ぎょーむ日誌 2003-07-(01-10)

2003 年 07 月 05 日 (土)

• 0850 起床． 朝飯． コーヒー．
• 休日にしては早起きであるが (当人比)， だらだらと時間を浪費してしまったのはいつものことである．
• 1130 自宅発． 晴． 27 ℃． 天気予報外れて気温が高い． 北大生協書籍部と北大図書館をハシゴ． 1310 研究室着． 昼飯．
• 仕事もせずに CVS (concurrent versions system) の使いかたを研究してみる． 奥村さんの 解説 や牧原さんの cvs book (このひとは autoconf/automake book も書いておられるな) などを参考にしながら， 実験用ファイル群を出し入れしてみる． ssh でファイルをやりとりするには， export CVS_RSH=ssh と export CVSROOT=:ext:アカウント@ホスト:CVSROOTのあるディレクトリ といった設定で OK．
• つまりこれは作業用架空ユーザーアカウントを作って， というひどく安直なるやりかた． もっと secure な pserver つかったファイルやりとりのためには /etc/inet.d など書き換えたりせんといかん．
• さてファイルの出し入れはできるようになったんで， 複数 commiter による変更の衝突 (conflict) が生じたらどうなるのか， という状況を実験してみる …… なるほど cvs update すればファイル内に「ここがかちあってますよ」 というのが明示的に示される (update やらずに cvs commit しようとすると「そんなことできん」と拒否される)． で， これを解消するには …… 私の現時点の理解では， 完全に手動でやるしかないような気がする． 何しろソースコードだの文書だのの変更をやるわけだから， 矛盾解消自動処理は不可能だよね．
• オープンソースソフトウェアだの freeware だの， それこそ多数の開発者が関与するプロジェクトなんかでも， 衝突が発生したら連絡をとりながら手動で直していくんだろうなあ …… なかなか楽しい光景だ． 衝突の回数を少なくするには 全体の設計段階からファイル分割にいたるまで 注意を払わねばならないんだろうね．
• と遊んでいると時刻はすでに 1640． CVS ばてしたので一休み (あらら)．
• 仕事すすまん．
• もはや撤退するかというときに， とくに匿名を希望する料理人氏とヨコエビ石川さんがやってきて 「カレー食いにいこう」 というのでついていくことに． 2040 研究室発． 北大東側界隈は「カレー屋激戦区」と呼ばれているらしく， スープカレーを供する店の存在密度が高い． ちなみに札幌のスープカレーとは こういうもの どものことだ． 本日は北 16 西 3 の Maru Huku に入り， 辛さに汗かきつつ陸水雑談． 2230 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内日没走 1845-1925． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 米麦 0.7 合． キャベツ・油揚・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1320): 北大生協ポテトサンドイッチ．
  • 晩 (2110): Maru Huku のマル福スープカレー野菜 (800 円)． うま辛い．

2003 年 07 月 06 日 (日)

• 1000 起床． いつもの休日起床時間 (当人比)． 朝飯． コーヒー．
• これまたいつものごとくだらだらと． Hirabayashi さんの作っておられる QDBM というデータベイスライブラリはすごく面白そうだねえ．
• 1410 自宅発． 晴． 1420 研究室着．
• 確率論的 submodels の説明の残りの部分を書いてみる． これは成長速度のそれと比較するとかなり容易だ．
• ということで 1620 ひとまずできた． おそい昼飯．
• 気分転換にあまり気のススまぬ査読に着手してみる． 締切もあることだし．
• 気がススまぬと解読もススまぬ．
• 粕谷さんからメイルいただき， 先日の複合分布→たたみこみ尤度方程式， というのは形式的な側面からみると正規分布の再生性と同じ， というご指摘うける …… なるほどー． なんとなくそういうことだろう， とは思ってたんだけど追及してなかった． 正規分布から得られた乱数の線形和は 依然として正規分布にしたがう， これが正規分布の再生性 (reproductive property; ガンマ分布などにも再生性がある)． つまり N(μ₁, σ₁²) からの乱数と N(μ₂, σ₂²) からの乱数を加えた値の分布は N(μ₁ + μ₂, σ₁² + σ₂²) となる， ということ． 統計学本などみるとそのあたりの証明がたたみこみ (合成積) を用いた計算で与えられている．
• 北大構内日没走に出る． 戻ると， とくに匿名希望する料理人氏がカツオを買ってきたんで， 晩飯としてそれをいただく．
• お茶部屋でひたすら雑談などしてると， 小菅せんせーが苫小牧データ隠匿行から戻ってきたり， M2 木村君が水戸の「納豆煎餅」なるイロもの土産片手に 関東からもどってきたり． 2250 研究室発． 2300 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1905-1945． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): 米麦 0.6 合． キャベツ・タマネギの炒飯．
  • 昼 (1630): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． キャベツ・タマネギの炒飯．
  • 晩 (2000): 米麦 1.0 合． とくに匿名希望する料理人氏のつくった カツオの刺身とシュンギク・マイタケの煮物．

