ぎょーむ日誌 2004-11-(01-10)
2004 年 11 月 01 日 (月)
-
0750 起床．
朝飯．
コーヒー．
0850 自宅発．
曇．
0900 研究室着．
-
52 時間ほどかけて苫小牧直径成長推定計算 (新データ)
が終了．
予想したより計算時間が短かった，
と思ったら
……
ミズナラ (QC) 計算がトバされてる．
データをみると，
個体 2120 の 2002 年の DBH だけが欠測になってるのが原因，
と特定できた．
とりあえず，
そういう個体は除外して再計算をやらせてみると同時に，
苫小牧ボスにお尋ねメイルだす．
-
じつは上の「計算とばし」は wiki 上に結果をアップロードしてる
最中に気づいたんだよねえ
……
このあたりの作業，
半自動化になってるわけだがそのへんの関連プログラムの使いかた，
すっかり失念していた．
いろいろぢたばたしたり，
とばしに気づいたり，
お尋ねメイルとか出したりしてると，
時刻はすでに 1030．
いやはや．
-
ミズナラ推定再計算，
所用時間は 6-7 時間，
というところか．
つまり今日の夕方終了だな．
-
またぢりぢりと鹿児島準備．
-
いつものごとく，
苫小牧ボスから修正策のご指示いただいたので，
それにあわせて計算やりなおし．
時刻は 1107．
-
1305-1335 北大構内走．
曇天．
昼飯．
-
昼飯後もぢりぢりと準備．
作図プログラムといったゆーがなコトやってる
時間も失われてしまったので，
ドロー系ソフトウェア Tgif
(これって Unix 界では 20 年ぐらい使われてんぢゃなかろーか
……
と思ったら最初の version は 1990 年だった)
なんかで書いて EPS 出力，
LaTeX にとりこみ．
-
図はひととーりそろってきたか?
-
ばててきたんで
1920 研究室発．
1930 帰宅．
体重 73.4kg．
晩飯．
-
晩飯後も作業．
-
2140 ミズナラ再計算終了．
予想より計算時間ながく，
10.5 時間というところ．
つまり，
新データのもとで 7 樹種推定
(アオダモ & ミズキが却下され，
ウダイカンバが追加された)，
合計約 62 時間かかる，
ということか．
-
さっそく Perl & R に作らせた報告と図を
Wiki 上に更新
(全樹種そろわんと更新できないわけで)．
また作図プログラム・感度解析プログラムの
微修正に苦闘する．
[ミズナラ 6 月の成長]
樹木個体数を増やすと
-
気象変量に振り回される年変動
-
非単調なサイズ依存性
両方を「個体差」の影響こみで推定できている，
とゆーかんぢで．
-
すると，
苫小牧ボスよりさっそくメイルいただき，
ミズナラはこれで良さそうだけど，
オオモミジに怪しい一個体あり，
とのこと．
送っていただいた「外れ値チェック図」
はなかなか巧妙で，
たしかにアブなそう．
-
オオモミジは個体数おおくないんで，
この影響は大きいかも，
ということで
……
また計算やりなおすことに
(オオモミジだけ)．
まあ，
明朝までには終わるか．
-
これとは別に，
モデル選択 (変数選択)
の手順はこれでいいのか，
という懸念もある．
自作関数でこのあたり処理してるわけだが
……
まあ，
高速化を実現したあとでないと，
改善策を検討できないな．
-
もう 2400 すぎですよ．
夜中にバグとりやったりしたんで，
現在アタマの「電源の切れる準備」中
(時間かかる)
……
-
[今日の運動]
-
北大構内走 1305-1335．
ストレッチング．
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 5 ×
3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
- 昼 (1350):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
キャベツ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
2004 年 11 月 02 日 (火)
-
0820 起床．
朝飯．
コーヒー．
0910 自宅発．
曇．
0920 研究室着．
-
やはり予想どーりというべきか
……
オオモミジ推定計算は「外れ値」な一個体の挙動に
ふりまわされていたわけか．
修正計算結果をアップロード．
気象依存性の感度解析に手こずり，
ひととーりアップロードして，
推定計算のルーチンを再開したのは 1040．
-
準備ぢりぢり，
と．
-
昼飯くおうとしたら日浦さんあらわれる．
11/22 (月) の苫小牧でんどろ会議は朝からやる，
とのこと．
前の晩から泊まりこもうかと思ったんだけど，
調べてみたら札幌 0649 発で 0722 苫小牧着ってのがあるな
(南千歳で乗り換え)．
このへんの汽車で十分まにあいそうだ．
-
準備ぢりぢり．
-
1500 より
講座セミナー，
本日は D3 赤坂君の駒ヶ岳カラマツ伸長の解析
……
