ぎょーむ日誌 2007-11-(01-10)

2007 年 11 月 01 日 (木)

• 0715 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． ぢゅぎょー準備のつづき． 0850 自宅発． 雨． 0905 研究室着．
• ぢゅぎょー準備のつづき．
• 1245 講義のーと， とりあえず版アップロード． メイリングリストで連絡． 昼飯たべつつ修正作業つづく．
• 1445-1605 統計学授業， 今日は 20 人弱ぐらい． ポアソン分布と最尤推定の説明．
• 前回と同じく授業ばて．
• 1840 研究室発． 1855 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 野口さんから 日光研究会議 参加者に連絡あり， 会議中の写真をアップロードしてくださったとのこと． たくさんあるなぁ ……

• [今日の運動]
  • またうんどう休養日になってしまった．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． ホウレンソウのゴマあえ．
  • 昼 (1300): 研究室． 食パン．
  • 晩 (2050): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・タマネギ・ニンジン・ネギ・ショウガ・ ブナシメジ・ホタテの炒めもの． キャベツ・ニンジン・タマネギ・キュウリのサラダ．

2007 年 11 月 02 日 (金)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0925 自宅発． 晴． 寒い． 今朝の最低気温は 3°C． しだいに冬っぽくなりつつある (あとで札幌市初雪のニュースが)． 0940 研究室着．
• 昨日の 統計学授業 の講義のーと， いろいろと欠落していた部分を補足して …… まあ， まだまだという気もするんだけど， またアップロード．
• で， 放置してたメイル書きいろいろ， とか．
• 昼飯．
• シウリザクラ原稿， ちょっと書きなおしたほうが良さそうなことに …… まあ， ぢゅぎょー準備が終了したあとのハナシだけど．
• 斎藤君 PC 修繕． といっても motherboard が壊れたので， HDD をつけかえただけだが． つけかえ先は例の地環研の「激ヘン」 CEO 予算で作られ現在は放置されてる PC クラスター機 (たしか「激へんちゃん」といった名前だったような)， 8 node あるんだから 1 個ぐらい借用してもいいだろう， とラックからはずして HDD を追加 & ケイブル再配線で終了． これまで斎藤君が使ってた共用 PC をもとの状態にもどす．
• 木村君の R 導入てつだい．
• ぢゅぎょー準備はススまず …… 1840 研究室発． 1855 帰宅． 体重 69.4 kg． いぜんとしてうんどう不足ふとりのまま． 晩飯の準備． 晩飯．
• そして 何にばててるのか， いきなり寝てしまった …… 真夜中に起床． うう
• [今日の運動]
  • そしてうんどう不足のまま
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・キュウリのサラダ．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・キュウリのサラダ．
  • 晩 (1950): 米麦 0.8 合． タマネギ・卵の炒めもの． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．

2007 年 11 月 03 日 (土)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業．
• そろそろ学校に， と思ったらデータ解析こんさるメイル． うーむ多変量解析か …… で， ラグランジュの未定乗数法で λ を計算するのと， 分散共分散行列の固有値を計算するのは同じこと， というのは今まで知らなかった． 勉強になったけど， すでに昼すぎ． 1300 自宅発． 晴． 1315 研究室着．
• あまりススまぬまま昼飯．
• ぢゅぎょー準備のつづき． 次回は glm() のポアソン回帰 (family = poisson)

• 2115 研究室発． 買いもの． 2130 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.5 合． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． レトルトパウチドのトマトソース． リンゴ．
  • 晩 (2240): 米麦 0.8 合． ダイコン・豆腐・タラすりみの味噌汁． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．

2007 年 11 月 04 日 (日)

• 0930 起床． うーむ， 生活周期がカオス的だ …… 朝飯． コーヒー …… しまった， また怠業もーどに落ちこんでしまった． 1140 自宅発． 曇． 1155 研究室着．
• そしてまた準備ススまぬので昼飯．
• いつまでも怠業を楽しむわけにはいかないので， ぢりぢりとぢゅぎょー準備．
• なぜか途中で準備とは無関係な Perl ぷろぐらみんぐに苦闘． さいきんプログラミングといえば R ばかりなので (かなり呪われきってしまったデータファイルの解毒には ケガれ言語たる Perl を使うけれど)， 文法がなかなか思い出せない．
• 七割ぐらいできたかなぁ， というあたりで撤退． 2030 研究室発． 2045 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日 …… 生活をたてなおしたい ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): 米麦 0.6 合． ダイコン・豆腐・タラすりみの味噌汁．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． コマツナ・シイタケ・豚肉の炒めもの．

