ぎょーむ日誌 2003-08-(01-10)

2003 年 08 月 01 日 (金)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 今日も曇． 0840 研究室着．
• この 滑空翼 いいなあ． 8km 落下して 35km ススんでるんだから， けっこう「飛んでる」じゃない (「飛んだ」ヒト Felix Baumgartner 氏)．
• うだうだと新デスクトップ機 (といっても 2 年前に作られたものなんだけど) Lex の細かいとこごちゃごちゃ．
• おーぷん大学 用の A0 サイズポスター受け取りにいく．
  • (有)吉田コピー商会． 060-0807 札幌市北区北7西6 NDビル (北大南門でてすぐの交叉点)． 電話 011-727-3838． ファクシミリ 011-727-3883．
  • A0 ポスターカラー出力一枚 6000 円 + 消費税．
  • PDF で入稿したら半日ほどで完了．
  • 仕上がりは …… だいたいにおいて問題ないけど 写真部分が少し暗くなった (こちらで調整すべきか， それとも先方に注文しておくべきか)．
  ま， 現時点では北大印刷に出すより だんちがいに安い・早いということで． 次に機会があれば他の印刷屋と比較すべきだな．
• 研究室にもどる． 登校してきたかとーさんに昨日の 計算機連続ぶち壊れ事件を報告すると， お茶部屋計算機 soryu にはネットワーク経由利用辞書がいろいろ入ってるんで 復旧させなくては， とのこと． というわけで， 朝からネジ回し仕事．
• まず soryu の CD-ROM Drive が壊れてるんで， 昨日こわれた私のもとデスクトップ機 BookPC を解体して 部品を取りだして soryu に移植．
• さて次の一手だが …… 昨日の観察から HDD の MBR が壊れてると推測されたんで (boot が LI で止まるから) …… CD-ROM 一枚起動 Linux たる Knoppix-jp (FAQ) で起動する． おお， Knoppix-jp の KDE 画面かっこいい．
• ここまでくればかとー先生にとってはお手軽 hacking で:
  • / の入ってる /dev/hda5 をまず /mnt/hda5/ に mount
  • 次にその下 である /mnt/hda5/boot に /dev/hda1 (じっさいに /boot として使っていて vmlinuz などが入ってる) を mount
  • sudo /sbin/lilo -b /dev/hda -r /mnt/hda5 -C /mnt/hda5/etc/lilo.conf
  これでめでたく修復した． Knoppix-jp は計算機修理にも有効である．
• 地環研玄関のポスター会場にポスター貼りにいく． これでおーぷん大学ぎょーむはほぼ終了．

[A0 ポスター]

内容はこちらの 講座紹介 ペイジと同期がとれている． LaTeX の a0poster クラスを使って作成．

• などとやってると午前おわってしまう． 北大構内走． いいぐあいの曇天．
• 北大生協に video card 買いにいったんだが …… 一枚も売ってない． やはり最初から北大正門前の部品屋 PC 工房に行くべきだったか． しかし運転免許証以外の身分証明書もたぬ私は 「にせ北大関係者だろう」 と疑われているんだよね (すると公費買いが面倒になる)．
• XF86_S3 の不備はまだ手動作業でなんとかなる程度なんで， video card 入手はしばらく延期．
• にせ地下部 FakeRoot づくりの続き …… にせ地下の闇を支配し (ここに計算機能の多くが集約してしまうから)， さらに PipeTree との連絡窓口となる FakeEarth を作っていく． 偽りの大地．
• そーか， BookPC が壊れたということは， その中にあった CVS リポジトリも無くなったわけだな …… ということで， 新しく Lex の中に再構築:
  • cvs init
  • cvs import -m "..." リポジトリ名   作ったヒト   start
  ヴァージョンは 1.1 にもどってしまうけどね (これは特に問題ではない)．
• XF86_S3 がおかしくなる原因のひとつを実験的に特定． Gecko レンダリングエンジン?? Gecko 動かしたとたんにおかしくなるわけでなく， 何か「きっかけ」 があるような気がするんだけど， それが何なのかわからない．
• かとーさんが調査してくださったところによると， XFree86-4.3.99.8 先月 10 日リリースちょー最新版では Trio64V2 サポートするようになったみたいだ …… うーむ，4.3.99.... か． また VineSeed いれてさらに X 関連をコンパイルするのはイヤだなあ． と怠業することに．
• FakeEarth のインターフェイスだけ作って本日の作業おわり． 2000 研究室発． 今日から 2400 まで営業することになった 北 12 生協で買物． 2020 帰宅． 体重 71.8kg．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1250-1320． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.7 合． 納豆．
  • 昼 (1340): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． コンブ．
  • 晩 (2130): 米麦 0.7 合． ゴーヤ・タマネギ・ピーマン・トマトの炒めもの． 現在の北 12 生協におけるゴーヤ価格 一本 125 円．

2003 年 08 月 02 日 (土)

