ぎょーむ日誌 2004-10-(01-10)

2004 年 10 月 01 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 晴． 0910 研究室着．
• なんだか雑方面などたばた．
• 1000 ごろから一時間ほど， 志水さんに R な glm() を使った地衣類種数の Poission モデルの説明． これは例題が説明にむいたものだったので (図に描きやすい，というのが重要なのかな)， 簡単にできた．
• 1220 ぱいぷ樹木原稿， 図の修正完了． これでひととーりは直せた．
• 1320-1400 北大構内走． 昼飯． 修正作業おわったせいか， なんだかお茶部屋まわりでのんびりしてしまう． のんびりしてる場合では， ぜんぜんないのだが．
• 借用機材の返却にみえた城田さんと樹木モデリング雑談を延々と．
• 2020 研究室発． 2040 帰宅． 体重 73.4kg． 重い． 晩飯．
• 明けがたまで Vine Linux 3.0 の設定に没頭する．
  • kinput2 問題は .xinitrc にあった． /etc/X11/xinit/xinitrc 使えば問題なし．
  • 現時点では sazanami フォントはへっぽこだと確認．
  • galeon の再構築には mozilla の再構築が必要かも， という懸念． gtksuperwin なるライブラリがない．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1320-1400． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． ナス・タマネギ・キャベツ・エノキダケ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ナス・タマネギ・キャベツ・エノキダケ・豆腐のカレー．
  • 晩 (2130): キャベツ・モヤシ・ニラの焼きそば．

2004 年 10 月 02 日 (土)

• 1030 起床． 朝飯． コーヒー．
• 朝から晩までひきこもりで Vine Linux 3.0 を手なづける作業．
• カーネルの再構築と mozilla & galeon のコンパイルで時間を食う． 前者は問題なく (蛇足ながら Processor type and features で MTRR (memory type range register) を Y にしたほうが良いそーで)． 後者は単なる時間の無駄無駄にて終了．
• しばらく (悪くすると永久に) galeon は使えず， その間は mozilla で生きることに． せめてあの変態的な anti-ailias font はどうにかしたい． いろいろ調べてまわったあげくに， よーやくわかったのは Gnome2 を制動する環境変数の設定でなんとかなる， とわかった．

  export GDK_USE_XFT=0

  で mozilla の「かすれた印字のごとき」とでも言うべき間抜け anti-ailias が抑止される．
• むろんこれは Gnome2 なアプリケイションソフトウェアに共通するワザになってるわけで …… では， mozilla だけで「anti-ailias 殺し」 をやりたければどうするか? ひとつの解として， .bashrc などに

  alias mozilla="env GDK_USE_XFT=0 mozilla"

  と設定してみればよい …… というようなことをうだうだと試行錯誤してみたり．
• 開発していくのがとてもたいへんな日本語フォントセット， その free 版をめざす sazanami font プロジェクトには敬意をはらっておりますが， 現時点ではちょっと見苦しいという状態なので， これを回避する策をあれこれと．
• しだいに Vine Linux 3.0 の中で 「自分らしく生活できる」 環境が整いつつある …… 日本語よみかき， メイル受け取り， はできるんだがメイル送信ができん． Perl な im-140 (!) の imput が「不正なファイル記述子です」 なるエラーを出してメイルを SMTP に渡してくれん． これはついに原因不明であったのだけど …… あちこち検索してまわると， 木下氏なる人が こちら で公開してくださっている im-147 の imput 使うと mew-1.94.2 (in emacs) からメイル送れる， とわかった．
• R もまたいつものごとく 中間さんのサイト で公開されてるバイナリ版のお世話になる． R-1.9.1_ja-2vl2 for Vine Linux 3.0.
• R の update.packages() 関数による update は便利であるけれど， install.packages() はあまりカシこくない．
• それに比べると， Perl (よーやく 5.8.2) の perl -MCPAN -e shell はカシこい， と感心しつつモジュールのインストールなど．
• コンパイラコレクション gcc は 2.95 から一気に 3.3.2 になった． これによる問題はいまのところ特にない． こころみに ぱいぷ樹木盆栽 を make してみたけど， 問題なくコンパイルできた．
• などとあれこれやってるとすでに夜中だ． 23 時すぎに晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった．
• [今日の食卓]
  • 朝 : 食ってない．
  • 昼 (1230): キャベツ・モヤシ・ネギの焼きそば．
  • 晩 (2310): キャベツ・ネギの焼きそば．

2004 年 10 月 03 日 (日)

