PD の皆さんに包囲された状態， 「ぎょーむ日誌よんでます」 と言って私をおびえさせる院生に挟撃される． その報復のため …… ではなくお会いした皆さんの名前をまたど忘れしないためにも ここに列挙したいんだけど， まあ書いてもやはり忘れるような気がするので書かない． 次にお会いしたときに名前・顔わすれてても怒らないでください． すみません．
• 「前夜祭」のうちからテンション高い皆さんと 楽しく歓談のうちにおひらき． 時刻は 2320． 東大の保全の院生・角谷さんと空間統計学まにあっくハナシをやることになり， どこかでお茶でも飲めるところをと探す． しかし遭遇するのは (当地新潟ではこれが決めセリフらしい→) 「おっぱいどうです」呼びこみ兄ちゃんばかり． しかたなく私が投宿してるホテルのラウンジで， random effects だの Gaussian random field だの． 一時間ほどラウンジにいて帰ってくる客たちをながめてると， 当ホテルは生態学研究者どもに占拠されちゃってるらしいとわかった．
• しかし院生たちの勉強能力おそるべしだね ……
• 明日は， 朝は今回の旅費だしてくれた占部プロジェクト主催の 「標高差」シンポジウムに出て， 終わったらうっかりひきうけてしまったポスター審査員ぎょーむをすませる (忘れずに)． 残された時間はひたすら自由集会の準備というか最後のわるあがきだ． あとは野となれ山となれ．
• [今日の運動]
  • 新潟うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 食パン．
  • 昼 (1255): JR 新潟地下 Pasta Frolla のアサリとシメジのペペロンチーノ． 924 円． 店内はわれわれ以外は女性客ばかり …… このヒトたちも高校生ぐらいのときは 「イタリアン」 食ってたにちがいない， などと田代さんと議論しつつ．
  • 晩 (2100): 新潟駅前の居酒屋でうちあげ．

2006 年 03 月 25 日 (土)

• 0730 起床． ややばて． 朝飯． コーヒー． 同宿の占部さんと GLMM 雑談． 0905 宿発． 晴． 本日は下野さんと会場までごいっしょすることに． 0925 会場着．
• 0930 から及川さん・岩田さん主催のシンポジウム 環境変化に対する生態系の応答 に参加．
• まだ途中だったんだけど 1100 に会場でて， ポスター会場へ． ポスター賞審査員というしんどいぎょーむをこなさなければならぬ …… これはけっきょく 1340 までかかった． 毎回おもうんだけど， 点数ってすごく主観的にかたよっているし， やってて点数とかつけようがない， と思うんですが．
• ポスター会場のテイブルでちょっと昼飯くって， それから二時間ほどポスターみまわる．
• 本日の自由集会でつかう A 会場の前につかってよい電源が 供給されてることがわかったので， そこで自由集会準備にむけて最後のわるあがき．
• 1800 から自由集会， デ−タ解析で出会う統計的問題 -- 「個体差」のモデリング． mixed model はやはり皆さん注目しておられたらしく， 200 人ぐらい収容できそうな会場がほぼいっぱいになる． 緊張させられる． 最初は私が GLMM 入門． ちょっとしゃべるのが速すぎたのか， 40 分ちょいで終了した． 質疑応答あれこれと．
• そのあと伊東さん・沓掛さん・山口さん・粕谷さんが 良い具体例紹介をやってくださり， GLMM 紹介が迫力あるものとなった． 2010 無事に終了．
• 自由集会うちあげ， 20 名が参加してくださり， どうなることかと懸念してたのだが， さいわいにも会場となった居酒屋で対応していただき， なんとかなった．
• 2300 おひらき …… しかしその 30 分後には， 都立大の皆さんが集団投宿してるホテルのロビーにて， 新潟深夜統計こんさる第二夜． 今晩は都立大の坂本さんとアカネズミのケンカのモデリングを いっしょに検討してみる．
• 2450 宿にもどる． ワタクシ的には新潟大会終了． いや， まだポスター発表その他あれこれあるよな．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): ホテル朝飯．
  • 昼 (1340): ポスター会場の片すみでカロリーメイトかじる．
  • 晩 (2040): 自由集会うちあげ．

