ぎょーむ日誌 2004-10-(21-31)

2004 年 10 月 21 日 (木)

• 0655 起床． さて， 本日で 苫小牧研究林 抑留生活は終わるのだろうか． 朝飯． 0740 宿舎でて庁舎におじゃまする． 曇． うだうだとメイルなんぞながめたり．
• 0850 ごろより鍋嶋さん・日浦さんと苫小牧直径モデル相談． データ追加案， 樹種増減， このモデルから言えること言えないこと， 文章書き分担 …… などなどが決まっていく． 1100 ごろ終了．
• 苫小牧の院生の皆さんと昼御飯に出る．
• 午後は M2 平尾君と村上さんと leafminer 寄生ハチ モデリング雑談． 寄生という event の空間的な集中性を混合モデル・ベイズモデルで調べていこう， というような．
• 1530 ごろ終了． 院生部屋でコーヒーいただく． みなさんと雑談． 今回はこれで釈放 …… いえいえ， 今回もいろいろと勉強になりました． ホントに．
• 1620 平尾君に道央バスのバス停緑小学校まで送ってもらう． 1640 高速バスに乗って同発． 1730 ごろ札幌市内に入ったんだけど， そこからは混雑していてなかなかススまず． 1815 JR 札幌駅着． 買い物してから 1900 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うーむ …… 運動休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): セヴンイレヴンのサンドイッチ． 昨晩買ったもの．
  • 昼 (1220): 蕎麦屋「藤」に行こうとしたんだけど， 木曜日が定休日だった． ちかくの串カツ屋「てつ平」で 串カツ定食 680 円． ゴマすりばちにいれるソースがおいしい． 蛇足ながら， あとで調べてわかったんだけど， 人物評としての 「ごますり」 の語原はゴマをすると油がでてあちこちべたべたくっつく， というところからきたらしい．
  • 晩 (2030): 米麦 1.0 合． コンブサラダ．

2004 年 10 月 22 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 曇． 0900 研究室着．
• 気象庁サイト から 2004 年 1-9 月の苫小牧市の気象データをダウンロードする …… もちろん苫小牧直径成長モデリング用． CSV に変換して， 苫小牧ボスにダウンロードしてもらえるよう準備する．
• 科研費がらみの雑用のみで午前終了． 甲山さん方面， あれこれ記載事項を三浦さんに提出． 地球ふろんちあがらみのほうは承諾書なるものを準備せんといかんのだが …… これの研究者番号 (80344498) ってのを書き間違えている， 三浦さんが発見してくださった． 職員番号 (11143414) とかんちがいしていた． うう
• 先日の毎木データ入力のバイトの手配， なども．
• 1310-1340 北大構内走． 晴れたり雨ふったりのわけわからん天気． 昼飯．
• 午後も三浦さんともども科研費などたばたに巻き込まれる． 私は 1520 ごろ脱出．
• が， その後も雑雑なことにおわれてみたり．
• このままでは何もせぬまま一日が終わってしまう， とゆーことで …… 苫小牧直径成長モデルの推定プログラムを少し改善してみようとする． するとそれが面倒なバグの原因になってしまって， ですね ……
• ぜんたいに進捗よろしくないまま撤退． 1840 研究室発． ちょい雨． 1900 帰宅． 体重 74.0kg． 重い． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1310-1340． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): シリアル． あいかわらずガスレンジこわれたまま．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 「北欧」ゴマパン．
  • 晩 (2000): 米麦 1.0 合． ネギ・豆腐・卵の microwave 蒸し． 電磁波調理生活つづく．

2004 年 10 月 23 日 (土)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー．
• 怠業 …… というかなんというか， Linux カーネル再構築の試験． わかったこと．
  • ThinkPad X31 では linux-2.4.27 な ACPI は使えん
  • suspend したときに USB なトラックポイントが使えなくなる問題は カーネルまわりではなさそう …… むしろ X.org?
  • 上記の件に関して， /etc/sysconfig/apm-scripts/apmcontinue に

    #!/bin/bash
    MODE="$1"
    MODULES="input usb-uhci usbkbd usbmouse"
    
    case "$MODE" in
        suspend)
    	for m in $MODULES
    	do
    		/sbin/modprobe -r $m
    	done
    	sync
    	;;
    
        resume)
    	for m in $MODULES
    	do
    		/sbin/modprobe $m
    	done
    	;;
    esac
    

    といったことを書いておくと， suspend & resume 時にこれが実行されるわけだが …… やはり USB 経由なトラックポイントは認識されん
  …… いろいろ苦労したわりにはむくわれん．
• 昼すぎから完全怠業状態． 1530-1605 北大構内走． 曇天． そしてすごく寒い．
• 1720 自宅発． ちょっと雨がぱらつく． そして完全に日没． 1730 研究室着．
• 商売とはあまり関係なさそうな， Gtk/Gnome IDE な anjuta で遊んでしまった． とりあえずの結論としては， Gtk なソフトウェア作るとき以外はそれほど有用そうでなく， また Gtk なものを作りたければ， そのあたりをかなり勉強せんと使えん …… というような当り前のことをさとったのであった．
• さっさと返事しなければならなかった苫小牧直径モデリングの お返事かき．
• 新潟は地震でたいへんなよーで …… 震度 6 三連発とかイヤだな． ここ A 棟 8F とかなら崩壊しそう． 冗談ではなく．
• 次の自由集会に関するメイル書き …… に時間がかかる．
• 2330 研究室発． ちょい雨． 2345 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1530-1605． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): シリアル．
  • 昼 (1620): 米麦 0.7 合． ネギ・しらたき・卵の電磁波蒸し．
  • 晩 (2430): 米麦 1.0 合． ガスレンジ限定的に使う方法を発見した …… ただし全力運転しかできづ， 火力調整は不可能． シュンギクおひたし作る． やはり電子レンジ依存なニラ卵．

2004 年 10 月 24 日 (日)