• 0830 起床． ヘンてこな朝飯． コーヒー． また Vine Linux 3.0 環境での生活いんふらを整える作業．
• くろーして Vine Linux 3.0 に移行するイミはいろいろありうるわけで …… たとえば Python 2.3 が使えるようになる (VL 2.6r4 では 1.5 だった)． すると何ができるようになるか?
• 例を示してみよう． まず Python とは無関係な WordNet-2.0 (a lexical database for the English language) と汎用データベイス cdb (かの djb software のひとつです) をインストールし， さらにそれを Python から呼び出す python-cdb モジュールをいれ， 本来の目的である敵国語文法点検ソフトウェア queequeg-0.91 をインストールして使えるように設定．
• さっそく動作試験してみる． なぜかしら， まだ最終的に提出されていない， しかしながらいちおーひととーりの修正が完了してるはずの， ぱいぷ樹木盆栽原稿の ptree.tex (in LaTeX) を qq ptree.tex してみよう …… こういう結果がどどーと出てくる．

• つまりあちこちにまだ文法ミスがある， ということで． Queequeg ペイジにも書かれているとおり， false positive (エラーでないのにエラーとする) も含まれているわけだが (上の例だと 680 行目の (S:the functional-structural) (V:model) など…… model を動詞あつかいしている)， 実用上はかなりじゅうぶんであるように見える． false negative どれぐらいあるのかな?
• 蛇足ながら， スペルチェックに関しては以前からあった ispell が強化されて GNU Aspell がインストールされている． これの呼び出しは依然として ispell で良さそうだけど．

• スペルに関してはすでに旧 ispell でチェックずみなんで特に修正なし． なんとなく怠業モードなんで Queequeg が見つけてくれた単純文法まちがいの修正作業もやらずに 買いものに出る． 食料調達せんといかん．
• 昼飯の準備してから 1310 自宅発北大構内走． 晴． しかしかなり寒くなってきた． 1410 帰宅． 体重 73.6kg． うーむ， 瞬間最低体重がコレではいかんねえ． 昼飯．
• また galeon をいれてみたり …… ここ 2 日ほど Mozilla 世界に生きてたせいか， 「Mozilla よりはまし」 というような動機で使う気になれる， とゆーか．
• 1600 自宅発． 曇． 1610 研究室着．
• D3 赤坂君， 駒ヶ岳カラマツ菌根モデリングの こんさるたんと …… じつにこれが空腹と疲労困憊のデスマーチで 夜中すぎまでぢりぢりと続き， しかも良い結果が得られなかった， という誰にとっても悪しき状況で …… 呪われ割算値問題をてってい的に解決できた， というところだけが不幸中のさいわい， というか． またこのあたりは後日にでも．
• 2545 研究室発． 2600 帰宅． ばてきり． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1310-1410． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 他に食いものがなかったので， もんじゃ焼き． そう， 先々週 平八郎提督からいただいた， あれ． フライパンで作るときは少しずつ焼くべし， という次はいつ役にたつのかわからぬ戦訓を得た． 東京の下町の人たち以外には理解の難しい世界なのかもしれん．
  • 昼 (1440): 米 0.8 合． ダイコン・ブナシメジ・豆腐・煮干の味噌汁． 新米価格 10Kg 3200 円の道産米「ほしのゆめ」 ではあるけれど， なんとなく丁寧に研いで水加減も気をつけて 炊くとかなり違うよーな気がした．
  • 晩 (2610): 米 0.8 合． ダイコン・ブナシメジ・豆腐・煮干の味噌汁．

2004 年 10 月 04 日 (月)

