ぎょーむ日誌 2005-09-(21-30)
2005 年 09 月 21 日 (水)
-
0755 起床．
朝飯．
コーヒー．
朝からまた小雑用につかまる．
おっと，
もうこんな時間か．
0935 自宅発．
晴．
0950 研究室着．
-
昨日というか今朝までの雑用消耗戦にこりてしまったので，
雑用整理専用 (もちろん自分専用) の
Wiki
を構築していた．
なぜ Wiki かといえばたくさんの URL
(生態学会新旧さーばー，研究室 Web まわりうんぬん，
共同研究用 Wiki あれこれ)
をリンク集として管理する必要あり，
それをひんぱんに簡単に書き換えたいから．
-
かかる機能の実現には，
ホントに必要最小限の機能だけあればよいので，
もっともしんぷるな Wiki のひとつ
YukiWiki
をダウンロード．
PukiWiki
(そういえば，
pukiwiki.org
ドメインを人災で失って
宿ナシ状態
が続いてたんだけど，
いつのまにかめでたく
新サイトに移転
したよーで)
とかに比べてシステムの簡単なこと．
-
おまけに
wiki.cgi
に全機能がほぼ集約されててわかりやすい
……
と思わずばきばきと改造して三時間弱も費してしまった
……
いやはや激しく本末転倒．
[雑用 Wiki]
このペイジはブラウザーから自由に書き換えることができる．
ペイジ追加なども簡単．
ともかくひたすら地味な見かけになるようカスタマイズした
(これは CSS まわりの変更)．
機能的には編集後に自動 refresh するようにした，
とか plugin 少し改竄とか，
かな．
-
さいわいなことに，
生態学会さーばーの新しいほう，
とくに問題もなく動作してるよーで．
旧さーばーへのアクセスはまったく無くなっている．
また
dig
コマンドで調べるとドメインの
AUTHORITY SECTION
が新しいほうに移行している
(昨日の nameserver 登録の変更があちこちに反映されつつある)．
新旧同時に監視，
というめんどうからは釈放された，
か．
-
メイル連絡少々．
昼飯．
-
1400 から 2030 ごろまで
(途中に休憩はさみつつ)，
M2 牛原さんと屋久島照葉樹の葉動態モデリング．
先週から考えつづけている，
「x 齢までに死ぬ確率をあらわす曲線を logistic 曲線で代用する」
モデリング．
この方式には本質的な欠陥あるんだけど，
データ解析初心者にはすごくわかりやすいんで
「最初の一歩」
として採用した．
というのも，
このモデルならば
R
の
glm()
で完全にケリがつくからだ．
-
最尤推定とかモデル選択の説明しつつ，
推定プログラム作り．
このあたりの解説，
「本人のとったデータ」
にそって説明すると理解してもらえるのが速い
(少なくともそのデータの統計モデリングに関しては)
……
といってもやはり 1-2 時間かかるんだけどね．
-
問題はもとデータのほうで
……
けっこう重要な部分に欠測がある．
[年枝と葉と葉痕]
-
上の図の (A) の
age3
の (一枚も葉っぱがない) 年枝に「いくつ葉痕あるか?」
がとても重要なんだけど
(特に明るい場所ではある age でまとめて落葉するみたいだから)，
この部分のデータがない．
-
さらにシュートによっては状況が (A) なのか (B)
なのかもわからない．
この区別も「葉の寿命はどのように決まるか?」
という推定にすごく影響ある
……
というのが実際に推定するまで実感できなかったあたりが，
われながら絶望的にまぬけだ．
反省．
-
このあたり上記データのサンプル処理をしてた期間
(去年の 10-11 月ごろ)
に
「屋久島照葉樹シュートのデータ，
どうやって取ってんの?」
とでも聞いとけばよかった
……
いやはや
「データでそろってから解析のハナシ始めればいいだろう」
などと遠慮してたのが敗因だったな．
これでは，
手おくれな場合がある，
ということだ．
-
じつは
ちょうど二年前
にも修論 (大澤君のシウリザクラ葉の食害モデリング)
の「葉っぱ動態」で「欠測」に苦しんだのに，
われながら進歩のない
……
シュートには齢構造など局所的な構造・機能に
依存してきまる動態の情報が多々ふくまれており，
これをうまく解析するのは注意力と工夫が必要なのである．
-
なぜ毎度のごとく
葉っぱがらみなんかの
「ちょっとよく考える必要ある」
データとりにおいて，
あとになってから
「あれも見とけばよかった」
となってしまうのか?
ひとことで言えば
「何も考えずに現場にいき，
サンプル処理する」
なんだけど
……
どうも生態学研究者はぢつは
「数の『変化』から情報をうまく抽出する」
というのが得意ではないみたいだ．
「なんでも平均化すればよい」
というような操作ばかりやってても現象はうまく表現できないんだよね．
-
たとえば菊沢さんの
「葉の寿命の生態学」
の 2.4 節「年枝ごとの葉数による推定」
という (あまりにも短い!) 解説あるけれど，
ここでは「静的生存曲線」つくれば寿命がわかるだろう，
とされている．
これはあちこちからとってきたシュートの情報を束ねてしまって，
「毎年でる葉っぱの枚数は変わらんだろう」
とう前提で「齢と葉っぱの生残の関係」あらわす曲線かけ，
というものだ
(葉っぱ生命表に関する解説が 2.7 節に書いてあるけど，
これも静的生存曲線と本質的に同じとされている)．
-
こういう計算でなければ
葉齢依存の死亡確率がでないのか?
