ぎょーむ日誌 2007-11-(11-20)

2007 年 11 月 11 日 (日)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業． そろそろ大学いくか …… と思ったら洗濯物が蓄積していたので洗濯． 待ち時間にぢゅぎょー準備． 1050 自宅発． 曇． 1105 研究室着．
• ぢゅぎょー準備のつづき．
• しかしメイル書きだのトドマツ table 修正作業なども入りこんでくる …… あ， 練さんがトドマツ原稿を Molecular Ecology に投稿されたようだ．
• 昼飯． 窓の外， かなり暗い．
• …… ぢゅぎょー準備， ひととーり講義のーとができたような気がする． まだ修正が必要だけど． 1940 研究室発． 雨． 買いもの． 2000 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． ダイコン・ブナシメジ・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・ブナシメジ・鶏肉のスープ． コマツナのゴマあえ． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．

2007 年 11 月 12 日 (月)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． ぢゅぎょーの準備 …… だいたいできたかな， というところで 1100 自宅発． ちょっと雨． 1115 研究室着．
• 1200 前にひととーりできたので， make pdf， ファイルアップロード， 講義メイリングリストで連絡．
• その後もみなおし作業． というか， 今さらながら統計学本の検定の説明を読んでみたり． あ， 講義のーと中で， 危険率と有意水準を混同しているところがあった …… しかし説明によっては同じでもいいみたいなことが． 昼飯．
• 1445 より 統計学授業． 学内のあちこちから 20 人ほどきてくれたヒトたちあいてに， parametric bootstrap 検定と「検定の非対称性」 に関する説明．
• 1610 ごろ終了． その後， 授業にきていた理学部 4 年生の森さんのデータ解析こんさる． 鳥の鳴き声の確率論的な「文法」． 隠れマルコフモデル が使えるかも．
• ぢゅぎょー準備を口実に放置してた用件に少しとりくむ．
• 査読依頼が 2 件きてた． 一件はヨソにまわすことが不可能にみえる内容なので， 当方でひきうけてみる． これはまあじっくりと取り組めばよい． もう一件は …… ヨソにまわそうと思ったんだけど， 誰におしつけようか考えるのがイヤになってしまったので， これも引き受けてしまった． やはり …… うーむ， な内容． 締め切りはどちらも来月初め． 合計 4-5 日ついやすことになるのかしらん?
• へろへろと撤退． 1935 研究室発． 1950 帰宅． 体重 69.6 kg． あいかわらずうんどう不足ふとり． 晩飯の準備． 晩飯．
• この季節， 空気が乾燥して皮膚がカユくなっても こすってはいけない ということだそうで．
• [今日の運動]
  • ああ， なぜかうんどう休養日になってしまいましたよ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.5 合． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・ブナシメジ・鶏肉のスープ．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2120): 米麦 0.7 合． ネギ卵炒飯． コマツナのゴマあえ． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．

2007 年 11 月 13 日 (火)

• 0820 起床． よく眠れなかった． 気分よくない． 朝飯． コーヒー． 0940 自宅発． 晴． 0955 研究室着．
• 1030 より 研究室セミナー， 本日は稲葉さんで石狩浜海浜植物 4 種の開花・シュート・光合成速度の変化． いろいろなデータ見てるうちに …… そもそも海浜植物は「開花期間が長い」ということで， その理由なんかを調べようという研究だったんだけど， たしかにハマナス (これは今回は調査対象外) なんかは一個体が長く花をつけるのかもしれないけど， (調査対象のひとつ) ハマエンドウなんかはシュートの開花期間は 1-2 週間， しかし石狩浜全体の開花がぜんぜん同調してないから， 「夏ならいついってもハマエンドウがさいてる」 状態なのではないかな?
• つぎのぢゅぎょー準備． あと 2 回． 次の木曜日と月曜日だ．
• 論文セミナー予習． とちゅうで昼飯．
• 1400 より 論文セミナー， 本日の担当は川合さんで， monocarpy (一回繁殖) という制約条件のもとでの繁殖サイズの 理論的研究と観測データの対応を紹介する TREE 論文 …… まあ， Mark Rees たちのハナシが中心的で． Integral projection 計算はちょっとだけ経験ベイズ的で， 何かに別の用途に使えるかも．
• ぢゅぎょー準備のつづき．
• ばて & 空腹で撤退． 1850 研究室発． 買いもの． 1910 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• この季節はいつでもデータ解析こんさるメイルが ……
• [今日の運動]
  • ということで， またうんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 食パン．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (2020): 米麦 0.8 合． ダイコン・アサリの味噌汁． 鶏レバのショウガ煮． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．

2007 年 11 月 14 日 (水)

