ぎょーむ日誌 2006-02-(21-28)
2006 年 02 月 21 日 (火)
-
0850 起床．
だめだ，
かなりヤラれてきてる．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
晴．
0945 研究室着．
-
以前にここの研究室に一年間いた Matt が
(ここの研究科の発表会がらみで)
来ている (金曜日にここ発)．
あれこれと雑談．
-
1030 から 40 分間ほど
研究室セミナー，
本日は桑原君で，
有珠山のいろいろな標高の調査地でセルロース分解速度や
窒素の無機化速度を調べました，
というもの．
野外実験のつねとして，
標高とともに変わる環境要因あれこれ
(温度や土壌の物理的性質や斜度)
が交絡しまくっており，
なかなか難しい．
しかも各環境にあわせたような分解者 (菌類が重要だそうで)
の群集構造が形成されているとなると
……
-
母子里林冠 Gibbs モデル SWIG 化作業．
昨日構築したハコ計算空間に葉っぱを押しこんでいくしくみを作る．
-
1300 昼飯をたべるべく一時帰宅．
晴．
気温たかい．
昼飯．
Gibbs 林冠モデルと対比されるべきは，
群落光合成モデルの母子里データ版というでもいうべき
``flat leaf 近似''
とでもいうべきモデルではないかしらん?
考えてるうちにこの近似でも生産力のみつもりとか案外わるくないかも，
という気がしてくる．
うーむ．
1345 研究室もどる．
-
R-help
ML に投稿されてた質問
「よくある質問ってことは知ってるんだけど，
過去ろぐでみつけられなかったんで教えて．
glmmPQL() でモデル選択ってどうしたらいいの?」．
利他的なる Ben Bolker 博士の
回答
(久保てきとー訳):
-
fixed effects の係数の p-value で使う・使わないを決める，
とか?
-
lmer() (in library(Matrix))
使ってみる，
とか
(ただしばらつきパラメーターのモデル選択に関しては
``can of worms'')
ただしこのへんはぜんぶ近似計算だよ，
と注意 (久保注:
lmer はおそらく以前は lme4
と呼ばれていたもの;
GLMM に関しては PQL, Laplace, AGQ
といった尤度近似値計算の method が指定できる)．
さらに謙虚なヒトなので，
べつの人がもっとよい助言をくれるかも，
とのこと．
-
なんだかいろいろとメイル書きとか．
-
あとまわしにすると，
ど忘れしてよけいに面倒になりそうな
(紙の)
手紙かき．
う，
二時間ちかくも費してしまった．
書くのが遅い．
-
またトナー交換雑用．
CANON LBP-2810 の黒．
なンとこれは
先月 6 日
に交換したばかりなんだが．
やはり空腹のあまりトナーを食ってるやつとかいるのかしらん?
うまいのか?
-
また母子里 Gibbs 林冠の Perl → C++ 化作業のつづき．
-
1920 研究室発．
1940 帰宅．
晩飯．
-
また母子里 Gibbs 林冠の Perl → C++ 化作業のつづき．
Perl で書かれたアルゴリズムを理解し，
「これを C++ で速く計算するには」
と考えつつコードを書いていく．
基本的な計算手順そのものは考えなくてすむので，
いったんケガれ &
呪われ言語文法がアタマの中で生成されていくモードになれば，
比較的ラクかもしれない．
そしてそこそこの高速化というか処理の最適化を念頭において書くのがよい．
というのも，
あとで見なおすときに
「ここはどういうつもりでこう書いてるのか」
がわかりやすいからだ．
-
[今日の運動]
-
しまった，
うんどう休養日になってしまった
……
やっぱ呪われてるんだろうな
-
[今日の食卓]
- 朝 (0910):
米麦 0.6 合．
ハクサイ・コンニャク・タラすりみ・海藻の味噌汁．
- 昼 (1320):
米麦 0.6 合．
ハクサイ・コンニャク・タラすりみ・海藻の味噌汁．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
トマト・ネギ・バーナ貝の煮物．
2006 年 02 月 22 日 (水)
-
0850 起床．
うーむ．
コーヒー．
朝飯．
0950 自宅発．
曇．
1005 研究室着．
-
また母子里 Gibbs 林冠モデルの Perl → C++ 化作業．
光量データやりとりとか，
尤度計算の最底辺とか．
-
MCMC 計算にもちこむ一歩手前までできた．
時刻は 1125．
ここで少し方向をかえて output まわりの整備にとりくんでみる．
つまり今まで「前」からツメてきたのを，
今度は「うしろ」がわから包囲していく，
というような．
-
と思ったが，
また尤度計算まわりのほうにもどる．
一進一退．
-
また output まわりにもどる．
しかしまた寄り道，
デストラクターを明示的に階層的に定義していく．
ぢつはこの計算プログラムの場合，
デストラクター呼ぶときにはプロセスそのものが終了してるはずなンで，
かかる定義あれこれは特に必要ないハズなのだが
……
このあたりきちんと書かないで放置しとくと
言い知れぬ不安と猜疑にぢりぢりとココロ蝕まれていくところが
呪われ言語 C++ の呪われなゆえんだっ
……
-
昼飯．
-
R-help ML によると，
Ripley
先生が nested models における AIC モデル選択に関する
talk をやったらしい
(その投稿
……
Ripley talk の投影資料 PDF ファイルへのリンクがある)．
ちょっといまかくのごとくどたばたしてて読んでないんだけど，
気になる内容だ．
いかにも Ripley 先生的というべきか，
いつものことながら親切なのか不親切なのかわかりかねる
There is a published paper version.
