ぎょーむ日誌 2007-11-10

2007 年 11 月 10 日 (土)

• 0940 起床． 生活周期， かなりめちゃくちゃな気がする． コーヒー． 朝飯． 洗濯． 怠業． 1345 自宅発． 曇． 札幌は本日の最低気温は氷点下だったそーで． 1400 研究室着． 昼飯．
• ぢゅぎょー準備のつづき．
• LaTeX の ascmac package は「わくつき verbatiam 環境」 を可能にするもので， プリアンブルで \usepackage{ascmac} してから本文で

  \begin{shadebox}\small\begin{verbatim}
  ... (内容) ...
  \end{verbatim}\end{shadebox}
  

  などとすると， こういうハコが作れたりする．

• あるいは

  \begin{screen}\small\begin{verbatim}
  ... (内容) ...
  \end{verbatim}\end{screen}
  

  というふうに screen 環境だとこうなる．

• この季節， ぢゅぎょー準備だけに専念してりゃあいいというモノではないらしく， 曜日・時間を問わず追いつめられた修論生に対する人道支援が …… とゆーことで， 稲葉さんと楽しく石狩浜海浜植物の光合成曲線の推定計算．
• 光合成曲線の推定といえば， もうこれは植物生理学の絶望的なる暗黒面らしいというウワサなんかもときどき 聞くんだが …… まあ， ようするに面倒な非線形最小二乗法の世界です (ホントは例によって Bayes でけりをつけるべきなんだが， 来週火曜日のセミナーにはまにあわない， ということで)．
• 結論から言うと， R の nls() で 4 パラメーター光合成速度モデルをどうこうしよう， というのは横着なハナシで， やはりここはいま少し気合いを発しつつ optim() による fitting わざが要求される， という問題だった．
  • 光-光合成関係は個体差・植物種差が大きい
  • ということで， 標本によっては非直角双曲線 (4 parameter) なんぞよりよほぼ直角双曲線 (3 parameter) に近いカタチになったりする (これは測定のやりかたにも依存する)
  • どちらかというと直角双曲線な標本セットに対して， 「われこそは最強に強められたる Newton 法」 とか叫びつつばか正直に突貫してみせる nls() では「まがりぐあい」パラメーター (最尤推定値は 100 万ぶんの 1 とかそういう世界) の猛吹雪中雪原踏破的な挙動に耐えきれぬ モノを感じて「特異的なんちゃら」 などと悲鳴しつつ倒れ伏してしまう
  • そこで deviance (といっても二乗誤差とやらを内積計算するだけだが) 「最小化」の魑魅魍魎たる深淵に我らが Nelder-Mead 法にて潜りこむべく optim() 使いこなしましょう， ということになる
  いやはや， このあたりの計算にはいつも気色わるいものを感じるなぁ ……
• とりあえず， 作図すべき 19 サンプルについては推定計算できた …… まあ本日はこれぐらいでしょう． ハナシをうかがうと， どうやらまたベイジアンな方向で個体差とかあつかいつつ 種差なんかを推定してみせるべき問題のよーで．
• 人道支援づかれでへろへろと撤退 …… 2155 研究室発． 買いもの． 2215 帰宅． 体重 69.6 kg． 不健康太り． ちょっとうんどう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): 米麦 0.5 合． ニンジン・タマネギ・ショウガ・シイタケ・ 干しエビ・豆腐・春雨のスープ．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2310): 米麦 0.7 合． ネギ卵炒飯． ダイコン・ブナシメジ・煮干の味噌汁．