ぎょーむ日誌 2008-11-(11-20)

2008 年 11 月 11 日 (火)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． 0935 研究室着．
• 地衣類論文， 再投稿前のチェック．
• 研究室セミナー， 本日は吉田君で Kikuzawa (1991) の最適落葉タイミングのモデルをひねくります， といった趣旨のものだが …… 吉田君自身の前回・前々回セミナーと同じく， 「生涯純生産量の最大化」 すべきであると完全にカンちがいしたハナシが 2 時間ばかりつづく． 菊沢さん (だけでなく光合成 optimization なヒトたち) の進化の規準は「生涯平均純生産速度の最大化」だ． これをマルサス係数の代替物として使っている， というだけのハナシでしょう．
• 〆切ばすたーずな生態学若手べいぢあんたち (「真の〆切日」なるものは存在せず， 〆切日もまた確率分布として表現しうると仮定している) のべいず解説記事よみ． まあ， このベイズ特集はけっこうインパクトがありそうな．
• 昼飯．
• ベイズ解説記事よみこめんとメイルかき．
• また別のデータ解析こんさるメイルかき．
• 地衣類原稿， chief editor が「これで OK」といってくれれば苦闘がむくわれる原稿の再送付作業． いつものごとく，電子投稿はおろか電子メイルやりとりもありえないぢゃーなるなので， 合計 100 枚ちかい紙束を準備， 「ふろっぴーでぃすく」にファイルをコピー， 封筒にいれてあとは雪野さんにおねがいを …… なるほど， 先方の電話ですか． えーと， やはりというか The Lichenologist サイト (こんなものがあること自体が奇跡だ) にはやはりというか電話・ファクシミリ番号なし (とうぜん e-mail アドレスもなし)． chief editor の Peter Crittenden さんの研究室には電話がないのかな …… あった． 志水さんに連絡メイルをおくって， 一件落着． とりあえずは．
• このどたばた作業のあいまに， 松田君とテングザル論文議論をすこしばかり． マレイシア調査がいろいろあるようで ……
• 生態学会さーばーと研究室雑用 wiki のネット雑用を少々 ……
• ウワサでは莫大な数の応募があったという生態学会盛岡大会の 企画集会・自由集会， 粕谷さんと私がもうしこんでいた GLM 再入門 は開催してよいことになった． ウワサでは「申請はぜんぶ採択した」 とのことなんだけど …… 生態学会大会というのも肥大化のあげく， どんどんスゴいことになっていますなぁ ……
• 明後日の授業じゅんび． 講義のーとのみなおし・かきなおし．
• 1840 研究室発． 買いもの． リンゴが安くてうれしい季節です． しかも他の青果類とちがって， 産地にちかいせいか北海道でも多種多様な品が選べる， と． 1905 帰宅． 晩飯の準備． ちょっとうんどう． 晩飯．
• Phil Spector の Data Manipulation with R の訳本である 「R データ自由自在」 を訳者の石田さんから出版社経由で送っていただいた (自分でも一冊すでに購入していたのだが)． ありがとうございます．

[R データ操作本]

当サイトの R のとりかかり などでも書いているように， とにかく R でまず修得すべきわざは 「R の data.frame 操作」 「R で作図」 である． これらの本は R へのデータよみこみ， data.frame 操作， 文字列処理， apply() 系関数群による data.frame 集計 や reshape() 関数の使いかたなど必ず使うことになる基本わざについて 解説されている．

• ということで， 現在翻訳原稿が出版社にわたっている (ハズ) の「R の作図わざ」 本とあわせて R の基本わざ本というかんぢでしょうか． しかし共立出版は「作図わざ」本の翻訳原稿をかかえたまま， ブキミな沈黙をまもっていたりするんですよね …… ま， 倒産の危機にひんしているわけでもないのだろうけど．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 背筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.8 合． ネギ・サケの電磁波蒸し． 鶏レバのショウガ煮．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ネギ・サケの電磁波蒸し． 鶏レバのショウガ煮．
  • 晩 (2050): 米麦 0.8 合． トマト・レタス・イカ・ホタテのカレー． キャベツ・キュウリ・アボガド・ミズナ・ハムのサラダ． 鶏レバのショウガ煮． ヨーグルト． リンゴ．

