ぎょーむ日誌 2005-09-(11-20)
2005 年 09 月 11 日 (日)
[かーねるぱにっく]
こんなかんぢで．
メモリ空間が錯乱している様子．
-
1430 からまた M2 牛原さんと屋久島葉っぱ解析相談．
データ全体をながめる
R
作図のつづき，
そして統計モデルとして使えそうな考えかたの整理．
-
何が原因で何が結果なのかよくわからない場合は
pairs()
してみる．
下の図は
(ここに転載するため)
縮小しすぎてるんで何がなんだかわけわかんないけど．
-
統計モデリングは難しい．
たとえば
……
ある枝で観測されたもっとも年寄り葉の年齢，
の確率分布のモデリングを行う．
短絡的にはこれは極値分布
(extreme value distribution)
になりそうだ．
CRAN にも extreme な package 多数ある．
しかし，
これってあまりにも情報すてすぎてんじゃないの，
という気がする．
-
そこで同じ枝の他の葉の齡分布もみるモデリングがありうる．
ここで気になるのは
--- おそらく個体群動態とかだったら考慮しなくてよい ---
葉痕 (leaf scar)
つまり葉が脱落したあとのあつかいだ．
これもカウントされてんだよね
……
生年はだいたいわかるんだけど
(どの「コホート」に属していたかは一目瞭然)，
いつ脱落したのかわからん，
というあたりが悩ましい．
-
このあたりまぢに考えると，
ある葉痕に関して
「第 0 年目に脱落した確率」
「第 1 年目に脱落した確率」
「第 2 年目に脱落した確率」
……
と場合わけ，
そしてこれらは排他事象なんで和をとって
尤度方程式の一項とすればよい．
葉の脱落 (死亡) 確率は齡依存なのでたいへん複雑な尤度方程式になる．
-
もちろん，
これだって R の
optim()
とか使えばパラメーターの最尤推定できる．
ここまでは，
ぢつはそれほど難しくない．
難しいのはこの推定システムにおいて
モデル選択とかてぎわよくやらせるプログラム作りなんだよね
……
いつもながら．
-
さてここで，
かかる難題世界を脱出する創意工夫の余地がないかを考える
……
「いつ葉っぱが脱落したかわからぬ葉痕，
こんなものからは葉の生死にかかわる情報を
あまり多くは取りだすことはできないだろう」
と見切ってしまってよいのであれば
……
この推定問題はいきなり簡単な logistic
回帰のたぐいに帰着させることができる．
これは一ヶ月ほど前
に述べてた「線形」幾何分布推定の
glm()
悪用ワザのさらに応用篇である．
-
たとえば，
葉齡 3 の葉っぱみた場合，
「脱落しなかった」という事象が 3 回，
「脱落した」という事象が 0 回発生したな，
とカウントするわけだ．
-
とゆー漠然たる予感が生じたので
(上の記述はぎょーむ日誌かきながら整理整頓したもの)，
logistic 回帰について牛原さんに解説．
-
ただし葉痕はモデリングに使わねばならない．
牛原さんデータをあれこれ作図してみると
……
どうも照葉樹は無計画とゆーかなりゆきまかせなのか，
明るい場所ではどかっと葉をつくる年があり，
しかも
「しまった，作りすぎた」
とでも考えるのか早々に脱落させてしまっている
……
よーに見えたりするんだよね．
-
すると
「あ，
ひとつの『節』内の葉っぱ混みあいみたいなのを考慮した
定式化とかやればいいのか」
とか思ってしまうわけだが
……
これはまた難題世界に引きもどされる帰路となっており，
「この葉痕には何年目まで葉っぱついてたのか」
といった計算を要求されるわけだ．
いやはや．
-
1730 ごろひとまず終了．
やはり私がしゃべってる時間が長いのでばてる．
-
と私が衰弱してるタイミングをみはからって，
D3 赤坂君がまた駒ヶ岳樹木定着モデリング
(私の「宿敵」のひとつ不均質空間での event 発生速度の推定めんどう問題)
を体にしばりつけて突入してきた．
これって 911 てろ?
-
で，
問題発生箇所は
……
ひとことで言えば，
負の二項分布破綻．
ゼロ点 (「区画内新規定着数ゼロ」)
があまりにもあまりにもあまりにも多すぎる．
それゆえにマトモな推定計算できん．
-
さて，
かかる劣悪な状況を (以前に
奥山さんから教えていただいた)
``negative binomial loglinear mixed models''
とかで克服する，
というのは方策はありうる．
しかし
……
-
しかしこの場合はスジのよい解決ではあるまい．
なんとならば，
こんなにゼロ点が多いのは「区画」の
空間スケイルがあまりにも細かすぎるせいだ．
だからといって点過程として定式化をススめるのも疑問手だ．
多くの点過程が必要とする「なめらかさ」，
駒ヶ岳
の荒れた山肌がこれを実現してるとは思えない．
-
で，
こういう解決策は発想を切り換えて簡単に考えればよい．
空間スケイルが細かすぎてわけわからんことが発生しているならば，
もっと粗く切ればよい．
どれぐらい粗く切ればよいのか?
それは最尤推定によって最大化された尤度を比較すればいい．
もっとも尤度が高くなる区画分割法を探しだせばよい．
-
というふうに，
「時代遅れ」
とみなされがちな区画法だけど，
最尤推定と組み合わせることで意外な活路あるかもしれん．
このあたりの考察はまたやるかもしれない．
要点は
「生態学研究者がてきとーに『ワク』を設定した plot から，
ヒトはどれだけ多くの
(空間不均質性に関する)
情報を引き出すことができるのか?」
ということだ．
-
苫小牧 leafminer 寄生率モデリングなんかも，
この最尤分割区画法ってのを試してみるべきかもしれんな．
-
ともかくこの路線で推定計算やってみる詳細を赤坂君と相談する．
-
ばてたので撤退．
1925 研究室発．
1940 帰宅．
晩飯．
-
2325 自宅発北大構内走．
2415 帰宅．
体重 72.8kg．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1000):
米麦 0.7 合．
切り干しダイコン・ニンジン・シイタケ・コンニャク
炊きこみ飯．
- 昼 (1240):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
切り干しダイコン・ニンジン・シイタケ・コンニャク
炊きこみ飯．
海藻スープ．
- 晩 (2010):
米麦 0.6 合．
切り干しダイコン・ニンジン・シイタケ・コンニャク
炊きこみ飯．
ミズナ・ナメコ・豆腐の味噌汁．
タマネギ・エノキダケ・卵の炒めもの．
2005 年 09 月 12 日 (月)
-
0940 起床．
うーむ，
昨晩は深夜北大構内走のあとすぐに寝たのに．
金土日の
R 講習会 & データ解析こんさる
& ThinkPad X31 とらぶる & 240Z 戦力化ばて，
か．
まあ，
今日はすでに「出張」の日だからのんびりするか．
洗濯．
朝飯．
旅準備．
1120 自宅発．
曇．
1135 研究室着．
-
いきなり書類つくりなおし．
いやはや．
-
また生態学会さーばー雑用．
cgiwrap
がらみのエラーがまたおこってるな
……
ということで mode_perl
まわりを点検すべく /etc/httpd/
まわりを調べてみた．
httpd.conf
で AddModule mod_perl.c
はコメントアウトしてたつもりなんだけど
(じつはされていなかった……おそらく処理を統制するため)，
LoadModule perl_module modules/libperl.so
