ぎょーむ日誌 2008-11-(21-30)

2008 年 11 月 21 日 (金)

• 0745 起床． 朝飯． コーヒー． 0905 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• う． 松田君からテングザル論文原稿が送られてきてしまった． ちょっと見てみる．
• まあ， 松田君はまた数日後にマレイシア調査にでかけるから， これはあとまわしにして …… またぢりぢり進捗のアリ論文原稿改訂にとりくんでみる．
• ふーむ， 例の Associate editor の趣旨不明ぎみな要請， Kümmerli and colleagues の Formica exsecta の論文 (公表年不明) を引用して discussion を改訂せよ， の件だが …… そのアリを調べた論文のひとつ， Holzer, Kümmerli, Keller, Chapuisat (2006) Sham nepotism as a result of intrinsic differences in brood viability in ants. Proc. R. Soc. B 273: 2049-2052 という短い論文 (letter か?) はなかなかおもしろい． 題名をてきとーに意訳してみると 「アリの女王の個体差由来の繁殖成功のちがいを ワーカーによる『えこひいきの差』と誤認している!」 といったところでしょうか．
• 多女王の Formica exsecta をつかっての実験なんだが …… おおざっぱにいうと，
  1. queen A と B それぞれに worker をつくらせる
  2. worker だけの巣を A, B それぞれつくる (worker はまぜない) …… これを pair とよび， たくさんの pair を準備する
  3. それぞれの巣に卵・幼虫 (queen A, B 由来両方，同数) いれて worker に育てさせる …… 女王アリはその実験系にはいれない
  4. 育った子供たちの遺伝子を調べて， pair ごとに えこひいき (queen A の worker は A の子供ばかり育てるか) を調べた
  といった実験． たとえば A の worker の巣では， A の子供と (とうぜんながら) 血縁度が高く， B の子供とはゼロにちかい， となっている (実測されている)． で， 結果としては次のようなかんぢで:
  • (後述する女王差を考慮すると) nepotism (血縁にもとづくえこひいき) はなかった …… つまり， たとえば A の worker たちは A・B の子供を識別できず， 同じように育てた (worker A と子供 B の血縁度はほぼゼロ)
  • 卵・幼虫が大人になるまでの確率はどの女王アリが産んだものかに 依存する (どの worker が世話するかに関係なく) …… 「女王差」がある
  • この実験でつかった標本では， 「ある女王とその worker の血縁度が高い」 と「ある女王の卵の生存確率は高い」 のあいだに正の相関があった …… これが nepotism と誤解されていたのでは?
• worker が自分の育てている子供が「誰の子供か」 を認識できない， という点はこの実験でまあ明確に示されているといってよいだろう． pairwise のデータ解析でちょっとややこしいことをやっているが このあたり， 混合モデルを使うともっとすっきり解析できる．
• 女王アリの個体差 (産んだ卵の生残確率の大小)， といった (いわば) random effects があり， それを無視したデータ解析では nepotism があると誤解しやすい …… このハナシはちょっとわかりにくい． 「ある女王とその worker の血縁度が高い」 と「ある女王の卵の生存確率は高い」 のあいだの正の相関， なるものがあるとすれば， 誤認しやすいかなぁ， というハナシなのだろう．
• 一番ナゾなのは， 「ある女王とその worker の血縁度が高い」 と「ある女王の卵の生存確率は高い」 のあいだの正の相関， がどうして生じるかだな． これについては論文内ではいいかげんにしか解析されていなくて， 考察もほとんどない． そもそも女王アリが複数オスと交尾しているので， worker 間の平均血縁度も 0.75 ではなく 0.68 ぐらいなのだが (これの starndard error in mean が異様に小さいのもナゾ)， 女王 と worker 間の平均血縁度はもっとばらついているのか? ある女王アリ内でヘテロ接合が多いと その卵の生残確率が下がる， とか? よくわからんな．
• ちなみに Sham nepotism (見かけの縁故主義) という簡単きわまりない語で Google Scholar を検索してみると …… 現時点では上記論文がトップにでるわけだが， 他にもこれを引用している ``Social Evolution: The Decline and Fall of Genetic Kin Recognition'' (社会進化: 遺伝的な血縁認識の衰退と凋落) などといった， タイトルからして いかにもこちらのアリ拉致実験データ解析論文の discussion に都合よろしいような論文なんかも 見つかったり …… いやはや， 実際のところ， こういう主張ばかりを探して喜んでいるのは バランス感覚が欠如しているからなんだけど， まあどうせ当方は行動生態・社会進化分野のヨソもの (便利な言葉だ) なんだしー， といった無責任なお気楽さがあったりして， ですね ……
• 昼飯． 昼飯後に矢澤さんの発表練習に一時間ばかり． 窓の外は雪．
• 夜まで， じつは上記 Holzer et al. 2006 なる短い論文の読解に苦闘していた (上に書いてるあれこれはその読解の結果)． 著者の主張は明確に書かれているので， 何も考えずに読んでもすぐわかるんだけど， そのもとになっている実験系なんかを理解するのになかなか時間がかかってしまって， ですね． そして上で書いた「女王差が生じる理由」というナゾについて， これまたいろいろ検討してみたんだけど …… やはり著者もよくわかってないよーだ， という結論に到達してしまった．
• 1950 研究室発． 松田君とばったりであったので， ちょっとテングザル議論． 2015 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うーむ， またうんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.8 合． ニラ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． コンブの酢のもの． キムチ．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． コンブの酢のもの． キムチ． ヨーグルト．