2003 年 07 月 07 日 (月)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 0900 研究室着． おお， かとーオフィスの主が 2 週間ぶりに復活．
• 気のススまぬ査読によーやく着手． しかし 2 ペイジ目でコケる． 引用されてる文献がその学術誌の当該ペイジに存在しない! さらに調べてみるとぼろぼろと …… 引用してる文献著者の名前がまるっきり間違ってるわ， 生物の集団サイズと多様性に関する生態学論文が なぜか心理学の雑誌に掲載されてることになってるわ …… なんかすごく極悪な原稿を押しつけられたような． やれやれ．
• えーと， ですね． みごとに目新しさの欠落した計算研究なんで， これまでに出てる計算結果とかぶってないか調べるところが 重要なんだよね． にもかかわらず引用文献リストがかくのごとく呪われきってる， ということで．
• …… 1150 ひととーり読み終えた． 先行研究とのかぶりを点検するまでもなく却下， ですな． これは． たいへん基本的な， わかりやすいところで自滅している． 唯一の疑問は著者たちの了見で
  • こりゃダメだという自覚はあるけど， 極東某国学会誌ならこの程度でだませる
  • 教訓的な内容にみちた， われながらすばらしい論文なり
  どっちなんだろうね． いずれにせよ， われわれ職業的うそつきであるモデル屋の職業倫理は ただひたすらにばれにくくてだましやすい うそを創造することにつきる． なるほど「教訓的な内容」とやらで欠陥を糊塗する技法 っつーのもありうるんだろうけど， モデル屋どうしの詐術の力勝負には無意味だ． 簡単に矛盾をつかれるようなら， いさぎよく斬り捨てられればいい． いわんや自分のうそに自分でだまされているようでは．
• とりあえず北大構内走に出る． 曇． 昼飯．
• さーて， 査読報告をまとめますかね …… と思ったら M2 木村君の計算機にインストール XP なる呪われ OS ぶち壊れにトラップされて 3 時間ほど浪費した． 症状としては
  • LAN カード (RealTek だ!) のドライヴァーはいちおう動いてる …… なんとならば闇ネット内で 変てこプロトコルを垂れながす host は「見えてる」からだ (アクセスもできる)
  • しかしながら TCP/IP に関しては 沈黙を守っている
  というあたりをあれこれテストしながら確認したんで， TCP/IP モジュールが正常に動作してない， という診断． で， 常識的にはばかばかしいことなんだけど， 再インストールしかないんじゃないのということで． こういう OS 使ってる連中には「あたりまえ」 な解決なのかもしれんな．
• 大理不尽ソフトウェア (なんど無意味な再起動をやらさせれたことか) のせいで心身ともに疲労困憊． いやはや． ゐいんどーづって何でこんなに進歩がないわけ?
• で， 夕方すぎになってからだめ論文の査読報告書かき． なんたる一日． 念のため自分で数値計算プログラムを作って調べてみると， さらにだめだめと判明． いやはやー
• 粕谷さんから先日のたたみこみ尤度方程式に関して， 今度は正真正銘の難題 (にみえるもの) に関するメイル． うーむ． 人類に仇なす正規分布め． ひととーり点検してから， 後日またくわしくということを連絡．
• 血糖値が低下したので， 1830 ごろ北大生協で少しばかり食糧調達．
• 2000 すぎに報告書提出． 一件落着．
• だらだらとお茶部屋雑談してしまってから 2120 研究室発． 2140 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1230-1300． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． キャベツ・エノキダケの炒飯．
  • 昼 (1320): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． キャベツ・エノキダケの炒飯．
  • 晩 (2210): 蕎麦． 納豆．

