ぎょーむ日誌 2003-07-(21-31)

2003 年 07 月 21 日 (月)

• 0630 帰宅． 寝る． 1200 起床． 朝飯． コーヒー． 1400 自宅発． 晴． 1410 研究室着． 時差ボケ解消のために学校にきたんだけど， すでにばてた．
• 仕事ススまず． ソフトウェアのインストールと試験運転など． OpenOffice.org は 1.1RC になって， ますます能力向上している． 日本語関連とか PDF 出力とか Macromedia Flash ファイルの書き出しとか． 私は (おひすファイル無差別配布テロ対策) 解毒機構としてしか使わないけど．
• 疲労．
• 進化学会福岡大会の事務仕事でお忙しい粕谷さんからメイルいただく …… 先週， 九大では 東大の岸野さん による集中講義があったそうだ． キーワードは「ぴりぴり」:

  さて、 先週金曜日まで岸野さんの集中講義がありフルに聞きました。 岸野さんは、 ”ぴりぴり”という擬態語を連発していました。 これは、 ばらつきあるいは推定誤差が小さい状況では、 推定のわずかなバイアスが本来の値から激しく有意な差があると 解釈される結果をもたらす、 という状態を形容したものです。 ゲノムのDNAのデ−タでは標本数が膨大になることはよくあり、 すると、 推定量のちょっとしたsystematic なバイアスで結論としてはとんでもないものになる ことが珍しくないそうです。

  なかなか教訓的である． つまり， データが多けりゃ多かったで「ぴりぴり」 しちゃうわけね．
• ばて撤退． 1950 研究室発． 2000 帰宅． 体重 71.6kg．
• けっきょくおの土日月と仕事がまったくススまなかった …… 無念だ． どうせ仕事しないんなら遊びにいけばよかった．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1230): ヨーグルト．
  • 昼 (1630): 研究室お茶部屋． 「北欧」バゲット． トマト．
  • 晩 (2100): スパゲッティー． キャベツ・トマト・エノキダケのカレー．

2003 年 07 月 22 日 (火)

• 0720 起床． よく寝たので Vine Linux 徹夜時差ぼけ解消． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 曇． 0810 研究室着．
• カエデ下請けぎょーむ …… で一日が終ってしまった．
• あのー， なンかですね， ``mature age'' 計算結果の格納されているファイル名を matage.txt と略されるのは少し抵抗感があるんですが ……
• LaTeX ファイル内で Helvetica フォントを使う方法:
  1. プリアンブルで \usepackage{helvet}
  2. あるところで \fontfamily{phv}\selectfont とするとそれ以降は Helvetica となる
  3. {\fontfamily{phv}\selectfont ...} とすると {...} の内部だけ Helvetica
  なんでここでフォント指定のやりかたわざわざ書くか， と言えばふだんはまったく必要のないワザであるからだ． つまり多くの場合に使わなければならないのは， serif だの sanserif だの その他あれこれ書体の変更であって， フォントのきりかえではない． しかしまぁ今回はなぜかしら そのあたり文句つけられる可能性があるんで， 予備的にやってみている， と言いますか．
• 作業は順調にススむ． 易しい詰将棋をどんどん解いていってるかんぢだ． しかし出題が尽きない．
• 午後からかとー先生にいろいろとご教示していただいて， ghostscript の謎の一端が理解できた． よその OS で作られた PDF ファイルが うまく印刷できないことがままある． これは VineSeed (つまり 3.0α 版) にはいってる ghostscript 7.07 をそのまま使っても同様だ．
• この問題に関して， かとーさんは MacOS X 上で独自の， まさに hacker 的な直観に満ちた研究を行い， 「これがいいのかどうかはわからないけど」 とりあえずうまく出力できる方策を解明した． 基本は， こういう厄介なファイルの場合はいったん VFlib は避け ghostscript に CID フォント を探索させる， というものだ．
• 作業としては: (後記: これではうまくいかないこともある …… 翌日の「ぎょーむ日誌」を参照)
  • ghostscript 7.07 をインストール
  • /usr/share/ghostscript/7.07/lib/CIDFnmap.CJK などが存在することを確認
  • /usr/share/ghostscript/7.07/vflib/kconfig.ps をの内容をコメントアウト
  • これで今までは (画面では見えるけれど) 印刷できなかった PDF ファイルを印刷できる …… まずは gs や gv で問題 PDF ファイルを を画面表示させてエラーが出ないことを確認
  • 印刷出力は
    1. gv から
    2. pdf2ps でいったん postscript ファイルに変換して
• 某宣教師が立山巡礼にでかける …… 北アルプスか． ヒトがうじゃうじゃいそうだな．
• 1920 研究室発． 1940 帰宅． 体重 72.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1250-1315． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.7 合．
  • 昼 (1330): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合．
  • 晩 (2030): 米麦 0.7 合． キャベツ・エリンギ・豆腐のトマトシチュー．