本人はこれを侵入種モノ，
と位置づけているわけだが．
内容的には先月の中ごろに苦闘計算してたアレ，
である．
軽く「するー」するはずだった菌根問題，
けっこう穴にハマりこんでしまってるようにも思えるんだが．
-
セミナー終了後に準備作業つづけてると，
また苫小牧からの突然のお客さん
(本日は福井さんの D 論公聴会があったため)．
えー，
他ならぬ苫小牧ボスこと鍋嶋さんである．
今朝アップロードしたオオモミジ再計算の結果と，
げんざいドロなわで進捗中の鹿児島発表の内容を検分していただく．
しかし，
びっくりした．
-
作業つづく．
2040 ひとまづ投影資料はひととーりできた．
内容点検．
-
2 時間ほどかけて要旨なる 4 ペイジほどのメモ書く．
と言っても半分以上は以前に書いた
混合モデル解説文の流用なんだが．
-
紙切れセット 35 部の複写終了．
2330 研究室発．
ちょい雨．
2340 帰宅．
晩飯．
明日の出発準備
……
って，
すでに今日ぢゃん．
-
鹿児島からはネット接続できん可能性あり．
というのも，
幕府の通信傍受を防ぐ独自の薩摩プロトコル対応ネットしかなくて，
Linux-2.4.27
カーネルではまだ experimental なモジュールしか開発されてない．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.7 合．
キャベツ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
- 昼 (1340):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
キャベツ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
- 晩 (2400):
米麦 0.7 合．
キャベツ・ニラの卵とじ．
2004 年 11 月 03 日 (水)
-
0555 起床．
眠い．
風邪ぎみ．
朝飯．
コーヒーやめとく．
こういう体調で飲むとロクなことないんで．
0625 自宅発．
晴．
-
0640 JR 札幌駅着．
自動チェックイン機で航空券のチェックイン．
0649 快速エアポートに乗って同発．
0726 新千歳空港着．
-
さて，
検問突破だが
……
計算機だしとけ，
とか指示してあるんでそのとーりにする．
そのへんは問題なかったんだが，
小さいプラスドライヴァーが引っかかった．
「プラスなら良い」
とのことでそのまま通過．
マイナスならダメだったわけ?
-
0750 ANA702 便名古屋行きに登場．
B-737-500．
イルカエンジン．
小さい．
0802 離陸．
ひたすら寝てた．
今回は寝不足 & 乗物の組み合わせによって
胃のあたりがキモチ悪い，
というようなことはない．
コーヒー飲まなかった御利益か．
0945 小牧空港着．
[B737-500]
なーんか，
B737 って他の機種より延命努力がはらわれてるよーな
……
-
なぜかここで乗りつぐのが，
朝札幌発→鹿児島では最速なのである．
といっても 1 時間ほど待つわけだが．
しかもいったん出口から外に出されてしまった．
日本国旅券とか持ってなくて，
どうしようかと思ったんだけど，
乗りつぎなら入国審査とかしなくていいようで．
-
しかし検問は再突破せんといかん．
今回は計算機については特に指示なし．
しかしくだんのプラスドライヴァーは没収されてしまった．
たぶん中小工場の多い国・名古屋においては，
こういった工具が人気のある殺人用具で，
そういった事件が毎日のように頻発しているからだろう．
-
といったごたごたののち，
しばらくのんびりする．
小牧空港，
晴．
-
1225 鹿児島空港着．
空港リムジンバスに乗って
1240 同発．
気温 20°C 以上ありそう．
夏だ．
バス 1200 円．
-
1330 鹿児島中央駅着．
1340 鹿児島市電に乗って同発．
1355 郡元着．
市電はひと乗り 160 円．
[鹿児島市電]
いろいろなタイプの車輌が走っていた．
-
1405 研究集会
会場着．
すでに最初のハナシは始まっている．
-
本日の午後はこういう内容．
(1) 14:00--14:50「LatiiceデータのEchelon解析とその応用」
石岡文生*(岡山大自然科学)・栗原考次(同環境理工)
(2) 14:50--15:40「未定」 鎌倉稔成(中央大理工)
(3) 16:00--16:50「fMRIデータにおける脳波からの線形、非線形応答」
三分一史和(理化学研)
(4) 16:50--17:40「A further study of t-distributions on spheres」
加藤昇吾*(慶應大理工)・清水邦夫(同)
個別にコメント記録するのはしんどいので，
全般的に．
-
空間分割問題に関して，
分割アルゴリズムなどはいろいろと考えられていて
興味ぶかい．
しかし分割・併合規準については
とくに新しいものはない．
GCV は AIC よりマシか?
