ぎょーむ日誌 2006-02-21

2006 年 02 月 21 日 (火)

• 0850 起床． だめだ， かなりヤラれてきてる． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 晴． 0945 研究室着．
• 以前にここの研究室に一年間いた Matt が (ここの研究科の発表会がらみで) 来ている (金曜日にここ発)． あれこれと雑談．
• 1030 から 40 分間ほど 研究室セミナー， 本日は桑原君で， 有珠山のいろいろな標高の調査地でセルロース分解速度や 窒素の無機化速度を調べました， というもの． 野外実験のつねとして， 標高とともに変わる環境要因あれこれ (温度や土壌の物理的性質や斜度) が交絡しまくっており， なかなか難しい． しかも各環境にあわせたような分解者 (菌類が重要だそうで) の群集構造が形成されているとなると ……
• 母子里林冠 Gibbs モデル SWIG 化作業． 昨日構築したハコ計算空間に葉っぱを押しこんでいくしくみを作る．
• 1300 昼飯をたべるべく一時帰宅． 晴． 気温たかい． 昼飯． Gibbs 林冠モデルと対比されるべきは， 群落光合成モデルの母子里データ版というでもいうべき ``flat leaf 近似'' とでもいうべきモデルではないかしらん? 考えてるうちにこの近似でも生産力のみつもりとか案外わるくないかも， という気がしてくる． うーむ． 1345 研究室もどる．
• R-help ML に投稿されてた質問 「よくある質問ってことは知ってるんだけど， 過去ろぐでみつけられなかったんで教えて． glmmPQL() でモデル選択ってどうしたらいいの?」． 利他的なる Ben Bolker 博士の 回答 (久保てきとー訳):
  1. fixed effects の係数の p-value で使う・使わないを決める， とか?
  2. lmer() (in library(Matrix)) 使ってみる， とか (ただしばらつきパラメーターのモデル選択に関しては ``can of worms'')
  ただしこのへんはぜんぶ近似計算だよ， と注意 (久保注: lmer はおそらく以前は lme4 と呼ばれていたもの; GLMM に関しては PQL, Laplace, AGQ といった尤度近似値計算の method が指定できる)． さらに謙虚なヒトなので， べつの人がもっとよい助言をくれるかも， とのこと．
• なんだかいろいろとメイル書きとか．
• あとまわしにすると， ど忘れしてよけいに面倒になりそうな (紙の) 手紙かき． う， 二時間ちかくも費してしまった． 書くのが遅い．
• またトナー交換雑用． CANON LBP-2810 の黒． なンとこれは 先月 6 日 に交換したばかりなんだが． やはり空腹のあまりトナーを食ってるやつとかいるのかしらん? うまいのか?
• また母子里 Gibbs 林冠の Perl → C++ 化作業のつづき．
• 1920 研究室発． 1940 帰宅． 晩飯．
• また母子里 Gibbs 林冠の Perl → C++ 化作業のつづき． Perl で書かれたアルゴリズムを理解し， 「これを C++ で速く計算するには」 と考えつつコードを書いていく． 基本的な計算手順そのものは考えなくてすむので， いったんケガれ & 呪われ言語文法がアタマの中で生成されていくモードになれば， 比較的ラクかもしれない． そしてそこそこの高速化というか処理の最適化を念頭において書くのがよい． というのも， あとで見なおすときに 「ここはどういうつもりでこう書いてるのか」 がわかりやすいからだ．

• [今日の運動]
  • しまった， うんどう休養日になってしまった …… やっぱ呪われてるんだろうな
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 米麦 0.6 合． ハクサイ・コンニャク・タラすりみ・海藻の味噌汁．
  • 昼 (1320): 米麦 0.6 合． ハクサイ・コンニャク・タラすりみ・海藻の味噌汁．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． トマト・ネギ・バーナ貝の煮物．