といえば，
まったくそんなことはない．
「毎年同じ……」
うんぬんといった仮定も不要で，
年枝ごとの残存葉数と葉痕数から葉齢依存の
(だけではなく明るさその他シュートの置かれた環境条件，
あるいは樹木の「個体差」も考慮した)
死亡確率を最尤推定できる．
で，
そのためには上の図 (A) の
age3
にあたる部分の情報があると「ある齢でいっせい脱落」
といった現象のモデリングにおおいに役だつんだけど
……
たぶんそういうふうに考えてる先行研究はひとつもないんだろう
(で，
「あれも見とけばよかった」
となってしまう)．
-
研究室の中でこの問題に気づいたヒトもいないわけではない
(今年三月に牛原さんといっしょに屋久島調査にいった浦口さん)
……
ということで，
現在も「年内追跡調査」
継続中のシュートに関しては「葉っぱ完全に脱落した年枝」
の葉痕数はカウントされている．
しかし，
こっちは標本数すくなかったり，
で単純に利用できるかどうかよくわかんないんだよね．
-
ともかく葉っぱ動態モデリング「最初の一歩」はひととーりできた．
2055 研究室発．
2110 帰宅．
2225 自宅発北大構内走．
葉っぱ問題いろいろ考えてみるんだけど
……
尤度方程式がわかりにくくなるばかりで，
やはり「ごまかし不可能」というかんぢだ．
2315 帰宅．
体重 72.8kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
北大構内走 50 分間
……
とはいえかなり歩いた
-
[今日の食卓]
- 朝 (0850):
米麦 0.8 合．
卵焼き．
海藻スープ．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ピーマン・ニラ・エノキダケ・サケのシチュー．
- 晩 (2405):
米麦 0.8 合．
豆腐．
サンマのショウガ煮．
2005 年 09 月 22 日 (木)
-
0720 起床．
朝飯．
コーヒー．
0845 自宅発．
曇．
0900 研究室着．
-
昨日の屋久島葉っぱ問題うだうだ考えつつ，
ぎょーむ日誌に書いてみる．
書いてみても問題解決につながらん．
-
現代の統計科学はこういう欠測問題にもがんばってとりくんでるわけだが
(なぜかというと，
人間は観測できることがあまりにも限定されていて
……
そしてしばしば「うかつ」であるから)，
まあそれを取りこむとモデリングとしては，
ちょっとわかりにくいモノになったりするわけですよ．
-
そういや，
昨日の「いちばん簡単モデリング」で (当年葉の)
窒素含量を説明変数として組みこむの忘れてた
……
と
R
で「もとデータ」を点検してたら
(R は「入力まちがいさがし」にとても便利だと思う
……
data.frame
と
vector
を使いこなす必要あるけど)，
またまた「ゑくせるの呪い」を発見してしまった．
個体コード
"urajirogashi x"
と
"urajirogashi x "，
あるいは
"hisakaki 1"
と
"hisakaki 1 "
は別もんです．
入力したヒトは「同じ」つもりなんだろうけど
(ゑくせる上では区別をつけるのが難しい)．
-
このあたりの修正，
午後からやることに．
ちょっと R のコード調べて次に自作関数つくるときの参考にする．
ふーむ
……
library(MASS)
って
package
VR
(Venables and Ripley)
の一部だったんだ．
-
北大生協に昼飯調達に．
あいかわらず曇天．
今朝はてちがいで弁当が作れなかったんで．
研究室にもどって昼飯．
-
1330-1630 ごろまで牛原さんと屋久島葉っぱモデリングの続き．
よくわからぬ窒素含量の影響もくみこんだ
(例の問題アリだけど
glm() で計算できる)
logistic 死亡曲線推定．
なんか樹種によっては窒素がすごく影響してるんですけど
……
種内個体間差を説明する要因として．
わけわからん．
-
やはり，
さっさと個体差をくみこんだ混合モデルにすべきか?
それからアヤしげなる「樹種差」もこのモデリングでは
random effects 扱いになってしまうのか
……?
そういうモデリングなら MCMC 計算が必要になってしまうんだけど．
-
まあそれよりも欠側値処理なんだよな．
glm()
内部の計算を考えると，
こういうごまかしは可能なんだよね．
> glm(cbind(c(10, 10), c(20, 0)) ~ 1, family = binomial) # これはふつーの計算
Call: glm(formula = cbind(c(10, 10), c(20, 0)) ~ 1, family = binomial)
Coefficients:
(Intercept)
-2.88e-16
...
> glm(cbind(c(10, 10), c(20.5, 0)) ~ 1, family = binomial) # これはごまかし
Call: glm(formula = cbind(c(10, 10), c(20.5, 0)) ~ 1, family = binomial)
Coefficients:
(Intercept)
-0.0247
...
警告メッセージ：
二項 glm で整数でないカウントがありました! in: eval(expr, envir, enclos)
つまり「見なかった年枝」を
その個体の「年枝内最大葉数の平均値」などで近似してごまかせる，
ということだ
……
しかし気色わるいから，
やっぱりやめとくか．
どうせ logistic 死亡曲線というアイデアは一時しのぎの代用品
(と言ってわるければ統計モデリング教育用の非実用品)
にすぎないわけだし．
で，
その場合，
「見なかった年枝」
の葉数分布は経験分布で代用して
(というのもサクラツツジやシキミのごとくぴったり
3 枚だすようなヘンなのもいるからだ)，
その出現尤度をきちんと計算する，
と．
いやはや，
計算手間がふえる．
まあ，
ともかく現状までをまとめてもらうことに．
私はそのあいだに次の計算のやりかたをのそのそと検討してみますか．
glm()
って便利なんだけど，
すぐにこういうふうに限界に到達してしまうんだよねえ
……
メイルやりとりとかやってると夜になってしまった．
1955 研究室発．
2020 帰宅．
「北大構内走にでよーかどーか」
といつものごとく逡巡してるうちに，
雨ふりが激しくなってきたのでヤメ．
晩飯．
ひさびさに
Gmail
アカウント二個発送．
残り 98 個．
世の中
「spam メイルが多くて」
と困ってるヒトがたくさんいるんだから，
もうちょい需要があってもいいと思うんだけど
……
まあ，
たぶんメイル送受信のしくみが理解できてないから
切りかえられないんだろう．
あるいは，
Google 社なんて信頼できない，
という主張．
これは確かにあるていどの説得力ある．
しかしながら
……
現在においても将来においても少なくとも北大ネットよりはマシだと思う．
[今日の運動]
[今日の食卓]
- 朝 (0750):
米麦 0.7 合．
サンマのショウガ煮．
海藻スープ．
- 昼 (1300):
研究室お茶部屋．
北大生協サンドイッチ．
- 晩 (2330):
米麦 0.8 合．
サンマのショウガ煮．
2005 年 09 月 23 日 (金)
-
0850 起床．
よく寝てしまった．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
1045 自宅発．
雨．
1100 研究室着．
-
A 棟 8F「闇ネット」 の DNS server (かとーさん構築) であり，
私がふだん「X 端末機」としてつかってる
lex
(Athron 1.1GHz
--- 後記: これまた Athlon のまちがい，
とのご指摘いただいてしまった …… 絶不調)
の OS である Vine Linux
2.6r4 から 3.2 に upgrade する作業に着手してみる．
作業記録．
-
作業の最初の段階では，
二週間前
にやった ThinkPad240Z の Vine Linux を upgrade
作業記録みながら，
rpm をダウンロードして入れ換える作業がほぼ自動的にススむ．
待ち時間に論文を読んで勉強する．
-
しかしながら，
package 入れ換えが無事に終了して，
reboot して
……
X (
XFree86-4 → XOrg-6.8.2 に変更されたわけだが)
を起動しようとするとコケてしまった．
-
とりあえず
libXmuu.so.1
といった
library 見つからんと文句いうんで，
sudo /sbin/ldconfig
(configure dynamic linker run time bindings)
で設定やりなおし．
-
すると今度は video card のドライヴァーまわりでコケるんだよね．
じつは
lex
は nVidia の GeForce4 を使ってるんで，
カーネルかえるごとに driver 作りなおしが必要なんだが
……
今回はカーネルはまだ変えてないぞ?
-
よくわからんまま
(まあ X まわりだけでなく library もすごく入れ換わったんで)，
とりあえず driver 作りなおしに着手する．
nVidia から最新の
GeForce 用
「ドライヴァー構築キット」
とでもいうべき
NVIDIA-Linux-x86-1.0-7676-pkg1.run
をダウンロードしてくる．
root で
sh NVIDIA-Linux-x86-1.0-7676-pkg1.run
と作業開始を命じると
……
なんと?!