2007 年 11 月 05 日 (月)

• 0710 起床． 朝飯． コーヒー． ぢゅぎょー準備のつづき． 0905 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• ぢゅぎょー準備のつづき． 今日は offset 項の説明をヤメて木曜日にまわそう． 木曜日は logistic 回帰のハナシなんで， ついでに glm(..., family = poisson) の offset わざをもちだせば 「何でも割算するな!」 とゆー主題で統一できるわけだし．
• 正午すぎにひととーり講義のーとができたので， make pdf， 講義 web page にアップロード， 講義メイリングリストで連絡．
• あさって水曜日の夜に 佐竹暁子さんセミナー が急に開催されることになったので， セミナー web page の更新．
• 例によってその後も講義のーとの修正つづく． 昼飯たべつつ．
• 1445 より 統計学授業． 今日も 20 人ぐらいのかたが参加してくださった． 本日も理学部から来てくださった 松島さん とときどき問答しつつ (これは私の一方的なハナシによって生じる単調さが解消されてよい) ススめていくことに． 終わりのほうのモデル選択はちょっとカケあしぎみで終了．
• 終了後はまたばてつつ …… わけのわからぬ事務書類ながめたり．
• 講義のーとのまちがいを教えてもらったので， さっそく修正 & またアップロード．
• 1950 研究室発． 買いもの． 2005 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 真夜中に事務書類ひねくる作業． メイル連絡．
• [今日の運動]
  • そして本日もうんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.5 合． 食パン． チンゲンサイ・卵の炒めもの． リンゴ．
  • 昼 (1320): 研究室計算機前． 食パン． 野菜ジュース．
  • 晩 (2110): 米麦 0.8 合． ダイコン・油揚の味噌汁． ダイコンの葉・ダイコンの皮・ネギ・ショウガ・シイタケ・鶏肉の炒めもの …… 院生からいただいた白老町ダイコンでぃなー．

2007 年 11 月 06 日 (火)

• 0830 起床． うーむ． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 晴． 0945 研究室着．
• 1030 より 研究室セミナー． 今日は宮田さんで， 以前からの変更点としては 葉の食害による損失を考慮した解析 と一次枝からでる当年枝数データの追加， と． 当年枝のハナシに限定しても統計モデルはすでに じゅうぶんにややこしくなってるわけで， これ以上は複雑化したくはないんだけど …… 複雑化せざるをえないような気もする． どうなんだろうね．
• 昼飯くってから論文セミナー予習．
• 1400 から一時間ほど論文セミナー． 今日は小山さん担当で， オランダの分断化生息地の植物の変化らしきもの． なかなか奇妙な論法のもので， 形質の CV が減少していれば個体群サイズ減少による遺伝的浮動の悪影響， 増大していれば (集団の一部における) 近交弱勢による悪影響， ということでいづれにせよ分断化はよくない， とゆーハナシになる．
• 科研費書類の修正 & 再提出．
  • 役割分担のところはもっと具体的に書け
  • 学内の科研費分担金はゼロと記入しろ
  というもの．
• 次のぢゅぎょーの準備 …… これは 11/19 (月) までつづく．
• 生態学会 福岡大会 で R プログラミング自由集会 を開催できることになった． さーて， どう準備したものかな．
• あさってのぢゅぎょーはぢりぢりとしか進捗せず …… 1845 研究室発． 1900 帰宅． 体重 69.4 kg …… 不健康ふとり． 晩飯．
• 進捗せず状態．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.6 合． ダイコン・油揚の味噌汁． ダイコンの葉・ダイコンの皮・ネギ・ショウガ・シイタケ・鶏肉の炒めもの．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ダイコンの葉・ダイコンの皮・ネギ・ショウガ・シイタケ・鶏肉の炒めもの．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ホウレンソウのゴマあえ． ダイコン・油揚の味噌汁．

2007 年 11 月 07 日 (水)

