ぎょーむ日誌 2007-12-08

2007 年 12 月 08 日 (土)

• 0940 起床． ばててるのか? 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業．
• ここ数ヶ月のどたばて (9 月 ECOAS 下うけ， 10 月 日光準備， 11-12 月 統計学授業と恒例歳末下うけの開始) にふりまわされてこの部屋をまったく掃除してなくて， さすがに日本国憲法いうところの健康で文化的な最低限度とやらに 接近しつつあるような． ということで， 掃除機かけ & ふきそうじ． 意外と時間かかってしまった．
• 久しぶりに体重測定してみると …… 体重 71.0 kg． うーむ， ここ数ヵ月のうんどう不足で基礎代謝量がかなり低下しているな．
• 苫小牧の平尾君から寄生率推定の原稿を送っていただいた． おお， OpenBUGS なんか使って MCMC 計算している． まにあっくだなぁ ……
• ひさしぶりに OpenBUGS 本家サイト みたら version があがっていた． じつは， JAGS なんかも近ごろぢりぢりと更新が再開されてるんだよねえ．
• 昨日のとくそくメイルが有効だったのか無意味だったのかよくわからんのだけど …… major revision 査読に 3.5ヵ月を費やした 母子里 Gibbs 樹冠 論文， conditionally accepted． この奇妙な「条件つき」は foliage unit での光合成計算どうやってるか もうちょい説明しやがれ， なる丁寧というか執念深い査読者#1 氏の指摘を作文に反映させるべし， とゆーことで． まあ， 長ーい時間をかけてじっくり見てもらったことへの敬意として， さっさと直して再々提出してしまうか．
• その前に， 少なくとも当方の査読ぎょーむ#2 を片づけねばならんのかな． 昼飯くってから 1355 自宅発． 晴． 1410 研究室着．
• 昨日命じておいた熱帯樹冠計算， なぜか 7 時間弱で終了していた． しかし収束は悪い． 結果もそんなにかわらんような (事後分布表， BUGS code)．

• A 棟ガス配管まわりの工事とかでドリル音がひびく． 明日は「ガス停」日となる．
• 上記の計算結果を矢澤さんに納品． 平尾君論文原稿ちょっとながめてメイル書きつつ ……
• …… 寄生蜂群集のハナシはやはりおもしろいので， ついついあれこれ論文ながめてしまった． いかん， もう日没時刻だ．
• で， さっさと査読ぎょーむ#2 のつづきを， と思ったんだが苫小牧樹木てっぺんシュートのカタチの 階層ベイズモデルでちょっと気になってる点を調べてオワってしまった …… まあ， ここしばらくの懸案が解決できたんだけど．
• ひさびさの ちょーマヌケばぐ としかいいようがない …… いやいや， 苫小牧・屋久島の seedling 問題でも凡ミスでしくじったから， やはり修論生多数の問題を並行してあつかう， というところのデメリットが露呈してるのかな． ともかく， 12/2 あたりから BUGS コードにバグがまぎれこんでいて (しゃれにもならん)，

  	LogL[i] ~ dnorm(log.l[Sp[i]], tau[5])
  	LogD1[i] ~ dnorm(log.d[Sp[i]], tau[6])
  	LogD2[i] ~ dnorm(log.d[Sp[i]], tau[6])
  

  などとなっているけれど， 正しくは

  	LogL[i] ~ dnorm(log.l[i], tau[5])
  	LogD1[i] ~ dnorm(log.d[i], tau[6])
  	LogD2[i] ~ dnorm(log.d[i], tau[6])
  

  としなければならぬ．
• で， MCMC 計算は 1000 秒ほどで正しく収束した (事後分布表， BUGS code)．

• β₁₀ は材密度みたいな定数なんだけど， (バット作りに使われる) アオダモ なんかは材密度が高くて， ホオノキなんかは材密度が低い (こっちはホントに材密度かどうか不明なのだが)， となっていて， しかも下の図をみると (樹高とかに依存しない) 定数とおいても特に問題なさそうだ．

• さて問題の軸の直径 vs 長さ関係だけど， 今回はバグとり後の検証のため長さが直径に比例するモデルで 推定させてみた．

• やはりこれは isometric ではなく allometric にすべきだったのかもしれない (しかし現時点では動作確認のため 12/2 時点のモデルで計算させている)． ふーむ ……
• とするとですよ， 樹木の軸のカタチが isometric ではなく allometric であるならば， ぱいぷ樹木 (これは針葉樹の Abies のたぐいのモデル) の軸の形成モデリングなんかで isometric にしていたのはいささか不適切， ということなのかもしれない．

[ぱいぷ樹木論文 Fig.8]

Kubo & Kohyama (2005)． 水ポテンシャルが下がると軸が短くなる．

• しかしさらにもうちょっと考えてみると， これはけっこう面白いハナシかもしれない． なぜ軸の直径 vs 長さがかくのごとく allometric なのか， ということについての機構論的な説明はないはず． たとえば pipe model なんてのは「長さなんてどうでもいいぢゃん」 というハナシだ． しかし樹高だの通導だのもろもろの制約のもとで 軸の直径 vs 長さ間の「資源分配」の帰結は allometric に見えてしまう， というふうにならないかしらん? まあ， もうちょっと整理して検討する必要ありますな．
• めでたく一件落着． しかしながら査読報告かき#2 は落着してない． へろへろと撤退． 2200 研究室発． 2215 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • いーかげんにどうにかしないといけないわけですよ
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): 米麦 0.7 合． ネギ・豆腐の味噌汁． ダイコン・キュウリのサラダ．
  • 昼 (1330): 米麦 0.7 合． ダイコン・キュウリのサラダ．
  • 晩 (2240): 米麦 0.8 合． ネギ・ナメコの味噌汁． サケの塩焼． ホウンレンソウおひたし．