• 1100 起床． 昨晩は眠れなかったり， 明けがた目がさめてしまったり， また寝てしまったり …… 朝飯． コーヒー．
• うー
• 1420 自宅発． 雨． 1435 クラーク会館地下 理髪店 着． 30 分ほど待たされる． 散髪． アタマ刈られてるうちに PipeTree 二次元空間にせ地下部の構造の実装を もうちょいマシにすべきでは， という考えがうかんだので検討する． うん． マシにすべきだ．
• 散髪代税込み 2625 円． 1610 理髪店発． いったん学外に出てセイコーマートで昼飯を調達したり， 北大正門前 PC 工房で video card ながめたり …… 意外と digital video interface (dvi) 対応製品が少ない． 1630 研究室着．
• おそい昼飯． Lex のカーネルを新しいものに作り直す． Linux-2.4.21． Lex のネットワークカードは RealTek RTL-8029 (NE-2000 互換) なんでこれに対応するドライヴァーは ne2k-pci． ただしこれはなぜかしらカーネルモジュールにならづ， したがって組み込みでコンパイルしないといけない．
• にせ地下部構築のつづき．
• おお， STL の accumulate 使うときは #include <algorithm> じゃなくて #include <numeric> か．
• STL 呪われでかなり時間を食ってしまった． <algorithm> な関数にメンバー関数わたすときは mem_fun() なる変換関数をつけねばならんのだけど， これをつけてもコンパイラー g++ の型チェックを 突破できん …… 試行錯誤したけどうまくいかんので generic ではない方法でかたづけることに． 無念 (後記: 翌日ぎょーむ日誌参照 …… 上の問題の正解は #include <functional> して bind1st 使えばよさそうだ)．
• 2430 研究室発． 2440 帰宅． 体重 71.6kg． ばて． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどうしてない
• [今日の食卓]
  • 朝 (1120): パンケイキ．
  • 昼 (1650): セイコーマートのサンドイッチ．
  • 晩 (2500): ゴーヤ・タマネギ・ピーマン・トマトの焼きそば．

2003 年 08 月 03 日 (日)

• 0950 起床． 朝飯． コーヒー． 今日も雨か．
• 昨晩なやまされていた STL mem_fun 問題なんだけど， ここ から始まるスレッド見てたら <functional> の bind1st などを使えば良さそうだとわかった．
• さっそく実験用コード test_functional.cc (あるいは HTML 彩色してない テキストファイル版) を書いてみる． まだちゃんとは理解してないけど， とりあえずどうすればいいかはわかった．
• ちゃんと理解してないことの代償として， この generic な処理にどれぐらいコストがかかってるのか見積もれん． とくに transform で「関数の値渡し」の対象となってる

  	const Type	Func(const Type x) { return x * x; } // これで transform
  

  …… 処理の中身はなんでもいいンだけど， 引数も値渡ししかできんところが (なんとなく) イヤだ． ここは本当に引数の値渡しやってるんだろうか? そもそも「関数の値渡し」とは …… ここ から始まるスレッドでも議論されてるな． なんとかして参照渡しする工夫をする， もしくはコンパイラーによる最適化を祈るしかないのかな? あるいは Boost 使え， とか．
• 買い物． 昼飯． 1500 自宅発． まだ雨． 1510 研究室着．
• お， なぜか Lex が落ちてる …… 再起動して調べてみるに， cron と連動するファイルシステムがらみ， という気がする …… 昨日カーネルをてきとーに作り直してしまったからなあ． Quota か HFS か? しばらく様子みるか．
• Effective STL など STL 本をながめていると， mem_fun だの bind1st だのの事情が少しわかってきたような気がする． C++ には 3 とーりもの関数よびだし方法がありやがるんだけど， STL <algorithm> の関数たちはそのうち最も簡単な構文 (元祖 C ふう) にしか対応してない． そのままではね． で， のこり 2 つのために ptr_fun だの mem_fun だのあるわけだな． すると

  	bind1st(mem_fun(&Aclass::Func), this) // !!! STL の呪い !!!
  

  かかるいでぃおむは STL の呪いというより C++ の原罪なのか? いつものことながら． ははは． C++ 標準化委員会もさすがに 「このへん，やばっちいかも」 と危惧してるそうだから， かの悪魔の教典 すとらうすとらっぷ本 4th ed. が出るころには何か変わってるのかなぁ．
• で， その禁忌の言霊を用いて にせものな地下暗黒世界 (案内どきゅめんとつき) を構築する作業のつづき．
• 1735 よーやく， にせ地下方面への受け付け窓口 → にせ地下器官の成長 & 場所とり競争 → にせ地下空間での水あらそい， が書けた．
• あとは operator << とか定義して， 試験運転コード書いて …… ということになるわけだが， その前に北大構内走に出ることにする． 雨もあがったようなんで． おっとその前にバックアップ． tgz_save.sh && rsync.sh．
• どんより曇天下のんびり北大構内走．
• で， 走り終えるとばててですね ……
• 2100 研究室発． おーぷん大学ポスター会場にトラップされる． なかなか興味深いポスターあれこれ． 2200 帰宅． 体重 71.0kg． 晩飯．

[おーぷん大学ポスター会場]

地環研 各講座の研究紹介． 内容は「理学系」全般で， 物理 (大気大循環モデルのたぐい)・化学 (触媒とか光合成とか)・ 生物 (生態学だの分子生物学だの医学だの)・地学 (穴掘り) …… 共通点としては， あまりちきゅー環境に関係なくても， むりやりちきゅー環境を標榜してるところ．

• [今日の運動]
  • 北大構内走 1805-1910． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1020): パンケイキ．
  • 昼 (1420): パンケイキ． トマト．
  • 晩 (2240): マカロニ． ピーマン・トマト・チンゲンサイ・マイタケの炒めもの．