• 1040 起床． あいかわらずばててるンですけど …… 朝飯． コーヒー． 1110 自宅発． 晴． 1120 研究室着．
• 多難なる一日だった …… そもそも， 昨日の割り算値まみれ → artifact (人造相関) に満ちたデータ解析の修復を夜中すぎまでやったんで体調がすごく悪い． で， それが本日のさまざまな局面に影響を与えるのである．
• よーやくにしてぱいぷ樹木原稿を提出したんだけど， PDF ファイル送ったつもりが LaTeX ファイルを送っていたり …… これは夕方ちかくになって再々提出．
• 「Vine Linux 3.0 で生活する」 問題， まだ着手してない印刷機よびだしに着手してみる． Vine Linux 3.0 からスプーラーが cups となり， こりゃ便利かもと使ってみたんだが …… Canon LBP-2810 の細かい設定ができん． こちらが手動で指定した ghostscript option も受けつけてくれない．
• 調べてみると Canon が open software である cups のために プリンター記述ファイルなど を配布してるとわかった． 時代は変わったんだねえ， と感銘しつつ cndrvcups-common-1.00-1.i386.rpm と cndrvcups-lips4-1.00-1.i386.rpm インストールしてみると …… Unknown devices: opvp というエラーコードが出る．
• さらに調べてみると， これは Epson などが主導する OpenPrintingProject で開発した vector device driver のインストールが必要， とわかった． Vine 3 用の RPM ファイルはなく， rpm --rebuild が要求される．
• これでよーやくにして， どうにかこうにか印刷できたりするよーになったんだが …… じつはインストールしたコンパイル産物のひとつ openprinting-jp-ghostscript-0.1.1-0.i386.rpm がなかなか兇悪で， これは ghostscript を置き換えてしまう． それも 7.07 → 7.06 というふうに． version が下がったことが原因なのかどうか， これによって dvipdfm なんかが使えなくなる， といったおそるべき事態におちいったんだよねえ．
• しかし呪われデータ解析の修復作業の時間も近づいてきたので， いったん中断． おそい昼飯． 生活周期みだれまくり．
• 1630 ふたたび D3 赤坂君と駒ヶ岳カラマツ vs 菌根データに取り組む． おかると的な部分は削除され， 割り算値も完全追放， しかしいまいち面白い結果が出ない． それとともに， この 90 個体情報から 「人間が引き出しうる知識の総量」 というのが見えつつある ……
• どうも昨日のおそろしい人造相関を思い出してしまって， 頭痛がヒドくなる． これは比喩表現ではなくて．
• すでに 2100 すぎ． 明日からはまた駒ヶ岳に行く， というのでこのあたりの追求はいったん中断． 宿題として，
  • 地下部 & 菌根を「体サイズ」 として表現するような統計モデルの検討
  • 菌根分布の multinomial な logistic モデル あてはめの方法の検討
  を考えねばならない …… もちろん私が， なんだけど．
• Vine Linux 3.0 印刷問題． とりあえず ghostscript-7.07 にもどす．
• 2150 研究室発． くたびれた． 2210 帰宅． 晩飯． 早めに寝ようとするんだけど， いぜんとしてアタマが痛くて眠れん．
• [今日の運動]
  • ばてばて運動休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (1050): リンゴ．
  • 昼 (1610): 研究室お茶部屋． 米 0.8 合． ダイコン・ブナシメジ・豆腐・煮干の味噌汁．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． 米 0.8 合． ダイコン・ブナシメジ・豆腐・煮干の味噌汁． トマト．

2004 年 10 月 05 日 (火)

• 0800 起床． 頭痛は去ったけど， ふちょーぎみ． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• Vine Linux 3.0 印刷問題． 結局のところ， しばらく cups を使うのはあきらめ sudo apt-get install LPRng してしまう (蛇足ながら sudo apt-get remove cups すると 253MB(!) の空き地ができた)． cups 自体に問題ない． しかし cups だけでは LBP-2810 のごときややこしい印刷機の制御が LPRng 使用時に劣り， それを解決するための OpenPrintingProject は ghostscript 問題をかかえている (おそらく Vine Linux 3.0 使用の状況に限定される， というかんぢなんだが)． とゆーことで， sudo /etc/init.d/lpd restart ですよ．
• なぜかしらいまだに尽きない釧路雑用． たとえば， 一般講演者数のカウント．
  • 一般講演数 738 (口頭発表：531，ポスター発表：207)
  • 一般講演キャンセル数 18 (口頭発表：9，ポスター発表：9)
  これを「大会主催者がわ発表の公式の数字」 とする． じつはキャンセル者数はもうちょっと多い． 当日になってお電話キャンセルした連中だ． めんどうなのでカウントしない． ついでに．
  • 参加者数： 1352 人
  • 事前申込者数： 1096 人 (うち 64 人は不参加)
  • 当日受付数： 320 人
• あやしげ J-STAGE の導入を検討してる某学会から， 「J-STAGE でくろーしたこと」 問い合わせメイルが来てたので， その回答を作ってみる．
• 研究科雑用， というべきか …… けっきょく， 昨年 につづき今年も北大駅伝で走らねばならぬことに． 次の日曜日の 1130 陸上競技場に集合． まあ， 研究科長ぢきぢきの御命令とゆーことで
• 時刻はすでに 1200． もどってきたカエデ論文をながめる． これはそれほどいそぎではないよーで．
• 雪野さんがいないので， 1F 事務室に皆さんの郵便物など取りにいったり． ついでに， お茶部屋の蛍光灯を交換して， 昼飯．
• 他にもいろいろやらねばならぬことあるんだが …… 統計学勉強に没頭してしまう． ホントに基本的な 統計学の基礎 I あたりを．
• 1500 より 講座セミナー ， 本日は露崎さんの豪州亡命研究の報告． ボーキサイト鉱山あとの植生回復事業の進捗状況を植生学的に評価しよう， というもの． 植生回復の努力はともかく， 植生学的なデータのあつかいというのは， いつもながら難しく感じる． たとえば多変量解析あれこれ (DCA など) では「被度」と呼ばれる量を そのまま四則演算して「距離」の和のごとき量を最大化したりするわけだが， そんなことやっていいのかいかんのか判然としない． たぶんダメだろう， という気はするんだけど， 植生学という分野における正当化の議論 (これは必ずあるはず……このテの手法はよく使われているので) というのが隠匿されているような気がする． いろいろ質問してみる． 上記の正当化うんぬんは依然として霧の中なんだけど， 植生なヒトたちは調査地をあらわす点々が できるだけ多次元に散らばるのが望ましい (逆に次元の低いところに縮退されると面白くない) と考えているらしい， ということだけはおぼろげながらわかった …… 1630 終了．
• M2 平林さんのハチ 人工花訪花 データ解析用 R プログラムの更新作業． 今年度のデータにも対応させる作業あれこれ．
• ひとくぎりついたので 1930 研究室発． 2000 帰宅． 体重 73.6kg． 体調不調なのに体重は落ちない． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のカレー．

