ぎょーむ日誌 2003-06-(11-20)

2003 年 06 月 11 日 (水)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 晴． 0850 研究室着．
• 昨日のメイルに関してさっそく Matt から返事が …… なにーっ， Polya urn scheme とかすでに検討ずみだったって? さすがは敵国人． あなどれん …… 残念ながら本邦謹製の生態学者はこういうふうに 「そもそもの原点にたちかえって検討」 ということをほとんどやらないんだよね． で， 先方は「これって面倒 (messy) ぢゃん」 と思って Polya urn を回避してみたら， くだんのワナにはまったそうで． このあたりのマヌケさはどこの国も同じか …… ともあれ， かかる面倒は回避できんという サトりの境地に到達しつつあるとのこと． ならば私はこの問題からはほぼ釈放されたかな．
• ぎょーむ日誌に昨日わかったこと， とやらをメモしてみる …… Polya 過程まわりで計算まちがいその他に気づいて われながらうんざりさせられる． えーい．
• 先方との時差を考えて夕方まで放置するか， と考えたんだけど， なんとなく気になる， かつ仕事の現状を考えてとりあえず着手してみる． 何をうだうだと書いてきたんだろうか ……
• このメイルには， 1956 年に negative hypergeometric distribution の起源のひとつらしい論文が出てるんで読んでみたらと PDF ファイルもくっついている …… なかなかおもしろそうではある． しかし， いかなる心理的障壁なのか， ヒトからススめられた論文を読むのは いつもにもまして時間がかかるような気がする．
• ぢりぢりたる進展で午前終了． 北大構内走． 今日もまたまた快晴． 空中には白い綿毛のついた種子がただよっている． あとでかとーさんに聞いたところによると これは北大構内にたくさんあるポプラの種子だそうで． 研究室にもどってから昼飯．
• また返信作成に時間がかかってしまう． 送信してみたら時刻はすでに 1520． いやぱや〜
• シウリザクラデータのハンドラー問題に復帰． 徐々にアタマの中が整理されてきましたよ ……
• しかしながら， 気がつくと (無関係ではないけど) ちょっと別の問題に没頭していた． 呪われゑくせるファイルを自動解毒するには CPAN モジュールである Spreadsheet::ParseExcel 使えばよろしい …… ではゑくせるもどきである Gnumeric の場合には?
• Gnumeric の開発メイリングリストの archive を調べてみる． なるほど Gnumeric をコマンドラインオプションつきで 起動して「ファイル変換」だけやらせたい， という要望はずっと以前から出されつづけている …… しかしながら開発指揮者 Jody Goldberg 女史がそのたびに 「うーん，それは……」 とかあれこれ言ってうやむやになってるような (まあ，いちいち返事してるだけでもエラいというべきなのかもしれんけど)．
• かとーさんにいろいろとご教示してもらう．
  • Gnumeric ファイル形式は XML で記述されている
  • Gnumeric ファイルは一見バイナリに見えるけど， じつはこれは XML ファイル (テキスト) を gzip してるだけ
  …… なるほど． たしかにそうなってる． ならば別の方策もありうるな．
• 「ぜーったいに誰かが作ってるハズだ」 という確信をもって検索 …… ほーら， 見つかった． gnumeric2csv.pl …… これまた上記の Gnumeric メイリングリストに投稿されたものであり， これまたぢょでぃ女史がコメントをつけている．
• なかなか勉強になるコードだ． XML パーサ とはこうやって使うものなのか …… なんかいろいろと応用できそう． ところで， CPAN 中の XML::Simple モジュールの仕様が変わった (?) ので， ちょっとだけ手直しする必要がある: gmr:Content となっているところを content と変更すればよろしい． このままでは日本語文字はうまく扱えないので Jcode とかを併用する必要があるかな．
• 2020 研究室発． 2040 帰宅． 体重 71.8kg． 晩飯．
• フロリダの奥山さんから 「X 上のカーソルを (プログラム側から) 強制的に動かす方法は……」 なる質問いただく (奥山さんのつくった Ruby スクリプトつき) …… なんでも研究材料であるクモに電気鼠「玉ころがし」 をやらせて動きを調べるとかいう面白そうなハナシのようで． で， ネットで調べてみると Xlib には XWarpPointer なる危険かつ便利な関数があって， これで Pointer (カーソル) を任意の位置に動かせる．
• しかしながら， ですね …… ふつー， Perl や Ruby から X なプログラムを作る場合には Tcl/Tk や Gtk を経由するんだけど， こういうツールキットには XWarpPointer などという邪悪な関数を呼び出す経路がない．
• これはめんどくさい C プログラミングが必要か …… しかし世の中うまくしたもんで， xwarppointer という XWarpPointer を呼び出すだけの小プログラムが公開されてる． これをスクリプト言語から system 関数とかで 呼び出してやればよろしい (翌日いただいたメイルによると， これでうまくいったそうだ)．
• あれこれ調べる一日でした．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1240-1310． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.7 合． コマツナ・タマネギ・ピーマンの炒めもの．
  • 昼 (1325): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． コマツナ・タマネギ・ピーマンの炒めもの．
  • 晩 (2130): 蕎麦． コマツナ・タマネギ・ピーマンの炒めもの．