2003 年 08 月 04 日 (月)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー．
• 0855 自宅発． 曇． しかし暑い． 0905 研究室着．
• にせ地下部品
  • FakeRoot: にせ地下器官 (ほとんど計算機能ナシ)
  • GridMap: にせ地下器官格納構造
  • GridVector: 二次元マス目
  の試験運転だけで午前中おわってしまった． 夏休みボケなのか， じつにまぬけな見落しが多数だったんで， がりがりと書き直す． 残るは， というより， ようやくにしてこいつらの元ジメにして にせ地下世界の絶望の闇を支配している FakeEarth の試験に着手できるわけだけど， これはまたあとで．
• 北大構内走． 曇天だけど暑い． 昼飯．
• かとーさんが昼飯調達しようと外出する機会をつかまえて PC 工房 に連行してしまう． 北大公式身分証明書が必要なんで． 無事に Aopen のヴィデオカード (nVidiea GeForce4 MX440) 5980 円とデジタルモニターケイブル 3m 2800 円を購入． 今回もまにあっくなる店員にーちゃんの助言に助けられました．
• 研究室にもどると宣教師殿から 「AGP 8X のヴィデオカード? そんなの Lex で使えるんですか」 と威嚇される． でいろいろ調べてみると， AGP 8X (8 倍速) のカードというのは， ふつーは 2X/4X でも使えるそうだ． つまり Lex のやや古めの motherboard でも問題なさそう．
• ヴィデオカードとりかえる． とりあえず非グラフィックス画面に関しては digitai video interface (dvi) 介したデジタル接続で何の問題ナシ (Linux kernel 2.4.21)．
• さて問題は X などグラフィックス画面だが …… またしてもかとー先生からいろいろと教えていただいて どうにかこうにかなった．
  • カードではなくチップの製造元 nVidia のサイトから Linux 用ドライヴァーインストールスクリプトを ダウンロード (回線が凄まじく混んでて 8MB に 30 分以上を要した)
  • そのスクリプトを実行すると 「pre-compiled driver インストールするか?」 と聞いてくるけど NO 選ぶ (理由は nVidia.com は 非常識に混んでいるから …… ところで阿呆なカンちがいしてたんだけど pre-compiled は「コンパイルする前」 ではなくて「コンパイルずみ」)
  • するとカーネル用 & XFree86-4 用の ドライヴァーの全自動コンパイルが始まる
  • modprobe nvidia   (カーネルモジュールの組み込み)
  • /etc/X11/XF86Config-4 を手動で書き換える …… これは README.txt をよく読むこと (今回は下のような指示に従った)

  	... then all you need to do is find
  	the relevant Device section and replace the line:
  
  		Driver "nv" (or Driver "vesa")
  	with 
  		Driver "nvidia"  
  
  	In the Module section, make sure you have:
  
  		Load   "glx"
  
  	You should also remove the following lines:
  
  		Load  "dri"
  		Load  "GLcore"
  

  というような手順で無事に startx できたのでした． nVidia が Linux 用ドライヴァーを準備しているだけでなく， どんどん新しくしていってくれてるのは たいへん有難いことだ． しかしながら 上の作業は Linux 初心者にはほぼ不可能だろう．
• Lex (Athlon 1.1GHz) /usr/X11/bin/glxgears で描画速度を測定すると 1200 FPS 超というような値を出す． そのときは「ふーむ? これって速いのかしらん」 というかんぢだったけど， あとで ThinkPad 240Z (Celeron 500MHz) でやってみると 50 FPS だったので違いに驚く．
• 雪野さんに北大身分証明書の件を調べていただく …… タテ 2.6cm ヨコ 2.9cm (うん? タテヨコ逆か?) の写真を提出すれば， 身分証明書作ってくれるそうだ． 使いみちとしては「PC 工房での公費買い」 ぐらいしかないんだけどね (しかしこれはたいへん重要な「公務」だ …… なんとならば この web server が壊れたときなんかに 緊急修理の部品調達したりするから)．
• 蛇足ながらこういった情報は口伝らしく文書化されてないようだ …… 北大事務系ではかかる一子相伝の undocumented ネタばかりで動いてるので， 事務処理のシステム化・オンライン化は困難であり， お電話ばかりがかかる次第である．
• しばらく前の「ぎょーむ日誌」 に「今は亡き S3」 と書いたら宣教師殿から「ホントか」 とクレイムがついた． しょうがないんでウラをとってみると …… S3 は Diamond を買収して進出した ビデオカード事業から撤退 (2000/08) したあげくに， 元麻布氏の記事 (2002/03) によると， マルチメディア機器ベンダとして SONICblueと社名を変更して営業 / グラフィックス・チップ部門は VIA Technologiesとの合弁会社「S3 Graphics」に移管， さらにその SONICblue は破産 (2003/03) ということで一件落着． いいねー， どっぐいやーな企業．
• おーぷん大学のポスター回収．
• 明日はつくばまで遠征しなければならないというのに， 財布の中には 2000 円しかない． これではいくら何でも無茶だろうとて， 1850 研究室発， ATM で現金取得． で， 街なかに出るとまた本屋にトラップされてしまう． 2010 帰宅． 体重 71.4kg． 晩飯．
• いきなり寝てしまう．
• 夜中に目をさましてごそごそと． 某 Matt に対して NTT の契約がどーのこーのというような すっげーめんどくさい敵国語メイル書きに一時間以上を費す．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 1. The lady tasting tea
    • The cooperative nature of science
    • The design of experiments
  • To use a word Fisher developed later in his theory of experimental design, the year-to-year differences in weather and the year-to-year differences in artificial manures were ``confounded''. This means that there was no way to pull them apart using data form these experiments. Ninety years of experimentation and over twenty years of scientific dispute had been an almost useless waste of effort!
  • However, the mathematics involved in Fisher's methods were very complicated, and most scientists were unable to generate their own designs unless they followed the pattern of one of the designs Fisher derived in his book.
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1230-1300． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米麦 0.7 合． ピーマン・トマト・チンゲンサイ・マイタケの炒めもの．
  • 昼 (1320): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ピーマン・トマト・チンゲンサイ・マイタケの炒めもの．
  • 晩 (2130): ピーマン・トマト・チンゲンサイ・ジャガイモのシチュー． マカロニ．

