ぎょーむ日誌 2004-09-(01-10)

2004 年 09 月 01 日 (水)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• 1000 より院試第二日目， 面接試験． 1150 ごろ終了． 今回はこの講座を第一志望とする受験生三名． すべて女性． 面接やりとりはそれぞれになかなか興味ぶかいものでした．
• 雑談メイルやりとりの中で， 釧路大会サイトは class 指定にヘンなところあり， Another HTML lint の採点では 100 点満点中の 20 点にしかならない， というご指摘をいただく． たしかにこれは釧路雑用でアタマをやられた私の けっこうまぬけなミスで …… そのあたり直すと 97 点まではもどった． しかし HTML ファイルとして良いものなのかどうか， あまり確信がもてない．
• 無事に台風北海道を脱出して福岡に戻られた 三上さん より連絡いただき， 生態学会今次大会において検討すべき最重要課題のひとつ， 海鮮ポークの正体解明に関して， じつはこれは道東と茨城県の一部でのみひそかに飼育・流通されている 海藻ポーク に他ならないと比定すべき 証拠の写真 「海藻ポーク 香さわやか」 がネット上に公開された． これに関わった多くの関係者の中の一人として， かかる難問に一定の解決が得られたことを喜ばしく思う．
• 昼飯．
• 昨日のミズキ (Cornus controversa) シュート問題に関して， さっそく 竹中さん より関連論文のご教示をいただく． 八田洋章さん たちのミズキ属 ヤマボウシ (Cornus kousa) のシュート構造に関するもので (共著者は 本多久夫さん と J.B. Fisher さん )，
  • Branching principles governing the architecture of Cornus kousa (Cornaceae)
    Author(s): Hatta H, Honda H, Fisher JB
    Source: ANNALS OF BOTANY 84 (2): 183-193 AUG 1999
  • Branch geometry in Cornus kousa (Cornaceae) : Computer simulations
    Author(s): Honda H, Hatta H, Fisher JB
    Source: AMERICAN JOURNAL OF BOTANY 84 (6): 745-755 JUN 1997
  やはり， というべきなのか， branching type は複雑で， とてもじゃないがゼロからここまで分類するのはすごくたいへんそうだ． このヤマボウシ研究を手がかりにすれば， ミズキのややこしそうに見える分枝構造も 比較的容易に解析できるのかもしれん．
• 八田さんの 1980 年と 1983 年の論文もオンラインで入手できる …… NACSIS の ELS なるデータベイス． あるいは紀要のオンライン目次から (1980 年 と 1983 年)．
• ミズキが分枝してるところの断面の おもしろい写真 発見．
• メイリングリスト stats 経由の情報 …… うーむ， 統数研 の 公開講座， 参加してみようかな． 11 月末か． 申し込みしめきりは 10/15， と．
• 統計学本よんだり， 分枝論文よんだり， メイルかいたり． あ， 釧路残雑用もすこし．
• 1940 研究室発． 2020 帰宅． 体重 72.8kg． 晩飯．
• いろいろとやらねばならんことがあるのに， 進捗しない …… 毎回恒例の大会ぼけ， というやつだな．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.7 合． サンマ． タマネギ・ナス・ナメタケ・油揚・かつおぶしの味噌汁．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． タマネギ・ピーマン・エノキダケ・卵の炒めもの． トウモロコシ．