2006 年 03 月 26 日 (日)

• 0750 起床． 生態学会新潟大会， 新潟滞在三日目． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0850 宿発． 晴． 0900 会場出頭すべしという命令うけてるんで， 新潟市内走となる． 歩いて 20 分の経路を 5kg の荷物せおって 10 分で走って 無事に 0900 会場着． ばてた．
• 0930 より生態学会の各種受賞あれこれ． 私は浦口さんの名代として緊張しつつ論文賞の賞状うけとる …… 嗚呼， これで今大会における 「○○時に○○で○○せよ」 系ぎょーむはホントにオワった． 明日のポスター発表とかあるけど， こんなのはまあのんびりやればいいや．
• 本日は EAFES ポスター日． 1100 から 1530 ごろまでポスター会場でうろうろ． その後はあちこちうろうろ． いろいろなヒトたちと話したり．
• 昨日の自由集会に関するコメント． 「久保さんのアヤしげに単純化された架空植物の例つかったハナシのあと， 四人が現実的な例をだしてくれたのでバランスがとれてた」 …… 話題提供者のみなさん， ありがとうございます．
• 1800 より万代橋むこうのホテルオークラで大会懇親会． 今回は 「食べもの消滅の速い懇親会」だった．
• そして今回の懇親会における会話は (やや被害妄想的にとらえるなら) 「発言に責任とれ」 系だった． 「自由集会で (あるいはぎょーむ日誌で) ○○とか言ってたけどアレどういう意味だったんですか? ホントですか? こんなデータでうまくできるんですか?」 …… といったよーな．
• きわめつけは懇親会会場の壁ぎわに逃げられぬよう囲まれて 「久保君はアロメトリーとか嫌いみたいだけど， それってどゆこと? 何が気に入らないの? なンか対案あるの?」 と「つるしあげ」くらったこと． アロメトリーやんきー名簿: 隅田さん，竹中さん，梅木さん，田代さん，牧さん，矢澤さん …… 矢澤さんは梅木さん弟子で来年度から甲山研 M1． このさきどうなることなのやら．
• ところでこのあろめとりー問題はなぜかしら避けてとおれぬような気がしたので， また何もかも完全にど忘れする前に 何かしらこのへんに記録してみよう:
  • アロメトリー推定問題を 「観測値 ~ 観測値」 的な回帰の問題と定式化するのは不適切な場合が多いだろう …… 何が原因で何が結果なのかはっきりしないから
  • 可能な代案のひとつとして …… 何か「サイズをあらわす隠れ変数」 みたいなものを導入してみる， という策はありうるかもしれない
  • この「隠れ変数」は確率変数として導入したほうがよさそう (ダメなんでは， と指摘されたけどやはりこの方策しかなさそう) …… ということで， いつものごとく MCMC 計算うんぬん， といった世界になるのか?
  • 問題は観測値の中には 「わざと非ランダムなサンプリング」 やってるものがある， というあたりだ …… 「隠れ変数」を確率変数とするべいづ推定ととらえるなら， 適切な事前分布でなんとかならないもんかな?
  • いわゆるタイプ II 回帰は， 二乗誤差の和の最小化なので二次元正規分布の推定ではない
  • アロメトリーの問題には短期なものと長期なものがある， と考えてよいのだろうか? …… 当年生シュートの長さ vs 太さが前者で， 林冠木の太さ vs 高さが後者?
  • 長期型の問題， というのがあるとするならそれは 「現時点で観察される関係」 ではなく， そうなるにいたった「経路の推定」 と考えるべきかもしれない …… 経路は例によって「隠されている」わけだが
• 新潟市内， 雨． 2045 宿に戻る． いきなり寝てしまった． 夜中に目がさめた．
• [今日の運動]
  • 朝の負荷状態新潟市内走 10 分間 …… はうんどうにならんか
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 宿の朝飯．
  • 昼 (1300): ポスター会場で弁当購入． 500 円．
  • 晩 (1800): 大会懇親会． テイブル上からの食べもの消失速度が高かったので， ほとんど何も食えなかった． ややのびぎみだったけど， それでも十日町蕎麦はよかった． 新潟にいるあいだに蕎麦屋にいきたい． あ， 「イタリアン」 もまだ食ってない．

