ぎょーむ日誌 2006-03-(11-20)

2006 年 03 月 11 日 (土)

• 0800 起床． 体調いまいち． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業．
• 残念ながら怠業ばかりもしてられないので， 昼ちかくになって査読ぎょーむにぢりぢりととりかかろうとする …… うっかり引き受けてしまったので． だいたい私のところにまわってくるもの， というのはけっこうあちこちの査読者に (アヤしげなデータ解析やってるとかの理由で) 断られまくった行き場のないものが多いような気がするんだよね …… で， たらいまわしに疲れてしまった編集のヒトが知人だと断わりにくい， と．
• 昼飯． メイルかき． 1405 自宅発． 曇． 1420 研究室着．
• メイルかきとかネット雑用でなかなか査読ぎょーむに着手できん． いや， 逃避してるわけではありません．
• いかん． 「逃避」とか書くと， ホントに読む気がなくなってきた．
• ここにつけられてるフランス語の abstract ってのはすでにケラれた journal の足あとか?
• 査読するってのはこちらも試されてるわけで， 気が重いのである． とくに自分のふだんの研究とはハタちがいの場合は気が重い． 当方は何でも屋だと思われてるので， こうなるのである． これをぽぢちぶに捉えるなら， 査読者の知識ではなく知性と品性が問われているのである， とか． 知識って何なんだろうねえ ……
• すでに夜なんだが． 本日中しめきり． うん， たぶん世界標準時の本日中， だろう． まだまだ時間あるな． いや， こんなところで体力を消耗してはいかん．
• 以上は原稿ざっとみてアヤしげな図表 & データ解析法ながめて 「こりゃダメだろうな」と思っての記述． で， あきらめて気あいをいれて読み直してみると， 「何をやったのか」 の説明が手ぬきすぎるのである． 単純にそのあたりだけ指摘するか?
• …… いや， やっぱり解析もへぼいと指摘しないと納得してもらえないだろうね． いやはや．
• 雪山ラッセル登山的に査読報告を書きススめる． 何がラッセルなのかよくわからないけど． 堀りすすんでも堀りすすんでも先が見えないところか?
• ひととーりできた …… か? 時刻は 2140．
• 気分転換に寒い A 棟 8F を逍遥する． 無人．
• ひととーり見直してみる． 知性もへちまもあったもんぢゃないな． 送信． これで 査読者・編集者・著者それぞれがすごく不幸なきもちになるわけで …… まあ， 私の一存なんぞできまるわけではない， とはいえ ……
• 2245 研究室発． 2300 帰宅． 運動． 体重 72.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): ヨーグルト．
  • 昼 (1220): スパゲッティー． 日清「あえるだけ」パスタソースきのこと野沢菜．
  • 晩 (2430): 米麦 0.8 合． ニラ卵． 海藻・ナメコ・豆腐のすまし汁．

2006 年 03 月 12 日 (日)

• 0840 起床． 昨日のばてをひきづってるかんぢ． コーヒー． 朝飯． 洗濯． 怠業 (してる場合ではないんだが)． どうもあくびが止まらない． まぬけだ．
• やはりいつまでもうだうだとはできないんで， 昼飯くって 1345 自宅発． 晴． 北 12 条 ICI スポーツ (山道具屋) は桑園のほうに移転し， 今日から同じ場所に 100 円ショップが開店した． このへんで唯一． 1400 研究室着．
• 母子里 Gibbs 林冠モデル の改良． とりあえず割り算値思考に支配されてた尤度関数まわりを修正してみる． しかし「光センサーの観測値のばらつき」 はどういった確率分布になるかまったくわからん …… ということで， 無情報事前分布的に Gaussian (正規分布) とするか． それも等分散の．
• この分散パラメーターは 階層 Bayes モデル的にきめていくこともできるんだけど …… まあ今回の発表では (明示的な) Bayes 推定はまだ持ち出さない予定なので， 当方でてきとーに与えてやる．
• で， この「分散」は統計物理との対応でいうと「温度」になるんだよね (後記: いやはや考えなおしてみるとこれはまちがい， というか混同のたぐいだな)． 「温度」の低い林冠は「失敗をおそれがち」となり 途中で動けなくなる (葉が増減しなくなる)． そこで「温度」を少し高めてやって「少しぐらい失敗してもいいんだよ」 と許容してやると， 対数尤度は上がったり下がったりの MCMC 計算さーらさら♪ とゆーかんぢで葉っぱたちがいい具合に明滅する．
• で， さらにちょーしにのって「温度」あげてやるとどうなるか? この場合， 葉っぱたちはもはや観測データなんぞは 無視して森林の中びゅんびゅん滅茶苦茶に飛びまわってる (生成・消滅をくりかえす) かんぢになる．
• いままで分散を指定できぬ二項分布を使っていたので， このあたりは与えられた分散のもとで計算してきたわけだが …… あんがい現状のほうがよいかも． ひょっとしたら， 「林冠上層部で葉っぱがふりーづする」 問題もこれで解決するかもしれん．
• 今のところ分散 100 ぐらいで試運転やってるんだが …… 定常状態への到達もやや速いようにみえる． おそらくこれは分散大きいほど「速い」ように見えてしまうのだろうけど． 70-80K MCMC step ぐらいで対数尤度・葉数の上昇がふらふらしはじめた …… いや， まだぢりぢりと変化してるか． Metropolis-Hastings の Accept vs Reject は半々ぐらい． 仮想葉数 13000 枚ちょい， ダケカンバ葉数になおすと 4 万枚ぐらい． よしよし．
• 問題は林冠上層部が動いてるかどうか， だな． 尤度関数をこのように変更したことで， 「明るい場所」 で葉っぱが動きやすくなったのはまちがいない． さて …… 計算進捗はまだ予定の半分ぐらい， あと 40 分ほど計算を待たねばならんか．
• 収束とかふつーだけど， やはり林冠上層部の葉は動かんか．