• 0810 起床． 昨日のばて， 復旧中， というかんぢ． 朝飯． コーヒー． ぢゅぎょー準備． 1020 自宅発． 晴． 1035 研究室着．
• 明日のぢゅぎょー準備のつづき．
• A802 の彩色ぷりんたー， CANON LBP-2810 が不調ぎみ． 液晶パネル表示「A6-46 サービスコール IA_200587d41」． しかし電源を切断・再起動したらとりあえずなおった．
• というふうに準備にはいろいろわりこみが入る． 「R で個体ごとの作図のやりかたがわかりませーん」 という院生がいれば， とりあえず library(lattice) の xyplot(y ~ x | id, data = d) とかで何とかなるんじゃないの， と教唆してみたり．
• ぢゅぎょー準備， 昨年の GLMM 解説記事 を使いまわすつもりだったけど， ほとんど書きなおすことになってしまった ……
• 八割ぐらいできたところで撤退． 2000 研究室発． 2020 帰宅． ぢゅぎょー準備すとれす， なのか晩飯準備にはまってしまった． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.5 合． ダイコン・アサリの味噌汁． 鶏レバのショウガ煮． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2150): 米麦 0.8 合． ブナシメジ・豆腐の味噌汁． コマツナのゴマあえ． キャベツ・ニンジン・タマネギ・キュウリ・ハムのサラダ． 卵焼き．

2007 年 11 月 15 日 (木)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． ぢゅぎょー準備のつづき …… 講義のーとの内容に関してはほぼ完成， となったので 1045 自宅発． 曇． ちょっと雪． 1100 研究室着．
• この季節になるとデータ解析こんさる関連メイルが ……
• しかしそれらはとりあえず放置して， 講義のーと書きのしあげにとりくむ． 窓の外はけっこうホワイトアウト， 雪がぐるぐる舞っている．
• 1220 ごろ講義のーと make pdf， rysnc でアップロード， 講義メイリングリストで「とりあえずできました」 通知を配信． みなおし． 昼飯． またみなおし．
• 1445 統計学授業． 今回も 20 名弱ぐらい． 今日は一般化線形混合モデルのハナシで， 乱数生成とパラメーター推定の統計モデリングの対応づけを強調した 説明を試みる． これで random effects が少しはわかりやすくなったかしらん?
• また授業ばて． ぢゅぎょー準備と称して放置してた雑用とかにとりくんでみたり．
• うっかり引きうけてしまった (というのがだんだん増えていくのだろうか?)， 12/12 の HSS セミナー の要旨 (というほど長くもないけど) かいてみる．
• また査読依頼．

  If possible, I would appreciate receiving your review in 0 days.

  かなり瞬間的な査読報告を要求されてるみたいだなぁ (ふつーは 21 days とか)． 放置してみるか．
• 1900 研究室発． うっすらと積雪． 1915 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.5 合． ブナシメジ・豆腐の味噌汁． コマツナのゴマあえ． キャベツ・ニンジン・タマネギ・キュウリ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (2110): 米麦 0.8 合． ネギ卵炒飯． コマツナのゴマあえ． キャベツ・ニンジン・タマネギ・キュウリ・ハムのサラダ．

2007 年 11 月 16 日 (金)

• 0840 起床． なかなか不規則生活周期から脱出できない． 朝飯． コーヒー． うーむ， ちょっと共同研究者から連絡つかないんだけど， 生態学会 福岡大会 の参加もうしこみしようかなあ， どうしようかなあ …… とナヤむ．
• けっきょくもうしこんでしまった．

  日本生態学会第55回全国大会 (2008年3月，福岡)
  
  本大会への参加登録ありがとうございます．
  登録内容は以下の通りです．
  ==================================================
  大会登録番号：1128
  お名前：久保 拓弥 (くぼ たくや) 
  生態学会員（会員番号  3134）
  ...
  