2006 年 03 月 27 日 (月)

• 0700 起床． 生態学会新潟大会， 新潟滞在四日目． あいかわらずねむい． 朝飯． コーヒー． メイル書きとかして 0920 宿発． 晴． 0940 会場着．

[朱鷺メッセ]

こういう会場．

• 0940-1040 JK2 シンポジウムで半場さんと村岡さんの発表をきく．
• 1040-1710 ポスター会場で 自分のポスター発表． 20 回ぐらい説明をくりかえした．

[ポスター会場]

いつも大盛況だった …… で， ポスター発表の場合， なかなか自分のポスターから離れられないんだよね． 離れてるときにかぎってお客さん来てる， とか …… ひょっとして私がそばにたっていると客が避けていくのか?

• いろいろとコメントいただく．
  • 可変葉面積， 葉の角度の制約， 葉の「厚さ」 のちがいなどいれるとあてはまりが改善されるか (久保: 自由度が減るので， あてはまりそのものは改善されないような……)
  • 観測データ「劣化」 (部分的消去など) やるとどうなるか (久保: やってみます)
  • 架空林冠でも確認を (久保: たぶんそういう計算やったほうが発表がラクになる， と思うんでこれもやってみます)
  • 周期境界条件をトーラスで (久保: ちょっとたいへんそうな気もしますが …… できるかどうかやってみます)
  その他， 林外光観測データをもっとうまく活用できないか， 「光混合」は遠い葉が視野の中で小さくなるといった説明も可， なぜ Gibbs 林冠が必要なのか説明をもっとわかりやすく ……
• 6 時間も休憩ナシでやってるとばてるね． 自由集会はじまるまでの時間に昼飯． といってもカロリーメイトだが． いやはや， 自分と同じ日のポスター発表はなかなか聞けない …… 聞きたいポスター多数あったんだけど．
• 1800-2010 自由集会 「フィールド研究での安全をどう確保するか」 に参加． なんでモデル屋のくせにそんなのでるんだよ， と思われるかもしれないが北大のいまいる研究室で事故が発生した場合， フィールドにでてない私が 「留守本部」「事故対策本部」 で動きまわらねばならぬ可能性がきわめて高いため， とでもいうか．
• クマとかスズメバチだけでなく， じつは「人間」も野外調査地でであう危ない生物 …… といったここでの検討事項あれこれは， 野外調査安全マニュアルべーた版とでもいうかたちで， 遠からず生態学会さーばーでダウンロードできるようになるでしょう．
• 自由集会後の晩飯会． 一昨日の「データ解析自由集会」 うちあげ， に利用した「山万」ふたたび． 主催者の粕谷さん・鈴木準一郎さん・本間さん． ほか大舘さん・柳さん・工藤慎一さん・小汐さん・松木さん・ 高橋さん (北大農) と私という顔ぶれ． 「野外安全」の自由集会のハナシなのに， 安全に関するハナシはあまりでず， むしろ「家に不法侵入者がはいってきたら， とりあえず『たとえば日本刀』で……」 とか 「ちかごろ和種馬にまたがって流鏑馬の稽古を……」 「それって教授の額を射ぬくため?」 といった危ないというかアブない話題ばかり．
• 2340 宿帰着． やはりポスター発表でばてきっていたのか， いきなり寝てしまった． 電燈とかつけたまま．
• [今日の運動]
  • ポスター発表は「うんどう」として申告してよいのでしょうか
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): ホテル朝飯．
  • 昼 (1740): 会場でカロリーメイト．
  • 晩 (2040): 自由集会うちあげ．

2006 年 03 月 28 日 (火)

