ぎょーむ日誌 2007-12-(01-10)

2007 年 12 月 01 日 (土)

• 0920 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業． 1140 自宅発． 曇． 1200 研究室着．
• さて， 昨晩かえりがけに「投げて」おいた MCMC 計算だが …… 2000 MCMC step (トリプルチェイン) に 5.7 時間費やしていたか． 収束はいうまでもなく悪い．
• log(体積) → 定数 + log(長さ) + 2 log(太さ)， なる分割は意味不明ぎみだけど， つじつまはあっている …… などと検討しつつ昼飯．
• とりあえず (現時点では諸悪の根源と断定せざるをえない) 軸の太さ・長さの推定をヤメて， つまり問題をすごく簡単化して挙動を調べる試験運転 …… 初期値のあたえかたとかに改善の余地アリとわかった．
• 次に無情報 (に近い) 事前分布で軸の太さ・長さの事後分布も いっしょに推定させてみると …… 2000 MCMC step 計算時間 750 秒ほどで終了． 樹木個体数 500． ここまでは， まあ， こんなモンか， と．
• 次に軸の太さ・長さに関して軸重量の制約をうけるようにしてみると (つまり材密度の推定なるアヤしげな計算が介在してくる) …… 同じ条件で計算時間はイッキに 1800 秒弱まで増大． これは階層ベイズモデルを表現する DAG (directed acyclic graph) が複雑化というか deterministic node の経路が長くなったため， プラスその他の理由で事後分布にかかる制約が増えたために Gibbs sampling に時間がかかるようになった， といったところなんだろう．
• ということで， DAG 上で deterministic node の経路をぶった切ることで MCMC 計算は高速化されるであろう， と期待される …… そこで「軸の体積」なるアヤしげな潜在変数を log.v[i] ~ dnorm(mean.log.v[i], tau[1]) などと stochastic node 化してやると (そのココロは「軸の体積の個体差」といったところで) …… ほーら， 計算時間は 860 秒ちょいまで短縮された．
• だいたい挙動がわかってきたので 6000 MCMC step ほど計算させてみることに． 待ち時間は 40-45 分とゆーところか? メイル雑用とか．
• 2540 秒計算終了． うーむ， いくつかのパラメーターが収束してない．
• 葉の食害まわりが悪いのかしらん? …… とそのあたりをベータ分布化してみるけど， そうなると食害 rate 小さなところで slice sampler がコケる， と． 呪われぎみな dunif(...) にもどす． 状態変数 damge[i] に初期値を与えてないことに気づいたのでてきとーに与えてみる． 2000 MCMC step 試験運転からやりなおし．
• ほへー， qmail (+ その他 DJB software あれこれ) が public domain software に …… じつは私は qmail server 管理者だったりするわけだが (研究室の mailing list なんかは qmail + ezmlm で動いている)． どうなることやら．
• damage[i] の初期値を与えても改善は微々たるものだな …… ということで， 「同化部・非同化部間の重量分割の個体差」 をいれてみる． BUGS code はまた汚くなったわけだが ……

  mean.logit.pf[i] <- (
  	bb[3] + bs[Sp[i], 3]
  	+ (bb[4] + bs[Sp[i], 4]) * log.height[i]
  	+ (bb[5] + bs[Sp[i], 5]) * (log.w[i] - MeanLogW)
  )
  logit.pf[i] ~ dnorm(mean.logit.pf[i], tau[7])
  logit(pf[i]) <- logit.pf[i]
  log.wf[i] <- log.w[i] + log(pf[i]) + log(1 - damage[i])
  log.ws[i] <- log.w[i] + log(1 - pf[i])
  