2003 年 07 月 23 日 (水)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 晴． 0840 研究室着．
• 雑用あれこれ． 北大 web site はつくづく腐っていて …… 利用者のことをあまり考えていない． 何か調べるときにえらく苦労させられる． 「サイト検索」とやらも阿呆な方法で google 呼び出してるんで役たたずだ …… 直接 google から調べないと何もわからない． 外国人研究者の宿泊先は …… 二箇所あるのか? そして問い合わせ先がわからない． そこで事務局ペイジにさぐりをいれると …… 総務部国際交流課・国際企画掛というところか? そしてこの連中は， メイルによる問い合わせを受け付けないようだ． どうしてこういう連中はお電話ばかりを偏愛してるわけ? とりあえず雪野さんが何か知っておられるんでは， と問い合わせてみる．
• またカエデ下請けぎょーむのつづきを少々．
• 片づけたので， 次に おーぷん大学 用の A0 poster に取り組む …… アタマの中が LaTeX モードになってるんで．
• 内容のない「わく」だけはとりあえずできたんで， ためしに縮小印刷しようとしたんだけどうまくいかない．
• またかとーさんにいろいろ調べてもらって， このあたりの問題が明らかになった …… 時代の流れは CID フォントの使用にあるわけだが， VineSeed (つまり Vine Linux 3.0α) においては VFlib の利用が依然として重要なのである．
• つまり現時点の Vine Linux においてはなんとしても VFlib を使わねばならない …… で， ここからが昨日の訂正 なんだけど …… まず /usr/share/ghostscript/7.07/vflib/kconfig.ps をもとどーりにする． つぎに /etc/vfontcap で

  	min:\
  		:fc=kochi-mincho-truetype:
  	goth:\
  		:fc=kochi-gothic-truetype:
  

  となってるところを

  	min|alias-mincho:\
  		:fc=kochi-mincho-truetype:
  	goth|alias-gothic:\
  		:fc=kochi-gothic-truetype:
  

  とするだけで， たいていの postscript/pdf ファイルは画面上でも確認できるし， 印刷もできるようになる．
• 北大構内走して昼飯． 日立の道内内定者の集まりに参加した M2 大澤君が疲れて帰ってくる．
• で， 午後いっぱいかかって LaTeX の a0poster スタイルファイル・マクロを駆使して， 講座紹介 (この Web 版はポスター版と同じ内容・レイアウトで， これも 当然ながら自動生成) のポスター版を生成するシステムを構築した (昨年つくったのは一枚ポスターではなく， 「部品」を生成してそれを切り貼りしてポスター作るしくみだった)．

[自動生成されたポスター]

「素材」として画像とテキスト与えると， Perl (全体の作業管理・LaTeX ファイル生成) + ImageMagick (画像変換) + LaTeX (しあげ) で このような A0 サイズポスターを生成する． こういう作業には電気鼠はまったく不要 …… というか， 忍耐心のない私がいわゆる「お絵描きそふと」 なんぞ使ったりすると，
「う? 今びみょーにずれてしまった?」
「この整列コマンドばかだなぁ」
「また作りなおし? もうやってられん」
というのに耐へられんでしょうな．

• 作りなおしも簡単で， たとえば新しい「素材」が提供されて 「パネル差し替え」 の必要ある場合でも:
  1. その画像・テキストを然るべきディレクトリにいれる
  2. 「パネル」の順番を指定する order.txt 書き換える
  3. make (すると新しいポスター作る)
• ということで， 講座の人々に 「たいはんが去年と同じ『パネル』なんで どうにかしてくれ」 という督促メイルを講座 ML に投稿． ついでに psresize -pa3 と命じて A3 縮小版を作って彩色印刷出力， いろいろと赤ペンで注文つけてお茶部屋にはりだす．
• LaTeX な一日だった …… 1940 研究室発． 2000 帰宅． 体重 72.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1305-1330． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.7 合． コンブ納豆．
  • 昼 (1350): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． キャベツ・エリンギ・豆腐のトマトシチュー．
  • 晩 (2030): 米麦 0.7 合． キャベツ・エリンギ・ホタテのトマトシチュー． 今日はホタテが安かった (100g 65 円)．

2003 年 07 月 24 日 (木)