2003 年 06 月 12 日 (木)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 0900 研究室着．
• 昨日のことなどをうだうだと書いていたら時間をくってしまったり．
• また敵国から面倒な計算質問が …… と思ったら， こんどは単なる一次連立方程式ですむような． ふーむ， 先方の意図がわからんな．
• 北大構内走． 今日もなかなか暑い． 昼飯．
• 粕谷さんから「つぼ (urn) モデル」ならこれ， という文献を教えていただく:

  Norman L. Johnson, Samuel Kotz（1977） Urn models and their application : an approach to modern discrete probability theory.　New York : Wiley.

  すでに絶版? 北大には工学部図書室に一冊だけ蔵書があるようで． Johnson & Kotz といえば統計学ではちょー有名人らしいんだけど， それすら知らない私はまぁもぐりのごときものなのだろう．
• シウリザクラ関係， すすまん．
• 1930 研究室発． 1950 帰宅． 体重 71.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1240-1310． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.7 合． コンブ納豆．
  • 昼 (1320): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． コンブ納豆．
  • 晩 (2200): 蕎麦．

2003 年 06 月 13 日 (金)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 曇すこし雨． 0910 研究室着．
• とある原稿をみる …… やはり多くの生態学者にとって 「統計学なんてデータ解析にはいらないんだけど (ということで勉強する必要ない)， これやっとかないと論文が掲載されないし (ということで「チャート式」検定とかやってみる)」 から出発して， ゆーい差決戦主義に至るよーだ． さて．
• 他の分野については必ずしも詳しくはないんだけど， 統計学が重視されている (つまり確率論的モデルを明示的にとらえている) 分野ほど単純なる有意差決戦主義は忌避されつつある， んではないかな． あるいは国によって違ったりするもんだろうか? 前にも紹介したけど， 生態学におけるゆーい差決戦主義に対する批判の 例．
• 雨やんだようなので北大構内走． 昼飯．
• 「思いきって手をいれてみるか」 という方針で以前のコードをばさばさ切って， データの流れを変えてみると， シウリザクラのデータ解析システムの見通しが急激によくなってきた． よーし．
• わずか半年前のコードに何を苦闘してるんだか， というかんぢではあるけど， 「半年前の作りかけのプログラム」 っちゅーのはいかんね． なんというか， ふわふわしたうまくいくかどうかもわからぬ 中途半端な構想を思い出そう， というのは無駄な努力だ．
• データが見えてくると， その構造の内包する未解決問題も見えてくる …… これは自分ではどうしようもないな． そのあたりを談判するべく発注者の M2 大澤君を探す． 時刻はすでに夕方． 8F にいない， と思ったら 7F 実験室で造花づくり工員をやってるぞ …… えーと， つまりマルハナバチどもの女王として君臨する M1 平林さん のワーカーの一人となって働いていて， ですね．
• プログラミングに疲れていた私も， ふと気づくと人工花製造ながれ作業の一部に組み込まれていた． エッペンドルフ管 の下部を切断したものに 人工茎固定用のクギが貫通したモノがまわってくるんで， 人工花蜜が洩れないように瞬間接着剤をクギのまわりにつける． 接着剤なかなか乾かない． そして指先がばりばりになる． しかし 人工花 生産のラインは止まらない． 流れがおそくなったらアメだのチョコだのが配給される． すなわちこれが社会性昆虫の研究だ!
• 何をするはずだったのか思い出せぬまま， 本日のノルマ終了． 2050 研究室発． 雨ふってない． 2110 帰宅． 体重 72.0kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1240-1310． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.9 合． 納豆．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 生協・野菜サンド (186 円)．
  • 晩 (2230): 米麦 0.9 合． ダイコンナ・マイタケ・豆腐・煮干の味噌汁．