  しかし， まあこれでまた一個 deterministic node の経路を切断できたわけで． MCMC 小人さんたちも働きやすくなったことだろう．
• MCMC 小人さんたちから「やりやすくなった!」 との報告． いままで 860 秒を費やしてた 2000 MCMC step 計算が 430 秒に．
• このあたり， 「えーい， どうせこの観測データでは個体差と測定誤差の区別はつかんからなぁ ……」 とこの両者をごちゃまぜにしてたモデリングに， 「この部分は個体差がきいてることにしよう」 と変更したおかげなのである． つまり適切なる random effects 的なパラメーターの導入は WinBUGS の Gibbs sampling を (速度面だけでなく) 改善する， と．
• とうぜんながら 不適切なる random effects 的なパラメーターの導入は， たとえば「同じことを二つのパラメーターであらわす」 状態になったりして， 収束はめちゃくちゃになる， と．
• このあたりのワザの術理は 9 月すなわち あの「悪夢の ECOAS 下うけ計算」の渦中で (シグルイふうに言えば) つかんだものなんだよね …… まあ， どんな練習も無駄にはならない， と申しますか (すみません， リアル 7 巻の戸川スリーポイントシュートに感銘うけたので)．
• ついでにもういっちょ， 非同化部の中の軸 + 葉柄の重量分割も個体差的な random effects をいれてやろう …… 計算は 430 秒から 360 秒に． そしてトリプルチェインの収束は格段に改善された! よしよし， これなら 4000 ぐらいに計算 step 数を延伸してやれば十分だろう． 12 分ぐらいで終了するはず．
• 予想どーり， 718 秒で終わった． 今日はこんなところか? ついでに log(体積) → 定数 + log(長さ) + 2 log(太さ)， 分割も「個体差」を許容してみることに．
• 計算結果はすぐに得られるだろうけど， 作図とかにはまりこんでしまいそうなので撤退． 1835 研究室発． 1855 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 帰りがけにやらせておいた計算， さらに時間が短縮されて 635 秒 (4000 MCMC step) で終了， 収束もさらに改善された． いやー， 2000 MCMC step に 5.7 時間かかったときはどうしようかと思ったよ …… 本日は計算速度を 65 倍に高速化できたわけだ． MCMC 計算って面白くてオソろしいものですねえ ……
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): 米麦 0.7 合． ダイコン・ニンジンの味噌汁．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 納豆巻． リンゴ．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． アサリのすまし汁． ナス・ピーマン・タマネギ・エリンギ・鶏肉の味噌炒め．

2007 年 12 月 02 日 (日)

• 0930 起床． 生活周期がよろしくないまま． あいかわらずうんどう不足な日々だし …… 朝飯． コーヒー． 怠業． 1120 自宅発． 雪． 1135 研究室着．
• とりあえず昨日の苦闘によりちょー高速化された MCMC 計算の結果 (事後分布表， BUGS code …… 2007-12-08 追記: これはおおまちがい)．

• 重量分割の事後分布図．

• そして体積「分割」パラメーターたちの事後分布図． 個体差 random effects のいれかたがまずいせいか， 「種差」なるものはなさそう …… あるいはこの観測データからは「種差」なるものが (もし存在していたとしても) 抽出できないのかもしれない．