カーネルをコンパイルしたのと別の gcc
しか見つからないんで
仕事したくありません，
だと．
-
たしかに C コンパイラー
gcc
は今回の upgrade で 2.95 から 3.3.2 に更新されてしまったわけだが
……
ということはカーネル作りなおす以外ない，
ということなのか．
-
しょうがないんでカーネルソース
linux-2.4.31
ダウンロード．
以前の .config 使いまわして
make menuconfig
(というのも make xconfig 使えないからだ)．
make dep && make clean && make bzlilo
&& make modules && make modules_install．
あとは /boot/
まわり整頓して /etc/lilo.conf
書きなおして
sudo /sbin/lilo
して reboot
……
やっぱ Linux 使う生活って少しばかりヘンなのかもしれない．
-
ともかくこれで nVidia の
GeForce
用ドライヴァーを作りなおすことができた
……
よーやくにして X が起動．
-
で，
また先日と同じく，
Canna
まわりの設定やりなおして
……
と思ったら「X 端末」として使えんじゃないか．
ThinkPad240Z には ssh
で入りこめるんだけど，
ThinkPad で開いた terminal や web browser
をこちらのディスプレイで表示できん．
-
これはちょっと苦闘したんだけど
……
昨年 10 月末
のそれと同じたぐいの問題だとわかった．
対策は簡単で
$HOME/.ssh/config
(あるいは /etc/ssh/ssh_config)
において
ForwardX11Trusted yes
という行を追加すればよい．
これは openssh-3.8
以降ではかなり重要な設定事項だと思う．
-
もひとつ苦闘．
いつも ThinkPad から web browser を「呼び寄せて」
使ってるんだけど，
lex
にもまっとうな web browser いれてやるか，
ということで mozilla
だの galeon
だのインストール
(sudo apt-get install galeon)
……
しかしまったく動かん．
これまた挙動観察 & 試行錯誤で次のように解決．
-
まず
mozilla まわりをいったんぬく:
sudo apt-get remove mozilla
-
古い
mozilla
ディレクトリを全部削除:
sudo rm -rf /usr/lib/mozilla*
-
mozilla いれなおし:
sudo apt-get install mozilla mozilla-psm
しかし Vine-3.2
の mozilla-1.7.8
は UI まわりがおかしいような気がする．
mozilla
そのものは使わない
(rendering engine の gecko だけ使う)
からいいけど．
-
upgrade 作業ひとまず終了．
いやはやー，
時刻はすでに 1600 すぎ．
昼飯調達にでる．
外はいつのまにか晴．
そして夕暮れな雰囲気．
さすがは秋分の日．
研究室にもどって昼飯．
脱力．
-
よーやく勉強できる
……
-
と思ったら
論文セミナー
まわりのネット雑用．
最初なので手間どる．
-
休日夜は 8F 人口密度は下がり，
すると大学院生たちの挙動が変化が生じ，
奇矯なふるまいの頻度・強度が高くなる．
密度依存な挙動変化がみられるのは野郎大学院生に多いので，
これはふだんはアヤしげな行動が
野郎ではない大学院生たちに抑制されている，
と考察できるのかもしれない．
[抑制されてた行動の例]
某夜行性 (&「捕食者」回避性?)
大学院生がとつぜん始めたイモ料理．
これは結局，
料理としては失敗におわった．
あと，
計算機の警告音を最大化にしてみる院生，
とか．
-
夜になってから勉強着手．
一般化推定方程式 (GEE; generalized estimating equations)
……
と名前はたいそうなんだけど，
まあ一種の quasi likelihood なモデルとその計算方法．
なんというか，
random effects まわり
(あるいは Bayesian まわり)
に関しては「銀の弾丸」は存在しない，
ということで
(つまりマトモにやって莫大な計算量に苦闘するか，
あるいは何か quasi なごまかしを考えるしかない，
ということ)．
-
私は quasi likelihood (擬似尤度と訳されたりしている)
まわりの方法はあまり好きではない
……
確率論的モデルとしては不完全であるからだ．
しかしながら，
毎度毎度のことながら，
quasi な方法を考えだすヒトたちのハナシの巧妙さには
素直に感心させられる．
-
しかし勉強ばかり楽しんでるわけにもいかない
……
とゆーのも，
これはデータ解析こんさるがらみなんで．
ハンパに理解した範囲でとりあえずの返信メイル作成して送信．
-
もうこんな時間か
……
と本日は撤退．
2200 研究室発．
2215 帰宅．
体重 73.2kg．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
うーむ
……
こういう日はむしろ 1200-1300
ごろに休憩して運動 & 昼飯にすべきだったかなぁ
-
[今日の食卓]
- 朝 (0930):
米麦 0.7 合．
サンマのショウガ煮．
- 昼 (1640):
研究室お茶部屋．
ほっかほっか亭の
幕の内弁当．
470 円．
ナゾの「五穀ハンバーグ」．
- 晩 (2320):
米麦 0.8 合．
ナス・ピーマン・ネギ・トウガラシの炒めもの．
サバのショウガ味噌煮．
これは長さ 40cm ぐらいの一尾まるごと調理した．
アタマも左右に分割して投入．
2005 年 09 月 24 日 (土)
-
0810 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
-
1200 自宅発．
晴．
1215 研究室着．
-
自宅発前後でまた生態学会さーばー雑用．
生態学会の奉仕的プログラマー竹中さんが CGI
プログラミングまわりで苦労されてるので，
同学会無料傭われさーばー管理者たる私は
「またしても
/usr/lib/cgiwrap/
まわりかも」
と (かなり) 危惧しつつそのあたりの点検してみた．
-
ああ，
やっぱり，
というか危惧してたとーり
/var/log/httpd/error_log
みると
malformed header from script. Bad header=Use of uninitialized value in : /usr/lib/cgiwrap/cgiwrap
なる呪詛のコトバが
……
-
気をとりなおして，
わけわからぬバケもの (
cgiwrap)
に取りくむ．
なんとならば，
私は「わけわからぬ」もの (自分自身も含む?!)
にぢりぢり対処してみせる専門家であるからだ．
-
竹中さんプログラム，
何もデータくわせずに動作させてみると
……
ははぁ，
たしかに
uninitialized value
使ってるぜという警告がびゅんびゅん出てくるな．
これが問題なのかしらん?
よくわからんけど，
CGI から渡された文字列まわりの処理を修正してみる．
-
すると，
いわゆる taint なデータ
が使われていることも発見．
こちらこそが問題なのかしらん?
……
と，
そのあたりも修正してみる．
不思議なことに，
これで
「正しく動作してるかのように見える」
状態になった．
/var/log/http/error_log
にもエラー出力なし．
-
くだんのプログラムは動作してるんだけど，
これでホントに正しく動いてる，
という実感はまるでない．
uninitialized
な文字列がよくなかったのか?
それとも taint データの問題だったのか?
……
うーむ，
わからん．
そして新潟大会参加申込者 1000 余名のうち十数名による，
当方の「想像を絶した」凶々しく暴力的な入力データを受けとったときに，
この処理プログラムはツブされずに持ちこたえるのだろうか?