2008 年 11 月 12 日 (水)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 晴． 0915 研究室着．
• なんだかいろいろとネット雑用が ……
• 明日午後の授業の準備のつづき． といっても講義のーとをひねくっているだけだが． 明日の午前は悪夢のごとき大型ゴミ作業の指揮があるので， 今日中にさっさとすませておかなくては ……
• 昼飯．
• 昼飯後も同じ作業．
• 午後 2 時間ばかり保要さんの R 作図いんすとらくしょん． サロベツ湿原上の調査プロットのモウセンゴケ地図のつくりかた． R の plot() は便利な関数というべきなんだろうけど， ヒトに使いかたを教えていると， あちこち何とも不条理なしろもののように思えてきて， ですね ……
• また講義のーとなおしのつづき．
• 帰ろうとしたらひさびさにお茶部屋雑談にとらっぷされた． 1955 研究室発． 2010 帰宅． 体重 70.2 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• 明日， 午前中はゴミすて作業， 午後は授業．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): シリアル．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン． キャベツ・キュウリ・アボガド・ミズナ・ハムのサラダ．
  • 晩 (2200): 蕎麦． キャベツ・キュウリ・ミズナ・ハムのサラダ． ヨーグルト． リンゴ．

2008 年 11 月 13 日 (木)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 曇． 0845 研究室着．
• A803B ゴミおき部屋 (別名: 久保がいる部屋) の大量の備品ごみその他を廃棄するので， その準備として小物ゴミを室外にもちだす． すると， 予想していたよりずっと速く事務室会計係より連絡があり， 回収業者さんたちが A803B 室にやってきた．

[0910 ゴミ搬出開始]

こんなにごちゃごちゃとあるのだが …… やはりプロのテにかかるとぽんぽん搬出されていって， ですね． 0930 より当方が雇用したバイト院生もきたので， 専門家でなくても運べる椅子その他をどんどん搬出してもらう．

[1120 作業終了]

A 棟 7-8F の大物ゴミは 0945 ごろ搬出終了． 写真中央の机は捨てるつもりだったけど， なんとなく残してしまった． 小物ゴミも 1045 ごろ終了． ここでバイトぎょーむは終了． あとは私一人で未整理のゴミを整理して捨てたり， 部屋の掃除をして …… 部屋がすごく広くなった． これでストーヴなども使える．

• 急にひろびろとした部屋 (しかも現時点ではゴミ捨て部屋ではない?!) でメイルかきとか．
• 甲山さんによると， この A 棟耐震工事のため， 2009 年 7 月 - 2010 年 2 月は疎開生活になるそーで …… どうなることやら．
• 授業の準備のつづき．
• 1445 より 1.5 時間の 統計学授業， 本日は尤度比検定． 参加者は 30 名弱ぐらい， 質問はぽつぽつと．
• ということで， 2008 年秋期の統計学授業， 今回は全 5 回だったけどひとまず終了． ただし， 何人かのご要望で 再来週以降に「GLMM 補講」 を実施せよ， というふうになってしまったわけだが ……
• 二時間ほど保要さんといっしょにサロベツ湿原 モウセンゴケ 地図の R 作図プログラミング． 調査地数 9 で季節数は 2． いつものことながら， R が理解できるカタチへの データ変換に苦闘する．

• しかし集中分布する植物の地図作りはいつもながら楽しい．
• ひとくぎりついたので， 1925 研究室発． 買いもの． 1945 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.8 合． キャベツ・キュウリ・ミズナ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1300): 研究室． サツマイモパン．
  • 晩 (2200): スパゲッティ． カキのトマトソース． ヨーグルト． リンゴ．

2008 年 11 月 14 日 (金)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 0905 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• 「ぢゅぎょー，おわったー」 と脱力ぼけぎみにメイル書きとか． ああ， GLMM 補講とかやらんといかんわけで ……
• 保要さんのモウセンゴケ地図の R スクリプトをちょっと修正．
• またメイルかき．
• コンピューターのモニター上において， 視力などによっては「白地に黒文字」が見づらいヒトがいる …… ということで， 調べてみると MacOS X の場合， コントロールパネルの ユニバーサルアクセス設定 で白黒反転やグレイスケイル設定 (カラーの反転は奇妙な色彩世界になるので) ができるとわかった (コントラスト設定は「通常」がよい?)． おそらく， ゐんどーづでも同じようなことができるんでしょう．

[久保でぃすぷれい]

Linux の X11 はどうなんだろなぁ …… ぱっと調べてみた範囲ではよくわからなかった． まあ， 私の場合， そもそも「黒」の世界で暗緑色字を読んでるわけですが．