2008 年 11 月 22 日 (土)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯 …… うーむ， ひたすら怠業してしまった．
• 1300 自宅発， 北大構内走． 寒い． 最初は晴れていたのだけど， 途中から雪． エルムトンネル上の歩道はすっかり雪で被覆されている． 1345 帰宅． 体重 70.2 kg．
• 昼飯． 1515 自宅発． 曇． 1530 研究室着．
• ひたすらメイル書き． データ解析こんさるな内容が多い． まあ， 言ってみれば当方は客商売なんだし． そういう季節だし．
• 明日もデータ解析こんさるというか， データ解析な面談が二件ほど入ってしまった ……
• 生態学会 盛岡大会 関係も． 「GLM 再入門」 などと (要旨集掲載用の) 短縮名をつけてしまった データ解析自由集会 の要旨など登録． これには企画者全員の参加登録番号が必要． また盛岡大会から諸経費のふりこみがオンラインでできるようになり (クレジットカードまたはこんびに支払)， そのあたりの手続きもやってみる． まずは， 大会サイト内の 案内 をよく読んで， と．
• 工学系の和文学会誌から階層ベイズ解説かきませんか， との依頼 …… うーむ， 適切な例題が思いつかないので無理です， と返信してみた． どうなることやら．
• などとうだうだやってたら， 時刻はすでに 1830 すぎ．
• けっきょくアリ作文修正はススまず， 1920 研究室発． 1935 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): シリアル．
  • 昼 (1420): ネギ・エリンギ・豆腐・豚肉の炒めもの． ヨーグルト． カキ．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． キャベツ・ソーセイジの煮もの．

2008 年 11 月 23 日 (日)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業． 1045 自宅発． 雪． 1100 研究室着． 窓の外は， 吹雪ときどき晴．
• アリ原稿修正のつづき． 本日はちょっと気分をかえて， 実験方法説明のかきなおし． referee #2 (アリの専門家で，methods 書きのお作法にウルさいヒト) の指摘が「実験方法の詳細がわからん!」 に集中していたので．
• とりあえずアリ行動の観察で記録された event についてもう少しくわしい 記述などを追加していく． このあたり， まことに職業的うそつきらしいともうしますか， 自分が見たこともない調査地・対象となるアリ・その行動について， 「いかにも」な説明を追加していかねばならぬ， という状況でして ……
• たとえば， ``trophallaxis'' と言われてアリ専門家以外の生態学研究者 でこれが何だかわかるヒトはどれぐらいいるものだろうか? 私ももともとは知らなかったんだけど， このアリ実験をやった岩倉さんから 1.5 年ほど前に直接説明していただき， かつ今ならネット上を適切に検索すればいろいろな説明文が見つかるので，

  ... trophallaxis (TRPH), which was an allocation of liquid food between two ants; ...

