ぎょーむ日誌 2007-10-(11-20)

2007 年 10 月 11 日 (木)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0925 自宅発． 曇． 0940 研究室着．

[Karrimor Walk (15L)]

なぜかいきなりデイパックの修理． 全体が上下に裂けそうになっていたので． 10 年ちかく使っているので， あちこち修理あとだらけ．

• 日光研究会 の発表準備のつづき．

[観測データ図]

いまだに作図やりなおしていたり． われながら手間どってるねぇ …… すでに 一週間 経過． やっぱりあれこれ「発掘」作業に手間どっている， というか．

• 江川さんとサロベツ作図・データ解析相談．
• 昼飯． お茶部屋で西村さんとサロベツデータ解析相談． 皆さん， 「サロベツ的」な状況で苦闘しておられる ……
• 次の自由集会 申しこみ文案の修正．
• 「こんなことやってるのは， ひじょーにアブない」 と危機感つのらせつつ江川さんサロベツデータにとりくんでしまった． やはり下手な MCMC 計算なんぞやるよりは， 作図に工夫すべきで …… こういったたぐいの図を作ると何を統計モデル化すべきで， そうでないか， といった見とおしがたつ．

[また trellis 図]

4 水準 × 8 水準の播種実験で， 個体が 1 つでも生き残った設定は 23 箇所 (じつは播種しなかった species が出現してたり) …… といったことがわかる図． xyplot(..., panel = c(8, 4), skip = ...) と指定するとこういう図が作れる． 原図はタテ長．

• ともあれ， このたぐいの図いくつか準備しての師弟会談で 次の一歩の方向を再検討していただく， とゆーことで．
• マがあくと， またいろいろど忘れする可能性あるので， 自分用メモ．
  • モデリングしたほうがよさそうなこと: total biomass, 地上・地下 biomass 分割， biomass vs 高さ関係．
  • しなくてもよさそーなこと: dead mass のモデリング， 損傷部分のモデリング， 繁殖のモデリング (bareground & Rhynchospora 20 個体ぐらい， だから)
  どうなることやら．
• これでオワってしまったか …… 2040 研究室発． 2055 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.6 合． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ゆで卵． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．
  • 晩 (2200): 米麦 1.0 合． ゆでサバ． タマネギ・ニンジン・ワカメ・煮干の味噌汁． トマトジュース．

2007 年 10 月 12 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． 0935 研究室着．
• なぜか雑的なことが累積している． まあ， 散発的にぽんぽんくるよりは助かるんだけど．
  • 研究室セミナー・論文セミナーペイジの更新
  • 自由集会もうしこみ文案の確認
  • 研究院さーばー雑用
  • 科研費書類， 提出準備 ……
  とススめようとしたところで， 塩寺さん熱帯山地林樹形データ解析こんさる． 先日 のつづき …… やはり， というか甲山さん的に， というか問題をてひどく複雑化させる方向で， とゆーハナシのようで．
• まあ， しょうがないか， と ゐんばぐす の拷問的試験もかねて， 7 × 7 の分散共分散行列の事後分布を生成させてみる …… むちゃくちゃに時間かかる． このあたりが WinBUGS を 2.4GHz マシンで使うときの 実用的な限界か?
• そのあいまに遅い昼飯．
• 昼飯後に C 棟の生態遺伝の研究室の院生， 岡田君・荒木さんのデータ解析こんさる．
• これが 1550 ごろ終了， その間にくだんの 7 × 7 の分散共分散行列の MCMC 計算が終わっていて …… 予想どーりぜんぜんダメ， こんな複雑化したモデルの推定なんてできるのかねえ …… とイヤな気分にひたっていたら， すかさず計算機修理要請が． A 棟 8F 院生の斎藤君の Dell Desktop 機がコワれたそーで．
• 調べてみると， 7/16 購入 (30 日間保証) の中古機， motherboard がダメになったみたいね． ディスプレイに BIOS 起動も表示されないし， HDD アクセスランプも消えたまま． しょうがないので， HDD を A801 の院生共用 Dell Desktop 機に移して 一時的な代機としてもらう．
• ECOAS 関連メイルかき， とか．
• 研究院さーばー雑用のつづき， とか．
• 熱帯山地林樹木形態の下うけ計算， 15000 MCMC step に 6200 秒を費やして， ぜんぜん使いものにならない結果を出力している． そのあまり意味のない図をはってみる． たんなる気ばらし．