• 統計学授業 ML にこの ML は終了 & 「補講」 ML 準備のアナウンスをながす．
• てなことやってたら， 午前中が終わってしまいましたよ． うう． 昼飯．
• GLMM 「補講」はやらねばならぬにせよ， ぢゅぎょー準備の圧迫からはとりあえずは釈放され， さらに明示的な〆切もない …… ということでさっさと今のうちに次のぎょーむにとりくむべきなんだが ……
• だめだ． ぼけている． ちょっと整理してみよう．
  • アリ論文かきなおし …… これをまっさきにどうにかしたい!
  • テングザル論文 → しばらくは松田君たーん
  • 食植性昆虫の好き嫌いベイズ解析したうけ …… さっさとやってしまいたい
  • 苗場山の樹木のいる・いないデータのベイズ解析したうけ …… さっさとやってしまいたい
  • 帯広樹木開花モデリングの計算したうけ …… とうぶん，むり? (さっさと着手しなくては)
  • 開花制御遺伝子発現時系列データの統計モデリング計算のしたうけ …… とうぶん，むり?
  • 「R の作図わざ」本のほんやく原稿修正作業にとりかかる → 共立出版，ぶきみなる沈黙
  • 岩波統計学本 …… ぽちぽちと書きススめなくては
  • 統計学授業 の GLMM 補講の準備 …… まあ，再来週以降，ということで
  他にも論文へのコメントなどあるんだが ……
• ということで， 他のコトは放逐して， アリ論文修正にとりくんでみることに． 何しろすでに 一ヶ月間 も放置しているんで …… 嗚呼．
• アリ論文 (拉致られアリかみつかれ実験論文 …… などと書くとアリ愛護協会から出版さしとめになるかも) 原稿を ひさしぶりに読みなおしてみる． 自分で書いたものながら …… なかなかに難解な気がする．
• おちつかないきぶんになってきた ……
• …… やはり， 残念ながら， 院生からの「論文よんでください」 依頼を「放逐」できるほどの豪胆不敵さはもちあわせていなかったようで， アリ論文はいったんおき， ヒヨコちゃんうろうろ実験論文にとりくむ．
• しかし解決せぬまま撤退． 1750 研究室発． 1805 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): スパゲッティ． カキのトマトソース． 昨晩の残り．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (1930): スパゲッティ． カキのトマトソース． 昨晩の残り．

2008 年 11 月 15 日 (土)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー．
• けっきょく， 本日はまる一日怠業になってしまった．
• 渡部潤一 「新しい太陽系」 よんでみた． とくにおもしろかったのが太陽系外縁世界． Edgeworth-Kuiper ベルト (EKB) と Oort 雲の ちがい が (よーやく) わかったり． EKB は海王星軌道あたりから外の黄道面上に (いわば中空円盤状に) ひろがる微小天体群で， いまや準惑星になった冥王星やエリスなどもふくむ集団． それにたいしてオールト雲はもっと遠くにひろがる (いまだ発見されてない想定上の) 「彗星の故郷」， 太陽系をとりまく球殻状にひろがる氷天体群．
• 天文学ってのは， その世界のしくみ理解の基盤が物理学である学問の中で 「皆さんの……にこのようにお役にたちます」 といったイヤらしい言いかたがほとんど使えない分野であり， 「おもしろさ」だけで勝負していてそれなりに人気のある科学， というあたりが興味ぶかい．
• おもしろさの原因のひとつは， システム全体の挙動は単純に理解できるんだけど， 詳細はやっぱり良くわからなくて想像力をかきたてるもの， というあたりなのかな? この本で紹介されてた例のひとつで言うと， 太陽系内をとびまわるちっこい岩ころである微小天体 (たとえば質量が数百万-数百億トン) の軌道ってのは， もちろんニュートン力学でそれなりに精度よく予想されるわけだが， じつは詳しくみていくと ヤルコフスキー効果 その他あれこれの影響があって無視できない予測不可能性があり， 重要であり興味ぶかい， と．
• これに対して生態学は， システム全体の挙動がよくわからない， というかどこからどこまでをシステム全体ととらえればよくわからない． その一方で， 詳細といいますか， 人間があまり労力をかけずに直接観察しうる時間・空間スケイル (せまい!!) についてはある程度は コマかく調べられているけれど， その範囲からはずれたところにある「しくみ」や「うごき」がよくわからなくて， やっぱり全体によくわからない， と． より多くの想像力が必要とされますな ……
• それから， 宮武一貴・加藤直之の画集というか， 四半世紀ほど前にボツになった (しかしぜんぜんフルびていない) おもちゃの企画ファイルというか， SF 画に関する考察本も読んだ． 宮武さん・加藤さんというとある世代の SF ファンにとっては， ある種の「神様」みたいなヒトたちなのだが …… そのあたりについては富野御大の 推薦文 にうまく要約されている．