• 0910 起床 …… ねむい． 0925 自宅発． 晴． 0940 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• いきなりサロベツあろめとりー相談 …… 実際のところ， べき数にはあまり意味ありませんよ， というような方向で．
• なんとなく IPA フォント をインストールしてみる．
  • sudo apt-get install TrueType-ipafont
  • kpsewhich -var-value TEXMFLOCAL すると /usr/share/texmf-local/ だとわかったので， 下記のごとく設定

  sudo mkdir -p /usr/share/texmf-local/fonts/truetype
  cd /usr/share/texmf-local/fonts/truetype
  for f in `/usr/X11R6/lib/X11/fonts/TrueType/ipa*.ttf`; do sudo ln -s $f .; done
  sudo mktexlsr
  

  とりあえず IPA な PDF file を作るには dvipdfmx -f ptex-ipa.map -f utf-ipa.map -f otf-ipa.map といったオプション指定で．
• 今度は熱帯あろめとりー ……
• ぢゅぎょー準備のつづき．
• 今度は A 棟 5F (動物生態) の藤原君がアリ相談を …… 修論とりまとめの季節が始まってしまいましたなぁ．
• ぢゅぎょー準備のつづき．
• 1800 より一時間ほど Trendy セミナー， 本日は佐竹さんブラウントラウトの放流と森林伐採に関する， ヒトの時間おくれの効果あり意志決定が動態を変えてしまうモデルの紹介． その後， A804 室で懇親会．
• 懇親会は一時間ほどでおいとまして， また準備．
• 帰宅してつづきを …… と大学から逃げようとしたら， 稲葉さん作図問題こんさるに捕捉されてしまった …… 2300 へろへろと研究室発． 2315 帰宅．
• [今日の運動]
  • ばてばてうんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ホウレンソウのゴマあえ．
  • 晩 (1920): 懇親会．

2007 年 11 月 08 日 (木)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 曇． ここ数日に比べて， 今朝はちょっと冷えこんでるような． 0815 研究室着．
• ひたすら講義のーと書き， のつづき．
• 正午すぎにひととーりできたので， make pdf してアップロードして メイリングリストで参加者のみなさんに連絡． 昼飯．
• 準備ばてですでにぢゅぎょー前からばてぎみ …… で， 講義のーとをぼーっとみなおしてて 1400 すぎに気づいたんだが …… 前回ののーとの「こぴぺ」 が 1 ペイジ目に残っていた! まあ， どうでもいい内容なんだけど (というか， あまりにも自然に前後の内容の中におさまっていたので気づかなかった) 修正して再アップロード．
• 1445 本日の 統計学授業． 今日も 20 名ぐらい． ロジスティックモデルの説明．
• じゅぎょーばて， で一時間ほどお茶部屋雑談．
• そして矢澤さんと熱帯林データ解析相談． この問題， 観測誤差のはいりかたがイヤなんだよなぁ ……
• まあもうちょいデータまわりを整備してもらうことにして， 1905 研究室発． ばてたので外で晩飯． 1900 帰宅． 早めにねる．
• [今日の運動]
  • またまたうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): シリアル．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 食パン． 野菜ジュース．
  • 晩 (2010): ねこや． ポークソテー， オレンジソース． 不思議な味だけど， おいしい．

2007 年 11 月 09 日 (金)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0855 自宅発． 晴． 0910 研究室着．
• ぢゅぎょー準備で放置されてたあれこれにとりくむ． メイル書きとか．
• トドマツ種子散布論文の投稿用図の生成とか．
• 平尾君と昨日の logistic 回帰講義がらみのデータ解析相談． ここでオッズとオッズ比の定義があいまいだったことに気づく …… ということで， 講義のーと修正して 統計学授業 ペイジにアップロード， メイリングリストで皆さんに「すみません」連絡．
• 昼飯前後もその他雑用， みたいな．
• さてさて， 次のぢゅぎょー準備でも …… と思ったら， 前回の講義のーとに関して またオッズ比問題のご指摘メイルいただいた …… そのあたり勉強しなおしてみる:
  • おそらく報道で使われる 「ナントカ病になるリスク」 のリスクとはリスク比 (相対リスク，相対危険率) なのだろう …… これは prospective study から推定された可能性が大
  • リスク比とオッズ比は異なる
  • しかしながら事象 (たとえばナントカ病) の発生確率が低い場合には リスク比 ≒ オッズ比なので， リスク比の代用としてオッズ比が使われたりすることもある
  てなところかな． また前回の講義のーと修正して再アップロード．
• またトドマツ図表なおしたり， 次のぢゅぎょー準備なんかに着手したりして …… 1900 研究室発． 1920 帰宅． 晩飯． 晩飯後になぜかいきなり寝てしまった．
• 夜中にごそごそとまたトドマツ図表の修正．
• [今日の運動]
  • 不規則生活周期によるうんどう休養日 …… 不健康だ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.6 合． ネギ・豆腐の味噌汁． ママカリの酢漬け．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2030): 米麦 0.7 合． ニンジン・タマネギ・ショウガ・シイタケ・ 干しエビ・豆腐・春雨のスープ．