2004 年 09 月 02 日 (木)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 曇． 0900 研究室着．
• しつこく釧路大会の 自由集会 ペイジの更新． 私の発表への質問で十分な回答ができなかったので， その補足回答づくりとか．
• 1140 ごろ， D3 志水さんの予備審ということで A804 によばれる． 私はデータ解析まわりの observer というあたりの役回りで． 十勝岳周辺の 地衣類 の分類 & 群集生態学という， 莫大な労力を要する仕事． 今回は副査に低温研の戸田さんが加わっており， なかなか exciting と表現すべき展開になった． 釧路大会雑用から逃れるべく豪州で一年間の大会亡命生活を送っていて， つい昨日帰国したばかりの露崎さんもはりきりぎみである． ということで， 3 時間ちかくを費した．
• 昼飯． 昼飯後はお茶部屋で一年ぶりまたは入学後はじめて会う 露崎師弟の会話というかお茶部屋雑談を拝聴したり．
• 甲山さんが発掘してきたどろねば流体森林論文問題にまきこまれる …… 却下されて 2 年ちかく放置されてたやつだ． しかしながら， 2-3 年前にはひどく単純化した仮定のもとで， ようやくモーメント推定量らしきものを計算すんのがせいいっぱい， という状況だったんだけど ……
• しかしながら， 私のほうはそれ以降から 現在にいたるまでに浦口さん・大澤君・鍋嶋さんその他， すなわち面倒な難題ばかりを考えだす 大学院生たちにキビしく鍛えられたおかげで， いまや こういうややこしい状況の推定計算をもっと現実的な仮定のもとで ばきばきと計算できてしまえるチカラを得てしまった …… 具体的にいえば， 混合モデルの数値的な推定計算でケリがつく． つまり放置されてた期間にこの問題はより一般的なカタチで 解決する手順がわかってしまったわけだ．
• まあ， 甲山さんともども計算のみなおしなどはやってみる． やはりこの問題に着手したのは 3 年以上まえで， そのときの人工的な仮定は無矛盾ではあるけれど， もはや邪魔なものばかり ……
• 混合モデルと何かつじつまあうか検討してみることにして， 本日の協議は終了．
• たいへんありがたいことに， 正木隆さん (現在は霞ヶ関でご活躍とのこと) からもミズキ文献を教えていただく． おもに小谷二郎さんによるもの． 正木さんが興味をもつ更新過程のものもいくつか含まれている．
  • 小谷二郎・富樫一巳. 1992. ミズキの葉の展開とシュート伸長. 日本生態学会誌 42: 115-123.
  • 小谷二郎・富樫一巳. 1995. 枝の伸長成長に伴うミズキの葉の生産性と冬芽形成. 日本生態学会誌 45 237-245.
  • 小谷二郎. 1997. 着果個体サイズから見たミズキの生育環境での適応性. 中部森林研究 45: 113-114.
  • 小谷二郎・高田兼太. 1998. 生育環境・着葉部位によるミズキの葉のフェノロジカルな対応. 中部森林研究 46: 77-78.
  • Kodani, J. 1999. Invasion pattern of nine deciduous broad-leaved species in a snow-damaged Ctyptomeria japonica plantatoin. Japanese Journal of Forest Environment 41: 1-6. (この雑誌は「森林立地」のことです)
  • Kodani, J. 2001. The effects of canopy gaps on seedling emergence and growth of two deciduous broad-leaved species (Cornus controversa and Prunus grayana) in a Crypotomeria japonica plantation. Journal of Forest Research (号と頁失念)
  • Zhou, T. S. & Hara, N. 1990. Shoot development and branching in Cornus controversa Hemsl. and Clethra barbinervis Sieb. et. Zucc. Phytomorphology 40: 102-112.
• 先月末に biometry に質問が投稿されてたので， その回答を試みる． 質問者は生死問題を分割表の問題としてとらえ， 解決を試みている． それは可能だ． しかしながら， 私のみるところそれは一般化線形混合モデルで計算したほうが すっきりしているように思える …… というような意見をまとめて投稿． ついでに自由集会ペイジを宣伝． せっかく粕谷さんに多重検定 PDF ファイルもらったわけだし．
• 1900 研究室発． 1930 帰宅． 体重 72.8kg． すごく空腹なんだが， 体重は落ちん．
• ふーむ， Apache では xssi なるわざがあるのか ……
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． タマネギ・ピーマン・エノキダケ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1450): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2130): スパゲッティー． タマネギ・ニンジン・ジャガイモ・ブナシメジ・ 豆腐のシチュー．