好き嫌いを抜きにして、この種の仕事についていらっしゃる方で、宮武の結界を抜け出た方はまずいないだろうというのが、ぼくの見方だ。

それでも、そうでない、自分は独自の立場を確立していると思っていらっしゃるなら、それはめでたい方というしかない。

• 世にあまりでまわっていない宮武さんの文章が収録されていて， ですね …… 「リアル」といった言葉は思考停止で大っ嫌いだ， といった言明には， ああなるほど， と思った． 現物の工学プロダクツを詳細に観察し， その構造・機能を自在にアタマの中で再構成しうる能力を駆使して 「リアルっぽいしくみ」を自由に表現できる宮武さんの内的な動機が たとえば 「ホントに工業製品化しうるもの」の追求などではない， といったあたりが本書のひとつの眼目である． 宮武さんメカを単純に 「リアル」とか評するのはたしかにばかっぽいし， 「インダストリアルデザインの原理原則と 物理的・環境的な制約条件にくわしい 宮武さんが， なぜこういう方向で表現するんだろう?」 といった昔からの疑問に対してひとつの視点が追加されたかんぢだ．
• まあ， このあたり， 私のようなタイプの職業的うそつき --- 観測データなるものに完全に依存してみせつつ， 統計モデルというウソの構造を構築していく商売にも 参考になるところはあるような ……
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): イソップベイカリーのクロワッサン．
  • 昼 (1430): うどん．
  • 晩 (2140): 米麦 0.6 合． 鶏肉のソテー． カボチャの煮物． ヨーグルト．

2008 年 11 月 16 日 (日)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業． 1040 自宅発． 曇． ちょっと雨． 電気代しはらう． 1493 円． 1055 研究室着．
• 週末怠業もーど， つづく …… また フィード 生成 Perl ぷろぐらみんぐ． RSS はイヤになってしまったので， Atom に変更する． 試験につかっているのは 生態学データ解析サイト． まあ， こんなところでフィード生成しても実用上の意味はほとんどないのだが， ちょうど手ごろだったので． 生成 & リーダーに読ませる …… といったここまでの試行錯誤でいろいろ勉強になった．
• RSS や Atom の生成じたいはそれほど難しくはないけど， フィードリーダー側の挙動がいまいち把握できていなかったんだけど， まあ， だいたいのところわかった …… というかフィードの仕様の意味が理解できてなかったわけだけど， リーダーの挙動を観察しているうちに， そのあたりの役割がわかるようになった， ともうしますか．
• 細かいチェックは FEED Validator で． The Atom Syndication Format など参考にしつつ修正していった． じつはそこらへんのぶろぐ service が吐きだす Atom file とかはけっこうオレオレ流のモノが多い， とわかった (たいていのリーダーは問題なく読解するようだけど)．
• …… とか言いつつ， じつは自分もマズい設定やってしまったような． 同一 URL の更新を反映させるためには， といいますかいかなる更新であっても title 要素ではなく id に手をくわえねばならんのかしらん? われながらマヌケだ ……
• 夕方ごろからぎょーむ復帰． またヒヨコ論文にとりくむ．
• ちょっと考えがまとまらぬままコメント書きはじめてみる． 書いていくうちに， このヒヨコ論文の全貌がよーやくにして理解できるようになってきた ……
• とりあえずコメント送信して本日は終了． 1925 研究室発． ちょっと雨． 買いもの． 1950 帰宅． 晩飯の準備． ちょっとうんどう． 晩飯．
• また Atom 生成 Perl スクリプトをひねくってしまった．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 背筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.8 合． ネギ・マイタケの卵とじ．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ワカメのキムチあえ． リンゴ．
  • 晩 (): スパゲッティー． サンマのトマトソース． ネギ・マイタケ・アサリの電磁波酒蒸し． ヨーグルト． リンゴ．