2003 年 08 月 05 日 (火)

• 0600 起床． 朝飯． コーヒー． 0635 自宅発． 曇． 0645 JR 札幌駅着． 1040 円． 快速エアポートに乗って 0649 同発． 0726 新千歳空港着．
• AIRDO なんで ANA チェックイン機を利用． 時刻はまだよゆーある． 群落研献上物購入． 0755 ADO 12 便 B-767-300 に搭乗． AIRDO の 2 号機． 0815 離陸．
• 眠いんだけど眠れん， という状態． そこで目をとじたまま懸案の林冠モデリングを検討する． 90 分も費すと多少はマシな考えがでてくるもので …… これは Z buffer 法で解決すべきだ． ちょー巨大二次元配列が必要だけど， そんなもんは何かてきとーなデータベイスに 押しこんでしまえばよろしい． いや， 自分でバイナリファイル読み書きライブラリ作ったほうがいいのかな?
• 0945 羽田空港着陸． 曇天． しかし気温 28℃． 1000 東京モノレイルに乗って同発． 470 円． 1022 浜松町着． JR 京浜東北線に乗り換えて 1027 同発． 1040 上野着．
• 上野駅構内も暑い …… ということで取手が終点の常盤線快速にすかさず乗ってしまう． 1044 同発．
• 1130 取手着． お， 乗り換え時間は思ったより短い． 下り普通に乗って 1134 同発． 1150 牛久着． ここまで 950 円． 晴． やはり暑い．
• タクシーに乗って JR 牛久駅発． 1200 森林総研着． 1460 円 …… ちょい高いなぁ． ちょうど昼休みのチャイム． 5F 群落研におじゃま． 柴田さん・田中さんと森林総研食堂へ． 昼飯． 今日は「サッカーの日」 ということで， 田中さんはそそくさと飯をすませる．
• 「できかけ森林データベイスにあれこれと難くせをつける会」 は 1400 からなんで， それが始まる前の 40 分間に， 田中さん・柴田さんに 「曇天→散乱光成分増加→林冠全体の光合成速度増加」 (横浜独房群の Dennis Dye さんのアイデア) を聞いてもらう． 小川林冠データの使いみちとしては， とりあえずはいいんでは， というかんぢのようで …… validation ができんわけだが (CO₂ flux データとかないし)．
• 1400 から「できかけ森林 DB …… 会」 に出席． 本日つくばまで来ちゃった部外者は山本進一さん・神崎さん・私． うーむ． 1635 終了． なんというかですね， 今年 10 月に公開だから興味あるヒトはとりあえずアクセスしてみて …… まぁ， 本邦の生態学関係においてはまったく初めての試みなんで， 「運用しつつ運用方法を改善していく」 というぽりしーを重視している， とだけは強調しておきたい． 開発・保守しているヒトたちもたいへんだけど， ユーザーも努力しなければならんのは間違いない．
• 会議終了後に田中さんをつかまえてカエデ解析のハナシを 聞いていただく．
• 1600 ごろから雷雨となった． 山本さんは会議終了後にさっさと帰ろうとされたわけだが， 常盤線は落雷にて全線ストップ， おそらく線路上の車内に抑留されてしまってるんだろう …… とはその後に調査行のため常盤線に乗ろうとして 牛久で撤退してきた柴田さんのもたらした報によるもの．
• 小川みふゆさんの 苗場山 30 年間実験データ解析の統計学コンサルタント業． はじめてこのデータの流れの全貌が把握できたわけだが …… 植生学なバックグラウンドをもつ小川さんの工夫あれこれと 共著者・中静さんによる中静ふう「詰め」から成ってるんだけど， どうにもアヤしいところがある． とりあえず今日は全貌把握だけでおわった．
• 蛇足ながら， 中静さん・甲山さん・山本さんといった森林生態学に影響力 つよそうなヒトたちのデータ解析の作法をよく見直してみると， それぞれにアヤしいと思える部分もあったりする …… おそらく， 皆さん直感が鋭いので確率論モデルの論理的検討ぬきで それっぽい統計学的手法をそれっぽく適用して それっぽい結果を出すんだけど， と同時にその飛躍が危ないことになったりするんではないかなぁ …… というのはとりあえずどうでもいいんだけど， むしろ面白いと思えるのは その流儀は各人独特なところで， 書いた人の名と樹種名を隠してデータ解析の流れを見せられても， 「誰がやった」と特定できそうなほどだ．
• 1815 群落研出発． JR 牛久駅ちかくの和風料理居酒屋 暖や に移動して皆さんと楽しく会食．
• 私は例によって呑まないんだけど， じつはこういう密閉気味空間での宴会では 揮発したエタノールを吸気してしまうんで多少は酔気分になる． 今晩の発見は， 隣のヒトが機嫌よく高回転率にて杯を空けていると， この空気感染由来のふらふら度亢進も増加する， つまり部屋全体だけでなく局所的影響の不均質性も無視できないんでは， というような …… こころみに隣人にそのあたり述べてみると 「えぇ? ひとづまであるワタクシの色香に酔わされるですってぇ」 なるろれつまわらぬセクハラ (?) 発言が返ってくるばかりなので 酔っ払いへの酩酊指摘は事態を混乱させる機能しかない とあらためて確認したのであった．
• 2050 牛久ステイションホテル 2 着． すぐ寝てしまった．
• [今日の運動]
  • うんどうしてない
• [今日の食卓]
  • 朝 (0610): ピーマン・トマト・チンゲンサイ・ジャガイモのシチュー．
  • 昼 (1215): 森林総研食堂昼定食． 480 円． 学食ふう．
  • 晩 (1850):