……
といった不安を残しつつも 1330 ひとまず終了．
昼飯．
-
いかん．
ばてた．
せっかく自由に使える時間があるのに勉強がススまん．
-
ということで本日は撤収．
1710 研究室発．
1810 帰宅．
-
とつぜんデータ解析こんさる．
R
で
100 × 100
の格子点からランダムに重複なく 20 点を選びだす方法はかくのごとし．
x <- 1:100
y <- 1:100
n.sample <- 20
xy <- expand.grid("x" = x, "y" = y)
xy.sample <- xy[sample(x * y, n.sample),]
xy.sample
はこういう matrix になってる．
x y
4624 24 47
81 81 1
5041 41 51
676 76 7
225 25 3
...
これを
ArcInfo ASCII Grid format
にするには:
> dummy <- apply(xy.sample, 1, function(xy) cat(xy[1], xy[2], "")); cat("\n")
24 47 81 1 41 51 76 7 25 3 ...
-
こう書くと，
こんなのさっさと片づいたかのように見えるかもしれないけど，
ぢつはかくも簡単な問題にすごくてこずっていたのである
……
で，
この生成された乱数にもとづいてマダガスカル調査がなされる，
と．
お気をつけて……
-
2330 北大構内よろよろ走．
よろよろ．
2410 帰宅．
体重 73.4kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
うーむ，
Athlon を
Athron
と書きまちがえてる事例，
ぎょーむ日誌内に
多数
あった．
いやはやー
-
[今日の食卓]
- 朝 (0850):
米麦 0.7 合．
ナス・ピーマン・ネギ・トウガラシの炒めもの．
サバのショウガ味噌煮．
- 昼 (1350):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ナス・ピーマン・ネギ・トウガラシの炒めもの．
サバのショウガ味噌煮．
- 晩 (2440):
米麦 0.8 合．
ネギ・ニンニク茎・ショウガの味噌汁．
2005 年 09 月 25 日 (日)
-
0910 起床．
朝飯．
コーヒー．
-
生態学会さーばー taint (ケガれ) CGI プログラミング研究．
CGI プログラムを Perl で書いて
-wT
(警告全部 & taint 対策)
モードで動かすときに
open Mail, "| sendmail" ...
すると「ケガれ」判定でコケる．
これは環境変数 $ENV{}
に危ない情報が含まれているからだ．
-
このあたりまぢに対策するなら，
こちらの
CGIの安全性
で解説されてるとーりにするしかない．
ふまぢめにやるなら，
$ENV{PATH} = undef;
$ENV{BASH_ENV} = undef;
とでもしとけば動作する．
-
あとで竹中さんからメイルいただき，
$ENV{PATH} = '';
$ENV{BASH_ENV} = '';
にしないとダメ，
と教えていただいた．
-
ところでさー，
生態学会さーばーの「腐れ」 turbolinux appliance server
に入ってる perl は 5.6.1 なんだよね．
ふと思いついて turbo 10 の
perl-5.8.5-1.src.rpm
を ftp://ftp.turbolinux.co.jp/
からダウンロードしてきて
rpm --rebuild
してみる．
さて，
うまく構築できるか?
-
ところでさー，
腐れ turbo は
apt
がないんで package 依存性まわりがめんどうでしょうがない．
turbo 10 からは apt
あるんだけど，
turbo 8 相当の appliance server にはそれがなく，
しかも
同社
から見捨てられつつあるんでは，
と憶測するわけですが．
だいじょーぶなのか?
生態学会さーばー．
-
などとうだうだ書いてるあいだに
(15 分間ほどか?)，
/var/src/rpm/RPMS/i586/
に perl-5.8.5-1.i586.rpm
がびるどされてしまった．
これをインストールすべきかいなか
……
などとふかくナヤんだりせずに
(問題あれば古い perl を rpm -Uvh --oldpackage
すりゃいいはずなんで)
sudo rpm -Uvh perl-5.8.5-1.i586.rpm
してみる
……
と死ぬほどエラーがでた．
error: failed dependencies:
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-GD-2.11-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Authen-NTLM-1.02-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Digest-1.05-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Digest-SHA1-2.07-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Digest-HMAC-1.01-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Authen-SASL-2.06-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Business-ISBN-1.70-3
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Data-Dumper-2.121-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Digest-MD5-2.31-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-GDTextUtil-0.86-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-IO-Socket-SSL-0.95-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-LWPng-alpha-0.24-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Number-Compare-0.01-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Pod-Simple-2.05-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Text-Glob-0.06-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-XML-SAX-Base-1.04-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by mod_perl-1.26-4
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Convert-ASN1-0.18-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Devel-Symdump-2.03-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-File-Find-Rule-0.26-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-GDGraph-1.43-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-ldap-0.30-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Module-Build-0.21_01-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Pod-Escapes-1.03-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-Test-Pod-1.02-1
/usr/lib/perl5/site_perl/5.6.1/i386-linux is needed by perl-WebFS-FileCopy-1.04-1
Perl もぢゅーるのくせに，
どうしてここまで依存しちゃってるんだろうね．
-
はてさて，
どーしたもんかな．
もちろん，
くだんの turbo SRPMS FTP site から
新しい perl module SRPM をダウンロードして，
という策もありえそうだが
……
こいつら
何をもって
--rebuild
してやるの，
というハナシになるわけで．
-
こういうときに
apt があれば，
何も考えなくてすむのに．
-
あ，
正しい解決手順はわかった．
-
上の 5.6.1 依存な連中はことごとく削除
---
全 Perl もぢゅーる RPM に関して自動的に
rpm -e よびだす
Perl スクリプトでも書くか
(「豆を煮るに
豆がらを燃やす」
……
ちょっと違うか?)
-
/usr/bin/perl いれかえ:
sudo rpm -Uvh perl-5.8.5-1.i586.rpm
-
たーぼ 10 ftp サイトから Perl もぢゅーる
SRPM (RPM はダメだろう)
をダウンロードしてきてこれまた自動処理で
rpm --rebuild
-
やっぱ，
面倒だな
(毎日の自動 upgrade まわり，
とか)．
しばらく放置．
まあ，
ともかく，
いざというときの
RPM びるど環境が整いつつある，
ということで満足しとくか．
-
この (代打機) ThinkPad 240Z が dual boot になってることに気づく．
そこで試しに
reboot
してみて lilo: dos
としてみる
……
するとゐんどーづ 98 が起動した．
で，
ひさしぶりに
MSIE6 で KuboWeb ペイジどもを点検してみると，
やはり MSIE 呪わればぐのせいでちょっと見えかたがヘンだな．
<div>
まわりは放置することにしてるんだけど，
<li>
まわりはちょっとみぐるしい．
しょうがないんで，
いやいやながら
CSS
の
<li>
のところに
margin-left: 20px;
など追加してみる．
いや
margin-left: 30px;
は必要か?
