ぎょーむ日誌 2006-03-23

2006 年 03 月 23 日 (木)

• 0740 起床． クスリのんだせいか， 頭痛は消えた． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 明日から新潟なんで．
• 生態学会新潟大会の準備． データ解析の自由集会 の話題提供は「改善したい，しかしこれ以上つめこめない」 ぢれんまにおちいったままなので， 気分をかえることにして， 明晩の自由集会「動物の分布拡大プロセスを予測する」 の準備． なぜかしらコメンテイターとやらを引き受けてしまったので． たぶん 5 分ぐらい場をもたせればよいのだろう．
• 「動物の分布拡大」なんて自分では研究したこともないのにね， と思うわけだが …… いや待てよ． 今の今まで完ペキに失念していたのだが， 私も (これまたなぜかしら) 組みこまれてしまってる 東正剛科研基盤 (A) 「外来侵入アリ類と融合コロニー形成に関する総合的研究」 において， なんだか動物の分布拡大みたいなコトを計算しないといけないんだっけ? いやはやー …… おそらく東大統領を含め， たれ一人としてそんなことは記憶していまい．
• 1005 自宅発． 曇． 1020 研究室着．
• スイスの R-help archive サーヴァーが死んでるな ……
• 自由集会の準備ススまぬ逃避として着手された， 「動物の分布拡大」コメントの準備 …… こっちもススまん． 八方ふさがり逃げ場ナシとはこのことか．
• いや …… メイル書きとかネット雑用， といった逃げ場は常にそこにある．
• データ解析のほうの自由集会， どうやら話題提供のみなさん glmmPQL() (in library(MASS)) を使った解析例を示されるみたいで (粕谷さんだけ nlme())． PQL とは「罰則つき擬似尤度」 (penalized quasi likelihood) のことで …… うーむ， この自由集会の中で quasi likelihood ぎらいは私だけ， なのか (粕谷さんも quasi likelihood ひいきだった， はず)． 孤立してしまった．
• ``Categorical Data Analysis'' (Agresti, 2002) よむと PQL の悪口が書かれてるような気がしたので， 孤独による不安感が少しおさまる．
• 昼飯． 仕事がイヤになりお茶部屋でうだうだしてみる． A 棟 7-8F のうち 6-7 名はすでに新潟に出発ずみで， 人口密度はやや低い． 残っているヒトたちと 「一日目はこういう自由集会があって……」 とか説明的雑談して， 準備という面倒にしがみつこうとはしているわけですよ．
• その後も文献よみとか …… いちおうこれは「コメント」のほうの準備のつもり， なんだけど．
• コメント用作図． 私は電気鼠で作図するのはあまり好きではないので， R で作図プログラムを描いてみる． もしかしたらいつものごとく Tgif でも使ったほうが速かったかもしれないけど， 「イライラ感」はこちらのほうがぜんぜん少ないんで …… こういうのってタテ・ヨコがずれてると気分わるいぢゃないですか． R にやらせればもう完ペキにぴしっと …… いかん， 少しココロを少し病んでいるのかもしれん．

• しかしこのまんなかの「鉛筆しゃしゃしゃ斜線」 ふうの「雲」はちょい面白いでしょう． R でもなければなかなか作れない効果だ．
• 「これからの時代はやっぱり R で作図だ!」 という同志のためここまでの作図コード fig0323.R.txt を公開しておこう (本番用作図コードは何種類もの似たような図を生成するので さらにややこしいものとなる)． 上の図から青矢印だけとったやつとか， 派生する図をいろいろ描くんで， こういうふうに関数にわけてるのである．
• 蛇足ながら上の図の意味は， 「動物の分布推定」 は隠れマルコフモデル (Hidden Markov Model) あるいは 一般状態空間モデル (generalized state-space model) の推定とみなすのが妥当であり， 状態と同時に見えない「相互作用」 (ここでは移動とか) を例によって MCMC 計算とかで推定しないといけませんね， というハナシ．
• 1940 ごろ にれ印刷 が月曜日の ポスター発表 につかう A0 ポスターとどけてくれる (じつはすでに月曜日から「ポスター発表」ペイジで Gibbs 林冠ポスター PDF ファイルは公開していたわけだが)． 印刷は完璧． たいへんすばらしい． 他の皆さんは Office24 札幌駅前通店 にだしてたみたいだけど， ヒトによってはけっこう苦闘したそうで ……
• けっきょく最後の図は R だけでは作れず， Tgif も併用することになった． しかし R でつくった EPS ファイルをそのまま Tgif にとりこめるんで， なかなか気分はよろしい． Tgif から EPS 出力してそれを LaTeX にとりこむ． EPS で完結する世界． 最終的には dvipdfmx で PDF 出力．

• 問題は私の作業ぶりがのろくさいというか， いよーに時間かかってるんだよね． 時刻はすでに 2030 ちかい．
• ふと思いついて root file system 不調ぎみの研究室 web server を reboot (file system 修復するため)． 再起動命じた時刻 2030 …… お， やはり bad block でそうとうにヤラれてるな． e2fsck で root の /dev/hda1 は簡単になおったんだけど， 他の partition は巨大なので (そしてこのマシンは非力なので) 苦闘している． ひょっとして数時間かかるのか?
• あ． /home も bad block にヤラれてる． 新潟から帰ったら新しい HDD 買おうかしらん． ともかく新潟前に修理できる部分は修理する．
• 三中さん から連絡いただき， ``The Lady Tasting Tea'' が翻訳されて 「統計学を拓いた異才たち―経験則から科学へ進展した一世紀」 となったそうで． この本は「買い」です． 面白くて感動できて統計学の理解が深まります (訳文が良いものであることを祈る)．
• こういうのが出版されるウラには， ちかごろの「数学書ぶーむ」とやらが関係してるのかしらん? いや， ちゃかしてるんじゃなくて， たしかに一般むけの良い数学関係の本はいろいろでてるよね ……
• Web server 機の HDD 修復， 2200 に完了． 1.5 時間もかかった ……
• ばてたので撤退． 2220 研究室発． 2235 帰宅． 晩飯．
• ともかく新潟にもちこむ ThinkPad が現地で壊れてもなんとかなる， というところまではススめておかねば ……
• 2420 金曜日夜と土曜日夜の PDF ファイルを USB メモリにコピー． いつもの rsync 利用 backup コマンドでサーヴァーにも最新状態を同期． まあ， これで ThinkPad 壊れたりしてもなんとかなるだろう．
• R-help server は今日の夕方ごろつまり現地の朝に復旧していた． しかしながら粕谷さんの例の 難しい質問 にはまだ回答がついてない．
• [今日の運動]
  • けっきょく新潟前は運動不足のままオワってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． ニラ・シイタケ・豆腐の卵とじ．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ニラ・シイタケ・豆腐の卵とじ．
  • 晩 (2250): 米麦 0.8 合． ネギ卵丼． 海藻スープ．