• 0850 起床． 生態学会新潟大会， 新潟滞在五日目． なんかばててるんだよね …… 朝飯． コーヒー． 0955 宿発． 曇． 1015 会場着．
• 1015-1215 JX10 「陸域生態系の炭素動態と地球温暖化」 シンポジウム． 座長は及川さん． 地球温暖化とか global change モデリングとか興味ないけど， このあたりの文脈というか動向はちょっと知っておいたほうがよいかも， というようなつもりで参加． 自分ではやりたくないけど， このへんで工夫をつみかさねてる若手モデル屋たちのハナシは なかなかおもしろい．
• 本日は弁当販売ナシなのか……? ということで用意しておいた貧しい昼飯を食う． 新潟にきてからカロリーメイトばっかり食ってるような気がする．
• 1300-1500 JY25 フェノロジー研究会 「北限域における常緑樹の分布態様と生育阻害要因」 自由集会． 常緑広葉樹は寒いところが苦手 (なやつらがいる)， その理由は何か? を検討する集まり． カシ類の分布の実態， 凍結→気泡発生原因のエンボリズム， 低温での強光阻害， 葉内の通導性低下で耐凍性たかまるけど光合成は低下するかもよ， といったハナシなどの紹介． たとえばエンボリズム (気泡による導管づまり) に関して， カシ類の高い光合成能力ささえる太い導管 (導管直径の 4 乗に比例して通導性たかまる) こそが原因になってるのでは (ただしある程度おおきい個体で) といった種子田さんの研究報告． で， 「それは相関関係なんですか， それとも因果関係なんですか」 などキビしく迫撃する酒井暁子さんと 種子田さんの粘りづよいディフェンスが会場を楽しませたり． この集会は「生理生態学と群集生態学をつなぐ」を標榜していたわけだが， 最後に小林剛さんが全体コメントで， つなぐには個体群プロセスが無視できないでしょう， とまとめる．
• 新潟大会終了．
• その後， 朱鷺メッセのかたすみで梅木さんとその弟子かつ北大の新 M1 矢澤さんと屋久島データ解析雑談． 私は「ヴェクトルの回帰」が単なる重回帰に帰着される (各要素それぞれ「個別」に考えてよい) らしいことに驚き， 矢澤さんはヴェクトルの回転に関して何やら深遠な発見をしていたようで ……
• 1750 三人で朱鷺メッセでる． いきなり雨． 雷． 風も強い． JR 新潟駅に移動して晩飯． お二人は新幹線で関東に帰られ， 私は宿に戻る． 時刻は 1910．
• どうもばてぎみ． 旅なれてないせいか． あるいは (毎度毎度の) 生態学会大会「もえつき」か．
• そして天気予報によると新潟では明日から週末まで雪， とのこと．
• 明日 (水曜日)と明後日 (木曜日) は新潟市内で 「合宿」． ネットは使えないので， 二日間は音信不通状態になる予定． 急用は 新潟会館 に電話してください．
• [今日の運動]
  • うんどう不足， つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 宿の朝飯． 気のせいか新潟の米がうまいような気がしてきた．
  • 昼 (1240): 朱鷺メッセの回廊でカロリーメイト．
  • 晩 (1840): JR 新潟駅新幹線改札口ふきんの回転寿司， 海鮮家． 寿司とかめったに食わないんで評価の尺度がないんだけど， かなりうまかった．

2006 年 03 月 29 日 (水)

• 0650 起床． 新潟滞在六日目． 朝飯． コーヒー． 0840 宿をチェックアウト． 曇． 昨日から冬型気圧配置となり， 新潟市内は寒い． 高速歩行． 0900 新潟会館 着．

[新潟会館]

「統計学的『主法』合宿様」， か ……

• 0930 より 統計的手法「合宿」． (仮称)， 開始． 一人あたり 40-50 分で問題説明 & 問題解決の検討， わりと波乱なく進行してゆく． R はおもに help() 用につかわれてるかんぢだ．