ちくしょう人類の敵，
CSS 解釈にしくじってる
不良ぶらうざーどもめ．
昔 NN4 今 MSIE6．
-
と書いてみたんだけど，
Wikipedia の CSS 項でも
名ざし
でそう指定されてるなぁ．
さらに敵国語版 Wikipedia だとわざわざ
Internet Explorer box model bug
なる図つきの解説まである．
-
おもわずゐんどーづ 98 に
Firefox 1.0.7
だの
Opera 8.5.5
だのインストールしちまいましたよ
……
ふーむ，
こいつらの操作ってかなり MSIE に「あわせた」
というか
……
いや，
rendering はやっぱりそれぞれ独自だよな．
というか，
やはり MSIE だけがヘン，
と確認できた．
つまり現象をまとめて説明するなら，
MSIE における
ブロック要素の幅・位置計算が徹底的におかしいということ．
-
Linux にもどって
gecko
エンジンに rendering させてみると，
上の
margin-left: 30px;
なるその場しのぎってのはそうとうにダメ，
とわかった
……
右にとびでてるよ．
-
数時間にわたる
ばかげた悪戦苦闘のすえによーやく理解できたこと:
かかるいまわしい現状に徹底反抗してみせる根性がないのであれば，
body → ul, ol, dl → li
という CSS ブロック要素の階層構造のすべてにおいて
margin-left
の値を具体的に指定してはいけない．
ただし
margin-left: auto;
は許される
……
MSIE には理解できん指定になっているので．
他の margin はどうでもいいみたいなんで，
margin: 5px 10px 5px auto;
といった指定も可．
-
ああ，
しかしこの ThinkPad 240Z の解像度ひくい LCD
(800 × 600)
でなけりゃ，
また見えかたがちがう
……
わけはないんだけど，
見えかたの印象がちがってくるかもしれんな．
-
1525 自宅発北大構内走．
晴．
1620 帰宅．
体重 72.6kg．
昼飯．
-
1755 自宅発．
1810 研究室着．
-
で，
勉強もせずに
CSS
にとりつかれてふらふらとあちこちの院生部屋をさまよう
(いろいろな OS & web browswer の組み合わせで
見てくれをチェックするため)．
日曜日も働くまぢめな大学院生に「ヒマですね」と呆れられる．
-
結局，
ぎょーむ日誌に関しては，
以下のようなすっきりしないレイアウトをやることになった．
body { width: 42em }
ul { width: 40em; padding-left: 1.5em }
li { margin: 0.5em auto 0.5em auto }
padding-left
とか MSIE 以外では無意味なんだけど，
まあしょうがないということで．
-
ところで，
いままで長さ指定の単位は
px
だったんだけど，
この機会に em
(文字の全高が 1em)
とゆー相対的な指定にしました．
文字サイズに依存してあれこれ変化するほうがよかろー，
ということで．
-
2255 研究室発．
気温 14°C．
はだ寒い．
2320 帰宅．
晩飯．
-
まったく驚くべきことに，
明日から三日間
夏休み
なんだよね．
いやー，
夏休み連絡がとあるところでとどこおっていたんで，
つい最近になって
「今年度も三日間夏休みをとるべし」
なる命令がでてたと判明したばかり．
しかも 9 月中でなければならん，
ということでこうなった．
まあ，
ふだんと同じ生活になりそうだけど．
ただし明日午前中は運転免許証の更新に行くことにする．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0950):
パン．
- 昼 (1700):
蕎麦．
- 晩 (2350):
米麦 0.7 合．
ピーマン・ニラ・卵炒飯．
マイタケ・ワカメ・豆腐のスープ．
2005 年 09 月 26 日 (月)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
本日から三日間は (書類上の) 夏休み．
ということで，
とりあえず自動車運転免許証の
更新てつづき．
0830 自宅発．
晴．
0852 中央警察署着．
-
先客 40 人ほど．
書類かいて 2800 円しはらって視力検査して写真撮影．
0930 より優良講習 30 分間．
あいかわらず北海道は交通事故死亡者数が全国一位，
といったハナシ
(しかしあとで院生にきいたところによると，
今年は五位ぐらいらしい
……
これは駒大苫小牧の甲子園二連覇よりすごいかもしれん)．
-
研究商売の人間は，
退屈なハナシをむりやり聞かされる状況を強制されると，
それには逆らわずにアタマの中では研究をススめていたりするものだ．
照葉樹のシュートから葉っぱがばらばらと脱落していく速度の
推定計算の手順について試行錯誤．
-
講習おわったら「ごーるど」免許証なるものもらった．
次の更新は平成 22 年 (2010 年) 秋．
1010 中央警察署発．
1027 研究室着．
-
北大の研究者総覧作成のため写真ファイルを
本日中に提出しないといけないんで，
さきほど更新した免許証の写真をスキャナでとりこんでみる．
しかしお茶部屋 iMac が絶不調で，
なぜか再起動するまで接続が確立しなかった．
ともかくとりこんで
GIMP
でタテ・ヨコの長さを指定のとおりに変更
(作業終了後に
ImageMagick
の
convert -crop 630x810+...+... ...
で片づいたな，
と気づいた)．
その JPEG file を送信して一件落着．
[久保まぬけづら写真]
あいかわらず左右非対称な顔だ．
なぜこんなところに貼っているかといえば，
あとでまた何か必要になった場合にこれを検索するのに便利だから
(google とかで検索できる)．
-
などとうだうだしてから，
北大生協に昼飯調達にでる．
ついでに計算機部門によってみたんだけど，
私の ThinkPad X31 はまだ帰着せず．
もどって昼飯．
井田君とうだうだと 7F 実験室まわりの掃除 & 整理整頓について検討する．
さらに雪野さんと相談．
当方の研究費からいろいろと出費しても問題なさそう
……
といったことを雑用 Wiki に記録していく．
-
研究費つかわんといかん，
とゆーことで (有料ソフトウェアはイヤなんだが)
VMware
Workstation5 for Linux を発注してみる．
この環境で私とかが作った
R
の
拡張もぢゅーる
(in C/C++) をコンパイルしてやれば，
院生の計算機上で実行できるようになる，
はず．
といったことを，
免許更新の講習ききながら考えてたもんで．
-
と思ったら，
生協から連絡．
VMware 買いたきゃ店頭でアカデミック版
(24000 円)
購入申請書かかねばならんそーで．
しかも納期が 2-3 週間．
さらに「別件」として私の ThinkPad X31 は
とうぶん修理から返ってこないそーで．
-
さらに VMware 内に隔離監察処分にする
virus 培養拡散装置
ゐんどーづ XP とかも購入せんといかんのか?
というのも敵国語版 X31 を買ったときについてたアヤしげな
CD-ROM はさっさと捨てちまったよーな気がするんで．
北大生協は home 版か professional 版か決めてくれと質問．
-
で，
調べてみると
はじめに
UNIX 系 OS を使う時間よりも
Cygwin を使う時間のほうが圧倒的に長いといった
不幸な人生を送っていると
...