2007 年 11 月 10 日 (土)

• 0940 起床． 生活周期， かなりめちゃくちゃな気がする． コーヒー． 朝飯． 洗濯． 怠業． 1345 自宅発． 曇． 札幌は本日の最低気温は氷点下だったそーで． 1400 研究室着． 昼飯．
• ぢゅぎょー準備のつづき．
• LaTeX の ascmac package は「わくつき verbatiam 環境」 を可能にするもので， プリアンブルで \usepackage{ascmac} してから本文で

  \begin{shadebox}\small\begin{verbatim}
  ... (内容) ...
  \end{verbatim}\end{shadebox}
  

  などとすると， こういうハコが作れたりする．

• あるいは

  \begin{screen}\small\begin{verbatim}
  ... (内容) ...
  \end{verbatim}\end{screen}
  

  というふうに screen 環境だとこうなる．

• この季節， ぢゅぎょー準備だけに専念してりゃあいいというモノではないらしく， 曜日・時間を問わず追いつめられた修論生に対する人道支援が …… とゆーことで， 稲葉さんと楽しく石狩浜海浜植物の光合成曲線の推定計算．
• 光合成曲線の推定といえば， もうこれは植物生理学の絶望的なる暗黒面らしいというウワサなんかもときどき 聞くんだが …… まあ， ようするに面倒な非線形最小二乗法の世界です (ホントは例によって Bayes でけりをつけるべきなんだが， 来週火曜日のセミナーにはまにあわない， ということで)．
• 結論から言うと， R の nls() で 4 パラメーター光合成速度モデルをどうこうしよう， というのは横着なハナシで， やはりここはいま少し気合いを発しつつ optim() による fitting わざが要求される， という問題だった．
  • 光-光合成関係は個体差・植物種差が大きい
  • ということで， 標本によっては非直角双曲線 (4 parameter) なんぞよりよほぼ直角双曲線 (3 parameter) に近いカタチになったりする (これは測定のやりかたにも依存する)
  • どちらかというと直角双曲線な標本セットに対して， 「われこそは最強に強められたる Newton 法」 とか叫びつつばか正直に突貫してみせる nls() では「まがりぐあい」パラメーター (最尤推定値は 100 万ぶんの 1 とかそういう世界) の猛吹雪中雪原踏破的な挙動に耐えきれぬ モノを感じて「特異的なんちゃら」 などと悲鳴しつつ倒れ伏してしまう
  • そこで deviance (といっても二乗誤差とやらを内積計算するだけだが) 「最小化」の魑魅魍魎たる深淵に我らが Nelder-Mead 法にて潜りこむべく optim() 使いこなしましょう， ということになる
  いやはや， このあたりの計算にはいつも気色わるいものを感じるなぁ ……
• とりあえず， 作図すべき 19 サンプルについては推定計算できた …… まあ本日はこれぐらいでしょう． ハナシをうかがうと， どうやらまたベイジアンな方向で個体差とかあつかいつつ 種差なんかを推定してみせるべき問題のよーで．
• 人道支援づかれでへろへろと撤退 …… 2155 研究室発． 買いもの． 2215 帰宅． 体重 69.6 kg． 不健康太り． ちょっとうんどう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): 米麦 0.5 合． ニンジン・タマネギ・ショウガ・シイタケ・ 干しエビ・豆腐・春雨のスープ．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2310): 米麦 0.7 合． ネギ卵炒飯． ダイコン・ブナシメジ・煮干の味噌汁．