2004 年 09 月 03 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• う． 起動状態， 悪し． えー， 計算機ではなく自分自身が．
• 会計用名簿改良版を生成する Perl スクリプトかいて 釧路残雑用をひとつ始末する．
• いかん気力つきたか． 時刻はすでに 1100．
• とうだうだしてると統計学相談が二件ほど． ひとつは楽勝． もひとつは一見かんたんに見えて， じつはちょー難問． 計算量が莫大になる． 生態学ではときどきこういうのがあるんだよねえ …… 尤度方程式が 積(積分( ガンマ分布 × ポアソン分布 × 和(ポアソン分布 × 二項分布) )) というようなカタチになってしまう． しかも和をとるところは条件つき確率をかけないといけないし． とりあえず， ホントにこんな難問を解かねばならないのか， 相手に確認してみる．
• また流体森林論文にすこし巻き込まれる． 昼飯．
• えー， ぱいぷ樹木論文をススめなければならぬはずなのに …… 昼飯前の難問解説に少しばかりというかけっこう時間を使ってしまう． しかしいまやこういう面倒な確率論的モデルのパラメーターも R で (原理的には) 推定計算できてしまう時代なんですなぁ． めちゃくちゃ時間とかかかりそうだけど．
• 北大ネット管理者から連絡 (なぜ紙きれで)． お， router の MAC アドレスが変わったというのはチェックしてるのか． これはオンラインで登録変更できるよーで．
• ようやく， ぱいぷ樹木論文の匍匐前進にとりくむ．
• 1800 より講座のジンギスカンパーティー (ぢんぱ)． 研究科前芝生． 口実は露崎さん帰国 & 岳明さん (中国に) 帰国， というもの．
• 七輪でラム肉 (今晩は最下級ということになってる「丸ラム」が主体) やサンマを焼く． 焼いたり食ったりしてるうちに， 2000 すぎてしまって， NHK 「北海道スペシャル」(道内限定放送) 工藤岳さんが本上まなみと出演 (注: このリンク先の内容は放送終了後には変わってしまうでしょう) を見のがしてしまった． まあ， 録画してるヒトがいるとのことで， あとから見ればいいや．
• 露崎さんが「絶好調」モードな長談義が始まったので， それにつきあってると遅くなってしまった． 私の研究対象は生態学的事象というより生態学者そのもの， という側面もあるので酔っぱらって機嫌のよくなった生態学者は つねに興味ぶかい観察・調査対象である．
• ついでに， といってはたいへん失礼なんだけど， 同席していた M2 立花さんからコモチミミコウモリだけでなく ミミコウモリ もまたむかごを作る， というハナシも聞けた． 2445 研究室発． 2455 帰宅．
• [今日の運動]
  • 今日は運動してないなぁ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． タマネギ・ニンジン・ジャガイモ・ブナシメジ・ 豆腐のシチュー．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (1800): ぢんぱ．

2004 年 09 月 04 日 (土)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業． 1030 自宅発． 晴． 1040 研究室着．
• 朝飯がすくなかったので， お茶部屋で食パン一枚たべてると， M1 石橋君がきたのでミズキ相談． ついでに， 甲山さん指示でとってきたミズナラ top (leading) shoot の葉っぱ処理の検討． とりあえず葉面積と葉重量わかればよいのだけど， ついでにシュート重量なども測ればよいのでは， というようなコメント．
• メイルやりとり． 昨日のややこしい尤度方程式がらみなど， ぱいぷ樹木とは関係ないハナシばかりで． ふと思い出したんだけど， ガンマ分布とポアソン分布をたたみこめば， 負の二項分布になるな． 計算は多少はラクになるのかしらん? いや， だめかも．
• M1 牛原さんから統計学本の質問をうけたので， とりあえず， というか何はさておき粕谷さんの ぴんく本 をおススめするメイルをだす．
• いかん． 朝飯が少なかったせいか， すぐに空腹になる． 昼飯．
• 現実逃避のため雑用書類を …… 調べてみると， 私は住居手当として 18500 円うけとってる， とわかった．
• 寝不足なのか気力ぎれなのか …… かとーオフィス奥のソファで熟睡してしまった． めざめると時刻は 1730． まぬけだ．
• うーむ， 何もかも進捗せぬまま 1940 研究室発． 2020 帰宅．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): ヨーグルト．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 食パン． タマネギ・ニンジン・ジャガイモ・ブナシメジ・ 豆腐のシチュー．
  • 晩 (2230): にせバゲット． タマネギ・ニンジン・ジャガイモ・ブナシメジ・ 豆腐のシチュー． ニラ・キムチ・卵の炒めもの．

2004 年 09 月 05 日 (日)