• 0840 起床． うーむ． 0850 自宅発． 曇． 0905 研究室着． 朝飯．
• Matthew Potts なる PD (甲山さんと Pasoh つながり) が 9 月から一年間ほど北大に滞在研究するンだが …… 国際交流会館 という北大内外国人用アパートみたいなところで 暮らすことになっているそうだ． で， Matt からメイルが来て， そこでネットが使えるかどうかというもの． 昨日の調べで国際交流課というところが担当とわかった． その部署はメイルが使えないようなんで， いやいやながらお電話かける． 夕方まで何度か暗中模索なやりとりした結果わかったことは (その外国人宿舎担当のかたが利他的なかんぢだったんで かなり助かったんだが) ……
  • 国際交流会館 電話線は大学が契約しており， 基本料金を支払っている． 滞在者は使用料を支払う．
  • 電話線を介したネット接続は可能 …… ただし ADSL は不可能 (北大南西端というヘンなところにあるせいか?)．
  • ということで B FLET'S なる 変てこな名称の光ファイバー回線導入するしかない (ISDN も可能ではあるが……いまさらねぇ)．
  • 北大としては B FLET'S 導入にともなう さまざまな工事の際には事前連絡せよ， とのこと． それから退出時に光ケイブルひっこぬいていけ， とも (これは本当に解約→ケイブル撤去となるのかどうか， いまいち不明)．
  と， まぁなんとかなるけど多少は面倒そうだ (B FLET'S に関しては，近ごろ自宅を光回線化しちゃった かとーさんにいろいろと教えていただいた)．
• 午前中はこれ関係で NTT とか ISP のサイトをうろうろしてて終わったか? うーむ． あ， 生態学会 釧路大会 用に hosho の (domain name) alias をとるべく北大 情報基盤センター (旧大型計算機センター) に問い合わせのメイルだした． 雑用ばっか．
• 北大構内走． やや曇ぎみなんでなかなかよろしい．
• 1300 から 講座セミナー， 今日は塩寺さんで苫小牧の樹木の樹高と葉面積の関係， というような …… 観測データはすでにいろいろあるけれど解析がまるでススんでいない． というか解析のアイデアがない， と見た． 一般現象として不思議なのは， 院生のみなさん (私などよりよほど) 大量の論文を読んでるようなのに， すでに得られたデータを解析するアイデアがなかなか 何も湧いてこない， というケースが散見されることだ …… 論文の文章ばかり追ってて図表のたぐいは見てない， とか?
• 原因は本当のところよくわからない． 「見通しの悪いゑくせるシートの呪い」 というだけのことでもなさそうな …… どうしたもんかのう．
• 1410 セミナー終了． 昼飯． かとーさんがコーヒを淹れにお茶部屋に来る． 会計検査院の勘定目付を撃退し， Unix フォントシステムのややこしー謎を次々に解明し， と無敵のよーに見えるかとーさんにも弱点はある …… 昨日， かとーさんはへろへろ気味だったので， 体の具合でもとお尋ねすると
  「コーヒ飲んでいなくて …… もはや体がダルくて」
  と早退していった． そう， お茶係某大学院生は一週間ほど前に皆からお茶代をかき集めるや否や， それを抱えて道北方面に逃亡中， お茶部屋はコーヒぎれの状態がつづいている． そこで， 日頃の恩義を忘れぬ私はちゃんとモカ 400g を購入してきて お茶部屋に置いておいた． はっかーに カフェインは不可欠 である．
• 情報基盤センターからの連絡で dns-apply@hokudai.ac.jp にメイルだせば， (hosho のようにすでに名前取得してるような host に関しては) すぐに alias を作ってくれるとわかった． さっそくメイルだす．
• ついでにひさしぶりに HINES 管理ペイジに行ってみると …… なにー， hosho がセキュリティーチェックにひっかかってる? そんな莫迦なと詳細をみるに …… SMTP allows remote command execution via recipient filter でしたか． あのー， hosho では sendmail のような 危ない MTA ではなく qmail を使ってるんですけど (パイプ使った小細工などは受け付けない)．
• hosho の ailias はすぐに発行されて有効になっている． あとは Apache の Virtual Host 設定だが， これはちょいとあとまわしだ．
• NTT のおかげでややこしー状態になってる日本の高速回線事情を 説明と可能なオプションを提示する Matt あて敵国語メイルを書く． いつもにもまして時間がかかる． 苦闘． ただ不幸中の幸いだったのは， 私がたまたま加入している Asahi-net は本邦 internet service provider (ISP)の中にあって数少ない (私が調べた範囲では唯一の) 敵国語説明 とその対応がちゃんと準備されていたんで， そのてきとーな URL 引用して「とりえあず一例なんだけど， この B FLET'S と ISP の関係はこのへん読んでみて」 と逃げることができた．
• ばててると大学院生がそのへんで晩飯食おうと勧誘， ふらふらとついていく． 平林さん・谷さん・特に匿名希望する料理人とともに 1910 研究室発． 医学部前の喫茶店というか定食屋へ． 学部学生むけと思える重い「ランチ」 (昼夜兼用，という方針のようで) 食って 2000 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1210-1235． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): かとーオフィス． セイコーマートで買ったサンドイッチ (250 円)．
  • 昼 (1430): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． キャベツ・エリンギ・ホタテのトマトシチュー．
  • 晩 (1930): 北 13 西 4 の サントノーレ ． オムライスと若鶏白ワイン煮． サラダ・コーヒーつき 800 円． おいしいけど量がかなり多い．

2003 年 07 月 25 日 (金)