2003 年 06 月 14 日 (土)

• 1000 起床． 朝飯． コーヒー． 雨か．
• 雨でだらだら．
• 雨やんだようなんで 1330 自宅発の北大構内走． 1420 帰宅． 体重 72.2kg． なんか体重が増えてるぞ． 昼飯．
• 1700 自宅発． 曇． 1710 研究室着．
• Trendy セミナー ペイジを新しくする， とか．
• 井田君がなにやら用事できたついでに， 赤坂・小菅・大澤・私という怪しげなる顔ぶれで札幌駅方面に 晩飯を食いにいく． 1950 研究室発． 晩飯． 2140 帰宅． シーザーズサラダの起源 に関して某院生がいんちきな語源を教えてくれたんだけど， 調べてみると上記リンクのようにホテル名・人名由来とわかった．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1330-1420． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): 米麦 0.7 合． ダイコンナ・マイタケ・豆腐・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1500): 米麦 0.7 合． ダイコンナ・マイタケ・豆腐・煮干の味噌汁．
  • 晩 (2020): 札幌駅 JR タワー内にあった Cobara-Hetta の札幌出店． 自称 Asian French． シーザーズサラダ， 牛タン生春巻， 鮮魚カルパッチョ， サケとイクラのライスパスタ， カレーのライスパスタ， サーモンのちゃんちゃん焼． ライスパスタというのはベトナムふう米麺． ちゃんちゃん焼は北海道ローカルな サケ味噌あじ石焼 (もしくは鉄板焼)． あとビールとウーロン茶で 一人あたま 1600 円強 (税込み)． まあ， 場所代を考えると安いのかな． 店員さんは気合いがはいってる． 当地は男女とも喫煙者が多い せいか店内は分煙されてない．

2003 年 06 月 15 日 (日)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー．
• 1140 自宅発北大構内走． 今日は快晴． 1230 帰宅． 体重 71.6kg．
• 1300 自宅発． 札幌駅南面の本屋をふらふらと． 1420 研究室着．
• 放置してたメイル書きなどなどなど．
• M2 大澤君とシウリザクラ観測データのデータベイス化 作業をお茶部屋で． こういう作業はデータを入力したヒトにいちいち確認していかないと 進捗しない局面が多々ある． 呪われゑくせる→CSV 自動変換ファイルのバグも いくつか特定できたんで修正．
• なかなかばてた． 2040 研究室発． 2050 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1140-1230． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 米麦 0.7 合． ダイコンナ・マイタケ・豆腐・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． ベイコンポテトサンドイッチ．
  • 晩 (2140): 米麦 0.7 合． コマツナ・タマネギ・マイタケの炒めもの．

2003 年 06 月 16 日 (月)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0820 自宅発． 晴． 0830 研究室着．
• シウリザクラデータのデータハンドラ作成の続き． 1100 ごろから発注者の大澤君もまきこんで作業すすめる． これまたひじょーに基本的な知識が欠落してたんだけど @a = split /,/, '1,2,3,,,,,,,'; とすると @a = (1, 2, 3) となる …… つまりうしろのほうは削られるわけか．
• 昼になったので一区切り． HINES の DHCP server が …… いや， どうも地環研 local な問題かもしれづ， という情報も．
• そして 「大学評価：プロジェクト(生物多様性)」 なる書類作成の下請け予告． 私の研究ってのは多様性とかほとんどかんけーないんですが …… しかし少なからぬお役所作文が押しつけられつつあるよーな．
• 1300 より 講座セミナー． 林床の多年草 ミミコウモリ (動物ではない) と コモチミミコウモリ の個体群・遺伝的多様性・繁殖様式なんかを調べてみます， というもの． どうやらこれはかの邪悪なユキザサのごとく， あちこちのそのそと動きまわったり， むやみやたらと分裂したりはしない …… ということらしいんだけど．
• 昼飯．
• 昼飯後にまたシウリザクラ問題． ぢりぢりと解決していく．
• 1600 から 2100 まで浦口さんとカエデ談判． なるほどなるほど浦口一族の伝統 …… ということで， 明日から少しばかりたいへんかも．
• 2120 研究室発． 2130 帰宅． 体重 71.4kg． カエデやせ．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.7 合． コンブ．
  • 昼 (1400): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． コマツナ・タマネギ・マイタケの炒めもの．
  • 晩 (2210): 米麦 0.7 合． コマツナ・タマネギ・マイタケの炒めもの．