• 0900 起床． 朝飯．コーヒー．
• 怠業 …… ばかりに浸かってるわけにもいかん， か． 1105 自宅発北大構内走． 晴． お， 札幌市の西の 手稲山山頂 はすでにうっすらと冠雪してるな． 長めに走って 1205 帰宅． 体重 73.4kg． うーむ．
• 昼飯． 1340 自宅発． 曇． 1350 研究室着．
• いかん …… 何もススまん． みごとなまでに． よくわからんけど， なぜかしら無能もーどに突入してるようで．
• 無能モードでは行動が意味不明になる． とーとつに ThinkPad X31 のモデムの設定など． この機のモデムはいわゆる winmodem なるヘタれたやつだけど， ありがたいことにドライヴァー slmodem-2.9.10.tar.gz は公開されてるので make && sudo make install． 手動でカーネルモジュールいれるなら sudo /sbin/modprobe slamr． これホントに boot 時に自動的に load されるんだろうか? と思って /etc/modues.conf 見たら，

  alias char-major-212 slamr
  alias char-major-213 slusb
  

  となってたので， slusb のほうは削除 (これは USB モデム用なんで)．
• これに対応する software modem なるものを起動するわけだが …… README ファイルどーりやると，

  $ sudo /usr/sbin/slmodemd --country=JAPAN /dev/slamr0
  SmartLink Soft Modem: version 2.9.10 Oct 24 2004 19:58:40
  symbolic link `/dev/ttySL0' -> `/dev/pts/3' created.
  modem `slamr0' created. TTY is `/dev/pts/3'
  Use `/dev/ttySL0' as modem device, Ctrl+C for termination.
  

  ここで停止． よくわからん． ネット上で調べてまわると JADO さんなるヒトの 設定例 が見つかり， これでよーやく slmodemd は background で動かすべきだとわかる．
• 空腹になってきたので撤退． 2105 研究室発． 2125 帰宅．
• バナナなどかじりつつ， モデムよびだし準備のつづき． PPxP はかなりダメになってきたよーな気がするので， kppp にしてみる． Vine Linux 3.0 用の RPM あるんで， sudo apt-get install kppp だけで良い．
• さきほどの slmodemd とあわせると， こういう起動スクリプトになりそうなんだが ……

  #!/bin/sh
  echo "exec /usr/sbin/slmodemd ..."
  sudo /usr/sbin/slmodemd --country=JAPAN /dev/slamr0 &
  
  sleep 3
  kppp 2>/dev/null
  
  echo "kill /usr/sbin/slmodemd ..."
  sudo killall -HUP slmodemd
  

  いやはや， sudo ばかりでイヤになりますね． kppp を動かすには root の passwd が必要．
• ここまでは問題なさそうなんだけど， かんぢんの kppp がモデムを動かしてる気配ナシ． ぢたばた調べ回ったあげくにわかったんんだけど， これは私が自分でコンパイルした Linux カーネルに問題あり， ということのようだ． linux-2.4.27 において， sudo make xconfig とかで

  Networking options の

  Netlink device emulation

  Network device support の

  Universal TUN/TAP device driver support

  それぞれを module と設定する必要あり． sudo make modules && sudo make modules_install && sudo /sbin/depmod -a だけでよさそう．
• これでようやく kppp がモデムを制御しはじめる …… えーと， トーンの場合は Modem commands 内の Dial String を ATDT， パルスなら ATDP．
• しかしながら， 我が家の電話線になにか問題あるのか， 番号をいれても先方につながらん …… ナゾ． まあ， いづれの日か地環研玄関の「ぐれ電」使って実験してみるか． ともあれ， 数年ぶりにモデムがまともに使えるようになったのはめでたい．
• と一区切りついたので， 晩飯． 時刻はすでに 2330．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1105-1205． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 米麦 0.7 合． シュンギクおひたし． 電子レンジなニラ卵．
  • 昼 (1300): 米麦 1.0 合． レトルトパウチドのカレー．
  • 晩 (2330): 米麦 1.0 合． シュンギクおひたし．

2004 年 10 月 25 日 (月)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• どーもここしばらく spam も含めてメイルがみょーに少ないと思ったら …… また北大ネットが コケてる せいですか． この「お知らせ」ペイジは内容も見てくれも相当におそまつなので， 多少は羞恥心が残存してる北大ネット管理者たちは， これを外部に隠蔽している． ということで， ここに転記しておこう:

  10 月 23 日 (土) 15 時頃より、 学内の不正な端末から相当な量の SPAM メールが送信されていた影響で、 メールの配送が遅れている状況が続いております。 現在対応に当たっておりますので、 大変ご迷惑をおかけしておりますが、 配信まで今しばらくお待ちください。