• 0850 起床． 朝飯． コーヒー． 朝から怠業．
• 1200 自宅発北大構内走． 晴． 1310 帰宅． 体重 72.4kg． 昼飯．
• 北大構内走中に， 流体どろねば森林問題について検討してみた． 先日来， 甲山さんが復活をもくろんでるあれだ． どうもふに落ちない点があったもんで …… で， 走りながらアタマの中で問題を検討してるうちに， やはりとゆーか， けっこう致命的な問題を発見してしまった．
• その計算方法を正当化するために， 私のでっちあげた数学的証明の部分は無矛盾である． しかしながら， その計算を成立させるための仮定のひとつが (この仮定はとても重要かつ変更不可能)， 生物学的にはちょっと面倒な要求をしていることに気づいた． 純粋なる数学の問題ならばそれでも差し支えない． しかしながら， 生態学の問題解決に使うには無理かもしれん． この論文原稿には， 甲山さんによる熱帯林データへの適用例も含まれてしまっているんで．
• たいして重要なことでもないので， その「強い仮定」とやらを書いておこう． ここではサイズ成長速度なるものを問題にしてるんだけど， 「各個体に固有なサイズ成長速度 (生まれながらにして決まっている) 分布」 と 「その生物集団のサイズ分布」 は「独立」である， というもの．
• なにげない言明ぢゃん， と思うかもしれないけれど， この「独立」がもしホントに実現してるとすると， 生物学的にはいろいろな面倒をひきおこしうる， ということがわかった． も少し具体的に言えば， 生まれながらの成長速度とやらがその生物の死亡速度なんかにも (かなり御都合主義的なカタチで) あれこれ影響せねばならず， 一般に生物はそういうふうに我々にとって都合よくできている， とは考えにくいので …… この計算方法は現実の問題解決には使えない， という顛末だ．
• 単純化した事例で検討してみたけど， 「問題あり」という指摘には問題なさそう． えーい， いままでどうして気づかなかったのかな． いや， ちょっと待て．
• すると， だな …… これは成長速度の混合モデルを使った最尤推定法にも影響およぼしそうだ． ここでいう甲山計算法は， いまどきならばむしろ混合モデルを使ってより一般的に解決したほうが良い， と何日か前に書いた (あるいは Bayes 推定的と言ってもよいが)． しかしながら， (苫小牧直径成長モデルなんかで) これまで使ってきた混合モデルではランダム効果の確率分布 f が サイズによらず一定であると仮定してきたわけだ．
• これは現象の近似としては悪くないし， 上のような面倒な問題の原因になったりしないんだけど (なぜならランダム効果の定義にあいまいさがあるため) …… モデル選択をする立場からいうと， 代替モデルの一例として， サイズとかによって f のカタチが (とうぜん平均値は「ゼロ」のまま) 変わってもいいわけだ． ふーむ， 興味ぶかい． たとえば f の variance がサイズとともに減衰 (!!) する， とか? こういう確率分布を導入することで， あてはまりが改善されるのであれば， じつに個体群生態学的な問題， というべきなのか ……
• ま， 植物の場合， サイズみても齢がわからんのでイヤなんだけど． すると variance は一定というようなモデルが選ばれるべきだよな． 人間に構築できる最良のモデルとしては．
• 1530 自宅発． 晴． 1540 研究室着．
• 混合モデル問題をしつこく検討 …… って， こんなことやってる場合ぢゃないんだが．
• ぱいぷ樹木論文， ススまん． これはたいへん危険な状況なんだが …… と思いつつも撤退． 2020 研究室発． 2040 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1200-1310． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): にせバゲット． タマネギ・ニンジン・ジャガイモ・ブナシメジ・ 豆腐のシチュー．
  • 昼 (1340): 蕎麦．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ハクサイ・モヤシ・エノキダケ・豆腐の炒めもの．

2004 年 09 月 06 日 (月)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• R の glmmPQL() (in MASS library) について質問いただいたので， 返答をこころみる． 内容は Ripley 御大の 「擬似尤度の限界を考慮せよ」 (これ あるいは これ) ということになるのだが． 書いててふと思い出したんだけど， 釧路大会でみたとあるポスター発表でも glmmPQL() で得られた推定結果を検定 (尤度比検定?) やってたような …… そちらにもお尋ねメイルだす．
• いかん， 擬似尤度関連の文献に没頭してしまった． 2002.12.18 の ぎょーむ日誌 ですでに書いてるよーに， glmmPQL() & QAIC こんびねいしょんワザは Poisson 分布モデルとかしか使いどころがないな． えー， つまり glmmPQL() は「overdispersion のどあい」 を見積もる関数， と考えればよいわけで， と (Crawley ``Statisitcal Computing'' 本にもそういう記述があったような)．
• その文献のひとつを Cannon LBP-2810 で印刷出力しよう， としたときに生じた問題とその対処法:
  1. 黒トナーぎれの警告がでて印刷ジョブ全停止
  2. セコくも黒トナーカートリッジをふって 粉末分布を一様化， 再装着してプリンターをごまかそうとしてみた
  3. すると激怒したプリンターは 「全トナーカートリッジに問題あり」 という警告を発して完全にぎょーむ拒否
  4. [対策] このときに警告を無視して 「オンライン」 にするとプリンターはだまされてしまう (警告が消えて印刷可能になる)
• うう． 昼飯前のしごとは擬似尤度で終った． 1245 研究室発北大構内走． 雨ふりそうな曇天． 1325 もどる． 昼飯．
• 午後はぢりぢりとぱいぷ樹木作図．
• 2020 研究室発． 2030 帰宅． 体重 73.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1245-1325． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． ハクサイ・モヤシ・エノキダケ・豆腐の炒めもの．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2200): 米麦 0.9 合． ハクサイ・モヤシ・エノキダケ・豆腐の炒めもの．