• 一時間ちょいかけて， 「葉数を変えない版」 を実装してみた …… しかし試験運転してみたら， これは考えかたとしてあまりよろしくないとわかった． あらかじめハコにどれだけ葉をつめこんでおくか， に結果がかなり依存している．
• そこでプログラムをもとにもどし， 「葉っぱの移動・回転」 メソッドを追加する．
• さらに葉の生成・消滅・移動回転を 1 MCMC step の中で全部やらせることにしてみる． 計算に時間かかる．
• 簡単な晩飯くってから， 小山さんとやちパワー解析にとりくむ．
• いろいろと解明されたわけだが …… どうも R の zicounts であつかうような zero inflated model には奇妙な (あるいはそう奇妙ではないかもしれない) 性質があるらしい． 個数 x のモデルに比較して「いる・いない」 z モデルが複雑だと， 推定計算がまともにできないというあたりだ． おそらく， このあたり「こういうふうには使うべきでない」明確な理由あるはずなんだけど， それがよくわからなかった． しかし不思議だ．
• やちパワー問題はひととーり解決 …… しかしとっくに真夜中すぎ． 母子里林冠モデルのほう， 計算順調であるが林冠上層うごかぬ状態はあいかわらず． うーむ， がんこな連中だな． 2450 研究室発． びみょーに積雪． すごく寒い． あとで調べたらマイナス 6 度． 2505 帰宅． ばてばてた．
• [今日の運動]
  • やち zicounts() うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): シリアル．
  • 昼 (1230): 海藻・ナメコ・豆腐のうどん．
  • 晩 (2125): サンクスで調達してきたにぎりめし．

2006 年 03 月 13 日 (月)