2008 年 11 月 17 日 (月)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 晴． 0915 研究室着．
• アリ論文なおしにとりくみたいところなんだけど …… 昨日のヒヨコ論文読解もそうだったんだけど， 「M2 からの依頼」をこのしーづんに放置する， というのはけっこう度胸が必要とされるので …… 今日はハムシの食性・好き嫌い解析． 2 週間ぐらい放置したまま なんで (ひどい)．
• 好き嫌いと書いたけど， バイオアッセイでわかるのは好き嫌いではなく， むしろ「K 種類のエサの食いわけパターン」だろーな． 今回は K = 2 だけど．
• 例によって， 「とりあえず全データみえる図」 を描いてみる …… やはり同じ 1 個体でも 1 回目は A を食い， 2 回目は H を食う， といったヤツらがちらほらといるな． これって実験場所 (シャーレ?) の中で 「まずは A か H かを選ぶ」 → 「いったん選んだらかなり満腹になるまで食ってしまう」 といった行動パターンなのか? いや， もちろん (ほとんど) A しか食わない， というグループ・個体もいるんだけど． H だけというグループはなく， H ばかり食うという個体はあまりいないわけだな．

• うーむ， これは当初の描像とはちょっとちがうような． かなり「非対称性」みたいなものがあります， と． つまり
  • エサ植物 A: どの個体にとっても「食べて問題なし」 みたいだ
  • エサ植物 H: 個体 (あるいはグループ) によってばらばら， 「見つけたら満腹するまで食べる」 -- 「食べるけど途中でイヤになる」 -- 「ぜったいに食べない」
  やっかいなのは， 途中で H を食べるのがイヤになってしまったムシたちの挙動だな． 「口なおし」に A を食べて満腹するのか， それとも H なんかを食べたので気分が悪くなって食事をヤメてしまうのか …… まあ， この実験データではそのあたりは解明できないわけだが．
• 途中で， 保要さんのモウセンゴケ地図つくりの手伝いを 15 分ばかり．
• ハムシのつづき． しかしまあ， このデータからは A と H の非対称性の詳細だとか， 「H を食ったら食欲そのものが失せる」 効果とかわからないわけだから …… とりあえずは， 当初の予定どーり重量分配モデル的なあつかいで解析してみますか． つまり植物個体の場合だったら重量を地上部・地下部に分配したように， ハムシは「食欲」なる (直接観測不能な) 「量」 をエサ植物 A と H に分配します， と．

• こういう単純なモデルでいくわけだが …… 注意すべきは観測データと対応させるところだな． この実験では「面積 506.7 mm² に切りそろえた葉片」 をエサとして与えているわけで． つまり最大残存量はこの数値をこえることはない． しかし観測データをみると 510 とかある． これはつまり， スキャナをつかった面積測定の誤差だ． つまりこの実験では個体差と測定誤差を分割して推定できる可能性がある． そのためには logit リンク関数をうまく使えばよい． このリンク関数は二項分布なモデルのときだけ使うものではない．
• いや， cloglog link 関数でいくべきか ……
• などと 2 時間ばかり試行錯誤しているうちに， それっぽい答えがでてきたような気がする． 計算時間は 4000 MCMC step で 72 秒ぐらい (A801 室の Dell desktop 機 Pentium 4 2.4 GHz で)． BUGS code と 事後分布表． 概要 plot(post.bugs) はこんなかんぢで．

• 1 個体内の session 差がけっこうでかい． 地域差はけっこう明瞭 …… といったところか．
• 収束のよろしくない tau[2] (個体差の大きさ) はこんなかんぢで …… ときどき， 「個体差なんて，ないない」 状態にトぶ． まあ， 個体差と session 差の区別がつきにくい， ということだろう． 1 個体 2 session だけなんで．