といったあじわいぶかい書き出しで
始まる Studio Sixnine
サイトの文章は
Cygwin
利用に関しては
professional のほうがいいんぢゃないの，
と提案されている．
じゃ，
そうしますかということでそちらを発注．
37590 円
……
まー，
こっちも予算消化とかあるんだけどさー，
よくもまあこんな値段を恥ずかしげもなくつけられるよな．
買うほうが阿呆なんだろうけど．
-
またまた
北大ネットメイルまわりが死んでみなさんどたばた．
実験してみると，
私のごとく北大ネットへの依存を最小限にしている人間にも被害がおよんでいる．
転送 (forwarding) すらされん
(そしてメイル送信者にはそのような不具合の発生がわからない)．
そして HINES の
(客観的な情報公開というよりしごく主観的な)
「隠れ」
(きわめて見苦しいというかみっともない)
懺悔ペイジ
には何も書かれていない．
つまり，
毎度毎度のごとく事件の発生を承知していないのである．
-
周囲のひとびとも
「いつものこと，
だよな?」
「どうしようもない」
「われわれには，
なにもできない」
「いつか
……
また外の世界につながる日がくるのかも」
「それがいつなのか，
だれもしらない」
といった諦念の言葉を口々につぶやきつつ，
悠久の時の流れに思いをはせているようであった．
-
セミナーの予習．
-
1630 Trendy セミナー，
今日は低温研 (原研究室) PD の山田さんで，
サロベツ湿原の
ゼンテイカ
の花芽を枯らす霜害現象のモデリング．
つまり現場の観測と微気象一次元鉛直モデリングによる説明．
これが本筋なんだけど，
本筋以外の現象記述もねほりはほり聞くといろいろと面白い．
-
霜害の発生には「ほぼ無風」が必要条件であり，
空気が成層するからこそ特定の高さの植物を枯らす
氷点下空気層が発生する
---
つまり鉛直モデリングむけ
-
ただしサイズ非依存
つまり無差別殺戮的な霜害も数年に一度はあった
-
地表高 0.2-0.4 m あたりの気温を予測したければ
は上空 1000m までの気温分布を微気象モデルに
組みこまねばならない
---
さらに霜害のおこりそうな日は観測気球をあげて
高度 50m までの実測データを得る
-
2001-2004 年に観察された霜害はいづれも
「(花茎成長中である)
6 月中に生じたただ一度の氷点下気温下降」
によるもの
---
植生層から十分に「離陸」してない花茎は死ぬ
-
花茎が霜害で死ぬと他の地上部も必ず死ぬ，
というナゾの現象が観察された
---
誰もこの現象を説明できない
-
原理的には植生層-大気層のちょうど境界層において
気温最低点が出現するはずなんだけど，
実際にはそれよりも上部で気温最低となることが
昔から観察されていて，
このナゾの現象については誰もまだ説明できてない
-
1810 終了．
講演者・山田さんと皆さんで晩飯にでる．
1950 帰宅．
うーむ，
夜も勉強がススまん．
-
かくして「(書類上の) 夏休み」第一日目はすぎゆくのであった．
なんだかくやしいので，
夏休み
うそ日記
を書く．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0750):
パン．
ヨーグルト．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
北大生協いなり寿司．
298 円．
- 晩 (1900):
[北 15 西 4 の中華料理屋]
中華美食楼
の日替わり定食．
エビ・ピーマン・タマネギ・キクラゲ・卵の炒めもの．
豚肉の青椒肉絲．
780 円．
2005 年 09 月 27 日 (火)
-
0740 起床．
(書類上の) 夏休み第二日目．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
ネット雑用などかたづけて
1010 自宅発．
晴．
1025 研究室着．
-
なんだかどたばたしつつ，
一般化推定方程式 (GEE; generalized estimating equations)
の勉強のつづき．
-
やっぱりこれって正真正銘の quasi-likelihood 法だ
……
分散の指定のしかたがいささかコっているだけである．
-
で，
その分散を指定する working correlation matrix
の意味なんだが
……
自分で簡単な例を作ってるうちにだいたいわかった．
しかし，
これって時系列とかそういうハナシではないように思う．
というのも対称行列になってるんで，
これだと「過去」だけでなく「未来」からも影響されることになるよ．
まあ，
非対称行列にすればそれで時系列の効果を表現できると思うけど．
-
昼飯．
亀山さんから大雪山ツガザクラ調査に関する驚きのハナシをいろいろとうかがう．
じつは今まで
(私などには)
エゾツガザクラ
として聞かされてた樹種はぢつはほとんどが
コエゾツガザクラ
である，
とか．
で，
雑種だろう疑惑が濃厚なんだけどコエゾは「品種」あつかい，
とか．
うーむ
……
-
まあ，
ツガザクラ雑種形成シミュレイションはもうちょい放置することにして，
と
(いささか落ちつかなくなってきたが)．
-
昼飯後，
一時間ほど高田さんと来年度新入生の雑談につきあう．
-
また GEE 勉強つづき．
1600 すぎになって，
よーやくこれがどういうふうに推定計算されて，
応用されてるのか理解できるようになってきた．
これまた (他の quasi likelihood な方法たちと同じく)
Bayesian の普及とともに衰亡していきそうな一族に含まれてるな．
こういう ``practical'' な方法を考えだしたヒトたちは
ホントにすごいと思うけど．
-
アタマの中の整理と称して 1615 北大構内散歩発．
曇天．
いまにも雨ふりそう．
北大生協にいって VMware アカデミック版の購入申請書かき．
うろうろ歩きつつ自分自身に GEE とは，
と説明してみる．
-
あ，
書き忘れてたけど，
これは Calgary 大学在の
石井さんから出された宿題に回答するための検討．
で，
おもに参考にした文献は
(これまた石井さんに reading assignment
として指示された)
Horton, NJ and Lipsitz, SR. 1999.
Review of Software to Fit Generalized Estimating Equation Regression Models.
The American Statistician 53: 160-169.
また，
計算法については Yudi Pawitan 尤度本
``In All Likelihood''
の Chapter 14 が参考になる．
ネット上の教材だと
Højsgaard
の
GEE 解説
とかかなあ．
-
ともかくひととーりわかったんで，
宿題の回答メイルかき．
結論: GEE つかってもご利益ないんで (これまでどーり)
一般化線形混合モデル (GLMM) でいいんぢゃないでしょうか．
-
1940 研究室発．
1955 帰宅．
2135 自宅発北大構内走．
2230 帰宅．
体重 73.4kg．
晩飯．
-
「(書類上の) 夏休み」第二日目終了．
また夏休み
うそ日記
を書く．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
米麦 0.6 合．
ニンニク茎・ショウガ・鶏ハツ炊きこみ飯．
マイタケ・ワカメ・豆腐のスープ．
- 昼 (1240):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
ニンニク茎・ショウガ・鶏ハツ炊きこみ飯．
海藻スープ．
- 晩 (2330):
米麦 0.7 合．
ニンニク茎・ショウガ・鶏ハツ炊きこみ飯．
キャベツ・ピーマン・豆腐のカレースープ．
2005 年 09 月 28 日 (水)
-
0720 起床．
(書類上の) 夏休み最終日．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
晴．
0945 研究室着．
-
いろいろメイル書き．
今年は
苫小牧
では 2001 年以来の
leaf miner
の大豊作だそーで．
虫の個体数変動ってほんとわけわからんよね
……
樹木でいえば「種子のなり年」みたいに考えればいいのか?