• 計算結果の納品作業． ふーむ， 上記 13 樹種では 長枝・短枝とかいう区別はそれほど明瞭ではなさそう …… しかし， 樹種によっては何か区別があるようにも見えるし， その境界線だの短枝出現確率だのが樹高に依存しているのかもしれない． 現時点の統計モデルにはそれが含まれていないけどね．
• さてさて， 下うけ計算も一段落したことだし査読ぎょーむを …… と取り組んでみたんだけど， また熱帯樹冠の階層ベイズモデルの説明責任履行義務が …… うーむ， 樹木集団の太さ vs 高さ関係なるアヤしげな関係 (これはすごくアヤしい， と言って悪ければ極端に現象論的なモノのとらえかたです) を H = b1 × (1 - exp(-B2 × DBH)) とかいう 2 パラメーターのいいかげんな数式で表現してるんだけど， 「初期における傾き」とやらは B2 ではなくて b1 × B2 だなあ (なんとならば DBH で微分せよ)， ということをど忘れしてた． いやはや．
• そして， その「初期」なる領域ではデータ数がたいへん多いにもかかわらず， (またしても) 「種差」なるものは見えがたい， と． これは「初期」段階で樹木のカタチが良く似ているという意味ではなく， まったく逆で， サイズが小さい連中は植物の特性たる可塑性をぞんぶんに発揮してやがるので カタチは多種多様． それゆえに， 「種差」なるものが人間には特定しがたい， という状況なのだろう． つまり「種差」とかいうものはどうせあるんだろうけど， あまりにも「個体差」 (これもよくわからぬコトバだが) が大きいので「種差」なるものはそこに埋没しております， と． 人間には推定不可能だし …… そうだな， 群集動態をこねくりまわしている「神の手」からもこぼれおちるだろうね．
• データを取りまくればますます分類しやすくなるはずだ， という大 Pearson 的なる信仰は必ずしも正しくないんだよね． いろいろな状況において． いっぽうで， 今回の統計モデリングによって観測データが相対的に少ない大サイズ領域では 「種差」らしきものが顕現してるかのように見える …… まあ， 階層ベイズモデルをもちいることで， 従来方式よりはこのあたりの「データ解析という名のでっちあげ」 が多少はマシになってることでしょうよ．
• ということで， よーやく査読ぎょーむに． うーむ ……
• うーむ， で本日はオワってしまって， 2140 研究室発． 雪． 2155 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (1020): 米麦 0.5 合． ナス・ピーマン・タマネギ・エリンギ・鶏肉の味噌炒め．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． 春雨スープ．
  • 晩 (2250): 米麦 0.8 合． キャベツ・キュウリ・タマネギのサラダ． ピーマン・エリンギ・卵の炒めもの．

2007 年 12 月 03 日 (月)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． 0855 研究室着．
• 査読ぎょーむつづき． 編集者からすると， 夷狄をして夷狄を討たしむる， とゆーところなのだろうか?
• 昼すぎにお茶部屋雑談にちょっとトラップされて， その後， 田辺さんの屋久島 & 苫小牧種子データ作図を． 昼飯は 1500 ごろに．
• 生態学会大会の自由集会の プログラム掲載原稿入力ページ で略称名が「Rプログラミング基礎」としておいたのに「R」 になってた． 当方の入力まちがいだったかしらん， といぶかしみつつ再入力．
• 査読報告かきに着手してみる． 例によって例のごとく， 進捗はいよいよ匍匐前進的に．
• 腹へってきたので帰宅することに． 1940 研究室発． 1955 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯． ちょっと休憩．
• うーむ， 夜中はススまん ……
• そしておなかが痛くなる， と．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米麦 0.6 合． キャベツ・キュウリ・タマネギのサラダ．
  • 昼 (1500): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． 春雨スープ．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ワカメ・豆腐・煮干の味噌汁． キャベツ・キュウリ・ネギのサラダ． ネギ・ブナシメジ・卵の炒めもの．

2007 年 12 月 04 日 (火)

• 0850 起床． うーむ． 朝飯． コーヒー． 1000 自宅発． 晴． 1015 研究室着．
• 1030 より 研究室セミナー， 本日は田辺さんで苫小牧・屋久島の樹木実生の地上部・地下部のカタチ． はい， このあたりのモデルはまだまだ改善が必要ということで， またいっしょに検討しましょう …… この悪夢のごとき累積査読ぎょーむがカタづいたあとで．
• 終わらぬ査読報告かきのつづき．
• 論文セミナーの予習． 昼飯．
• 1400 より 論文セミナー， 本日の担当は木村君で Ecological Applications にのってた 海岸ぞいの湿地において nuisance speicies あつかいされてる ヨシ (Phragmites australis) の成長が従来植生除去 * 施肥処理でどう変わるか 2 factor ANOVA なハナシ …… でホントに正規分布モデルでカウントデータだろーが (莫大な量の) 割算値だろーが， ともかくひたすら応答変数の F 値を計算しまくってる， まああまり楽しくもないハナシ． 丁寧なる論文なんだけど， 丁寧なだけ， というか．
• さーて， 査読報告かきのつづきを …… などといった当方の どうでもよい事情 を修論生がいちいち斟酌してくれるはずもなく， 稲葉さんと楽しく石狩浜の エゾカワラナデシコ 30 個体の 葉数・開花数・結実数の時間変化ちょー複雑データの R 作図問題に ……