• fixed effects 的なパラメーターはこう． host に明瞭に依存， 性差あり， ということで．

• おっと， 重要な点をひとつぬかしていた． これは「食欲」や食べた量が重量ではなく「葉面積」 で表現されている． 面積-重量で換算できそうなデータもあるんだけど， 現時点ではあえて面積のまま放置してある．
• ともあれ発注者氏にメイル連絡しますか．
• やや遅めの昼飯．
• 全 7 回のはずが 5 回に削られたので統計学授業， 受講者からの要望でとりあえず GLMM 補講をすることになった． 日程は 11/26 (水) 16:30 -- 18:00 あたり， 部屋について問いあわせてみると …… A803A はすでに予約ずみですか． A804 にするかな? とりあえず補講 mailing list で皆さんに連絡．
• ハムシ食性ベイズモデル解析の作図プログラムなどをぽちぽちと修繕していると， なんと牛原さんが! (その他 1 名のおともつき)． 直立して 屋久島葉寿命 ベイズモデルの論文かきに着手できていないという， まことになげかわしい状況に関して報告 ……
• 牛原さんの寛容に感謝しつつ， 現状の整理整頓を．
  • アリ論文かきなおし …… これをまっさきにどうにかしたい!
  • テングザル論文 → しばらくは松田君が苦闘するのでしょう
  • 食植性昆虫の好き嫌いベイズ解析したうけ → とりあえず，なんとかなった!
  • 苗場山の樹木のいる・いないデータのベイズ解析したうけ …… もうちょいあとまわし
  • 帯広樹木開花モデリングの計算したうけ …… とうぶん，むり? (さっさと着手しなくては)
  • 開花制御遺伝子発現時系列データの統計モデリング計算のしたうけ …… とうぶん，むり?
  • 「R の作図わざ」本のほんやく原稿修正作業にとりかかる → 共立出版，ぶきみなる沈黙
  • 岩波統計学本 …… ぽちぽちと書きススめなくては
  • 統計学授業 の GLMM 補講の準備 …… 11/26 (水) 16:30 までに準備?
  こういった状況かな?
• 屋久島論文かきは次の生態学会 (盛岡) 大会以降になるのでは， と懸念している …… うーむ， これから 3 月までの予定としては ……
  • 11 月: おそらくアリ論文修正や上記したうけでオワりそう． 今年度は (研究室内) M2 したうけは比較的ラク，か? しかし昨日・本日のように他の研究室の M2 したうけは いくらでも発生しうるわけで． GLMM 補講． さらに， 階層ベイズモデル補講もやれ， と言われていて， ですね ……
  • 12 月: 上記したうけは 12 月にも終了していないだろう． ぼやぼやしてるとまた別件がどんどん入ってくるかも． まさに， 解析したうけしーづん． とくに準備しなくてよいのだが， 4 (木) - 6 (土) に気のオモい横浜出張あり． 自分でススめるべき計算としては， 生態学会大会ポスター発表 (ウミガメ) の計算てなおし， とか? よくわからないんだけど， D なヒトたちのベイズ論文かきお手伝い， とか? 「蟻」の解説記事かき．
  • (2009 年) 1 月: おそらく， 依然として解析したうけしーづん． みなさんの修論直前 + 生態学会準備， とか? 解析したうけのひとつ， 帯広樹木開花モデルの解説かきで苦しんでいるかも． 2 月の公開講座の準備 (テキストかき?)． 月末に授業 2 回． これはそれぞれ， 生態学会自由集会 (3 月) の GLM のハナシ， 階層ベイズ公開講座 (2 月) と同じ内容にして 省力化したいところだが ……
  • 2 月: おそらくウミガメ論文かきで苦闘しているはず． この月とその翌月ぐらいでウミガメ問題を完全にオワらせてしまいたい． 23 (月) に統数研で階層ベイズモデル公開講座， 150 分． やっぱりテキストを書かんといかんような気が …… 統数研といえば伊庭さんに申しつけられている岩波の 統計学本かきもありますな ……
  • 3 月: 17 (火) - 21 (土)， 生態学会盛岡大会， ウミガメ上陸数ベイズモデル発表と GLM 自由集会． ウミガメ論文を投稿してしまえば， これでよーやく屋久島葉寿命論文かきにとりくめる， はず ……
  まあ， つまり， 冬という「解析したうけシーズン」ってところは例年と同じなんだけど， 次の 3 月できれいさっぱりと「脱」ウミガメしたい， ということで屋久島葉寿命問題があとまわしにされている， といったところか ……
• ということで， 「脱」アリのためのアリ論文原稿の修正にとりくんでみる．
• やっぱり， 論文や解説文の読み書きが遅いのが律速してるのかなぁ …… ちなみに屋久島葉寿命論文は今年の 5-6 月に書く予定だったんだけど， ぎょーむ日誌 をみればわかるとおり， そのあたりはアリ論文かきデスマーチを楽しんでいる． 7 月は地衣類論文の全面かきなおしで， 8 月は苫小牧樹木成長論文かきなおしと R 作図わざ本のほんやく， 9 月はお花見おサル論文すこしと car.normal() 解説かきで， 10 月はなんだかうだうだと科研費書類かきや R 作図本原稿のみなおし， 〆切バスターズな生態学ベイジアン記事よみ なんかやってるうちに授業に突入， と …… やっぱり読み書きが遅いわ．
• かかる過去の「実績」をかんがみるに， ウミガメ論文はかなり楽観的にみても二ヶ月かかりそう．
• ともかく「脱」アリ，「脱」アリ ……
• うーむ， なかなかアタマがアリにきりかわってくれない …… 1840 研究室発． 1855 帰宅． 晩飯の準備． 1955 自宅発北大構内走． 2040 帰宅． 体重 70.8 kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.8 合． サンマのトマトソース．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． サンマのトマトソース．
  • 晩 (2140): サトイモ・ニンジン・高野豆腐・鶏肉の煮物． ヨーグルト． カキ (果物)． サトイモとカキはなぜかしら院生からめぐんでいただいたもの． どちらもおいしくいただきました．