でオワってるコメントもあって，
これに対して当然ながら「出典は?」という質問が出たところ．
-
昼飯まえに作ったですとらくたーがちょっとした呪われの原因になった．
いやはや．
デストラクターの重要な仕事のひとつは
「こちらの世界」には pointer しかないような
「あちらの世界」のおぶぢぇくとを破壊してやることにある．
コンストラクターでこの pointer を初期化してやらなかったら，
C++ においてはいつものごとくてきとーな値が入る．
この状態で
delete pointer
とかやると当然のことながら Segmentation Fault
となる．
そこでコンストラクターで pointer(NULL)
してやり，
さらにデストラクターで NULL
でないこと確認したうえで delete
してやらねばならぬ
……
これが呪われ以外のなにものであらうか．
-
ついでにわかったというか思い出したんだけど，
pointer 経由で「あちらの世界」につながってるよーな
クラスのおぶぢぇくとの場合，
デストラクターはちゃんと書いたほうがよい．
用心してコード書いても，
どこかで
「一時的オブジェクトの生成」→「すぐに消滅」
となる場合があるからだ．
こんなのでリークを発生させたら，
そのでばっぐは悪夢そのものである．
-
とりあえず簡単な入出力試験は終了．
<cstdlib>
の sprintf()
の型をいいかげんにしてるとこれまた
Segmentation Fault．
いやー，
Perl のケガれた sprintf()
にカラダが慣れてしまってるといちいち考えるのがめんどうですね．
R
の sprintf()
もケガれ系
(なので何も考えずに使える)．
-
さて，
まだ C++ 化されてないのは計算中核部の中核部，
葉っぱを追加したり削除しながらススめる MCMC 計算まわり，
か．
このあたりも片づけてしまうか．
時刻は 1530．
-
乱数まわりでちとぢたばたする．
各ファイルから
メルセンヌツイスター
の関数を呼ぶのは，
やはりというかどうもトク策ではないらしく
(名前空間のせい?)，
まあそういうこともあろうかと思って準備しておいた
C++ らっぱークラスのオブジェクトで置き換える．
-
Perl で計算させてた部分を C++ に置き換える作業，
1840 ひととーり終了．
Perl は入出力まわりが残っているだけ．
-
で，
試験運転やってみると
……
なンか無限ループにおちいってるな．
無限ループは比較的単純なばぐなので簡単になおせるよーな気もするのだが
……
アタマがかなりやられてるような気もするので，
本日の呪われはここまで．
-
SWIG の弱点のひとつは，
gdb
などでばっがーが使えないらしい，
ということで
……
(後記: これは使えるとわかった
---
24 日 の記述参照)
-
そして来月研究発表する M1 のヒトたちもかなりやられてるな．
1930 研究室発．
1950 帰宅．
-
呪われ解消のため運動．
体重 72.4kg．
晩飯．
今晩はコードはひねくらない．
-
R-help に Ripley 先生の
回答
が．
Ripley, B.D. (2004)
`Selecting amongst large classes of models'
In `Methods and Models in Statistics'
eds Adams, N., Crowder, M., Hand, D.J. and Stephens, D. Imperial College
Press, pp. 155-170.