2003 年 06 月 17 日 (火)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 晴． 0840 研究室着．
• 下請け仕事で一日が終わってしまった …… 自動作図と自動作表．
• 自動作図のほうはまだ簡単だったんだよね．

[Perl + gnuplot + LaTeX]

Perl の自作モジュール EZgnuplot.pm で gnuplot を呼び出し， EPS ファイルとして出力． set terminal postscript eps enhanced 使うとラベルなどの工夫がやりやすい (plus だとさらに強力なんだけど フォント指定がなぜかいまいち)．

• Perl で作図することで
  • びみょーなカスタマイズができる (上の図の例だと横軸両端の処理)
  • 似たような図をたくさん作るときに便利
  • 一度「工程」を作っておけば 作図やりなおしは瞬時にかたづく
• 自動作表のほうはあいかわらずむずかしかった． 時間かかる． 問題の複雑さにアタマがへろへろになると， そこらへんをうろうろ歩き回る．

[Perl + LaTeX]

行・列ともに「いれこ」状態になっている． 列ごとにフォーマットが指定して， かつ行数はふぞろい． これ一個だけなら手作業でもいいのかもしれないけど， 同じような (しかし行・列の個数が全部ばらばらな) 表をたくさん作成しなければならない， というときにはやはり自動化するほかない．

• 「似たよーな表」の集合を表集合と呼ぶことにすると， こういうのを生成させるには三段がまえぐらいの 抽象化を考えるとよいのかも， と気づいた．
  • どういう表集合にも適用できそうな 生成モジュール (ここでは LatexTable.pm)
  • ある表集合に共通するフォーマットを 生成するモジュール (ここでは TableFormatter.pm)
  • ある表集合に属する個別の表を 生成する Perl スクリプト (上のモジュールたちを呼びだす) と LaTeX テンプレイト
• 見てくれのいい (必ずしも単純な構造ではない) 表を自動的に生成する問題はなかなか奥がふかい …… 今回は「にせアカマツ」原稿専用だった作表機構を 大改造することで少しだけ汎用性よくなった． まあ， こういう下請け仕事の中にも， データ解析の基礎体力をやしなっていく何かがあるわけで．
• ともあれひととーりかたづいた． 2150 研究室発． 2200 帰宅． 体重 71.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.7 合． コマツナ・タマネギ・エノキダケの炒めもの．
  • 昼 (1400): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． コマツナ・タマネギ・エノキダケの炒めもの．
  • 晩 (2220): 米麦 0.7 合． コマツナ・タマネギ・エノキダケの炒めもの．

2003 年 06 月 18 日 (水)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． なぜか朝からアイロンがけ． 0850 自宅発． 晴． 梅雨・台風の影響ナシ． 0900 研究室着．
• 昨日の自動作表まわりを少しだけ手なおし． ぎょーむ日誌にそのへんうだうだと書いてみる， とか．
• 多様性関連の研究やってないのに 「大学評価：プロジェクト(生物多様性)」 なるお役所書類作成． といっても， 以前に書いたいいかげんな 解説 を削って字数あわせをもくろんでいるわけだが．
• う． 意外と進捗がよろしくない． 気分転換に Ethernet ケイブル作りをやってみる． ますます遅れる．
• 北大構内走． 少し曇っている． 昼飯．
• 1300 から講座見物にきた北大農学部 4 年生の対応． 樹木のシュートモジュールの研究， ということなので長谷川宣教師殿をひっぱってくる (甲山さんは今日から一週間のカナダ出張にでている)． さすが宣教師だけあって， なかなか熱心かつ巧妙なるせいるすとーく． 三次元デジタイザーのようなばてれん黒魔術なども動員して， ですね．
• 他の院生たちもあれこれと． 私はぼーっと横で聞いていただけ． 口頭情報交換能力の横浜独房群における悪化が いまだ回復していない， ということにしておこう．
• 宣教師殿によると北大は樹木研究によいところ， とのことらしい． 農学部 (札幌・苫小牧・名寄など)・地環研・低温研と あちこちにいろいろな樹木研究者がいて …… あ， つまりこの 4 年生氏が甲山研に進学しなかったとしても， 私に気軽に下請け仕事を出せる可能性が高い， っつーことか， と気づく．
• 夕方から夜にかけてぢりぢりといんちき作文． 時間かかる． どうも昨日の高速下請けでかなりばててるよーだ．
• ひととーりかたづいたので 2040 研究室発． 2100 帰宅． 体重 71.6kg．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1200-1230． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.7 合． 納豆．
  • 昼 (1240): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． コマツナ・タマネギ・エノキダケの炒めもの．
  • 晩 (2140): 蕎麦． 納豆．