2003 年 07 月 08 日 (火)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0855 自宅発． 晴． 0905 研究室着．
• 北大オンライン物品請求システムの調査． 科研費であれこれ買うため …… しかしあとから雪野さんに聞いたら， 私の ID とパスワードはすでに彼女のもとで管理されていたのであった． どーりで関係書類がまったく見つからんはずだ．
• 科研費で買いたい本を列挙してみる …… 統計学本ばかりだな． そういや， 樹木モデリングで研究費を申請してたんだっけ．
• 今年も北大 オープンユニバーシティ なる企画があるんで (来月 4 日)， 講座紹介のポスター発表の準備をせんといかん． 内容的には去年と 同じ (これは紙版と連動して生成された Web 版) ようなかんぢになるわけだけどね． とりあえず， そのあたりの作業計画をメモして講座内メイリングリストに投げる．
• というようなことだけで午前が終わってしまったわけですよ． おそるべし．
• 昼飯くってから浦口さんと CVS 問題にとりくむ． こちらの下請け作業との連携をうまくするため …… だが CVS リポジトリ (repository, 貯蔵庫) との出し入れがいまいちうまくいかん．
• いったん単独作業にきりかえて， リポジトリを作るところから点検してみる …… 今度はあっさりとうまくいった． よく使う操作についてまとめてみると:

  ・リポジトリの内容を手元ファイル群に反映させる

  cvs update

  ・手元ファイル群の変更をリポジトリに反映させる

  cvs commit -m "コメント" [ファイル名]

  ・新しいファイルをリポジトリに登録する

  cvs add ファイル名

  ・ファイルをリポジトリから削除する

  cvs remove ファイル名

  ・リポジトリと手元ファイル群の差分をみる

  cvs diff [ファイル名]

  ・ファイルの履歴をみる

  cvs log [ファイル名]

  まあ， あとは最初に手元ファイル群 (つまり作業ディレクトリ) をつくる cvs checkout だとか， そもそも一番最初に新しいリポジトリをつくる cvs import -m "コメント" リポジトリ名 登録者 start だとか．
• というあたりの動作を確認して， もいっぺん説明やりなおし． まあ， これで下請け作業が円滑にできるわけで．
• 北大印刷 (insatsu@coop.hokudai.ac.jp) から返信メイルが来る．
  • A0 のカラー大型出力は一枚で 15,000 円 (税抜) 位． 色校正をする場合は別途 2,000円． 自分のプリンターと 実際の印刷出力の色とでは全く色見が違ってしまう場合があるので， 一度色校正するべき．
  • 納期は受注後翌日色校正で校了後中2日で納品． 色校正が不要な場合は翌々日納品．
  • RGBで色を指定されると近い色が出ないので CMYKで色の指定．
  • ポストスクリプトファイルでの入稿はあまり好ましくない． もしポストスクリプトで入稿する場合は出力紙にフォントの種類の指定．
  • フォントのアウトライン化が必要．
  なかなか面倒なようで． 値段も安くはないし． まあ， 講座紹介ポスターのできばえと作業進捗状況しだいかなぁ．
• 1800 北大図書館に． ついでに北大生協書籍部．
• 1950 研究室発． 2010 帰宅． 体重 72.6kg． む． 増えてる．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.7 合． コマツナ・エリンギあえもの．
  • 昼 (1300): 弁当． 研究室お茶部屋． コマツナ・エリンギあえもの． 米麦 0.7 合．
  • 晩 (2100): 蕎麦． 納豆． とうもろこし．