だそーで
……
この本
か．
うーむ
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0920):
米麦 0.5 合．
トマト・ネギ・バーナ貝の煮物．
- 昼 (1340):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
トマト・ネギ・バーナ貝の煮物．
- 晩 (2210):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・ニンジン・ニラ・シイタケ・ショウガ・豚タンの八宝菜．
2006 年 02 月 23 日 (木)
-
0755 起床．
コーヒー．
朝飯．
0855 自宅発．
雪．
0910 研究室着．
-
甲山さん & Matt の議論にまきこまれるような気もするので，
それにそなえて熱帯林解析論文原稿をひととーり読みなおして復習しておく．
-
しかし特に音沙汰もないのでまた
ケガれ & 呪われ mixture な SWIG プログラミングの世界へ．
-
昨日の最後にみつかった無限ループ問題は，
単純に目琉線奴 (めるせんぬを変換したらこうなった)
ついすたーラッパークラスでのしくじりだった．
しかしそこを突破すると今度はまた Segmentation Fault が．
-
これまたアホなまちがいで
「葉っぱが入ってないハコから葉っぱを削除しろ」
という無茶な命令を与えられた我が計算プログラムが
その理不尽さに耐えかねて気絶しているだけだった．
いやはや．
やっぱり C++ でアタマがそうとうにやられている．
-
で，
これを修正するといきなりすごいスピードで MCMC 計算が疾走する．
さすがわ呪われ言語．
しかしちょっとまて．
まだ色々と点検が．
-
うだうだしてるうちに昼飯をくわねばならぬ時間が．
-
1330-1820
ECOAS
会議．
東北大から占部さん・河田さん・彦坂さん・PD や院生の皆さんが，
低温研からは小島さんがこちらのセミナー室に集まってこられた．
今年度の研究発表．
調査地は八幡平・八甲田・大雪山・阿寒．
動物プランクトン群集の組成．
同位体比による水系の物質循環の解明
(私は水中世界の「まざりの良さ」というあたりに驚く)．
核酸断片の電気泳動で推定するバクテリア叢の特定 (DGGE 法)．
八甲田の群落構造解析，
阿寒年輪解析といったところ．
-
カネだしてる環境省としては，
標高差あるところ調べれば温暖化うんぬんの研究になる
(「同所」的に温度差あるから)，
というもくろみなんだろうが
……
ハナシはそう簡単ではないようだ．
標高が高くなると他のもろもろも変わってしまうのである．
たとえば，
湖沼の面積とかも変化する．
たとえば，
山の上には巨大な湖は多くない．
で，
この面積に依存してあれこれかわっているかも，
というハナシがいろいろと紹介されて，
ですね．
-
さらに random effects (ヘンてこ日本語統計用語によれば変量効果)
が大活躍してるデータばかりなのに，
標本数はかなり少ない
……
(このへんで使うかどうかはともかく)
プランクトンにせよ植物にせよ，
群集行列なるものの (妥当な) 推定，
というのはぢつは群集生態学の未解決問題のひとつなんだけど，
いったいどれほどのデータが必要とされるのやら．
-
会議終了から 30 分間ほど時間あいたのでばぐを一個なおす．
しかしまだまだ前途遼遠．
-
1845 研究室発．
1900 から北大正門前の炭火焼ジンギスカン
ヤマダモンゴル
で懇親会．
2055 おひらき．
2108 帰宅．
[ヤマダモンゴル]
食べ放題・飲み放題だと 3500 円．
みなさん旺盛な食欲で食べておられました．
ここはついつい食べすぎてしまうんだけど，
食べすぎると翌朝とかけっこう胃がもたれてしまう，
というワナがあって，
ですね……
-
母子里 Gibbs 林冠 MCMC 計算プログラムのバグが気になるんだけど，
夜に呪われ C++ コードをいじるのは危険，
危険，
危険
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
ハクサイ・ニンジン・ニラ・シイタケ・ショウガ・豚タンの八宝菜．
- 昼 (1240):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
ハクサイ・ニンジン・ニラ・シイタケ・ショウガ・豚タンの八宝菜．
- 晩 (1900):
ヤマダモンゴル．
2006 年 02 月 24 日 (金)
-
0730 起床．
コーヒー．
やはり昨晩はやや食べすぎだったようで，
胃のあたりがやや重い．
ごく簡単に朝飯．
0810 自宅発．
雪．
0825 研究室着．
-
ECOAS 会議の前に既知のばぐは殲滅できた．
しかし，
それは新たなるばぐたちとの戦いの序章にすぎないのであった
……
-
0930-1200
ECOAS
会議の続き．
今日は工藤さん・亀山さんの大雪山 OTC & ツガザクラのハナシ，
そしてぷろじぇくと会議．
コエゾツガザクラ (エゾ & アオノツガザクラ雑種 F1)
で F2 とかが見られない理由として
雑種崩壊