  などと (TRPH は略号)， いかにももっともらしく (?) 書いたりするわけで． いやはや．
• 昼飯．
• 16 時から松田君とテングザル論文相談なので， ちょっと松田君作文をみなおす．
• その前に 15 時から飯島君と稚樹重量モデリング相談．
• 16 時から一時間ほど松田君とテングザル論文相談． 動物の社会まわりは用語の定義が難しい． 植物生態学なんかにくらべると， 現場の観察というのがオモテにでてくるし．
• なんだかバテたのか， その後の作業は進捗せづ． 2020 研究室発． 2035 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯 ……
• ちょっとカゼぎみか? ノドが痛い． 室内の空気が乾燥ぎみのように思われるので， 加湿機をひっぱりだしてきて， 運転開始．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.8 合． ジャガイモ・ブロッコリー・ブナシメジ・鶏肉の煮物．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ジャガイモ・ブロッコリー・ブナシメジ・鶏肉の煮物．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． コマツナ・マイタケ・豚肉の炒めもの． ヨーグルト． リンゴ．

2008 年 11 月 24 日 (月)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． ちょっとまだノドが痛い． 1005 自宅発． 晴． ゴミすて， まにあわなかった． ゴミは自室にもどす． 1020 研究室着． アタマがぽーっとしているせいか， セーターきてくるのを忘れてた …… しょうがないのでコートのインナーをとり外して着用． うう．
• アリ論文原稿をぽちぽちと修正していく． 休日の大学は平和で静かだ．
• referee #2 氏の「実験方法をもっとくわしくかけー」 にひととーり対応できた， かな? Cover letter， 現時点で 2500 word ぐらい． 昼飯．
• 〆切ばりばるやぶるわ査読はザツだわ， の referee #2 氏であるが， 動物の社会構造と認識能力の問題ってのはよーするにこうでしょ， というマトメがたいへんにすばらしいので， 「もっと general な書きだしを!」 と referee #1 氏に要求されてる introduction 冒頭の新しいパラグラフに使わせてもらう． もちろん #2 氏への letter にも「使わせてもらいました」 と書き， acknowledgements には (これは毎度のことながら) 査読者氏のコメントに感謝しますと書いたわけだが．
• 例の Associate editor の趣旨不明ぎみな要請， Kümmerli and colleagues の Formica exsecta の論文 (公表年不明) を引用して discussion を改訂せよ， の件だが …… ひょっとしたら Kümmerli and Keller. 2007. Cotrasting population genetic structure for workers and queens in the putatively unicolonial ant Formica exsecta. Molecular Ecology 16: 4493-4503 のほうかしらん? とそちらも読んでみることに． こういう「genetic structure もの」 はあまりおもしろくなさそうなのだが ……
• しかしタイトルの putatively unicolonial にひかれました． えーと， これは「想定上の」 unicolonial (ちょー巨大コロニー) といった意味で， 「ええ，ええ，あれは unicolonial にきまってます」 とかなんとかウワサされてはいるんだけど， ホントかどうかは誰も調べていない， といった状況でしょう． その意味では石狩浜すーぱーころにーも putative と言えるわけで．