-
でこぼこ三次元を二次元 {0, 1} に射影したときにできる
黒・白分割パターンの特徴づけに，
Euler characteristic
(オイラー標数;
それぞれのクラスター数の差)
なるものが使えるらしい
(期待値の計算など)．
-
各点独立と考える画像解析は，
アヤしい．
とくにあれこれ変換したあとは．
しかし変換して「標準化」しないとまったく
使いものにならないらしい．
-
NeuroImage なる Journal がある．
そして fMRI
の世界は
SPM
なるソフトウェアに支配されてるそーで．
SPM paradigm.
-
数学者は使いみちを考えずに，
新しいものを創造する．
-
あとでお尋ねしたところ，
円周・球面上の確率分布が定義できたところで，
それを使った推定論・検定論はユークリッド空間の
アナロジーで考えてはいけない，
とのこと
(そもそもここでは検定とか意味ナシ
--- おそらく「端」がないから)．
推定量の構成などもちっとも自明ではないらしい．
1750 終了．
間瀬さん・西井さん・島谷さん・坂口さんと，
県庁うらの薩摩料理屋へ．
R
談義とか．
あの Ripley 御大がゐんどーづ版 R のほとんどを開発した，
といった驚くべきハナシなど伺う．
1955 鹿児島の宿，
ホテルウェルビューかごしま
着．
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 5 ×
3 回．
[今日の食卓]
- 朝 (0600):
シリアル．
- 昼 :
食ってない．
時間もなかったし気分よろしくなかったので．
- 晩 (1830):
運動公園湾側の和食屋「さつま路」．
[さつま定食]
県庁うらの薩摩料理屋
さつま路．
2200 円．
銀色に輝くキビナゴ刺身とか
(酢味噌で食う)，
よく煮込まれた「とんこつ」
(ブタの肋骨)
などがうまかった．
2004 年 11 月 04 日 (木)
-
0700 起床．
朝飯．
コーヒー．
また発表内容の確認．
-
0840
鹿児島の宿，
ホテルウェルビューかごしま
発．
晴．
県庁とおりぬけ．
0850 会場着．
-
今日の発表はこんなかんぢで．
(5) 9:00-- 9:50「空間的従属性を考慮した小売店舗商圏の
セグメンテーション」里村卓也(大阪大経済)
(6) 9:50--10:40「美容室データを利用した顧客の来店行動に
関するマーケティング分析」小西葉子(京都大経済)
(7) 11:00--11:50「小地域データを用いた多項選択モデルの推定」
吉田あつし*(筑波大システム情報工学)・鈴木剛英(同)
(8) 13:00--13:50「局所性をもつSTARモデルに基づく海中のクロロ
フィル濃度分布の予測」
甫喜本司*(北大水産科学)・清藤秀理(同)・
齊藤誠一(同)・藤井光昭(中央大研究開発機構)
(9) 13:50--14:40「樹木の直径成長の統計モデルの紹介」
久保拓弥(北海道大地球環境)
(10) 15:00--15:50「血縁関係をマークとするくり返しCox過程と
その植物個体群への応用」島谷健一郎(統数研)
(11) 15:50--16:40「クロスバリデーションの多変量時系列グラフィカル
モデリングへの応用」
松田安昌*(新潟大経済)・矢島美寛(東京大経済)・
Howell Tong(LSE, Dept. Stat.)