  だってさ．
• SPAM 発信するほうも阿呆だし， ネットワーク管理者も過去の失敗に何も学んでいない． 前にも同じよーなこと書いたけど， 世間では「大学内計算機網」とかいうと， さぞかしきちんとしたものだと思うんだろーけど， 実態はかくのごとしで使うほうも管理者もめちゃくちゃだ． 民間の ISP 業者だとすると， 3 日で倒産・裁判ざたというレヴェルか ……
• 北大はあまりにも少ない人数・予算で このサーヴィスを維持しようとしてるような気がする． 人数おおけりゃいいってもんでもないかもしれんけど， 北大情報基盤センター とやらはいまだに 「大型計算機センター」 に無意味にコダわること妄執のごとしで (誰も読まない宣伝冊子ばかりをむやみに作ってみたり)， 時代がかわって利用者たちに 「まず提供すべき service」 が何なのかわかっていない． ネットは余技だと思ってるよーで．
• …… とゆーことで， こういうちょっとしたごたごたでメイルサーヴァーが不調になっても， すぐに修復できなかったり． 技量を露呈している， というか．
• いろいろ検査してみたんだけど， やはり mail gateway とやらのところでコケてるので， 学内・学外どの組み合わせでも通信が不可能になってる． 学内部局内メイルサーヴァーは問題なく動作していても， gateway まわりで足どめをくらっている． ぢつにさいてー． インターネットとはこういう脆弱性を回避できるのが ウリだったはずなのに．
• なんともいらいらさせられる．
• とりあえず， 苫小牧直径成長モデル連絡用の掲示板を wiki サイトに作ってみたり． これは PukiWiki の #article plugin で簡単に実現する．
• すでに昼すぎ． そして戸外はなぜか雨． 北大構内走に出れん．
• というか出なくてよかった． 1300 低温研の M2 の阿久津君が来訪． そうか， 今日は統計学こんさるたんとの日だった …… とゆーのをメイルどたばたで忘れていた．
• 群集生態学なデータの午後をすごす． えー， 群集なヒトたちはじつに莫大な労力でもって データ集めるわけだが， それについて話し合ってるうちに 「データから言えること」 がどんどん削除されていくのがよくあるパターンなわけで． まあ， 群集はムズかしいわけで．
• しかし大学院生たちの R の修得の速さには驚かされるねえ …… 生態学のデータ解析作法は若い世代からマシになっていくだろう， というのは， ひとつの楽しい妄想かも． この統計計算ソフトウェアは他のものとは異なり， 統計モデルを実験的に「体感」できる， というご利益あるもんで．
• 1540 本日のこんさる業， ひとまず終了． お茶部屋で昼飯． 屋久島に行ってたヒトたちや， 韓国に行ってたヒトたちが帰ってきたので， 講座内が急ににぎやかになったような．
• 苫小牧直径成長モデル wiki ペイジの特設掲示板 (なンか災害時の緊急避難，というかんぢだな) で苫小牧ボスとやりとりしつつ， 新データでの推定計算やりなおしにとりくむ …… しかし気象データ・直径成長データともびみょーに書式が 変わっているので， プログラムの変更あれこれ必要．
• 1037 に自分あてに出したメイルが 7 時間かけて到達した． これは学内→学外方向に出したメイル． 学内あてはかなり絶望的な状況．
• 昨日 15 時前に出されたメイルが 27 時間かかって到達した． これは学内→学内． メイルだしたいんだけど， あいかわらずメイルが発信できない， と確認．
• 2027 推定計算開始． しかしいろいろとまずいところあり， また手直し． 2159 計算再開
• 2200 研究室発． 2210 帰宅． 晩飯．
• 学内→学内， というか自分あてにだしたメイルが到達するのに 5 時間ほどかかってる． いぜんとして．
• あ， 明日は「代打」で 講座セミナー で統計学なハナシをする， ってのを忘れてた．
• [今日の運動]
  • 期せずして運動休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.8 合． ネギ・豆腐・卵のマイクロウェイヴ蒸し．
  • 昼 (1550): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ネギ・豆腐のマイクロウェイヴ蒸し．
  • 晩 (2430): 米麦 1.0 合． ハクサイ・エノキダケの microwave 蒸し． 電磁波調理生活つづく．

2004 年 10 月 26 日 (火)

• 0830 起床． そういや， 今日の午前は北大生協が航空券をとどけてくれるんだっけ? えーい． 0840 自宅発． 曇． 0850 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 苫小牧直径モデルの計算， 気象データのとりあつかいにうっかりミスがあった． えー， 私が昨晩ごちゃごちゃとやってた推定計算プログラム改造 のあたりで． ということで， また計算やりなおし．
• メイル送受信は徐々に復旧しつつあるようで． しかし， 例によって北大ネット管理者がわからは 現状報告とか何もナシ．
• 午後の講座セミナーで釧路大会自由集会のハナシをするので， これを機会にそのときに作成した R の関数をアップロードする作業も …… いかん， 自分で作ったのに完全に忘れてしまっている．
• いくつかの簡単な関数の説明かくだけなのに， えらく手間どる． まぬけだ．
• 1140 北大生協旅行部が航空券もってあらわれる． しかも在・不在を電話で確認する， とゆー慎重さだ． 大学のせんせーは朝はやくにはつかまらん， と思ってるからだろうか? 今回わたしが航空券を配達してもらった理由は， 旅行部のカウンターはけっこう混んでることが多い， ためで …… なにやら， 弁当箱サイズの無線端末をとりだして， クレジットカードの処理やってる．
• 1225 どーにかこーにか， ひととおり書いてアップロードした． こういう内容．
• 森林総研北海道支所の飯田さんに 倒木処理 buffer zone に関する連絡． 甲山さん (本日は出張で不在) のご意見によれば調査地まわり 50m に手をつけなければ十分では， というのを伝達． 先週うろうろした「緑のトンネル」調査地は 国有林内にあり， 林野庁なヒトたちは倒木を搬出して販売するつもりらしい． エゾマツ大径木などはそれなりに売れるとのこと．
• 昼飯． 来週の鹿児島宿泊場所 ホテルウェルビューかごしま は良さそうなところではあるんだけど …… 「E-Mail送信可」 と書かれているが， やはり電話線による接続のことだとわかった． しかも回線の質はそれほどよくないとのこと． まあ， びぢねすホテルというより， もう少しのんびりした場所みたいだし． ということで， やはり kppp がちゃんと動くようにしとかんといかんな．
• 1500 講座セミナー， またしてもデータ隠匿に成功した小菅せんせーの代打， ということで私が釧路大会 自由集会 と同じ モデル選択ハナシ を． 内容的には統計に不慣れな大学院生むけ …… というつもりだったけど， 修士過程の院生には難しかったかも． 50 分ほどでひととーり終らせ， 20 分ほど質疑応答． 議論してみてわかるのは， 結局のところ私はまだまだモデル選択なる操作の theory & practice をまだまだわかっちゃいない， というあたりか． まあ， 来週の鹿児島研究集会で勉強してこよう．
• また， モデル選択的な状況を考えることで， ふつーの多重検定への理解が深くなる， ということもいえる． 三水準問題に関して，
  1. (A+B+C)
  2. (A+B)(C)
  3. (A+C)(B)
  4. (A)(B+C)
  5. (A)(B)(C)
  と列挙できるなら， モデル 1. に関してだけ とくに念いりな計算をするのが統計学検定， ともいえるかも (と言ってしまうとモデル 2.-- 5. のような列挙は， 多重検定においてはほとんど意味なし， なのかも)． この計算作法は利害両点ありそう．
• 苫小牧直径成長モデルの推定計算， みょーに時間かかってる． 1458 とーりのうち 500 ばかりを片づけただけなのに， 9 時間すこし． これでいくと， イタヤカエデだけで 27 時間もかかる? 以前は 13 時間で計算できたんだが． データが 1 年分ふえただけでなく， 個体数もかなり追加されてしまっているせいなのか ……
• しかし推定計算の途中経過をぢっとみてると， どうにもヘンな気がする． どうして前年の気象値 (=Σ (毎日の気温 * VPD * PPFD)) がこれほど軽視されるのだろうか? 不審に思ってもとデータからいろいろと調べてみる．
• その結果わかったことは …… 2003 年の 7 月以降の光量子密度 (PPFD) のデータがことごとく NA だった， というもの． これって何か大規模な欠測事故とかあったやつだっけ? ともあれ， このままではまともな推定計算ができないので， 苫小牧ボスにお尋ねメイルをだしてみる．
• そして来週の発表の準備がたいへんかもしれん， といまごろになって気づいてアセる． いや， 推定結果は 8 月に得られたやつで十分なんだけど．
• 2040 研究室発． 2050 帰宅． 体重 73.8kg． おもい． 晩飯．
• 次の自由集会相談メイルとか， 苫小牧 leaf miner 寄生率集中分布問題のメイルとか．
• なーんか， 窓にぱらぱらと「雪」があたってるよーな気が ……
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 「北欧」サンドイッチ．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ハクサイ・エノキダケの microwave 蒸し．
  • 晩 (2150): 米麦 0.8 合． ニラ・卵の炒飯． とりあえず壊れガスレンジ， 火力調節はできないけど全力運転だけはできるんで， 炒飯に挑戦． まあ， いつもと変わらぬ …… できの悪さ， とゆーか．