• 検討あれこれこぼれ話．
  • Residual deviance で overdispersion 判定， これって根拠あるのか
  • glmmML() のモデル選択， 手動か専用関数かくしかない
  • Lindsey の glmm()， 積分方式は (ナゾの) Gauss-Hermite 法
  • Model Averaging, Akaike weigth で重みづけたパラメーター平均値
  • Bradley-Terry model， 動物のケンカ解析法 (粕谷さん)， そしてこれは植物の花粉競争モデルと同じ
  • さらに random effects くわえたとしても (ケンカデータは longitudial なので pseudo replication 対策が必要)， ふつーの GLMM に帰着させることができそう (ということで， 私は都立大の坂本君にハンパな回答してしまった， とゆー気がしてきた)
  • polr() in library(MASS)， 順序あるカテゴリカル変数の GLM
  • しかしながら 三水準以上に見えるカテゴリカル目的変数， よく見れば二段階 logistic 回帰に帰着できることも
  • R で構造方程式モデル library(sem)， しかし複雑なことはできない (伊東さん)
  • 近ごろのパス解析， 単なる重回帰の連鎖ではなく 多変量正規分布の推定になりつつある (ホントにちゃんと最尤推定してんのか?) …… しかし説明変数にも正規性を要求してみたり
  • predict(glmmPQL(...))， おそらく fit <- glmmML(...); fit$frail と同じ …… 「事後分布」つかった期待値
• 1820 本日の勉強終了． バスセンター方面まで 15 分間ほど歩いて， 居酒屋で宴会．
• 新考案の「Jackknife 支払い (一人がまぬがれる)」 「重複ゆるす Bootstrap 支払い (一人が二人分以上を支払う可能性もある)」 といった統計学的手法はもちいられることなく， 2200 ごろ平和のうちにおひらき． 降雪 & 強風で地吹雪あれる中を新潟会館 (「合宿」参加者の過半数が宿泊) までもどる．
• [今日の運動]
  • 新潟うんどう不足つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): ホテル朝飯．
  • 昼 (1300): 新潟東警察署ちかくの居酒屋昼商売の アジのひらき定食． 630 円．
  • 晩 (1920): 新潟バスセンター南の居酒屋「船栄」，

2006 年 03 月 30 日 (木)

• 0700 起床． 新潟滞在七日目． 「合宿」 会場の 新潟会館． ねむい． やはり旅さきではよく眠れなくて睡眠不足になりがち， という気がしてきた． 朝飯． コーヒー． この宿泊施設は高校の運動部の遠征用宿舎としても使われるらしく， どやどやと入りこんできた高校生たちに早々に押し出される． 部屋にもどって geoRglm の勉強．
• 0900 ちかくなったので チェックアウトすませる． 一泊飯つき 5400 円ちょい．
• 0900 より 「合宿」 のつづき． 本日は平尾君 (苫小牧)・牧さん (東大) の空間統計， 田辺さん (東北大)・三中さん (農環研) の系統樹推定ハナシ．
• 空間統計は geoRglm なハナシなわけだが …… やはり (私もふくめて) こういうの使おうと思ったら Gaussian Random Field (GRF) なるものの性質をもっとよく研究せんといかんね． このあたりの理解がススむと， 空間統計学以外の「めんどう random effects」 応用にも役にたちそうだ．
• 系統樹推定ハナシ， 田辺さんの (おそらく他では聞けない) えらく詳細な解説のおかげで分子系統樹推定ソフトウェアユーザーの 直面する問題がよくわかった． 全体の最後は三中さんで， パラメトリック推定 (最尤推定) vs ノンパラメトリック推定 (最節約法) というわくぐみは， ちょー複雑な系統推定において解消する (どちらの方法も同じ系統樹をさがしあてる)， という魔法のようなオチ．
• 1230 「合宿」ぶじ終了． 撤退準備．
• 1310 新潟会館発． 新潟はあいかわらず， 曇ときどき雪． バスセンターちかくのイタリア料理屋で昼飯． 私は飛行機でるまで時間あり， 他のみなさんも「ひまな午後」になってるらしく， のんびりする．
• 1555 新潟空港いきバス 1630 1707 離陸． 1804 なぜか定刻より早く新千歳空港着． 1834 同発． 1911 JR 札幌駅着． 当地も雪． 1930 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • さて， あしたぐらいから運動再開したい， もんだ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): 新潟会館朝飯． 800 円． 食べたいものを自由にえらぶ形式のやつ．
  • 昼 (1350): バスセンター西側のイタリア料理屋 万代セナトーレ のパスタランチ． 1000 円，サラダ・コーヒー・デザートつき． なかなかうまかった． ところで， けっきょく新潟名物 「イタリアン」 はくうことができなかったまま (このバスセンターちかくに みかづきの支店 あるはずなんだが) …… という未練があったので， ランチも自家製ミートソースを注文してみた． 未練といえば， 新潟の蕎麦も食わぬまま去ることになってしまった …… 「イタリアン」と蕎麦， またいづれの日か．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ネギ卵の炒めもの． 海藻スープ．