また全般的に．
-
マーケティング分野での統計モデルの使われかた，
データベイス・GIS・推定計算などの道具の使いかたは
たいしたもんだけど，
それっぽいモデルの構築はまだまだかも
(データの制約あるにせよ)．
まあ，
生態学分野では道具の使いこなしすら
なってないわけだが．
-
Poisson 分布のパラメーターのことは
強度 (intensity) と呼ばないとハナシが通じない．
-
客が店を選ぶモデルは，
樹木のメス部分が花粉を選ぶモデルと同じ．
-
ややこしい統計モデルを使ったら
validation はかなりしつこくやるべし．
推定結果はだいたいにおいて良くないのだから．
-
時系列解析は将来はさけて通れないところだろうなぁ．
時系列から相関だけでなく因果律を読むのがハヤりなのか?
複素数の逆行列計算など必要．
統計解析に複素数ですよ!
-
数学的な証明は重要．
しかし証明するためには，
しばしば強い仮定が必要かも．
私の発表への質問も統計なものばかりで
(生物学的な側面は可能なかぎり省略してハナしたせいでもあるが)．
推定結果がちゃんとあってるかどうか，
たとえば混合モデルで overdispersion がちゃんと説明できてんのか
チェックしろ，
といったものなど．
夜は市電騎射場駅前の和食なところで皆さんと．
「東工大の開学に尽力したドイツ人・ワグネルは
じつは ガウス
のもとで数学の学位を得ていた」
とか，
群集データみたいにややこしいものは
グラフィカルモデリングや Baysian network
(cf. BP アルゴリズム)
なんかが有効じゃなかろーか，
といった面白いハナシなどなど．
この呑み会での席の久保とーく講評．
多くの生態学研究者にとっては
「難しくてよくわからない」
苫小牧直径モデルであるが，
この研究集会に来てるヒトたちの分野では
学部学生の演習問題程度である．
しかし生態学分野に統計モデリングの好材料いろいろあり，
という宣伝には成功した模様．
「久保さんの発表は，
ふつーに聞いてて理解できた
……
統計学の『てにをは』がまぁ，ちゃんとしてたからねえ」
……
はぁ，
どうもです．
「以前に，
生物分野から人を呼んだら何か統計学用語はぽんぽん出てくるんだけど，
そのあたりがヘンなんでハナシはさっぱりわからなかった」．
2130 宿にもどる．
ThinkPad X31 に液晶ディスプレイのバックライトがいきなり死んだ．
インヴァーター回路がだめになったのか?
やれやれ．
心眼をもってすれば shutdown
処理ぐらいはできるけど，
それ以外はまったく操作できん．
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 5 ×
3 回．
[今日の食卓]
- 朝 (0715):
宿の食堂の朝飯．
バイキング形式．
和食系．
- 昼 (1230):
鹿児島県庁 18F の食堂．
昼定食．
たしか鶏料理
(鹿児島滞在中はよく鶏肉を食ってたよーな)．
けっこう待たされた．
- 晩 (1800):
市電騎射場駅前の和食屋
莫逆
で皆さんと鹿児島料理食う．
うーむ，
ここでも地鶏が印象に残った．
[錦江湾と桜島]
昼飯は会場である自治会館むかいの鹿児島県庁，
なんだかばぶりーな庁舎 18F の食堂で．
18F 展望台からは桜島がよく見える．
2004 年 11 月 05 日 (金)
-
0700 起床．
温泉．
朝飯．
0820 宿発．
曇．
0835 会場着．
-
鹿児島の研究集会，
三日目で最終日．
こんなかんぢで．
わりと数学よりのハナシが多かった．
(12) 9:00-- 9:50「A nonparametric Granger Causality test」
人見光太郎(京都工芸繊維大工芸)・川崎能典(統数研)・
奥井亮(Univ. Pennsylvania)・西山慶彦*(京都大経済研究所)
(13 9:50--10:40「Factorizing the ARMA spectral matrix」