2003 年 07 月 09 日 (水)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 0900 研究室着． かとーオフィスは東にむいてるので， 朝は室温が高い．
• 昨日の作業を見直しつつぎょーむ日誌なんぞを書いてたんだけど， なかなか面白い ペイジ を見つけてしまった …… TeX (てふ) に関して 「テフに不可能はないからテフの問題は解決されない」． これはじつにいいところを突いているなぁ． つまり， こういうふうに作業がすすむことが多いんだけど
  1. TeX (LaTeX) ソース作成
  2. dvi ファイルに変換
  3. (Ghostscript を動かして) ps/eps ファイルなどに変換
  で， 3. の工程にへぼっちいところが多々あっても， それが 1. における工夫によってほぼ「解決」してしまうんだよねえ (何しろ原理的には 0.0001mm ぐらいまで制御できるわけで)． ``作者'' Knuth 先生 が関与してるのはだいたい 2. まで， というのがこれまたじつに絶妙で．
• 新しい Ghostscipt を内包した Vine Linux 3.0 が早く出てほしいんだけど， くだんのフォントぱくり問題でコケてるんでしょうなあ …… と VineSeed を用いた自助努力な「総入れ換え」を決行する 根性がない私は傍観するのでありました．
• カエデ成長・開花・死亡のサブモデル群の下請け原稿のなおし．
• 事務から 「夏休み三日間を明示的にとらねばならぬ規則になってるから申請しろ」 との通達がきたんだけど， さてどの三日間を休みとすべきか? 適切な時期に設定すれば， 何かうまい使い道があるはずだとは思うんだけど …… いかに夏休みの遊びの予定が未定な私であっても．
• 昼すぎに北大構内走． 昼飯．
• 先日， 粕谷さんから出された最尤推定問題の宿題にとりくむ． 混合モデル (mixed model ……という言いかたは variance を軽視してるようでイヤだなぁ) の計算について調べてみてるんだけど， 魑魅魍魎というかんぢで profiled likelihood だの REML だのが出てくる． うーむ． そういう問題なんだろうか?
• 北大 オープンユニバーシティ 用に宣教師殿が 劇変 かくかく樹木の画像ファイルと説明文を 送ってくれたので， 講座研究紹介に 反映 させる． 画像サイズととのえてディレクトリ作って設定ファイル一行変更して make するだけ …… なんだが一年ぶりなので自動生成プログラムのあちこちを 手直ししてみたり．
• まぬけなことに夕方からとある周辺機器のため Linux カーネルのドライヴァーモジュール問題にトラップされる． カーネルソースのドライヴァーモジュールをコンパイルして， そのまま動いてるシステムに組みこむだけなので， これ自体はたいへん簡単にできたんだけど …… えーい， ゐいんどーづしか念頭にない腐れ USB 機器からの 応答がいつも途中で止まってしまう．
• しょうがないんで， カーネルモジュール以外に活路をさぐってみる …… あれこれコンパイル． 新しいライブラリディレクトリを追加するには /etc/ld.so.conf 書き換えて /sbin/ldconfig だったな．
• 成果ナシ， でやんした． とほほ． 2100 研究室発． 2110 帰宅． 体重 72.0kg．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1230-1255． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． オムレツ …… みたいなもの． トマト．
  • 昼 (1320): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． コンブ．
  • 晩 (2140): ひやむぎ． とうもろこし． トマト．

2003 年 07 月 10 日 (木)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 雨． 0900 研究室着．
• 統計学メイリングリスト stats に RjpWiki の案内が投稿される． なかなか興味ぶかい． 投稿者の 間瀬さん の了承をいただいたんで， biometry に転送投稿する．

	biometry-ml の皆様

	北大の久保です．べつの統計学メイリングリスト stats に興味ぶ
	かいアナウンスが出ていたので biometry にも転送させていただき
	ます (stats 投稿者の間瀬さんには御了承いただきました)．