2003 年 08 月 06 日 (水)

• 0450 起床． 昨晩は早く寝てしまったんでこんな時間に起きてしまった． のんびりと風呂なぞ入る． 飛行機の出発時刻は正午過ぎなんだけど 0555 ホテル発． 曇． 駅前のローソンで朝飯調達して 0605 JR 牛久駅着． 浜松町までの乗車券 950 円に加えて 上野までの特急券 900 円をふんぱつ． これは気温上昇と東京周辺の通勤ラッシュを回避するため．
• 0616 特急スーパーひたちで牛久発． 前回もこの便に乗った． 今回もこんな早朝から東京方面に出勤するヒト多数であることに 驚かされる． 朝飯．
• その後の車中ではひたすら 苗場山 統計学モデリングを検討し， 自分としては
  • 根拠となる確率論的モデルが明示的
  • データむやみに捨てない
  • 統計学的計算を一箇所に集中した (何度も何度も「検定」しない)
  • つまりシンプル
  であるがゆえにマシと思える解法をだせた． 0703 日暮里着． 山手線に乗り換えて 0724 浜松町着． すばやく ANA チェックイン機に AIRDO 航空券を投入してみると …… 1025 発の便に変更できた．
• 0728 東京モノレイル浜松町発． 0750 羽田空港着． 出発までまだ二時間以上ある． しかし飛行場でのんびりするのは悪くない． ひこーきながめたりコーヒー飲んだり「芋ようかん」買ったり．
• 1015 ADO 13 便搭乗． 満席． AIRDO の 1 号機． 「羽田周辺の風向きが急に変わったので滑走路変更」 とやらでなかなか離陸してくれない．
• すると， ですね …… 私はチェックインが遅かったせいか， galley (客室乗務員用座席つき) の横の席になってしまう． すると私の搭乗態度の良くない点 (手荷物の収納が不適切であるとか) を発見する技能に長じておられる 客室乗務員のおねーさんのヒマつぶしに またあれこれと叱られてしまってですね．
• 1102 よーやく離陸． 1220 新千歳空港着陸． バスで空港ターミナルビルに到着すると， ちょうど JR 快速エアポートが出発する時刻だったんで (15 分間隔運航)， 空港内モスバーガーで昼飯調達． 1249 空港発． 昼飯． 道央は晴．
• 1326 札幌着． 1340 研究室着 …… いきなり Lex の電源不調問題に直面する． 宣教師殿によると新ヴィデオカードの電力浪費による 電源の力不足 では， というような．
• 結局この日は電源問題にふりまわされて終り． こういう安物計算機の安物ハードウェアばかりいじってるとヒトは次第に 「オカルト的」 になったりするもんだが (e.g. かとー先生「CD ドライブのせいでフリーズ」発言， 宣教師殿のつね日ごろの言動)， それを回避するためには本職の科学者として 実証的態度と方法論でのぞむほかあるまい．
• とりあえず GeForce4 MX440 搭載ヴィデオカードに問題あるかどうかを 解明すべく， 実験的に Trio64V2 カードにもどして挙動を観察していくことにする． かとーさんが超高速 hacking で最新 S3 patch をあてた XFree86-4.2 用ドライヴァーを作成してくださったので (XFree86-4.2 の srpm に patch あてて rpm --rebuild したらうまくいった，とのこと)， それを使わせてもらう …… おお， XF86_S3 なんぞよりよほど良い画面だ．
• 1850 研究室発． 1900 帰宅． 体重 72.4kg． つくば太り? 晩飯． 眠いんだけどなかなか眠れん．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 2. The skew distributions
    • The Galton biometrical laboratory
    • Correlation and regression
    • Distributions and parameters
  • The numbers that identify the distribution function are not the same type of ``number'' as the measurements. These numbers can never be observed bu can be inferred from the way in which the measurements scatter. These numbers were later to be called parameters -- from the Greek for ``almost measurements.''
  • The four parameters of a distribution are what we are really want to determine in a scientific investigation. In some sense, we can never really determine those four parameters. We can only estimate them from the data
  • Pearson failed to recognize this last distinction. He believed that if we collected enough data the estimates of the parameters would provide us with true values of the parameters. It took his younger rival, Ronald Fisher, to show that many of Peason's methods of estimation were less than optimal. In the late 1930s, as Karl Pearson was approaching the end of his long life, a brilliant young Polish mathematician, Jerzy Neyman, showed that Pearson's system of skew distributions did not cover the universe of possible distributions and that many important problems could not be solved using the Pearson system.
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0620): ローソンのサンドイッチ． 200 円ぐらいだったか．
  • 昼 (1300): ナンチョリソ セット (サラダ・アイスコーヒーつき)． 640 円．
  • 晩 (2130): 米麦 0.7 合． ニガウリ・エリンギ・豆腐の炒めもの．

2003 年 08 月 07 日 (木)