細谷雄三(東北大経済)・瀧本太郎*(同)
(14) 11:00--11:50「画像におけるくりかえし構造の記述と
その応用」浅野晃(広島大総合科学)
(15) 13:00--13:50「Residual analysis of space-time point process」
Jiancang Zhuang*(統数研)・尾形良彦(同)
(16) 13:50--14:40「Estimation of parameters for the Neyman-Scott's
spatial cluster model」田中潮(総研大)
(17) 14:40--15:30「空間点過程における K 関数に対する推定量の
漸近正規性について」
坂口隆之*(東工大情報理工)・間瀬茂(同)
またおおざっぱな全般コメント．
-
統計学における causality とは，
結局のところ
「今日までのデータを使ったほうが，
明日を予測するより良いモデルができるのか」
といったことのよーで．
-
そして時系列なヒトたちは，
推定量の一致性 (consistency)
を重視する．
数値実験の具体例をみると，
たしかに consistency は有難いものだと思った．
-
しかし時系列解析には相当に数値計算技能が必要みたいで，
けっこううんざりさせられる．
-
面倒に思えるアルゴリズムも論理記号を駆使すれば，
論文の一部としてそれっぽく見える．
うん．
これは前から気づいていたんだけどね．
-
Spatial point process の大御所といえば，
ニュージーランドの
Vere-Jones，
ということらしい．
-
数学科出身の大学院生にとって，
点過程の分野の教科書は必ずしも読みやすくないそうで．
たぶん，
具体的で猥雑すぎるのだろう．
私からみると
おそらく途方にくれるほど抽象的なんだろーけど．
-
Neyman-Scott 過程
なパラメーターは最尤推定できる．
しかし生態学に NS な点分布はあるのか?
当年生実生の分布?
しかしこれはだいたいにおいて親
(かもしれない個体)
の位置は既知だしなぁ．
ああ，
なんだかいま小菅 (隠匿) ユキザサデータなんぞ
思いだしちまいましたよ．
-
空間統計のお約束らしきものたち
(私の勝手な憶測ふくむ);
中心極限定理といえば
Bolthausen
(1982)，
混合性 (mixing)
といえば「位置が離れると従属性が小さくなる」
こと，
漸近○○性の漸近といったら
次第に領域拡大していくのがふつーでしょうとのこと．
1530 ごろ無事に終了．
いやー，
じつに面白くて勉強になりました．
1800 ごろまた皆さんで出かけることにしていったん解散．
2 時間ほど鹿児島市南部の錦江湾埋立地をふらふらと歩き回る．
途中で工具屋をみつけたので ThinkPad 修理用に
精密ドライヴァーセット (850 円)
買ってみる
(しかしこれは結局のところ役に立たなかった)．
1800 自治会館ロビーに集まった人たちとぞろぞろと歩く．
統計学な大学院生といろいろ話しているとなかなか楽しい．
本日もやはり騎射場ちかくの少し鹿児島大よりなところにある
和食な居酒屋で．
良い料理を食べつつ歓談．
2200 ごろ宿にもどる．
さーて，
明朝は朝いちで帰ってみるか．
しかしなかなか眠れん．
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 5 ×
3 回．
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
宿の食堂の朝飯．
バイキング形式．
今日は洋食ふうに選んでみる．
- 昼 (1220):
研究集会会場 (自治会館)
よこの釜飯屋昼定食．
700 円．
また鶏肉料理だったよーな．
出入口に
「薩摩示現流」
の練習場あり
(下の写真)．
- 晩 (1800):
市電騎射場駅から，
今日も皆さんと
鹿児島大方面にすこし行ったところにある
風車
で鹿児島料理を．
一人 3000 円．
安い．