とはいえ機構はぜんぜんちがうけど．
ともあれ，
苫小牧直径成長問題もあるんで，
ちかぢかまた「借金返済滞納いいわけ」苫小牧出張，
ということになりそうだ
……
-
いきなり北米大陸から電話がかかってきたり．
-
うーむ，
九月がぢりぢりと終りつつあるんだが，
今月は (主観的には)
生態学会さーばー雑用と自分の計算機 ThinkPad X31 暴走どたばた
にけっこう時間とられてしまった．
また，
現在満喫している「書類上の夏休み」はともかく，
広島の統計学会連合大会参加五日間ってのが
実質的な夏休みみたいなもんだったし．
でーた解析こんさる業もいろいろあったしねえ
……
-
と，
仕事がススんでない言いわけをアタマの中で
いろいろと列挙してみる．
-
といったさらに非生産的なことに時間をついやすのもなんなので，
現在滞納しつつあるぎょーむ一覧とその対策を
くだんの雑用 Wiki に書き出してみる．
やっぱ
ゐき
はお手軽だわ
……
共同研究の役にもたつしね
(皆さんとネット上で図表をふくむ情報を共有できるんで)．
-
あ．
また研究費消耗雑用にはまりこんでた．
具体的には本の発注リスト作成．
いつのまにか
Ecology
4th ed. (著者順が Begon, Townsend and Harper になってる)
が出てたんだねえ．
-
Gnome desktop なんてつかってないんだけど，
Gnome まわりの挙動不審で苦闘してしまう．
-
とうだうだしただけで時間がすぎてしまって，
昼飯時間．
いやはや．
-
さらにいやはやつづく．
いろいろやることあるのに，
なぜかしら，
Gilks, WR et al. 1995.
Markov Chain Monte Carlo in Practice.
Chapman & Hill.
のあちこち読むことに没頭してしまった．
10 年前の本だけど
(だからこそ?)，
これは初心者むけだよなぁ．
とりあつかってる内容もいろいろあるし．
-
と読みはじめると関連文献よみが止まらなくなる．
以前よんだときにはよくわからなかった部分，
今回はかなりわかったような気分になる．
-
で，
夕方から夜にかけて屋久島葉っぱ脱落速度推定計算方法の再検討．
なるほど，
じつはこれが気になってたから他のことに手がつかなかったのか，
と今さらながらにわかった．
-
「a 齢までに死亡する確率」
を logistic 曲線で近似すんのはまちがい，
と以前にかいた．
各齢における「年ごとの死亡確率」がだんだん低下するからだ．
-
これは人間の集団みたいに
10 万人とか 1 億人の標本数をあつかうときには重要である
……
しかし今回のよーに
「葉っぱが 5 枚でて 3 年でほぼぜんぶ脱落しました」
みたいな状況では
「ほとんどの個体が死んでる状況での年間死亡確率」
なんてどうせ正しく推定できないんだから，
いいかげんな関数形でも実害はなさそう．
-
というようなことを，
(人間の生残解析でよくつかわれる)
Weibull 分布
や
極値分布である
Gumbel 分布
(うん? Wikipedia では Fisher-Tippett distribution
となってるな)
などヒネりながら考えたのであった．
-
まあ，
どっちにしろ
glm()
とかでお手軽に推定できる問題ではないんで，
「a 齢までに死亡する確率」
は単調増加で [0, 1]
なら何でもいいんだけど．
-
ふーむ，
おそらく logistic 曲線で代用した場合，
齢 a の二次の項ぐらいまでいれとけば実用的には十分かも．
等差数列の和がそれぐらいの order であるからだ．
-
1920 研究室発．
1950 帰宅．
-
2140 自宅発北大構内走．
いろいろと文献からアタマにつめこまれた知識，
走ってると相互の連関が単純化されるような気がする．
葉っぱ脱落推定に使うかどうかわからんけど，
EM アルゴリズム
についてアタマの中で勝手に整理されていく．
-
今までよくわからなかった部分，
排他事象ごとに尤度を計算してその期待値を最大化すべきところを，
この手法では対数尤度の期待値
最大化におきかえるわけだが
……
これは簡単そうなことながら実感として
「なぜそうしてよいのか」
わからなかった．
-
しかしながら紙も鉛筆もない状況で検討してみると，
これはいつものごとく
「対数尤度は尤度の単調増加関数」
といったごくあたりまえの関係から
「対数尤度の期待値を最大化するパラメーターは最尤推定値にほかならない」
と実感できるようになった．
こういう実感がないと自分の道具として使えないんだよね
……
ともあれ一件落着．
-
EM アルゴリズムは安心して使える道具，
となったんでこれでまた少し「自由」になれた，
というかモデリングにおける発想の不自由さの制約がひとつとれた，
というか．
-
2230 帰宅．
体重 73.4kg．
晩飯．
-
「(書類上の) 夏休み」最終日終了．
しつこく
うそ日記
を書く．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0750):
マカロニ．
キャベツ・ピーマン・豆腐のカレースープ．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
ニンニク茎・ショウガ・鶏ハツ炊きこみ飯．
キャベツ・ピーマン・豆腐のカレースープ．
- 晩 (2305):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ピーマン・豆腐のカレースープ．
ネギ・タマネギ・ピーマン・卵の炒めもの．
2005 年 09 月 29 日 (木)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0910 自宅発．
晴．
0925 研究室着．
-
うだうだと昨日のまとめ．
-
アタマの中が整理されてきたので，
さて仕事
……
と着手できれば私などはずいぶんエラくなってたんだろうと思うんだけど，
またしてもどうでもいいわき道にはまりこんでしまった．
とほほ．
-
えーと
……
fetchmailで
Gmail
からメイルを
(SSL 介して)
POP3 でとり，
Emacs 上で動作するメイラー
Mew
(4.2) で書いたメイルを
(やはり SSL 介して)
SMTP で送る，
という
(予想外に面倒だった)
作業なんかを，
ですね．
-
Gmail がわの POP を使えるようにして
基本設定をみる．
fetchmail
の設定はいいかげんに
set postmaster "pop.gmail.com"
set nobouncemail
set no spambounce
set properties ""
poll pop.gmail.com with proto POP3 port 995
user '*@gmail.com' there with password '*' is '*@gmail.com' here ssl
mda "/usr/bin/procmail -f-"
とゆーかんぢで．
最後の一文は私が procmail
使ってるので追加
……
Mew ではなく fetchmail
で受信しているのは，
受信メイルの内容確認のためだけにメイラーをわざわざ起動したくないため
-
次．
Mew の送信設定．
これは
設定可能な変数
など，
ネット上のあちこちに公開されてる情報参考に試行錯誤してみた．
.emacs
だの
.mew.el
だのの設定はこんなかんぢか．
(setq mew-smtp-ssl t)
(setq mew-prog-ssl "/usr/sbin/stunnel")
(setq mew-smtp-ssl-port "465")
(setq mew-smtp-user "*@gmail.com")
(setq mew-smtp-server "smtp.gmail.com")
(setq mew-ssl-verify-level 0)
(setq mew-use-cached-passwd t) ; パスワード記憶させるため
(setq mew-passwd-timer-unit 60) ; 60 minutes
(setq mew-passwd-lifetime 24) ; timer-unit x 24 = 24 hours
(後記:
パスワード入力なしで SMTP する方法は
10/03 の記述を参照)
-
さらに stunnel
(
/usr/sbin/stunnel)
というトンネルが必要になる．
これは Vine Linux
3.2 には含まれてないようなので，
自分でコンパイルする必要がある．
make install
すると暗号の鍵を生成しはじめたり．
-
さらに Gmail 側の設定が必要．
From 行が勝手に書き換えられてしまうんで
……
Ogawa::Memoranda
に詳しく対策がのせられてる．
要点は
-
Gmail interface の言語を敵国語にする
(すると使える機能が増える!)