	これは今後の科学研究におけるデータ解析という側面でもっとも重
	要になるであろう道具のひとつ，統計ソウトウェア R に関する日
	本語による情報交換を Wiki と呼ばれる形式でやってみよう，とい
	う呼びかけです．すでに当該 web page (Wiki page) にはいろいろ
	と有用な内容が蓄積されつつあります (この Wiki page は誰でも
	読めますし書き換えることもできます)．R に関心あるかたはご覧
	になってみてください．

	--(引用ここから)------------------------------------------------------------
	Date: Thu, 10 Jul 2003 00:15:00 +0900
	From: Shigeru Mase <mase@is.titech.ac.jp>
	Subject: [stats:1010] RjpWiki

	STATS の皆様、東工大の間瀬です。一部の方には関心をもっていただけるかも知れな
	い話題の提供です。ご興味のない方は読み捨てお願いします。

	日本に於けるフリーの統計システム R の使用はまだまだ一部の物好き、予算の少な
	い方（？）に限られているようですが、利用の機運は徐々にたかまっているように感
	じています。一月ほど前に、日本の R ユーザの一部が、RjpWiki という新しい情報
	集積サイトを立ち上げました。私も初耳だったのですが、Wiki と呼ばれるタイプの
	ソフトがインタネット界ではやりかけているようです。HTML ベースの誰でも書き込
	み、修正、はては人の投稿記事を勝手に削除できるといういかにもインタネッ社会を
	反映したようなアナーキーなソフトですが、ML には不可能な継続的な情報の蓄積が
	できる点で魅力的なソフトのようです。

	既に、一カ月にしては相当の投稿記事が集まっています。このサイトを立ち上げた大
	きな成果が早くも得られようとしています。一般市民を自称する方が、 R の日本語
	化に挑戦し、幾つかの進展が見られました。まだまだ実験段階ですが、一部の OS で
	R のオブジェクト名に日本語が使えるようにするパッチが公開されています（これま
	でも何故か文字列としては日本語の使用はできていましたし、グラフィックスとして
	数百の日本語を表示する仕掛けを親切にも R の開発メンバーが組み込んでいてくれ
	ましたが）。一番興味のある、グラフィックスへの日本語の使用も制限つきですが、
	成功したという報告もありました。ご関心のおありの方は、一度覗いて下さい、腕に
	覚えのある方の日本語化実験プロジェクトへの参加、人柱ボランティアの募集もして
	おりますので、よろしくお願いします。なお URL は

	http://www.okada.jp.org/RWiki/index.php?RjpWiki

	です。
	--(引用ここまで)------------------------------------------------------------

• なにやら来日してここでモデリング研究したいという 欧州人 (国勢不明) の博士課程院生からメイルいただいたんで， その書類を読んだり甲山さんに invitation letter (これは某 application 提出書類に必要らしい) を書いてもらったり．
• じつに不思議なことに仕事は何もススまず， 午前終了． えーい．
• あいかわらず雨ふりなので北大構内走にも出られない． 昼飯．
• 午後から甲山さんが考えついたという 直径成長の時間相関ハナシにつきあう． 基本的なアイデアが間違ってるのは修正すればいいわけだが …… それにつけても 時間データの統計学的解析はむずかしい． とくに長命で動かない植物においては．
• 1430 私が以前に入所していた 横浜独房群 から Dennis Dye さんがやってくる (というか札幌で開催されてる IUGG のついでなんだけどね)． 夕方まで研究のハナシなど． 「少し曇った日 (直達光と散乱光のバランスがとれている)」 において林冠全体の光合成速度が最大化， という現象を林冠三次元モデルを使って検討してみよう， ということで．
• ばてた
• また biometry に投稿． 確率分布どうしの近さを測りたいのであれば， Kullback-Leibler divergence を使えばいいんじゃないの， というもの． この biometry 購読者はいぢわるなヒトが多いよーで， このような基本に関する回答がない ……
• 仕事はススまず撤退． 2000 研究室発． 2020 帰宅． 体重 71.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.7 合． ダイコンナ・シイタケ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1250): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ダイコンナ・シイタケ・卵の炒めもの．
  • 晩 (2130): ひやむぎ． トマト．