2004 年 09 月 07 日 (火)

• 0810 起床． 不調． コーヒー． 0910 自宅発． 曇． 0920 研究室着．
• 不調もーどではあるが， 釧路大会廃人もーどをぢりぢりと脱出中． とりあえず， ぱいぷ樹木論文作図のつづき．
• ぢりぢりとしか進捗せず． 雨ぱらぱらふってきたので北大構内走は延期して昼飯．
• 今年も統計学授業やれとのお達しメイル． 今回は 2 回でやれってことで， 11/24 (水) と 11/29 (月) …… 統数研の 公開講座 とぶつかってるぢゃん． やれやれ． 統数研でお勉強， はまたの機会ということで．
• 午後も作図というか清書図プログラミング． 基本的に， おもしろくない． 集中力がぶちぶちと断絶ぎみ．
• どうも進捗せんなあ， と思いつつ撤退． 1950 研究室発． 2000 帰宅． 体重 73.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 : 食ってない．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2040): 米麦 0.9 合． ニラ・ピーマン・キムチ・卵の炒めもの． ダイコン・ハクサイ・ニンジン・ブナシメジ・ カツオ・コンブの味噌汁． む． ひさびさに一汁一菜が成立したか．

2004 年 09 月 08 日 (水)

• 0800 起床． 昨晩は台風 18 号のせいでかなり雨が降ってたみたいだ． 今朝は風が強くてアパートがぐらぐら揺れる (4F)． 台風の目が 100km 弱はなれたところを通過中， のようで． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 曇天ときどき晴． 強風． 0910 研究室着． A 棟 8F かとーオフィスの窓をちょっと開けると， 外は暴風というかんぢで．
• またぱいぷ樹木作図． いぜんは gnuplot でやってたのを， なぜか R で書き換えてるわけだが．
• 0950 瞬間的な停電 (電圧低下のみか?)． おそらく台風が原因． かとーオフィスは損害なし． ただし強風のせいで， 部屋ゆれる． 少しばかり．
• 8F から見おろすと …… 北大構内の樹木たち， ばきばきと折れまくってるな． 台風にはヨワくて， 幹折れ・根がえりも多数． 風倒被害甚大のよーで．

• 石井さんから R の glmmML() 質問あったので (一般化線形混合モデル を計算してくれるあれ)， そちらに流れてしまう． 鍋嶋さん下請けのときに改善した stepAIC.glmmML() と森君データをくっつけて例題を構成してみる． しかしつまらんミスで 10 分ほど浪費してみたり．
• 札幌市内， 朝から救急車のサイレンなりっぱなし． 撹乱見物かねて 1350 北大構内走． 晴 …… いやー， まず地環研まわりがけっこうヤられてますなぁ． 現時点では車輌は出入りできん． 人間がとおれるようになるのは来週以降か．

• 小さな物置 (高さ 2.5m，幅 4m ぐらいのやつ) なんかが横転していたり．
• クラーク像まわりは老木がおおいせいか， 腐った幹の幹おれが目立つ． 注意書きどーり倒れてるハルニレとか．

• いわゆるポプラ並木は南からはよく見えないので， 工学部うらのルートをとおって北からみると現状がよくわかる． 半分以上たおれてるんでは (倒れる前の写真例としては これ とか これ )． 見たかんじあまり倒れてないと思うかもしれないけど …… 二列縦隊のなぜか東側 (風下側) ばかりが消失していたり (あとで新聞報道みたら 50 本中 20 本が倒れたそーだ)．

• 構内北側は頑丈な木が多かったせいなのか， 根がえりが目立つよーな …… 私のジョギングコースである低温研-獣医学部前の軟質舗装道路も とうぶんは通れないよーで．