2008 年 11 月 18 日 (火)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0925 自宅発． 晴． 0940 研究室着．
• 昨日のハムシの BUGS code を少し修正． 意味もなく log をとっていたところをヤメると， MCMC 計算はけっこう速くなった． 幸か不幸か， 事後分布はまったくかわらず．
• 推定結果の作図プログラミングのつづき． 地域差．

• モデルの予測はこう． いうまでもなく， 「直線をひいてる」わけではなく， 「ある食欲」を分配したときの (A, H) をプロットしている． 個体差・セッション差が大きいな ……

• 1030 より 研究室セミナー， 今日は白崎君でシラカンバとホオノキの一次枝の動態． まあ， データはちゃんと取れているんで (しかもあとからみたらデータファイルもまあマトモだった)， あとは個体差に注意しつつ， 一次枝の生成・成長・死亡のルールをこの観測データから抽出できるかどうか， だな ……
• セミナー後も白崎君と議論． とりあえずこの下うけ計算にはすぐに着手できそうにない， ということで．
• GLMM 補講 連絡． 昼飯．

[ウミガメ本]

「脱」ウミガメをめざしてウミガメ本を二冊買った． より一般むけの James R. Spotila のものと， 生物学よりの Pamela T. Plotkin (編; 章ごとに著者が異なる) の本． ざっと見たかんじ， どちらの本にも日本発の情報・貢献が少ない．

• ちょっと樹木の一次枝問題について検討． 白崎君に 「こういう図を個体ごとに作って一次枝の動態が ぱっと見てわかるようにしたら?」 提案．
• とある支払い遅延問題， 雪野さんに調べていただいて， いろいろわかった． 事務部門の会計で処理されるまでに一ヶ月以上かかる場合もある， と．
• さーて 「脱」アリ，「脱」アリ ……
• しかしながら， なんともアリ頭にきりかわらないので， 印刷出力原稿をかかえてあてのない北大構内漂泊の旅にでる． さがさないでください．
• 1640 よりよくわからぬ会議． A 棟改築で教員ひとりあたま研究室 20 m² ぐらい， 「実験室」 60 m² ちょっとぐらい， と配分されるそーで …… で， 「モデル屋」とかいうワケのわからぬくくりで招集されたのだが …… 結論としては， そういうグループわけは完全に無意味で， 個々人で対処すればよい問題， とわかった． ちなみに私はそういう広大なる空間はまったく不要で， ぜんぶ植物生態の実験室に使ってもらったり， あるいは植物・動物生態で半々わけてもらってかまいません． ホントに無意味なくくりだ．
• アリ論文原稿修正， 自分の作文を読むのがツラくなってきたので， refree たちからの要求に回答するかたちで手紙を準備してみる ……
• あまり進捗しなかったものの， ようやくアリもーどにきりかわりつつある兆候． 1900 研究室発． 1920 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.8 合． サトイモ・ニンジン・高野豆腐・鶏肉の煮物．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． サトイモ・ニンジン・高野豆腐・鶏肉の煮物．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． カレー． ヨーグルト．

2008 年 11 月 19 日 (水)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0845 自宅発． 晴． 0900 研究室着． 予報ではかなり寒くなるはずだったんだけど， そうでもない …… と思って調べてみたら， 今日の正午すぎからどんどん寒くなって夜には雪， となる予報だったか． 今日の予報最高気温は +3°C， 明朝の予報最低気温は -6°C．
• データ解析こんさるメイルかき． はい， 一般化線形混合モデル (GLMM) で想定しているような確率分布を使った parametric bootstrap 法には注意が必要ですね． 二項乱数だけでなく正規乱数も使わねばならない， と．
• 「脱」アリにむけた作業をぢりぢりとススめる． 現在は， まだ refree 二人のコメントをじっくり読みつつ， 対処の方針をさだめているところ．
• Associate editor も何やら注文つけてきているな …… ふーむ， Kümmerli and colleagues の Formica exsecta の論文 (公表年不明) よめ， と言われましてもねえ． 当方はアリまにあぢゃないんだから …… と検索してみても，それっぽい論文がいくつかみつかるなぁ．
• 昼飯．
• 1300 ごろから一時間ちょっとばかり， 先日のハムシの好き嫌いの階層ベイズモデルまわり一式， 発注者の甲山 jr. 氏あいてに納品作業． いろいろ議論してみて， まあ， これはこれでなんとかなりそうだが …… このムシの子供たちの生残実験とかもあったりするわけですか …… まあ， それはまた今度ということで．
• うーむ， なんだかごちゃごちゃとメイルがくるな ……
• 「脱」アリ作業をぢりぢりと進めて， 1840 研究室発． 寒い． 気温はほぼ 0°C． 買いもの． 1905 帰宅． 晩飯の準備． うんどう． 体重 70.6 kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.8 合． ネギ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1230): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キムチ．
  • 晩 (2150): 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・エリンギ・油揚・サケの味噌汁． ヨーグルト．