• 蛇足ながら， 「こっちは supercolonial だ!」 「何だと? ならばこっちは unicolonial だ!」 などとホラふき感のある術語作成競争にハシるのが この分野の特徴なのかもしれないが …… Pedersen et al. (2006) の定義を要約すると， supercolony は「アリがいききできないほど広大な範囲に ひろがる巣の集まりなんだけど， その範囲内にいるアリどうしはケンカしない」 であり， unicolony は「supercolony がいくつかあつまったもの」 というよくわからぬもの …… まあ， 西欧州海岸ぞいのアルゼンチンアリうじゃうじゃを unicolonial とよびたいだけなのかな．
• Pedersen et al. (2006) もまた (著者たちも注意しているように) オレオレ定義のひとつなのだが， まあ今回の石狩浜論文はその定義にしたがうコトにしているので．
• ばててくると， 能率ががた落ちになる …… とゆーか， 能率がオチていることにもまったく気づかない．
• で， このスイスの Formica exsecta の genetic structure 論文なんだけど， なかなか難解なんだが …… いいかげんに読んで， 著者たちが言ってることを受けうりしてみると， このアリの巣群では女王はあまり動かないけど (しかも巣内交尾)， worker はあちこちの巣を動きまわっています， というもの． 血縁選択もへちまもありませんな． そしてこのアリは先日の Holzer et al. (2006) の実験で使われていた例の「ヨソの子と自分の姉妹を識別できない」 worker たちなんだよね． うーむ， 石狩浜とどう関連づけたものやら ……
• 関連づけはこうしてみた． Discussion 節の最後のパラグラフ．
  • 石狩浜 Formica yessensis 敵対行動解析: Pedersen et al. (2006) が定義しているみたいに， 行動を敵対的・友好的 と単純には分類できないよね
  • スイスの Formica exsecta 遺伝構造解析: Pedersen et al. (2006) が定義しているみたいに， 遺伝構造を unicolonial 的・muticolonial 的 と単純には分類できないよね
  といったところが似てますよね， といったハナシで．
• …… 「脱」アリな作文修正の終了までにはもうちょっと作業が残されている． しかし， 本日は撤退． 2010 研究室発． さむーい． 2025 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• お， New York Times にまで確率微分方程式の 伊藤さん の訃報がのってる． しかも日本の報道よりくわしい．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． ネギ卵炒飯．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 食パン． ジャガイモ・ブロッコリー・ブナシメジ・鶏肉の煮物．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． シュンギク・ネギ・シイタケ・カキの鍋もの． ヨーグルト．

2008 年 11 月 25 日 (火)

• 0740 起床． カゼっぽさはだいぶ解消した． 朝飯． コーヒー． 0905 自宅発． 曇． 0920 研究室着．
• またデータ解析こんさるメイルかき． あて先はマレイシア．
• 研究室セミナー， 本日は小山さんで やちパワー解析の続編． 今回はヌマガヤ・サワギキョウ・アキノキリンソウ移植実験で， バイオマス成長のよしあしや生残確率を比較するもの． 移植種と条件のくみあわせによってさまざま． やち種 (ホロムイスゲまたはワタスゲ) の差はどうかなぁ …… 実験計画は整理されたものなので， データ解析にはもっと整理された統計モデルを使ったほうがよいでしょう， といったコメントを試みてみました． (注: やちパワーとは私が 以前 にいいかげんにつけた名前で， たとえば地図上では下のようにあらわされたりしていました)

• さてさて， 「脱」アリな論文原稿修正のつづきをやりたいのだが …… 明日の夕方は GLMM 補講 なので， 講義のーとの修正 & アップロードが必要とされてるわけで．
• 昼飯．
• 講義のーとの見なおし & 修正がつづく ……
• 修正版の講義のーとをアップロード． 1900 研究室発． 買いもの． 1925 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 不健康なるうんどう休養日がつづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.8 合． コマツナ・ひき肉の炒めもの．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． コマツナ・ひき肉の炒めもの．
  • 晩 (2140): 米麦 0.8 合． ネギ・アサリの味噌汁． ダイコン・ニンジン・シイタケ・コンニャク・鶏肉の煮物． ヨーグルト． リンゴ．

2008 年 11 月 26 日 (水)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0915 自宅発． 晴． 0930 研究室着．
• うーむ， どうしよう …… とナヤんだあげくに先日の工学系学会誌の解説記事をひきうけてしまった． まあ， ペイジ数は 5 だし．
• 本日は GLMM 補講なんだけど， まあ 1630 からなので， しばらくはアリ論文修正にかまけてみることにする．
• 昼飯． 昼飯後もアリ．
• defending ant とか home nest とかワケのわかんない語を使わずに アリのコロニーの構造と nestmate 識別について述べよ， といった referee #1 氏の (私にとっては) なかなかキビしい要求 …… なんとかその introduction 節の第 2 パラグラフを書きなおす． たしかに， なおす前よりはすっきりわかりやすくなったなぁ ……
• えーと， 「もう一方の」「また別の」 は ……
  • the other: モノがふたつしかないときのもう一方
  • another: モノがふたつより多いとき，その中のどれか
  でよいとのことで．
• どーにかこーにか全指摘に対応して本文ひととーり書きなおして， それら変更点を (数日前に作ったシステムで) 引用しつつ生成する cover letter も書けた． とりあえずは． 時刻はすでに 1520． 70 分後には GLMM 補講か． これ以降の作業としては，
  1. 修正した部分などのみなおし
  2. Associate editor から「文献リストに不注意なミスがある」 と指摘されてるので， そのみなおし
  3. 図表の修正: ignorance という語を変換しないといけない
  4. 共著者のみなさんに「これでいいですか」連絡
  5. 再投稿
  といったかんぢか．
• 1630 より GLMM 補講． これは 統計学授業 全 7 回とシラバスに書かれているのになぜか 5 回に減らされたわけだが， 受講生 (北大内外のあちこちから来てくれたヒトたち) が「それでは困る」ということで， 補講開催の運びとなった． いつもの A803 講義室が予約できなかったので， A804 セミナー室でやることに． 「補講」なのに 20 名以上あつまる …… 皆さん， 熱心だなぁ．