• 本日やってしまうつもりだった雑用としては， 自由集会 と科研費書類を事務に出してしまえる状況に …… というのがあったんだけど， まあ明日以降に． 急いでもしょうがないし．
• そして日光準備は何もススまなかった． ひじょーにまずい． 統計学授業の準備がまったく着手できてないのはさらにやばい． 2045 研究室発． 2100 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 「初雪が降るかも」 てな天気予報が流れてたぐらいで， やはり今晩はなかなか寒い．
• [今日の運動]
  • うんどう怠業の日々， つくづくスッキリしないわけですが ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.5 合． タマネギ・ニンジン・ワカメ・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 北大生協の納豆まき．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． コマツナのゴマあえ． タマネギ・卵の炒めもの．

2007 年 10 月 13 日 (土)

• 0900 起床． ねむい． さむい． 旭川・稚内ではいつもより早い初雪だったそーで． コーヒー． 朝飯． 洗濯． 怠業． 1150 自宅発． 晴． 電気代しはらい 1480 円． 1210 研究室着．
• われながらマヌケというか …… さっさと日光発表準備を終わらせるべきなのに， 熱帯山地林樹形の下うけ計算の改善にとりくんでしまった． うまくいかない推定計算が放置されてるとキモチ悪いんだよね． こんなことやってる場合ではないんだが．
• 計算にばかみたいに時間かかる原因がひとつわかった． 当方の平凡なミスだ． やっぱどたばたやってはいかんね． いやはや． これで 4 倍ぐらい速くなった．
• それから 多変量正規分布の事前分布 で生成するパラメーターからべき乗の指数 (exponent) に該当する部分を外す． どうせこの部分は「解釈」してみせても阿呆らしいだけだろう． これで分散共分散行列が 4 × 4 まで縮小できた．
• しかし MCMC 計算には時間かかる． ゆっくり変化するので長く sampling する必要がある …… まち時間に昼飯．
• 15000 MCMC step に 1500 秒． 無事に計算終了， か? (事後分布表， BUGS code)

• さーて， いそいで撤収撤収． しかし下うけ報告書かきをせねばならぬ． つらい．
• 下うけ報告書終了． その末尾部分．

  結果をざっとみたかんじでは，
  
  ・個葉面積と一次枝分枝速度に負の相関
  ・個葉面積と葉数に負の相関
  ・一次子分枝速度と葉数に正の相関
  
  甲山さんふうに言えば「あたりまえ」の結果が追加されただけなのかもしれま
  せん．樹高 (への allocation) に関しては上の三つほど明確ではなく，かろう
  じて樹高と葉数に正の相関があるかも，というやや意味不明ぎみの傾向でした．
  
  

  あ， あとど忘れ対策にここに記録しとくけど， この推定計算結果の Rhat でみた収束はよいのだが， 実際のところは数千 MCMC step 超の長周期にウネってるようにも見える．
• 次． 数学セミナー 2007 年 11 月号 特集「統計科学のすすめ(その2)」 の 補足ペイジ にこの 11 月号の宣伝を追加． 私の解説記事はともかく， 編集部の人たちととりまとめ人・伊庭さんの尽力で 興味ぶかくいろいろと考えさせる内容の特集になっています．

特集――統計科学のすすめ[その2]

平均値から個性へ／統計的モデリングのひらく世界像

伊庭幸人　8

階層モデルで「個性」をとらえる

久保拓弥　16

個人差・地域差をとりこむ統計科学／医学分野の事例

丹後俊郎　23

全体モデルから局所モデルへ／状態空間モデルとシミュレーション

樋口知之　30

生きた言葉をモデル化する／自然言語処理と数学の接点

持橋大地　37

ポスト近代科学としての統計科学

田邉國士　44

ブックレビュー／情報量規準・ベイズ統計・MCMC

伊庭幸人　50

• 数セミ編集部の人にお礼のメイルを書いて， この件ぶじに終了．
• 10/23 日光の会場への移動など検討．
• 生態学会 福岡大会 のサイトで R プログラミング自由集会 の参加もうしこみ， と．

