ぎょーむ日誌 2006-10-(01-10)
2006 年 10 月 01 日 (日)
-
0840 起床．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
-
1145 自宅発北大構内走．
晴．
アリ研究のことなど考えつつよたよたと．
1250 帰宅．
体重 73.0kg．
昼飯．
-
1410 自宅発．
晴．
JR 札幌駅の書店群などふらふらしてから
1515 研究室着．
-
なんだかだらだらと．
-
大学にきてまで怠業してるのもナンなので，
ユキモチソウ
データ解析にとりくんでみる．
[まずは作図]
データ解析と称して数値をあれこれとひねくりまわす前に，
必ず
「データの全貌がみえる図」
を作らなければならない．
一枚の図におさまらなければ，
複数にわける．
R
の作図機能は強力なので，
よけー・無駄な平均化などを回避した
「情報を捨てない図」
が表示できる
(左の図はその縮小省略版)．
-
で，
図にしてみると個体 ID まわりでアヤしいところがある，
と発見．
もとデータがまちがっているのか，
それとも私の処理がまちがっていたのか
……
まあ，
このあたりは明日以降に解明，
ということで．
-
2020 研究室発．
2035 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0910):
米麦 0.5 合．
トマト・タマネギ・ニンジン・ネギ・ブナシメジ・あいびき肉のシチュー．
- 昼 (1330):
スパゲッティー．
トマト・タマネギ・ニンジン・ネギ・ブナシメジ・あいびき肉のシチュー．
- 晩 (2125):
米麦 0.8 合．
チンゲンサイ・ニラ・豆腐・ワカメのスープ．
2006 年 10 月 02 日 (月)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0855 自宅発．
曇．
0910 研究室着．
-
ユキモチソウのデータチェック．
R
で簡単なデータ点検プログラムを作って，
アヤしいところ一覧を出力させる．
やっぱりあるていど複雑なデータ構造
(複数年にわたる，階層構造がある)
は
「ゑくせる上で手でひねくって，目でみて点検」
ってほとんど不可能だね．
このデータにかぎらず毎度のことながら．
とりあえずユキモチソウに関しては質問のメイルを．
-
世の中にでまわっている生態学論文で解析に使われているデータのほとんどは，
こういった基本的な「まちがい点検」をやっていない．
点検もせずに何もかも「統計そふと」
にほうりこんで「ゆーい差」があるとかないとか
……
そういうわけのわからない論文は少なくないと思うんだけど，
書いた本人はそういうのが正しいデータ解析だと信じているのである．
あるいは「データ解析なんてどうでもいいぢゃん」とか．
-
ひと区切りついたのでお茶部屋かたづけ，
とか．
ここの水道は地下水由来で，
炭酸カルシウムが多量に含まれていて，
やかんの底とかに白い「カベ」を形成する．
無害なんだろうけど，
なんだかキモチわるいということで，
先週はやかんに「サンポール」(塩酸)
を投入してみた．
これでたいはんの炭酸カルシウムは溶けたんだけど，
最厚部はまだ数 mm の厚さで残っている．
もはやサンポールはないので，
賞味期限ぎれの食用酢を投入してみる．
なんでも炭酸カルシウムは酢酸にも溶ける，
ということなんで．
さて，
どうなることやら．
-
「アリしふと」の準備をぼちぼちと．
いままでこの科研の雑事 (といってもほとんど情報なかったんだが)
は PukiWiki
にほうりこんでいたんだけど，
これを (例によって，というべきか)
VikiWiki
に切りかえる．
不特定多数の他人によまれる場合は
VikiWiki
のほうが何かと都合よいので．
というか一種の CMS
として使ってるわけですな．
-
東さんからのメイルとかも全部公開してもよいような気がするんだが
(べつにたいしたことが書いてあるわけでもないので)，
まあ連絡メイル全般は非公開
(VikiWiki の動的コンテンツとしてあつかい，
静的 HTML ファイルとして生成されたところには出さない)
にして，
このよくわからぬ基盤 A の施政方針演説みたいなところは抽出して，
公開ペイジにまわす．
-
まあ，
このへんは近日公開，
ということで．
実際のところ，
現時点では何も情報がない．
-
北大生協書籍部にアリ本の科研費買いにでる
……
がアリ本などほとんどない，
とわかった．
帰りに図書館によってみたんだけど，
事情は同じ，
か．
研究室にもどって Amazon なんかで検索するも
……
うーむ，
やはり書籍はないのかな．
とりあえず，
この科研費関係者たちというか東さん・辻さん・長谷川さん・伊藤さんそれぞれが
章を分担執筆しておられる何冊かは入手できたが．
-
昼飯．
-
お茶部屋ソファでだらだらとアリ本のたぐいをながめる．
