ぎょーむ日誌 2005-10-(01-10)
2005 年 10 月 01 日 (土)
[電気盆栽復活]
うーむ，
解決までかなり試行錯誤が必要と思ってたんだけど
……
「時が解決してしまった」
というか，
いまいち釈然としない．
-
コンパイラーが変わったせいかしらん，
と調べてみると今年 2 月 (
Vine 3.1)
と同じく gcc-3.3.2 ファミリーのまま．
しかも Vine patch まで共通の
gcc-3.3.2-0vl8
だ．
呪われ C++ 標準ライブラリーも
libstdc++3-3.3.2-0vl8
のままだし．
-
となると
glibc が変わった影響か?
調べてみると Vine 3.1
では
glibc-2.3.3-3vl1
だったんだけど，
手元にあるのは
glibc-2.3.3-3vl1.2
……
うーむ，
これで計算結果が変わったとなると，
それはそれでなかなかおそろしい．
-
とゆーふうに
gcc
まわりの ``robustness'' (とゆーか consistency とゆーか)
に関する大きな疑惑もとけたんで，
他のマシンも Vine 3.2 に更新できそうだな．
-
1255 自宅発北大構内走．
曇ときどき晴．
個体群動態って MCMC 計算的な見かたでとらえなおすと，
ずいぶんさま変わりするんぢゃなかろーか，
といったことをぼんやり考えつつ．
1355 帰宅．
体重 72.6kg．
昼飯．
-
国勢調査の調査表にかきこんでみる
……
10 分もかからずにおわった．
今日の「夕方」に回収にくるそーで．
拘束されるな．
-
まあまだ大丈夫だろう，
と隣接する北 12 条生協で 15 分ほど買いもの．
帰宅したらちょうど調査票回収の人たちがきた．
時刻は 1550．
-
1640 自宅発．
曇．
ふらふらと本屋などにたちよってから
1730 研究室着．
-
2-3 時間ほと費して
研究室雑用 Wiki
の土台を作る
(研究室
トップペイジ
からもリンクしている)．
Wiki えんぢんは例によって
PukiWiki．
-
内容的にはまだまだ作りかけなんだけど
……
これから雪野さんがもってる備品調達まわりの書類や，
工藤さんが作った薬品管理まわりの手続きをほうりこめば，
なかなか便利な「研究室オンラインマニュアル & FAQ」
に発展していくだろう．
-
これを
Wiki
で実現する利点とかを説明をのべてみると
……
-
とにかく更新が手軽:
最重要ぽいんと．
ネット上からならどこからでも誰でも
内容を追加したり変更できる．
-
自動的に差分とかバックアップをとる:
ので内容が改竄されても
(まあ)
復旧できる可能性はある
(研究室 web server の場合，
毎日別の HDD にバックアップとってるわけだが)
-
検索機能などが最初からついてる．
Plugin による機能拡張 (掲示板など)
も簡単．
欠点としては見かけがいまいちちゃち，
とかかなぁ．
-
2220 研究室発．
2235 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0930):
パン．
- 昼 (1420):
米麦 0.7 合．
トマト・ナス・ネギ・サンマの煮こみ．
- 晩 (2320):
米麦 0.7 合．
トマト・ナス・ネギ・サンマの煮こみ．
タマネギ・エノキダケ・豆腐の炒めもの．
2005 年 10 月 02 日 (日)
-
0820 起床．
ねむー．
朝飯．
コーヒー．
怠業
……
とゆーか
研究室雑用 Wiki
まわりの整備．
-
1225 自宅発北大構内走．
曇天．
1335 帰宅．
体重 72.8kg．
昼飯．
-
KuboWeb top page
を生成するしくみとかを改造してみたり
……
このあたりいづれ抜本的に大改装する必要アリ，
だな．
-
1630 自宅発．
曇．
1720 研究室着．
-
院生たちにも
研究室雑用 Wiki
の書きこみを分担してもらおう，
と考えたんだけど適切なねたを思いつかず．
とりあえず
実験室の図
を井田君のところでなおす．
-
研究室雑用 Wiki
更新の作業，
きりがない．
いっぺんにやろうとするのはかなり無謀だ．
ぼちぼちと進めるしかないな．
-
あ．
また北大ネットが死んだ．
学内 → 学外通信途絶ぎみ
……
お，
これはわりとすぐに直った．
学内のどこかで感染 host が「バースト」的に
学外の計算機を攻撃してたんだろうか?
(といったことが生じても不思議でない無法地帯なんです，
ここ北大ネットは)
-
研究室雑用メイリングリストから薬品管理ねただの
インキュベイターあれこれを拾いだして
研究室雑用 Wiki
にどんどん投げこんでみる．
-
2110 研究室発．
2140 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.6 合．
タマネギ・エノキダケ・豆腐の炒めもの．
- 昼 (1420):
米麦 0.7 合．
ホッケ電磁波蒸し．
タマネギ・エノキダケ・豆腐の炒めもの．
- 晩 (2230):
米麦 0.8 合．
タマネギ・エノキダケ・豆腐の炒めもの．
ネギ・ショウガ・サンマの煮物．
2005 年 10 月 03 日 (月)
2005 年 10 月 04 日 (火)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
曇．
0915 研究室着．
-
とりあえず
北大生協
に防水紙まわりの問い合わせメイルだす．
-
査読ぎょーむのつづき．
どこで手ぬき計算やってるか，
といったあたりもわかってきた．
この手ぬきの正当性はあとで検討しなければならない．
しかしながら，
現時点ではこの手ぬきが正しいと仮定して，
その上でなお矛盾やまちがいがあるかどうかを調べる必要がある．
-
単純な疑問として
……
自覚的な手ぬき計算すらやったことない人間は他人の論文を読んで
「ここは手ぬきだ」
と見やぶることができるのだろうか?