は無視してた．
いやはや．
-
ついでに
cgiwrap
をまったく呼び出さない実験
……
現状でそれをやると CGI プログラムがまったく動かない，
と判明．
httpd.conf
をかなり書き換えないとだめだろう．
とりあえず mod_perl
を外した (つもり)
の状態で稼働させる．
これでしばらくは問題ないわけだが．
-
ふろりだの奥山さんから Bolker 先生が R 本準備中と教えていただく．
http://www.zoo.ufl.edu/bolker/emd/book/
で内容公開されつつある．
目次みると，
今ふう最小セットというか，
尤度・モデル選択が中軸になっている
(粕谷さんは以前からそういう教科書必要，
と言っておられれた)．
今学期の授業で使うものなので，
今年中には完成するだろうとのこと．
-
この
Rnw (Sweave file)
ってこう使うのか，
とゆーあたりもかなり参考になる．
-
1350 研究室発．
まず北大生協に行って ThinkPad X31 (箱いり)
を修理にだす．
1410 JR 札幌駅着．
空港まで 1040 円．
1425 発
……
のはずなんだけど快速エアポートがなかなかやってこない．
1435 よーやく発．
1512 新千歳空港着．
-
飛行機出発まであと 8 分．
もはや手遅れだろう，
ということで荷物はあずけずに全部機内もちこみで．
-
1520 搭乗．
やはり，
というか私以外にも乗り遅れなヒトがいたんでしばらく動かない．
1538 離陸．
-
機内では菊沢さんの
葉寿命本
読む．
1718 広島空港に着陸．
1730 リムジンバスにのって同発．
えー，
私はふだん乗物にのらない生活をしているせいか，
このようにあれこれたてつづけに乗るとばてる．
とくにバスは苦手で
……
広島市内に入ったころにはかなりへろへろになってきた．
-
1815 JR 広島駅新幹線口着．
もうすぐ日没なのに，
じめじめと暑い．
ちかくに書店あったんで，
とりあえず地図買う．
地下道をとおって駅の南へ．
えーと，
広電 1 号線とやらに乗ればいいんだな．
料金は 150 円で統一されてる．
下車するときに現金で支払．
-
で，
バスばての余波で広電のってるだけで気分わるくなってきた．
たぶん「市役所前」で降りるべきなんだろうけど，
その一駅前の「中電前」で降りてしまう．
どんどん暗くなるなか，
ふらふらと広島市内をさまよい，
元安川もざばざばわたって宿泊地
ウェルシティ広島
着．
時刻は 1900．
-
さーて，
ここでまた新たな問題出現するわけだが
……
ここって厚生年金会館なんだよね．
で，
私は予約したとき
は自分のことを
厚生年金
しはらってる，
と錯覚してたわけで
(大学やとわれは
共済組合
の年金をしはらってる)．
これは予約してから一週間後ぐらいに気づいた．
-
で，
チェックインのとき，
そのあたり確認してみると
……
やはり共済加入者ではダメですよね．
しかし，
意外な助け船が．
以前に一度でも厚生年金支払っていたことあれば OK
というキマリになってるそーで．
それを聞いてまったく忘れてた記憶がよみがえったのだが
……
2000-2002 年に傭われてた
あの独房群
(私の傭い主はいまは亡き NASDA)，
あのとき厚生年金に加入させられてたかも
……?!
-
ここは各部屋まで LAN がきてるのでケイブル借りて調べてみることに．
ただし，
バスばてから回復するまで 15 分間ベッド上に転がってた．
で，
調べてみると
……
アタリ
だ．
私は二年間厚生年金を支払っていた．
とゆーことでめでたく一泊の宿泊料金が
8300 円→6900 円に．
いやー，
今日ほどあの独房群に感謝したことはない．
-
ばても回復してきたので晩飯調達にでるか．
フロントに
「ぢつは厚生年金を二年間ほど支払ってました」
とえらそーに申告してから外にでる．
-
うーむ
……
広島というとお好み焼き屋がところせましと並んでる，
はずなんだけど
……
しかし，
ここは平和記念公園すぐ南
(本川と元安川にはさまれた中洲の上)，
繁華街から離れておりそういう光景ではない．
しかも時刻は 2100 すぎており，
すでに店じまいしてるところも多い．
-
で，
しょうがないんで宿のすぐ前にある
「かまどや」
で弁当買う．
乗物も外食も私にとってはふだんの生活にない，
慣れないことで
……
宿にもどって晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1010):
米麦 0.7 合．
切り干しダイコン・ニンジン・シイタケ・コンニャク
炊きこみ飯．
ミズナ・ナメコ・豆腐の味噌汁．
タマネギ・エノキダケ・卵の炒めもの．
- 昼 (1300):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
切り干しダイコン・ニンジン・シイタケ・コンニャク
炊きこみ飯．
ミズナ・ナメコ・豆腐の味噌汁．
- 晩 (2130):
かまどや幕の内弁当．
500 円．
2005 年 09 月 13 日 (火)
[宿からのながめ]
本川と中島神崎橋．
-
うだうだする．
朝飯．
コーヒー．
0800 宿発．
晴．
暑い
(結局今日も 30°C 超の真夏日だったそーで)．
昼飯が現地で入手できるかどうかわからんので，
カロリーメイトを途中の酒屋で入手する．
広島市内，
こんびによりも酒屋が多い．
0812 広島電鉄市役所前発．
通勤通学時間なので混んでる．
しかし宇品に近づくと一気にがらがらになる．
0837 元宇品口着．
[広島電鉄]
のんびり走ってる．
運賃は市内一律 150 円．
現金なら降車時に支払う．
しかしたいていのヒトは乗車時にプリペイドカードで支払う．
これってただ乗り可能なシステムのような
……
-
あのー，
0900 開会にちょうどいい時間だと思うんだけど，
まわりに統計なかんぢのヒト，
誰もいないんですけど．
というか，
そもそも歩行者がいない．
何もない漁港にいきなり一人で放りだされてしまった．
-
で 15 分間ほど海沿い歩いてると，
いきなり高層建築物が．
大会会場プリンスホテル着．
[ぷりんすほてる]
どうも
統計関連学会連合大会
参加者の大半はここに泊まってるみたいなんだよね．
後述するように参加者は (生態学会大会よりずっと少なく)
500 人ぐらいに思えるんで
(
後記:
今回は 700 人超だったそーで)．
たしかに海も丘もあってよさそーなとこですよ．
-
大会受けつけすませる．
B5 版だけど厚さ 3cm ぐらいありそうな要旨集もらう
(一講演 1 または 2 ペイジ)．
なぜか CD-ROM 要旨集も．
統計関連学会連合
とゆーとスゴそうだけど
(私は応用統計学会会員)
……
大会参加者数から憶測すると，
たぶんそんなに会員数おおくないみたいだ．
大会発表は口頭発表のみ
(私は今回が初参加なんで「様子見」，
発表はしない)．
6 部屋で一人 20 分 ×
2.5 日で全部終了．
発表者数約 300?
-
しかし内容は多彩なんだよね．
あまりにも抽象的なんで図もナシ数式のみ，
というどこで現実とつながるのかよくわからぬ数学的なやつから，
逆に数式まったくナシで
「うちではこういう統計とりました」
と政府お役人系のヒトがゑくせる表とゑくせる図をひたすら列挙したり
……
-
とにかく数学系・その他理学系・農学・医学薬学・工学・社会科学・人文科学
いろいろな分野の産官学からヒトが集まってきて
……
この人数では少なすぎるんでは?