図書館で借りてきた
「社会性昆虫の進化生態学」
(松本・東編)，
いいねえ．
13 年前に出版された本だけど，
この科研費分担者たちが
「数理モデルってのはこういうもんだ」
と認識してしてる様子がわかるようだ
……
つまり私の研究対象生物は何かと聞かれれば「生態学研究者」ということですね．
現在入手可能かどうかわからんけど，
とりあえず書籍部に発注してみよう．
さてさて．
-
なんとまあ，
Wikipedia に
蟻コロニー最適化
(ant colony optimization)
なるまにあっくな項目がたってるよ．
[アリは人気もの]
google image で
ant colony simulation
と検索するとアリシミュレイション図がぞろぞろと出てくる．
「個々のワーカーはそれほど賢くないかもしれないけど，
コロニー全体ではうまいエサ捜し・エサ集めやってる」
という設定の研究が，
何やら計算機科学者たちのココロをあつくしてしまうようですな．
-
ちなみに，
私が調べたいことは
(というか正確にいえば，
私自身が調べたいというより
「こーゆーことやったらこの科研費メンバーにウケるんでは」
と憶測しつつあるのは)，
かかる単一コロニーにおける optimization ではなく，
エサ集めを重視しているコロニー
(まあ最適とやらでなくても十分でしょう)
どうしの「戦争」である．
-
本とかネットとかながめてると
……
植物に比べると，
アリってやっぱり情報が多いような気がする．
こういう「ぱっと見ておもしろい」動物のほうが
多くのヒトの興味をひくのだろう．
しかし，
その情報に偏りがある，
というか
……
個体レヴェルの行動とかそれより細かいことはよく調べられてるよーに
思えるんだけど，
集団以上の現象になるととたんに定量的なデータが見つからない，
という気がする．
当然といえばとうぜんかもしれないが．
-
1900 研究室発．
雨．
1915 帰宅．
体重 73.4kg．
晩飯．
-
数日前に，
久保さんて
ノトーリアス B.I.G.
(「ジョジョの奇妙な冒険」に登場する「スタンド」)
みたいなモノで「本体」はすでに死亡してるんでは，
とご指摘をうける．
「まさか，
そんな」
といったんは否定しようとしたものの，
考えてみると思いあたるふしがまったくないわけではない．
それ以来，
私の「本体」がまだ生きてるかどうかを確認する手段を模索しているんだけど，
いまだに解決策がわからない
……
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 5 ×
3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.7 合．
チンゲンサイ・ニラ・豆腐・ワカメのスープ．
- 昼 (1440):
研究室お茶部屋．
北大生協のツナオニオンパン．
2006 年 10 月 03 日 (火)
-
0715 起床．
0735 自宅発．
曇．
0750 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
アリ文献よみ，
というかアリ本よみ．
小学校高学年 - 学部学生むけぐらいの入門書 (日本語)．
なぜそんなの読むかといえば知らないことがたくさん書かれているから．
-
「アリと人間」
レイ・ノース, 2000, 晶文社:
原著は Ray North. 1996. Ants．
ふりがなびっしりなので小学生むけかも．
しかし内容は興味ぶかいだけでなく，
モデリングに役たちそう．
-
「アリはなぜちゃんと働くのか」
デボラ・ゴードン, 2001, 新潮 OH! 文庫．
原著は D Grodon. 1999. Ants at work. Norton．
個体-コロニー間スケイルの現象のアリ研究者による，
たいへんおもしろい科学エッセイ．
これまたモデリングに有用そう．
-
「地球はアリの惑星」
東正剛 (編著), 1995, 平凡社．
東さんの章は意外と (はヘンか)
親切な入門者むけの解説になっている．
よく見ると上の三冊はどれも Amazon 古本屋で
(自分のお金で)
買ったものだな．
-
アリ論文もいくつかダウンロード．
ワーカー個体追跡の軌跡とか
……
なんというか，
こういう細かいところはよく調べられてるんだよね．
-
アリ文献にとらっぷされてるうちに空腹になってきたので，
昼飯．
-
甲山さんが熱帯林 (Pasoh) 研究の科研費をだそうともくろんでいるので，
(あまりヘンてこな計算を押しつけられぬよう予防するべく)
そのあたりの相談少々．
甲山さんに限らず (このへんの)
熱帯なヒトたちは「多種共存」
といったハナシなんかをすぐに持ちだしたがるけど，
そのあたりってもはや科研費むけではない
(審査員たちはだまされにくくなっている)
ような気がする
……
どうなんだろうね．
-
アリ本よみ，
というかアリ本ながしよみのつづき．
-
メイルで