と職業的なうそつきである私は借問してみるのであった．
-
「はいはい，
あんたの (計算に都合よく) 設定した前提はことごとく真です」
と措定 (定立) したうえでなお，
計算に不審な点があるような気がしてきた．
こういうのは当方の錯覚すぎないことが多いので
(と同時に先方の説明にギャップがある蓋然性も高いので)，
かなり慎重にみなおす必要あり．
いずれにせよ，
まだまだ理解が不十分なわけで．
えーい，
時間がかかる．
-
このように査読者に
「まちがってるのは自分かも」
ととりあえず疑わせるのがよい見てくれの研究なのかもしれぬ．
しかしながら，
最後までごまかしきれるかどうかは別の問題である．
不運にも私のごとく粘着で偏執的な査読者に遭遇してしまう確率は
無視できない大きさであるからだ．
-
この粘着遭遇確率はぢゃーなるのいむぱくとふぁくたーとは独立である．
ただし，
受理確率はいむぱくとに依存するのかもしれない．
最終的な判断を下すのは査読者ではないからだ．
-
計算まちがいうんぬんは当方のかんちがいであった．
しかしこれを調べる過程でさらに深刻な「すっとび」がうかびあがってきた
……
というあたりでいったん休憩して
お茶部屋で昼飯
(研究室雑用 Wiki
の「お茶部屋」の記述を充実させろなるご指摘いただいたんだけど，
何を書けばいいのやら)．
マイナーぎみのスポーツを好む女性大学院生の
「柔道とレスリングでは体型が異なる」
「水泳体型は嫌い，
サッカーは顔がダメ」
「高校球児が眉を細くするのはヤメてほしい」
といったすぽーつ体型顔面論を拝聴する．
-
また査読ぎょーむ
……
にかかるまえに A801 の Dell 機の OS である Vine Linux
(またまた)
2.6 → 3.2
にする作業を設定しておく．
このあたりは 9/9
に書いてあるとーり
……
sudo apt-get update && sudo apt-get dist-upgrade
すると順調に入れ換え作業をはじめたので放置する．
たぶん 20-30 分かかるだろう．
-
防水紙に関心のある院生が
「露崎さんの使ってる防水紙です」
とサンプルわたして去っていったので，
なぜかしら私が調査にでむく．
露崎さんにうかがうとこれは
ルーセンス JR フラット
なる紙とのこと．
厚さに何種類かあるらしい．
-
調べてみるとこれはトレイシングペイパーの一種．
そして問題なのは入手困難らしい，
というあたり．
製造元らしき
平出紙業
のかきかたはわけわからんのだが
……
どうも紙屋のサイトながめてると
「廃番」だの「廃品」だのといった文字が散見される．
-
まあ，
あとで生協にいちおう聞いてみよう．
そしてこの場合，
北大生協の「外売」なる部門に問い合わせたほうがよかったみたいだ．
-
と書いてたら生協 1F 購買部よりお電話．
50 枚 1000 円のアクアフリーペイパーを
北大生協に蒸気船と馬車で輸送するためには 840 円のコストが発生する，
とのこと．
-
調べてみると
50 枚でも 500 枚でも送料は同じようなので，
とりあえず 500 枚発注．
今回は
ピーチコート紙
(これも北海道内にはあつかってる問屋はない)
はやめとく．
-
一件落着
……
と思ったら，
またお電話攻撃．
地環研事務室会計掛．
先月の広島往還航空券の領収書が提出されていない?
-
だすの忘れたっけ，
と思って手もと調べてみたけどない．
かわりにその航空券の
「クレジットカード売上票」
なる紙きれはでてきた．
しょうがないんで，
それもって北大生協旅行部への旅にでる．
ここ数日，
毎日北大生協に通ってるよーな気がするな．
-
とりあえず困惑した先方が
「領収書再発行できるかどうか検討してみます」
と検討モードに入ったのでいったん撤退．
研究室にもどりつつ，
「いくら私であっても航空券領収書を捨てる，
というめちゃくちゃをやるだろうか?」
と自問してみる．
-
私はこのあたりの自己の事務処理能力に深刻なる評価を与えており
(というわけで雑用 Wiki など作ったりするわけだ)，
こと
「カネがからむ紙きれ」
に関してはそれなりに慎重に対処しているつもりだ．
そこで 7F の雪野さんにおそるおそる
「あのー
……
先月の広島出張の航空半券だしたのは覚えてるんですけど，
ワタクシ領収書だしましたっけ」
ととんちきな質問をしてみると，
「両方いただきましたよ．
全部提出しました」
と即答いただく
……
会計掛のしくじりか?
-
これから会計に用事あるという雪野さんに，
そのついでに確認をおねがいして 8F にもどる．
何だかよくわからないので，
ぼうぜん．
とりあえず北大生協旅行部に (不本意ながら)
電話連絡することにして，
さきほどの件はとりけしですと伝える．
-
作業療法と称して A801 の Dell 機の
upgrade 作業のしあげの手作業．
reboot．
うまくいった．
-
と思って，
かとーオフィスの端末から A801 の計算機に ssh でごちゃごちゃ作業してると，
いきなり通信途絶．
何があったんだと A801 にいってみたけれど，
Dell 機そのものの動作は順調．
さらにうだうだしてると，
どうやら A801 の中の一部の LAN 経路だけが通信途絶してる，
とわかった
……
で，
さらに調べてみると原因はその経路のばか hub が作動停止しており，
作動停止してる原因は床をはってる電力たっぷを誰かがひっかけたため，
とわかった．
[原因]
ここでソケットがぬけてた．
すると hub が止まり，
ネットワークが部分的に断線する，
と．
こんなヒトどーりの多いところに重要な配線を
……
-
修復ついでにばか hub を switching hub にとりかえる
……
おお，
通信速度が 10 倍ぐらい向上した!