[A804 セミナー室]

こちらはプロジェクターその他がヘボいので， いろいろと室内の準備が必要だった． 一般化線形混合モデル， わりとツメこみな内容だったけど， 皆さんわかってくれたかな? そして来週は「階層ベイズモデル補講」 をしなければならぬ仕儀に …… 皆さん， 熱心だなぁ．

• 1800 終了． 授業ばて．
• アリ論文かきなおしの用語えらびにちょっと困っている． 下の図のごとく， ある拉致られアリは 5 回の試練 (contact, k = 1, 2, .., 5) からなる session にさらされるわけだが ……

• ひとつひとつの contact は以下のようになっている:
  1. contact: 短い接触 (short antennation)
  2. 拉致られアリが地元アリに 触角でべたべたさわられたり (prolonged antennation)， 噛みつかれたり， エサをもらったり (拉致られアリ自身はおびえているらしく， 自分からは積極的に行動しない)
  3. 離脱: 拉致られアリが地元アリから逃げだす …… これが下の図では ignorance (無視) というコードになっている
  で， 岩倉さんデータの行動コード記法にしたがって全体をまとめると， 下のようになったり．

• で， referee #2 氏から「ignorance って意味不明だよ」 と指摘されてみて， たしかにそうだと思った． えーと， ようするに地元アリが拉致られアリに対して何もしないのだから no action に置換， などと対処してみたんだけど， いやいややっぱりこれもヘンだ， という気がしてきた．
• つまり， no action とかいうと地元アリが凝固・ふりーづしているみたいだよね …… 地元アリから見ると拉致られアリを「逃して」しまうわけだから， abondon, bail out, escape, evacuation …… いや， もっとシンプルに end of contact, termination of contact, finish, closed, terminated とかにすべきか? …… うーむ．
• うーむ， とナヤみつつ撤退． 1900 研究室発． 買いもの． 1920 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 不健康なるうんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・シイタケ・コンニャク・鶏肉の煮物．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・シイタケ・コンニャク・鶏肉の煮物．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ホウレンソウ・ニンジン・タマネギ・シイタケ・すり身のスープ煮． ヨーグルト． カキ．

2008 年 11 月 27 日 (木)

• 0810 起床． 生活周期が不規則ぎみ， ばてぎみ． 朝飯． コーヒー． 0950 自宅発． 曇． かなり暖かい． なにしろ今朝の最低気温は +1.4°C だったんで (最高気温は +9.3°C だった)． 1005 研究室着．
• 統計学授業 まわりの作業， すこしばかり． 来週の水曜日， あと一回で終了するわけですが ……
• アリ論文原稿修正のつづき． 昨日の ignorance 用語問題． とりあえず Figure 3 は下のようにしてみる．