• 0710 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯されたシャツなどをまとめてアイロンがけ． アイロンを Yahoo! オークションで無料入手していらい 気づいたことのひとつは 「いままですごくしわくちゃのシャツを着てたんだなぁ」 ということ． アイロンがけの作業そのものは 3 次元的に裁断・縫合された服というものを 2.5 次元ぐらいの空間に射影する演算とみなすことができるので， なかなか興味ぶかい …… が， まだまだ手際が悪くて時間がかかる (そのわりにはきれいに仕上らない)． 0820 自宅発． 晴． 0830 研究室着．
• む． 来月 6 日 1200-1300 に SINET の super router の整備で接続遮断 …… つまり大学内・大学間通信はできるけれど， それより外にはつながらんということのようで．
• どうも寝不足ぎみでふちょーなので， だらだらと Apache (web server software) の VirtualHost 設定 に取り組んでみる．
• 上記リンクの解説みながら /etc/httpd/conf/httpd.conf を書き換えたら， わりと簡単にできた． いまさらながら， Apache はすごい．
• 「場所」つくりましたメイルを出す． その前につながりかたの簡単な 説明 でも作るか． Tgif とかでちくちくと手動で図を作ってみたりして， ですね ……

[トラックポイント鍵盤]

手作業作図は IBM なトラックポイントで …… 私はこっちのほうが電気鼠よりよほど優れてると思う． 鍵盤 (これは IBM Space Saver II keyboard) から手を離さなくてもいいしね．

• というふうに午前が終わってしまったんで， 北大構内走に出るか， と思ったら …… トレイニングウェアを忘れてきた． うかつだ．
• 北大生協に行って昼食を購入する． ついでに北大南門でた交差点横にある印刷屋さんに 「A0 カラー出力やってもらえますか」 と尋ねてみると:
  • A0 一枚 6000 円 (北大印刷は 15000 円 + あれこれ)
  • 納期は長くて一日
  • Postscript ファイルもなんとかなるだろう
  とのこと． これっていずれも北大印刷より条件がかなりよい (北大印刷のほうが丁寧にやってくれそうな印象はあるが)．
• 研究室にもどって昼飯．
• これで現時点においては下請けと雑用 (滞在研究者迎撃・おーぷん大学・釧路大会などなど) のたぐいはどれも一区切りついたはず …… そろそろ パイプ樹木 に着手せねばならんのだが …… うだうだと計算機本など読んでいてなかなか着手できない． 再来週の森林総研出張の航空券などを 北大生協 web で買ってみたり．
• とりあえず自分の C++ ライブラリを新しいコンパイラ gcc-3.2.3 対応にしてみる (今までは gcc-2.95) …… いや， VineSeed を冒険的にインストールしてみた一台を除いて， まだ gcc-2.95 な計算機ばかりなんだけど， どういう挙動になるか興味あるんで． version は kubolib2003a → kubolib2003b と変更．
• と思ったら 露崎さんがぢきぢきにおーぷん大学ポスターのパネルを直してくれた． Web 版と印刷版を更新してみる． たしかにこの 火山植生写真 は面白い．
• 竹中さんと つくば大会 web site をこちらに移動する相談．
• ところで gcc-2.95 → gcc-3.2.3 で変更せんといかんようなのは ……
  • header ファイル内で 関数のインターフェイスと中身を同時に書いてるときに， その両方に default 値を書いてはいけない (これは久保式のヘンな書きかただったんで， あまり他の人の参考にはならない)．
  • strstream がついに obsolete になったんで …… どうすりゃいいの? えーと， <strstream> → <sstream> と変更． それから関数は <iosfwd> の typedef を参照しつつ istrstream → istringstream， ostrstream → ostringstream というふうに変更．
  • <hash_map> → <ext/hash_map> と変更 …… だけではすまされんな． このへん 参考にしながら

    	#if (__GNUC__<3)
    	#include <hash_map>
    		namespace Sgi { using ::hash_map; }; // inherit globals
    	#else
    	#include <ext/hash_map>
    	#if __GNUC_MINOR__ == 0
    		namespace Sgi = std;                // GCC 3.0
    	#else
    		namespace Sgi = ::__gnu_cxx;        // GCC 3.1 and later
    	#endif
    

    とするとうまくいった． Sgi::hash_map<IndexVoxel,Voxel*> というように使えばよい． 単に gcc-3.[12] に対応させるだけなら namespace Sgi = ::__gnu_cxx; というような名前空間を定義するだけ．
  というふうに， どうにかこうにか gcc-2.95 & gcc-3.2.3 両方のコンパイラー通るようになった．
• 三次元局所明るさ計算ライブラリ Fvision 内を整理する． TravelGuide 初期化がややこしくなってたのを単純化． 触覚センサー Feeler の廃止． 面白いアイデアだと思うんだけど今回は使う予定がないんで (将来また復活するかもしれない)．
• Voxels を Fvision から basic に移管できるか， と思ったんだけど， 明るさ計算に癒着してしまってるんで， しばらくこのまま．
• とひさしぶりに呪われ C++ をどうこうしてみたのであった． 2030 研究室発． 2050 帰宅． 体重 71.8kg． 晩飯． C++ ばて， というか呪われ．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.5 合． キャベツ・エリンギ・ホタテのトマトシチュー．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 北大生協ポテトサンド．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． キャベツ・エリンギ・ホタテのトマトシチュー．