つまりですね，
私なんかも生態学まわりの問題は何でも計算してますけど，
発表きいてるとここに来てるヒトたちもけっこう
「よろづ problem solver」
として便利づかいされてるらしい，
と示唆する発表をいくつか聞いた．
本邦ってちょっと統計学・統計科学を軽視しすぎてるんでは
……
どの大学にも統計学部とかないし．
[統計なヒトたち]
本朝のデータ解析難問どもに立ち向かうヒトたち．
予想したよりネクタイ着用者すくなくて (三割ぐらい?)
女性おおい (一割ぐらい?)．
そして大学院生もたくさんいた
……
というかベテランに淘汰かかってるのかも．
比較的高齢のヒトたち，
スルどい質問・コメント頻発していた．
-
ともかくたくさん発表聞いた．
「(当方の勉強不足で)
どうやって計算やってるのかよくわからない」
ってのが半分ぐらいあってなかなか楽しい．
参加したかいがあった，
というか．
ある程度理解できて，
印象に残ったものをいくつかぱらぱらと．
-
午前前半は「時系列解析 (1)」セッション．
エルニーニョシミュレイションのデータ同化，
アンサンブルカルマンフィルターで非線形プロセスの推定．
余震分布推定，
巨大地震があるとその余震に小さい余震が「マスク」されてしまい，
そのため検出できる地震の下限が時間変化する．
脈拍の時系列モデリング，
これも非線形システムの推定なんだけどニューラルネット．
-
午前後半は「遺伝情報解析」セッション．
どの発表も 1-2 遺伝子座ぐらいの問題を丁寧に考える，
というかんぢ．
検定は役たたずだから信頼区間の計算を，
というハナシが何度かでる．
計算のやりかたは delta 法とか．
-
昼飯時間．
お，
まだ弁当が売れ残ってる，
ということで買う．
なぜかしら F 会場だけひどく景色がよいので，
そちらでのんびりと昼飯．
[こういう景観]
元宇品港．
-
午後前半は「計算機統計」セッション．
人間の「死産」モデリング，
齡だけでなく，
嫡子・非嫡子と初産・経産
といった要因に左右されると聞くのはナマナマしい
(後者のほうが高率
……
第二子は危険だったのか)．
人工死産と死亡届ごまかし，
とか．
で，
あとから発表者に質問したんだけど
ヒトの人口統計学はいろいろ「お約束」あるよーで．
セッション最後の田中潮さん (統数研) の Neyman-Scott
過程最尤推定はよいハナシでした
……
が，
生態学で使いどころありそうで使いどころわからん．
もどかしい．
-
午後後半は「科学的な推論の形式としての Bayes 統計」セッション．
これは研究発表とゆーより
(会場での表現でいうと)
「頻度論者 (frequetist)」
「正統派 Bayesian」
「真正 Bayesian」
「にわか Bayesian」
たち
(おそらく私などはこの最後のカテゴリーなのだろう)
の言いたいほうだいばとる，
とゆーか．
つっこんだ議論で愉しめる．
「科学は真実を措定 (posit) する」
「高次元母数の推定はベイズ法がよい
……
これは認めざるをえない」
「縮小推定量は意味がとりにくい」
「頻度論にもとづく仮説検定はですね，
(強い) 尤度原理を認めてないんですよ!」
「MCMC は Bayesian ではない，
単なる積分だ」
「MCMC が Bayesian を普及させた」
「あのヒトは真正 Bayesian ではない
……
Bayesian をわかってないんだから」
「頻度論的な統計学を正しく使いこなせるのは (Fisher のような)
天才だけ」
「Bayesian は理解できてないバカが使っても間違いがない
……
それが Bayesian の良いところです」
「(Fisher 流の) 有意差検定と (Neyman 流の) 仮説検定はまったく別モノ」
「Bayes と Fisher は意外と似ている
……
違いは事前分布の有無だけ」
「Neyman は違う，
確率の考えかたがぜんぜん異なる」
「無情報事前分布?
そりゃー臆病だよ，
あんたは臆病だ!」
……
あと，
岸野さんが PoorPoint version 依存的文字ばけと
発表時間切れに錯乱してておもしろかった．
-
夜のシンポジウム「統計科学の現代的価値」．
ひさしぶりに柳川 (堯) とーくを聞いてしまった
(九大にいたとき以来だな)．
なんというか，
統計屋があちこちで便利づかいされてます，
という「統計屋の現代的価値」に関する報告あれこれだったよーな
……
統計学は科学における「認識の手段」として成功をおさめてきたわけだが，
一般社会はそれが理解できづ
「リスク管理」とかそれ以上のことを要求してくる，
と．
-
このシンポジウムでは農環研の山村さん発表あった．
同じく三輪さんもコメントしておられた．
しかし，
同じく三中さんはいなかった．
というかこれだけ会場・話題が限定されてんのに，
今日一日お会いすることなかった．
おそらくどこか
高いところ
に行ってしまったのだろう．
-
有名人の実物もたくさん見てしまったなぁ，
と思いつつ，
1930 会場プリンスホテル発．
やはり広電の駅まで 15 分かけて歩くのは私だけか．
1955 広島電鉄元宇品駅発．
2016 中電前で下車．
うーむ，
宿からもよりのお好み焼き屋，
まだ開店してるわけだが，
すでに客ナシ．
店主とさしむかいになんのはイヤだなぁ
……
と逃げる．
他の飯屋も同様．
ということで，
今晩も「かまどや」弁当．
いやはや．
2035 宿に帰着．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0710):
宿の朝飯．
バイキング形式．
和食系のおかず多いんだけど，
なぜか朝バイキングはパンを選んでしまう確率たかい．
1000 円．
- 昼 (1240):
[大会会場弁当]
わ．
ごうせい．
広島アナゴもちゃんと入ってる．
ハコには「駅弁」とか書いてあるな．
1000 円．
- 晩 (1950):
「かまどや」
エビチリ・シュウマイ弁当．
500 円．
2005 年 09 月 14 日 (水)
-
0655 起床．
広島滞在三日目．
朝飯．
コーヒー．
0830 自宅発．
曇．
0840 広島電鉄市役所前発．
0903 元宇品着．
0915 プリンスホテル，
統計関連学会連合大会
会場着．
-
午前のセッション一番目「データ解析 (2)」．
日本選手権水泳大会男子 200m 自由型のモデリング，
おもしろい．
しかし改善助言ならラップタイムだけでも良さそうな．
日本人名字分布，
間瀬さん
プロジェクター上でいきなり
Knoppix
をぶーと
(あとで伺ったところプロジェクター接続を確実なものにするため，
とのこと)．
国内に現存する名字数を推定するためには，
rare なところにあてはまる分布を選ぶ必要あるとのこと
(「佐藤」「鈴木」などはどうでもよい)．
推定結果は 10 万とすこし．
-
午前のセッション二番目「ロバスト解析」．
「スジのとおった外れ値の捨てかた」
というかなりまにあっくなもの．
統数研
の藤澤さんの提案する相互エントロピーから導出される
ロバスト推定量が究極的なのか?