2006 年 03 月 31 日 (金)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 1010 自宅発． 曇． 風つよし． 1025 研究室着．
• あ． 家に ThninkPad わすれてきた． 新潟ぼけだ．
• とりあえずネット上 & バックアップデータで処理できる雑事を．
• からのデイパックかついで家まで走る． ThinkPad とってきてもどりは歩く． 往復 20 分．
• めんどうな用事がいくつか． ソフトウェア違法コピーに (いまさらながら) おびえている北大事務の書類， しめきりはとっくにすぎているんであとまわしだ．
• 昼飯． 新潟からもどった皆さんから (私が参加してなかった) シンポジウムのハナシをきいたり．
• ネット雑用とかのつづき．
• いつも研究室事務あれこれでお世話になっている雪野さん・三浦さんのため (だけ) に新潟みやげを買ってきたのだが …… 本日はお二人とも来ておられない． そして私はうかつにも「笹だんご」なんぞ買ってしまって， ですね． これって賞味期限が日曜日までだ …… 笹だんごなら月曜日までもつかも． しかしヘンなものを渡すのもアレだし …… うう． 残念ながら今回はお二人にわたすのはあきらめてお茶部屋に寄付．
• 計算生態学 まわりに Bayesian & MCMC と 空間統計学 を追加． まだまだ書きかけの段階， なんだけど何もないよりはマシだろう， と．
• で， こんなものをつくった理由のひとつは， ご質問対応のため． たとえば 生態学会大会とかで Gibbs 林冠 の発表とかすると， 勉強熱心な大学院生たちが 「私も MCMC 計算やりたいんですけど， どういう本を勉強すればいいですか」 といったことをよく尋ねてくるので 「えーとえーと， あのいろいろあって …… メイルアドレス教えていただければ連絡します」 みたいにその場しのぎな返答してるんだよね．
• ということで， いただいた大学院生たちの名刺ながめつつ 「MCMC 計算つかうって……どういう文脈だったか思い出せん」 「顔もであった状況もおもいだせん」 と埋没してサルヴェイジできぬ記憶にアタマかかえつつ 「こういうペイジ作りました，ご参考になれば」 といった趣旨のメイルを五通ほどだす． 名刺に自分の研究に関するキーワードとか研究対象の写真とかあると， たしかに記憶の発掘に有用ですね．
• 3 時間ほどかけて A 棟 7F A704 「新しい」(もしくは再生された) 院生室の LAN 配線工事．

[A704]

一年前の「夜逃げ退官」教授の院生たちが使っていた部屋． その後， あれこれと片づけ作業などがつづいて， 新しい年度からこちらの院生たちが使うことになった． A 棟 7-8F 「闇ネット」 (LAN) が使えるよう配線工事． 問題はプリンターがない， というあたりで …… そういや A801 の EPSON LP-2000 も壊れたままだったな．

• 2045 研究室発． 2100 帰宅． 晩飯．
• TV 無き当家ではラヂオがついてること多いんだが …… 2200 からの「NHK ジャーナル」， キャスターの中島裕子さんが本日でやめる， ということでとても残念． 中国でのご活躍を期待します．
• 2006 年度 統計関連学会連合大会 (9/5-9/8) の会場は東北大， か．
• [今日の運動]
  • いかん， 本日もうんどう休養日になってしまった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): ヨーグルト．
  • 昼 (1250): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． レトルトパウチドカレー．
  • 晩 (2130): 米麦 0.7 合． ニラ卵炒飯． 海藻・豆腐のスープ．