ぎょーむ日誌 2006-02-25

2006 年 02 月 25 日 (土)

• 1130 起床 …… ホントに C++ でアタマやられてるな． コーヒー． 朝飯． ひたすら洗濯 & 怠業．
• あっぷろーどしたぎょーむ日誌がすごくヘンだと気づいてあこれれ修正． だめだめだ．
• 呪われ祓いのため運動． 体重 72.2kg． 買物． 昼飯．
• 1700 自宅発． 曇． JR 札幌駅まわりの本屋をふらふらと． 1745 研究室着．
• SWIG にヤられてあいだに放置してたメイル書きとかネット雑用とか．
• 母子里 Gibbs 林冠 MCMC 計算， 手ぬきでちょっとした高速化ができないか， と試してみる． たとえば map を hash_map に置き換えてみるのはどうだろう? 2003 年 7 月 25 日 の記述を参考にヘッダーファイルを書き換える． う? なんかコンパイルがうまくできん， と思ったら …… 2002 年 4 月 18 日 にあるとおり， key に使えるクラスが限られてるんだよね． で， 一ヶ所だけ int を使ってる部分あったんだけど， ちっとも速くならなかったのでもとにもどす．
• いやー， しかし現状でも十分速いしね …… A801 の Dell 機 (Pentium4 2.4GHz) 上で実験． 最初の 5000 MCMC step の計算， 昨年 8 月の all Perl 版だと 169 秒かかる． 今回つくった SWIG なやつだとが 11 秒ですむ． 15 倍 以上の高速化になってる．
• たかが高速化， ってのはわかってはいるんだけど， これだけ速くなると計算可能性をイッキに広げてくれるので， 内容にかかわってくるというか， けっこう重要なんだよね ……
• で， 時間的によゆーできたような気がしたので， 来月の生態学会新潟大会発表の解析やってる M1 松田さんのところにおぢゃまして， 駒ヶ岳ミネヤナギデータ解析プログラミングを …… やっぱり C++ なんかとちがって R だと呪われ感が無いというか， コード書きに理不尽さがなくて良いですね．
• 2245 研究室発． 2300 帰宅． 晩飯．
• 本日ちょっとやってみた母子里計算の作図．

[100 万 MCMC step 計算]

上が対数尤度というかその分子部分 (観測データへのあてはまりの良さ) の変化で， 下は葉数が増えていく様子 (初期状態では葉数ゼロ)． 葉数がなかなか収束しない． つまり「あと一枚おしこめる …… いや，あと一枚」 てなかんぢで増えていくんだよね． 100 万 MCMC step あたりからさすがにこれも止まってくる． 以前は 100 万 MCMC step とか 8 時間ぐらいかかる計算だったんだけど， いまは 35 分ぐらいでできるんで， よゆーのある ``spin-up'' ができるようになった．

• 上の計算はぢつは少なくともひとつの「まちがい」をふくんでいる． この MCMC 計算は特に事前分布を仮定していない (非べいづ，なモデル?)． サンプラーは random walk sampler (Metropolis sampler とも呼ばれている?)． これはほとんど symmetric な sampler なんだけど， そうでない場所が一ヶ所あり， 「葉っぱ数ゼロ状態」↔「葉っぱ数 1 状態」 の部分だ． ここは「ゼロより小さくはならない」ことの補正が必要になる …… しかしまだ補正してない．
• ふとわからなくなったんだけど， これって (葉っぱ増減させる単位である) 各ハコごとに「ゼロかどうか」のチェックが必要なはずだよね． いや， しかし Gibbs 点過程の MCMC 計算なんかでは， そういうのは必要とされてないみたいだし …… 少なくとも葉っぱ生成に関しては「ハコ」という部分空間には意味はない． その逆過程である葉っぱ消滅 --- ハコひとつランダムに選んでその中に葉っぱあれば消滅させる， は …… うん， やっぱりあたかもハコに何か意味あるかのようなとりあつかいになっているな．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 60 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1200): 米麦 0.4 合． ダイコン・ネギ・ナメコ・タチの味噌汁． コンブあえもの．
  • 昼 (1550): コンブあえもの． 北 12 生協で買った餃子， カボチャの煮物．
  • 晩 (2340): うどん． ダイコン・ネギ・ナメコ・タチの味噌汁． カボチャの煮物．