そして同じく統数研の江口さんのローカルモデル
なる対数尤度ではなく beta divergence
なるベキ尤度で推定されるハナシもおもしろい．
このあたりかなり勉強になった．
-
昼飯．
昨日と同じく F 会場で海をながめつつ弁当．
-
午後のセッション一番目「計算機統計 (3)」．
parallel cooridinate plot
の現代化，
とか．
Ising model MCMC 収束時間の推定，
は感銘うけた．
母子里 MCMC 計算の
収束
に苦闘してるんで．
最後は「モデル選択」のセッションで
AdaBoost
(これも今回はじめて知った)
のハナシ聞いたんだけど，
コメント時間に統数研の院生が
「それらは全部すでに知られた結果です」
と一刀両断していた．
-
午後のセッション二番目「統計理論一般 (2)」．
聞いたことないよーなハナシばかり．
カーネル型密度推定のためのバンド幅推定のブートストラップ・プラグイン法．
結果もけっこうナゾ．
司会の下平さんが「これってよくやられてる『バギング』」
とゆーわざですよ，
と．
「ノンパラメトリック回帰」
竹澤さんは平滑化パラメーターを平滑化するハナシ．
しかし次の発表では
「cross validation は undersmooting」
なるコメントが．
Bayesian bootstrap 法．
bootsrap 法ではですね，
「パラメーター」をサンプリングしちゃうんですよ
(事前分布は Dirichlet 分布)．
-
午後のセッション三番目「人と動物の生態学」．
座長は三中さん．
でだしは，
癌死モデリングとか SARS 死亡率とか
(北京では漢方薬投与で治癒率向上だそーで)．
統数研の南さんの南米沖漁業クロトガリザメ混獲データの解析，
zero inflated negative binomial (ZINB) 解析，
すごく勉強になった．
セミパラメトリック推定ってこうやるんだ，
というあたり
……
だけでなく，
「ゼロだけがひどく多い負の二項分布モデル」
って
(あの札幌出発前にわずらわされてた)
赤坂君の駒ヶ岳樹木更新のハナシそのまんま．
本日の最後，
塩見さんの「いぢめられ牛を探せ!」解析はほのぼのしたものでした．
終了後，
塩見さんと空間統計雑談．
-
懇親会始まるまで時間ある．
とにかく知人のいない学会なんで，
過去二日間の発表を復習して，
懇親会会場でハナシができる相手を探しだそう，
という努力
……
を 1F で勉強してると，
院生など若手の皆さん懇親会などには参加せず，
続々と広島市内へ．
嗚呼，
発表者のたいはんは若手なのに．
私もいっしょに逃げ出したくなった．
-
しかしすでに 4500 円も支払ってしまったので，
懇親会会場へ．
うーむ，
人数は 100 人弱で
……
やはりおぢさんばかり．
[懇親会]
数少ない知りあいおふたり
(昨年 11 月の
鹿児島研究集会
で会ったヒトたち)
にハナシ相手になっていただく．
さらにまったく知らないヒトたちにも研究発表質問など．
「予習」は無駄ではなかった!
-
2045 懇親会会場発．
2105 広島電鉄に乗って元宇品発．
2140 宿にもどる．
-
う．
大学院生からメイルが．
いっけん利他的な連絡に見えるが，
よく読むと
「おみやげちゃんと買ってこい」
と書かれてるよーな
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
宿の朝飯．
バイキング形式．
- 昼 (1240):
大会会場で弁当．
今日は幕の内弁当．
- 晩 (1930):
大会懇親会．
あまり食えなかった．
生態学会会員だけでなく
統計学会連合のヒトたちも食重視と確認．
あっという間に料理がなくなった．
[しかし鬼のいぬ間に]
デザート & フルーツでたのですばやく確保．
そのすぐあとに長蛇の列が形成された．
2005 年 09 月 15 日 (木)
-
0650 起床．
広島滞在四日目．
朝飯．
コーヒー．
0800 宿発．
曇．
昨日も真夏日だったけど今朝は涼しい．
0807 広電市役所駅前発．
0835 元宇品着．
0850 プリンスホテル着．
統計関連学会連合大会
最終日．
-
午前前半のセッションは「時系列解析 (4)」．
最初の時系列グラフィカルモデリングは昨年の鹿児島
研究会
で聞いた発展．
二度おなじハナシを聞くとわかる部分が増える．
で，
これは生態学まわりでも使えるかも，
と考えたときに最初に検討したのは，
ならばこの
グラフィカルモデル
で与えられたモデルから「相関のある時系列の例」
を自分で生成できるかと自問してみると
……
まだまだよくわかってませんとゆー状況と判明．
そのあとの発表はさらに数学よりなものばかりで，
聞きながら生じるふわふわした感覚だけ楽しむ．
-
午前後半のセッションは「時空間統計分析」→「計算統計 (4)」
と空間統計ハシゴ．
ぢつはこれらも鹿児島で全体もしくはとりかかりを聞いたハナシばかりだった．
まあ，
上述のごとく私は何度でも聞きたいほうなんで，
別に問題ない．
いづれも実データ oriented な解析．
鹿児島後の勉強で歪んだアタマで乱暴に印象を述べると，
現時点このあたり確率場 (Markov, Gibbs, Gaussian ... random fields)
の使いかたが勝負なのである．
どの確率場を使うのか，
何を確率場にするのか，
それはホントに確率場なのか，
といったあたりか．
-
1210 ごろ終了．
総研大 (統数研) の田中さん，
東工大の坂口さん・多賀さんといった統計学院生たちと観光旅行にでることに
……
とゆーこともあろうかと札幌に戻るのは明日にしといたんだよね．
1240 バスに乗ってプリンスホテル発．
1315 JR 広島駅着．
ここまで 230 円．
駅ビル 6F で昼飯．
[よーやく……]
広島風お好み焼きにありつく．
(
田代さん
言うところの)
広島人のソウルフードである．
JR 広島駅ビル 6F 「ステップ」．
「牛肉焼き」 924 円．
まあ，
一種の「定食」なんでこの値段なのだろう．
-
1435 JR 広島駅発．
1500 JR 宮島口着．
ここまで 400 円．
1505 宮島にわたる小型フェリー発進．
170 円．
1515 宮島着．
[宮島]
まー，
いいながめだけど，
日本三景選抜の基準ってよくわからんかなとか．
-
みやげもの屋街歩いて厳島神社めざす．
観光客に対する応答において，
厳島神社シカとみやげもの屋店員のあいだに一定の類似性
(立ちどまると近よってくる，
など)
があることを発見．
(もしシカとみやげもの屋が祖先を共有してないのであれば)
平行進化として説明すべき現象であろうか．
[ちょー巨大しゃもじ]
ここのみやげものは，
もみじまんじゅう (宮島が元祖だそーで)，
アナゴ，
しゃもじに尽きるよーで．
[大鳥居]
このあたりうろうろしてるだけで，
高さ 16m で奈良の大仏より高く，
地面には固定されづ「置いてある」だけ
……
といった雑学が耳から流しこまれる．
-
拝観料 300 円しはらって本殿回廊歩いてみる．
先日の台風 14 号でやられたあとを修復中．
[厳島神社]
多重塔なるものがさりげなくあったり．
観光しーづんでもない平日午後なのに，
観光客そこそこにいる．
修学旅行生も．
-
豪壮なる厳島神社に比べて，
隣接する清盛神社 (平清盛は厳島神社建設したヒト)
のみすぼらしさにおどろく．
潮がだんだん満ちてきたので引き潮で露出してる遠浅をさっさとわたって撤退．
1655 宮島発．
1705 本土にもどる．
1715 JR 宮島口発．
1740 JR 広島駅もどる．
-
坂口さん・多賀さんはここで新幹線で東京にもどられた．
同じく新幹線で東京にもどらねばならぬはず
(最終便は 1930)
の田中さんはぢつに数学者的きちょうめんさと執拗さを発揮して，
もうひとつの「世界文化遺産」原爆ドームも訪問するとのこと．
宿はそちら方面なんで私もごいっしょする．
-
1750 広電に乗って同発．
1805 原爆ドーム前着．
「いやー，僕ひとりだったらこことか来てませんよ」
「久保さんて広島につくなりその地図とか買ったんですよね」
「そーゆー習慣なんです
……
いや，
趣味かな」
「しかし地図だけ買って現地には行こうともしないんですよね?」
「地図とその場の地理概念がだいたい対応ついてしまうと，
それで満足しちゃうんですよね
……
いちいち現場まで行かなくてもいい，と」