北大生協
に書籍科研費買いの注文．
-
文献の束の中から，
琉球大学の
辻さん
のメモなどが発掘された．
昨年 7 月末
の沖縄アリ科研費会議とか，
今年 3/17
のときにもらったやつ．
さーて
……
これは発注者からの要望みたいなもの，
と位置づけられるわけで．
-
今日もいちにち文章よみでオワりつつ
……
1830 研究室発．
1845 帰宅．
体重 73.4kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 昼 (1345):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 晩 (2000):
米麦 0.8 合．
エノキ卵とじ．
ネギ・豆腐・ワカメの味噌汁．
2006 年 10 月 04 日 (水)
2006 年 10 月 05 日 (木)
-
0800 起床．
なンかあけがたごろまで眠れなかった．
0810 自宅発．
晴．
0825 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
北大地下水を飲んでるヒトだけに有用そうなカルシウム続報．
やかん底などに白く付着する炭酸カルシウムのカベは，
やはり塩酸 (市販品だとサンポール)
でないとなかなか溶けない．
酢酸ではだめ．
-
また辻さん (琉大) メモを VikiWiki 上でまとめなおし
……
作業やってるうちに，
「これは格子空間モデルを (また) やらんといかんかも」
という気分になる．
これはあまり楽しくない．
-
なぜ楽しくないか?
ねがちぶな理由を列挙してみよう
……
回避の難しい現実をつきつけられた状況においてココロの平和を実現するために
……
-
現象をむりやり格子空間におしこむので
(気象モデル屋の用語でいうと)
「ぱらめとりぜいしょん」
が多くなりがち
-
それでも現実との対応関係がよくわからなくなりがち
-
「エサを発見→フェロモン routing→みんなでぞろぞろ運ぶ」
といったアリっぽい
ことが何もできない!
(植物の集団動態モデルとほとんど区別できない)
-
つまりかっこわるい
-
ぢゃあ何で「逃れられんかも」と追いつめられてるかというと，
……
だけか?
理由はこれだけのようで．
しかし，
アリマニア群れつどう
東正剛科研費ぷろぢぇくと
(説明が面倒になってきたので情報ないけど公開)
の中で，
現時点において
「久保には何か利用価値あるかも」
と
(ごくわずかながらでも)
考えそうなのは辻さんぐらいなんで．
-
えーい，
「格子空間なもでる」に利点は何もないのか?
とゆーことで「いいことさがし」をやってみよう．
-
計算が速いだろう
(100 万匹 worker の個体ベイスモデルと比較して)
-
coding がラクでありましょう
(設計はかえってしんどい?)
-
ということは，
「R
から呪われ言語 C++ を呼び出す」
という技術的試行錯誤の練習台に好適?
といった計算よりなハナシばかりで．
生態学的には利点がない．
-
利点あった．
おそらく，
パラメーター数はより少ない
……
そうであってほしい，
と切に希望しているのであるが
(あまりパラメーター数かわらないかも)．
-
ココロをおちつけるべく北大構内漂泊の旅にでる．
ついでに北大生協で昼飯調達．
研究室にもどって昼飯．
-
アリ worker 個体ベイスモデル用に考えたアイデアを，
格子コロニーモデルに流用できるか検討してみるか
……
-
けっきょく個体ベイスのほうも来年度にやらされるような気がする
……
ああ，
つまり私が「楽しくない」と考えた理由のひとつは，
それもあるのかも．
つまり今年度に worker 個体ベイスのコロニー戦争のプログラムを作っておけば，
来年度はてきとうにそれをひねって
「仕事したこと」
にすればよかったわけだ．
このままでいくと，
まず格子コロニーモデルで論文とか書かされて，
次に worker 個体激突版の開発もやらされる，
と
(で，
同じようなことに二度やってるのに，
計算結果がけっこう違ってたりする矛盾にイヤになってしまう，
と)．
[昨年の夏から届いた便り]
で，
昨年の 8/2
の時点ですでにかかる窮状におちこむ，
と予測していたらしく，
未来の自分にあてた
「まあ，
格子コロニーモデルをやらされることになりそうだから，
こうやってモデリングやったら」
なるメモがみつかる．
沖縄からもどる飛行機内で書いたもの．
なになに
……
-
うーん，
このときは worker の行動範囲が
一格子点におさまってるよーなモデルを考えてるなあ．
空間スケイルがよくわからんのだよねえ．
たとえば 10m × 10m
四方のわくをとると，
その中にアリのコロニーがふたつ同時に存在することはない，
と考えてよいのかどうか，
とか
……
こんなのアリの種類とか，
生息地の環境によって変わるよね．
-
逆に，
「わく」内に複数コロニーの存在を許すか?