-
Settings の Accounts で
``Add another email address''
-
verification mail 送信してうけとり，
そこに書かれてる code で新しい account を有効にする，
さらに
make default
ということ．
-
これで送受信どちらも
Gmail
でできるようになった．
しかしこんなに Gmail に依存してしまってだいじょうぶなのかね，
といまさらながらに心配になったり．
openmya Hiki の
Gmail Hacks
によるといろいろヘンなことがあるみたいだし
(文字コードについては敵国語版 UI で
``Use default text encoding for outgoing messages''
が選択できる)．
-
まあ，
北大メイルさーばーに依存するほうがよほどコワいわけだが．
-
昼飯．
-
うーむ
……
Gmail アカウント入手と同時に
R-help
というメイリングリストに入っているんだけど，
午前中の POP 設定でここへの投稿までダウンロードするようになってしまった
(いままでは filter 設定でそうならないように転送していた)．
R-help には毎日 30-40 通の投稿あるんで，
これはなんとしても回避したいところだ．
-
どうしたもんかな
……
と試行錯誤してみたんだけど良さそうな策が実行できない，
と判明．
しょうがないんで強攻策．
R-help mailling list
は全部「ごみ箱 (trash)」いき，
なる filter 設定．
これなら POP でとれないはずだし，
また Gmail web mail interface でゴミ箱あさりをやれば
R-help 投稿メイルが読める．
-
で，
trash 内メイルはそのうち消されるわけだけど
……
まあ過去メイルみたければネット上の R-help archive
探せばいいだろう．
じゃあそもそも R-help なんかとらなきゃいいぢゃん，
と思われるかもしれないが，
私は Ripley
先生の日々の投げやりなコメント
(例)
なんかを愉しんでるのである．
[ゴミといえば]
本日は 7F 実験室の整理整頓・掃除が進行中．
このような現場にでくわしてしまったので，
ただちにゴミすて補助員として徴発されてしまった．
-
文部科学省共済組合員証なるものを更新．
有効期限は 5 年間 (平成 22 年 9 月 30 日まで)．
先日更新した運転免許証と同じだな．
-
さーて，
さっさと下請け計算プログラミングを
……
と思ってるんだけど，
またしても勉強すぱいらるにまきこまれていく
……
-
私が作ろうとしてるのは一見すると生残解析っぽいんだけど，
じつはふつーのやつとは少し違うような気がする
……
なぜかというと (今回解析しなければならぬ) 葉っぱ脱落データと
人間なんかの生死追跡データはかなり異なるからだ．
すると自分 version つくるまえにとりあえず，
ふつーのやつがどういうものなのか，
もうちょいよく確認しておきたい，
というようなことで文献よみやってるわけなのだが
……
今年の二月
にひととーり勉強したのに，
アタマの中からはかなり「脱落」してると確認．
使わなければ脱落するのである．
-
Wikipedia の
解説
なかなかいいな
……
そして生存関数をろぢすちっく曲線で代用，
などというヘンなことを考えつくのは私だけではない，
と確認できた．
「生残関数」だの「ハザード関数」だのといった用語は，
まあ勝手につくりかえないほうがよさそう．
-
ところで本日は朝から晩までかとーオフィスとなりの部屋 (講義室)
で外のお客さんよんでの講義だか会議だか懇親会だかやってるみたいで，
そのへんから研究院長殿の
(これはいつものごとく)
発作的な笑い声がたえなかったわけだが．
このヒトに限らず，
会話中のストレスだか圧力だかの何か
「隠れ状態 (latent status)」
が高まってくるといきなり自分から笑いだすヒトたち，
というのが存在するような気がする．
そして笑うという事象 (event) 自体
(あるいは自分は笑ってんのにまわりは笑ってないという反応?)
がストレスを高めているらしく，
笑い発作は (時間軸の上で) 集中分布している
……
MCMC 法
で推定計算してみるか?
``Hidden Markov and Other Models for Discrete-valued Time Series''
なる本も買ったことだし．
-
また丹後本 (「統計モデル入門」)
に沈みこむ
……
お，
いいこと書いてあるね (p.116)．
ただし，ここで注意したいのは，
いくら打ち切りデータが解析できるといっても
「イベント発生と関連してる打ち切り
(informative censoring)」
は解析できないことである．
例えば，
患者の状態が悪化してきたため担当医への信頼に疑問をもち
転院してしまった場合の censoring がそうである．
この場合は，
生存時間が長くなるほうへバイアスが生じる．
まさに，
これなんだよ，
屋久島の葉っぱデータは
……
[年枝と葉と葉痕]
(説明は
9/21 に)
-
いきなり再来週の
論文セミナー
紹介担当をもうしつけられる．
大学院生のみなさんご多忙で誰も再来週の担当なんぞやってられない．
で，
久保ならヒマだろうということでこうなった．
ならば
……
Jim Clark 御大のばきばきに階層べいづなハナシ
でも紹介してみようかね
(という考えがなぜか脈絡もなくわいた)．
-
階層べいづといえば
……
そもそも，
この屋久島葉っぱ脱落モデリングが階層べいづになりそう，
と思ってたわけだよな
(現時点ではそれ以前の問題で苦闘してるわけだが)．
この文脈において，
Clark 論文解読はなんだか役にたちそうな気がしてきましたよ．
不思議なことに，
担当者おしつけられたおかげで
(すっかりど忘れの闇の中に隠されていた)
この論文の存在を思いだせた．
-
2005 研究室発．
2020 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0750):
米麦 0.7 合．
ネギ・タマネギ・ピーマン・卵の炒めもの．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ネギ・タマネギ・ピーマン・卵の炒めもの．
- 晩 (2145):
スパゲッティー．
トマト・ナス・ネギ・サンマの煮こみ．
2005 年 09 月 30 日 (金)
-
0810 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
0930 自宅発．
曇．
0945 研究室着．
-
また生存時間解析勉強のつづき．
Cox の semiparametric model は魅力的なんだけど，
屋久島の葉っぱデータには使えそうにないな
……
その葉っぱがいる場所が明るいか暗いかで
「生残曲線」
のカタチががくがくと変わってるよーに見えるんで．
しかし Cox のモデルって
「タテ軸対数 (横軸は時間)」
の世界でのふにふに曲線の平行移動，
だからなぁ
……
どうなんだろ?
[憶測で描くと]
こんなかんぢか?
まあ観測データみると樹種ごとに，
かなりちがってるようには見えるんだけどね．
これは Weibull なモデルから生成した曲線で，
規格化してタテ軸対数にしても「平行曲線」にはならない．
