ぎょーむ日誌 2006-02-24

2006 年 02 月 24 日 (金)

• 0730 起床． コーヒー． やはり昨晩はやや食べすぎだったようで， 胃のあたりがやや重い． ごく簡単に朝飯． 0810 自宅発． 雪． 0825 研究室着．
• ECOAS 会議の前に既知のばぐは殲滅できた． しかし， それは新たなるばぐたちとの戦いの序章にすぎないのであった ……
• 0930-1200 ECOAS 会議の続き． 今日は工藤さん・亀山さんの大雪山 OTC & ツガザクラのハナシ， そしてぷろじぇくと会議． コエゾツガザクラ (エゾ & アオノツガザクラ雑種 F1) で F2 とかが見られない理由として 雑種崩壊 というコトバが亀山さんの説明にでてきた． F1 と親種の Back Cross (BC) (もこの調査地ではあまり見られない) さまたげる雑種崩壊の例としては各遺伝子とオルガネラの コンフリクトがある， とのこと …… F2 に関しては組みかえなんかの (私にはよくわかってない) ハナシのようで．
• 会議終了後， 皆さんと「きゃら亭」 (百周年記念会館) で昼飯． 雪．
• 論文セミナー予習．
• 1400-1550 論文せみなー， 本年度最後． 最後にふさわしく 「セミナー担当日になるたびに何かがおこってしまう，あの伝説の」 北村君担当 (ただし今回は無事故無違反無病息災)． 樹木の死亡確率の密度依存性を調べました， ということで空間相関を排除すべく randomization して deviance をみたり， というのはいいんだけど hemlock が死ぬ原因を (微地形である斜面上の) 「高さ」 (elevation) なる要因でどうしても説明したかったらしく， すごく変則的な stepwise logistic 回帰をやってる． こういうのって， 最初に結論ありき， だよね．
• だんだんばててきた ……
• SWIG で gdb とか使えない， とか書いてたけど使える とわかった (ひげぽん氏の 解説)． -g オプションとかつけてコンパイル， あとは gdb perl して run foo.pl とか． これで Segmentation Fault したときに backtrace なんかが可能に!
• なぜかお茶部屋雑談にとらっぷされる． というかばてた． 今回の ECOAS 会議の準備に尽力した亀山さんのコトバを借りるなら， 燃えつき， ということか． ただし私の場合は昨晩のでばっぐで， だけど．
• 1850 研究室発． 1900 帰宅． 晩飯．
• 飯くったら少し体力回復したので， 作業をすこし進める． ケガれ Perl & 呪われ C++ な SWIG 暗黒世界の深層ダイヴィング gdb perl ワザのおかげで最後に一個のこってた Segmentation Fault ばぐは取り除かれた．
• gdb perl ワザでは解明できぬ (文字列まわりの何か， まではわかるんだけど) ファイル出力時の Segmentation Fault が新たに見つかった …… ぢみちに調べていくと， 下のごとき 「ほのぼの」 やりとりが SWIG の暗闇の中でこっそり行われていた， とわかった．

  Perl: MCMC 計算やってね

  C++: うん …… やったよ

  Perl: ぢゃ，Gibbs 林冠の葉っぱデータ出力したいんで， 教えて

  C++: ほい，とりあえず 5000 枚ぶん (どさっ)

  Perl: きー， いっぺんにたくさん渡すな! (キレる)

  …… ということで， 出力データが巨大になる場合は (あきらめて) <fstream> 使って C++ の中からファイルに出力させることにした (SWIG の interface を工夫すれば回避できるような気もするけど， かえって面倒そうなんで)． 一件落着．

[ぎぶす林冠新生]

去年の 8 月ごろ に all Perl 版プログラムで試作された母子里林冠モデル， いまや SWIG による高速化 generator を得たのであった …… 50 万 MCMC step, 直径 10cm 円盤葉 (これはホンモノのダケカンバ葉より何倍もでかい) 1.6 万枚． これで観測された三次元明るさ分布はほぼ再現できてしまってるわけだが ……

• まだまだ改善すべき点はあるけれど， とりあえず現時点で Perl 版と同じ設定ファイルよみこんで， Perl 版と同じ出力をだす SWIG 版ができた． すでにこの段階でも計算すごく速い． Perl 版より 8 倍は高速化されてる．
• 本日の C++ 呪われはここまで． 時刻はすでに 2230．
• しかしアタマは「ばぐとり」暴走状態のまま． ばてぎみなのにちっとも眠くならず． これがこれが呪われだ …… (健康のため夜八時以降のぷろぐらみんぐはひかえましょう)
• [今日の運動]
  • のろわれ運動休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): リンゴ．
  • 昼 (1215): 「きゃら亭」昼定食， スズキのムニエル 680 円． サラダバー・ドリンクバーつき．
  • 晩 (1930): 米麦 0.8 合． ダイコン・ネギ・ナメコ・タチの味噌汁．