2004 年 10 月 06 日 (水)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 晴． 0940 研究室着．
• うーむ， いぜんとしてやや不調ぎみ． 昨日のハチ訪花データ解析用プログラムの修正．
• 本日午後の Trendy Seminar は難しい内容のように思えるんで， ちょっと予習じみたことをやってみたり．
• 「大丸 (札幌駅隣) の『英国展』に行こう」 と， かとーさんともども甲山さんに拉致されてしまった． えー， ギネスを飲みながら fish & chips を食べたかったそーで ……

[英国展]

まあ， なんというか巨大百貨店の企画モノってこういうものか， という …… ともかく， ふだんの私には何もかも縁のない世界だな． 揚げ魚・揚げイモはごくふつーなかんぢで (あたりまえか) ヴィネガーかけるところだけが英国ふう． バグパイプ演奏も悪くないんだろうけど， 店舗内でやるもんぢゃないね．

• 1350 研究室もどる． 本日は， 雪野さん登校日で事務処理相談あれこれ． さらに雪野さん iBook を自宅で使えるよーに， ということで AppleMail の設定やってみたんだが …… なぜかこんなことができん． かとー先生までおこしいただいてもなかなか解決できづ． 時間をかけて原因をツメていって， 最後にパスワードが別モノ， と特定した． 教訓: AppleMail のマスクされたパスワード文字数は常に信用できるわけではない．
• 1630 より， Trendy Seminar ， 今日は低温研の Davis さん …… だが時間になってもあらわれづ． しょうがないので， 低温研の研究室に電話すると， ご本人でる． 「忘れてた．今からそちらに」 …… ともあれ， こちらの連絡ミスではなかったよーで． 聴衆は幸か不幸かあまり多くなかったんで， 「10 分ほど待って下さい」 とお願いする．
• 15 分おくれほどで無事に開始 …… さて， 本日の主題は food web ならぬ interaction web． 計算機科学専門家たちも含むプロジェクトの紹介である． 種間関係は食う-食われるだけではないんだ， といった interaction web のご利益について説明されるわけだが， いぢ悪くとると abundance 年変化のデータしかなかった場合に， どうやって群集生態学な議論を作るか， という簡便法だと解釈することもできそーだ． 手順としては
  1. web を構築する
  2. web の統計量を計算する
  となっており， 主に 2. の step で計算機な技法が用いられる． それは Davis さんが強調するとーり面白そうに見えるし， 特に問題もなさそうなのだが ……
• それが面白いものであるためには， 1. の step をどうするか， が重要になる． そのあたりを中心に質問して教えてもらったところによると，
  • node 間をつなぐ link の有無は 線形相関の Mantel 検定によって判定される
  • 年変動する気象要因などを排除することは難しい
  • link は {0, 1} であらわされる (link ∈ [0, 1] weighted web については研究中， とのこと)
  • link は異る trophic level 間しか接続できない
  といった制約がありそう， とわかってきた． まだまだ色々と解決していかねばならない点は多々ありそーで． そして個体群動態よりな私としては， やはり個体群モデルがしっかりしてないと， 群集なハナシは難しいだろう， と思うのであった．
• 1810 終了． かとーオフィスで今シーズン初のストーブ点火． これはもちろん温度 sensitive なオフィス長の意向である．
• ハチ訪花データこんさるなど． 2000 研究室発． 2010 帰宅． 体重 74.0kg． いよいよ重い． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1230): 大丸英国展で揚げ魚 & 揚げイモ． 甲山さんにごちそうになりました．
  • 晩 (2130): 米麦 1.0 合． ハクサイ・ニラの炒めもの．