• 0900 起床． う， バテてるのか朝寝坊してしまった． ということで， また開きなおって朝飯． コーヒー． 曇． しかし暑い． 0940 自宅発． 0950 研究室着．
• まーたデスクトップ機 Lex が「落ちて」いるな …… ということで， 原因はヴィデオカードではなく 電力供給ユニットそのものにあるらしい， と特定できた． いろいろといじってみる．
• また PC 工房 で部品を買わねばならんようななので， まずは顏写真 (タテ 2.9cm ヨコ 2.6cm) を地環研事務室総務掛に持っていって， これで身分証明書作ってくださいとお願いする．
• で， あとメイルとか書いたりしてて午前は終った． まぬけぎみだ． 直射日光がさんさんとふる状況なんで， 北大構内走は延期して昼飯．
• さて， あきらめて PC 工房に行くか， というときにかとーさんが 「そういえばもう電源ユニットがもう一個あまってました」 ということで 250W 電源を供出してくださった． それを Lex に組み込んで連続運転試験開始．
• どうにかこうにか動いているので， にせ地下部支配者 FakeEarth の試験運転 …… やはりある程度以上の複雑さをもった「部品」 はこういう試験を丁寧にやらねばならんし，
• かんけーないけど， X 上でベル音を消すには xset -b． このあたり 参考にしました．
• 北大関係者なんだろうということを示す 身分証明書なるカードができたらしいんで， 事務室までとりにいく． これで院生やかとーさんに同道ねがわなくても PC 工房で一人で買物できる．
• FakeEarth まわりでぼろぼろと「読みおとし」が見つかる． コードなおしていく …… しかしこの資源配分がうまくいかん理由がよくわからん．
• 北大構内現実逃避の旅にでる …… のそのそ歩いてるうちに原因がわかった． 資源初期分布をどうするか， という問題だ． これはけっこうまじに考えると難しい …… まぁたいていの場合は安直に「一点集中」でいいだろう， という策が使えるんでそれでいきますか．
• で， かとーオフィスにもどるとまた「落ちて」 いますな． ふーむ? 供給電力が足りないのか， この中古部品も寿命なのか， それともじつは motherboard が壊れているのか? なぞだなあ．
• いろいろ試行錯誤してみたり， まぬけなハナシなんだけど北大正門前 PC 工房に 二往復 して PC まにあっくな店員のにーちゃんにご教示乞うたり (無料カウンセリングに応じてくれるのはありがたいけど)， この不可解現象の解明にとりくむ． PC 工房にーちゃんどもの「まずここを調べろ」 ポイントは:
  • 過度のタコ足配線で電圧低下してるんじゃないか?
  • 熱暴走の可能性は -- CPU 冷却ファンに問題ないか?
  • HDD から電力ケイブルぬいて起動できるか?
  などなど． いろいろやってみたんだけど， 第一容疑者は電力供給ユニット， 第二容疑者は motherboard， ということのようで．
• さて修理の方針だが …… 本日はすでに PC 工房が閉店してるんで， 明日はまず電源ユニットを交換して， それでもうまくいかないようなら motherboard の交換だ (こちらをやってしまうと自動的に CPU とメモリも 交換しないといけない)．
• PC ばてで 2010 研究室発． 2030 帰宅． 体重 72.0kg． 晩飯．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 2. The skew distributions (continuation)
    • The plan of Biometrika
  • For each of these data sets, Pearson and his calculators computed the four parameters of the distributions. The articles would display a graphical version of the best-fitting distribution and some comments about how this distribution differed from the distribution of other related data. In retrospect, it is difficult to see how all this activity helped prove Darwin's theories. Reading through these issues of Biometrika, I get the impression that it soon became an effort that was done for its own sake and had no real purpose other than estimating parameters for a given set of data.
  • What remains of the Pearsonian revolution is the idea that the ``things'' of science are not the observables but the mathematical distribution functions that describes the probabilities associated with observations. ... Some scientists claim that the use of probability distribution is a temporary stopgap ... Einstein's famous dictum that he did not believe that the Almighty plays dice with the universe is an example of that view. ... Regardless of one's underlying philosophy, the fact remains that Pearson's ideas about distribution functions and parameters came to dominate twentieth-century science and stand triumphant on the threshold of the twenty-first century.
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0915): 米麦 0.7 合． ニガウリ・エリンギ・豆腐の炒めもの．
  • 昼 (1240): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ニガウリ・エリンギ・豆腐の炒めもの．
  • 晩 (2200): キャベツ・ピーマン・エノキダケの焼きそば．

2003 年 08 月 08 日 (金)