2003 年 07 月 26 日 (土)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー．
• ネット古本屋で買った将棋雑本など読んででれでれしてしまう (私は将棋を指さないんだけど …… 理由: そういうのに没頭するとヤメられないから)． ただしアタマの中にあったのは， 将棋盤ではなくぱいぷ樹木地下部モデルの格子空間だったりする．
• 基本的な考えがまとまったんで 1310 自宅発． 晴． 暑い． 1330 研究室着． 昼飯．
• いんちき地下部のモデリング， 今回はいきなりコードを書くのではなく (作法としてはこちらのほうが好きなんだけど)， とりあえずメモにしてみる …… と， 意外とご利益あるもんで， 思ったより簡単に空間構造ある地下部における水とりあい競争と 資源配分をモデル化できると整理された． まだ書きかけながら， ぱいぷ樹木 ペイジにアップロード．
• 北大内外国人宿舎で光ケイブル使った ネット接続をやるハナシに関して， Matt に出すメイルの敵国語作文 …… 私もつかってる ISP Asahi-net は おそらく本邦唯一の敵国語ペイジを 準備 してくれているんで， なかなかいいンだけど …… ちょい変則的な入会手続きが可能なのかどうか よくわからないんで， まずはそちらに問い合わせメイルをだす．
• げ， もうこんな時間になってしまったのか． 2210 研究室発． 2220 帰宅． 体重 71.6kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 蕎麦． なぜか朝から．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 「北欧」バゲット．
  • 晩 (2330): 米麦 0.7 合． ハクサイ・シシトウのカレー．

2003 年 07 月 27 日 (日)

• 0930 起床． 朝飯． コーヒー．
• うーむ， なにも進捗しない．
• いい具合に曇天なので， 1220 自宅発北大構内走． 1320 帰宅． 体重 71.4kg． 昼飯．
• 自宅横の北 12 条生協に買物にいく． 情報:
  • 8/1 から 2400 まで営業 (たいへんそう)．
  • 自分で買物袋もっていったら 「ノーレジ袋運動」(?) スタンプカードなるものくれた． 「ノーレジ袋」 30 回で 100 円ナリ．
• 1530 自宅発． 曇． 1540 研究室着．
• ぱいぷ樹木 の格子状いんちき地下部 FakeRoot のメモ書きのつづき．
• 大澤君が 講座紹介 用にシウリザクラとそれにたかる虫， という写真を Gimp (Photoshop もどき) ではりあわせて準備してくれたんで， 新しいのに交換する． そういや書くの忘れてたけど， 昨晩はこのペイジの大雪山の写真も交換したんだっけ (これは平尾君が準備した写真を， 私が Gimp したもの …… 嗚呼， 電気鼠作業)．
• 明日のセミナーに備えての精神統一に没頭するあまり トランス状態になった D2 赤坂君が 裸足にてそのへんをぺたぺたと徘徊している．
• 帰りぎわに大澤君と情報処理試験雑談． なんでも基礎情報処理技術者試験とかを通ってないと いかんそうで． [アセンブラ | COBOL | C | Java] というなかなか楽しくない選択問題があるそうなんで， C にしたらと言ってみる． それはともかく， その 試験のペイジ っていったい何なの? 腐れわーどの吐きだしためちゃくちゃな HTML をそのまんま …… 「情報処理技術者試験センター」 とやらがこんな「落第点」 HTML さらしてて恥ずかしくないわけ? …… なンかすごいよ． 本邦の情報行政の未来も暗澹たるものですな． 2210 研究室発． 2220 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1220-1320． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 米麦 0.7 合． ハクサイ・シシトウのカレー．
  • 昼 (1350): 蕎麦．
  • 晩 (2250): 米麦 0.7 合． トマト・ハクサイ・シシトウのカレー．

2003 年 07 月 28 日 (月)

• 0930 起床． うーむ， 昨晩なかなか寝られなかったんだけど， その反動で寝坊してしまった． 0940 自宅発． 曇． 0950 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 新しいライブラリを作る前に， 先週すこし手をいれた開空度ライブラリにあわせて PipeTree (version 2003b とする) を直してみる …… むう， pointer をヤメて referernce に置き換えようとした試みが いくつか失敗してるな． これは C++ の referernce ってのは 初期化はできるけど代入はできない という呪われ属性のため．
• 1100 ごろつじつまがあう． ということで， にせ地下部に着手．
• 科研費買いしちゃった液晶モニター Eizo FlexScan L365 が到着する． ああ， これで Yahoo! オークション落札モノの モニターから解放された …… これって一日に何度もちらつき補正する必要あったんだよね．