2004 年 10 月 07 日 (木)

• 1010 起床．
  1. 呪われ解析の解体・修復作業
  2. 体調不良
  3. 運動できづ
  4. 眠れん
  5. 生活周期みだれる
  6. 2. にもどる
  という悪しきループに陥ってるよーな． 朝飯． コーヒー． 1050 自宅発． 晴． 1100 研究室着．
• なんだか雑用にまきこまれて， 研究科事務室学術助成掛いき． また別の件で計算機の速度調べてみたり．
  • ふつーの PC : 2-3 Gflops ぐらい
  • SONY ぷれすて2 : 8 Gflops ぐらい
  • Macintosh G5 : 10 Gflops ぐらい (2 cpu)
  • 宣教師殿の劇変ちゃん : 13 Gflops ぐらい (8 cpu)
  • 生き残りに必死な北大大計 : 200 Gflops ぐらい
  • ``Big Mac'' : 10 Tflops ぐらい (Mac G5 1100 台)
  • 地球シミュレイター : 35.8 Tflops ぐらい
  • IBM BlueGene/L : 36.0 Tflops ぐらい
• などということ調べると， Matt が使ってた Macintosh G5 ってそんなに速いの? と調べてみたくなってしまった． ssh から G5 機に remote login， まずはぱいぷ樹木をコンパイルしてみる …… が， 開発環境のびみょーな差によって， なかなか苦闘する． makedepend がらみなところとか， STL な hash_map なところとか (後者は私のプログラムで名前空間の使いかたに問題あったため)．
• で， 実行して Dell 機 (Pentium4 2.4GHz) と比較してみると …… 私のプログラムは multi-thread 対応ではないんで， Mac G5 に積まれている CPU のうち一つしか仕事してくれない …… これはあたりまえのことなんだけど， 気づかなかった．
• このハナシの後日談． Pentium4 は 53 分ほどで計算を片づけた (pipetree2004a/trial の make sim1 54 年で終了)． MacG5 のほうはなかなか終らん． というのも， リモートで命じてる仕事が全力疾走してるのに， MacOS X カーネルは節電のためにいきなり昏睡してしまうのだ …… GUI 上で動きが無ければ． ああ， もちろんコントロールパネルで設定すれば， カーネルはいつでも起動状態にできるんだろーけど， そんなのはゴメンだい (本音: multi thread な計算プログラムを作るのは面倒)．
• 科研費申請しーづんであり， 三個所ほどにまきこまれている． 計算傭兵としては商売繁盛， なのかもしれんけど ……
• あれこれススまん． ひとくぎりついたのが 1700． 昼飯．
• このままではダメ人間度が「最強」までつよまってしまう， ということで， とある学術誌査読の原稿にとりくむ． 締切がせまっているので． 著者の所在地は 10000 キロメートル以上はなれてるから， ここに書いても特定できないと思うんだけど， 内容は個体群生態学なものである …… シラサギ の (後記: わざわざ強調までしていよいよ阿呆っぽいのだけど， シラサギってのは誤訳というかかんちがいで， 別ものでした……うう)． これはミミコウモリ のたぐいとは異り， 正真正銘の鳥類のサギである． 計算傭兵商売の良いところは， こういうふうにあちこちの分野にクビをつっこめる， というあたりなのかも ……
• 1.5 時間で読み終わる． とゆーのも， 本文 10 ペイジ弱と短い， 文章がよみやすい， データ解析がそれほどヒドくない， そして傭兵のやとい主たる編集者からの注文で 「トリの生態についてはどうでもいいから， 統計学的にまつわる部分だけに注力しろ」 というモノだったんで．
• で， 「解析がヒドくない」 と言いつつも， このデータ解析はほぼ全部やりなおしたほうが良さそうな気がする …… データはかなり注意ぶかく取り扱っているのは確かなんだけど， そうやって抽出してみせたデータの構造の特徴をうまく利用できていない．
• なぜなら …… 何か結論じみたものを述べるためには ゆーい差決戦主義たるべし， と思いつめてるよーで， それは信仰の自由だから勝手にしやがれと思うんだけど (ただしこの野外調査計画はぜんぜん検定むきではない)， 「まるっきりデータの分布にあってないぢゃん」 な正規分布・等分散な 分散分析だの線形相関の検定だの持ちだして自爆してるんで． 丁寧に味つけした料理を美味しそうなかんぢに皿に盛りつけたのに， 仕上げに表面が白くなるほど グルタミン酸ソーダをふりかけてまわるがごとき ……
• ま， 分散分析は最後ではなく最初にやってしまってるんだけどね． それゆえに， 全部やりなおし， というか． どうなんでしょ．
• とはいえ， まぢに考えると， 鳥の繁殖成功ってどういう統計モデルがいいのかよくわからんのヲ． 安直には Poission 分布一族のどれか， と言ってしまいそう． しかしながら， このデータみると産卵数にあまり大きくない「上限」ありそうで， ダメっぽい気がする． 個体群全体ならいいのか? あと， 繁殖に完全に失敗したつがいの取り扱いがよーわからん． 条件つき分布を考える必要あり?
• このあたりを確認して， なにか別の解析プランを示さんといかんのだろうねえ …… 査読というより無料こんさるたんとぢゃん． これでは．
• で， この論文原稿に多大の影響与えたらしい別の論文も読んでみる． これも鳥類統計学か …… そして鳥の種類によって現れたりする underdispersion には何か意味がありそう． underdispersion になる二項分布って， 何なんだろう …… うん? ひょっとして各つがいの行動が独立ではない? いや， それはヘンか．
• そして， underdispersion ないやつはウスきみ悪いほどに， 平均と分散の関係が理論どーりだ． とゆーか， このあたりの 平均 & 分散の計算方法に何か問題が内包されてるよーな気がする．
• ``♪ By'n by hard times comes a knocking at the door ...'' というわけでもないが， さっさと取りかかるべきだったアカマツ問題について， 小林さんから質問メイルが． とりあえずの返信．
• 2140 研究室発． 2200 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1020): 米麦 0.7 合． 卵焼き．
  • 昼 (1710): 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のカレー． 昨日の弁当を食わずに冷凍しといたもの．
  • 晩 (2340): 米麦 1.0 合． ハクサイ・ニンジン・タマネギ・エノキダケ・ 豆腐・しらたきの煮物．