• 0820 起床． いかんねえ． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 曇． 0920 研究室着．
• 1530 まで計算機 Lex 修繕． 故障の真の原因は電源でもなく motherboard でもなく CPU でもなくメモリでもなくドライブ類でもカード類でもなく …… 匡体についてる メインスイッチの不良接点だった． これまたかとー先生の指摘によるもの． 私はもちろん気づかなかったし， 長谷川宣教師殿も PC 工房店員のにーちゃん・ねーちゃん 誰も指摘せぬポイントであった．
• ここまで断定できるということは， Lex の部品をあらかた入れ換えた， ということだ． PC 工房に三往復して購入したもの …… 350W 電源ユニット静音ファン付き (約 8000 円)， Aopen AK77-400 motherboard (約 12000 円)， これに対応する DDR400 RAM 512MB (約 8000 円)． まぁ， 今年度の科研費で新しい計算機を買うことに なってたからいいや．
• 旧部品のうち CPU Athlon 1.1GHz は再利用している (これはそのうち新しいものにつけかえてもいいんだが)． HDD のたぐいもそのまま利用． ヴィデオカードは nVidia GeForce4 MX440 が いよいよ本領を発揮できるっつーことで．
• 「あまって」しまった部品はまず旧式 AMD 用 motherboard． これはおそらく利用可能． 300W 電源の可否はよくわからない． PC100 DIMM メモリ合計 300MB ぶんぐらい．
• motherboard 交換したときの注意点として …… IDE ケイブル再接続に注意せよ， ということ． MBR に booter が入ってるドライブをプライマリに つながんといかんしね． それから黄色 IDE ケイブルは高速， ということなんだけどウラがとれん．
• いまのところ新 motherboard には， かとー先生謹製の特別スイッチ (独立パーツ) を使わしていただいている． これもまたどうにかせんといかんなぁ．
• ということで， 今回の修繕にはかとーさんと長谷川宣教師殿を ずいぶんとわずらわせてしまい， PC 工房の店員のみなさんに ずいぶんと無料コンサルティングをやってもらったのであった． たいへん助かりました．
• めでたく Linux も起動． この新 motherboard には RealTek 8100 なる LAN チップが付いている …… これを Linux-2.4 系で使うには 8139too (RealTek 8139 用) というカーネルモジュールなドイラヴァー作って /sbin/modprobe すればよい．
• ということで， よーやくにせ地下部もとじめ FakeEarth の試験運転再開 …… コード書きにおける失敗から， けっこう抜本的な考えミスにいたるまでぼろぼろと出てくる．
• うーむ， てきとーな条件つき二次元確率分布をもちいれば 地下部ふぉーめいしょんできるかと思っていたが 読みが甘かったようだ …… いつまでたってもバイオマス分布が局在するか あっという間に拡がってしまう両極端ばかり．
• 拡散モデルか? しかし拡散はアタマ悪そうなかんぢがするからたいへんイヤだなぁ …… 離散時間だし． ならば， 「たたみこみ (convolution)」 計算で成長させるか? まあ， そっちのほうがマシだ．
• とりあえずの試しとて， 簡単なたたみこみ関数を書いて計算してみる． だいたいよさそう …… まだバグというか考え間違い (これは周期境界条件の取り扱いミスに由来するものだ) は残存してるけど．

[にせ地下世界起動! …… ただし]

ちょっとにせ地下部成長がヘン． 周期境界条件をとりいれるのは， まあいいんだけど， 地下部のたたみこみな伸長計算まで周期境界しちゃうと このような「回廊」 が形成されてしまう． これはこれで興味深いんだけど …… さて， どうすればよいか? 地下部「中心」を原点とする線形座標変換 (いや非線形というべきか?) やればよろしい．

• 何がおかしいのかはわかるんだけど， すでにバテたので本日はここまで． 2130 研究室発． 2150 帰宅． 体重 72.0kg． 晩飯．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 3. That dear Mr. Gosset
  • Note how this matches Pearson's approach to science. The measurement was the count of yeast cells in the sample, but the real ``thing'' that was sought was the concentration of yeast cells in the entire jar. Since the yeast was alive, and cells were constantly multiplying and dividing, this ``thing'' did not really exist. What did exist in some sense was the probability distribution of yeast cells per unit volume. Gosset examined the data and determined that the counts of yeast cells could be modeled with a probability distribution know as the ``Poisson distribution.'' This was not one of Pearson's family of skew distribution. In fact, it is a peculiar distribution that has only one parameter (instead of four).
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
  • 計算機修理と地下部モデリングでうんどうぶそくぎみ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． キャベツ・ピーマン・エノキダケの炒めもの．
  • 昼 (1300): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． キャベツ・ピーマン・エノキダケの炒めもの．
  • 晩 (2300): マカロニ． トマト・ピーマン・ニンニク・マイワシの炒めもの．

2003 年 08 月 09 日 (土)

• 1140 起床． 寝たきり状態というべきだな． C++ 呪われでアタマが壊れぎみなのか? コーヒー． 台風ちかづいているので雨．
• うーむ
• 昼飯． 1430 自宅発． 雨． 1440 研究室着．
• にせ地下部の闇を支配する FakeEarth において座標を centralized する関数いれても 「ぶりっぢ」現象が解決せん …… と思ってよく調べてみると， じつはにせ地下計算の問題ではなく描画させてる R の関数 levelplot の問題とわかった． 勝手によけーな「補間」しやがるんだよね， こいつは …… 解除する方法はまだわからんけど， とりあえず FakeEarth には問題ないと確認した． しかし時刻はすでに 1840． とほほ．
• たたみこみカーネルの最小化するように 関数を書き直してみる． これで計算結果は同じで 7-8 倍は速くなる．
• いろいろ「地上部なし地下部のみ」試験してみる． たとえば， 「逆さ」キラウェア火山のごとき形状なる にせ地下部総重量 750g が 80cm 四方に展開したときに 集める水量年間 325920g っつーのは どんなもんじゃろね (年間降水量 1000mm == 100g cm^-2)． まあ， 「生き残るためには今どれだけにせ地下部を作ればいいのか?」 を決めるのは私ではなく 各ぱいぷ樹木の判断にまかされることになるわけだけど．
• 一個体状態 (ただし地下部のみ) での試験はだいたいできたかな …… ということで 2200 研究室発． 雨． 2215 帰宅． 体重 71.6kg． 晩飯．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 3. That dear Mr. Gosset (continuation)
    • The birth of ``Student''
    • ``Student'''s t-test
  • The specific problem Gosset attacked dealt with small samples. Karl Pearson had computed the four parameters of a distribution by accumulating thousands of measurements from a single distribution. He assumed that the resulting estmates of the parameters were correct because of the large samples he used. Fisher was to prove him wrong. In Gosset's experience, the scientist seldom had the luxury of such large samples. More typical was an experiment yielding ten to twenty observations. Furthermore, he recognized this as very common in all of science. In one of his letters to Pearon, he writes: ``If I am the only person that you've come across that works with too small samples, you are very singular. It was on this subject that I came to have dealings with Stratton [a fellow at Cambridge Unversity, where] ... he had taken as an illustration a sample of 4!''
  • Thus did one of the great genious of the twentieth century burst upon the scene. Pearson published the young man's note in Biometrika. Three years later, after a sequence of very condescending letters, Pearson published a second paper by Fisher, but only after making sure that it would be seen as a minor addition to work done by one of Pearson's coworkers. Pearson never allowed another paper by Fisher into his journal. Fisher went on to find errors in many of Pearson's proudest accomplishments, while Pearson's editorials in later issues of Biometrika often refer to errors made by ``Mr. Fisher'' or by ``a student of Mr. Fisher'' in papers in other journals.
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 昼 (1410): 蕎麦．
  • 晩 (2300): スパゲッティー． トマト・ピーマン・ニンニク・マイワシの炒めもの．