[薩州示現流]
「刀は敵を破るものにして自己の防具に非ず」
示現流．
薩摩隼人たちは木刀 (というかカシの丸太ん棒)
で稽古にはげんでいた．
2004 年 11 月 06 日 (土)
-
0530 起床．
0540 宿をチェックアウト．
晴．
東方の夜空に金星・木星の大接近がはっきりと見える．
0550 鹿児島県庁前のバス停．
0600 空港リムジンバスに乗って同発．
けっこう乗客のってる．
0725 鹿児島空港着．
-
航空券販売カウンターで
「空席まち」
整理券を発行してもらう．
0748 空席確保．
係員の人に同道してもらって検問突破．
0755 ANA352 便名古屋いきにぎりぎりで搭乗．
B737-500，
満席．
0803 離陸．
-
0915 小牧空港着．
また「空席まち」整理券をもらう．
時間あるので朝飯．
往路でわかったように，
名古屋圏では工具は殺傷兇器あつかいなので，
これらを空港内郵便局から定型外郵便物として送り出す．
ゆうぱっく封筒 100 円 + 送料 240 円．
今回も出発 15 分前に空席確保．
検問も突破して 1028 ANA705 便に搭乗．
A320，
これもほぼ満席．
1038 離陸．
-
風邪が悪化してるよーで，
降下時の気圧変化で偏頭痛になってしまった．
1205 新千歳空港着．
曇．
しかしそれほど寒くない．
1219 JR 快速エアポートに乗って同発．
1256 札幌着．
昼飯を買ってから 1310 研究室着．
ばてた．
昼飯．
-
LCD 不調な ThinkPad X31 のデータを予備機
ThinkPad 240Z に
rsync する作業など．
X31 はまた修理に出さんといかんのか．
-
しかしバテたのか他の作業は何も進捗せず．
撤退．
1720 研究室発．
買い物．
1740 帰宅．
晩飯．
すぐに寝てしまう．
が夜中に目がさめた．
やはり風邪ぎみか．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0950):
サンドイッチ．
小牧空港で．
- 昼 (1340):
研究室お茶部屋．
セイコーマート握り飯．
- 晩 (1830):
スパゲッティー．
レトルトパウチドのカレー．
2004 年 11 月 07 日 (日)
-
1000 起床．
風邪ぎみモードからはかなり離脱．
しかし風邪薬なんぞのんでしまったせいか，
アタマふらふらする．
朝飯．
コーヒー．
-
休養と称して怠業．
ああ，
苫小牧モデリングとか輪読会の準備とかあるのに．
ぎょーむ日誌も放置状態．
-
間瀬さんからデータなど送っていただいてるのに，
北大の腐れサーヴァーのせいでやりとりが順調ではない．
メイルの配送遅延，
およそ 10 時間というというところか．
電報でもうってるほうが速いよ．
-
夕方ごろになってごそごそと起きだす．
中央郵便局どめにしてもらった郵便のうけとり．
東区に入ったついでに Homac に行って
ウィンドウブレイカー購入．
ブルゾンをうっかり鹿児島の宿に置き忘れてきたもんで．
これはホテルにメイルだして「処分してください」
と依頼ずみ．
というのも，
Homac でみると新品でも 980 円の品だもんなぁ．
ついでに研究室お茶部屋浄水器の交換フィルターなんぞも買う．
-
帰宅してから晩飯．
ぎょーむ日誌なんぞ書いてはアップロードしてみる．
体調は徐々に回復しつつあり．
-
夜になっても北大呪われなメイル遅配がなおらず．
ホントにどうしようもない連中だな．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1100):
シリアル．
リンゴ．
- 昼 (1530):
シリアル．
- 晩 (2100):
米麦 1.0 合．
エノキダケ・卵の炒めもの．
ネギ・豆腐の電磁波蒸し．
ダイコンのキムチの素あえ．
2004 年 11 月 08 日 (月)
-
0920 起床．
朝飯．
コーヒー．
1020 自宅発．
晴．
1030 研究室着．
-
メイル復旧か?