• 昼飯． なぜか斎藤君とアレ地の遷移 & 外来植物な雑談． 外来植物なぎょーかいでは， 近ごろは少しばかりアレロパシーぶーむだそうで．
• アリ論文原稿の修正のつづき． ignorance はけっきょく (contact の) ``end without any interaction'' (略号 END) などというおもしろくもないモノで置き換えることにした． 図・表・本文の修正 …… じつは修正すべき箇所は意外に少なかった．
• 行動連鎖の説明をさらに書き足す． たしかに， referee #2 氏が指摘するがごとく， このあたりの観察結果のとりまとめはきちんと 書かねばなりませんな．
• セミナー前にちょっと予習．
• 1700 より Trendy セミナー， 本日は九州大学北海道演習林 (足寄) の 菱さん で樹木の細根のハナシ． とくに構造がおもしろかった． 細根断面をみると 原生木部 (こちら にも詳しい説明が) という組織があり， この個数で二原型 - 四原型と細根を分類できる (ヒノキでは)． どうもこの原生木部数で機能が異なっているらしく， また 2, 3, 4 原型の動態や発達する季節なども異なるようだ． あるいは根系の中の位置や林齢によって原型数の組成が異なっている， と． 私は「構造のつながり」 (二原型から三原型はでない， といったルールがあるのか， など) に興味があったので， あとで質問してみたのだけど， じつはそのあたりはまだ詳しくはわかっていないそうです．
• アリ作文修正， もうちょっとぢたばたしてみる． 1940 研究室発． 買いもの． 2000 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またまたうんどうきゅうようび ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.4 合． ホウレンソウ・ニンジン・タマネギ・シイタケ・すり身のスープ煮．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ホウレンソウ・ニンジン・タマネギ・シイタケ・すり身のスープ煮．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ホウレンソウ・ニンジン・タマネギ・シイタケ・すり身のスープ煮．

2008 年 11 月 28 日 (金)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 曇． 0845 研究室着．
• 0900 から井田君の予備審に一時間ほど参加． 戸田さんからの質問で， ¹³C の挙動だけでなく， 個体内の炭素 (C) 全体の動態はわからないのか …… うーむ， 自分ならどう解決するだろうか? まあ概算だけど日々の同化量は憶測できるとし， 個体差はあるけどどの個体も似たような挙動をすると仮定し (多年草でも必ずしも貯蔵器官を長い期間つかうわけではない …… つまり地下部差はあまり大きくない場合があるかも)， allocation は急激には変化しないと仮定して …… 使えるデータは時々の堀りとり重量測定値と何回かの ¹³C 比． うーむ， やっぱり推定が難しいような気がする． もっといろいろ仮定が必要だろう． しかし， このような時系列 allocation model (もちろん latent status な階層ベイズモデル) の推定は将来だれかがやるだろう．
• いろいろメイルかきとか， なんだか雑用っぽいこととか ……
• う …… シリーズ   確率と情報の科学 (岩波書店)， リリースがはじまった …… 気がおもい．
• A801 から A803B 室に拉致してきた Dell Desktop 機 (けっこうやかましい) で R-2.8.0 の RPM package (Vine Linux 用) づくり作業． 近年， R のコンパイルはすごく時間がかかる． 標準 package コンパイル時に， かなり入念なテストがなされるため． 合計 80 分ほどかかった．
• てなかんぢで， うだうだと午前終了してしまった． 昼飯．
• 気分をきりかえて， なんとかアリ論文修正作業に復帰しようと努力してみる ……
• ここまで修正した部分を中心に， また再度の修正をくわえてみたり．
• こんどこそなんとかひととーりおわったかなー …… ということでいろいろ make してファイルアップロードなど． 共著者三名様に「修正がおそくなってすみません， いろいろ見てください」 メイルかき …… とりあえずは， ひとくぎり．
• さてさて， 現状の検討だ …… したうけ系あれこれ:
  • アリ論文かきなおし: このあとの作業としては …… 文章のみなおし， さらに引用文献リストを注意ぶかくチェックする必要あり
  • テングザル論文: 松田君が 12/8 までマレイシアに行ってるので， そのあたりまで放置
  • 白崎君 (M2) したうけ: もうちょいあとまわし
  • 苗場山の樹木のいる・いないデータのベイズ解析したうけ: もうちょいあとまわし
  • 帯広樹木開花モデリングの計算したうけ: とうぶん，むり?
  • 開花制御遺伝子発現時系列データの統計モデリング計算のしたうけ: とうぶん，むり?
  • 生態学会発表 & 論文かきにむけたウミガメモデル再計算: とうぶん，むり?
  この季節， 「せっぱつまったヒトたち」の急患がとびこんできそうだな ……
• げんこー・ぢゅぎょー系なあれこれ:
  • 統計学授業 の 階層ベイズ補講の準備: 12/3 (水) 16:30 までに準備
  • 「蟻」解説記事原稿: アリ原稿の記憶が脱落しないうちに書き終えてしまいたい
  • 「R の作図わざ」本のほんやく原稿: 共立出版，ぶきみなる沈黙がひたすら継続中 ……
  • 岩波統計学本: 圧力もかんじてきたことだし ぽちぽちと書きススめなくては   (棒読み，というのでしょうか)
  • 1 月末授業 (1) 1/26 (月) GLM の基礎: これを 3 月の 自由集会 で使いまわせるような内容にしたい
  • 1 月末授業 (2) 1/28 (水) 階層ベイズモデルの基礎: これを 2 月の 統数研ベイズ講習会 で使いまわせるような内容にしたい
  • 2 月の 統数研ベイズ講習会: テキストも書かねばならないようなので (?)， これを例の工学系学会誌のベイズ解説記事に使いまわせるようにしたい
  といったところか． 論文かきとしては生態学会で発表するころにはウミガメ論文をかいてしまって， 「脱」ウミガメしたい …… 無理かなぁ．
• まあ， これからしばらくはこんなところか ……
  • M2 したうけ
  • 階層ベイズ補講の準備
  • アリ論文修正原稿のみなおし
  • テングザル論文，時間があれば
• 1830 研究室発． 買いもの． 1850 帰宅． 体重 70.4 kg． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 背筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): バゲット． ホウレンソウ・ニンジン・タマネギ・シイタケ・すり身のスープ煮．
  • 昼 (1250): 研究室お茶部屋． バゲット． ホウレンソウ・ニンジン・タマネギ・シイタケ・すり身のスープ煮．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ホウレンソウ・豚肉の炒めもの． レンコンのきんぴら．