• 新ディスプレイも default 設定ではびみょーにちらつくんで， Perl/Tk なちらつき発見スクリプト (と言っても細かい市松模様を画面上にだすだけ) をみながら clock phase をずらせていく …… おお， 完ペキになった．
• 1300 より 講座セミナー， 今日は D2 の赤坂君で 渡島駒ヶ岳のカラマツの成長と外生菌根菌の関係を調べます， というもの． データ解析をちゃんとやれば， おそらく菌根形成率とやらの統計モデル化は可能という気がする． 問題はその次で， 菌根菌がたくさんついてる → 樹木の成長がよい， なのか， 樹木の成長がよい → 菌根菌がたくさんついてる， なのかよくわからん， というところ．
• つづいて塩寺さんが前回の補足 …… ふーむ， 直線回帰とかで得られた複数のパラメーター推定値 (estimate) をそれぞれタテ横軸にグラフにして， 何かを読み取ろうとする試みはすごく危険だ． なぜかというと， 同一母集団から得られた標本集団たちの 「切片」「傾き」推定値のあいだには 必ず「負の相関」生じる (と簡単に証明できる) からだ …… で， こういう「アーティファクト相関」を 群集生態学の怪しげななんちゃらとかと連関させたりすると， もうわけがわからなくなる．
• 1500 セミナー終了． 昼飯．
• なぜか LiCor LI-6400 なる光合成速度測定機械の「データ読み出せません」 問題 …… 上記リンクから file exchanger の新しいヴァージョンダウンロードして動かしてみたら， あっさりと解決した． これぐらい使うヒトたちでナンとかしてくれー
• なぜかお茶部屋で小菅せんせー査察． 私だけでは手に追えないのでかとーさんにも手伝っていただく． 今回の収穫は …… 戸田さん・工藤さん・日浦さんあたりを中心に進めていたらしい 「送粉系ネットワーク」 科研費報告書 (2003 年 4 月)． これには， まず稲荷さん (低温研) の苫小牧マルハナバチ時空変動のまとめが掲載されてる． さらに下島・小菅・長谷川その他 歴代の林床草本開花院生たちの成果の工藤まとめと 同報告書になぜか含まれている小菅修論の異同をながめると， 部外者にもこのヒトたちの意図が少しはわかってくるわけで …… さて．
• 疑問点．
  • 稲荷研究では送粉者は (花にとって利用可能な) 資源と捉えられてる． しかし工藤-小菅研究では なぜか必ずしもそうではなさそう．
  • 開花時期と同化物獲得可能期間の関連がわからん．
  • 苫小牧林床草本の 季節的すみわけ (とでも言うような) パターンの成立過程をどういうものだと 考えてるのかわからん (形質置換が発生しうる時間は短い? cf. 苫小牧撹乱履歴 )．
• けっきょくぱいぷ樹木地下部はススまなかった． えーい． 2030 研究室発． 2040 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1010): 「北欧」クロワッサン．
  • 昼 (1520): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． トマト・ハクサイ・シシトウのカレー．
  • 晩 (2300): 米麦 0.7 合． トマト・ハクサイ・シシトウのカレー．

2003 年 07 月 29 日 (火)

• 0800 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 0900 研究室着．
• 統計学本だとかコンパイラーの挙動だとか苫小牧撹乱履歴とか 調べてたら時刻はすでに 1100． すさまじくまぬけだ．
• ぱいぷ樹木 地下部づくり． まずは空間から．
• 正午すぎにいい具合に曇ってきたんで北大構内走． 昼飯．
• 格子地面空間 GridEarth がひとまずできたんで試験運転． 単なる二次元配列なんでとくに問題ナシ． 時刻は 1515．
• にせ地下部 FakeRoot 書いてるうちに， こりゃー汎用ライブラリではなく ぱいぷ樹木専用だな， といまさらながらに気づいたので pipetree2003b/src/ 下に移す． 三次元局所明るさ計算ライブラリ Fvision だと小川シミュレイター と共用できるわけだが．
• 生協に航空券とりにいく． 来週の森林総研出張用．
• にせ根系 FakeRoot できる． GridEarth の大改造をともなう． FakeRoot 単体の試験はしんどいな …… いろいろと機能追加してしまった GridEarth に関して試験項目を追加するか．
• M2 大澤君とシウリザクラ雑談． データ解析に着手できるのは来月後半から， か．
• 1950 研究室発． 2005 帰宅． 体重 71.4kg． 晩飯．
• 呪われ C++ からしばらく離れていて また使い始めた当初はアタマやられるよーで， なかなか眠れなくなる． 気のせいか?
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1235-1305． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． トマト・ハクサイ・シシトウのカレー．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 「北欧」バゲット．
  • 晩 (2100): 米麦 0.7 合． トマト・ハクサイ・シシトウのカレー．

2003 年 07 月 30 日 (水)