2004 年 10 月 27 日 (水)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． いきなり積雪してるな． 0910 自宅発． 曇ちょい雪． 0920 研究室着．

[いきなり雪]

かとーオフィスより． しかし， じつは昨日の昼間にも降っていたそーで．

• 苫小牧ボスからメイルいただき， 昨日の PPFD 問題は欠測ではなくデータはあるとのこと． それをいただくのにしばらく時間かかりそうなんで， とりあえずの試験運転も兼ねて 2004 年はぬきにして 推定計算をやらせてみる．
• 今朝， 起床したときから苫小牧直径成長モデルの推定計算方法の改善， というアイデアにとりつかれている． モデルは変更せずに， 計算方法だけを変えて高速化を実現する， という方向で．
• 現在つかっている方法は「ばか正直」という他ない 「全探索」 である． このためにイタヤカエデ一種計算するだけで 13 時間とか 27 時間も必要になってしまう． 全探索なので， 良さそうな気象フィルターセットにも ダメそうなやつらにも同じだけの労力を費して 計算している， というかんぢだ．
• さて， 気象フィルターセットが生成する 気象値セットというのは， 樹木の直径成長量の 個体群平均の年変動 のみを説明するものである (まあ，厳密にいうと「交互作用項」とかもあるんだけど)．
• いっぽうで， 気象値セットとゆーのを「どれも等価」とは考えずに， なんらかの「序列」みたいなものがあれば， 推定計算は速くなる， という状況にある (現在は等価だとみなしているので遅い)．
• であるならば， だ． 以上を組み合わせて考えると， 成長量個体群平均の年変動に対する 「何らかの距離」 の遠近で気象値セットを序列化してしまえるんではないか ……? すると一次元上に「並べられた」気象値セット， それも「良さそう」「良くなさそう」のわかる空間の上での探索， ということになり， 計算は高速化するけれど「探索もれ」はあまり起こりそうにない， というような状況が現出するよーな．
• では， 個体群平均成長量と気象値， これらふたつの時系列の「近さ」はどう定義されるべきか? マジに考えると， 何らかの確率論的距離を定義してそれを用いるべきだろう． しかしながら， この目的においては「良さそう」「良くなさそう」 といった目安さえわかれば十分なのである． つまり， ある序列における最良の気象値セットがそのまま選ばれるわけではなく， 最終的には探索プログラムが尤度 (確率論的距離) を評価して選抜していく …… だとすると， ですよ， 「とりあえずの近似的とでもいうべき序列化」 のためには「二乗誤差の和」のごとき， いーかげんな測度で十分なのかもしれん． これはラクだ．
• 問題はこの方式で計算するプログラムを作ってるヒマがあるかどーか， というあたりだ．
• 甲山さんのどろねば流体森林モデルのゲラ修正． Springer は Word で組版してるのか? 科学系出版社なら TeX かそれと同じ品質の出力が得られるソフトウェア使えよ．
• そして「ぎょーむ日誌」のアップロード失敗に気づく． いやはや．
• あ， 二重にしくじった．
• 雪はまだぱらぱら降ってるんで， 構内走はみあわせて昼飯にするか． 昼飯くってると朗報． PD 石井さんは来年からアルバーター州 (カナダ) ぐらしである．
• 今日の Trendy セミナーの予習を少々． 光合成研究に関する簡単な解説など読んでみる．
• 鍋嶋さん作のポスター (生態学会釧路大会用) からいろいろな部品を盗用する作業． お茶部屋 iMac 上で Adobe Illustlator 10 なんぞ使ってみる． おひすだの Photoshop だのは open source な類似ソフトウェアが入手できるけど， Illustlator ってのはそう簡単にはマネできないみたいだねえ． 独占企業 Adobe 社の難攻不落の要塞， ってかんぢか．
• で， その Adobe 社の Postscript 形式なファイルだが …… 日本語文字いり ps ファイルを Linux 上に移すことはできんよーですな． フォントではなく文字コードの問題， と見える．
• 北大ネット管理者から下っぱ (かつ非公式) 管理者どもへのメイル． ばかとしかいいようがない．