2004 年 10 月 08 日 (金)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 曇． 0920 研究室着．
• また鳥の論文原稿にとりくむ (マヌケなことに， これの対象はシラサギではなかった ……いつものごとく， 私のかんちがいである)． 昨日かきわすれていたんだけど， この target のほうでは二値データなほうは理論どーりの 平均 vs 分散関係なのに， カウントデータについては underdispersion (過小分散) な Poission 分布だ． つまりこれは Poission ではないのだろう． 巣のあいだにイヤな相互作用がないと考えるならば．
• そうか， つまり二項分布もしくは多項分布で表現されるモデルと， それを単純化した (多値確率変数を二値に射影した) ベルヌーイ分布にしたがうであろう「成功した vs しなかった」 モデルの対応を考えりゃいいのかな? そうすれば「Poission だとすると underdispersion」 なナゾの説明になってる． つまり産卵数の上限が重要だ．
• あ， しかし調査地によっては平均 = 分散に近いな． 調査地 & 年の組み合わせによっては 平均 < 分散だったり． こういう ``overdispersion'' は単純に「個体差」というか， 抱卵の上手下手なんかが反映してるんだろう と理解すればいいような気がする． えーと， 良くない年・良くない場所では個体差がきわだつ， というような．
• と整理しておいてから， まずは元ネタ論文のほうを読み直してみる． えー， 元ネタ論文のほうはここに書いても差し支えないと思うんで， 記録しとく．

  Moreno, J., and V. Polo, J.J. Sanz, A. de Leon, E. Minguez, and J.P. Veiga. 2003. The relationship between population means and variances in reproductive success: implication of life history and ecology. Evolutionary Ecology Research 5: 1223-1237.