• その後も M2 たちの波状攻撃がつづく …… 大学から逃げることに． 1945 研究室発． 2000 帰宅． 晩飯．
• そして帰宅すると脱力してしまって， ですね ……
• [今日の運動]
  • どんどん不健康に
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 米麦 0.6 合． ワカメ・豆腐・煮干の味噌汁． キャベツ・キュウリ・ネギのサラダ．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． 春雨スープ．
  • 晩 (2120): 米麦 0.7 合． ワカメ・豆腐・煮干の味噌汁． キャベツ・キュウリ・ネギのサラダ．

2007 年 12 月 05 日 (水)

• 0840 起床． 朝飯． コーヒー． 査読ぎょーむ， 今さらぢたばたしてもしょうがない， というサトリの境地に到達したので， 「よゆーかます」 ことにして洗濯． 1000 自宅発． 晴． 1015 研究室着．
• 査読報告かきのつづき． 進捗が遅いのは「めんどくさい」感がつのって手が止まるからで， なぜめんどくさいかと言えば 「あんたの論文原稿はここが手ぬき・まちがいですよ」 ということをいちいち理由説明つきで記述せねばならないから， ということだ． しかも主たる読み手は 「これでぜんぜんオッケーオッケー， いやー自分ってスゴいなあ」 てなかんぢでこういうシロモノを投稿してしまうようなヒトたちなんだよね …… 残念ながらこの作業は根気よくやる以外にススめる方法がない．
• ということでひたすら忍耐の時間． 本日は修論とりまとめその他相談もほとんどなし， で助かりました．
• しかし学外からは容赦なく …… 生態学会さーばー雑用， とか (じつはこの問題は昨日から始まっていたのだけど)． メイルの From 行が ***@mail.esj.ne.jp であるときに， SMTP を asahi-net に指定したときに (これは京都市内の生態学会事務局が asahi-net を ISP としているため) 中国の某所にメイルを送ると，

  <***@xtbg.ac.cn>: host mx.cstnet.cn[159.226.251.12] said: 550
  CoremailSys:System is busy.(LcD9jQKyU0ejp4kB.1.C.4205)
  (in reply to end of DATA command)
  

  かくのごとく表面的には busy などといって配送してくれない， と．
• 私は asahi-net の SMTP server がヘボいのでは， と考えてたのだけど事務局から調べてもらったところでは 連中は「自分は悪くない」 と称している， と． もろもろの状況をかんがみるに， 可能性としては asahi-net の SMTP server で送信されてるのに From 行が ***@mail.esj.ne.jp だから「偽装メイルのたぐい」と中国がわの mail server が判断したのではないかしらん， とゆーのが私の憶測． だとすると， なんだか異様にせきゅりちーのキビしい設定で．
• 事務局の mailer の sender 設定をちゃんとやればいいのでは， とも考えたんだけど何しろ Outlook なので「正しい設定」 の調査すると考えただけでも気分が悪くなる． そこで節を屈して， 生態学会さーばーの SMTP 機能を少しだけ拡げることにした (今までは mailing list でしか SMTP を使わぬようにしていた)． POP 認証リレイを on にする． これで事務局から POP するとその後 30 分間は SMTP が使える， という状態になる．
• 試験送信の手順とか説明するメイルを送る． どうやらこれでうまく中国の大学に送れるようになったそーで ……
• 1700 すぎ， よーやく査読報告できた． けっこう長い． みなおし． 1740 査読報告投稿． 一件落着． うう．
• じつは「すぐに査読すべし」ぎょーむ， あと2 件 あるんだよね． ということで， 2 件目に着手． これは 1 件目に比べるとはるかにやりやすい …… ということで一時間もかからずに内容をほぼ把握できたん． で， 私にはこれで十分なんだけど， 一般ウケはあまりよくないだろうからそのあたりの改善の指摘が必要かなぁ， というもの．
• しかし空腹になってきたので撤退． 1910 研究室発． 買いもの． 1930 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • いやはや， なぜかしらうんどう怠業の日々ですよ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 米麦 0.5 合． キャベツ・キュウリ・ネギのサラダ．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． 春雨スープ．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・ナメコの豚汁． 切り干しダイコン・ニンジン・シイタケの煮物 (大量に作ってしまった)．