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北大のメール送受時にウィルスチェックを行うための
ウィルスウォール（133.87.1.140、141）がspamcopの
ブラックリストに登録されてしまいました。

http://www.hokudai.ac.jp/u-hines/hines-run/normal.html

spamcopとはSPAMメールを送信しているメールサーバなどの
IPアドレスをブラックリストとして公開しているもので、
メールシステム管理者はここを参照し、リスト内にあるIPからの
メールを受取拒否させる設定をすることでSPAMメール受信を
避けることができます。

10月23日から北大からも多数のSPAMメールが送信されたため、
北大ウィルスウォールのIPアドレスがspamcopのブラックリストに
登録されてしまいました。

従いまして現在、spamcopを参照しているメールサーバに対して
北大からメールを送信することができません。

昨日からspamcopに対してブラックリストからの登録削除申請を
行っておりますが、北大からのSPAMメールが無くなるまでは
今の状態が続く旨の返事が来ております。

つきましては、各端末のウィルスおよびスパイウェア駆除の
周知徹底をお願い致します。

現段階ではブラックリストからの削除完了には
まだ数日の時間がかかる可能性があります。
（早くても明日以降、SPAMメールが送信されていると判断された
場合はさらに長期に及ぶ可能性があります）
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• ホントに spamcop.net に登録されてる …… ぢつに不名誉ですな． すぱむ業者， 北大．
• 1630 トレンディーセミナー ， 今日は低温研の小野さん「生育環境が葉の老化過程に与える影響」． 窒素欠乏な貧栄養な環境だと葉の老化が促進されたり， 光ストレスの影響がつよくなってるみたいだったり， というハナシ． 葉の「老化」(光合成活性がおちる，など) を直接に引き起こすらしい原因のひとつに， 葉内の光合成産物の蓄積がある， と実験的に確かめておられる (光合成産物が蓄積されると RuBisCo 部品のひとつ rbcS の発現が抑制される → 光合成関連部品が減りますます窒素が出ていく)． しかし， 葉が老化してきたときに窒素を追加してやると， 葉内から光合成産物が減ってしまい， ふたたび「若がえる」(?) よーで …… 小野さんはこの光合成産物の減衰が他の部分への転流によるもの， と考えておられるらしい (しかし直接的には調べられていない)． もしそうだとすると， 「光合成してる葉は他の部分に資源をどんどん送り出せる (手もとには残らない)， やってない葉ではその場にとどこおる」 ということのよーで …… 興味ぶかい．
• 「人類の敵」 と認定されてしまったネット公害サイト hokudai.ac.jp 関連の続報． まー， いかにも北海道の大学， というようなのんびり対応で．

  10 月 27 日 (水) 16 時現在においても学内からSPAMメールが送信されている形跡があります。ウィルスまたはスパイウェアに感染している端末から送信されるメールは 1 時間で 7000 通 を越える場合もありますので、疑わしい端末や情報基盤センターから感染疑いのある端末として通知された端末についてはネットワークから切り離した状態でウィルス検査等を実行してください。

  HINES がわには学内→学外に流れる迷惑メイルを食い止める 技量がないんだよね． いや， わかってはいたはずなのだけど． やれやれ． いやはや． これからかなり不便な時期が続きそうだ．
• 同時に， 大学のせんせーがた・院生・学生の 計算機自衛能力もこのていどなわけで． ふつーのヒトたちと何ら変わるところナシ． 前にも書いたけど， 北大学内ネットは virus の一大繁殖地であり， 相互感染・汚染拡大はとどまるところナシ．
• 講座内にもこのあたりの通知をながす． さっそく， 「先方のサーヴァーがメイルうけとってくれません」 という不幸な人が相談にやってきたり． メイルだしたけりゃ， 北大やめるしかありません (まあ，学外の SMTP サーヴァー経由で出せばいいんだけどね)．
• また別の呪われ問題． M1 牛原さんが「うっかり」 ゐんどーづ XP の SP2 をあててしまったので， POP 経由でメイルが取れなくなる …… すごすぎるぞ SP2． この問題は私ではなく赤坂君が解決してしまった． なんでも「システム復元」なる機能を使えばよいとのこと …… えらく時間かかるな． そして， メイルとれるようになった．
• 苫小牧直径成長の計算 (2003 年データまでの試験運転)， 「全探索」 方式だと 10 時間弱で 640 セットしかさばけていない． つまり全部終了するのに 22 時間かかる， ということだ． 以前は 13 時間ですんだんだけど， 樹木個体が追加されたので 1.7 倍に計算時間ふえましたか．
• 2000 研究室発． 2020 帰宅． 晩飯．
• 苫小牧ボスから修正された気象データ送っていただく． A 棟 8F 闇ネットにログイン， 計算用マシン dellpn に移動してあれこれ修正． 2140 推定計算再開．
• 標本数ふえるとますます計算時間が増大する， というのがありそう …… というのも， 「全探索」の各最適化において， 標本数が多い場合には次数の高いプログラムまで検討する確率が高い， という気がする． 標本数が増大するにつれて， 複雑モデルでも AIC が悪化しない傾向がでるからだ．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． ハクサイのカレー． 電磁波なやつ．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ハクサイのカレー．
  • 晩 (2130): 米麦 0.9 合． ハクサイ・ダイコン・ブナシメジ・煮干の味噌汁． 火力調節できんガスレンジで 味噌汁を作るのは意外と難しい．

