ぎょーむ日誌 2006-02-26

2006 年 02 月 26 日 (日)

• 0940 起床． ねむい． 生活周期復旧中 …… 昨晩もなかなか寝つけなかった． 朝飯少々． コーヒー， にがい． 怠業．
• 昼飯くってから 1400 自宅発． ややへろへろしてるんだけど． 風雨． 冬も終わりつつあるのか． 1415 研究室着．
• 母子里 Gibbs 林冠 MCMC 計算まわりの改造． まずは葉っぱ一枚増減ごとに output まわりの関数をよびだすのは非効率なので， 指定した回数だけ C++ 世界の中で MCMC 計算すすめてから Perl 世界にもどる， と変える． 5000 MCMC step 試験 (C++ の中で 5000 MCMC step ススめてから戻る) だと 11 秒 → 9.5 秒と改善される． 出力もすっきり．
• 次， 昨日かいてた randomwalk sampler まわりの問題．
  • ほとんどの場合， Metropolis-Hastings 法の採択確率の「補正」の必要なし
  • 葉数 0 → 1 となる場合は × 0.5
  • 葉数 1 → 0 となる場合は × 2.0
  とすればよい．
• プログラム改造して試運転．
• 昨日につづき， 松田さんの駒ヶ岳ミネヤナギぱっちデータ解析をいっしょにススめる． 一般化線形混合モデル & 線形混合モデル． 後者については library(nlme) か? とも考えたんだけど， なんとなく lmer() in library(Matrix) にしてしまった．

[250 万 MCMC step 計算]

駒ヶ岳データ世界をふらふらしてるあいだに 試運転計算はとっくに終わっていた． 上が対数尤度というかその分子部分 (観測データへのあてはまりの良さ) の変化で， 下は葉数が増えていく様子 (初期状態では葉数ゼロ)． とりあえず， 計算速度まわりの問題は解決したといえる． さーて， 次は ……

• ひとくぎりついたので撤収． 2050 研究室発． あいかわらず雨． 2105 帰宅． 晩飯の準備． 運動． 体重 73.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 60 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): バゲット． ネギ・シイタケ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1300): スパゲッティー．
  • 晩 (2330): 米麦 0.8 合． 鶏砂肝・ショウガの炊きこみ飯． モヤシ・シイタケ・ワカメ・油揚・豆腐・煮干の味噌汁．