• 0910 起床． あいかわらず時差とれん． コーヒー． 朝飯． 0950 自宅発． 晴． 1005 研究室着．
• 1030 から特別セミナー， 地球フロンティア (私が以前いたとこ) からきた Nicolas Delbart ``Spring phenology in boreal regions.'' りもせんデータとかでシベリアの樹木の開葉時期変動しらべたり， それをつかって純生産 (NPP) みつもったり， とゆープロジェクトの紹介． このあと北大の研究林あちこちに訪問するそうだ．
• 母子里 Gibbs 林冠モデル の改良作業． 現時点の問題点は (対数尤度改悪をおそれて) 林冠上層部の葉がぎょーこして動けなくなってしまう (上層部の葉の生成・消滅は下方に波及するため)， というあたりか． 新潟大会までに直せるかどうかわからんけど， とりくむ．
• このあたり抜本的には パラレルテンパリング法 で決着をつける， というのがスジかもしれぬ． しかしながら， これは抜本的すぎて改造たいへんだわ， 計算時間がいままでの二十倍ぐらいかかりそうだわ， なので今回はみおくり．
• 暫定的な， うまくいくかどうかよくわからない策としては …… 昨日の「葉っぱ移動」をもう少しマシにしてみることかな．
• とりあえず分散パラメーターを大きくしてみる． これはほとんど意味がなく， 暗所におしこめる葉数が増えるだけである．
• で， 昨日つくった「葉の移動」改善にとりくむ． 昨日の移動はハコ内で自由に「ワープ」できるというものだった． これでは林冠上層はほとんど動けない． そこで「移動距離」を 5cm とか 10cm に限定したらどうだろう …… ということでプログラム改造にとりくむ．
• アタマすっかり C++ 文法に呪われきってしまい， それだけでなく脳内の神経系は (一時的に) 三次元問題処理専用に再配線されてしまったので， あまり考えずに複雑な動作が書けるようになっている (……と思っていたのだが， 自覚症状ないだけでアタマはかなりばてきっていたと翌朝判明)． 客観的には彷徨える死霊みたいなモノなのかしれぬ．
• 1420 ひととーりできたので試運転開始． MCMC 計算そのものはこれまでと同じく順調に進行． 昼飯調達の旅にでる． なンかふらふらする． 研究室にもどって昼飯． A 棟 8F の階 hub がコンパクトな新型機に交換されたな ……
• 試運転で発見されたバグ修復とか． さらに試験運転．
• メイル書きあれこれ． 自由集会 の準備とか何もできてない． 「合宿」 とでは話題提供とか何もできなさそう．
• 母子里 Gibbs 林冠， 葉っぱに微小移動させると収束が速くなるのか …… と思ったらさにあらず， 今までよりたくさんの葉っぱが押しこまれるようになった． ダケカンバ葉換算で 4 万枚ぐらい入ってたのが 4.5 万枚ぐらいになった．
• つまり MCMC 計算は
  • 「よい位置」みつけて葉っぱを押しこむ
  • 消してもよい葉っぱをみつけて消す
  にくわえて
  • いったん押しこんだ葉を「ずらしてみて」 近くに良い場所・悪くない場所を探す
  ようになったので今までよりさらに押しこみやすくなった， ということなのかしらん? ゆずりあう / あわない満員電車はつめこめる人数が違うってこと? よくわからん．
• 250 万 MCMC step まで 182 分． POV-Ray 図を作って animate でぱらぱらまんがにすると …… おお， 林冠上層部全体が「わさわさ」動いてるよ!

[震える葉群]

ということで， 「MCMC 計算で Gibbs 林冠上部がカタまってしまうんですけど， どうしたらいいんですか?」 という質問うけた場合のとりあえずのアドヴァイスは 「葉っぱたちをランダムに 5cm ずつぐらい MCMC 的に動かしていくようにしてみなさい」 というものだった， と判明． swftools で SWF 動画 つくってみた．

• クリーニングにだしてたセーター回収するべく 1850 研究室発． 閉店時間 1900 まえに北 12 生協内洗濯屋に到達． ついでに買いもの． 米 10Kg 3380 円． 1910 帰宅． 運動． 体重 72.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 海藻・ナメコ・豆腐のうどん．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 北大生協の韓国ふう海苔巻．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． ニラ卵． 海藻スープ．

2006 年 03 月 14 日 (火)

• 0920 起床． 朝飯． コーヒー． 0950 自宅発． 曇． 1000 研究室着．
• 1020 から 1530 ごろまで 苫小牧 の平尾君と geoRglm と苫小牧 leafminer 寄生率問題に適用する相談 …… というか平尾君に geoRglm についていろいろと教えていただいた． この package については 先週 東京で牧さんにいろいろと教えていただいたんだけど， まだまだ私が理解できてない部分が多々あったと思い知らされたわけで ……
  • こういう geoR 系は variogram の理解というか， モデルと variogram の対応づけが必要である …… いままで「variogram なんて単なる『めやす』みたいなもんだし」 と重視してなかったんだけど， geoR 系の空間モデリングはこのあたりに (良くも悪くも) べったりと依存しているのである
  • たとえば空間相関の関数型は cov.spatial おぶぢぇくとの cov.model で指定するんだけど， ここで選べるのは variogram 世界でよくつかわれてるものである …… default は matern (Mátern だからまてるん?)
  • variogram 依存の欠陥として， 空間相関パラメーター phi の prior として平均ゼロの事前分布を選べない (はず …… あるいは強引に指定してもよい?)
  • さらに動物の分布拡大など「動いてる分布」 へのモデルあてはめを部分的に支援する trend.spatial おぶぢぇくとがある …… default は「平ら」な cte， それだけでなく座標値の多項式も使える
  • DSC 2003 という会議の proceedings に ``geoR'' Ribeiro, ``geoRglm'' Christensen たちの解説記事あり， 参考になる
  • (追記 …… うっかり書き忘れていた) geoRglm 駆使した論文も教えてもらった:

    J. van de Kassteele, A. L. M. Dekkers, A. Stein, G. J. M. Velders. 2005. Model-based geostatistical interpolation of the annual number of ozone exceedance days in the Netherlands. Stochastic Environmental Research and Risk Assessment 19:173-183. (URL)

• さらに先週は完全に誤解してたんだけど …… binom.krige.bayes や pois.krige.bayes でパラメーターのベイズ推定をやっているとき， Gaussian Random Field (GRF) の値 (s) は「観測地点」でのみ計算されており， 平面をうめつくす格子点でやっているわけではない (これは location など指定する conditional simulation mode)
• このあたり， まだまだ私が理解できてないんだが
  • GRF は「すかすか」でも 「空間びっしり」でも挙動は同じなのか?
  • 境界条件とか気にしなくてもいいのか?
  といったあたりが気になっている． 専門家にきいたほうがいいのかな．
• 平尾君発表はなんとかなりそうだし， 村上さん対策もいろいろと考えて本日は終了．
• なぜかこういう時期にかぎってメイルとか出さないといけなかったり．
• そして A 棟 8F の「真の権力者たち」にアタマ下げつつあれこれと根回し …… 来年度からの座席配分に関する件で．
• 母子里 Gibbs 林冠 MCMC 計算， 香川大の小林さんからのご指摘で気づいたんだけど， 林冠「下」の葉はもうちょい消せるな． というのも「葉っぱ以外による光減衰」があるので (つまり現状ではそれを葉っぱたちが「代行」している)．
• ついでに「見てくれ」も良さそうだからということで， 仮想葉面積も少し大きくしてみる (ダケカンバ葉 3 枚ぶん → 6 枚ぶん)． 下の図は途中経過， 150 万 MCMC step における林冠． まあ， 多少は「下」がすっきりしてる， かな? ……

• A 棟 8F hub が取り換えられたので 「ポート利用許可」とかも全部変更になった． ただしこれは管理者がわが全部やってくれた．
• 北大ネットのメイルサーヴァー， 3/8 (水) から「迷惑メール縮減」とやらのフィルタリングやってるんだが， これによって「届くはずのメイルが削除された」 疑惑が発生中 (しかも日によって削除されたり削除されなかったり?)． 「メイルだしたのに返信ない」 といったことにココロあたりある人はお手数ですが教えてください (とりあえずメイルで?)．
• 2025 研究室発． 2045 帰宅． 晩飯の準備． うんどう． 体重 72.6kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): ヨーグルト．
  • 昼 (1230): 平尾君と北大百周年記念会館 1F のきゃら亭で昼定食． シーフードオムライス， サラダ・コーヒーつき． 680 円．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． タマネギ・ニンジン・タラすりみのカレー．

2006 年 03 月 15 日 (水)

• 0920 起床． なンか生活周期が修復できない． 朝飯． コーヒー． 1020 自宅発． 晴． 1035 研究室着．
• 半径 7cm 仮想葉 (ダケカンバ葉およそ 6 枚ぶん) で MCMC 計算やらせていたんだけど …… ダメだ． これでは葉がでかすぎて林冠上層部がまた動かなくなってしまった (SWF 動画)． 葉の「移動」距離を 5cm から 2cm に変更してみる．
• 2cm にしてもダメ， とわかった． 仮想葉の半径 7 から 5cm にもどす． 半径 7cm 葉のほうが図にしたときの「みてくれ」がよいのだけど， まあ動かしにくいんだろうというのはわかる …… また計算やりなおし．
• この研究室にいた浦口さん (現・三菱総研で現時点では南米出張中) から浦口さんカエデ論文

  Uraguchi, A., Kubo, T. 2005. Responses to light in individual growth and reproduction of two Acer species and the long term consequences Ecological Research 20:177-187. (url)