2007 年 12 月 06 日 (木)

• 0830 起床． 朝飯． 0955 自宅発． 晴． 昨日， 大学院生が「北海道のセヴンイレヴンでは現在 タダのコーヒー が飲めると騒いでいたので， 自宅から至近距離にある店 (北 11 西 1) で試してみた． たしかにこの 「ホームバリスタ」 なる機械 (エスプレッソマシーン) を使うとお手軽にすごく短時間 (カップ一杯 30 秒弱?) でエスプレッソを淹れることができる (その店にはエスプレッソのカプセルしか置いてなかった)． これが有料だとすると一杯約 50 円であることを考えると味もそこそこ， かなあ …… というか， 考えてみたら私はエスプレッソって年に数回しか飲まないんで， 何とも言えないんだけど， びっくりするほどおいしい， というかんじでもない． ともかく「すぐ飲めてそこそこの味」だから ふつーの会社のコーヒーコーナーとかが適所ではないのかなぁ …… A 棟 8F お茶部屋ではこれほどの即応性はいらんでしょう， というような (しかしこの機械買って自宅で使ってる ヒトたち がけっこういるようで驚いた)． 1015 研究室着．
• 査読ぎょーむ#2 のつづき．
• ときどき M2 disturbance ……
• たとえば苫小牧樹木てっぺんシュートの階層ベイズモデル， やはり個体差パラメーターを過剰に投入してた， と再計算してみてわかった． 宮田さんによれば， Mo と Bp の逸脱はシュートの軸形状のちがい (先端まで太さが維持されるか / 先細りする) を反映してる可能性がある， と．

• すでに夜になったが査読ぎょーむ#2 もまた行きづまっている． 著者のやったことはすでに良くわかってるんだけど， 意図がなかなかつかめない． 具体的には以前の研究と使ってるデータがびみょーに違う， 示してるデータの一部しか解析してない， もっと簡単なモデルでケリがつくのにやっていない， なんだか全般にやる気がない …… うーむ， 落すにはおしい論文なんだが． これもまた査読報告かきが難しくなるよーな ……
• 大統領のアリ科研費の予算に関する連絡． これは基盤 A なんで全体に年間 1500 万円ぐらいの予算． 「モデル屋はどうせカネなんか使わないだろう」 (これはまあ基本的に正しいんだけど) ということで私はそのうち 30 万円つかってよろしい， ということになっている …… ただしこれはタテマエというやつで， 前々年度も前年度もここからかなりあれやこれやで消える． まあ， 私自身はホントに研究費がなくてもほとんど困らないんだが (計算機が壊れたりしないかぎりは) …… で， 今年度は大統領一派が予算を使いきってしまったので， 当方はとりあえず 20 万円ほど返上せねばならぬことに．
• 予算といえば粕谷さん科研費の予算も消化しなくてはいかんな．
• 査読報告書き#2 がおわらぬまま撤退． 1930 研究室発． 買いもの． 1950 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 脱うんどう怠業日の方法についていろいろ検討中 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.5 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・ナメコの豚汁． 切り干しダイコン・ニンジン・シイタケの煮物．
  • 昼 (1410): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． 切り干しダイコン・ニンジン・シイタケの煮物．
  • 晩 (2120): 米麦 0.7 合． ホウレンソウと豚肉の鍋物． 切り干しダイコン・ニンジン・シイタケの煮物．