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  【提案受け付け番号】: W-006
  【集会種別】: 自由集会
  【お名前】: 久保拓弥 様
  【所属】:   北海道大学・地球環境科学研究院
  【e-mail】: kubo@ees.hokudai.ac.jp
  
  【集会タイトル】: データ解析で出会う統計的問題 -- R プログラミングの基礎
  【提案内容】: 
  生態学では観測・実験データを得てから試行錯誤で (観測データにみられるパターン
  を説明する) 統計モデリングする場合が多く，データを何度も抽出・再配列したり，
  傾向を発見するためにたくさんの作図が必要になります．これを手作業でこなすのは
  まったくたいへんなことであり，コンピューターによる自動処理 ―― つまりプログ
  ラミングが有効なわざとなります．この自由集会では free な統計ソフトウェアであ
  る R を使って，生態学研究の役にたつプログラミングの始めかたを紹介・議論した
  いと思います．近年，生態学をふくむ多くの分野で R による統計解析が普及してき
  ました．R は単なる統計モデルあてはめ (例: glm() 使う，など) だけでなくさまざ
  まなデータ処理プログラミングが可能です．その中でとくに重要なわざである「デー
  タ作図」 (竹中) と「乱数を使ったさまざまな実験」 (粕谷) についてとりあげ，ま
  た「それ以前の準備」(久保) についても紹介します．
  
  自由集会の URL: http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/
  
     1. R プログラミングの準備
            久保拓弥 (北海道大)
     2. R で自動作図 − どんな絵でも，何十回でも，何百枚でも
            竹中明夫 (国立環境研)
     3. R の乱数関数プログラミングー統計の疑問は計算して解決
            粕谷英一 (九州大)
  
  【受け付け日時】: Sat Oct 13 15:52:46 2007
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• 次． 科学研究費補助金事業の電子申請， 事務的な内容ばかり入力すればよいのか， と思って入力していったら＜ 最後に申請書類をアップロードするところがあったので， 「一時保存」を押して撤退． 学術助成〆切は 10/16 (火)． ここの地環研事務の学術助成係に研究調書の事前点検を依頼 …… というメイルを書こうとしたら， これはどうも印刷出力したものを事務室にもってこい， という趣旨のよーだ． ということで， これは月曜日に．
• これで日光準備に …… と思ったのだが， 江川さんデータ解析したうけを 予防的に迎撃したほーがよさそうな気がしたので (「ミサイル発射準備を察知したらその基地を攻撃しても専守防衛」 みたいな論理?)， 御用聞きにうかがってみるとやはりそういう状況だったよーで． 露崎さん修士たちが所属させられる 起学 (← こんな日本語は存在しない) なる専攻科はやたらと修論中間発表とかばっかりやらせるんだよね ……
• 問題はすでに数日前にうかがっていたし， まあいつもの植物形態モノのパターンであつかえるモノなので …… と階層ベイズなモデリングしていったんだけど， いったん帰宅せねばならぬ用事を思いだした． 1820 研究室発． 1830 帰宅． 荷物うけとり． ついでに晩飯． 晩飯． 2010 自宅発． 駅とかに寄り道して， 2045 研究室着．
• また江川さんサロベツデータ解析下うけのつづき …… うーむ， こういった結果でいいのかな? 下の図は事後分布の一部．

• まあ， これ以上の複雑な情報は抽出できそうにないので， 2300 研究室発． 2320 帰宅．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 米麦 0.6 合． ネギ・卵炒飯．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． インスタントのカレースープ．
  • 晩 (1920): 米麦 0.8 合． ハクサイ・ネギ・ニンジン・ショウガ・ 干しシイタケ・春雨・鶏団子のスープ．

2007 年 10 月 14 日 (日)

• 0840 起床． コーヒー． 朝飯． 1100 自宅発． 曇． 1115 研究室着．
• 昨日のサロベツデータ解析， 作図とか納品の準備． 今月のデータ解析下うけ計算のたぐいは， これで終了 …… の予定なんだけど．

