ぎょーむ日誌 2004-09-10

2004 年 09 月 10 日 (金)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 地環研玄関に先日の院試の結果が張り出されている． ここの講座， 全員合格． 3 名とも女性． やはり女性受験者は優秀というか， まず破綻がない． そしてこの講座の女性大学院生支配はますます強まっていくのだろう． 0930 研究室着．
• 昨日にはできてるはずだった自動作表プログラム書き．
• お茶部屋の iMac の Samba (ゐんどーづとのファイル共有) 問題にまきこまれる． また， かとーさんが解決してくださったわけだが …… 原因はかなり奇怪なものであった． なぜかしら， user と group が一致してないと Samba 経由でファイル共有できない． そして MacOS X は最初のアカウントを staff にしてしまう． ということで， 最初に作られたユーザーは Samba ファイル共有できないんでは， というもの． 解決策としては， ユーザーを作り直すしかない， というような．
• ぢりぢりと作表プログラミング． もちろん内容も作りつつ．
• しかし寝不足ぎみのせいか集中力キレる． そこで R の lme4 (in CRAN) library インストールしてみる． そのためには Matrix (in CRAN) もインストールする必要あり．
• かとーさんに解説していただいたところによると …… lme4 の作者は Douglas Bates 氏 と Deepayan Sarkar 氏 であり， このひとたちは線形 & 非線形混合モデルの nlme の共著者でもあるわけだが ……
• lme4 は線形モデルのたぐいしかあつかえないんだけど， S4 クラスを使っていて， 今のところ良く使われている nlme libarary の置き換えをねらっているらしい． 主たる計算関数は lme() である (余談ではあるけれど現時点では lme4 と nlme は「干渉」してるな)．
• S4 クラスとは何ぞや， については R News の Volume 3/1 (June, 2003) に Douglas Bates 氏 自身による解説記事が掲載されており， 参考になる． 要約するなら， 現在主流の S3 クラスオブジェクトは informal な定義しかなくて， 便利だけど継承を重ねていくと危険であり， それにたいして S4 はそういう問題点を解決している， ということだ．
• で， 一般化混合線形モデル (GLMM) なんだが …… GLMM の「線形」な性質をうまく使って lme() を呼び出して混合なロジスティックやポアソンモデルの計算やらせる， という関数が lme4 には入っていて GLMM() なる名前になっている． これには計算方法がふたつあり， ひとつは例の罰則つき擬似尤度法 (PQL; penalized quasi-likelihood …… これは私がまだよくわかってない …… 安元&粕谷計算法に近いのか?) を使うもので， もひとつは (今度は聞いたこともない) Laplace なる計算方法 (おそらく最適化計算法の一種?) を使ったもの． たしかに両者で推定値が異なってはいる．
• ところで， 「元祖」とでもいうべき nlme を使って GLMM の PQL 計算させましょう， というのが Brian Ripley 御大 の glmmPQL() (in 標準ライブラリ MASS) だ． さらに簡単な GLMM に関して， 最尤法でケリをつけましょうというのが Göran Broström 氏 の glmmML (in CRAN) である．
• で， ひとつ問題なのは， 現時点では (少なくとも) あまり「きれい」ではないデータを与えた場合，
  • GLMM() --- lme() & PQL 計算
  • GLMM() --- lme() & Laplace 計算
  • glmmPQL() --- nlme() & PQL 計算
  • glmmML() --- 数値積分による対数尤度最大化計算
  • (その他の方法，たとえば gee() を使う，など)
  の推定結果がそれぞれ異なる， というあたりにありそうで …… メイリングリスト R-help でも議論されているけれど 決着がついてない ように見える．
• 本日は 苫小牧研究林 に「台風あと泥棒」部隊が派遣されているんだけど …… 派遣責任者の甲山さんはこのあたりでうろうろしており， いろいろな雑事に巻き込まれる． 旧 PowerBook 無線 LAN 問題とか (これまたかとーさんが解決)．
• ところで， 昨日かいた地環研前サクラばらばら事件は， じつは他ならぬ甲山さんの意見によるもの， とわかった． 「植木屋がてきとーに持ってきたサクラなんて …… だいたいカッコわるいじゃない」 とのことで． じゃあ北大の植木にするなら何がカッコよいのかとお尋ねすると， Tilia のたぐい (シナノキ科; シナノキやボダイジュなど) などがいいんぢゃない， なるご意見のよーで．
• 現時点で必要とされる 作業用プログラミングは終了． しかしぢりぢりとした進捗のみにて撤退． 1850 研究室発． 1900 帰宅． いきなり寝てしまった． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． タマネギ・セロリ・ナス・サツマイモ・豆腐のカレー． S&B とろけるカレー， 辛口．
  • 昼 (1510): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． タマネギ・セロリ・ナス・サツマイモ・豆腐のカレー．
  • 晩 (2200): そうめん．