2004 年 10 月 28 日 (木)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 0900 研究室着．
• 昨晩再開した苫小牧直径成長モデルの推定計算， イタヤカエデ半分弱おわったところで 700 分弱 …… ということは全部かたづくのに 23 時間以上， ということか． 全樹種おわるのは 80 時間ほどかかりそうだな． 日曜日になるってこと?
• で， この素晴しい計算速度をどうにか改善したい， という考察のつづき． 昨日は， いままでの「全探索」に対して 「とりあえずの近似的とでもいうべき序列化」 によって高速化が実現する， というところまで詰めた． この方式の難点は， 推定計算プログラムの改造がちょい面倒かもしれん， というあたり．
• で， 今朝になって， これら二つの計算方法の折衷案 というような手口が存在することに気づいた． いわば「近似序列化 (準序列化?) → 部分探索」 とでもいうやつで …… つまり近似的「良さそう」測度でもって気象値セットを並べかえ， そのうち「良さそう」な部分集合だけ探索する， といった方式だ． たとえば「良さそう」な気象値 30 セットを選ぶだけで， 単純に 48 倍の高速化が実現する．
• この方式の良いところは， 推定システムの改善が最小化されるあたりだ． つまり気象値生成 → 最尤推定， という行程の途中に「良さそう」セット選抜フィルター を噛ませればよいだけ …… まあ， これは樹種ごとにやらねばならんわけだが， それは簡単なことだよな．
• さて， すけじゅーりんぐだが …… 現在計算途中のイタヤカエデの推定はまだ 12 時間ばかりかかる． これはあとから参照するため， そのまま計算させよう． で， その間に来週の鹿児島発表準備に着手しなくては．
• 画像処理． どうも ImageMagick の version を新しくしてから， 思ったように操作できなくなってしまったんで， とりあえず the GIMP で．
• お茶部屋で石井さんとモデル選択議論． 結論としては， 最良モデルだけ見ていてはダメで， 次点以下との比較も重要， というもの．
• 1250 北大構内走． 晴． 雪は道わきにちょっと残っているていど． 1325 もどる． 昼飯．
• 屋久島で越冬するのかと思ってた M1 石橋君がもどってくる． で， さっそく Linux in ThinkPad240Z (講座マシン) の修復， か． これのパスワードはかとーさんですら忘れているんだよね …… boot: linux single で起動， boot sequence の fsck を Ctrl+C で中断， これで single user mode に入るんで， /sbin/e2fsck -y /dev/hda5 などとやって修理を完了． たぶん /bin/umount /dev/hda5 が必要． これで reboot すればヨシ．
• M2 平林さんからご指摘 …… 先日の講座セミナーで説明した 「グループわけ関数」 がちゃんと動かない， とのこと． 平林マシンでの動作をみると， どうもゐんどーづ用 library(gtools) はバイナリーファイル (つまりコンパイルずみ) で配布されてたのを使っているんだけど， これをコンパイルした環境の R の version に依存してるよーで (ホントか?) …… とりあえず R-2.0.0 インストールしてもらう． これまたいつものごとく， 中間さんのサイト から i18n 版をダウンロードさせてもらう． これでうまくいったように見える．
• 来週の準備 …… 進捗しない． 意味もなくどうでもいい雑用に着手したり．
• などと言ってられんので， まずは図のたぐいを準備する作業など． ぢりぢり．
• 1730 とりあえず表紙はできた． 表紙だけは．

[ちゃらい表紙]

…… とゆーのも， 島谷さんと私いがいは生態学者がぜんぜんいない， という 集まり なんで， 樹木とか森林のモデリングに 「親しみ」をもってもらわねばならないわけだ ……

• 時間がたてばたつほど， 例の SPAM サイトブラックリスト を参照するところが増えて (これに掲載されると世界中のメイルサーヴァーたちから 「えんがちょ」 される)， 北大内からメイルが送信できなくなるんではと不安がつのってくる． というわけで， 次の生態学会大会・ 大阪大会 の申しこみを早々にすませてしまう．

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  * 責任者氏名（ふりがな）所属
  粕谷英一 (かすやえいいち) 九州大・理
  久保拓弥 (くぼたくや) 北大・地球環境
  (連絡先などここでは略)
  
  * 自由集会のタイトル
  デ−タ解析で出会う統計的問題 -- 検定かモデル選択か
  
  * 内容の簡単な説明（50〜100字程度）
  生態学でのデータ解析の過程で，統計学的な推定結果を評価するうえで (以前からよ
  く使われていた) 検定と (近年普及してきた) モデル選択を使い分けるとしたらどの
  ように行うべきかを議論する．生態学者にとっても両者の関係の理解は必須の現実的
  問題になりつつある．
  
  * 主な予定講演者のリスト
  粕谷英一 (九州大・理)
  三中信宏 (農環研)
  
  * 予想参加者数
  150 名
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  こういうのでいこう， という direction は粕谷さんによるもので …… さて， どんな内容にしましょうかね． まだ採択されたわけではないが． 時間・会場わくがかなり限定されてるような気もするんで， けっこう激戦かも． 釧路大会のごとき， ちょースシづめスケジューリングはありえんな．
• お， とりあえず大阪には無事にとどいたようで． 「受け取りました」 メイルをすぐにいただいてしまった．
• 悲しいことに赤外線回線経由でないと同期できない Palm Clie， 近ごろちょーし悪くて 「赤外線ポートは他のアプリケーションに使われてます」 なる警告を発して通信できなかった． Clie がわのリセットボタンおして， もいっぺん hotsync やらせると， 今度はできた． 謎．
• 1920 研究室発． 1930 帰宅． 晩飯．
[今日の運動]
• 北大構内走 1250-1325． ストレッチング．
• 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ダイコン・ブナシメジ・煮干の味噌汁．
  • 昼 (): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ハクサイ・ダイコン・ブナシメジ・煮干の味噌汁．
  • 晩 (2030): 米麦 0.9 合． ニラ卵炒飯． ハクサイ・ダイコン・ブナシメジ・煮干の味噌汁．