とはいえ，
原爆ドームは現物の壊れかたとかみるといろいろわかるね．
-
さらにツメを怠らぬ田中さんに平和記念公園のモニュメント前まで連行される．
いやー，
このあたり毎日うろうろしてるのに中に入ろうとか思ったことなくて，
ですね
……
なるほど例のアーチ型モニュメントの主軸を延伸すると
ドームにあたるよう設計されてたのか．
1830 ついに探求の「時間切れ」受け入れた田中さんとモニュメントにてお別れ．
-
さーて，
晩飯どうしようかな繁華街いくのめんどくさいな
……
と思いつつも，
さすがにまた「かまどや」弁当はイヤなんで，
めんどくさ感こらえつつ東にススむ．
ああ，
なんだか奇妙な場所に．
[お好み焼きネオンサイン]
広島わーるど．
-
晩飯もお好み焼きにする．
カウンターで熱々を食べる．
宿への帰り道，
コーヒー屋に寄ってコーヒー飲みつつ大会予稿集ながめる．
いやー，
二日と半日間にわたって，
いろいろなハナシを聞いたもんだ
……
2030 宿に帰着．
ばてた．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
宿の朝飯．
- 昼 (1400):
広島風お好み焼き．
- 晩 (1900):
[肉そば入り]
八丁堀の「
元祖へんくつや」．
700 円．
なるほど内容的には「定食」感つよいんだけど，
それを塗りつぶすがごとくに
「おたふくソース」が (良くも悪くも)
ぢゃんくファストフード性を強烈に主張してるんだな，
と
……
2005 年 09 月 16 日 (金)
-
0710 起床．
いかんちょっと寝すごした．
広島滞在五日目．
といっても今日は札幌に帰るだけ．
撤収の準備．
荷物ぜんぶもって出る．
朝飯．
コーヒー．
0757 チェックアウト．
曇．
今日も涼しい．
-
宿
ウェルシティ広島
前からタクシーで JR 広島駅新幹線口のバス乗り場へ．
いや，
時間的には広電でも間に合うんだけど，
通勤通学時間帯にあのせまい路面電車車内に
ややかさばる荷物おしこむ度胸なかったもんで．
0813 新幹線口着．
ここまで 1360 円
(広電なら 150 円)．
空港いきリムジンバスの切符買う．
1300 円．
-
0820 同発．
バスの中ではひたすらぢっとしている．
0905 広島空港着．
とりあえず航空券チェックイン．
時間によゆーあるんで，
のんびりする．
1000 JAL3401 便搭乗．
帰りも MD-90 か．
1015 離陸．
[MD-90]
``JAS'' 塗装のまま．
JAL 解説
によるとエンジンとか延命改装したよーで．
左 2 列 + 右 3 列のこぢんまりとした機体．
-
北海道まで 2 時間ぐらい．
機中では Lee Bayesian 本
(Bayesian Statistics: An Introduction 3rd ed.)
ながめる．
よく晴れてたんで，
1140 渡島駒ヶ岳の実物を初めて見た．
なぜか千歳まわりをぐるぐる周回して着陸がおそい．
1205 着陸．
-
手荷物回収して，
1234 新千歳空港発．
行程 37 分間のはずが少しおくれて 1315 JR 札幌駅着．
途中で昼飯調達して 1335 研究室着．
かとーオフィス鍵がなくて困る．
あとでこれはかとーさんが私に試練あたえるべくカギを持ち出して外出してた，
と判明．
-
広島みやげを雪野さん・三浦さんにもっていったら甲山さんいたんで，
30 分ほど雑談．
昼飯．
-
昼飯くったらすぐにセミナー室に出頭せよ，
と M1 女性大学院生三人衆によびだしくらったんで，
おそるおそる行ってみると
……
阿寒実習の
ミミコウモリ
データ解析のつづきでしたか．
これがぢつに，
4 人がかりで
6 時間以上とりくむことに．
-
「ミミコウモリの開花する・しないは何で決まるか」
とゆー logistic 回帰
(R の
glm())
な単純なハナシなんだけど，
すごく難しかった．
また多くの教訓をえてしまった．
-
もっとも重要なのは，
stepAIC()
は信用するな，
というもの．
理由は
stepAIC()
が発見してくれたやつより，
さらに良い (多くの場合「さらに簡単な」)
モデルがすぐに見つけられる場合があるから．
-
AIC によるモデル選択 (一般化線形モデルの変数選択)
を自動化してくれる
stepAIC()
はちょー強力・便利きわまりない道具なんだけど，
自動「モデル簡単化」の手順に制約を設けていて，
「あまり簡単ではないモデル」
が最良モデルとして選ばれる場合がある．
具体的な状況としては，
たとえば二種の植物種 (s) とすみ場所 (h)
における開花について調べてるときに
-
植物種 A & すみ場所 X: 開花数小
-
植物種 B & すみ場所 X: 開花数大 (ここだけ違う結果)
-
植物種 A & すみ場所 Y: 開花数小
-
植物種 B & すみ場所 Y: 開花数小
というふうに (素朴な) 線形モデルのたぐいでは
あまりうまく現象を記述できない
ような場合だ．
-
というのも
stepAIC(glm((開花) ~ s * h, ...)) で選ばれる推定結果は
-
植物種
s == B
は開花しやすい (推定された係数の大きさ
+b とする)
-
すみ場所
h == Y
は何か効果ある? (係数の大きさがゼロにちかい)
-
交互作用
s:h == sB:hY
は開花しにくくなる
(大きさ -b
…… これは s == B
の効果を打ち消すだけのために出現した量)
つまり logit(開花) ~ (Intercept) + s + h + s:h
という 4 パラメーターモデルが最良になるだろう．
-
ここで説明変数
h (すみ場所)
の係数なんかはほぼゼロの値であっても残ってしまう．
stepAIC()
では s:h が残ると h
の効果ありなしについては検討しないからだ．
-
簡単に見つけられる
(
stepAIC() なやつより)
よい線形モデルの例としては
logit(開花) ~ (Intercept) + sBhY
という 2 パラメーターモデル，
この
sBhY は
s == B
かつ
h == Y
のときのみ TRUE
になるような boolean 変数である．
-
これは
stepAIC()
が悪いわけではなく，
線形モデル・一般化線形モデルとはそういったものなのである．
しかしながら，
上の例で示している現象には強い非線形性
があるので
(変数そのまま列挙しただけの素朴な)
線形モデルのたぐいではうまく表現できていない
……
そういうことだ．
しかし我々はアタマがかたいのでこれを一般化線形モデルでなんとかしよう，
とするわけだ．
-
glm() 使うマシな方法としては
(stepAIC() ではなく)
「s == B かつ h == Y」
の場合だけちがう，
という「場合わけ」を R に自動的に探索させる
(計算生態学自由集会 2004
の久保発表参照)
というのも可能だ．
しかしこの方法はちょいめんどくさい．
-
次善の策としては「場合わけ」を手動で探索する，
というもの．
(私はあまり好きでないんだけど)
glm() 連動の z 検定の結果を参考にしつつ，
手さぐりの探索を試みてみよう
(z 検定そのものは変数選択には使えない
……
理由: これは「検定」だから)．
-
まず
stepAIC()
を素朴に用いてみる
-
すると
(上の例のごとく非線形性が強い場合には)
logit(開花) ~ (Intercept) + s + h + s:h，
h
がほぼゼロ，
s と s:h
が打ち消されるような，
解釈不可能な複雑なモデルが選択される
-
この選択されたモデルを
summary()
してみる
……
すると係数の推定値とその推定のばらつき (SE)，
この両者から導出される z 値と z 検定の p-value
が表示される
-
ここで推定値がゼロに近いわりには SE がでかい係数は
「ホントはゼロかも (つまり効果ナシかも)」
と疑われるべき連中であり，
z 値の絶対値が小さくなり z 検定 p-value が大きくなる
(この例だと
h の |z| 値が小さい)
-
この
summary() 結果みながら，
(上でのべた)
sBhY
のような新しい説明変数が作れないか検討してみる
(このあたり，
一種の非線形モデリングを試みているのである)
-
その新しい説明変数を使って
glm((開花) ~ sBhY, ...)