2008 年 11 月 29 日 (土)

• 0740 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー …… 午前中は怠業でオワってしまった．
• 1205 自宅発北大構内走． 晴． 1250 帰宅． 体重 70.6 kg．
• 昼飯． 1430 自宅発． 晴． 1445 研究室着．
• 白崎君とシラカンバ・ホオノキの一次枝動態モデリング相談． 「割算値なし・全個体の全挙動が見える」 図を準備してもらっていろいろわかったのだが …… やはり樹木個体内の動態のモデリングは難しそう．
• そもそもこれらの樹木の成長様式について， 私はよくわかってない． 白崎君に教えてもらったことや図にあらわしたデータから読みとれる ことなどまとめてみますか． いろいろとまちがいとかもあるだろうけど ……
• まずはシラカンバ:
  • 幹・枝の伸長様式は 仮軸分枝， 年内に何度も分枝し， 分枝したあとの主軸はそのまま伸びたり， 芽のまま止まったり (このあたり先発枝・同時枝という用語で説明しようとしたんだけど， 仮軸分枝の場合はどう説明すればよいのかわからず …… というか芽の休眠と伸長と枝の分類はいつもよくわからん → ぎょーむ日誌 2005-12-07)
  • 個体の頂端 (梢端) は (とうぜんながらというか) 芽のまま越冬， このときに頂端の芽をもつシュートから側軸はでない (?仮軸分枝はそうなる?)， 翌年はその主軸が伸長する
  • 苫小牧研究林の 2-7 m ぐらいの個体の高さ成長， 明るいところでは年に 1 m ぐらい
  • 図をつくってみると， ある年の (成長シーズン前の) 個体頂部の枝たち (一年枝) が当年の伸長 (高さ成長) と当年の一次枝生産を支えているように見える (一年枝の直径成長と個体の高さ成長量に正の相関ありそう)
  • 休眠芽から翌年以降に一次枝が伸びるかどうかはその上下の (すでに伸長した) 一次枝の成長と正の相関がある?
  • 千葉大の梅木さんの研究室でも いろいろ 研究されていたようで
• ホオノキ:
  • 幹・枝の伸長様式は仮軸分枝， ただし仮軸的になるのは個体の頂端に花をつけた場合， それ以外のときはいわば「単軸分枝」的な伸長
  • 苫小牧研究林の 2-7 m ぐらいの個体の高さ成長， 明るいところでは年に 0.3-0.5 m ぐらい? (2008 年はとくに高さ成長が悪かったらしい， 全個体)， 新しい一次枝は年にせいぜい 1-2 本
  • 当年の一次枝には「しょぼい」葉がつく? 翌年以降は大きな葉
  • 幹の「節」(つまり各年の頂端) に巨大な葉がつく (つまり幹から直接に葉がでる)
  • 一次枝は最初から太く (これは上述の「幹の葉」の貢献?)， その後はあまり成長しない? (あまり稼いでいないのか， 他の部分に転流されているのか?)
  • 数年間休眠していた (幹についている) 芽から一次枝が でることがある …… いっせいにでる? …… 頂芽による統制が弱まったとき (= 高さ成長が悪くなったとき?) 「眠らされていた」芽が解除されていっせいに伸びる?
  • 清野さんの以前の研究によれば， ホオノキの高さ成長はランダム? (過去の履歴と無関係? コシアブラとは異なる?)
• さてさて， どうしたもんかな …… と考えつつ撤退． 2130 研究室発． 雪ではなく雨． 買いもの． 2155 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． ネギ・ミズナ・ブナシメジ・卵・ハムの炒めもの．
  • 昼 (1400): 米麦 0.8 合． ネギ・ミズナ・ブナシメジ・卵・ハムの炒めもの．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． 豚肉のショウガ炒め． レタス．