2008 年 11 月 20 日 (木)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 雪． 0845 研究室着．

[雪]

したうけしーづん本格化 …… となるのか?!

• ちょっと雑用メイルかき． 中には楽しくないメイルも． くだんの「A 棟 モデリング関係者」 というわけのわからないくくりの「既得権益」 確保なる場所とりハナシですな．
  久保に関しては下記のとおりです．
  • (研究室以外に) 必要なスペイスはゼロ
  • そのスペイスは植物生態や動物生態の実験室に 余裕をもたせるのに使えばよい
  • 今後に着任する教員の空間うんぬんとの指摘があったが， それはその教員の公募時の条件として明示的に 「採用された場合の実験室スペイスはこれこれ」 として公募担当者と協議すればよく， すでにある実験室スペイスの共有・分割を検討すればよい． すでにいる教員が「既得権益」とか意味不明な主張をしなければ， 何の問題もない．
• さーて， 「脱」アリ作業をすすめよう ……
• ぢりぢりと作業． 昼飯． 先週の Nature みてたら， Peter Chesson のなんだがアヤしげというか アリがちな共存モデルの letter が掲載されてた． こんなのでも掲載されるんだなぁ．
• ちょっと気ばらしに 「editor/refree あて返信 (cover letter) 生成 Perl スクリプト」 なるものを書いてみる． これは
  1. 改訂された原稿ファイル (LaTeX) をよみ， タグで指定された変化部分を抽出・整理する
  2. 返信の draft file (テキストファイル) をよみ， そこで指定されているタグに対応する部分 (1. で抽出したもの) を整形してうめこみ， (よけーなコメントなどは削除しつつ) 最終的な返信 (テキストファイル) を生成する
  といった簡単なモノ． えーと， つまり referee の指摘ごとに， (それをウケて) へいへいごもっともでございます， そのパラグラフ前半はご指摘どーりの方向で書きなおし， かくのごとしです: (そのパラグラフ該当部分の引用) …… といった内容のくりかえしなんで． これを手動で「こぴぺ」なんかやってると， 私のようなうっかりモノは論文原稿の変更部分と cover letter の「このように変更しました」が一致しなくなるんで， かくのごとき半自動化が必要になる， と．
• 以前 は LaTeX 用を作っていたんだけど， まあどうも今回は cover letter がテキストファイルに なりそうなんで (ホントにだいじょうぶなのか?)．
• 上記の 2. で「引用」する変化部分は行を折りかえしたりして キレイに整形したい …… で， Perl でそれをするためには use Text::Wrap の wrap() などを使うのがよい． たしか， 標準の Perl モジュールだったと思う． 英語なので特に問題なし． 日本語の場合， うまく use Encode もしくは use encoding するか， use Jcode の jfold() を使う， と．
• といった遊びにかまけてないで， 原稿改訂， 原稿改訂 ……
• ちょっと前の論文原稿改訂， つまり地衣類繁殖論文と苫小牧樹木成長論文の修正に関しては， 査読者の誤読・誤解によるものが多く (まあ， そもそも 当方の作文がマズいというのはまったくそのとーりですが)， またわりとおおざっぱな指摘が多かったので， cover letter での説明かきは長くなったけど， ここをなおしましたと回答はわりと大雑把にやった． 今回の査読者たちはあまり誤読・誤解しておらず， 指摘もコマかいので当方もコマかく対応せざるをえない．
• 今日もぢりぢりたる進捗にて終了． たぶんずっとこういうかんぢになるのだろう． 1840 研究室発． 晩飯． 1940 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・エリンギ・油揚・サケの味噌汁．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・エリンギ・油揚・サケの味噌汁．
  • 晩 (1910): デンスケでおすすめ弁当 (玄米・サケ・ホッケのすり身あげなど) 食べてしまった．