2004 年 10 月 29 日 (金)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． また計算法問題にとりつかれる． 0820 自宅発． 曇． 0830 研究室着．
• 予想どーりイタヤカエデ計算には 23 時間を費したか． 残り 6 樹種はまだ計算途中だけど， とりあえずイタヤカエデ結果だけでも図にしてみる作業 …… うーむ， 作図プログラムに 細かい修正があれこれと必要． 以前の手ぬきのむくいなんだけど．
• とりあえず図はできた． 苫小牧ボス構想どーりに， 標本数が増えたことでサイズ依存性がさらに それっぽくはなった．

• しかしながら， この図をみるといくつか気になるところがある． たとえば， 「逆行」してるのは何なのだろうか． たしか直径測定用の金属バンドのつけかえが， というようなハナシを聞いたような気が …… とりあえずお尋ねメイルをだす．
• さらに， これが最良気象値セットとして選抜されたわけだが ……

         ps.prev  ps.curr       mb6      mb7      mb8
   1998 29.32520 28.47498 0.9027496 3.597631 5.870321
   1999 28.47498 27.47836 1.5465118 2.963915 5.808647
   2000 27.47836 27.18689 1.6203430 5.217963 7.027452
   2001 27.18689 30.19222 0.5989664 6.524714 4.136431
   2002 30.19222 27.40877 0.2516792 2.378106 5.018846
   2003 27.40877 29.60587 1.4684730 1.525402 3.319788
   2004 29.60587  0.00000 0.7690110 0.000000 0.000000
  

  当年の天気に依存する代謝気象値は おそらく成長量の集団平均によく対応してるように見えるんだが， 昨年の天気で決まる光合成気象値のほうは必ずしも単純でない ……
• これは何を意味するか， というと …… ここしばらくいろいろ検討している方式の 推定計算高速化がかなり難しい， ということだ． 代謝気象値と光合成気象値を分離して「序列化」できん． たとえ近似的， と制約をゆるめたとしても．
• つまりこれら二つの気象値はセットのまま評価せんといかんわけで …… どうしたもんかな． アイデアなし．
• つまったので， 雑用始末． 来週の出張申請． ひどく腐れたわーど書類なので， A801 の共用ゐんどーづ機で処理する． どうも印刷うまくできぬと思ったら …… 用紙指定だけでなく， 「倍率指定」とやらも A4 にしないといけないのか． 研究科事務で作った原版が A4 を逸脱しているためだろう ケイ線遊びに夢中になってるうちに 紙面をはみだしてしまったに違いない．
• 苫小牧ボスより連絡いただき， 「逆行」問題の一部は R プログラミングの型変換が原因かも， というような． R の「型」 (とゆーか class) って実際のところ， 便利かつ不便なんだよねえ …… それはともかく， 2004 年 4 月に一部の樹木個体の直径バンドを つけなおしたそーで． だとすると「逆行」あっても不思議でないな．
• 1305-1340 北大構内走． 晴． 気温， やや高め． 昼飯．
• 事務どたばたにまきこまれる． 出張書類苦闘． 年末調整あれこれ， 会計係らしからぬ手ぬきでまったく意味不明になってる． 問い合わせ． 先日の毎木調査の謝金問題． 金の出どころをどうすべきかわからず， 自分のところから出すことに． ひとくぎりついたら時刻はすでに 1550． やれやれ．
• jeconet に流れた情報によると， 大阪大会 でのシンポジウム・自由集会の申しこみは「まだまだ」 のよーで．
• 会計事務処理問題解決． くだんの給料明細システムの「横」にあった． 年末調整はほぼ完全にオンライン化か． 現時点では印刷・押印が要求されてるけど， 将来的にはこれも不要になるかも． けっこうカネのかかっているシステムで (ケイ線再現にプログラマーたちの苦闘のあとが読み取れ， また「統合オンライン事務処理」としてはまだまだであるけれど)， 北大内の他のみぢめな事務系ペイジとは一線を画している．
• オンラインな北大サイトで， 一番便利で使いやすいのは図書館． 大学内組織ではないけど北大生協もそこそこに努力している． 上記会計システムをのぞく事務系はかなり劣悪． 一番ひどいのは言うまでもなく情報基盤センター (つまり北大ネットの管理者ども) である．
• とりあえず， 会計関係の書類を始末． 時刻は 1615． 昼飯後はこんなことばっかやってるな．
• 苫小牧ボスから新しい成長データ送っていただく． 「逆行」というか DBH マイナス成長はほとんどないはず， とのこと． 念のため全樹種の自動作図プログラムに放りこんでみる …… たしかに「逆行」はほとんど無くなった (目でみてわかる範囲では)． 1720 推定計算再開． 旧来の計算方式のままなので 80 時間ぐらいかかりそう．
• お茶部屋植物雑談． ゴボウ (Arctium lappa) はアザミ科のは二年草で こんな地上部 つけると初めて知った． 日本には自生しないと書いてあるけど， 北大内にはたくさん生えてるらしい． 昔， 工藤さんはこれをそのへんから掘りだし食卓に供していたそーだ．
• かとー先生が， MacOS X 版の R-2.0.0 は良いと絶賛されている． たしかにユーザーインターフェイスは使いやすそうに見える． MacOS X なヒトたちはインストールしましょう． 私も Linux 版 2.0.0 を数日前から使ってるけど (中間さんのサイト からダウンロードした Vine-3.x 用)， lazy load 機能なんかのおかげで起動が速くていいかんぢだ．
• データ解析言語Rによる統計的プログラミング: 第2回　機能プログラミングとデータ操作 統計学用語にふなれな翻訳者が苦闘していておもしろい．
• 1930 研究室発． 2000 帰宅． 体重 73.6kg．
• 律義なる苫小牧ボスより， さらに完ペキを期したデータ送っていただく． A 棟 8F にもぐりこんで， また計算再開． この方式では 80 時間とかを要するので …… といったメイルやりとりをやってるうちに， また少しマシな策を考えつく． もちろん， くだんの高速化 (手ぬきの別名) に関する．
• つまり， いいかげんな測度をもちいた高速化用選抜なんぞは役にたちそうにない， というのであれば …… 単にすべての気象値セットにたいして事前に glm.nb(growth6 ~ ps.prev + mb6) すればいいだけじゃないか． いや， 厳密には glm.nb() で評価できる負の二項分布モデルとはちょっとズレてるわけだが (しかし glm.nb() で十分かもしれん， というのは検討の余地アリ)． この準備段階にあたる序列化計算のためだけに， おそらく 1458 気象値セットならば 10 分以上を費すだろーけど， 80 時間に比べればぜんぜんたいしたことないわけで．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1305-1440． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． タマネギ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． タマネギ・豆腐のカレー．
  • 晩 (2200): 米麦 1.0 合． タマネギ・豆腐のカレー．