激烈な戦争になりそうだな．
-
「あー，
どーしよどーしよ」
と A 棟 8F 内をうろうろしてると大学院生たちに
不審と猜疑の目をむけられるので，
A 棟 1-8F の階段を上下降することに．
蛇足ながら，
私はいつも運動のためと称してエレヴェイターは使わないようにしている．
-
とりあえずの思いつきは VikiWiki 上に
記録，
とか．
ろくな思いつきがないな．
-
階段上下のついでに，
ついでにお茶部屋の古新聞すて，
とか
-
「わく」内の食料争奪だの白兵戦だのといったばとるの確率モデル化が難しい
……
えーと，
直接的な闘争に限定しても，
-
相手を攻撃する
→ 相手が死ぬ・自分が死ぬ
-
攻撃される
→ 相手が死ぬ・自分が死ぬ
-
何もおこらない
これらが「わく」内のワーカー数とか，
敵味方識別能力とか，
時間ステップの長さとか，
それぞれの武断性とかで決まるわけだよなあ
……
-
亀山さんとツガザクラ雑談 1.5 時間ほど．
1945 研究室発．
2000 帰宅．
体重 73.2kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
北大生協レイズンパン．
- 晩 (2110):
米麦 0.8 合．
タマネギ・ニラ・ブナシメジのトマトスープ．
2006 年 10 月 06 日 (金)
-
0810 起床．
0820 自宅発．
曇．
0835 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
研究室のネット雑用あれこれ．
-
母子里林冠モデル作文，
ちょっとだけ修正．
来週の火曜日・水曜日あたりはこの作文なおしにかなり時間とられる予定．
-
アリコロニー戦争ゲイム詳細の検討のつづき．
やはり「個体が見えない」格子空間なモデルってのは，
「わく」の中のできごとを根拠 free なでたらめな関数で
定式化していかねばならんので気分が悪い
……
ああ，
次の生態学会大会 (2007 年 3 月，松山)
でかくのごとき
「こーしもでる」のポスター発表なんかやるのはつくづくイヤだなぁ．
とはいえ，
この場を利用してアリ話をしないとアリもの知りなヒトたちから
「このモデリングでことさらにダメなところ」
とか指摘してもらえないからなぁ．
-
アリわく計算の定式化ですっかりイヤな気分になっていると，
科研費書類かきがイヤになった甲山さんが
新しく購入した登山靴でそのへんのそのそと徘徊の旅
(おそらく A 棟 7F から 8F にあがってくるのに登山靴が必要とされるのだろう)
の途中にここに立ち寄ってきて登山靴雑談などを．
-
とうだうだしてると，
タイミングよくというか
R
質問があったので (アリ問題から逃れるべく)
みょーに丁寧に R こんさる．
-
また北大構内漂泊の旅にでてしまう．
えーい，
アリわく計算，
わけのわからん関数型がアタマの中にうじ虫のようにわいてきたな
……
北大生協で昼飯調達．
研究室にもどって昼飯．
-
楽しくない方向に抽象化されてしまっているアリの局所的挙動，
まあでたらめでもいいから定式化してしまって，
とは考えてはいるんだけど
……
どうも「楽しくない」感がつのってしまうと考えが
「どうにかならんか」
「こうすれば」
「計算時間が 100 倍ぐらい増えてしまう」
「しかも依然として意味不明」
「どうにかならんか」
るーぷにおちこむ．
また A 棟 8F 内をうろうろしてみたり．
-
夕方からいきなり A 棟 5F の
野田さん
と同研究室の D1 院生の辻野君あいてに群集データ解析こんさる．
「推移行列間の『距離』はどうやって定義されるか?」
(とうぜん対数尤度差つまり deviance で定義される
……
大半の行列ゆーざーたちはこれにすら気づいていないが)
から具体的ではあるけれど，
他では聞けない浮世ばなれしたやりとりが始まってしまうと，
たちまちまた
(縮小推定量的な考えかたから)
Bayesian
な世界をさまようことになる
……
-
しばらくはお茶部屋で議論してたんだけど，
日没時刻をすぎると空腹によって攻撃性を高めた院生たちがうろうろしはじめ，
その場を競争排除されてしまったので，
かとー記念おふぃすにもどって続きを．
データから特定すべきパラメーター数がたくさんあるので
当然ながら MCMC 計算が必要となる
……
が，
推移行列なるモノの各要素をいちいち独立に推定してみせるのは
少しばかり阿呆っぽい気もする
(んだけど改善のアイデアは今のところ無い)．
「その階層的な群集構造を表現するベイズモデルの参考になる
教科書とか論文とかありませんかね」
「ありません」
「……」
「まあ，