(といっても 0.8-1.0Mbps ぐらいだけど)
-
と順調に作業してたつもりなんだけど，
kernel いれかえでコケた．
このマシンって RAID になってんだけど，
そのあたりの設定をいいかげんにして
/etc/lilo.conf
書き換えて sudo /sbin/lilo
やって reboot すると
……
Kernel Panic．
いやはや．
-
また最後はいつものごとくかとーさんに見ていただく
……
起動の様子から
/etc/lilo.conf
の中で明示的に initrd (initial ramdisk)
を指定する必要あった，
ということで．
まあ，
また気力が回復したら boot 用 CD-R 焼いて lilo まわりを入れ換えてみるか．
作業療法のはずが，
よけーに脱力．
-
そしてたいへんなことは連鎖するのか
……
長いあいだ放置しておいた，
苫小牧直径成長モデリングに関して
(たぶん気のせいだと信じたいのだけどややお怒りを含んでるような)
メイルいただいたので，
鍵盤上の指のふるえをおさえつつ返信作成を試みる．
-
で，
苫小牧直径成長モデリングといえば，
やはり A801 の Dell 機をりはびりせんといかんな，
と落ちつかなくなってくる．
-
とりあえず Vine 3.2 CD 焼いて
(boot して善後策を考える)，
と焼き作業に着手したんだけど
……
数時間あれこれ試行錯誤してみたんだけどうまく焼けん．
いや焼けるんだけどそれでもって boot できん．
CD-R 5-6 枚無駄にする．
無駄無駄．
-
2315 研究室発．
2330 帰宅．
晩飯．
ばてばて．
-
すると
「なぜ boot できる CD 焼けなかったか」
の原因らしきものに気づいた．
手もとにダウンロードしてきた
iso image
Vine32-i386.iso
残ってるんだけど
……
これってびみょーにファイルサイズ小さくないか?
本来なら
600MB ぐらい
あるはずなんだけど，
ここにあるのは 480MB ぐらいだ．
HDD 変われば多少はずれるだろうけど，
これはいくらなんでも
……
(後記:
やはりこれが原因だった
……
ハゲしく脱力)
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.7 合．
キャベツ・ニラ・シイタケ・豆腐・煮干の味噌汁．
- 昼 (1300):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ホッケ電磁波蒸し．
キャベツ・ニラ・シイタケ・豆腐・煮干の味噌汁．
- 晩 (2410):
米麦 0.8 合．
ニラ卵．
キャベツ・ニラ・シイタケ・豆腐・煮干の味噌汁．
2005 年 10 月 05 日 (水)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0915 自宅発．
晴．
0930 研究室着．
-
とりあえず昨晩の CD-R どたばた作業のつづき．
Vine32-i386.iso
再ダウンロード
……
ああ，
やっぱり昨日のはダウンロード途中で巨大な
iso image file の末尾が「切れて」しまっていたんだ．
-
待ち時間が長いので，
その間にメイル処理．
なぜかしら朝からいろいろ来てますよ
……
えー，
「生態学会雑用押しつけ張本人」
と愉快な名乗りの
EAFES2
(事実上の?)
事務局長殿からメイルアカウト構築指示．
なかなかこういう自覚のあるヒトっていないんだよねー，
と感心しつつ EAFES2 なアカウントをつくる．
じつは今までこれは circular には掲載されてたんだけど，
存在してなかったのだ．
-
この CD-R ってキズもんか?
というようなアヤしい挙動と戦いつつ復旧作業．
全般に，
Vine Installer の性能はすごく向上してるんだが
……
ともかく HDD が自力で起動できるところまではできた．
設定 & データはほとんど無事に保存されている．
-
しかしながら，
この擬似インストールごたごたで rpm まわりがおかしくなった．
具体的にはいくつかの package が重複インストールされてて，
apt
とか使うと
multiple packages
なる error がでる．
これを解決するにはいささかのチカラわざが必要である．
基本的には
sudo rpm -e --allmatches ...
で「アヤしいのはいったん削除」する方向で
(apt はかかる支離滅裂な状況を収拾する役にはたたない)．
しかし python
ごとき「ぬくにぬけない」基幹 package
が二重インストールされてしまった場合は，
sudo rpm -e --allmatches --justdb --nodeps python
と rpm database から強引に登録を抹消し，
そのあと何くわぬ顔で
(計算機に表情よまれぬよう注意しつつ)
sudo apt-get install python
としてやればよい．
-
などと計算機内部世界の復旧工事がぢたばたと片づいてきたので，
動作まわりの点検ススめる．
電気盆栽のコンパイル・試験運転問題ナシ．
R
まわりの動作問題ナシ．
苫小牧直径成長モデルの推定 (これがとりあえず最重要)，
動作問題ナシ (やれやれ)
……
といったかんぢで 1150 ひとまず復旧作業終了．
やれやれ．
-
理由よくわからないんだけど，
雑用つづく．
本を A709 に移動，
とか．
-
雑用 Wiki まわりでまたしてもちょっとぢたばたする．
-
函館からこちらの
動物生態
の研究室に移ってこられた
野田隆史さんがあいさつにきてくださった．
10/1 着任で院生のみなさんも札幌に来られるとのこと．
なかなか楽しい (たいへんな) ことになるかも．
-
苫小牧まわりのすけぢゅーる確定．
来週 10/12 (水)
苫小牧研究林
に出張こんさる
……
のはずなんだけど，
ノモンハン
で勝利を得なければ
「ソヴィエト国家の敵」として粛正されることになってたジューコフの故事
(クックス. 1989. 「ノモンハン」)
ばかりが思い出されてしまうのはなぜなのだろうか．
-
昼飯．
-
研究室雑用 Wiki まわりの問題を片づけるのに 30 分ほど費してしまった．
えーと，
非公開版 (passwd とか領収書ごにょごにょを掲載する予定)
を準備中．
-
本日の北大生協往復．
野帳 180 冊とどいたというのでとりにいく．
[野帳三種類 180 冊]
合計重量 10 Kg ぐらい．
重かった．
コクヨ
測量野帳
三種類 (防水のセ-Y11 と防水じゃないセ-Y1, セ-Y3)
各 60 冊．
合計 32100 円．
防水のセ-11 が他のものより二倍ぐらい高価．
-
生態学会さーばー雑用．
よくわからんサイトひっこし．
更新用アカウント設定などなど．
-
データシート用防水 (耐水) 紙
(これまた私自身は使わんものだな) 雑用始末．
北大生協会館店 1F 発注まとめ．
-
アクアフリーペーパー
(100 µm),
A4 50 枚 × 10,
10500 円,
送料 840 円
-
ルーセンス JR フラット
(トレイシングペイパー;
厚さの単位「70 キロ」
--- 通常のコピー用紙は「55 キロ」らしい)
A4 500 枚,
11000 円 ちょい,
送料 0 円,
今年 12 月に「廃品」
-
なお上の姉妹品 (?)