• 1430 研究室に戻る． いやー， 北大構内はいわば 「撹乱博物館」 とでもいうべき状況であった． 勉強になる． そして構内は「樹木の屍臭」というか …… なんと表現すべきかわからないけど 二次代謝物の香りただようのであった．
• また石井さんにとっつかまって， R における順序変数のあつかいについて …… 実験して調べてみると， どうもこれは順序を整数に変換した多項式回帰みたいなことやってる， とわかった． ふーむ．
• 1510 昼飯． 昼飯後はひたすらパイプ樹木論文の作図．
• 1830 ごろ， どーにかこーにか作図はひととーりできたか? あ， 密度関連の図もふたつばかり必要だったか．
• ひとつ作ったところでお茶部屋に行くと …… 例の工藤さん & 本上まなみの NHK 高山植物番組の DVD 録画を iMac で再生していて， 最後まで見てしまった． なかなか教育的な内容だった． しかし， 高山植物たちってなんか花への allocation がすごい， という気がした． 同化物の分配が． 花自身が光合成とかやってないと赤字になるんぢゃなかろーか．
• もう一枚の図も終らせて 2130 研究室発． お． 地環研を幾重にも包囲していた倒木は意外にもすばやく 道路わきに撤去されてる． 2150 帰宅． 体重 72.6kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1350-1430． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． ダイコン・ハクサイ・ニンジン・ブナシメジ・ カツオ・コンブの味噌汁．
  • 昼 (1510): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ダイコン・ハクサイ・ニンジン・ブナシメジ・ カツオ・コンブの味噌汁．
  • 晩 (2240): 米麦 0.7 合． ダイコン・ハクサイ・ニンジン・ブナシメジ・ カツオ・コンブの味噌汁． セロリ・タマネギ・ピーマン・ショウガ・ホタテ の炒めもの．