  が第 6 回 Ecological Research 論文賞に決定された， とのたいへん嬉しいおしらせ． おめでとうございます， と非力な (蛇足な?) 共著者としてはこれに加わわれた幸運に感謝し， 主著者にお祝いもうしあげるのであった．
• 吉報あれば凶報ならぬ非吉報あり． ぢつは昨日のことなんだけど， 鍋嶋さん・日浦さんとの共著論文 (苫小牧樹木直径成長モデル) は Annals of Botany にケラれてしまった．
• ここは審査がかなり速いのは良い． さらに査読者の層もあついみたいで generalized linear Mixed model(GLMM) とかもち出しても それなりにマトモに読んでもらえる． しかしながらこのふたつの組み合わせのぢゃーなるに 投稿する論文にはかなり注意が必要だね ……
• たとえば GLMM のようにまだ必ずしも普及してないモデルの場合， 聞きかじりのナマはんかの知識で批判される場合がある (random effects は longitudinal data に使えないといったでたらめな指摘など) --- 締切にせかされてる先方が 「考えず・調べず」にいいかげんな判断をするかもしれない， というのであればそうとうにバカ丁寧に説明せんといかんかも． まあ上の例の場合だと 「わかってないのにわかってるフリ」してる reviewer の誤解を指摘すればいいだけ， なんだけど．
• これに関連してモデルまわりの説明でも「不要な」引用を もう少し増やしたほうがいいかも． よく「引用による正当化」というか 「○○という論文でこの数式が使われてたので (内容よくわかってないんだけど) ここでも使いました」 というヘンな説明はよく見かける． 私はそういうのはイヤなんで， たとえば GLMM とか引用で尤度方程式を正当化するのではなく， 「これとこれを組み合わせてこの数式が得られました」 ときちんと説明してたつもりなんだけど， そういう数式の導出ってのはぜんぜん読まれない場合があるみたいだ． どうもそういう reviewer どもは引用されてる文献をみて， 同じ数式が掲載されていれば「これが正解か」と判断するものらしい． 「権威」ある論文・教科書が大好きな (自分の頭では考えない) ヒトに読まれてしまうのであれば， 防衛的措置として先方が喜びそうな偉そうな文献でも示してやるべきかもしれん …… と書いてみるとやはりイヤな気分になった．
• まあ査読者たちの指摘の中にもごもっともなところもあり， たとえば種間比較を統計学的にやってないあたり反論が難しいと認めざるをえない …… とゆーか nested random effects 仮定すべき状況でまっとうな種間比較ができる 生態学研究者がこの世界にどれほどいるものなのか数えてみろ， という気もするけど． 現在の私なら (今年度修論したうけで計算方法を修得した) 階層ある Bayes 推定とかやるわけだが (これが最良の方法なのかどうかはよく考える必要あるけど)， 苫小牧論文の解析やってた時点では投入できなかったんだよね． まあ， 鍋嶋さん・日浦さんたちと相談して善後策を， と． いづれにせよ新潟大会以降だ．
• しかし (上にも書いたけど) Annals of Botany は審査が速い …… 投稿したのは一ヶ月ほど前 でもう結果がでたわけだ． で， 私が昨年 8 月にアカマツ論文投稿した (「論文審査せかせかやるべし」風潮にがんとしてタテついてる) 「硬骨反主流派」ぢゃーなる我らが Ecological Modelling ごときにいたってはいまだに審査延々引き延ばしまくってくれてるんだよね (ということでここへの投稿は現時点ではおススめできません， ねんのため) …… 昨日も「いったいどうなってるンでしょうか」 と問い合わせメイルだしたんだけど音信不通状態． 夜逃げしたのか?
• 計算指示とかメイル書きとかプリンター修理 (またしても不良な再生トナーカートリッジ問題!) とか「混合モデルの説明のしかた」の説明とか …… 昼飯．
• またメイルかきとか．
• 母子里 Gibbs 林冠モデル， 新潟大会発表にむけて残された最後の三次元計算に着手する． Flatleaf 近似．
• Perl インターフェイスがわから改造していく． 今までのコードとうまく融合させられるはずだ …… ばてたので A 棟 8F 散歩． すると ……

[女性大学院生の机の上に]

なぜかしら， マンガでわかる統計学 回帰分析編 が． ゑくせるの「そるばー」にて尤度方程式最適化 logistic 回帰の最尤推定やれ， といったまにあっくなことが書かれている．

• 事情をきくと， 名前はここでは明かせないが指導教官 (露崎さん) がうれしそうに買ってきて大原さんとかに自慢してあきれられ， さらには女性大学院生に「読め」といって渡したものと判明．
• ところで， いま「ひっこし」が大流行してるらしく， おどろくべきことに新潟 「合宿」 企画者四名の中でこの流れから取り残されてるはじつに私だけ， と判明してしまった． うーむ， 何だか不安になってきた．
• Flatleaf 近似， Perl インターフェイス側の改造はおわり， C++ 側にとびこむ …… Canopy クラスに Initialize_flat_leaf メンバー関数を追加， Light_processor クラスに Add_flat_leaf メンバー関数を追加 …… これで終わり? これだけで終わりなのか?
• あとは Gibbs 林冠葉に作った光計算その他がそのまま流用できる． ならば実行． バグとり．
• Flatleaf 近似は従来型のいわゆる群落光合成モデルに相当するものであり， MCMC 計算とかは必要ではなく， したがって一瞬で計算は終了する．
• Flatleaf 近似とは何か? そのダケカンバ林冠は下の図のごとし． 同じ観測データ与えられた場合の Gibbs 林冠 (の一例) はさらにその下に (昨日の図のつかいまわし)．