2008 年 11 月 30 日 (日)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． かなりの降雪． 怠業． うんどう． 体重 70.8 kg． 洗濯． 昼飯．
• 1310 自宅発． 風雪． 1325 研究室着． 大学についたあと， 外は次第に晴れてきた …… と思ったらまた吹雪． 冬の日本海側は天気が変わりやすい?
• 白崎君のシラカンバ・ホオノキデータをひねくる． なんとも巨大なゑくせるファイル (CSV 化されてるけど) だなぁ …… とまずは読みこみ・変換プログラムを．
• データになれるため， といった意味もあるのでぽちぽちと作図してみる． 理由は何なのか全然わからないけど， 2008 年ってのは苫小牧の若いホオノキたち (の頂部) にとっては 試練の年であったようで．

• 高さ成長． BP には -36 cm 成長の個体 (154.5 cm) がひとついる (表示してないけど)． シカに食われたか?

• 頂部の枝形成数． ホオノキは (個体差 random effects ヌキの) 単純なポアソン分布で表現できそうなほど簡単だ．

• さて， 数十個体の樹木・数千本の枝に関するデータが格納された R の data.frame を詳細に調べていくうちに …… ゑくせる上で作られたデータシート由来の場合はいつもいつも のコトなのだが …… いろいろと多種多様なる「まちがい」を発見していくことになる． しかも今回は「フレイムシフト」とでもよぶべきけっこうよくわからぬ シロモノがあった．
• R はこういうデータ入力まちがいの発見・修正に威力を 発揮するソフトウェアなのだが …… ちょっとデータをとってきた 本人でなければどう修正すればよいのか見当もつかぬ モノがいくつかあって， ですね． 本人は今日はいないし． ま， 明日以降に．
• いつもの指摘であるけど， 生態学の研究なんかだとこういう基本的なエラーチェックも やらずにそのままデータ解析したりすることがよくあるんだよね …… これはソフトウェアとかの問題というより， 研究者の性格とかによるのかもしれない． いろいろとヘンてこなまちがい入りデータ (をさらにゑくせる上でこぴぺ増殖したもの) を統計ソフトウェアにほうりこんで 「ゆーい，ゆーい」 とか騒いだりしてるヒトたちって何なのでしょうねえ ……
• まあ， 私がやってるチェックなんかも そんなに厳密なものではないけれど …… R でちょっと集計したり作図するだけでも， いろいろと「ここはヘンだ」というのがいろいろわかる． ゑくせる上で「手と目と根性で」 よりはよほどマシな点検だと思う． ということで， R はやはり必要不可欠な道具ですな …… ただし， 私はまだまちがいさがしの方法を体系化できてなくて， 事例ごとに工夫しているわけだけど． なにしろ事例ごとに table の構造が異なるわけで．
• 1910 研究室発． あいかわらず雪． 買いもの． 1930 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): シリアル．
  • 昼 (1240): 米麦 0.8 合． サトイモ・ニンジン・コンニャク・鶏肉の煮物．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． ナメコの味噌汁． ハクサイ・ネギ・卵の炒めもの． ヨーグルト．