ぎょーむ日誌 2005-09-21

2005 年 09 月 21 日 (水)

• 0755 起床． 朝飯． コーヒー． 朝からまた小雑用につかまる． おっと， もうこんな時間か． 0935 自宅発． 晴． 0950 研究室着．
• 昨日というか今朝までの雑用消耗戦にこりてしまったので， 雑用整理専用 (もちろん自分専用) の Wiki を構築していた． なぜ Wiki かといえばたくさんの URL (生態学会新旧さーばー，研究室 Web まわりうんぬん， 共同研究用 Wiki あれこれ) をリンク集として管理する必要あり， それをひんぱんに簡単に書き換えたいから．
• かかる機能の実現には， ホントに必要最小限の機能だけあればよいので， もっともしんぷるな Wiki のひとつ YukiWiki をダウンロード． PukiWiki (そういえば， pukiwiki.org ドメインを人災で失って 宿ナシ状態 が続いてたんだけど， いつのまにかめでたく 新サイトに移転 したよーで) とかに比べてシステムの簡単なこと．
• おまけに wiki.cgi に全機能がほぼ集約されててわかりやすい …… と思わずばきばきと改造して三時間弱も費してしまった …… いやはや激しく本末転倒．

[雑用 Wiki]

このペイジはブラウザーから自由に書き換えることができる． ペイジ追加なども簡単． ともかくひたすら地味な見かけになるようカスタマイズした (これは CSS まわりの変更)． 機能的には編集後に自動 refresh するようにした， とか plugin 少し改竄とか， かな．

• さいわいなことに， 生態学会さーばーの新しいほう， とくに問題もなく動作してるよーで． 旧さーばーへのアクセスはまったく無くなっている． また dig コマンドで調べるとドメインの AUTHORITY SECTION が新しいほうに移行している (昨日の nameserver 登録の変更があちこちに反映されつつある)． 新旧同時に監視， というめんどうからは釈放された， か．
• メイル連絡少々． 昼飯．
• 1400 から 2030 ごろまで (途中に休憩はさみつつ)， M2 牛原さんと屋久島照葉樹の葉動態モデリング． 先週から考えつづけている， 「x 齢までに死ぬ確率をあらわす曲線を logistic 曲線で代用する」 モデリング． この方式には本質的な欠陥あるんだけど， データ解析初心者にはすごくわかりやすいんで 「最初の一歩」 として採用した． というのも， このモデルならば R の glm() で完全にケリがつくからだ．
• 最尤推定とかモデル選択の説明しつつ， 推定プログラム作り． このあたりの解説， 「本人のとったデータ」 にそって説明すると理解してもらえるのが速い (少なくともそのデータの統計モデリングに関しては) …… といってもやはり 1-2 時間かかるんだけどね．
• 問題はもとデータのほうで …… けっこう重要な部分に欠測がある．

[年枝と葉と葉痕]

• 上の図の (A) の age3 の (一枚も葉っぱがない) 年枝に「いくつ葉痕あるか?」 がとても重要なんだけど (特に明るい場所ではある age でまとめて落葉するみたいだから)， この部分のデータがない．
• さらにシュートによっては状況が (A) なのか (B) なのかもわからない． この区別も「葉の寿命はどのように決まるか?」 という推定にすごく影響ある …… というのが実際に推定するまで実感できなかったあたりが， われながら絶望的にまぬけだ． 反省．
• このあたり上記データのサンプル処理をしてた期間 (去年の 10-11 月ごろ) に 「屋久島照葉樹シュートのデータ， どうやって取ってんの?」 とでも聞いとけばよかった …… いやはや 「データでそろってから解析のハナシ始めればいいだろう」 などと遠慮してたのが敗因だったな． これでは， 手おくれな場合がある， ということだ．
• じつは ちょうど二年前 にも修論 (大澤君のシウリザクラ葉の食害モデリング) の「葉っぱ動態」で「欠測」に苦しんだのに， われながら進歩のない …… シュートには齢構造など局所的な構造・機能に 依存してきまる動態の情報が多々ふくまれており， これをうまく解析するのは注意力と工夫が必要なのである．
• なぜ毎度のごとく 葉っぱがらみなんかの 「ちょっとよく考える必要ある」 データとりにおいて， あとになってから 「あれも見とけばよかった」 となってしまうのか? ひとことで言えば 「何も考えずに現場にいき， サンプル処理する」 なんだけど …… どうも生態学研究者はぢつは 「数の『変化』から情報をうまく抽出する」 というのが得意ではないみたいだ． 「なんでも平均化すればよい」 というような操作ばかりやってても現象はうまく表現できないんだよね．
• たとえば菊沢さんの 「葉の寿命の生態学」 の 2.4 節「年枝ごとの葉数による推定」 という (あまりにも短い!) 解説あるけれど， ここでは「静的生存曲線」つくれば寿命がわかるだろう， とされている． これはあちこちからとってきたシュートの情報を束ねてしまって， 「毎年でる葉っぱの枚数は変わらんだろう」 とう前提で「齢と葉っぱの生残の関係」あらわす曲線かけ， というものだ (葉っぱ生命表に関する解説が 2.7 節に書いてあるけど， これも静的生存曲線と本質的に同じとされている)．
• こういう計算でなければ 葉齢依存の死亡確率がでないのか? といえば， まったくそんなことはない． 「毎年同じ……」 うんぬんといった仮定も不要で， 年枝ごとの残存葉数と葉痕数から葉齢依存の (だけではなく明るさその他シュートの置かれた環境条件， あるいは樹木の「個体差」も考慮した) 死亡確率を最尤推定できる． で， そのためには上の図 (A) の age3 にあたる部分の情報があると「ある齢でいっせい脱落」 といった現象のモデリングにおおいに役だつんだけど …… たぶんそういうふうに考えてる先行研究はひとつもないんだろう (で， 「あれも見とけばよかった」 となってしまう)．
• 研究室の中でこの問題に気づいたヒトもいないわけではない (今年三月に牛原さんといっしょに屋久島調査にいった浦口さん) …… ということで， 現在も「年内追跡調査」 継続中のシュートに関しては「葉っぱ完全に脱落した年枝」 の葉痕数はカウントされている． しかし， こっちは標本数すくなかったり， で単純に利用できるかどうかよくわかんないんだよね．
• ともかく葉っぱ動態モデリング「最初の一歩」はひととーりできた． 2055 研究室発． 2110 帰宅． 2225 自宅発北大構内走． 葉っぱ問題いろいろ考えてみるんだけど …… 尤度方程式がわかりにくくなるばかりで， やはり「ごまかし不可能」というかんぢだ． 2315 帰宅． 体重 72.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間 …… とはいえかなり歩いた
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.8 合． 卵焼き． 海藻スープ．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ピーマン・ニラ・エノキダケ・サケのシチュー．
  • 晩 (2405): 米麦 0.8 合． 豆腐． サンマのショウガ煮．