KuboLog 2004-10-28

苦情・お叱りは，たいへんお手数かけて恐縮ですが，久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までお知らせください．

2004 年 10 月 28 日 (木)

0750 起床．朝飯．コーヒー． 0850 自宅発．晴． 0900 研究室着．

昨晩再開した苫小牧直径成長モデルの推定計算，イタヤカエデ半分弱おわったところで 700 分弱 …… ということは全部かたづくのに 23 時間以上，ということか．全樹種おわるのは 80 時間ほどかかりそうだな．日曜日になるってこと?

で，この素晴しい計算速度をどうにか改善したい，という考察のつづき．昨日は，いままでの「全探索」に対して「とりあえずの近似的とでもいうべき序列化」によって高速化が実現する，というところまで詰めた．この方式の難点は，推定計算プログラムの改造がちょい面倒かもしれん，というあたり．

で，今朝になって，これら二つの計算方法の折衷案というような手口が存在することに気づいた．いわば「近似序列化 (準序列化?) → 部分探索」とでもいうやつで …… つまり近似的「良さそう」測度でもって気象値セットを並べかえ，そのうち「良さそう」な部分集合だけ探索する，といった方式だ．たとえば「良さそう」な気象値 30 セットを選ぶだけで，単純に 48 倍の高速化が実現する．

この方式の良いところは，推定システムの改善が最小化されるあたりだ．つまり気象値生成 → 最尤推定，という行程の途中に「良さそう」セット選抜フィルターを噛ませればよいだけ …… まあ，これは樹種ごとにやらねばならんわけだが，それは簡単なことだよな．

さて，すけじゅーりんぐだが …… 現在計算途中のイタヤカエデの推定はまだ 12 時間ばかりかかる．これはあとから参照するため，そのまま計算させよう．で，その間に来週の鹿児島発表準備に着手しなくては．

画像処理．どうも ImageMagick の version を新しくしてから，思ったように操作できなくなってしまったんで，とりあえず the GIMP で．

お茶部屋で石井さんとモデル選択議論．結論としては，最良モデルだけ見ていてはダメで，次点以下との比較も重要，というもの．

1250 北大構内走．晴．雪は道わきにちょっと残っているていど． 1325 もどる．昼飯．

屋久島で越冬するのかと思ってた M1 石橋君がもどってくる．で，さっそく Linux in ThinkPad240Z (講座マシン) の修復，か．これのパスワードはかとーさんですら忘れているんだよね …… boot: linux single で起動， boot sequence の fsck を Ctrl+C で中断，これで single user mode に入るんで， /sbin/e2fsck -y /dev/hda5 などとやって修理を完了．たぶん /bin/umount /dev/hda5 が必要．これで reboot すればヨシ．

M2 平林さんからご指摘 …… 先日の講座セミナーで説明した「グループわけ関数」がちゃんと動かない，とのこと．平林マシンでの動作をみると，どうもゐんどーづ用 library(gtools) はバイナリーファイル (つまりコンパイルずみ) で配布されてたのを使っているんだけど，これをコンパイルした環境の R の version に依存してるよーで (ホントか?) …… とりあえず R-2.0.0 インストールしてもらう．これまたいつものごとく，中間さんのサイトから i18n 版をダウンロードさせてもらう．これでうまくいったように見える．

来週の準備 …… 進捗しない．意味もなくどうでもいい雑用に着手したり．

などと言ってられんので，まずは図のたぐいを準備する作業など．ぢりぢり．

1730 とりあえず表紙はできた．表紙だけは．

[ちゃらい表紙]

…… とゆーのも，島谷さんと私いがいは生態学者がぜんぜんいない，という集まりなんで，樹木とか森林のモデリングに「親しみ」をもってもらわねばならないわけだ ……

時間がたてばたつほど，例の SPAM サイトブラックリストを参照するところが増えて (これに掲載されると世界中のメイルサーヴァーたちから「えんがちょ」される)，北大内からメイルが送信できなくなるんではと不安がつのってくる．というわけで，次の生態学会大会・大阪大会の申しこみを早々にすませてしまう．

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* 責任者氏名（ふりがな）所属
粕谷英一 (かすやえいいち) 九州大・理
久保拓弥 (くぼたくや) 北大・地球環境
(連絡先などここでは略)

* 自由集会のタイトル
デ−タ解析で出会う統計的問題 -- 検定かモデル選択か

* 内容の簡単な説明（50〜100字程度）
生態学でのデータ解析の過程で，統計学的な推定結果を評価するうえで (以前からよ
く使われていた) 検定と (近年普及してきた) モデル選択を使い分けるとしたらどの
ように行うべきかを議論する．生態学者にとっても両者の関係の理解は必須の現実的
問題になりつつある．

* 主な予定講演者のリスト
粕谷英一 (九州大・理)
三中信宏 (農環研)

* 予想参加者数
150 名
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こういうのでいこう，という direction は粕谷さんによるもので …… さて，どんな内容にしましょうかね．まだ採択されたわけではないが．時間・会場わくがかなり限定されてるような気もするんで，けっこう激戦かも．釧路大会のごとき，ちょースシづめスケジューリングはありえんな．

お，とりあえず大阪には無事にとどいたようで．「受け取りました」メイルをすぐにいただいてしまった．

悲しいことに赤外線回線経由でないと同期できない Palm Clie，近ごろちょーし悪くて「赤外線ポートは他のアプリケーションに使われてます」なる警告を発して通信できなかった． Clie がわのリセットボタンおして，もいっぺん hotsync やらせると，今度はできた．謎．

1920 研究室発． 1930 帰宅．晩飯．

[今日の運動]

北大構内走 1250-1325．ストレッチング．
腹筋運動 30 × 3 回．腕立ふせ 5 × 3 回．

[今日の食卓]

朝 (0820): 米麦 0.7 合．ハクサイ・ダイコン・ブナシメジ・煮干の味噌汁．
昼 (): 研究室お茶部屋．米麦 0.7 合．ハクサイ・ダイコン・ブナシメジ・煮干の味噌汁．
晩 (2030): 米麦 0.9 合．ニラ卵炒飯．ハクサイ・ダイコン・ブナシメジ・煮干の味噌汁．

ぎょーむ日誌 2004-10-28

2004 年 10 月 28 日 (木)