しかし例によって北大ネット管理者がわからの説明はナシ．
土日に起こった事故だから隠しとおせると考えているのか．
-
苫小牧直径成長モデル．
降水量時差を少し大きくとったモデルの結果をアップロード．
次は，
とりあえず降水量ぬき版でやってみる．
計算終了までのおそらく 21 時間程度．
明朝までには片づいているだろう．
苫小牧ボスにあれこれご報告メイル．
-
連続量な
glm()
に関する質問いただいたので，
うーむと考えつつ返答．
連続分布の最尤推定という観点からして，
連続値の「ヒストグラム化」は安直な便法として使えるような気がする，
といった返信．
-
志水さん D 論の補足的計算
……
に着手しようとしたんだが，
どうもあれこれ指摘した副査の戸田さんの意図がみえん．
そのあたり，
甲山さんにお尋ねしてみたり．
-
昼飯．
昼飯後に壊れ ThinkPad X31 を北大生協に持って行く．
すっかり顔なじみになってしまった店員さんから
「また，ですか……」
とうんざりされてしまう．
いやはや．
-
研究室にもどると石井さんが
Skype
の実験やってるので，
私もクビをつっこんでみる．
ソフトウェアのインストールと設定だけで，
簡単に計算機が無料電話機になってしまった．
これはファイアーウォールごしの通話も可能である．
P2P
おそるべし．
-
出張報告だす．
このあたりは今まで何もかも雪野さんまかせだったもんで
……
嗚呼，
しかしこの書式ではまずい，
ということを三浦さんに教えてもらったのであった．
けっきょく，
三浦さんに書き直していただいた．
-
お茶部屋の浄水フィルターの交換．
つぎの交換は来年 5 月あたまでよいのかな．
-
甲山さんがいきなりやってきて画像のフラクタル次元
計算できないか，
という．
できないというのも業腹なので調べてみた．
まず R には fdim
なる package ある．
しかし使いかたが単純ではなさそう．
-
これとは別に，
SIP
(Scilab Image Processing toolbox)
なるソフトウェアがある．
なかなか良さそう．
これをインストールするためには，
MatLab の free 版たる
scilab
インストールする必要あり．
これは
sudo apt-get install scilab
で終り．
-
それだけではすまされなくて，
Animal
(AN IMAging Library)
なるもののインストールも必要．
これをいれるためには
ImageMagick
の新しめのやつが必要，
とどんどん面倒が加速していく．
-
これでどーだっ
……
と
./configure
すると，
こんどは xsltproc
がないという．
どうやらこれは sudo apt-get install libxslt-devel
でいいのか?
良さそう．
XSLT
とは XML → HTML
というような変換をする言語．
-
うーむ，
細かい依存性がいろいろあってラクではない．
そしてこの SPI なるものが問題を解決する
ソフトウェアでないような機がしてきた．
-
またひそかにメイル遅延してるな，
北大ネット．
外→内と到達するのに 4 時間ちょいか．
-
SPI インストールはあきらめる．
いやはや．
-
CRAN には
RandomFields
(
Martin Schlather
氏作)
というようなモジュールもあるな．
これも興味ぶかいんだが
……
-
ぢつはいったん使用をあきらめた，
やはり CRAN な
fdim
こそが一番簡単にふらくたる次元とやらを計算できる
しくみではないか，
と気づいた．
で，
いろいろな example を計算させているうちに，
わかったんだけど
……
理想的には「カタチ」だけで決まるはずの dimension
であるけれど，
実務的には sampling point の個数や取りかたに左右される部分が
多々あるように思える．
つまり指数は簡単に計算できても，
妥当な値を推定するためにはいろいろな検討が必要，
ということだ．
-
そしてこれは昼間のうちに甲山さんにも言っといたんだけど
……
ふらくたる次元とやらが計算できたところで，
それが何になるのか?
という問題はある．
へたすると，
生物学も統計学もよくわかっていません，
と表明することぐらいにしか使えなかったりするわけで．
-
勉強にはなったけど時間喪失感あり．
ばてたので撤退．
2250 研究室発．
2300 帰宅．
晩飯．
なんともどたばたした一日であった．
そのわりには何も進捗していない．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0940):
米麦 0.8 合．
ネギ・豆腐の電磁波蒸し．
- 昼 (1430):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
ネギ・豆腐の電磁波蒸し．
- 晩 (2350):
米麦 0.8 合．
ダイコンのキムチの素あえ．
2004 年 11 月 09 日 (火)
-
0850 起床．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
曇．
1000 研究室着．
-
なんとなく風邪ぎみ状態が継続しており，
研究室内でも歩行する病源として警戒される．
-
「降水量ぬき」
の苫小牧直径計算モデル計算終了．
また wiki にアップロードして，
苫小牧ボスに御報告．
今回のデータセットでは降水量ぬきは良くなさそう，
というような．
-
ただし降水量ありの計算を一部やりなおす必要ある．
-
おぷとりーふの退色
(不可逆) の (確率論的) 速度は光量子密度に依存している．
退色が進行するにつれ variance が増大する．
具体的な関数関係などは不明．
一定時間後の退色値が与えられたときに，
これを実現した光量子密度を推定せよ
……
おもしろいけど，
ちょー難問ですな．
-
風邪ぎみでアタマさえんけど，
今週木曜日の輪読会の準備．
-
1430 北大生協に昼飯調達にいく．
あ，
1500 からセミナーだった．
-
1500 より
講座セミナー
．
本日は M2 平林さん．
私はこれまで生態学研究者が
訪花実験
動物たるマルハナバチたちを一方的にあざむいている，
と誤解していたんだけど，
今回はその逆の可能性を報告するものであった．
つまり，
ハチたちがあたかも天然花にいるかのように行動してみせつつ，
じつは人間にばれないよう人工花序全体をさっと俯瞰して
蜜あり花の位置をこっそりカンニングしていたのでは，
という疑惑がうかびあがりつつあるのだ．
うーむ，
この騙しあいの戦いの決着はどうなるのか?