  こちらの underdispersion はナゾのままなんで． 何か計算方法に問題あり， なら理解は容易であるんだが ……
• 何となくわかってきた． おそらく， あくまでおそらくなんだが， これらの図に描かれている平均 vs 分散関係から読み取れることは，
  • 産卵数の上限があり， 良い環境にいるどんな母親であっても それ以上は産めない
  • 環境が劣悪になると孵化がうまくいかなくなるんだけど， そのときに複数個ある卵に対する孵化努力の やりかたにふたとーりあり:
  1. 環境が悪化すると巣内の複数の卵のうち 特定の卵だけは孵化させようと努力する (残りは孵化をあきらめる)
     (これに属していそうな鳥: マダラヒタキ，ムクドリ，アオガラ)
  2. 環境が悪化しても巣内のどの卵であっても 孵化させようとする努力は同じである
     (これに属していそうな鳥: ウミバト，アホウドリ，ウミツバメ)
  というようなコトがありそうな気がする． いや， 待てよ． 卵数の違いが何か影響してるのかな?
• 東研にいる長谷川理さんに， このあたりの質問メイルをだすと， わざわざ 8F まで来てくださった． 鳥類の造卵 → 産卵 → 抱卵 → 孵化 → 雛成長， の過程についていろいろと教えていただく． 原稿のデータに示されている平均 vs 分散関係から 読み取れる内容にそれほど間違いはなさそう．
• ただし， 上で孵化と書いてるけど， これはもっとあとの巣立ちまで含むのではないか， との御指摘． たしかに hatched ではなく fledged と書かれているな． これは辞書的には 「羽の生えそろった、(ひな鳥を飛べる様になるまで) 育てた」 という意味か． そして「巣内えこひいき」が発生するならば， 抱卵段階より雛へのエサやり段階のほうが容易ではある (あるいはヒナ間の強弱関係に左右される巣内エサとり競争)． これは鳥類なヒトたちには良く知られている現象だそうで．
• それから エサ場をコロニー内で共有している海鳥系と， なわばり維持な鳥たちのどちらで 「巣内えこひいき」 が発生しやすいか， はよくわからないとのこと． ふーむ， 興味ぶかい ……
• いきなり雑用の嵐にまきこまれる． 雪野さん産休中に講座事務の仕事を手伝ってくださる 三浦さん用の ThinkPad R50 届いたので， これの設定． すると 1500 からの Davis さんの大学院生むけ論文の書きかた 講習会の教室について， 心身ともに疲労する問題が発生して一時間ほどふりまわされる． 結論としては C104 を予約しといて大正解だったわけだが． また ThinkPad な雑用にもどる． ひととーり何とかなったので， 使用者たる三浦さんに説明．
• 昨日のぎょーむ日誌に「underdispersion な二項分布」 うんぬんと書いたところ (正確には「underdispersion な二値分布」とでも書くべきか)， さっそく粕谷さんから「それは一般化超幾何分布でしょう」 という御指摘をいただく． この分布は 3 年前 にも教えていただいたもので， ( generalized hypergeometric distribution )， 超幾何分布の variation である．
• 超幾何分布 と対応する壺モデルを考えよう． 赤玉があたりで，白玉がはずれ． 赤玉をひいたときに c 個の赤玉を壺に追加するのが 負の超幾何分布 で， c 個の白玉を追加するのが一般化超幾何分布とのこと …… 「一般化」というぐらいだから， 全部をふくむのかな? c = 0 なら超幾何分布， 赤玉 c 個なら分散が大きくなる超幾何分布 (負の超幾何分布)， 白玉 c 個ならその分散が小さくなる超幾何分布， というような? で， 赤白どちらでも追加するのが Polya-Eggenberger 分布 である， と．
• というふうに整理してみると， 二項分布や Poisson 分布からの逸脱をみたときに， 何でもかんでも混合モデル と考えてしまう久保式モデリングは問題ありかもしれませんなぁ． まあ， overdispersion かつ nested な状況とかだったら 混合モデルが便利であるんだけど． しかしながら underdispersion な場合には， 超幾何分布までたちかえってモデリングを検討せんといかん， というのが今回の教訓．
• 私がうだうだしてる間にやるべきことは増殖していく． 浦口さんがカエデ論文をさっさと直してしまった． そして， アカマツ問題も放置してる場合じゃない． そしていつまた院生がデータ解析ちょー難題を持ちこんでくるか は予測不可能である． ということで， いつまでも鳥の査読報告にかまけてるわけにはいかんのだけど ……
• しかしながら全体に進捗よろしくないまま， 2100 研究室発． 2150 帰宅． いきなり寝る． 明けがたに起きた． また寝た． わけわかりませんな．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ニンジン・タマネギ・エノキダケ・ 豆腐・しらたきの煮物．
  • 昼 (1710): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ハクサイ・ニンジン・タマネギ・エノキダケ・ 豆腐・しらたきの煮物．
  • 晩 : 食ってない．