2004 年 10 月 30 日 (土)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー．
• 時間なしと言いつつ怠業． すんません． 岩明均のまんが 「ヒストリエ」 (アレクサンドロス大王の書記官にして後継者戦争の群雄の一人たる エウメネスのハナシ) が面白くてよみふけっていました．
• 1205 自宅発北大構内走． 晴． 気温たかく， 冬から秋にもどったよーなかんぢだ． 北大構内イチョウは観光客たちに意外と人気あり， 三脚などもちだして撮影にはげんでいるヒトたちも． 1250 帰宅． 体重 73.2kg． 買いもの． 昼飯．
• 1410 自宅発． 曇． 1430 クラーク会館地下の 理髪店 着． 1500-1600 散髪． 1610 研究室着．
• 作業進捗状態， よろしくない．
• 推定計算のほうは順調． 成長データを修正したためか， 23 時間かかっていたイタヤカエデ計算が 21 時間に「短縮」 された． そして， 選ばれた気象値セットは修正前と同じ …… これは計画中の高速化改造にはいい兆候だ． というのも気象値セット選抜は DBH 分布にあまり左右されない 可能性が高い， ってことで．
• 書くの忘れてたけど， とりあえず昨日あたりから spamcop blacklist から北大メイルサーヴァーは除去されたよーで …… ま， 現時点では， なんだけど．
• 本日の進捗いやはやという状況で撤退． 1930 研究室発． 1940 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1205-1250． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): サツマイモ microwave 蒸し． 食料が， ない．
  • 昼 (1330): 蕎麦． 火力調節不能になったガスレンジで作れるもの， ということで．
  • 晩 (2130): 米麦 0.9 合． ネギ・エノキダケ・シラタキの電磁波蒸し．

2004 年 10 月 31 日 (日)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． げ， もう 10 月最後の日か．
• 怠業してる場合ではないときに怠業したくなるので怠業． 1220-1310 自宅発の北大構内走． 曇． 体重 73.4kg． 洗濯． 昼飯．
• 1500 自宅発． 曇ちょい雨． 1510 研究室着．
• 鹿児島発表準備の進捗， いまだ取り付き点を発見できず， という状況か …… 久しぶりに山岳部時代の悪天候下で 登攀ルートそのものがなかなか見つからん， という状況おもいだしてしまいましたよ． だれかたすけてー
• などと言っても誰も助けてくれないので， しょうがないから作業をススめる．
• 作業途中のすらいどファイル (LaTeX の \documentclass{seminar}) を PDF に変換しようとすると， エラー出た (Vine Linux 3.0)．

  [kubo:kagoshima]$ make pdf
  dvipdfm kuboKagoshima2004.dvi
  kuboKagoshima2004.dvi -> kuboKagoshima2004.pdf
  [1
  ** ERROR ** Could not find encoding file "H".
  
  Output file removed.
  make: *** [kuboKagoshima2004.pdf] エラー 1
  

  どーも私がフォントまわりでちょい とりっきーなことをやったのが原因のよーで．
• いろいろ調べてみて， いまさらながらに TeX & ghostscript フォントまわりの 問題の難解さにめまいを覚える …… いろいろ読んだあげくに ひどく撹乱されてしまった脳内から導出された「天啓」 的最終解決策はいささか乱暴なもので

  sudo apt-get remove dvipdfmx            # いったん dvpdfmx package ぬく
  apt-get source dvipdfmx                 # dvipdfmx の SRPM を取ってくる
  rpm --rebuild dvipdfmx*src.rpm          # $HOME/rpm/ 以下で再構築 
  sudo rpm -Uvh ~/rpm/RPMS/i386/dvipdfmx* # 作りなおしたものを再インストール
  

  これで完ペキにうまくいった． だけど， なぜなのか， まったく理解できない． 奇跡というほかあるまい． dvi → pdf 変換処理も以前より格段に速くなった． 脱力．
• 追記． --rebuild は不要． たぶん．

  sudo apt-get remove dvipdfmx            # いったん dvpdfmx package ぬく
  sudo apt-get install dvipdfmx           # dvipdfmx 再インストール
  

• しかし準備のほうは …… 2030 研究室発． 2050 帰宅． 晩飯．
• なーんか， Vine 3.0 にしてから， とゆーか， openssh-3.8.1p1 にしてから， みょーに接続・認証が遅い， と思ったら …… OpenSSH FAQ に書いてあった． $HOME/.ssh/config で ForwardX11Trusted yes なる設定を追加する必要あり， かも． 設定するとつながるのが速くなる．
• うー
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1220-1350． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． ネギ・エノキダケ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1340): 蕎麦．
  • 晩 (2140): 米麦 1.0 合． キャベツ・ブナシメジ・豆腐のシチュー． 全力運転しかできんガスレンジで汁物つくるのは難しい． アサリ電磁波酒蒸し．