• 今回の発表は従来の考えにもとづく flatleaf 林冠 (上) と MCMC 計算でサンプリングした Gibbs 林冠 (下) がどう違うかを光合成速度を計算して示すことにある． 観測データに対応する葉群配置， 終了． 各葉群における明るさ計算， 終了． あとは R の中でちょいちょいと光合成計算するだけだ …… おっと光合成曲線を観測データにらみつつでっちあげる必要あるな．
• まあこれはそんなに急がなくてもいいだろう (計算のわくぐみの面倒な部分は完成してしまったことだし) …… とゆーことで Gibbs 林冠のほうのサンプリングをもう少し続けることに．
• そして新潟大会 自由集会 のうちあげ会場さがし …… 信濃川河口の大会会場 「朱鷺メッセ」 は「新潟市内の僻地」とでもいうべき不思議な位置にあり …… この近辺にはうちあげに使えるような店が あまりないようだ (ネット上の情報だけで憶測するかぎりは)． 新潟駅ちかく (あるいは反対方向の東堀通方面) まで 1500m 以上歩く必要あるみたいで (十数名を「引率」してこの距離を行軍するのはけっこう疲れるかも) …… 新潟ってそういうものでしょうか， と思わず (以前は新潟大におられた) 粕谷さんにお尋ねメイルだしてみる．
• 2000 研究室発． 2020 帰宅． 運動． 体重 72.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): クラッカー． タマネギ・ニンジン・タラすりみのカレー．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． タマネギ・ニンジン・タラすりみのカレー．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． ネギ・モヤシ・エノキダケの卵とじ．

2006 年 03 月 16 日 (木)

• 0920 起床． コーヒー． 朝飯． また 自由集会 のうちあげ場所さがし …… Google Local は地図上である条件の場所を探すのに便利で， しかも (一度に 10 件ずつしか表示されなかったので気づかなかったんだけど) 要件をみたしそうな店はそれなりに 見つかる． 1100 自宅発． 曇． 1115 研究室着．
• ひたすら 自由集会 と 「合宿」 雑用． むろん， 計算機がヒマそうにしてるんでさらに良さげな Gibbs 林冠を生成できないか， 探索はさせているんだが ……
• 自由集会のうちあげ， 最初予定してた店は電話しても 「おかけになった電話番号は現在……」 状態． ここも夜逃げしたのか? その近くにある別の居酒屋予約する． (いつものことながら) 人数不定ということでイヤがられてしまう． だって自由集会終了後でないと人数は確定しないわけで …… とぼやきつつ うちあげ ペイジ作る． もし「ぜったい参加します」とゆー奇特なヒトがおられましたら 久保まで連絡いただけると助かります．
• 新年度の院生の机配分． A 棟 7F の 704 室も院生部屋になることが決定されてしまった． 「誰が移動させられるのか」 選抜する厳正に公正を期したあみだくじの結果 …… A 棟 8F における女性大学院生たちに対する 野郎大学院生どもの数的劣勢はいよいよ絶望的なものとなってしまった． 私はちかごろになって ``The Future is Wild'' 「一億年後の世界」 に登場する「地球の歴史上最後の哺乳類」たる ``ポグル'' たちになぜかしら親近感おぼえてるようになりつつある．
• 本日は追い出しコンパなので皆さんと 1805 研究室発． 地下鉄南北線ですすきのへ． 200 円． このへん来るのはすごくひさしぶりだ． 鶏肉料理屋で歓談． 2130 帰宅．
• 書類かき． 内容そのものより 科研費マクロ の改造にてこずってしまった．
• また生活周期が ……
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): 米麦 0.5 合． ネギ・モヤシ・エノキダケの卵とじ．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ネギ・モヤシ・エノキダケの卵とじ．
  • 晩 (1840): 追いコン． 唐々屋 南３条店． 手羽先唐揚， 竜田揚げ， なべものなど鶏肉料理など．

2006 年 03 月 17 日 (金)

• 0800 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0915 自宅発． 晴． 0930 研究室着．
• 東科研の件で琉球大学の辻さんが高田さんと私あいてに モデリング相談にきてくださったので， 一日中アリ話．