数年後にはいろいろと出まわるんではないですかね
……
ひょっとしたら，
本質的には同じ種類のデータ構造をあつかう集団遺伝学まわりなら，
すでに何かあるのかも」
-
いやー，
この野田さん研究室の岩礁性潮間帯のハナシはアリモデルとちがって，
観測データがたくさんあって，
しかもその構造が
数理モデル (統計モデル) とがっちりかみあうので気分よろしいですね
……
この統計モデルが良いかどうかは
実際に適用してみないとわからないところがあるけれど，
こういうカウントデータの場合はアタマの中で
かなり具体的に定式化されるよーな気分になるので
「こりゃいけるかも」
感が強まるのである．
-
1910 研究室発．
1925 帰宅．
体重 73.8kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0845):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 昼 (1420):
研究室お茶部屋．
北大生協にぎり飯．
- 晩 (1950):
米麦 0.7 合．
タマネギ・ニラ・ブナシメジのトマトスープ．
2006 年 10 月 07 日 (土)
-
0720 起床．
雨，
か．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
0900 すぎたので洗濯．
怠業．
-
1140 自宅発．
雨．
書店とかふらふら．
1240 研究室着．
-
お茶部屋は家内手工業的な海鮮物処理工場と化している．
-
またアリモデルにわずらわされる
……
ありがちなモデリングなンだけど，
時間軸を二種類用意する，
という方式があるな．
日単位で変化していく中に秒 or 分単位で変化していく動態をくみこむ，
と．
根拠ふりーなところは依然として同じだが．
-
どうしようか迷ったあげくに雨の中を帰宅して昼飯．
1620 再登校．
-
格子空間なモデルにおいて格子内こそが意味不明なブラックボックスになりがち
問題のつづき．
アリコロニーに関しては格子内の状態が複雑になりがちなので，
この面倒にとりくまねばならぬ
……
が良い解決策ナシ．
せいぜいのところ
-
陽的解法:
「一日の中」といったべつの細かい時間ステップで進行する
独立した世界を準備し，
「わく」内の相互作用を帰結をその細かい時間ステップ
の動態として記述する
-
陰的解法:
陽的と準備だてはほとんど同じだけど
(いやいや，
定式化まわりはうまい工夫が必要だな)，
ある初期状態から得られる帰結を何か implicit
な数値計算技法にて算出する
が選べるぐらいか?
どちらにしてももちいられる動態パラメーターはよくわからぬものばかり．
-
集団スケイルでの
観測データが事実上まったくないアリ世界がつくづくイヤになったので，
ユキモチソウ
データ解析したうけのつづき
……
修正データいただいたので．
[また図を描く]
左の図はその縮小版．
だんだんと観測データの「ぱたーん」が見えてきた
……
まあ，
線形混合モデルかその Bayes 版，
で説明できそう．
うん，
年差も random effects 的にあつかえばよさそうだな．
-
1950 研究室発．
雨．
2005 帰宅．
体重 73.8kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 5 ×
3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
スパゲッティー．
タマネギ・ニラ・ブナシメジのトマトスープ．
- 昼 (1550):
タラコスパゲッティー．
- 晩 (2140):
米麦 0.8 合．
ネギ・卵の炒めもの．
ワカメスープ．
2006 年 10 月 08 日 (日)
LoadModule suexec_module modules/mod_suexec.so
...
AllowOverride FileInfo AuthConfig Limit
Options MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch IncludesNoExec ExecCGI FollowSymLinks
...
DirectoryIndex index.html index.htm index.shtml index.php index.cgi
...
LanguagePriority ja en da nl et fr de el it kr no pl pt pt-br ltz ca es sv tw
...
AddDefaultCharset none
...