• 0840 起床． C++ 呪われ寝不足でねむい． 0850 自宅発． 雨． 0900 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• また おーぷん大学 用ポスターの改定． VineSeed 内 gimp-1.3 (Photoshop もどき) はまだ不安定なので部分的に gimp-1.2 を使う …… というかですね， 院生のみなさんでぢかめでの写真撮影には熱心なんだけど， (意外にもというか) 画像処理とか苦手なヒトが多いもんで， 私なんぞが電気鼠作業を朝からやってる次第 (ImageMagick だけでは変換・切断・縮小拡大はできても レイアウトとか文字いれができん) …… ちなみにその 講座紹介パネル のうち自力で画像処理してくれたのは (今回あたらしくなった中では) シウリザクラ・有珠・硫黄山 (駒ヶ岳は部分的に)．
• 終了すると 1110． いやはや．
• hosho の logrotate の設定変更とかやってたら， それで午前終了． ますますいやはや．
• 北大構内走に出ようとしたら， また要解毒ファイルが …… 今回はおひす系ではなく MacBinary というやつ． えーい． ネット上から macutil なるユーティリティをダウンロードしてきてインストール． macunpac -d ファイル名 で Mac なファイル (= リソースフォーク + データ) からデータだけが分離される， と．
• で， またその処理に没頭してしまう， と． すでに時刻は 1330 だし天気もよくないんで昼飯．
• どうも新しい LCD にしていらい X が不安定だ (refresh rate が高いから?) …… と思ってたんだけど， どうもカーネル内 driver (i810 統合チップ用) に起因してるらしい， という憶測ができた． そこでついでに Linux カーネルを新しくしてみる (2.4.18 → 2.4.21)． 貧弱な HDD 使ってるんで， まずはいらない rpm package をどさどさと削除して 空き場所をつくる． カーネル設定をあれこれ検討して (なるほど i810 driver は module 化できんやつだったな) コンパイル …… とりあえず問題なさそう． しばらく様子をみるか．
• 午後もおーぷん大学なあれこれ …… にいいかげん一区切りつける．
• かとー先生に某森林データベイスにアクセスしてもらって， そのご講評を拝聴する． このあたりの現状から， plotnet とやらの怪しげなハナシ (私はほとんど無関係なんだけど， かとーさんはそれなりに巻き込まれている) で面倒を回避する方法などなどを検討．
• 苫小牧における脱ゑくせる & R 普及に尽力しておられる村上さんから質問メイル & 出張コンサルタント打診メイルいただく． とりあえずメイルによるコンサルタント稼業でなんとかならんかしらん， と返信してみる．
• なぜかしら仕事はススまずに一日終了． 不調の原因の一つは貧しい朝飯・昼飯． 午後の後半から血糖値がひどくさがってしまってですね …… 1830 研究室発． 1855 帰宅． 体重 71.2kg． 晩飯． やっとまともなメシ ……
• 統計学 ML ``stats'' に間瀬さんからの投稿 (前回は RjpWiki に関するものだった) …… ふーむ， 日本語化 R を組み込んだ KNOPPIX-jp 公開のお知らせ ですか (RjpWiki 内の 関連ペイジはこちら)． なかなか面白そうではある …… 例えば， 上述の苫小牧出張 R 講義とかには KNOPPIX Linux with R CD-ROM を人数ぶん用意する， とかですね．
• しかし他に使いみち思いつかん． KNOPPIX のできが良いからといって Linux で R を使いましょう というヒトが増えるわけでもないだろうしなぁ …… という諦観から今回は biometry-ml への転送はヤメ．
• ふと思いついたんだけど， Linux はまぁこれ以上は生態学者には普及しないと諦めるとして， R もまたあまり浸透しないとすればその原因のひとつは 「データ解析 = 二次元の表 + 電気鼠」 じゃなきゃイヤだイヤだという「バカの壁」 (←未読のくせに引用) ならぬ 「ゑくせる依存の壁」 だったりするのかなぁ． そう， これはですね …… どんな現象も二次元てーぶるの世界の中で 何もかも完結するに決まってるんだから (ええ，そうに決まってます，決まらないはずはないっ)， そこに「引きこもり」してしまえばいいや …… というような決意というか思考停止というか 何か大切な信仰みたいなものなんでしょうなあ
• ハナシは横道にそれるんだけど …… じつは「二次元の表 (の集合) で何もかも表現できる」 という命題それ自身は， 数学的には証明されたものだったりする (Codd, 1972 ← またしても悪しき未読引用)． これこそはリレイショナルデータベイス管理機構 (RDBMS) の理論的基盤である 関係代数と関係計算の等価性 …… とまぁまた聞きかじりのはんぱ雑学の開陳ではあるけれど， ともあれ， 「何でもゑくせる」 とはまったく何の関係もないハナシ．
• …… 冷静に考えると R の (全国的な) 普及なんかはどうでもよくて， 私が関係するところだけで使われていれば， それでこちらとしては不都合ないのだ． で， 周りの人々と R の勉強などをしていけば， 生態学な連中が 「より一般的なデータ構造」をどう受け入れていくのか， という現象なんかもいろいろと観察したり考察できたりするんだろう (そういえば Perl 使いの大学院生たちは人それぞれに 「データ構造という概念の拡張」 にみごとに成功している …… 若さの効用か?)． ちょい問題を感ずるのは， R のデータ構造は (一見すると簡単なようでいて) ややわかりにくいもの， と思えるところだ． 本日の村上さん質問もそのあたりに関連するものだったんだよね．
• つまり私もまだアタマの中が整理できてないわけで， まだまだ R の基礎勉強が必要．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 研究室お茶部屋． 「北欧」バゲット 1/4 本．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 「北欧」バゲット 1/4 本．
  • 晩 (2010): 米麦 0.7 合． ピーマン・トマト・エノキダケ・豆腐の炒めもの．