というコトバが亀山さんの説明にでてきた．
F1 と親種の Back Cross (BC)
(もこの調査地ではあまり見られない)
さまたげる雑種崩壊の例としては各遺伝子とオルガネラの
コンフリクトがある，
とのこと
……
F2 に関しては組みかえなんかの
(私にはよくわかってない)
ハナシのようで．
-
会議終了後，
皆さんと「きゃら亭」 (百周年記念会館)
で昼飯．
雪．
-
論文セミナー予習．
-
1400-1550
論文せみなー，
本年度最後．
最後にふさわしく
「セミナー担当日になるたびに何かがおこってしまう，あの伝説の」
北村君担当
(ただし今回は無事故無違反無病息災)．
樹木の死亡確率の密度依存性を調べました，
ということで空間相関を排除すべく randomization
して deviance をみたり，
というのはいいんだけど hemlock が死ぬ原因を
(微地形である斜面上の)
「高さ」 (elevation) なる要因でどうしても説明したかったらしく，
すごく変則的な stepwise logistic 回帰をやってる．
こういうのって，
最初に結論ありき，
だよね．
-
だんだんばててきた
……
-
SWIG
で
gdb
とか使えない，
とか書いてたけど使える
とわかった
(ひげぽん氏の
解説)．
-g オプションとかつけてコンパイル，
あとは gdb perl して run foo.pl
とか．
これで Segmentation Fault したときに
backtrace
なんかが可能に!
-
なぜかお茶部屋雑談にとらっぷされる．
というかばてた．
今回の ECOAS 会議の準備に尽力した亀山さんのコトバを借りるなら，
燃えつき，
ということか．
ただし私の場合は昨晩のでばっぐで，
だけど．
-
1850 研究室発．
1900 帰宅．
晩飯．
-
飯くったら少し体力回復したので，
作業をすこし進める．
ケガれ Perl & 呪われ C++ な SWIG 暗黒世界の深層ダイヴィング
gdb perl
ワザのおかげで最後に一個のこってた Segmentation Fault
ばぐは取り除かれた．
-
gdb perl
ワザでは解明できぬ
(文字列まわりの何か，
まではわかるんだけど)
ファイル出力時の Segmentation Fault
が新たに見つかった
……
ぢみちに調べていくと，
下のごとき
「ほのぼの」
やりとりが SWIG の暗闇の中でこっそり行われていた，
とわかった．
-
Perl:
MCMC 計算やってね
-
C++:
うん …… やったよ
-
Perl:
ぢゃ，Gibbs 林冠の葉っぱデータ出力したいんで，
教えて
-
C++:
ほい，とりあえず 5000 枚ぶん (どさっ)
-
Perl:
きー，
いっぺんにたくさん渡すな! (キレる)
……
ということで，
出力データが巨大になる場合は
(あきらめて)
<fstream>
使って C++ の中からファイルに出力させることにした
(SWIG の interface を工夫すれば回避できるような気もするけど，
かえって面倒そうなんで)．
一件落着．
[ぎぶす林冠新生]
去年の 8 月ごろ
に all Perl 版プログラムで試作された母子里林冠モデル，
いまや SWIG による高速化 generator を得たのであった
……
50 万 MCMC step,
直径 10cm 円盤葉
(これはホンモノのダケカンバ葉より何倍もでかい)
1.6 万枚．
これで観測された三次元明るさ分布はほぼ再現できてしまってるわけだが
……
-
まだまだ改善すべき点はあるけれど，
とりあえず現時点で Perl 版と同じ設定ファイルよみこんで，
Perl 版と同じ出力をだす SWIG 版ができた．
すでにこの段階でも計算すごく速い．
Perl 版より 8 倍は高速化されてる．
-
本日の C++ 呪われはここまで．
時刻はすでに 2230．
-
しかしアタマは「ばぐとり」暴走状態のまま．
ばてぎみなのにちっとも眠くならず．
これがこれが呪われだ
……
(健康のため夜八時以降のぷろぐらみんぐはひかえましょう)
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0750):
リンゴ．
- 昼 (1215):
「きゃら亭」昼定食，
スズキのムニエル 680 円．
サラダバー・ドリンクバーつき．
- 晩 (1930):
米麦 0.8 合．
ダイコン・ネギ・ナメコ・タチの味噌汁．
2006 年 02 月 25 日 (土)
-
1130 起床
……
ホントに C++ でアタマやられてるな．
コーヒー．
朝飯．
ひたすら洗濯 & 怠業．
-
あっぷろーどしたぎょーむ日誌がすごくヘンだと気づいてあこれれ修正．
だめだめだ．
-
呪われ祓いのため運動．
体重 72.2kg．
買物．
昼飯．
-
1700 自宅発．
曇．
JR 札幌駅まわりの本屋をふらふらと．
1745 研究室着．
-
SWIG にヤられてあいだに放置してたメイル書きとかネット雑用とか．
-
母子里 Gibbs 林冠 MCMC 計算，
手ぬきでちょっとした高速化ができないか，
と試してみる．
たとえば
map を hash_map
に置き換えてみるのはどうだろう?