2004 年 09 月 09 日 (木)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 曇． 0920 研究室着．
• 昨日のぎょーむ日誌記述の， ポプラ並木の「風下側ばかり倒れてる」 写真 (道新の記事)． あ， 朝日新聞なんかにも でてるな． 全国に報じるほどのものかしらん? たしかに観光客には人気の場所だったけど．
• 苫小牧情報二件． 林長殿が toef-ml に投稿したところによると， 研究林も台風のせいでけっこう壊れてしまったようで． やはり今回は 30-40 年あるいはそれ以上の間隔に一度， というような規模の風撹乱だったのかな．
• そして撹乱があれば何かおもしろいことできないかな， と考えてしまうのが森林生態学者の病癖である．
• もひとつは， 講座総動員令． その研究林横にある国有林の 4ha 調査地の毎木調査を 10/19 (火) - 22 (金) にやります， というもの． 教官どもなんぞよりよほど真面目かつ権威ある調査隊長より． 「長期間継続してこそ貴重な調査， その一端を担う喜びを，共に噛みしめましょう」 …… この見事というほかないキャッチフレイズに， 私はひどくおびえさせられてしまった． なぜかしら， 英雄的労働者， ソヴィエト連邦， シベリアの森， 流刑地 …… というような単語群がアタマの中で連想されてしまって， ですね．
• パイプ樹木論文． こんどは作表． これは図よりもややこしくなりそうなので， とうぜん自動化する必要がある．
• 1225 かとーさんにまた何やら押しつけようとした 林長殿 (上述) がとつぜんあらわれる …… 苫小牧の台風被害なる写真みせていただく． クレーンまわりとか． 台風進路からはずれていたのに， どうしてこんなにばたばた倒れるんだろうか．
• 撹乱写真， なかなかいんぱくとあるんだが …… なんと林長殿が Ecological Research IGBP 特集号論文原稿をすでに仕上げてきた， という事実のほうがより衝撃的であった． じつは， 私がいまさらながらぢりぢりとススめてるのもその一部で， 来週水曜日に提出せんといかん． 林長殿といえば締め切り日がすぎてから着手する， というのが「お約束」だったはずなのに …… うらぎられた気分だ． と同時に， まだ作表とかやってる当方の現状の深刻さを認識させられてしまった．
• TOEF 研究林サイト にも写真あり， なにやら見おぼえある直径測定バンドまかれた台風倒木の そばに悄然と立ってるのは …… うわっ， 苫小牧ボス殿でありましたか． 太平洋がわにはとうぶん近づけないような気が．
• 甲山さんは TOEF 風倒木のてっぺん (梢端) をかたっぱしから 刈り取る陰謀を進行中のよーで． 火事場泥棒ならぬ台風あと泥棒というようなノリだ． 院生たちに緊急動員令を発してまわっている．
• ところで道新によると， 今回の台風 18 号のたどった進路はちょうど 50 年前に北海道森林を破壊してまわった 洞爺丸台風 と同じだったそーで． やはり 50 年に一度の撹乱， というかんぢだったのか?
• お茶部屋にて， 利他的な人々が計画した宣教師殿お誕生日いわいに参加． 羊蹄山ふうな外見ながら「モンブラン」と呼ばれるケイキ (たしかに栗ペイスト層があったけど) のまわりにロウソクが林立する． みなさんと小一時間ほどおしゃべり．
• 正木さんから論文おくっていただいたので， そのお礼書きとか．
• 1505-1535 北大構内走． 曇天． 北大構内， 車が通るようなところは風倒木の処理が おおむね終了しているように見えた． 北大北部の樹木密度が高いところはけっこう被害がひどく， しかもヒトがあまり通らないのでとりあえず放置されたまま． 鳥たちのねぐらになっていたのか， カラスが心配そうにうろうろしている．
• 研究室にもどって昼飯．
• 九大の大学院生・安元さんから R の glm() のじつに興味ぶかい使いかたについて教えていただく． family = quasibinomial と指定し weight でブロックごとの標本数を指定すると， 一種の重みつき (非線型最小二乗法的な印象の) ロジスティック回帰の計算ができてしまう． これは数年前に粕谷さんが提案していた手法だ． この組みあわせでそれを実現させるわざはトリッキーであり， 驚かされる． そして簡単な事例 (overdispersion ない場合) で実験してみると， ふつーに glm(..., family = binomial) した場合と推定値が一致する (おそらく形式的には同等であるため) …… えー， 安元さんは粕谷さんと同じ研究室なので， この手口には粕谷さんの趣味が多分に ……
• こういった overdispersion 問題について， もうちょい調べてみたいんだけど， ぱいぷ樹木論文がありまして， というような言いわけメイルを西日本に送信することに． えーい．
• しかしながら， さっさとぱいぷ樹木論文すすめなくては， と言いつつ MASS 本 など熟読してみたり．
• いやはや， ぱいぷ樹木だ． しかしながら， 昼飯にちゃんとした弁当を食べると， 夜になっても空腹にはならないけど， 集中力は途絶ぎみになるなあ． 途絶．
• 1950 研究室発． あらら， 倒木は委細かまわず輪切りにされちゃってるようで …… たとえば昨日公開のこの写真左上の 小さな樹は地環研前で倒れていたやつなんだけど (エゾヤマザクラ，だっけ?)， 植えなおぜばまた息をふきかえすだろう， と思っていた． しかしながら帰りがけに見たら， すでに細断されてしまっていた． うーむ． ポプラ並木の生残木とかも伐倒されたりするのか? 「いつ倒れるかわからんから」 というような理由づけで．

• 2010 帰宅． 体重 72.6kg． 晩飯．
• 兵庫の 松村さん より 自由集会ペイジ のリンクまちがいを教えていただき， さっそく修正する． 松村さんサイトを拝見していると， 今回の私の例題を R で実行する手順 を説明してくださっているので， そちらにもリンクを．
• このあたり， 半自動でやってくれる自作関数をさっさと公開したいんだけど …… これもまた来週以降ですなぁ．
• しばらく雑談メイルを自粛してみたんだけど， だからといって仕事がはかどるわけでもないので， とどこおっていた返信を何通か書いてみる． しかし， いよいよ残り時間がないなぁ． 「地の利」をいかして「提出原稿のさしかえ」といった不正をやるつもり …… ではないんだけどねえ．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1505-1535． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． セロリ・タマネギ・ピーマン・ショウガ・ホタテ の炒めもの．
  • 昼 (1550): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． セロリ・タマネギ・ピーマン・ショウガ・ホタテ の炒めもの．
  • 晩 (2040): 米麦 0.7 合． セロリ・タマネギ・ピーマン・ショウガ・ホタテ の炒めもの．

