ぎょーむ日誌 2006-03-13

2006 年 03 月 13 日 (月)

• 0910 起床． あいかわらず時差とれん． コーヒー． 朝飯． 0950 自宅発． 晴． 1005 研究室着．
• 1030 から特別セミナー， 地球フロンティア (私が以前いたとこ) からきた Nicolas Delbart ``Spring phenology in boreal regions.'' りもせんデータとかでシベリアの樹木の開葉時期変動しらべたり， それをつかって純生産 (NPP) みつもったり， とゆープロジェクトの紹介． このあと北大の研究林あちこちに訪問するそうだ．
• 母子里 Gibbs 林冠モデル の改良作業． 現時点の問題点は (対数尤度改悪をおそれて) 林冠上層部の葉がぎょーこして動けなくなってしまう (上層部の葉の生成・消滅は下方に波及するため)， というあたりか． 新潟大会までに直せるかどうかわからんけど， とりくむ．
• このあたり抜本的には パラレルテンパリング法 で決着をつける， というのがスジかもしれぬ． しかしながら， これは抜本的すぎて改造たいへんだわ， 計算時間がいままでの二十倍ぐらいかかりそうだわ， なので今回はみおくり．
• 暫定的な， うまくいくかどうかよくわからない策としては …… 昨日の「葉っぱ移動」をもう少しマシにしてみることかな．
• とりあえず分散パラメーターを大きくしてみる． これはほとんど意味がなく， 暗所におしこめる葉数が増えるだけである．
• で， 昨日つくった「葉の移動」改善にとりくむ． 昨日の移動はハコ内で自由に「ワープ」できるというものだった． これでは林冠上層はほとんど動けない． そこで「移動距離」を 5cm とか 10cm に限定したらどうだろう …… ということでプログラム改造にとりくむ．
• アタマすっかり C++ 文法に呪われきってしまい， それだけでなく脳内の神経系は (一時的に) 三次元問題処理専用に再配線されてしまったので， あまり考えずに複雑な動作が書けるようになっている (……と思っていたのだが， 自覚症状ないだけでアタマはかなりばてきっていたと翌朝判明)． 客観的には彷徨える死霊みたいなモノなのかしれぬ．
• 1420 ひととーりできたので試運転開始． MCMC 計算そのものはこれまでと同じく順調に進行． 昼飯調達の旅にでる． なンかふらふらする． 研究室にもどって昼飯． A 棟 8F の階 hub がコンパクトな新型機に交換されたな ……
• 試運転で発見されたバグ修復とか． さらに試験運転．
• メイル書きあれこれ． 自由集会 の準備とか何もできてない． 「合宿」 とでは話題提供とか何もできなさそう．
• 母子里 Gibbs 林冠， 葉っぱに微小移動させると収束が速くなるのか …… と思ったらさにあらず， 今までよりたくさんの葉っぱが押しこまれるようになった． ダケカンバ葉換算で 4 万枚ぐらい入ってたのが 4.5 万枚ぐらいになった．
• つまり MCMC 計算は
  • 「よい位置」みつけて葉っぱを押しこむ
  • 消してもよい葉っぱをみつけて消す
  にくわえて
  • いったん押しこんだ葉を「ずらしてみて」 近くに良い場所・悪くない場所を探す
  ようになったので今までよりさらに押しこみやすくなった， ということなのかしらん? ゆずりあう / あわない満員電車はつめこめる人数が違うってこと? よくわからん．
• 250 万 MCMC step まで 182 分． POV-Ray 図を作って animate でぱらぱらまんがにすると …… おお， 林冠上層部全体が「わさわさ」動いてるよ!

[震える葉群]

ということで， 「MCMC 計算で Gibbs 林冠上部がカタまってしまうんですけど， どうしたらいいんですか?」 という質問うけた場合のとりあえずのアドヴァイスは 「葉っぱたちをランダムに 5cm ずつぐらい MCMC 的に動かしていくようにしてみなさい」 というものだった， と判明． swftools で SWF 動画 つくってみた．

• クリーニングにだしてたセーター回収するべく 1850 研究室発． 閉店時間 1900 まえに北 12 生協内洗濯屋に到達． ついでに買いもの． 米 10Kg 3380 円． 1910 帰宅． 運動． 体重 72.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 海藻・ナメコ・豆腐のうどん．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 北大生協の韓国ふう海苔巻．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． ニラ卵． 海藻スープ．