2003 年 7 月 25 日
の記述を参考にヘッダーファイルを書き換える．
う?
なんかコンパイルがうまくできん，
と思ったら
……
2002 年 4 月 18 日
にあるとおり，
key に使えるクラスが限られてるんだよね．
で，
一ヶ所だけ int
を使ってる部分あったんだけど，
ちっとも速くならなかったのでもとにもどす．
-
いやー，
しかし現状でも十分速いしね
……
A801 の Dell 機 (Pentium4 2.4GHz) 上で実験．
最初の 5000 MCMC step の計算，
昨年 8 月の all Perl 版だと 169 秒かかる．
今回つくった SWIG なやつだとが 11 秒ですむ．
15 倍 以上の高速化になってる．
-
たかが高速化，
ってのはわかってはいるんだけど，
これだけ速くなると計算可能性をイッキに広げてくれるので，
内容にかかわってくるというか，
けっこう重要なんだよね
……
-
で，
時間的によゆーできたような気がしたので，
来月の生態学会新潟大会発表の解析やってる
M1 松田さんのところにおぢゃまして，
駒ヶ岳ミネヤナギデータ解析プログラミングを
……
やっぱり
C++ なんかとちがって
R
だと呪われ感が無いというか，
コード書きに理不尽さがなくて良いですね．
-
2245 研究室発．
2300 帰宅．
晩飯．
-
本日ちょっとやってみた母子里計算の作図．
[100 万 MCMC step 計算]
上が対数尤度というかその分子部分
(観測データへのあてはまりの良さ)
の変化で，
下は葉数が増えていく様子 (初期状態では葉数ゼロ)．
葉数がなかなか収束しない．
つまり「あと一枚おしこめる
……
いや，あと一枚」
てなかんぢで増えていくんだよね．
100 万 MCMC step あたりからさすがにこれも止まってくる．
以前は 100 万 MCMC step とか 8 時間ぐらいかかる計算だったんだけど，
いまは 35 分ぐらいでできるんで，
よゆーのある ``spin-up'' ができるようになった．
-
上の計算はぢつは少なくともひとつの「まちがい」をふくんでいる．
この MCMC 計算は特に事前分布を仮定していない
(非べいづ，なモデル?)．
サンプラーは random walk sampler
(Metropolis sampler とも呼ばれている?)．
これはほとんど symmetric な sampler なんだけど，
そうでない場所が一ヶ所あり，
「葉っぱ数ゼロ状態」↔「葉っぱ数 1 状態」
の部分だ．
ここは「ゼロより小さくはならない」ことの補正が必要になる
……
しかしまだ補正してない．
-
ふとわからなくなったんだけど，
これって (葉っぱ増減させる単位である)
各ハコごとに「ゼロかどうか」のチェックが必要なはずだよね．
いや，
しかし Gibbs 点過程の MCMC 計算なんかでは，
そういうのは必要とされてないみたいだし
……
少なくとも葉っぱ生成に関しては「ハコ」という部分空間には意味はない．
その逆過程である葉っぱ消滅
---
ハコひとつランダムに選んでその中に葉っぱあれば消滅させる，
は
……
うん，
やっぱりあたかもハコに何か意味あるかのようなとりあつかいになっているな．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1200):
米麦 0.4 合．
ダイコン・ネギ・ナメコ・タチの味噌汁．
コンブあえもの．
- 昼 (1550):
コンブあえもの．
北 12 生協で買った餃子，
カボチャの煮物．
- 晩 (2340):
うどん．
ダイコン・ネギ・ナメコ・タチの味噌汁．
カボチャの煮物．
2006 年 02 月 26 日 (日)
-
0940 起床．
ねむい．
生活周期復旧中
……
昨晩もなかなか寝つけなかった．
朝飯少々．
コーヒー，
にがい．
怠業．
-
昼飯くってから 1400 自宅発．
ややへろへろしてるんだけど．
風雨．
冬も終わりつつあるのか．
1415 研究室着．
-
母子里 Gibbs 林冠 MCMC 計算まわりの改造．
まずは葉っぱ一枚増減ごとに output まわりの関数をよびだすのは非効率なので，
指定した回数だけ C++ 世界の中で MCMC 計算すすめてから
Perl 世界にもどる，
と変える．
5000 MCMC step 試験
(C++ の中で 5000 MCMC step ススめてから戻る)
だと 11 秒 → 9.5 秒と改善される．
出力もすっきり．
-
次，
昨日かいてた randomwalk sampler まわりの問題．
-
ほとんどの場合，
Metropolis-Hastings 法の採択確率の「補正」の必要なし
-
葉数 0 → 1 となる場合は
× 0.5
-
葉数 1 → 0 となる場合は
× 2.0
とすればよい．
-
プログラム改造して試運転．
-
昨日につづき，
松田さんの駒ヶ岳ミネヤナギぱっちデータ解析をいっしょにススめる．
一般化線形混合モデル & 線形混合モデル．
後者については
library(nlme) か?