を推定させてみる
-
この AIC が
stepAIC() 最良モデルより
さらに小さければ，
この logit(開花) ~ (Intercept) + sBhY
が (AIC で評価される世界において)
よりよいモデルである
(stepAIC() の能力の限界を
手動で補正している，
ということ)
いやはや，
線形性がないのに無理に
stemAIC(glm())
するといろいろ面倒な
……
-
あとは
「logistic 回帰とは何か」
というとても基本的な (しかし他では聞けない) 解説だの，
推定結果の logistic 曲線をうまく作図してデータとあわせるだの，
いろいろな小ワザの説明だの
……
で 2030 すぎに終了．
-
2120 研究室発．
大学院生たちと晩飯．
2220 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
[旅のぜいたくは朝飯]
ということで毎朝 1000 円も支払って，
こういうの食べてました．
私は酒飲まないんで
「1000 円といったって，
なーにビールジョッキ二杯ぶんだ」
と強がってました．
クロワッサン・ナゾの野菜ジュース・香草いりソーセイジ・
酸味あるヨーグルト・エスプレッソ
……
などがうまかった．
- 昼 (1430):
研究室お茶部屋．
「ほっかほか亭」
幕の内弁当．
470 円．
- 晩 (2130):
喜和苑
の担々麺．
600 円．
2005 年 09 月 17 日 (土)
-
0810 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業
……
とゆーかぎょーむ日誌かき．
-
1235 自宅発北大構内走．
曇．
すこし雨ふり．
1355 帰宅．
体重 72.4kg．
昼飯．
-
1510 自宅発．
曇．
1525 研究室着．
お茶部屋雑談．
-
放置してた雑用というか雑多メイル処分にとりくむ．
今年も 10/10 に北大駅伝あるそーで．
-
生物圏専攻科のおしらせ掲示板，
これは tdiary
で動いてんだけど，
Wiki style の書式に関する質問と機能追加要請．
機能追加に関しては
/usr/local/share/tdiary/tdiary/
の
wiki_parser.rb
と
wiki_style.rb
を改造する必要あった．
tdiary の version update のときには，
うっかり消さないように気をつけなくては．
-
ところでその専攻科掲示板みて気づいたんだけど，
今年度も「多様性生物学基礎論」なるものがあり，
1/23 と 1/25 が私の担当，
となっている．
今年度の M1 むけ
統計学授業
はすでにやったつもりなんだけどな．
どうしようかな．
-
生態学会さーばー雑用．
某委員会でパスワード認証やりたいそーで．
設定やりなおす必要ある．
/etc/httpd/conf/httpd.conf
内に複数ある
AllowOverride None
のいくつかを
AllowOverride AuthConfig Limit
とする．
/etc/init.d/httpd restart
-
次の生態学会さーばー雑用．
しかし上記のごとく
restart
したらまた CGI うごくようになった．
すごく不本意なんだけど，
毎朝 0400 ごろに httpd
を再起動する設定にしてみる．
阿呆阿呆だ．
-
mod_perl
がくさいと思ってたんだけど，
そうではなかったのか
……
ちなみにいま使われてるもぢゅーる一覧だすにはどうしたらいいんだろう?
server-status
表示すればいいのかしらん，
と httpd.conf
書き換えて表示させてみたんだけど，
これは負荷表示みたいなやつだけだな．
-
ITmedia の記事
1
/
2
を参考にすると
/usr/sbin/httpd -l
で表示されるハズなんだが
……
これはコンパイル時にくみこまれたやつらの表示か．
-
そしてミラーリングあり server への移行の件だが
……
連絡てちがいというか，
やはりとゆーか，
当方がぜんぶ引っこし作業やれってことだよな．
DNS まわりも含めて．
やれやれ
-
これはひとくぎりついた
……
ことにして，
次．
苫小牧でんどろ論文まわり．
うーむ，
やはりこの季節になると何もかも一気に，
というか私にとっては「雪どけ」のようなもんでしょうか．
あるいは，
洪水とゆーか，
鉄砲水とゆーか
……
-
2140 研究室発．
買いもの．
2210 帰宅．
晩飯の準備．
[赤と黒]
青森県産アカネリンゴと「代打機」 ThinkPad 240Z．
昨年は台風 18 号のせいでリンゴがやや高かったよーな気がするんだが．
今年はどうだろうか．
北 12 生協ふくろ詰めほうだい 398 円．
-
ThinkPad といえば昨日になってよーやく修理のみつもりきて，
ThinkPad X31 motherboard 交換 40000 円弱，
だそーで．
まあ，
廃棄処分にするのもなんなんで修理してもらうことに．
-
そして昨日といえば，
みやげもの (お菓子) の多様性とお茶部屋における減少速度の関係について，
いくつかの結果が得られた．
「多様性たかいほど減少速度が速い」
ようだ．
というのも，
N 種類のお菓子あるとき，
お茶部屋でこれらを発見した院生の挙動は
「全部ひととーり食べてみよう」
なので，
減りが速いのである．
-
晩飯．
-
9/4-9/5 の Gmail spam filter 不調
(あるいは「学習途上段階」)
において，
いくつかの連絡メイルを消してしまった，
と判明．
その後は spam mail directory は注意して監視してるんだが
……
さらに Gmail は二週間前より false positive
判定だす確率がすごく低くなってはいるんだけど．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0850):
食パン．
- 昼 (1440):
蕎麦．
- 晩 (2330):
米麦 0.7 合．
キャベツ・ニンジン・マイタケ・豚レバのシチュー．
2005 年 09 月 18 日 (日)
2005 年 09 月 19 日 (月)
-
0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
昨日からの生態学会さーばーひっこし，
残されたうち最大のめんどうである「データ移行」について検討する．
これってつきつめて考えれば，
現在稼働中の新潟大会サイトさえ無事に移動できりゃあとはどうでもいいんだよな
……
とゆーか新潟サイトがひっこしできるなら，
他のどうでもよいところも移動できてるはずで．
新潟のそれは XOOPS
(づーぷす)
で動いてるんで，
単純にやっても動かん可能性ある．
-
まあ，
生体肝移植ほど難しいわけでもあるまい，
などと考えつつ
1045 自宅発．
晴．
1100 研究室着．
-
旧さーばー DNS server から新のほうは参照できるか?