2007 年 12 月 07 日 (金)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 晴． 0915 研究室着．
• 昨日， 再計算を命じておいた熱帯樹冠の階層ベイズモデルの再計算が 12 時間 10 分を費やして終了していた． 収束はぎりぎり． この計算時間や収束は もっとうまく「個体差」をいれれば改善できるかもしれない． 今回はその余裕がなかったけど． 今回の変更点は樹冠深度 vs 樹冠幅の関係を isometric から allometric にしたというあたり． 樹冠幅はアタマうちが「速い」よーで (事後分布表， BUGS code)．

• 矢澤さんによると樹冠深度 vs 樹冠幅ではなく樹高 vs 樹冠幅 のほうがよい， ということでまた 12 時間超の計算を命じてみる．
• Ripley 御大が二日ほど前に R-help に Schwarz (1978) の criterion (まあおそらく BIC) について 回答 しておられる．
  • これは「情報量規準」として宣伝されるものではない (?)
  • もともと直線回帰のために作られて， 他の連中が別の状況に適用してきた
  • クラスタリング (クラスター分割) のような方法は Schwarz のわくぐみと合致しない --- パラメーター推定だけでなく要素をどのグループにいれるか， という分配も含むから
  • AIC もこの目的には使えない
  • Banfield & Raftery (1993; 検索) はこういう状況での Schwarz 的な規準を検討した --- しかし導出などはぜんぜん異なる
  まあ， モデル選択ってのはなかなか難しいところもある， と．
• で， また査読ぎょーむ#2 のつづき． けっきょく大改定を要求する査読報告かきになりそう …… イヤだなぁ．
• あまりススまぬうちに昼飯．
• 自分の査読報告かきがススまぬので， revision reviewing が 2.5 ヵ月ススんでない母子里林冠モデルの 督促メイルを AFM の associate editor に送ってみる． すごく丁寧に書いたつもりなんだけど …… こんなメイル受け取ったら先方もイヤだろうなぁ．
• 熱帯樹冠につづいて， 苫小牧樹木てっぺんシュートモデルも 軸の太さ vs 長さを allometric にしないとおかしいんでは? というハナシが． 図示してみるとたしかに， 樹高によって変化する比例関係でコレを表現するのは無理がありそうだ．

• じつは世の中で「長枝・短枝」よばわりされてる分類なんかも， 樹種によってはこういった 2-4? 次曲線ぐらいで表現される 連続的なる関係にすぎないのかもしれないねえ．
• そして Mo とか D-L 関係の推定がマズそうな樹種のうちいくつかは， 「材密度」なる数量 (including 軸の立体的なカタチ) の推定もうまくいってないらしい， とわかってきた ……
• 査読報告かき#2 はまだ途中だけど撤退． 1940 研究室発． 1955 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うーむ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 切り干しダイコン炊きこみ飯 0.7 合． ネギ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 切り干しダイコン炊きこみ飯 0.7 合． リンゴ．
  • 晩 (2120): 切り干しダイコン炊きこみ飯 1.0 合． ネギ・豆腐の味噌汁． ダイコン・キュウリのサラダ．

2007 年 12 月 08 日 (土)

• 0940 起床． ばててるのか? 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業．
• ここ数ヶ月のどたばて (9 月 ECOAS 下うけ， 10 月 日光準備， 11-12 月 統計学授業と恒例歳末下うけの開始) にふりまわされてこの部屋をまったく掃除してなくて， さすがに日本国憲法いうところの健康で文化的な最低限度とやらに 接近しつつあるような． ということで， 掃除機かけ & ふきそうじ． 意外と時間かかってしまった．
• 久しぶりに体重測定してみると …… 体重 71.0 kg． うーむ， ここ数ヵ月のうんどう不足で基礎代謝量がかなり低下しているな．
• 苫小牧の平尾君から寄生率推定の原稿を送っていただいた． おお， OpenBUGS なんか使って MCMC 計算している． まにあっくだなぁ ……
• ひさしぶりに OpenBUGS 本家サイト みたら version があがっていた． じつは， JAGS なんかも近ごろぢりぢりと更新が再開されてるんだよねえ．
• 昨日のとくそくメイルが有効だったのか無意味だったのかよくわからんのだけど …… major revision 査読に 3.5ヵ月を費やした 母子里 Gibbs 樹冠 論文， conditionally accepted． この奇妙な「条件つき」は foliage unit での光合成計算どうやってるか もうちょい説明しやがれ， なる丁寧というか執念深い査読者#1 氏の指摘を作文に反映させるべし， とゆーことで． まあ， 長ーい時間をかけてじっくり見てもらったことへの敬意として， さっさと直して再々提出してしまうか．
• その前に， 少なくとも当方の査読ぎょーむ#2 を片づけねばならんのかな． 昼飯くってから 1355 自宅発． 晴． 1410 研究室着．
• 昨日命じておいた熱帯樹冠計算， なぜか 7 時間弱で終了していた． しかし収束は悪い． 結果もそんなにかわらんような (事後分布表， BUGS code)．