とも考えたんだけど，
なんとなく lmer() in library(Matrix)
にしてしまった．
[250 万 MCMC step 計算]
駒ヶ岳データ世界をふらふらしてるあいだに
試運転計算はとっくに終わっていた．
上が対数尤度というかその分子部分
(観測データへのあてはまりの良さ)
の変化で，
下は葉数が増えていく様子 (初期状態では葉数ゼロ)．
とりあえず，
計算速度まわりの問題は解決したといえる．
さーて，
次は
……
-
ひとくぎりついたので撤収．
2050 研究室発．
あいかわらず雨．
2105 帰宅．
晩飯の準備．
運動．
体重 73.2kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1000):
バゲット．
ネギ・シイタケ・卵の炒めもの．
- 昼 (1300):
スパゲッティー．
- 晩 (2330):
米麦 0.8 合．
鶏砂肝・ショウガの炊きこみ飯．
モヤシ・シイタケ・ワカメ・油揚・豆腐・煮干の味噌汁．
2006 年 02 月 27 日 (月)
-
0915 起床．
だいぶ復旧はしてきた，
が．
コーヒー．
朝飯．
1010 自宅発．
曇．
1025 研究室着．
-
どうも北大ネットのメイルサーヴァーまわりでヘッダー情報利用した
すぱむ縮減
やるらしい
……
と言いますか 3/1 からと言いつつすでに稼働してるようだ．
これってちゃんと「やります」通知しないと，
「すぱむがあまりにも少ない
……
またまたいつも不安定なサーヴァー壊れてんぢゃないの?」
疑惑をよぶと思うケド
(北大内では spam 流量から
メイルサーヴァー稼働状態が推定されるのがふつーである)．
いや，
いま spam が少ないのはフィルタリングの結果ではなく，
設定変更にしくじってメイルサーヴァーまわりが死んでるせいなのか?
-
まあ，
対応はいつもながら後手後手ながら
(民間のプロヴァイダー会社なんかはとっくに導入している)，
何もやらないよりはよほどマシとは思うけれど
……
といったナマやさしい状況でないことが次第に判明してくるのであった．
-
この件，
昼すぎになってよーやく，
24日の金曜夜からHINESメールシステムに障害が発生し、Webメールと転送が使用できなくなりました。 27日12:30頃からWebメールは復旧しましたが、現在も転送が有効になっていない状態です。障害期間中に北大宛に送信されたメールはバックアップシステムとの兼ね合いで、未配送のものもありますが、復旧後には配送されます。
御迷惑をお掛けすることをお詫びいたします。
なる通知がこっそりと出た
(例のたいへん
見苦しい HINES ペイジ
で)．
メイル転送が死んでるので私のところにちっともメイルが届かなかったわけだ
(北大あてにきたメイルはただちに
Gmail
あてに転送してるんで)．
-
何か設定を変更するたびに動作停止・機能不全をともなってしまう，
改良してんのか改悪してんのかわからん，
というのが他大学では類を見ない懸絶した北大ネット独自の特色だ．
これはくらーく先生帰国するとき馬上からけーたいで
``Boys, be ambiguous''
ってはげましのメイル送って以来の伝統．
-
そのあとさらに末期的な北大ネット管理者ものろーぐが
……
2月24日の金曜日の夜から、HINES Webメールと、メールの転送処理に障害が発生し、利用できなくなりました。
27日の月曜日の12:30頃、Webメールは復旧しましたが、メール転送の障害が続いております。
障害期間中に北大宛に送信されたメールにつきましては、転送処理されていないままサーバに残った状態となっております。
この転送障害中のメールに関しましては、
障害復旧後も転送されません。
転送処理が有効になるのは、転送処理復旧後に届いたメールになります。
また、メールシステムのバックアップの時間の都合上、障害期間中に届いたメールが一部読み出せない状態です。
復旧後には配送されますので、ご迷惑をおかけしますが、ご理解のほど、よろしくお願いいたします。
どこをどうすればここまでへっぽこになれるのか?