NameVirtualHost 133.50.216.137
# ---------------------------------------------------------------
# VirtualHost 1: hosho.ees.hokudai.ac.jp
<VirtualHost 133.50.216.137>
ServerAdmin ???@ees.hokudai.ac.jp
DocumentRoot /home/ecosyst/public_html/
ServerName hosho.ees.hokudai.ac.jp
ErrorLog /var/log/httpd/error_log
CustomLog /var/log/httpd/access_log combined
UserDir public_html
</VirtualHost>
# ---------------------------------------------------------------
# VirtualHost 2: jes.ees.hokudai.ac.jp
<VirtualHost 133.50.216.137>
ServerAdmin ???@ees.hokudai.ac.jp
DocumentRoot /home/jes51/jes_html/
ServerName jes.ees.hokudai.ac.jp
ErrorLog /var/log/httpd_jes/error_log
CustomLog /var/log/httpd_jes/access_log combined
UserDir disable
# ここに後述する mod_rewrite 設定が入る
</VirtualHost>
# ---------------------------------------------------------------
# VirtualHost 3: ecology.ees.hokudai.ac.jp
<VirtualHost 133.50.216.137>
ServerAdmin ???@ees.hokudai.ac.jp
DocumentRoot /home/ecology/public_html/
ServerName ecology.ees.hokudai.ac.jp
ErrorLog /var/log/httpd/error_log
CustomLog /var/log/httpd/access_log combined
UserDir disable
</VirtualHost>
# ---------------------------------------------------------------
-
えーとそれから，
Vine Linux で apache2 + php5 を使う場合は，
ぎょーむ日誌 2006 年
2/12
参照，
と．
-
Apache 2.0 に切りかえた理由は主にふたつあって，
どちらも Vine Linux 環境のもとで
mod_suexec
と
mod_rewrite
を快適に使いたい，
という理由によるもの．
mod_suexec
はすでに設定ずみなので
……
-
次はいよいよ
「黒魔術」
とも呼ばれる
mod_rewrite
である．
VirtualHost 併用時の
注意
を読みつつ，
下記のごとく設定変更．
# ---------------------------------------------------------------
# VirtualHost 2: jes.ees.hokudai.ac.jp
<VirtualHost 133.50.216.137>
...
RewriteEngine on
RewriteRule ^/jes50/(.*)$ http://www.esj.ne.jp/meeting/50/$1 [R=301,L]
RewriteRule ^/(.*)$ http://www.esj.ne.jp/meeting/51/$1 [R=301,L]
</VirtualHost>
# まあ RewriteRule 設定するなら他の設定はいらないんだろうけど
# ---------------------------------------------------------------
-
この自動強制転送とでも呼ぶべき設定によって
http://jes.ees.hokudai.ac.jp/
つまりあの (私にとっては悪夢のごとき記憶をよびおこす)
釧路大会の web site 以下のあれこれが机のすぐ横にある server 機から
東京のどこかにあるレンタルさーばー屋のマシン上の生態学会サイト内の
http://www.esj.ne.jp/meeting/51/
にめでたく永久追放できたわけだ．
-
なんと表現すべきか，
これはただファイルたちを移したというだけでなく，
「WWW 的に移動」とでもいうのか，
たとえば検索エンジンなどで釧路大会サイト内のどこかのペイジに
飛びこんでも必ず新サイト上の対応するペイジに強制転送される．
アクセスした人たちのほとんどは「転送された」とも気づかないだろう．
-
さらに
301 なる「永久移転」コードも返すので，
検索エンジンたちはその点を了解しておそらく数週間以内に新サイトを
検索結果として表示するようになる．
ついでに釧路大会の前の
筑波大会
についてもいろいろと工夫してある．
いやー，
めでたしめでたし．
-
やあ，
なんとか Apache 移行できた
……
と脱力して
(こういういんふら系ソフトウェアの変更はかなり緊張する)，
ふらふらとお茶部屋にさまよいこむと，
そこにはワナが口を開けてまちかまえていた
……
[まずは写真撮影]
昨日の家内性手工業でつくられたイクラ．
「これは売りものになるかもっ!」
とのことで，
ぎょーむ日誌で宣伝するよう命じられた．
-
そして院生ゐんどーづ機のソフトウェアいんすとーるその他ぎょーむ．
ゐんどーづ OS まわり，
というだけで悪夢なのに，
それが二台同時ともなれば
……
-
よろよろと
1935 研究室発．
雨．
1950 帰宅．
晩飯．
-
そして，
研究室 web server 問題，
いまだ収束せず．
SuEXEC の挙動は uid と gid にふりまわされる，
とわかった．
なかなか興味ぶかい．
-
SuEXEC まわりの挙動は
/var/lib/log/apache2/suexec.log
に記録される．
ログ出力のファイル位置を変更するのはめんどうなので放置
(mod_suexec
がそのようにコンパイルされてるため)
-
SuEXEC がうまく動作しない条件:
users
のような generic な group に所属してる