ルーセンス S というのがあり，
こちらは厚さ「55 キロ」
一件落着．
-
1600 すぎ，
よーやく査読ぎょーむに復帰する．
早く終わらせたい．
しかし，
そう簡単には終わりそうにない
……
とゆーのも，
これって事実上ぜんぜん匿名査読になってなくて，
批判するにもかなりの気合いが必要．
まあ，
私はいつでも完全にばれてるものと仮定して査読報告かくけど．
-
進捗おそいけど撤退．
1915 研究室発．
1940 帰宅．
2040 自宅発北大構内走．
2125 帰宅．
体重 73.0kg．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.7 合．
ネギ卵炒飯．
コマツナあえもの．
- 昼 (1340):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
コマツナあえもの．
- 晩 (2230):
スパゲッティー．
トマト・タマネギ・ピーマン・ニンニク茎・ブナシメジ・
トウガラシ・鶏ハツの煮物．
コマツナあえもの．
2005 年 10 月 06 日 (木)
-
0830 起床．
ねむい．
ぢつは昨晩おそくまで VMware 試用で遊んでしまって，
ですね
……
0910 自宅発．
曇．
0925 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
予算消化の一環として，
なんとなくメモリを発注してみる．
ThinkPad X31 (2672-PBE) 512MB メモリ一本．
-
査読ぎょーむのつづき．
(アタマの中では)
批判点がだんだん階層的になってきてしまっているよーな
……
-
この仮定 A が妥当だとしよう
-
次の仮定 B も妥当だとしよう
-
しかしそもそも仮定 B もそんなに妥当ではない
-
...
-
実際にはこの仮定 A は妥当ではない
-
...
-
とゆーことで，
とりあえず査読報告をメモ的に書きはじめてみる．
このふらいんぐぎみな作業手順のもたらすご利益は何か?
まず査読報告は有限の長さで終了しなければならぬ，
という厳然たる事実を思いだすのに有効である．
「有限の長さ」
どころか長くても 2-3 ペイジで終わらせたい，
といった気分も高まってきて，
「なんでまた私が原著者のかわりに
ここまでこの難問をばか丁寧にしつこく考えぬいてやらなきゃならんの……?」
と自分の阿呆らしさを悟り，
正気の世界に帰還してくるのに役にたつ．
-
モデル業者はハンパなモデルをみせられると，
自分なら自分ならばもっといいものが設計できるとて
「対案」づくりに時間を忘れて没頭しがちなのである．
-
ぎょーむ遂行中．
ときどき小雑用がわりこんでくる．
しかし，
ここまで時間かかるとは
……
勉強にはなるけど．
いやはや，
はやめに着手して正解だった．
-
とゆーことで次の査読依頼は断る．
めったに断らないんだけど
(とゆーか，
見ればわかるように依頼頻度ぜんぜん高くないんだけど)．
なンか今月はいろいろとヤバいような気がしてきて，
ですね．
-
査読論文原稿，
計算の核心からいったんはなれて，
アタマからよみなおしてみる．
複数の調査地それぞれで生じたことを年表 (年代記?) にして
……
という作業が必要になるしろものだったり．
-
昼飯．
お茶部屋雑談．
社会性の有無とバクチとカンニングとコンサドーレの六位降格について．
-
アタマから読みなおしてみると，
じつは核心部のモデリングにいたる経路も「すっとび」だらけ，
とわかってきた．
というのも，
さすがにここまで時間かけて読んでると，
どの図を見ても「なぜこういうパターンが観測されたのか」
がよく理解できるようになるんで，
「すっとび」
があると
「お，
そーゆーふーに曲解してきましたか」
ってのがぴんとくるんだよね．
原著者たちは私がこのあたりぼんやりと見すごすにちがいない，
と期待していたのだろうか
……
いや，
ホントに単純な疑問として．
-
本日の北大生協往還．
ThinkPad X31 用 512MB メモリあるかおたずねしたら，
ちょうど投げ売りなやつがあるんで，
どうでしょう，
とのこと．
ThinkPad 用じゃないから現物もってきて検証したいらしい．
そこでまた北大生協まで歩いていって，
512MB 増設してみる．
問題ナシ．
ADTEC SDRAM (512MB) MDN-266-512，
税込み 9800 円．
-
研究室もどると
……
おお，
農学部造林の城田さんが今年のヤクーツクづとめから無事にもどってこられた．
ろしあ奥地ハナシあれこれと．
-
しかし査読ぎょーむを早く終わらせねば．
ひととーり再点検おわり．
ぢりぢりと査読報告かきすすめる．
-
腹へったので昼飯のパンの残りたべる．
時刻は 1840．
-
2125 ひととーり書けた．
これだけ時間かけたのに二ペイジ半だけか．
まあ，
こんぱくとにまとまった，
ということにしとくか．
締め切りまでまだ一週間ある．
明後日ぐらいにみなおして提出するかな．
-
2135 研究室発．
2150 帰宅．
2255 自宅発 (軽く) 北大構内走．
2325 帰宅．
体重 73.4kg．
重い．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0950):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
食パン．
トマト・タマネギ・ピーマン・ニンニク茎・ブナシメジ・
トウガラシ・鶏ハツの煮物．
- 晩 (2350):
米麦 0.7 合．
トマト・タマネギ・ピーマン・ニンニク茎・ブナシメジ・
トウガラシ・鶏ハツの煮物．
サンマのショウガ煮．
2005 年 10 月 07 日 (金)
-
0630 起床．
昨晩も
(ばてばてだったのに)
ちょっと VMware で遊んでしまったので眠い．
0640 自宅発．
曇．
0655 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
論文セミナー予習．
-
1000 から
論文セミナー．
ブナの種子が落果から翌春までどう死んでいくか追跡．
観測データはきわめて興味ぶかいもの．
空間構造に関する解析は極右的ゆーい差決戦主義で，
三とーりのばらばらの空間構造解析が相互の関連なく
(そしていちいち P 値を計算して)
なされている
……
というようなコメントしてみる
(多くの院生はそこまで読み取れないんで)．
こういう解析の難点のひとつは「場所 (ブナ成木直下か否か)」