しかもこの「通知」はすごく見つけにくいところに (こっそり)
書かれている．
北大内の大多数のユーザーは気づかないだろう．
-
母子里 Gibbs 林冠モデル，
今回はちゃんと解析する予定はないんだけど
……
昨年末 (12/26) に加藤さんから送っていただいたリターデータをみなおす．
うーむ
……
-
計算機のほうはヒマそうにしてるので，
直径 20cm の「仮想的な葉」で計算してみて，
と依頼してみる．
これは葉面積で換算すると
母子里ダケカンバの 12-13 枚ぶんの大きさである．
[巨大葉計算]
あんがいこっちのほうがいいかも．
あてはまりは当然ながら多少わるくなるけれど，
十数枚の葉っぱが一ヶ所にかたまっている状態を表現している，
と言えるし．
これまでの計算 (下の図)
に比べて「葉」一枚の面積がの 4 倍になっており，
葉数はおよそ 1/4 の 3800 枚ぐらい．
上の図の作図の座標，
--lookat 150,600,300 --location -1500,1200,-500
……
これはともかく，
上の図みてるうちに，
最適「仮想葉」サイズってのがモデル選択できるような気がしてきた．
AIC 的に考えると一葉につき 5 パラメーター必要だからうんぬん，
あるいはべいづ的に考えると
……
-
昼飯．
昨日まで気温高かったんだけど，
本日はまた寒くなって外気温は
現在氷点下 4°C
ぐらい．
窓の外は雪．
-
(かとーオフィスの)
かとーさんからここの web server の HDD
/dev/hda1
がまた不調かもと教えていただく．
Feb 27 04:08:39 hosho kernel: EXT3-fs error (device ide0(3,1)): ext3_readdir: bad entry in directory #177729: rec_len %% 4 != 0 - offset=1536, inode=33188, rec_len=567, name_len=0
ふーむ，
修復するには reboot とせんといかんね．
またあとまわしにするか．
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上述のごとき北大メイルサーヴァーの惨状を確認する．
先方はあれこれしくじっておきながら
「転送できん」
とえらそーにひらきなおっているので，
しょうがないから北大メイルサーヴァーから直接メイルをとる．
123 通．
うち 100 通以上が spam なわけだが．
-
ひさしぶりに
近接防御システム
SpamAssassin
だけの半自動すぱむ迎撃やることになる．
ふだんは
Gmail
のなかなかデキがよい spam filter が遠距離で阻止してくれてるわけだが．
ハナシをきくところによると AL-Mail とか使ってるヒトたちって，
毎日毎日きあいで人力 spam filtering やっておられるそーで
……
-
注意すべきは，
未配送メイルはこの 123 通にとどまるものではない，
ということだ．
北大ネット管理者のわけわからん作文によれば，
障害発生期間にとどいたメイルのうちアクセスできぬものもまだある，
らしい
……
-
なンかこういうつまらぬどたばたにふりまわされてるね．
-
さて (低温研の) 加藤さんのリタートラップデータ解析だが
……
年末にいただいたときは
「プロット内の推定葉数が 55 万枚?!