user は SuEXEC のもとで CGI プログラムが動かせないらしい
-
無難な解決策:
uid と同じ gid の group を
/usr/sbin/groupadd -g gid group
で作り
/usr/sbin/vipw
で /etc/passwd
を書き換える;
そして
chown -R
で user directory ごと gid を書き換える
これでとりあえずは一件落着．
-
とある女性研究者に報告した歴史概況，
あるいは最下層カーストから見たお茶部屋世界．
……
このあと，
女性院生の人数がいよいよ圧倒的なものとなりながらも
(現在 M 9 名中 7 名，D 6 名中 3 名が女性)，
懸絶した統治者はあらわれず
お茶部屋はさながら辺境の豪族たちによる中世的共同支配のもとにあるかのようです．
ここでは「食」というものが
あたかも唯一かつ至上であるかのようにあつかわれ，
すなわちさまざまな「食」イヴェントが喧騒と混沌の中から自然発生的に企画され，
それを精力的に準備し消化していくことによって体制が維持強化されている，
といった状況なのです．
なんとならば「食」は至近的に達成されるべき目的であるのみならず，
その暴走熱狂的とでもいうべき過程そのものが
支配集団の結束と権力を顕現させる究極的な手段となっている，
この点において，現在のお茶部屋は絶対王権者なき
「食」本位主義とよびうる統治システムの時代といえるのでしょう
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
食パン．
- 昼 (1350):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 晩 (2150):
米麦 0.8 合．
ネギ・ピーマン・卵炒飯．
ワカメスープ．
2006 年 10 月 09 日 (月)
-
0750 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
1020 自宅発．
晴．
1035 研究室着．
-
いきなりまた Apache2 の
mod_rewrite
問題にはまりこんでしまった．
「問題:
http://xxx.yyy/~kubo/ml/
以下へのアクセスをすべて
http://xxx.yyy/~kubo/ce/zzz.html
に rewrite したい，
ただし各ユーザーが設定できる .htaccess
ファイルを使って」
……
さてどうしたらよいか?
まず Apache2 の http.conf
において
-
http://xxx.yyy/
が VirtualHost の場合，
<VirtualHost *>
内で RewriteEngine on
-
ユーザーに
AllowOverride All
などが必要
-
ユーザーに
Options FollowSymlinks
が必要? (不明)
というふうに書き換えたら，
いつものごとく sudo /etc/init.d/apache2 restart．
で
http://xxx.yyy/~kubo/ml/
ディレクトリ内において
.htaccess
をこう書く．
RewriteEngine on
RewriteBase /~kubo/ml/
RewriteRule ^.*$ /~kubo/ce/zzz.html [R=301,L]
よくわからないんだけど，
なぜかしら RewriteBase
による指定が必要だった．
-
あるいはトップディレクトリ
http://xxx.yyy/~kubo/
において
.htaccess
をこう書く，
とか?
RewriteEngine on
RewriteBase /~kubo/
RewriteRule ^ml/.*$ /~kubo/ce/zzz.html [R=301,L]
ここに Rewrite 設定の .htaccess
おくほうがいろいろと便利かもしれんな．
-
てなことにかまけてるととっくに午後になってた．
昼飯．
-
北朝鮮，
核実験成功?
爆縮 (implosion) 方式の熱核分裂
ってそんなに簡単に実現できるものではない，
と思うんだけど．
-
ユキモチソウのデータ解析したうけのつづき．
lmer()
でお手軽に
family = gaussian
として計算してみる
……
モデル選択的なみかたでいくと，
やはり fixed effects としては初期重 (初期重の対数?) が重要そう，
random effects は個体差と年差，
とゆーところか?
-
とりあえずの解析結果は出たので，
モデル & 結果説明のメイル書き．
これはいつもながら苦闘する．
瀬戸内方面に送信．
-
熱帯林 sampling 準備の R こんさる．
Pasoh 毎木データの概形，
しだいに見えてきた．
本日は R の使いかた説明に時間くったけど，
来週ぐらいまでに構築すべき「調査対象木半自動選抜システム」
は (わたし的には) 「いつもと同じ」
みたいなかんぢで作れそう
(ただし個体データ数が 38 万あるので多少の工夫は必要)．
たぶん木曜日以降にしか着手できないので，
忘れぬようここにとりあえず書いとこう．
-
38 万本データから，
各樹種ごとに抽出し，
台帳 data.frame を生成していくと同時に
樹種ごと毎木 data.frame R object を
save()
する
-
台帳 data.frame()
にもとづいて 50 樹種を選抜
-
樹種ごとに毎木 data.frame を
load()
して，
weight
つき
sample()
-
この選択わくぐみのもとで選ばれた 1000 個体
の自動作図
-
選ばれた 1000 個体を「場所ごと」
にまとめた野外調査表を自動生成
-
2045 研究室発．
2100 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
米麦 0.7 合．
ニラ卵．
- 昼 (1340):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 晩 (2150):
米麦 0.7 合．
ニラ卵．
ネギ・豆腐・ワカメ・煮干の味噌汁．
2006 年 10 月 10 日 (火)
-
0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
晴．
0915 研究室着．
-
今日はいろいろな偶然から「シウリザクラな半日」になるはずなので，
とりあえず以前に書いたシウリザクラ作文
(お，
もうひと月
ちかくも経過してたか)
をみなおす．
-
よくある質問
「対数尤度が正の値になった (あるいは AIC が負の値になった)
んだけど，
それって問題ないのか?