設定やってみたけど，
外からはひけない．
単に refresh interval が長いだけなのか，
それとも他に原因あるのか．
まあ，
これはうまくいかなくてもそんなに困らないんだけど．
「内側」からはとうぜん引けるし．
-
新潟大会 xoops file どもを調べてみる
……
cache/
と
templates_c/
以下は www.www の所有，
か．
images/
以下の一部も同様．
-
新旧さーばー間で
root
による ssh
交信の可能性は
……
と /etc/ssh/sshd_config
調べてみたら，
なーんだ最初から PermitRootLogin yes
にされてるぢゃん．
いいのかねぇ．
-
と思ったら，
じつはあらかじめ
/root/.ssh/authorized_keys
にもとぢめ (?) SMTP server の DSA pubkey
なるものが記載されてあった．
こりゃどういうこと?
といぶかしみつつも，
旧→新パスワードなし通信を可能にする設定．
-
新旧さーばー間で同期をとる
rsync
準備．
ここは慎重に sh script 書いて，
とやったのに先方の host 名かきわすれたまま実行してみたり，
ですね
(肝が冷えた)．
で，
やってみると
……
おお，
uid が全部自動的に正しく mapping されている!
-
これは考えてみればあたりまえのことで，
この uid mapping 機能
がなければ
rsync
なんてできやしない．
そして今回はあらかじめユーザーを全部準備
(これが昨日の作業)
したうえで，
root
で無理やり rsync
したから「完全な射影」が実現したわけだ．
いやー，
できて当然なんだけど，
すごい．
-
ちなみに全データ転送速度は 10 秒未満．
むちゃくちゃ速い
……
まあ，
物理的距離もすごく近いマシンどうしの通信だったんだろうけど．
-
TurboLinux appliance server の呪いというべき，
user まわりちょー複雑 symbolic link のはりなおし．
これは半自動・半手作業というぐらいのやつで，
ちょっとまたうんざりする．
まあ，
GUI とかでやらされるより 100 倍マシだけど．
-
名前解決は局所的にしかできてないんで，
新旧さーばー内から
w3m
(これまた Turbo8 rpm おきばからダウンロードせねばならなかった)
を使って動作チェック，
とくに新潟大会サイト
……
づーぷす (これは PHP based なやつ) はうまく動いているかのように見える．
竹中さんが苦闘しておられる CGI まわりも
(現時点においては)
OK か．
-
とゆーことで，
動作確認あれこれと namerserver 移行を残して作業はほぼ終了か?
とりあえず昼飯．
-
データ移行がちゃんとできてるかの確認．
そうか，
この Turbo... において
/var/spool/mail
の実体は
/home/spool/mail
だからこれも rsync
せんといかんな．
-
というか，
新さーばーで
/home/
以下を削除してまるごと rsync
すりゃよかったかな．
いささか乱暴だけど．
-
一時間ごとに自動的に旧→新と
rsync
する sh script を /etc/cron.hourly
に．
こりゃ便利だ
……
って自分で感心してどうする．
-
DNS の設定変更してみる．
つまり現時点では旧 server の DNS server
が正引きに対応してるわけだが，
これの返信を新さーばーの IP アドレスとしてみる．
これって結構いいアイデアだよね．
いつ namerserver 登録が変更されても自動的に対応するから．
しかし，
北大にはなかなか伝搬しない．
-
よくわからんけど関係者に「移行中」メイルだす．
まあ，
つまりいま変な挙動が観察されてもさわぎたてるな，
と．
-
ついでにレンタル server 屋に
「nameserver
登録内容変更」
依頼のメイルもだす．
-
新さーばーでの
/etc/httpd/conf/httpd.conf
の変更．
つい先日
やった AllowOverride まわりとか．
おっと
<Directory /home/*/public_html/>
ではなく
<Directory /home/*>
にせんといかんな．
-
……
ここらでひととーり作業終了したか?
毎日毎日バックアップとりとかに
rsync
使ってるわけだが，
かかる非日常的な作業においてもスグれものなんだよね．
データ移行に関してはすごくうまくいった．
ひとまず終了．
-
お，
新さーばーにもぼちぼちとアクセスが移行しつつあるな．
北大ではまだ上述のドメイン名変更が伝わってきてないんだけど
(
dig で調べてみると北大ではあと
17 時間
ほど変更されん，
ということのよーで)，
たぶん 1-2 日中には (世界中で) 完全に移行するだろう．
何ごとも問題が生じなければ．
-
ネット雑用にケリついたと思ったら，
何もかもやる気なくなった．
ThinkPad 240Z (Celeron 500MHz)
でカーネルを (ゆっくり) コンパイルさせつつ，
研究に直接関係ない論文とかながめてみたり
……
1850 研究室発．
1905 帰宅．
-
帰宅してネットにつなぐと，
こちらの DNS はすでに新さーばーのそれに変更されている．
で，
いろいろ見てみたんだが
……
新潟大会サイト白紙状態．
私のアタマの中も真っ白．
-
落ちついて考えなおしてよーやく気づいたんだが
……
XOOPS (づーぷす) はこんてんつデータベイスとして
MySQL 使ってるからってんで，
わざわざ昨日 MySQL 設定やってんのに，
かんぢんの MySQL データ移行してない．
いやはやー，
と激しい脱力感をこらえつつデータ格納場所さがしてみると
……
あった，
/var/lib/mysql/taikai53．
これも rsync
できるようにしてデータ移行．
新さーばーで /etc/init.d/mysql restart
……
ようやくのことで新潟大会サイトが
復旧した．
およそ三時間ほど白紙状態だったわけだな．
-
やれやれ，
私が最初のデータ移行時に
w3m
でチェックしたときに目撃したのは XOOPS が
(その時点で元データから PHP が生成したのではなく)
以前に作っておいた「キャッシュ」 HTML file だったんだな．
みごとにだまされた
……
-
ばてた．
ぼやの段階で消火に成功，
って状況でしょうか．
-
2155 自宅発北大構内よろよろ走．
よろよろ．
2235 帰宅．
体重 73.6kg．
うーむ，
太ってるというより，
体内に水分がとどこおってるかんぢ．
むくんでる?
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
米麦 0.6 合．
ネギ・ピーマン・卵炒飯．
海藻スープ．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
ネギ・ピーマン・卵炒飯．
海藻スープ．
- 晩 (2330):
米麦 0.8 合．
ネギ・モヤシ・豆腐・煮干の味噌汁．
2005 年 09 月 20 日 (火)
-
0650 起床．
朝飯．
コーヒー．
0810 自宅発．
晴．
0825 研究室着．
-
雑用処理のつづき．
生態学会さーばー雑用に関しては
……
現状をモニターしてみると，
95% 以上のアクセスは新さーばーに流れこむようになっている．
北大，
とゆーか闇ネット DNS server の更新まであと二時間ほど残してるんで，
named
まわりの設定を少し変更．
お，
更新された．
-
しかしまだ DNS 変更されてないところもあるだろうから，
この問題の関係者への連絡はあとまわしにする．
-
別のネット雑用．
論文セミナーの ML 登録．
なンか参加者が少ないな．
皆さん，
「夏休み」ぼけか?