と「種子密度」がハゲしく交絡してることだ．
これは扱いがとても難しい．
さらに，
(ここで調べてないけど図にあらわれてる)
「死亡の空間パターン」は現象そのものの集中性を考慮することも重要である．
つまりカビたり乾死する場所が空間的に集中してる，
という現象で
……
はい，
いつものごとく
べいぢあん
的なモデリングだの，
MCMC
計算だのという文脈になる．
-
1100 すぎ終了．
来週の論文セミナーは
べいぢあんな論文
を紹介します，
という通知をメイリングリストに投稿する．
-
夕方すぎになって，
私が本日の論文セミナーの論文の理解が
まだまだ浅かったということを思い知らされた
……
上でいう「三とーり」の解析のひとつは Mantel test
なんだけど
「これってどうやっても Mantel test なんかできないじゃないですか」
と亀山さんに指摘されたので，
お茶部屋で二人してえんえんと検討しなおしてみた
……
たしかに (どう好意的に解釈を試みても) まんてるできん．
-
そのあと手もとの教科書ひっくりかえしてみたんだけど，
やはりナゾのまま
……
-
ところで論文セミナーのメイリングリスト点検してて気づいたんだけど
……
先月 26-27 日ごろの北大メイルサーヴァー不調のときに，
かなり不達なメイルがあったことに気づいた．
いやはや．
-
昼飯．
-
1300 から 3 時間ほどお茶部屋で井田君とマルハナバチの
ウコンウツギ訪花
シミュレイション相談
……
じつは私は井田君の
ウコンウツギ研究
の詳細をかなりかんちがいしていた，
と判明
……
うーむ．
-
とりあえず両者の労力の和が最小化される点を探索してみる
……
私が訪花シミュレイション中核部を書き，
井田君がそれを drive する部分をつくる，
といったあたりの分担にする．
-
今日は朝からアタマつかってばかりだな，
とぼうぜんとしてたら，
……
上述の亀山さんと二人してまんてるトラップ．
これまた難問．
-
ばてたので撤退．
1810 研究室発．
1830 帰宅．
晩飯．
ばててるせいかいつもより早めに寝てしまった．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0710):
パン．
- 昼 (1240):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
サンマのショウガ煮．
いんすたんと味噌汁．
- 晩 (1850):
米麦 0.8 合．
サンマのショウガ煮．
ニラ・海藻・豆腐の味噌汁．
2005 年 10 月 08 日 (土)
-
0600 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
-
ThinkPad X31 でソフトウェア仮想 PC
(つまり PC emulator)
である
VMware
な環境を整えるのに 6 時間ほど費してしまった．
次にまた同じことやるときに備えて，
注意点をいくつか書いておくか．
-
まず VMware をどういうカタチでいれるか
……
を検討せねばならない．
標準だと仮想ディスクなるところにゐんどーづ (guest OS)
を入れることになる．
これは Linux (host OS) 上のファイルシステムに
巨大なファイルを作り
(標準だと 2GB ごとに分割されたファイル群)，
その「上」に guest をインストールすることになる．
-
この VMware 仮想ディスクはなかなか巧妙で便利なしくみなんだが
……
いかんせん，
どうも処理速度が遅いように思う．
とくに host のファイルシステムが
ext3
であるようなときは．
-
そこで第二のインストール法である「物理ディスク」
を使うことにした．
これはひとつのパーティションあるいはドライヴを
guest に占有させる方式である．
あたかも dual boot できるような状態の計算機上の
VMware で複数 OS を同時に動かす，
といった状況になる．
-
これは host OS である Linux 側での準備がいくらか必要である
(ので VMware 標準設定になってないんだろう)．
-
まず少なくとも一個の (guest OS 用)
パーティションは準備しなければならない
-
つぎに
sudo fdisk /dev/hda
などとしてパーティションの属性を
NTFS/HPFS
(7 番)
に変更する
(NTFS format は guest インストール時になされる)
-
さらに host 側の一般ユーザーとして
VMware 使いたいのであれば
/etc/group
の
disk (/dev/hda*
の所有グループ)
に自分の名前を追加する必要がある
(これはいったん logout しないと有効にならない)
-
host に VMware インストールして起動する．
vmware
で起動．
このときに新しい virtual machine 作るわけだが，
「標準」ではなく「カスタム」を選ぶと設定の最後に
「物理ディスク」オプションとそのパーティション指定ができるようになる．
マニュアル参照
(VMware マニュアルはかなり丁寧なできである)．
-
ゐんどーづ installer CD-ROM さして VMware の仮想マシン起動．
このとき仮想マシンの BIOS 設定を変える必要あるかも
(なぜか CD-ROM が boot media に指定されてなかったりすることも)．
あとはふつーにインストール．
最後に VMware tools をインストール．
なお
XKEYBOARD
がどーのこーのと VMware が警告してくるけれど，
これはたぶん無視しても問題なさそう．
-
で，
私の場合
R
インストールして，
さらに (ゐんどーづ上で自作の R モジュールコンパイルするため)
Cygwin
環境をインストール．
えー，
つまり Linux の上にゐんどーづをインストールして，
さらにその上に Unix 的な環境をインストールしてるのである．
-
Cygwin けっこうよくできてる
(どうやら
setup なるツールは単なる installer
であるだけでなく updater にもなってるようなんで，
捨てずにとっとく必要ありそう)．
ssh
使うと guest から host に入り込めたりファイルやりとりが
簡単にできたり
(私の場合，
VMware のネット環境を NAT
に指定している)．
[をを，いれこな世界!]