• 昼飯．
• サロベツ推定計算結果の納品に手間どる． まあ， ここは丁寧にやらねばならぬところだ． ともかくこれで下うけ計算ぎょーむは 少なくとも 4 週間ほど休業する予定．
• よーやく日光発表の準備に復帰． 日光後の統計学授業については， とりあえず忘れよう．
• なんとも寒い気がしたので， ついに研究室のガスストーヴをつける． 外気温 11°C ぐらいなんだけどなぁ ……
• ぢりぢりと準備をススめて …… うーん， まだ 6 割ぐらい? と懸念しつつ撤退． 2000 研究室発． 2015 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 不健康なるうんどう休養日， つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.5 合． ハクサイ・ネギ・ニンジン・ショウガ・ 干しシイタケ・春雨・鶏団子のスープ．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． 肉じゃが． リンゴ．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ナメコの味噌汁． ホッケ． ネギ・シイタケの炒めもの．

2007 年 10 月 15 日 (月)

• 0850 起床． ねむい． 0910 自宅発． 晴． 0925 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 査読依頼． もうしわけないけど即座に辞退． 査読期間 4 週間でも危ない．
• 科研費書類の研究調書の事前点検を事務室の学術助成係に依頼にいく． JSPS サイトからまとめて出力されるファイルを印刷出力してこい， ということでいったん撤退． 来年以降のため， ここに手順をまとめて記録しておく．
  1. 科研費 LaTeX で応募内容の作文部分の PDF ファイルを作る (ファイル名は何でもよい)
  2. JSPS サイト 電子申請 ペイジから応募者 login
  3. 新規作成もしくは (以前の続きならば) 「処理状況確認・応募情報作成再開、修正、確認」
  4. 応募情報あれこれ 入力して 1. の PDF をつけて「次に進む」
  5. ここで生成される PDF ファイルをダウンロード， これ以上はススまず logout
  6. 5. で作ったファイルを事務室にもっていって 事前点検してもらう
  7. その修正を反映して作り直した PDF ファイルを また JSPS server 上にアップロード
  8. 「確定」すると 「第 1 版」の研究計画調書 PDF ファイルが生成されるので， それをダウンロード
  9. 二部印刷出力して事務室へ， 最後に自分の作文部分の PDF file を事務室に送信
• 日光会議 発表準備をじりじりと進める． ぱいぷ樹木 なんてホントに内容を忘れてしまっていて， 思いだすのに苦労する．

[ぱいぷ樹木まわりの投影資料]

…… はひととーりできたので， いったん昼飯． まだ母子里 Gibbs 樹冠モデルの図のまわりの説明追加が必要． 時間配分はぱいぷ樹木 : Gibbs 樹冠 = 20 分弱 : 10 分強ぐらい， か?

• 事務室で修正された書類をうけとり修正． また JSPS server 上にアップロードして， 「第 1 版」の研究計画調書 PDF ファイルをダウンロード． 二部印刷出力して事務室へ． 最後に自分の作文部分の PDF file を事務室に送信して， この件落着． これで今月中の〆切つき下うけ & 雑用は消滅した， はず．
• 日光発表準備， Gibbs 林冠説明をちょっとずつ追加してるうちに， いきなり現実逃避に没頭してしまった …… Vine Linux 4.1 における PCMCIA 無線 LAN カード (Corega WLCB-54GT) の設定． PC は ThinkPad X31 (内蔵無線 LAN カードなし)． いやー， いいわけとしては， 日光宿泊場所 の 館内施設情報 によると無線 LAN しか使えないそーで．
• 方法は従来の方針 (Linux 用 prism54 driver 使う) をあきらめて， ndiswrapper とゆー巧妙だけどちょっと邪悪なかんじのカーネルモジュール使う， というもの．
• Fedora の場合に関して http://fedorakenken.at-ninja.jp/node62.html にすごく丁寧に説明してあるんだが， Vine Linux では全部このとおりにやってはいけない． 理由は (最新版である) Vine Linux 4.1 においても gcc が古い (ver.3.3.6) ので自力で ndiswrapper のコンパイルができないからだ．
• そこでこのように対処する．
  1. sudo apt-get update && sudo apt-get install kernel-module-ndiswrapper
  2. (あとは ここ 以降の説明と同じ) Corega の driver 置場からゐんどーづ用の driver wlcb54gt_202.exe をダウンロード， lha -x wlcb54gt_202.exe と lha -x setup.exe でほどく
  3. driver の install: sudo /usr/sbin/ndiswrapper -i WL54CB.inf
  4. おそらく /etc/modprobe.conf において