2004 年 10 月 09 日 (土)

• 1030 起床． 朝飯． コーヒー． 不規則生活修復せづ．
• 怠業しつつ， ~/.gtkrc-2.0 に

  gtk-can-change-accels=1
  gtk-key-theme-name="Emacs"
  

  と書いてみる． これで galeon なんかの key assign をいつでも変更でき， かつ text box 内の編集が emacs ふうになる． 私が使ってるテキストエディターは vim なんだけど， web browswer 上のテキスト編集なんかは Ctrl + 何ちゃらで制動するほうが便利かも， ということで． むろん wiki なんかの長文入力な場合には w3m から vim を呼ぶけどね．
• ふーむ WebDAV とか Subversion とか面白そうだなあ …… とまた怠業してしまう．
• 1420 自宅発の北大構内走． 台風接近中の曇天． 明日はどうなることやら． 1505 帰宅． 体重 73.2kg． 少しは減ったのか? 昼飯．
• 1810 自宅発． 曇． セヴンイレヴンの ATM に初めてさわってみる． お， 私の口座だと手数料ゼロ円か． 世の中， 便利になったもんですなぁ． 1830 研究室着．
• 何もかも進捗せぬまま撤退決定． なにしに来たんだ． 2220 研究室発． 2240 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1420-1505． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1050): リンゴ．
  • 昼 (1530): 蕎麦． ハクサイ・ニンジン・タマネギ・エノキダケ・ 豆腐・しらたきの煮物．
  • 晩 (2300): 蕎麦． ハクサイ・ニンジン・タマネギ・エノキダケ・ 豆腐・しらたきの煮物．

2004 年 10 月 10 日 (日)

• 1010 起床． 台風 22 号は北海道をさけてどこかに行ってしまったようだ． とゆーことで， 北大駅伝は開催されてしまうのだろう． 朝飯． コーヒー． 1100 自宅発． 曇． 1110 研究室着． 着替えて研究室でて， ゆっくりジョンギング． 1135 陸上競技場着． のそのそと走って暖機運転．
• えー， 今回は研究科長が 2 チーム編成し， 私は遅いチームの 2 区 (3.3km) という一番ラクな担当である．
• 曇天． 1207 北大駅伝スタート．

[今年も]

かぶりものなチーム多数．

• 80 チームぐらいいるのか? 体育会系サークルも多数参加しており， 先頭集団は速い． 私は 1225 ごろから 13 分ほど走る． 一区の時点でかなり下のほうの位置につけており， このあたりは走りなれてないヒトたちが多いので， けっこう抜けたりする． しかしながら， 他人のペイスで走るのはくたびれるわけで， かなりばてばてでゴール． あとはひたすらのんびりストレッチングする．
• 1356 当チームの 5 人目の走者がゴール． めでたく完走． 地環研の速いチームはたしかに速かったんだけど， 昨年ほど上位には食いこめず． ゼッケン返却して参加賞うけとって解散． 1435 研究室もどる． 昼飯． 写真の整理してみる． するとカメラにこういう画像が残っていた．

[教授部屋掲示板]

作画は教授御令嬢によるもの．

• ここしばらく毎日のことながら， 仕事すすまづ． というか， 単純にばててる． A804 で 2 時間ほど寝てしまった． しかしながら， 寝てもぼーっとしたまま．
• いつものことながら， 「ここはこういう解析は○○の理由でダメで， こうしないといけない」 といった内容の査読報告を書くのがめんどうなのである． あるいは人造相関の指摘とかも． なぜ生態学者はかくもたやすく自らをあざむいてしまうのだろう． これの説明のほうがめんどうだな．
• しかし， 次にはカエデとアカマツがひかえてるわけで． さらにカラマツはとか? 苫小牧直径成長モデリングもあるなぁ． ど忘れしないうちに書いとくと， この苫小牧直径モデリングの「個体差」パラメーター， カエデ測定誤差推定と同じく「離散化」してしまえば， 計算速くなるよな． 少なくとも 4-5 倍は速くなるはず． なんで気づかなかったんだろう． まあ， 一度計算してみないことには， 個体差パラメーターの range が把握できないわけだが．
• 2020 研究室発． 2030 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大駅伝． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): シリアル．
  • 昼 (1450): 研究室お茶部屋． セヴンイレヴン握り飯 2 個．
  • 晩 (2230): 蕎麦． ハクサイ・ニンジン・タマネギ・エノキダケ・ 豆腐・しらたきの煮物．