2003 年 06 月 19 日 (木)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 晴． 気温はすでに 20 ℃． まぁ， 夏至まぢかの高緯度地帯なんで日出が早い (0355 ごろ) わけだが． 0850 研究室着．
• PC Unix 用の free 日本語フォント 出自問題 ってのはなかなか影響甚大になってしまうかも． 私もこの系列のフォントばかり使ってるし． SCO ばか騒ぎ なんぞは無視して差し支えないんだけどね．
• 下請け作表ぎょーむなど． 抽象化三段構えがうまくいってるんで， 無理なく機能拡張できる．
• で， いよいよ直径成長確率論的モデルの解説書き下請け， というやつだ．
• 午前中はぢたばたしてるばかりで終了． 北大構内走． 昼飯．
• 最近買った岩波 「統計科学のフロンティア」 シリーズ第 11 巻「計算統計 I」によると， この直径成長モデルは混合分布モデル (mixed distribution model) っつーことになる． つまり (観測値) = (自然のゆらぎ) + (人間の観測誤差) ということで． (後記: これは混合分布ではない)
• で， そのあたりの説明をどう整理するか． 紙きれもって北大構内逃避の旅に出る．
• 紙の上であれこれやったり 芝生のうえでごろごろしてから， かとーオフィスにもどる． 少しずつ進捗する．
• 1850 研究室発． 1900 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1250-1315． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.7 合． ハクサイ・タマネギ・ピーマン・マイタケの炒めもの．
  • 昼 (1330): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ハクサイ・タマネギ・ピーマン・マイタケの炒めもの．
  • 晩 (1940): 蕎麦． ミニトマト．

2003 年 06 月 20 日 (金)

• 0915 起床． ふちょー． うう． 朝飯． 0945 自宅発． 台風の影響うけて曇． 0955 研究室着．
• ふちょーなのでススまず．
• PDF 読みソフトウェアに ヘボい穴 が見つかったそうなので， 取り換えてみる．
• お茶部屋の大澤君昆虫標本づくり教室を見物． 生徒の森君がすげー小さい虫の標本化にとりくむ．
  「それってシウリザクラの送粉者?」
  「花で見つかったんですけどね……」
  「花粉運搬能力なさそう」
  「隣花受粉専用かも」
  なるほど， こういうのがいると自殖率が高まる?
• 雨ふってるんで北大構内走やめ． ちょうどいーや．
• 昼飯． なんか面倒があれこれと生起するような． 来年 8 月末か 9 月はじめの生態学会 釧路大会 (これは私が作ったんじゃなくて露崎さんが作ったペイジ)， どうなっちまうんでしょう．
• 夕方までかかって直径成長のややこしー確率論的モデルの説明を書く． いや， モデルがややこしーというより， 「自然のゆらぎ」と「人間の測定誤差」を分離する推定計算方法が 多少めんどうくさそうに見えてるだけなんだけど． で， こういう説明を書いてみるといろいろマズイことがいくつかわかった．
• まずどうでもいいことから． 昨日の説明で「混合分布 (mixed distribution)」 とか言ってたけど， これは混合分布ではない． 複合分布 (compound distribution) であり， 尤度関数は「たたみこみ」(合成積，convolution) のカタチになる．
• どうでもよくないほうは …… 計算やりなおしを必要とするもの． 現在のやりかたでは「人間の測定誤差」 があちこちでばらばらなんだよね． 樹種 A と B で測定誤差が異なる． これは， まあよろしくないでしょう． 樹種 A でも B でも測りまちがいの分布は同じ， ただし A と B それぞれが固有の直径成長ばらつきをもつ， と．
• 以前にこの問題に気づいてはいたんだけど， 直すの忘れてた． いやはや．
• 推定された「測定誤差」は数ミリの範囲におさまってる …… ってことは， まぁ全樹種全個体に共通な測定誤差を仮定して パラメーター推定やりなおしても他の部分はそれほどかわらんでしょう， と楽観しますかね．
• 2010 研究室発． 雨． 2030 帰宅． 体重 72.4kg． ふちょー太り．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.5 合． お茶漬け．
  • 昼 (1250): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ハクサイ・タマネギ・ピーマン・マイタケの炒めもの．
  • 晩 (2130): 米麦 0.7 合． ハクサイ・タマネギ・ピーマン・ホタテの炒めもの．