Linux 上の X で WindowMaker を起動し，
その上で VMware を動かしてゐんどーづ XP を起動し
(つまりゐんどーづは Linux 上のひとつのアプリケイションソフトウェア
として動作している)，
さらにその上で (Unix 的環境である) Cygwin 用 WindowMaker を起動してる図．
一番上の Cygwin
KTerm ではいったん Linux (host OS)
に
ssh で入ってから logout している．
Linux ペンギン
Tux がディスプレイから頭をだしてるアイコン，
この状況を象徴してるとゆーか
……
-
このあたりの問題，
ひとくぎりついた．
共同研究あいてがゐんどーづの場合は，
これで R モジュールとか
(C/C++ で書かれた部品を含んでいるときのハナシなんだけど)
コンパイルして渡せばよい．
Perl スクリプトの動作検証とかも以前よりラクになる．
先方が MacOS X ならハナシはもっと簡単で
……
大学にいるときなら ssh とかでお茶部屋 iMac などにもぐりこんで，
そこで特に何も心配せずにバイナリ部品の構築とか動作検証とかすればいいだけ．
MacOS X は実際のところまったくの Unix 系 OS なんだから．
-
昼飯．
外は雨．
怠業．
-
新潟-屋久島-札幌とびまわるネット雑用．
-
いつまでものんびりと怠業してられん，
か．
とりあえず大学にいってみることに．
1630 自宅発．
曇．
雨あがっている．
1645 研究室着．
-
どうも ThinkPad X31 ハードウェアまわりの不調の原因は，
マザーボードとかではなく
(またしても)
AC アダプターにあるような気がしてきた．
はい，
昨年 12 月
に火をふいたアレです．
-
Wikipedia 日本語版に
尤度関数
の項が追加された．
これは敵国語版
Likelihood
項の翻訳記事になってるな．
この説明はおもしろい．
さらに興味ぶかいのは，
このようなごく基本的な説明を読んだ
データ解析法ユーザーが自分の解析にどう応用してみせるか，
だ．
-
下請けしごと，
アタマの中では進捗してるんだけど，
手もとでは進捗せん．
-
いやはや，
ファイルの整理整頓とかだけでオワってしまった．
オワってる．
しかし，
以前のウコウツギ下請けあれこれは見つかった．
2030 研究室発．
2050 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0630):
食パン．
- 昼 (1310):
うどん．
ニラ・海藻・豆腐の味噌汁．
- 晩 (2110):
キャベツ・ピーマン・モヤシ・豚肉焼きそば．
2005 年 10 月 09 日 (日)
-
0830 起床．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
-
しかしいつまでも怠業してられんので，
井田君発注の下請け仕事に着手する．
マルハナバチ訪花シミュレイションで，
ハチが花序の中をうろうろするうちに花粉がへっていく
(たいはんは隣花受粉にすらつかわれずに無駄に消えていく予定)，
といった簡単な内容．
R
で書いてみる．
-
すでに一昨日からいろいろ考えてるので，
simbee.core.R
という中核部の関数だけ集めたソースファイルを
いきなり書いてみることに
(テキストエディター vim で書いてる
--- 昨日のぎょーむ日誌画像の「うしろ」のほうで
ぎょーむ日誌を編集してるあれ):
-
とりあえず
sim.bee
という関数が必要だろう，
sim.bee <- function() # ???
{
# ???
}
と関数の「カラ」だけ書いてみる
-
この
sim.bee()
に何もかもつめこむことは避けたい
……
分離できそうな処理は何だろうか?
花の初期状態の設定はめんどうなんで
init.flowers <- function() ...
という初期化の作業に特化した関数のカラも書き足してみる
-
とにかくこの初期状態をどういう「書式」
(データ構造)
で表現するか決めないとハナシがすすまないので，
まず実働する
init.flowers
の内容を書いてみる
-
するとこの
init.flowers
にあれこれ教えてやるデータ構造の定義が必要になるので，
ファイル中に実例を書いたり，
コメントをいろいろつけたり
-
この作業中，
R はずっと起動 & 待機させておいて，
不明な点を
help()
で調べたり，
動作に確信がもてない部分を検証していく
---
たとえば
「指定した場所のみ値が入っててその他は 0
とかでうまっている vector」
を生成する既成ものの関数はなさそうなんで，
こんなのでいいのかしらん，
fill.vector <- function(x, x.part, filler = 0)
{
sapply(
x, function(i) {
y <- x.part[as.character(i)]
if (is.na(y)) return(filler) else return(y)
}
)
}
とためし書きして R で動かしてみると，
> fill.vector(1:6, c("1" = 10, "3" = 12, "5" = 8))
1 3 5
10 0 12 0 8 0
なる出力えられるんで，
なんとなくヘボっちい関数だけどまあ使うことにするか，
とか
-
初期状態を格納するデータ構造ができたら
(今回は
data.frame()
つかった)，
こんどはこれを「食わせて」
動かす本体 sim.bee()
にとりくんでみる
-
書きすすめていくうちに，
ひとつの bout
(花序にいっぺん入って出ていくまで)
でのハチの行動の記述が長たらしくなってきたので，
sim.bee.onebout()
なる関数を新しく作って
(つまりまた処理の分離分割をして)，
そちらで花序に入ってから出るまでの訪花シミュレイションと
その行動記録をとることに専念させる
(蛇足ながらこの bout
の定義はふつーではないような気がする
……
しかし気に入らなければ vim
上で :%s/bout/inflorescence.visit/gc
とでも置換してしまえばよい)
……
というふうにぷろぐらみんぐとゆーのは進行したりするもんなんですよ．
-
もうすでに午後か．
いったん休憩して昼飯．
買いもの．
洗濯．
-
一週間ほど前に買ったサツマイモ残り二本の表面に
早くもカビが生えているのに気づいた．
どうしたもんかねぇと皮を厚くむいてるうちに，
ふと思いついて酸味のあるリンゴ (フジ)
といっしょに砂糖煮にしてみる．
[イモおやつ]
うーむ，
発色と香りはいいんだが味にはもうちょい工夫が必要だな．
この組み合わせ自体は悪くないはずだ
(どこかの本に書いてあったような気がする)．
-
てなことしながら，
訪花シミュレイション書きのつづき．
とりあえず「素過程」 (要素過程?)