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次．
北大事務雑用処理．
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片づいたと思ったらいきなり専攻科掲示板質問．
こりゃまためんどうなことになりそうな
……
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と思ったら生態学会事務局．
メイルがとれません，
ですか．
おかしいな，
と調べてみるとなぜかしら POP server が動いてなかった．
ヘンですなあ，
といぶかしみつつ修復 & 連絡．
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と思ったら今度は
atserver
(アライブネット)
から．
nameserver 登録変更してやってもいいけど，
www なるホストがないから web site がつながらなくなるぞ，
という趣旨不明なモノ．
あのー，
新さーばーの /var/log/httpd/access
みるかぎり，
すでにほとんどのかたはこちらの新 web site にアクセスできてんですが．
とりあえず，
逆質問メイル．
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う．
また生態学会事務局から．
サーバー引っ越しにともなうメイルアカウント構築について，
また別の単純ミスのご指摘
……
ほらね，
だから「GUI 上の手作業」はダメなんですよ，
と言いたくなるわけなんですが．
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また
atserver
から連絡．
先ほどのは誤報．
WHOIS 登録
変更ずみ
……
って客が不審尋問してんだから，
確認とってから変更しろよ
……
しかしいちいち確認されてたら，
それはそれでうっとうしかったかも．
なにしろ
データの取り残し等が御座いましたらこの期間内に御取得願います。
というふうにやたらと「御」を好む御丁寧なるヒトたちだからなぁ．
旧さーばーは 9/27 (火) に閉鎖．
すでにここにアクセスできるのは私ぐらいしかいないんだけど．
一時間ごとの旧→新データ自動 rsync
もそろそろヤメるか．
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えーと，
この
nameserver 登録の影響が世界中の DNS server におよぶかどうか，
明日にでも点検せんといかんな．
まあ，
旧さーばーの DNS server も今後一週間は redirection
には貢献してくれるわけだが．
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生態学会さーばー雑用，
一気に片づけるか．
毎日自動バックアップスクリプト，
この研究室のサーバーに使ってるやつを改造して，
自動的に動作するように設定．
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今回のひっこしとやらは
「ミラーリング」つきの機械に交換したために生じたどたばたで，
この RAID 機能があるならば，
/home/hogehoge
のバックアップを
/home/backup/hogehoge1
にとるという
一見完全に無意味
なバックアップも意味がある，
はず．
正副円盤どちらかがコワれたときに，
自動的に予備の円盤にきりかわるからだ
(さーばー屋の言うことをマにうけるなら)．
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ともかく必要なプログラム
(といってもヘボい自作 Perl スクリプト)
を準備して，
動作試験．
ふーむ，
ここでも
rsync
活用してるんだけど，
こりゃまためちゃくちゃ速いね．
一度とったバックアップの更新は 1-2 秒で終了．
これを /etc/cron.daily/ に設定．
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さっさとこの生態学会さーばー引っ越し雑用とテを切りたかったんで，
早々に関係者に「移行は無事に終了したハズです，
確認おねがいします」
メイルをだして，
(連絡のため一時的に加入していた)
メイリングリストからもさっさと逃げ出す．
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とおもったら，
事務局の事務員さんがメイル 14MB もためこんで
「これ以上メイルうけとれん」
と
quota
にハジかれてるし．
Microsoft おひすファイルつきまくりの巨大メイルを
「さーばーに残す」
設定はやめてくださいお願いメイルおくる
(もちろん別の事務員のかたに)．
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雑用は集中する．
甲山さんの
Gmail
設定とか．
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最初の雑用にもどって，
専攻科の掲示板問題をてきとーに片づける．
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昼飯くおうとしたら，
甲山さん Gmail 雑用のつづき．
そうか Gmail って
smtp.gmail.com
でメイル送信もできるんだ．
SSL 認証が必要だけど．
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1410 ようやく昼飯．
昼飯後，
院生のゐんどーづ機に
Tinn-R
インストール & 設定．
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なんかぼーっとしてきた．
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生態学会さーばー引っ越し雑用:
とりあえず終了
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専攻科掲示板雑用:
とりあえず終了
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しかし余震のおそれあり
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北大事務雑用:
あとは写真ファイルの提出だけ
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ぎりぎりにするか?
めでたしめでたし
……
と油断した瞬間に，
また一個追加．
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科研費申請の準備か．
雑用ストーム止まらず．
まあ，
今回から新しく
「科学研究費補助金事業応募者情報登録」
なるアカウントできたらしいからちょっと確認してみるか
(すでに登録ずみなんだが)．
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電子申請のご案内
……
って，
あいかわらず PDF ファイルばらまきなペイジなわけね．
本朝お役所にこれ以上を求めるのは無理なんだろね．
とゆーか，
上記リンクの
トップペイジ
のほうがわかりやすいと思うんだが．
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で，
わかったことは
……
電子申請といっても
公募要領・研究計画調書等のダウンロードページ
なるところにいったんトバされ，
そこで「様式」とやらのファイルダウンロードしろとのお達し．
これが例年と異なるのは，
あのケイ線まみれな「表紙」が web 入力になった，
というあたりか．
「様式」は申請時に upload するらしい．
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「様式」ファイルフォーマットは，
いつものごとく PDF，ゑんどーづわーど 2000，一太郎 10，
よくわからん Mac 用わーどか．
例によって使いものにならん．
ということで，
今年も LaTeX 用の
科研費マクロ
(うん?
こちらのサイト
かしらん?)
のお世話になりそう．
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だいたいどうすればいいかわかった．
ともかく科研費まわり北大地環研の
局所的な
締め切りは来月 17 日 (月) なんで，
もうちょい置いといていいか．
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はい．
雑用終了．
終了といったら終了．
時刻はすでに 1600 すぎ．
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データ解析こんさるがらみの勉強
……
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わ．
また生態学会事務局．
メイルがらみとらぶる．
調べてみると，
いかなる手管によるのか知らんけど強引に旧さーばーメイルスプールに
通信文をねじこんでいたので
「メイルとどきません」
状態だったわけね．
多少注意ぶかく処理する必要あるんで
rsync 使えず．
手作業で片づける．
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ああ，
しかし
quaota
がらみで挙動がヘンだ．
なぜ不要ファイル削除したのに
(腐れ)
sendmail
はちゃんと配送しないんだ?
テストメイルだしては
/var/spool/mail/
の様子をみる，
といったわけわからん作業
(一人でやるキャッチボールというか)．
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どーにかこーにか片づく．
今日も雑用ばかり，
だった．
明日からはまともな生活に復帰しよう．
1930 研究室発．
2000 帰宅．
晩飯．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0740):
米麦 0.7 合．
卵炒飯．
ネギ・モヤシ・豆腐・煮干の味噌汁．
- 昼 (1410):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ネギ・モヤシ・豆腐・煮干の味噌汁．
- 晩 (2150):
バゲット．
ピーマン・ニラ・エノキダケ・サケのシチュー．