     options ndiswrapper if_name=eth1
     install prism54 /sbin/modprobe ndiswrapper
     

     といった追加が必要
  5. sudo /sbin/depmod -a して sudo /sbin/modprobe ndiswrapper して 無線 LAN PCMCIA カードさしこむ (私の場合だと /dev/eth1 として認識される)
  6. eth1 の設定は /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth1 なんかでもできるけど， WEP key の設定なんかは /usr/bin/gnome-panel の「ネットワーク設定」でパスワードなんかでも設定可能
  これでなんとか， よーやくにして Vine Linux 上で無線 LAN が使えるようになった気がする．
• で， また母子里 Gibbs 樹冠モデルにもどる． うーむ， こっちもアタマからいろいろと脱落していて ……
• やはり本日も終わらず， 2010 研究室発． 2025 帰宅． なんだか脱力． しばらくして， うんどう， 晩飯の準備， 晩飯．
• また夜中に冷蔵庫製氷室の付着氷板の剥離作業． 2 kg ぐらい取れた．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 研究室お茶部屋． 食パン． リンゴ．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (2240): 米麦 0.8 合． ネギ・ブナシメジ・ハム・卵の炒めもの． キャベツ・キュウリのサラダ．

2007 年 10 月 16 日 (火)

• 0850 起床． 生活周期， 復旧してない． 朝飯． コーヒー． 0945 自宅発． 曇， ちょっと雨． 1000 研究室着．
• 1030 より 研究室セミナー， 今日は小林君で北限のブナ林の遺伝的構造のハナシ． まあ， 北村さんわーるど， と言いますか． すでに論文原稿になってる点はすばらしい．
• 昼飯．
• 生態遺伝の院生の岡田君のデータ解析こんさる． 先日のつづき， 最尤推定法 の説明．
• 1400 から研究室の 論文紹介セミナー． 本日の担当は斎藤君で， 外来植物が土壌の食物網をどのように改変し， それが生態系機能にどう影響するか， というハヤリもの系論文． まあ， その実体は土壌群集しらべたり， 植物の成長実験やったりセルロースの分解速度しらべてみました， というだけなんだけど． まあ， 論文紹介セミナーの面白くて有用な点は， 大学院生がどういう論文を選び， それをどのように読み， どう紹介するか， というあたりなんで． 1515 終了．
• なんかちょっとまた雑用がいくつか …… これが意外と長びいてしまった．
• 日光準備はススまず， 1905 研究室発． 雨． 北 9 東 5 Homac で買いもの． 晩飯． 2100 帰宅． 体重 69.0 kg．
• ちょっとだけ日光発表準備をススめてみる．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日状態にもどる
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.6 合． キャベツ・キュウリ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1220): 研究室． 食パン． 野菜ジュース． リンゴ．
  • 晩 (2020): グロビュールでスープカレー．

2007 年 10 月 17 日 (水)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0935 自宅発． 曇． 0950 研究室着． いーかげんに終わらせないといけない， 日光会議 発表の準備のつづき．

• ひととーり投影資料としてテイをなしてきたように思えたので昼飯． 時刻はすでに 1405 か． ぎょーむ日誌によると， 日光発表準備に着手したのが 10/3， 途中で科研費書類かきとか院生のデータ解析計算したうけやったとは言え， 時間かかりすぎ， というか ……
• そして 25 分ほどしゃべらんといかんので， しゃべり原稿かきにとりくむ． スライドの内容を改訂しつつ． 論文の敵国語作文の難しさと比べると， しゃべり原稿作文はまだマシだな． めんどくさくなったら文をてきとーに切ればいいわけだし， 図にそって説明すればいいわけだし．
• とはいえ， まだまだ終わりには遠い． 日光発表準備はおそらくマにあうと思うけど， そのあとの統計学授業はけっこう悲惨な状況になりそう． へろへろと 1905 研究室発． へろへろとしていたせいか
  1. 大学敷地からでたあたりで「あ，忘れものした」 と A 棟 8F にもどる (私はエレヴェイターは使わぬので標高差 25 m ほどの登高が強いられる)
  2. そして研究室にもどった瞬間に 「あ， アレは背中のデイパックにすでにいれたんだ」 と思いだす
  3. 脱力
  買いもの． 1930 帰宅． 洗濯． 洗濯機が回転しはじめると， 私は曜日・時間をとわず怠業もーどにおちいる． 洗濯機がとまってかなり時間がたってから再起動． ちょっとうんどう． 晩飯．
• 何やら東京大学新聞の一面トップが 荒木飛呂彦先生 のインタビューが! という興奮のメイルが ……
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.6 合． キャベツ・ニンジン・ワカメ・豆腐のシチュー．
  • 昼 (1415): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・ワカメ・豆腐のシチュー． 野菜ジュース．
  • 晩 (2155): 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・ワカメ・豆腐のシチュー．