2003 年 07 月 31 日 (木)

• 0800 起床． 眠い． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 曇． 0900 研究室着．
• とりあえず おーぷん大学 用のポスター「印刷屋提出版」を生成してみる (同時生成される Web 版 講座紹介パネル)． LaTeX → DVI → Postscript． さーて， PDF ファイルで入稿するわけだが …… 印刷屋はゐんどーづ使ってたようなんで， 不本意ながらそれようの Adobe Acrobat 使うか． Linux に ps2pdf あるけどこれはフォントを埋めこんでしまうからなぁ (dvipdfm は良い PDF ファイルだすけど a0poster には対応できてない)．
• 某宣教師殿が立山からもどる． 高山病でアタマをやられてるようだ． しかしゐんどーづで苦闘してると， ファイル分割するツール使えば という助言をいただいたんで， それにしたがい 1800KB の PDF ファイルを 1200 + 600 に分割， Floppy Disk に収納 (いやはや 1.8MB のファイルのために 640MB CD-R 使うのがめんどーだったんで)．
• それを北大南門でた交差点の印刷屋にもっていく． 結合 → PDF ファイルとりだしのやりかたを説明． A3 縮小版をわたして撤退． かとーオフィスにもどる． 時刻は 1040．
• 午前中は順調ににせ地下部を構築していって終了． 北大構内走． 昼飯．
• ここ数日不調だった私のデスクトップ機 BookPC (PentiumIII 733MHz) が「明滅を繰りかえしていた電球がついに切れてしまった」 というかんぢで起動不能になってしまった． どうも統合チップだけでなく motherboard 全体が おかしくなってるような．
• 私はふだんから 「計算機なんていつ壊れても不思議ではない」 というココロがけでもって rsync をひんぱんに行っているから， データ面での損害はない． たとえば今日の午前中の作業はすでに ThinkPad その他と 「同期」がとれている …… ということでそちら方面は問題ナシ． この Yahoo! オークションもののハードウェアも寿命がきたか， と憶測されるわけだが， ともあれ宣教師殿に診断していただく．

[BookPC 診断中]

左側のは宣教師殿が所有している 「診断用基板」 …… そんなもんまで持ってるところが ばてれん黒魔術医師だよねえ．

• ばてれん黒魔術をもってしても， motherboard がおかしいのか CPU に問題があるのか特定できん． ダンボール箱内待機状態にある NEC Mate MT65 の CPU (PentiumIII 650MHz) を代入したりしたんだけど ……

[NEC MATE MT65]

…… の匡体のはずしかた． これがなかなか難しく， しかもすぐにど忘れするんで， とりあえず概要だけ写真で記録しておく． で， ここから CPU を外したりつけたりしたんだけど， やっぱりよくわからん．

• 1500 ごろに印刷屋から「ポスターできました」 との電話． 早い (北大生協に出すと「中一日」かかってしまうのに)． しかしこの日はばたばたしていて， けっきょく受けとりにいくのを忘れてた．
• さらに悪いことは重なるもんで …… CPU ぬきとりのために解体されてしまった お茶部屋 Linux 機まで boot 不能になってしまった …… これは挙動から憶測するに HDD のマスターブートレコードに何か問題? → LILO 壊れ， というかんぢ． 簡単な故障のはずなんだが boot: linux rescue できる起動セットを構築できずに今日は撤退．
• デスクトップ機が必要なんで， かとーオフィスの片すみにころがってる (ただし稼働してて闇ネットに接続されている) AMD Athlon 1.1GHz 機 Lex (もと田口マシン) を使うことにする．
• これはときどきは PipeTree 計算なんぞに使っていたんで， コンパイラとかそのへんは update されてるんだが …… ディスプレイに接続して使う， という状況からは遠ざかっていたんで そのあたりは更新しないといけない． 具体的には X まわりだ． ところがこれを組み立てるときにケチケチして S3 Trio64V2 などという今は亡きメイカー製のちょー安物 video チップなんぞ使ってるもんだから …… XFree86-4 が使えず XFree86-3 に属する XF86_S3 などというデキの悪いドライヴァーを使わねばならんことに． 近日中にもっとよい video card を買ってくることにしますかね．
• データに関しては ThinkPad → Lex と rsync すれば作業環境もふくめてすぐに構築終了． これは良し． BookPC の代わりに Lex を使うバックアップネットワーク体制を確立する．
• なんと信州大の井上健さんが サハリンで調査中に事故で亡くなる． たいへん残念なことだ． 皆さんも調査中は気をつけてください．
• 2150 研究室発． 2205 帰宅． 体重 71.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1300-1330． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.5 合． ピーマン・トマト・エノキダケ・豆腐の炒めもの．
  • 昼 (1350): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ピーマン・トマト・エノキダケ・豆腐の炒めもの．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． ピーマン・トマト・エノキダケ・豆腐の炒めもの．