2003 年 08 月 10 日 (日)

• 0940 起床． 北 12 生協で買物． 朝飯． コーヒー． 週末でれでれ．
• 1350 自宅発北大構内走． いいぐあいの曇天． 1445 帰宅． 脚冷却． シャワー． 体重 71.2kg． 昼飯．
• 洗濯とかアイロンがけとか． 1630 自宅発． 曇． 1640 研究室着．
• また ぱいぷ樹木 にせ地下部づくりの続き． 三次元図をつくったりする都合上， にせ地下支配 FakeEarth の出力にまた手を加える …… っていうかっ， ostream& operator<<(ostream&, FakeEarth&) というような演算子オーヴァーロードはガマンできるとして， こいつが腐り腐れた friend 関数にしかなりえんってのがへっぽこ度 128% にまで強まった へっぽこすとりーむの正真正銘へっぽこぴー正体そのものだっ!! …… とキレたりしながら書き直すわけですよ． すかっと書けないので楽しくない． しかし <iostream> 使わざるをえない． ええ，ええ <cstdio> の sprintf つかいやす． だれが setf(ios::scientific) だの precision(3) などという気色わるいもん使うか．
• ぱいぷ樹木用 POV-Ray コード生成 Perl スクリプトに手をいれる． FakeEarth 試験運転プログラムはかなり直す．
• というところで本日はここまで， かな． 明日から別の仕事， ちょい面倒な統計モデリングやらんといかん． あ， それから水曜日は苫小牧まで行かねば．

[にせ地下ばとる開始 (予告編)]

このまま つぎの週末ぐらいまで両雄ニラみあったままでせう． 試験運転なんでにせ地下部のみ． 地上部なくても「エサ」だけやってれば育つ． てゆーか， 地上部ができることは 「自分が所有するにせ地下部の位置を決めて名前を教えてもらう」 「てきとーな量のエサをやる」 「水をもらう」． これだけ．

• 2100 研究室発． 2110 帰宅． 晩飯．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 4. Raking over the muck heap
    • Fisher versus Karl Pearson
    • Fisher the ``Fascist''
    • Statistical methods for research workers
    • Rothamsted and agricultural experiments
  • Despite, or perhaps because of, its lack of theoretical mathematics, the book was rapidly taken up by the scientific community. It met a serious need. It could be handed to a lab technician with minimum mathematical training, and that technician could use it. The scientists who used it took Fisher's assertions as correct. The mathematicans who reviewed it looked askance at its audacious unproven statements, and many wondered how he had come to these conclusions.
  • But all of this was still in the future in 1919, when Fisher abandoned his unsuccessful career as a schoolmaster. He had just finished a monumental work, combining Galton's correlation coefficient and the gene theory of Mendelian heredity. The paper had been rejected by the Royal Society and by Pearson at Biometrika. Fisher heard that the Royal Society of Edinburgh was looking for papers to publish in its Transactions, but that the authors were expected to pay for the publication costs. Thus, he paid to have his next mathematical work published in an obscure journal.
  • At this point, Karl Pearson, still impressed by young Fisher, came through with an offer to take him on as chief statistician at the Galton Biometrical Laboratory. The correspondence between the two men was cordial, but it was obvious to Fisher that Peason was strong-willed and dominating. His chief statistician would, at best, be engaged in detailed calculations that were dictated by Pearson.
  • Sir John looked at this vast collection of data and decided that maybe somebody might be hired to see what was in it, take a sort of statistical look at these records. He inquired around, and someone recommended Ronald Aylmer Fisher. He offered Fisher a year's employment at a thousand pounds; he could not offer more and could not guarantee that the job would last past that one year.
  • Fisher accepted Russell's offer. He took his wife, sister-in-law, and three children into the rural area north of London. They rented a farm next door to the experimental station, where his wife and sister-in-law tended a vegetable garden and kept house for him. He put on his boots and walked across the fields to Rothamsted Agricultural Experimental Station and its ninety years of data, to engage in what he was later to call ``raking over the muck heap.''
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1350-1445． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1110): コーンフレイクス．
  • 昼 (1510): スパゲッティー． ペペロンチーノのふりかけ? …… 永谷園のうさんくさい パスタソース． 食ってみると醤油っぽいので原材料みてみると， やはり入ってる． さすがわ永谷園． いや， 職業的贋作者として こういうまがいものを創作する姿勢は好きだけどね． ただし一食分約 50 円． これなら ふつーに作ったほうが安いよな．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． タマネギ・ジャガイモ・豆腐のカレー．