2007 年 10 月 18 日 (木)

• 0830 起床． うーむ， 悪しき生活周期からなかなか脱出できん． 朝飯． コーヒー． 1000 自宅発． 晴． 1015 研究室着．
• 日光発表準備， しゃべり原稿を書きつつ， 投影資料の修正・追加．
• しゃべり原稿かきは論文作文とは違い， あまりツマったりすることはないんだけど …… やはり書くのが遅いのか， 全体の三割あたりで昼飯．
• 私がいる研究室はもともと大きな講義室だったのを， 事後的にウスい壁で不等分割して講義室 + 研究室にしたもので …… どうも隣でやってる大学院生むけ授業の声が気になってしまったので (まあ毎朝毎晩のようにうるさいわけだが)， 中央図書館に避難． 自分の 統計学授業 が再来週 の月曜日から始まる， とゆー 未だ信じがたい事実を想起させる点にも耐へがたい何かがあったのかもしれぬ．
• で， 図書館で動かしてみて気づいたのだが …… このおうぷんおひす (ver.2.3) ってやつはネットから切り離された状況では起動しないようにみえる． ただし， 解決策はあって sudo /etc/init.d/network stop とかで OS のネットワーク機能を不活性にしとけば OpenOffice は起動する． つまりネットワーク機能がうごいてるのにネットにつながってない， とゆー状況で起動できないってコトのようで．
• 館内開架閲覧室はけっこう混んでたので， ロビーの椅子で作業をつづける． 1730 ごろ研究室にもどる．
• 科研費まきこまれ (?) 書類作業． MS わーどファイルで「研究分担者承諾書」なんぞ送ってきたな …… Linux 上のおうぷんおひすではがたがたにクズれる． ふと思いついて， Linux 上の VMware 上のゐんどーづに OpenOffice 2.3 をインストールして， くだんの書類を開いてみたところ， これはうまくいった． フォント依存の問題だったのかしらん， といぶかしみつつ空欄うめ作業． 助教とやらの職番号は 23 ではなく 28 か．
• ついでに同様に研究調書のほうを開いてみたら， この呪われ罫線まみれの腐れファイルのほうはぜんぜんダメだった．
• 日光作業のほうはススまず， お茶部屋で晩飯．
• だめだ， やはり夜になると作業効率が悪くなる …… 2240 研究室発． 2255 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日におちいりがち
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.5 合． キャベツ・ニンジン・ワカメ・豆腐のシチュー．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． レトルトパウチドのトマトソース． 野菜ジュース．
  • 晩 (1940): 米麦 0.6 合． レトルトパウチドのトマトソース．