  1030 自宅発． 晴． 自宅ちかくの郵便局で大会参加費 8000 円 + 懇親会費 6000 円 + 手数料 120 円 しはらう． うーむ …… 1100 研究室着．
• ぢゅぎょーの準備． 次の月曜日で終了だ．
• 昼飯．
• 午後から夜までデータ解析こんさる． まずはフィールド科学センター 上田研究室 の Nina さんで， いつものごとく水中アミノ酸組成のデータ解析． とりあえずのとりかかかりとして 伝統的なる多変量解析でもやったら， とおススめしてみる． おそらくこれを使うとヘンな結果になるだろうけど …… 教科書どーりの解析を好むヒトびとへの対抗策， そして当方の時間かせぎのために．
• 次もフィールド科学センターからの依頼人で， 齋藤隆さん， WinBUGS でネズミ-ドングリの時系列データを解析しておられるとのことで …… 共同研究者にめぐまれてるおかげか， すごくまともな隠れマルコフモデル (状態変数モデル) が BUGS 言語にてコードされている． モデリングの問題ではなく， WinBUGS 入出力まわりがよくわからないそうで．
• 齋藤さん (とその共同研究者たち) はお手軽な R2WinBUGS をつかわず， 一回の計算で十数回ぐらいの「ボタン押し」を要求される WinBUGS の (便利にみせかけて不便な) GUI 直接操作をしている， と …… しかしながら， 「こだわり」の WinBUGS 開発者たちが作った GUI にはいくつか興味ぶかい性質があり， (一般化線形ではない，という意味での)_ 非線形なモデルの推定計算やらせると DIC を評価してくれない， という挙動を示すことがわかった．
• これは Spiegelhalter ほか WinBUGS 開発者たちの 「一般化線形ではないモデルで DIC なんか使うな」 なる message だと解釈すべきだろう． 野蛮にして便利なる R2WinBUGS だといかなる状況でも DIC を算出してしまうわけだが …… そういう数値をあまり信用しないことにするとゆー 私の判断もそれなりに妥当だったわけだ．
• そういったベイズな出力と齋藤さん revision 中の ネズミ-ドングリ論文の改訂の方針が整理整頓されて， 本日のこんさるぎょーむは終了．
• ぢゅぎょー準備は何もススまなかったけど， ばててしまたので 1835 研究室発． 1850 帰宅． ちょっtうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米麦 0.6 合． ワカメ・豆腐の味噌汁． コマツナのゴマあえ． キャベツ・ニンジン・タマネギ・キュウリ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1220): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． ワカメ・豆腐の味噌汁． ダイコン・キュウリのゴマサラダ．

2007 年 11 月 17 日 (土)

• 0940 起床． 生活周期が制御できない状態 …… 朝飯． コーヒー． 怠業．
• 気づいたら昼すぎだったので， 昼飯． しかし昼飯くったらちょっと貧血みたいな状態になったので， また休憩． 1430 自宅発． 曇． 1445 研究室着．
• なぜかいきなり井田君のタチギボウシ結実データこんさる．
• ご多忙なる岩倉さんからメイルいただき， 福岡大会でアリ噛みつき統計モデルのポスター発表が無事にできることになった．
• 安堵のあまり， なのかぢゅぎょー準備すすまず． ばててる． 月曜日で私の担当は終了なんだが．
• ぢりぢりとススめてみたが …… かなり劣悪な労働生産性を記録しつつ， 本日は撤退． 2250 研究室発． 買いもの． 2310 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日に ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): 米麦 0.7 合． ワカメ・豆腐の味噌汁． ダイコン・キュウリのゴマサラダ． ネギ・バーナ貝の卵とじ．
  • 昼 (1300): イソップベイカリーのクロワッサン．
  • 晩 (2330): 米麦 0.7 合． ワカメ・豆腐の味噌汁． キャベツ・ショウガ・ニンニク・バーナ貝の オイスターソース炒め．

2007 年 11 月 18 日 (日)

• 0900 起床． なかなか生活周期がリセットされない． 9 月以降の不健康生活の日々も明日でひとくぎり， となればよいのだが …… 朝飯． コーヒー． 体がヨワってるときにコーヒーのむとアタマがくらくらする． 洗濯 …… けっこうたくさんたまってる． 怠業．
• 洗濯よーやくオワって， 不精ヒゲそったり， シャワーで体あらうと少しすっきりした …… 1145 自宅発． 雪． 寒気が流れこんでいて気温どんどん低下中． 朝より寒い． 1200 研究室着． とりあえず昼飯くってしまった．
• メイル書きあれこれ． そして自作の雑用ユーティリティー (in ケガれ言語 Perl) を二倍ほど高速化する作業， とか．
• ぢゅぎょー準備のつづき． 明日はベイズ統計 & MCMC 計算． 数セミ解説記事 の原稿を使いまわそう， というもくろみが崩壊しつつあるので作業がススまぬ …… まあ， 部分的には使えそうだけど． 前回 (木曜日) の GLMM 授業でも 生態学会誌解説記事 の使いまわしに失敗したし．
• まあ， このぢゅぎょーは例題 driven というか， やはり例題データつかった実際の (皆さんの目の前で実演してしまう) 試行錯誤がメインだからなぁ． 解説記事ではそのあたりの試行錯誤が作りモノっぽい， と．
• ちょっと休憩したほうがよいかも， と． 1925 研究室発． 1940 帰宅． 体重 69.6 kg． 晩飯．
• さらに真夜中すぎまでぢりぢりと作業 …… しかしまだ講義のーとは完成しない．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日の日々もこのへんで終了できればなあ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1220): 研究室お茶部屋． 北 12 生協の納豆巻． リンゴ …… これはお茶部屋朝貢用にハコ買いしたうちのひとつ． 12 個 950 円． 当地はリンゴだけは安い．
  • 晩 (2030): うどん． コマツナのゴマあえ．