そして，
あなたの実験動物たちも隠れてなにか良からぬことを
……
-
また 60 時間以上を要する苫小牧直径モデル計算のつづき．
このセットの終了予定は金曜日の夜，
あたりか．
-
輪読会準備の続き．
生活史解析の行列モデルの紹介する章なんだけど
……
これ，
けっこう難しいよ．
たしかに，
院生では無理だったかもしれん．
数理モデルとかまったく縁のないまま学位とか取るひとなんかも
ぜんぜん珍しくないようなところなんで．
-
ばてた．
夜になるとアタマがふらふらする．
2020 研究室発．
2030 帰宅．
体重 73.2kg．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.7 合．
ダイコンのキムチの素あえ．
- 昼 (1450):
研究室お茶部屋．
生協サンドイッチ．
- 晩 (2100):
米麦 0.8 合．
ニラスープ．
ダイコンのキムチの素あえ．
2004 年 11 月 10 日 (水)
-
0750 起床．
朝飯．
コーヒー．
ラジオ聞いてたら，
NHK 札幌放送局のローカル番組に森林総研北海道支所の阿部さんが登場，
倒木更新のハナシなど．
0900 自宅発．
晴．
0910 研究室着．
-
風邪気味もーどからは離脱しつつあり，
だと思う．
-
また輪読会の準備．
こんなのにかまけているので，
苫小牧直径成長モデルの解説かきとか，
アカマツ原稿の進捗が遅れてるわけで．
そういや，
再来週は統計学授業だったな．
-
ふーむ
……
輪読会担当章は植物個体群の行列モデルなんで，
そんなに難しくなかろーと思っていたんだけど．
この章の分担執筆者がかなりまにあっくで，
あれもこれもと詰めこんでいる．
その内容たるや，
「それって行列形式にする意味ないだろ」
ってなものばかりで
……
基礎的なことは申しわけ程度にしか説明してない．
なんでもかんでも無理矢理にでも行列形式に帰着させてやる，
という一部植物個体群研究者の妄執の世界をのぞきこんでしまった．
良く準備された概説ではあるけどね．
-
私は行列モデルとか使わないけど，
もし自分が行列なモデルやらされるとしたら，
行列要素を推定する部分なんかは，
じつはよく考えるとかなり難しい問題だと思うのではなかろーか
(これが後の解析にも影響するはず)．
しかしながら，
当然のごとくというか行列まにあたちはそんな
(根底をゆるがすよーな)
ことには頓着せんわけで
……
いや，
Caswell とかならそのあたり改善する論文いくらでも書くかも．
-
とはいえ，
こういう単純モデルは反面教師としてすごく重要で，
その点は不変の価値がある．
つまり，
この難解なる章は単純モデルから
強引な離脱を試みた行列形式モデルが，
面倒あれこれを惹起してるありさまを描写しているのである．
-
腹へったんで撤退．
1840 研究室発．
1900 帰宅．
体重 73.2kg．
晩飯．
-
やはり夜になるとアタマがややふらふらぎみなんだが
(ひょっとして南国・鹿児島で
マラリアか何かに感染してしまったのか?)，
準備まだまだ続く．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.7 合．
ダイコンのキムチの素あえ．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
茶漬．
- 晩 (2020):
米麦 0.9 合．
キャベツ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
丸天．