sim.bee.onebout()
できた．
これ単体で動くし，
それが重要なのである．
なぜかといえば，
関数からかえってくる list()
> sim.bee.onebout(rep(100, 5), an.example.parameters)
$carryover
[1] 72
$visit
[1] 3 4
$n.visit
[1] 2
$pollen
residual drop capture
1 100 0 0
2 100 0 0
3 29 0 71
4 32 67 68
5 100 0 0
を子細に点検して花序内のハチの動きをおうと，
花粉収支のつじつまがあってることが確認できるからだ．
なお drop は隣花受粉の量と同等ではなく，
その花に着地するかしないかぐらいまでに落とした量
……
うーむ，
あいまいな定義だな
-
粕谷さんからのメイルで，
世の中なんでも Mantel test
に帰着させるのが好きなヒトたちがいる，
と教えていただく．
二集団の位置母数みたいな統計量に関する検定の場合だと，
距離が 0 (自分と同じ) と 1 (同じでない)
を「市松模様」状に並べた距離行列とか使ってみる，
とか．
-
なんともはやなんだけど，
考えてみるに，
検定はことごとく randomization
で randomization はことごくまんてる，
という方向性は (極右だか極左だか知らんけど)
教条的ゆーい差決戦主義に通じるものがあるな．
-
訪花シミュレイション．
sim.bee.onebout()
ができれば，
複数の bout を計算するだけの
sim.bee()
は簡単にできる．
動作試験．
> sim.bee(init.flowers(fset), 5, an.example.parameters)
color pollen00 drop00 removal00 pollen01 drop01 removal01 pollen02 drop02 removal02
1 Yellow 100 0 0 32 0 68 32 0 0
2 Yellow 100 0 0 100 0 0 100 0 0
3 Yellow 100 0 0 100 0 0 100 0 0
4 Red 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5 Red 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6 Red 0 0 0 0 0 0 0 0 0
pollen03 drop03 removal03 pollen04 drop04 removal04 pollen05 drop05 removal05
1 32 0 0 13 0 19 3 0 10
2 28 0 72 28 0 0 7 10 21
3 100 0 0 100 0 0 100 0 0
4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0 0 0 21 0
問題なさそうだ．
-
と
「当方の分担はだいたい終了?」
とか思ってしまって，
わかったらだらだらしてしまう．
-
2000 自宅発北大構内走．
2105 帰宅．
体重 73.6 kg．
重い．
晩飯．
-
いやはや．
仕事ススまん．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0910):
食パン．
- 昼 (1410):
キャベツ・ピーマン・モヤシ・ニラ焼きそば．
麺より野菜がおおい，
へるしーとゆーかなんとゆーか
……
- 晩 (2140):
スパゲッティー．
トマト・タマネギ・サンマの煮物．
2005 年 10 月 10 日 (月)
-
0840 起床．
朝飯．
コーヒー．
少しだけ昨日の仕事すすめる．
-
1100 自宅発．
曇．
1115 研究室着．
1125 研究室発．
1135 北大陸上競技場着．
-
今年も北大駅伝要員に登録されてしまっていて，
ですね．
一昨年・昨年
も走らされたわけだが
(なぜか低温研に残されている
記録)．
今年は速い院生があまってるんで，
というメイルがきたので私は「補欠」になる，
と (このさわぎの張本人である) 研究院長に申告して，
OK ということになった．
-
ところが補欠要員として陸上競技場にいってみると，
そのあたりの連絡がぜんぜんでたらめになっており，
私は (陸上競技経験者の地環研院生ばかりの) 「速い」チームアンカー
(五区 4.1km)
ということにされてた．
いやはや．
このあたりのでたらめぶりは
ふだんの言動から予期しうる範囲にあったんだけど，
まさかホントにこうなっちまうとはね
……
[とつぜんの雨]
研究院長の不義なる行状に天も怒っていきなり豪雨になった．
おかげでスタートが 30 分もおくれた．
-
1230 スタート．
私は最後なんで一時間以上またねばならない．
まずは体育系サークル棟の自販機で昼飯 (パン)
調達して食べる．
さらにヒマなので自分が走らされるコースを速足で歩いて下見してみる．
下の「北大駅伝五区走，体験つあー写真」
はそのときにとったものである
……
そういえばコース図の画像ファイルがあったな．
-
1345 すぎたころ四区の森君からタスキをうけとり，
毎時 12km 強の速度にて前途遼遠全長 4.1km の周回軌道をめぐる．
はい，
皆さんもごいっしょに．
[0.0km 地点: スタート地点]
陸上競技場トラック．
これは第一走者のときに撮影したもの．
区間ごとにコースも (このトラック内の) スタート地点も異なる．
今回の四区区間賞受賞者であるの森君はすごいいきおいで走ってきて
タスキを渡してくれた．