2004 年 09 月 10 日 (金)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 地環研玄関に先日の院試の結果が張り出されている． ここの講座， 全員合格． 3 名とも女性． やはり女性受験者は優秀というか， まず破綻がない． そしてこの講座の女性大学院生支配はますます強まっていくのだろう． 0930 研究室着．
• 昨日にはできてるはずだった自動作表プログラム書き．
• お茶部屋の iMac の Samba (ゐんどーづとのファイル共有) 問題にまきこまれる． また， かとーさんが解決してくださったわけだが …… 原因はかなり奇怪なものであった． なぜかしら， user と group が一致してないと Samba 経由でファイル共有できない． そして MacOS X は最初のアカウントを staff にしてしまう． ということで， 最初に作られたユーザーは Samba ファイル共有できないんでは， というもの． 解決策としては， ユーザーを作り直すしかない， というような．
• ぢりぢりと作表プログラミング． もちろん内容も作りつつ．
• しかし寝不足ぎみのせいか集中力キレる． そこで R の lme4 (in CRAN) library インストールしてみる． そのためには Matrix (in CRAN) もインストールする必要あり．
• かとーさんに解説していただいたところによると …… lme4 の作者は Douglas Bates 氏 と Deepayan Sarkar 氏 であり， このひとたちは線形 & 非線形混合モデルの nlme の共著者でもあるわけだが ……
• lme4 は線形モデルのたぐいしかあつかえないんだけど， S4 クラスを使っていて， 今のところ良く使われている nlme libarary の置き換えをねらっているらしい． 主たる計算関数は lme() である (余談ではあるけれど現時点では lme4 と nlme は「干渉」してるな)．
• S4 クラスとは何ぞや， については R News の Volume 3/1 (June, 2003) に Douglas Bates 氏 自身による解説記事が掲載されており， 参考になる． 要約するなら， 現在主流の S3 クラスオブジェクトは informal な定義しかなくて， 便利だけど継承を重ねていくと危険であり， それにたいして S4 はそういう問題点を解決している， ということだ．
• で， 一般化混合線形モデル (GLMM) なんだが …… GLMM の「線形」な性質をうまく使って lme() を呼び出して混合なロジスティックやポアソンモデルの計算やらせる， という関数が lme4 には入っていて GLMM() なる名前になっている． これには計算方法がふたつあり， ひとつは例の罰則つき擬似尤度法 (PQL; penalized quasi-likelihood …… これは私がまだよくわかってない …… 安元&粕谷計算法に近いのか?) を使うもので， もひとつは (今度は聞いたこともない) Laplace なる計算方法 (おそらく最適化計算法の一種?) を使ったもの． たしかに両者で推定値が異なってはいる．
• ところで， 「元祖」とでもいうべき nlme を使って GLMM の PQL 計算させましょう， というのが Brian Ripley 御大 の glmmPQL() (in 標準ライブラリ MASS) だ． さらに簡単な GLMM に関して， 最尤法でケリをつけましょうというのが Göran Broström 氏 の glmmML (in CRAN) である．
• で， ひとつ問題なのは， 現時点では (少なくとも) あまり「きれい」ではないデータを与えた場合，
  • GLMM() --- lme() & PQL 計算
  • GLMM() --- lme() & Laplace 計算
  • glmmPQL() --- nlme() & PQL 計算
  • glmmML() --- 数値積分による対数尤度最大化計算
  • (その他の方法，たとえば gee() を使う，など)
  の推定結果がそれぞれ異なる， というあたりにありそうで …… メイリングリスト R-help でも議論されているけれど 決着がついてない ように見える．
• 本日は 苫小牧研究林 に「台風あと泥棒」部隊が派遣されているんだけど …… 派遣責任者の甲山さんはこのあたりでうろうろしており， いろいろな雑事に巻き込まれる． 旧 PowerBook 無線 LAN 問題とか (これまたかとーさんが解決)．
• ところで， 昨日かいた地環研前サクラばらばら事件は， じつは他ならぬ甲山さんの意見によるもの， とわかった． 「植木屋がてきとーに持ってきたサクラなんて …… だいたいカッコわるいじゃない」 とのことで． じゃあ北大の植木にするなら何がカッコよいのかとお尋ねすると， Tilia のたぐい (シナノキ科; シナノキやボダイジュなど) などがいいんぢゃない， なるご意見のよーで．
• 現時点で必要とされる 作業用プログラミングは終了． しかしぢりぢりとした進捗のみにて撤退． 1850 研究室発． 1900 帰宅． いきなり寝てしまった． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． タマネギ・セロリ・ナス・サツマイモ・豆腐のカレー． S&B とろけるカレー， 辛口．
  • 昼 (1510): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． タマネギ・セロリ・ナス・サツマイモ・豆腐のカレー．
  • 晩 (2200): そうめん．