• A 棟ガス配管まわりの工事とかでドリル音がひびく． 明日は「ガス停」日となる．
• 上記の計算結果を矢澤さんに納品． 平尾君論文原稿ちょっとながめてメイル書きつつ ……
• …… 寄生蜂群集のハナシはやはりおもしろいので， ついついあれこれ論文ながめてしまった． いかん， もう日没時刻だ．
• で， さっさと査読ぎょーむ#2 のつづきを， と思ったんだが苫小牧樹木てっぺんシュートのカタチの 階層ベイズモデルでちょっと気になってる点を調べてオワってしまった …… まあ， ここしばらくの懸案が解決できたんだけど．
• ひさびさの ちょーマヌケばぐ としかいいようがない …… いやいや， 苫小牧・屋久島の seedling 問題でも凡ミスでしくじったから， やはり修論生多数の問題を並行してあつかう， というところのデメリットが露呈してるのかな． ともかく， 12/2 あたりから BUGS コードにバグがまぎれこんでいて (しゃれにもならん)，

  	LogL[i] ~ dnorm(log.l[Sp[i]], tau[5])
  	LogD1[i] ~ dnorm(log.d[Sp[i]], tau[6])
  	LogD2[i] ~ dnorm(log.d[Sp[i]], tau[6])
  

  などとなっているけれど， 正しくは

  	LogL[i] ~ dnorm(log.l[i], tau[5])
  	LogD1[i] ~ dnorm(log.d[i], tau[6])
  	LogD2[i] ~ dnorm(log.d[i], tau[6])
  

  としなければならぬ．
• で， MCMC 計算は 1000 秒ほどで正しく収束した (事後分布表， BUGS code)．

• β₁₀ は材密度みたいな定数なんだけど， (バット作りに使われる) アオダモ なんかは材密度が高くて， ホオノキなんかは材密度が低い (こっちはホントに材密度かどうか不明なのだが)， となっていて， しかも下の図をみると (樹高とかに依存しない) 定数とおいても特に問題なさそうだ．

• さて問題の軸の直径 vs 長さ関係だけど， 今回はバグとり後の検証のため長さが直径に比例するモデルで 推定させてみた．

• やはりこれは isometric ではなく allometric にすべきだったのかもしれない (しかし現時点では動作確認のため 12/2 時点のモデルで計算させている)． ふーむ ……
• とするとですよ， 樹木の軸のカタチが isometric ではなく allometric であるならば， ぱいぷ樹木 (これは針葉樹の Abies のたぐいのモデル) の軸の形成モデリングなんかで isometric にしていたのはいささか不適切， ということなのかもしれない．

[ぱいぷ樹木論文 Fig.8]