2007 年 10 月 19 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0915 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• 科学研究費補助金研究分担者承諾書 (他機関用) なる紙きれを事務室の学術助成係にもっていったら， すぐに研究院長のハンコをおしてくれた． ついでに， 会計係で蛍光灯 2 本もらう． お茶部屋蛍光灯がここ数ヶ月点灯せず， よーやく私なども 「これはひょっとして『さっさと交換しろ』という 私に対する院生たちの無言の圧力なのか?」 とサトるところがあったため． 数ヶ月間このような状態で放置された蛍光灯は， 交換してもしばらくは動作が安定しない， とわかった．
• 日光発表準備のつづき． うーむ， しんどくはないけれど， 進捗が遅い．
• ちょっとお茶部屋にいくと， 大学院生が 「種子カウントデータ， glm(..., family = poisson) がうまくいかなかったので， アノヴァします」 とか恐ろしいことをいってるので， ANOVA ってのは正規分布にあてはめてるだけ， つまり glm(..., family = gaussian) と同じことでまったく意味不明， なになに「ゼロが多いデータ」だったら library(zicounts) の zicounts() で ZINB (zero-inflated negative binomial) モデル なんかをあてめればよいでしょう， と助言してみる． なンですぐにこうなるのかねえ ……
• 日光発表準備， 植物生理生態学なヒトたちにこーいう シミュレイションのハナシなんかやってよいものかしらん? という気もしてくる． まあ， 寺島さんはなぜかしら ぱいぷ樹木 ふぁんみたいだけどね …… ということで， 私などがよばれたわけだけど．
• お茶部屋が一時的に無人状態になってるのを発見したので， すばやく昼飯．
• しつこく， というか残念ながらおそらく客観的にはだらだらと発表準備． やっぱ， ぱいぷ樹木と母子里 Gibbs 林冠 ではがらっとハナシが変わってしまう． それを無理矢理につなげる．
• 世の中にはことわりにくい用件というものもありえて …… フィールド科学センター 上田研 の院生 Nina さんあいてに， 夕方から 3-4 時間かけてデータ解析こんさる． まあ， めんどうなデータ変換とかが中心で， reshape() その他による変換， 作図はややこしい構造なので library(lattice) な図 (← R Graphical Manual) を駆使することになる．
• へろへろと撤退． 2005 研究室発． 2020 帰宅． 体重 69.0 kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日に ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): タマネギ・卵の炒めもの． ヨーグルト． リンゴ．
  • 昼 (1220): 研究室お茶部屋． 食パン． 野菜ジュース．
  • 晩 (2200): スパゲッティー． レトルトパウチドのボロネーゼソース．

2007 年 10 月 20 日 (土)

• 0850 起床． うーむ， 昨晩は早めに寝たつもりなんだが …… 朝飯． コーヒー． ぼーっと怠業 …… してる場合でもないので， 1100 自宅発． 曇． 1115 研究室着．
• 仕事がススまぬうちに， なんだか空腹になったのでこっそりと昼飯． というか， あとでうっかりお茶部屋に入ったら 昨年の今ごろと同じく 家内手工業的なイクラ処理工場と化していて 多数の大学院生たちが労働に従事していたので， すばやく撤退．
• 日光発表準備， とりあえずしゃべり原稿を書き終える． で， それを院生部屋でプリントアウトしてると …… またサロベツ下うけ計算につかまってしまった． 何でも昨日の ZINB その他がうまくいかなかったそーで， アヤしげな方面に突撃中 …… データの様子を聞くと， やはり Bayes でケリをつけるのがよさそうなかんぢ， ですな．
• Bayes モデルによる最短時間の最良解決を， とのスローガンかかげてとりくんでみる． データとモデリングに関する相談， BUGS 言語による階層ベイズモデルの実装， R2WinBUGS による呼び出しまわりの作成， 試運転， 呪われ Trap 窓どもとの格闘， 本番計算 (4000 MCMC step, 540 秒で収束した)， 作図プログラム， 妥当な結果と確認， 「やっぱり生態学の野外調査データ解析はベイズじゃなきゃ うまくあつかえない問題が多すぎる」 と嘆息， 説明 & 引きわたし作業 …… で 3 時間弱を費してしまった．

• しかしその特急解析の代償としてアタマがばてきってしまったので， 撤退を余儀なくされる． 1820 研究室発． 雨． 買いもの． 1940 帰宅． 体重 69.4 kg． うんどう不足太り． なかなか晩飯準備に着手できず …… 晩飯． うー， 仕事の続きが ……
• で， 2200 すぎになって， よーやく発表練習にとりくむ …… あー， こりゃ 30 分で収まらないわ， と内容けずったり．
• [今日の運動]
  • またまたうんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): ヨーグルト． リンゴ．
  • 昼 (1210): 研究室． セイコーマートのにぎり飯．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・バーナ貝のシチュー．