2007 年 11 月 19 日 (月)

• 0720 起床． ねむい． 外気温 -5°C． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 晴． すごーく寒い …… 0845 研究室着．
• またぢゅぎょーの準備． あと 6 時間で ……
• 1300 すぎに「とりあえず版」と呼べるものはできたような気がしたので， make pdf， rsync でアップロード (make save)， 講義メイリングリストに「とりあえずできました」連絡．
• 昼飯． 講義のーとみなおし．
• 1445 統計学授業， 今回でこの「生態学の統計モデリング」は終了． 今回は階層ベイズのハナシだったので， いつもより参加者が多くなって 25 人ぐらい． 90 分いっぱい使って説明 …… うーむ， 一回でこのあたり全部説明すんのは無理だなぁ．
• といろいろ反省しつつ終了． ああ， これで講義のーと書きの日々からは釈放された．
• しかしそうすると M2 修論とりまとめデータ解析したうけの日々が始まる． まずは矢澤さんと熱帯林ハナシ． そーですか， David King せんせーはあいかわらずそういう「楽しい」論文を Journal of Ecology に掲載されていますか． ということで， そのいかにも「熱帯林研究者的な」ザツなやりくちより マシな推定計算方法を作ってみた．
• 次． 稲葉さんと石狩浜海浜植物の …… ゑくせるという牢獄にとじこめられたデータたちを 救出する作戦の方針会議． これは 昨年 もたいへん苦闘したもので …… 合計 4 植物種， 昨年 2 種かたづけたので残り 2 種．
• へろへろと 2050 研究室発． 2110 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うーむ， これからの下うけ生活の中で うんどう不足にならぬように気をつけねば， と思っているんだが ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): シリアル．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2140): 米麦 0.8 合． サケ． 梅干し．

2007 年 11 月 20 日 (火)

• 0910 起床． 生活周期はあいかわらずヘン． しかし 9 時間ねたので授業ばてからは回復しつつあるような …… 朝飯． コーヒー． 1020 自宅発． 雨． 1030 研究室着．
• 1030 より 研究室セミナー， 本日は江川さんでサロベツ湿原， ヌマガヤ vs ヨシ vs ミカヅキグサの 種子 → 二年生の初期定着「対決」もの． ミカヅキグサは明るいところで強くて， ヌマガヤは暗くても OK， ヨシのひとり負け (しかし地下部の破片さえあれば逆転できるかも) …… というハナシ (だったはず)．
• そしてセミナー後に， いつのまにやら サロベツ実生したうけ計算が一件あたらしく追加されていたり ……
• ゐんばぐす 情報． N.seedling[i] ~ dbin(p[i], N[i]) において N[i] がゼロだと計算放棄する …… まあ， この特定の問題定式化の工夫できりぬけられるけど．
• ついでながら …… 前にも書いたけど， N.seedling[i] ~ dpois(0) は許容される．
• 論文セミナーの予習． 昼飯．
• 1400 論文セミナー， 本日は宮田さんでオーストラリアの高い樹木で測定した 葉のカタチ・気孔数 (葉の両面にある)・気孔のカタチ・クチクラ & wax の状態． いろいろな樹高の樹木でみると， 樹高が高くなるにつれ葉は小さく細長くなり， 気孔はクチクラに閉ざされ wax は葉の表面を覆い …… というところはいかにも， なんだけど， なぜか気孔数が増えるので気孔面積は樹高とともに増大するようだ， というナゾの論文だった．
• このあと， 夜まで雑用におわれてたよーな ……
• プリンター (A802 の CANON LBP-2810) の修理． ファームウェアを更新しても 「A6-46 サービスコール DA_f008ee8c_0028」 なるエラーが …… そしてこれは OS 依存とわかった． ゐんどーづ以外ではうまくいかない， という悪しき状況．
• Trendy セミナー関連． 来週水曜日に岸田さんが 危険に応じた形態変化−オタマジャクシの適応戦略− というハナシを．
• その他あれこれでオワってしまって …… 1930 研究室発． 1945 帰宅． 晩飯の準備． ちょっとうんどう． 晩飯．
• なぜか多変量データ解析の勉強． NMDS ってのが何なのかかなりわかってきた． 多変量解析のたぐい不信の私としては， 例によってアヤしい手法だなぁと感心するわけだけど， 今後もしばらく生きのこり続けるような気がする． 一種の作図法だと思えばいいわけだが．
• 電気代しはらう． 1497 円．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． ジャガイモ・タマネギ・ニンジン・ピーマン・鶏肉のカレー． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．