[三浦さん部屋のトカゲ]

昼飯後に辻さんのうしろにくっついていって 三浦さんの研究室 におぢゃましてみた (じつは C 棟の研究室を訪問するのは初めてである)． Diacamma (トゲオオハリアリ属) などがかわれているのは当然として， 三浦さんの部屋にはなぜか 5-6 匹の大きなトカゲまで …… 動物好きの 4 年生にススめられて， 私もトカゲをだっこして歩き回る状況に．

• 1850 研究室発． 辻さん・高田さん・三浦さん・三浦研の院生たち (岡田君・宮崎君) についていって北 11 の ひだまり庭 へ …… いやー， ここでもハナシがえんえんと続いたというか …… 辻さんの憂国談義から仮面ライダー変遷史のさらにアツい語り， 三浦さんの「おやぶん」ぶり， 高田さんの「いいおっちゃん」(三浦談) ぶり， などなど． 2330 帰宅．
• アリのモデリングについては …… 「アリについてわかってること・調べられていること」 がすごく偏っている． しかも東科研では「わかってないこと・調べられていないこと」 というより「そもそも調べられないこと」 をモデルで計算する， という趣旨だ (うん， どうしてこんな申請が通ってしまったのかいまだにまったく理解できない)． まずは「わかっていることになっていること」 (何もかも疑わしいわけだが) のうち「粗いこと・細かいこと」を整理しておさえていくしかあるまい．
  • わかっていること (細): ワーカーの生き死に， 仕事ぶり， 行動範囲， けんか
  • わかっていること (粗): 「その場所」の植物の生産力から， その場所で維持できるアリ個体数の上限がさだまる …… じっさいにはいろいろな効率の悪さ， あるいはコロニー間戦争でワーカーは浪費されるので， この上限よりずっと少ないアリしか存在していない
  • わかってないこと: コロニーのサイズなど， 地面の中のこと
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): クロワッサン．
  • 昼 (1240): 百周年記念会館きゃら亭． 昼定食， 鶏照り焼き丼 & とろろそば． 680 円．
  • 晩 (1900): ひだまり庭

2006 年 03 月 18 日 (土)

• 0820 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業．
• 怠業してても疲労回復感ないんで 1515 自宅発． 曇． 1530 研究室着．
• メイルかきとかネット雑用とか．
• よーやく新潟大会の 一般講演用の ポスター作りに着手しはじめる． LaTeX & a0poster.cls
• なかなかススまん．
• ハラへったので帰宅しようとしたら， 「久保さんまだまだ準備に時間がかかりそうなんですか? 私なんかもうポスターできちゃいましたよ」 と楽しげな M1 大学院生が縮小版をみせてくれたので拝見してみることに …… 「できちゃいましたよ」 のはずのポスター， なぜかしらそこから二人して一時間以上検討せねばならぬことに．
• 2300 研究室発． 2320 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 本日もうんどう休養日， か
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): クロワッサン．
  • 昼 (1300): スパゲッティー． 日清「あえるだけ」パスタソースきのこと野沢菜．
  • 晩 (2400): スパゲッティー． レトルトパウチドのトマトソース． ニラ卵．

2006 年 03 月 19 日 (日)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 少し怠業してから， 一般講演 ポスター作り．
• なかなかススまん．
• 1505 自宅発． 曇． 1520 研究室着．
• 発表ポスター作りのつづき．
• 寒い． 札幌市はすでに氷点下．

[ポスター作成，前途遼遠]

白い

• 2155 研究室発． 吹雪． 2220 帰宅． 晩飯．
• いかん， 進捗しない．
• [今日の運動]
  • またしても ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): バターロール．
  • 昼 (1320): スパゲッティー． レトルトパウチドのトマトソース．
  • 晩 (2320): 米麦 0.8 合． ネギ・ハクサイ・しらたき・豆腐の煮物． コマツナあえもの．

2006 年 03 月 20 日 (月)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0935 自宅発． 雪． 0950 研究室着．

[三月の吹雪]