そんなに詰めこめるわけない
……」
と驚いてしまったのだが，
いま加藤さんから送っていただいたデータなどよくよく見直してみると，
あのとき書いておられた「プロット」の大きさは
15 × 15 m
ということで，
これは「明るさデータ」をとってる林分
(3 × 6 m)
よりずいぶんでかい．
-
で，
そのへん補正してみると
3 × 6 m
区画内の推定ダケカンバ葉数はおよそ 4.5 万枚，
これは奇蹟のごとく現在の Gibbs 林冠
MCMC 計算から得られた推定にかなり近い．
つまり，
リターデータが無くても「明るさ三次元分布」データさえあれば，
ある空間に葉っぱがどれぐらいあるか，
はわかるということになるかも．
-
しかしながら，
今朝からいろいろ考えているんだけど，
いま使っているモデル，
光計算まわりについてはも改良すべきだと思う．
このへんまぢめにやるとのはすごくたいへんなんだけど，
手ぬきをするにしてももう少しスジのとおったやりかたが必要とされている，
と思うんだよね．
-
ありがちな天球光モデルとして
というのがあるだろう．
ここでやってる計算はこの近似をさらに近似するものとして
-
天頂 & 東西南北ななめ上の面光源 (5 枚の平面)
というような状況であり，
このあたりの説明が煮詰まってくると
-
光センサーそのものが点光源のごとくふるまう
(5 本の光線だす約 1500 個の点光源)
あたりに行きついてしまう．
まあ，
こういった狂った世界をもうちょいまぢめにモデリングしませう，
ということで．
-
日没時刻ちかくになって，
北大メイルサーヴァーの転送機能が復旧したんで，
私あてにきたメイルを Gmail
経由で読んだりとったりできるようになった．
しかしながら，
今度は転送せずにメイルとってる
(つまりふつーの使いかたをしてる)
一万数千人のユーザーがぱにっく状態に．
こっちの機能がコワれてしまったのだ．
-
あっちを直せば，
こっちがコワれる北大ネット〜♪
(北大ネットのうた)
-
計算改良はあまりススまず．
1830 研究室発．
1905 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0930):
米麦 0.7 合．
鶏砂肝・ショウガの炊きこみ飯．
モヤシ・シイタケ・ワカメ・油揚・豆腐・煮干の味噌汁．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
鶏砂肝・ショウガの炊きこみ飯．
海藻スープ．
- 晩 (1920):
米麦 0.7 合．
鶏砂肝・ショウガの炊きこみ飯．
モヤシ・シイタケ・ワカメ・油揚・豆腐・煮干の味噌汁．
2006 年 02 月 28 日 (火)
-
0820 起床．
コーヒー．
朝飯．
朝から林冠光モデリングの問題にとらっぷされてしまう．
1010 自宅発．
晴．
1025 研究室着．
-
本日は今年度最後の研究室セミナーのはず，
だったんだが
……
担当である某隠匿道師匠の大わざ
「セミナーそのものをなかったことにしてしまう」
(JoJo5 の
King Crimsom
みたいなスタンド能力?)
が発動して，
誰の記憶の中からも発表内容，
そもそもセミナーがあった
/ なかったという経験的事実すら検索不能になってしまった．
-
母子里林冠モデリング検討のつづき．
-
昼ちかくになって，
北大メイルサーヴァー壊れに関する続報．
現在メールシステムは復旧しており、正常に稼動しております。
だの
障害期間中に配送されたメールが復旧後も転送されない
だの．
すでにあちこちでばかにされてるのか
今回のメールシステム障害と迷惑メール縮減は無関係ですので
とよけーなことは書いているのに，
今回の事故がどういう経緯で発生したかについては
(いつものことながら)
いっさい説明してない．
これは隠匿してるというより，
何がどうなっているか把握できておらず，
当然ながらそれを説明する能力がない，
ということなんだろね．
-
母子里 Gibbs 林冠 MCMC プログラムぢりぢりと修正の準備の準備．
新しく
LightSector
といったクラスを創設しようかどうかと迷ってるんだが
……
うん，
こういうの作らないといろいろな方向から入ってくる光量を評価できないよね．
[モデルで再現される光量]
コード修正の片手間に試験運転もぼちぼちと．
左の図は，
Markov Chain Monte Carlo (MCMC) 計算によってサンプルされた
Gibbs 林冠のひとつが観測された光量をうまく再現している，
というのを表している．
これはうまく再現していてあたりまえで
(そうなるよう MCMC 計算やってるんだから)，
次の一手をどうするか，
が問題なんだよね．
-
ぢりぢりとしかススまず，
昼飯．
-
昼飯後も改良作業．
各クラスのデータ構造から慎重にみなおす必要あるわけで
……
[試験運転もつづく]
こういうの見てると
「ハコごとの葉数は負の分布にしたがう」
とかいう事前分布いれたら面白いかも，
という気がしてくる．
うーむ
……
ぢつはそう簡単ではなく，
Zero-Infrated Negative Binomial
みたいなのにしないとうまく
その集中を表現できないのかもしれん．
とりあえず，
こういうのはあとまわし．