[0.2km 地点: 陸上競技場出口]
写真につけられてる「○○ km 地点」はごくいいかげんな憶測値である．
トラックを半周して競技場を出る．
Google な地図だと
北大はこんなかんぢ
で，
地図中央の陸上競技上からでて反時計回りに北大南東端まで行って
帰ってくるというもの．
[0.4km 地点: 石山通]
五区はいったん学外にでて北大の西ぞいの石山通を走らされる．
車輌通行量おおく，
選手たちは排気ガスを吸引させられて弱っていく．
すでにイヤになる．
[0.8km 地点: 石山通・北大農場横]
右手に見えるのは昨年の台風 18 号で半壊したポプラ並木．
すでにこのあたりで呼吸はけっこうあらくなってしまった．
速度感はふだんの北大構内走よりやや速いだけなんだけど，
循環器系にかかる負担は (体感的には) 二倍以上．
[1.2km 地点: 石山通まだまだつづく]
いーかげんにしてくりゃれ
……
道路の反対側 (右側)
は北大国際交流会館 (留学生たちが住んでいるところ)，
二年前
に光回線むりやり引き込み工事手配で苦闘したあの施設である．
[1.7km 地点: 農学部テニスコート]
よーやく車道から外れて北大構内に．
これはふりかえって撮影したものなので，
むこうがわから手前がわに走る．
コースの曲り角には必ず体育会の駅伝 officials
(なぜか女性が多い)
がコース指示だしてて，
ときどき「がんばれー」との声援も．
[2.0km 地点: クラーク会館前]
ここをちょっとすぎると，
よーやく距離的には中間点．
「独走」状態．
というのも，
これまでの四区間の走者たちがかなりトバしたせいで後続はぶっちぎられており，
いっぽう私は前に追いつく努力をしてないんで．
[2.3km 地点: 北大正門・南門]
このあたりが陸上競技場から見て最遠地点．
あとはゴールに近づくばかりだ，
と自分を説得しつつ，
目の前の道路を横切り左折して地環研方面へ．
[2.6km 地点: 地環研 A 棟横]
はい，
これが南面からみた地環研 A 棟です．
じつは上の写真とこの写真は駅伝から帰るときに寄り道して撮影したもの．
「下見」のときにはこちらにくる時間がなかったもんで．
[2.9km 地点: 北大メインストリート合流]
地環研わきぬけて
弓道場よこを通って北大メインストリートに合流．
またひたすらまっすぐな道．
すでに走行速度は落ちてる．
呼吸あらいまま．
後ろから誰も来ないのが唯一の救い．
[3.4km 地点: 陸上競技場への分岐]
工学部・医学部のあいだをぬけて
メインストリートからの分岐に到達．
オワリなき直線道路から外れて，
気が少しユルむわけだがゴールはまだ見えぬ．
たすけてー
[3.6km 地点: 遠い陸上競技場]
「原生林」とよばれる林をぬけるとさまざまな体育会系サークルの
さまざまな競技場ある区画にくるわけだが，
陸上競技場は一番奥にあるのでまだまだ遠い．
[3.8km 地点: 陸上競技場突入]
よーやく陸上競技場にもどってきたわけだが
……
[3.9km 地点: 残りトラック半周]
ここからまたトラック上をおよそ 300m も走らされるのである．
これは私のスタート地点だったところなんだけど，
まだ半周のこってる．
[3.95km 地点: 最終コーナー]
これは一種の「特撮」
……
実際にはカラダが傾斜するほどのスピードでるはずもなし．
しかし競技場内の他のメンバーの目もあるのでスピード落とせず
「あともうちょい」
と念じつづけて足を動かしてる状態．
[4.0km 地点: 最終ストレッチ]
あと 100m 弱．
皆さんの応援があるんで最後まで手ぬきができん
……
最終走者のたしなみとして両手を高々とあげてゴールイン．
-
1405 ごろゴールだったんだろうな．
五区走者のゼッケンつけた選手には一度もぬかれなかったので，
四区までの順番を維持して 11 位だった．
これは (体育会系サークル除いた) 「一般の部」では準優勝だったそーで
……
[北大駅伝を上空から中継する飛行船]
うそです．
なんでも
世界最大
の飛行船であるツェッペリン NT というのが，
お役所と自動車の広告のためそのへん飛び回ってたそーで．
-
参加賞の
アミノバリュー
と北大寮歌を印刷した手ぬぐいもらって 1505 ごろ解散．
あ，
あと写真撮影もさせられた
(なぜか私しかカメラもってなかったんで)．
-
下の写真一番左は地環研おじさんチーム．
右端ミドリがさわぎの元凶の研究院長である．
なぜか東研の平田君 (黄) もいる．
敬称略で列挙すると
池田元美，平田真規，中村博，平川一臣，山崎健一．
写真中央が今回殊勲の若者チーム，
左から区間順で片岡剛文，斎藤和文，金正植，森洋佑，久保拓弥 (黒)．
一番右の写真でサークル棟の方向にひょこひょこ歩いてるのが
「ちありーだー」
実吉さんで，
じつは札幌ハーフマラソンを二時間フラットで走るつわもの
(なので五区走るの代わってくださいと懇願したんだけど
断られてしまった)．
-
1530 ごろ地環研もどる．
ばてた．
そしてさらに上のようなどうでもよい記録を書いてさらにばてる．
こんなことやってる場合ではないのだが
……
時刻はすでに 1800．
-
あ，
上の「記念撮影」の原版をダウンロードできるようにしとかんといかんな．
やれやれ．
-
1845 研究室発．
1900 帰宅．
買いもの．
晩飯の準備．
晩飯．
-
うー，
仕事がススまん．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
シリアル．
- 昼 (1245):
サークル棟自販機で買ったアンパン．
- 晩 (2010):
スパゲッティー．
トマト・タマネギ・サンマの煮物．
マイタケ・卵の炒めもの．