また積雪しており冬に逆もどりしたような景色だ． しかし札幌がいかに風雪にまみれようとも， すでに冬は終わってしまい， 今週末は生態学会新潟大会である．

• 亀山さんのゐんどーづ機にファイル転送なクライアントソフトウェア のインストールぎょーむ …… 今まで知らなかったんだけど FileZilla というのがあって日本語化などもススんでいる． 「まあどうせ他人の PC だし」 という無責任なぽりしーでインストール． なかなか使い勝手がよい． しかし SFTP 転送ってすごく遅いな …… と思ってたらこれはあたりまえで， 転送内容を暗号化するところでてこずってるわけね．
• 苫小牧の平尾君が早くも (というか私がおそいだけだが) 講演ポスター作って送ってきたのでさっそく拝見する． メイルでコメント． けっこう時間かかる．
• 割り算とかイヤなんだけど， 「面積 21.78 m² の林分に 40326 枚のダケカンバ葉が……」 とか言ってもわかりにくい過酷な現実と妥協して leaf area index (LAI) といった割り算値を計算せねばならぬことに ……
• LAI
  • Gibbs 林冠: 4.56
  • FlatLeaf 林冠: 2.00
  とうぜんこの葉面積の違いは二酸化炭素固定速度にも反映されるわけで， てきとーなる光-光合成曲線のもとでの生産速度は
  • Gibbs 林冠: 113 g ha^-1 s^-1
  • FlatLeaf 林冠: 62.7 g ha^-1 s^-1
  • Monsi-Saeki 林冠: 75.7 g ha^-1 s^-1
  単位は少しヘンなものだけど， まあいいでしょう． で， これをマにうけると， 「葉っぱは平板」な従来型モデルは生産力をかなり過小推定していることになる． おそらく「平らな葉」の遮光効果が効率「よすぎる」ため， ということなのだろう (あと光-光合成曲線の飽和とも関係ある)．
• 光合成速度測定器に「おてがる LAI 計算」 と 昼飯． 窓の外は暴風雪． 真冬みたいだ．
• 葉面積指数だの林冠生産力だのの計算． R で． このあたり単位の換算がむやみにあって楽しくない． 表で示すべきか， と思ったんだけど図でまとめてみる．

[LAI と生産力]

あとで生産力計算のときに， 葉っぱの光透過がぬけてたことに気づいて再計算． いやはや．

• 院生のみなさんもポスター作りが佳境のようで．
• そういう状況ではよく雑談に拘束されたりするのである．
• 私は LaTeX でポスター作ってるんだが …… 院生たちは Adobe Illustrator 派と poorpoint 派が半々ぐらい …… いや， 世間の風潮にながされて後者がやや多いか?
• みなさんが言うところでは， poorpoint で A0 サイズのポスター作って， これを Adobe Acrobat で PDF ファイルに変換しようとすると， なぜかしらレイアウトとか狂ったりするそうで …… 頼るべきでないソフトウェアに何もかも片づけようとするむくいだ， とも言えるわけだが．
• さて， OpenOffice.org なら問題なく PDF 出力できるので， poorpoint からそっちに移行すればいいぢゃん， とおススめしてみたんだけど …… この解決策は半分正解で半分まちがいであった． 「よゆーあるマシン」「『ヘンな操作』してない poorpoint」 の組みあわせなら何も問題なく PDF エクスポートできる． しかしながら，
  • メモリによゆーのないマシン: poorpoint より OpenOffice.org (ゐんどーづ版) はメモリを食いつぶすらしく paging がしょっちゅう発生する …… 他のソフトウェアは閉じてるのにどうしてそうなるんだろう， といぶかしく思っていたんだけど， 考えてみると OS (XP) 自身が資源をくい散らかしてわけね
  • 呪われ poorpoint ファイル解毒失敗: いまだにおひすファイルは (ユーザーから見えない) 隠れコードがうまくあつかえてないらしく， OpenOffice.org で開いたときにそれが顕在化して (たとえば) フォント指定などが変わっていたりする
  まあ， あと R から copy & paste ではりつけられた図， とか? もうちょいマシな図のはりつけかたがあるとは思うんだけど．
• 雑談 & とらぶるシューティングに巻き込まれつつ， 夜中ちかくになってよーやくポスターがひととーり完成．

[とりあえずポスター]

大学院生たちに 「字が多すぎる」 と叱られる． アップロードして共著者の小林さん・加藤さんに連絡． まあ水曜日の午前中には印刷屋にだせるだろう ……

• 2430 研究室発． 吹雪． すげー寒い …… と思ったけどあとで調べたら気温は氷点下 1 度だった． 強風で体感温度が下がったのか． 2445 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • また運動休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.6 合． ネギ・ハクサイ・しらたき・豆腐の煮物．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ネギ・ハクサイ・しらたき・豆腐の煮物．
  • 晩 (2510): 米麦 0.8 合． ネギ・ハクサイ・しらたき・豆腐の煮物．