(対数尤度って確率の対数だから 0 以下になるんでは?)」
に対する回答の一例．
ひとことで言えば「対数尤度として計算されている数量がプラスになることはよくあ
ること」で理由は「尤度が確率ではなく確率に比例する量になっていることが多いか
ら」ということです．
たとえば観測値 x の統計モデルにおいて，x のばらつきを説明するために正規分布
を使っていたとしましょう．正規分布は連続分布なので，たとえば x は平均ゼロで
分散 0.1 の「せまい」正規分布にしたがうとすると，その「確率密度」 y はだいた
いのところ，
x y
[1,] -0.20 0.53
[2,] -0.15 1.29
[3,] -0.10 2.41
[4,] -0.05 3.52
[5,] 0.00 3.98
[6,] 0.05 3.52
[7,] 0.10 2.41
[8,] 0.15 1.29
[9,] 0.20 0.53
というふうになります．このような連続分布ですから x が 0 ぴったりである確率は
ゼロであるのに対して，x が 0 から 0.0001 のあいだに存在する確率はおよそ 3.98
* 0.0001 = 0.000398 ぐらいになります．
x = 0 である (あるいは 0 ちかくにいる) 「確率」はこのように計算されるべきな
のですが，尤度計算では x = 0 というデータが得られた場合，その「尤度」を 3.98
にして計算します．つまり尤度とは何かと聞かれれば，正確には確率に比例する量，
ということになります．
連続分布を使った統計モデルではこのように尤度や対数尤度が計算されていくので，
データ全体の対数尤度が正になることはよくあります．
また離散確率分布 (ポアソン分布や二項分布など) を仮定している場合でも，計算の
つごうで (例：「定数項」を省略) などによって対数尤度が正になることがあります
(最尤推定においてはそれで特に不都合はないので)．
1030 より
研究室セミナー，
本日は森君で格子状に植えられたシウリザクラの結実数解析
……
サッカーの試合とかよく知らないんだけど，
前半終了までにオウンゴールで 3 失点自滅，
というかんぢ．
終了後，
セミナーに来ておられた永光さん・森君・私で「三者面談」．
私までまきこまれてしまったシウリザクラ論文かき
(森君が修士課程でやってた研究)
の論文とりまとめの作業分担とか．
私が分担すべき作文の量がまた増えつつある
……
その後，
三人で北大生協で昼飯．
研究室お茶部屋にもどって，
永光さんと社会性昆虫モデリング雑談．
ユキモチソウメイルかき．
R 「通信講座」は難しそうな予感．
院生に命じられて，
A801 部屋の共用ゐんどーづ機に
「時計あわせ」
ソフトウェア
(よくわからないので
桜時計)
のインストール & 設定．
NTP server はてきとーに
検索
して産総研の予備の予備を指定．
12 時間おきに自動的に時計を修正するよう設定．
ちかごろの
R-help
mailing list の一部では
「R の block comment
の仕様はどうあるべきか」
というまにあっくな議論でもりあがっている．
現存する R の block comment は
if (FALSE) {"
block comment!
"}
# ふつーのコメントはこう書く
だけなんで．
いまさらながら，
昨日のぎょーむ日誌が「乱丁」とでもいうべき状態にあるのを発見．
修正．
香川の小林さんから母子里林冠モデル作文の
修正コメントおくっていただいたので，
それにしたがって改訂作業をススめる．
1850 研究室発．
1905 帰宅．
体重 73.8kg．
[今日の運動]
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.5 合．
ネギ・豆腐・ワカメ・煮干の味噌汁．
- 昼 (1320):
北大生協中央食堂．
気仙沼マグロ漬丼．
サラダバー．
味噌汁．
535 円．
499 キロカロリー．
- 晩 (2010):
米麦 0.8 合．
ゆでサンマ．
ネギ・ナメコ・ワカメの味噌汁．