Kubo & Kohyama (2005)． 水ポテンシャルが下がると軸が短くなる．

• しかしさらにもうちょっと考えてみると， これはけっこう面白いハナシかもしれない． なぜ軸の直径 vs 長さがかくのごとく allometric なのか， ということについての機構論的な説明はないはず． たとえば pipe model なんてのは「長さなんてどうでもいいぢゃん」 というハナシだ． しかし樹高だの通導だのもろもろの制約のもとで 軸の直径 vs 長さ間の「資源分配」の帰結は allometric に見えてしまう， というふうにならないかしらん? まあ， もうちょっと整理して検討する必要ありますな．
• めでたく一件落着． しかしながら査読報告かき#2 は落着してない． へろへろと撤退． 2200 研究室発． 2215 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • いーかげんにどうにかしないといけないわけですよ
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): 米麦 0.7 合． ネギ・豆腐の味噌汁． ダイコン・キュウリのサラダ．
  • 昼 (1330): 米麦 0.7 合． ダイコン・キュウリのサラダ．
  • 晩 (2240): 米麦 0.8 合． ネギ・ナメコの味噌汁． サケの塩焼． ホウンレンソウおひたし．

2007 年 12 月 09 日 (日)

• 0855 起床． あいかわらず生活周期がヘンなところにとらっぷされている． 朝飯． コーヒー． 今日は地環研 A 棟は点検によるガス停止の日． 洗濯． 怠業．
• 査読報告書き#2 のつづき ……
• ひととーり (1000 words ぐらい) 書けたので …… うんどう不足解消キャンペインの開幕を告げる， じつにひさびさの北大構内走． 1325 自宅発． なぜかしらこの時期なのに路上に雪がまったくない． 1410 帰宅． 体重 70.4 kg．
• 買いもの． 昼飯． 怠業． 査読報告かきぎょーむ#2 のしあげ．
• 1700 自宅発． 曇ちょっと雪． JR 札幌駅の本屋とかうろうろして 1755 研究室着．
• 査読ぎょーむ#2 をオンライン投稿して一件落着． 査読ぎょーむ#3 に着手． どうにかしてくれー …… 今年の査読ぎょーむはもうこれで終わりにしてやる!
• しかしこの査読ぎょーむ#3 ってのも苛酷というほかないわけで …… 何で当方にはこんなのばかりが押しつけられるんだろうねえ． 進捗せぬまま， 1920 研究室発． 買いもの． 1940 帰宅． 晩飯の準備． あ， また雪がふってきた． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1040): 米麦 0.5 合． タマネギ・タチのコンソメスープ．
  • 昼 (1520): イソップベイカリー (近ごろできた web site のようだけど， 何だかえらくきあいが入ってますなぁ……) のクロワッサン買おうとしたんだけどすでに売り切れてたんで， フランスパンとか．
  • 晩 (2150): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ネギ・ニンジン・シイタケ・カキ鍋．

2007 年 12 月 10 日 (月)

• 0850 起床． 朝飯． コーヒー． 1000 自宅発． 曇． 1015 研究室着．
• 査読ぎょーむ#3 のつづき．
• しかし容赦なく下うけ計算はわりこんでくる． 苫小牧樹木てっぺんシュート， 軸の直径 vs 長さを allometric モデル化， MCMC 計算は 1200 秒ほどで正しく収束 (事後分布表， BUGS code)．

• まあ， 「見た目」のあてはまりが良くなったぐらい， かなぁ …… 比例モデルならこう， allometric モデルならこうなる， というのが確認できてよかったけど．
• ついでに， アロメロトリーのベキも樹高依存にしたちょー複雑モデル (種間共通 + 種差が 14 set!) …… しかしこれはほとんど結果が変わらなかったので， ただちに廃棄処分．

• 2000 すぎ， 査読報告#3 をオンライン提出 …… やっと， やっと査読ぎょーむ三連星がかたづいた． 脱力． だいたい私のところにまわってくる論文原稿って， やっぱりヘンなものばかり． まあ， どうでもいいんだけど， 分類でいえば三つの異なる「門」の生きものだし．
• 2040 研究室発． 買いもの． 2055 帰宅． うんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間． 400kcal．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.5 合． タマネギ・タチのコンソメスープ．
  • 昼 (1300): 研究室． 納豆巻． リンゴ．
  • 晩 (2220): 米麦 0.8 合． ハクサイ・ニンジン・ネギ・エビすりみのスープ．