ぎょーむ日誌 2005-09-28

2005 年 09 月 28 日 (水)

• 0720 起床． (書類上の) 夏休み最終日． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 晴． 0945 研究室着．
• いろいろメイル書き． 今年は 苫小牧 では 2001 年以来の leaf miner の大豊作だそーで． 虫の個体数変動ってほんとわけわからんよね …… 樹木でいえば「種子のなり年」みたいに考えればいいのか? とはいえ機構はぜんぜんちがうけど． ともあれ， 苫小牧直径成長問題もあるんで， ちかぢかまた「借金返済滞納いいわけ」苫小牧出張， ということになりそうだ ……
• いきなり北米大陸から電話がかかってきたり．
• うーむ， 九月がぢりぢりと終りつつあるんだが， 今月は (主観的には) 生態学会さーばー雑用と自分の計算機 ThinkPad X31 暴走どたばた にけっこう時間とられてしまった． また， 現在満喫している「書類上の夏休み」はともかく， 広島の統計学会連合大会参加五日間ってのが 実質的な夏休みみたいなもんだったし． でーた解析こんさる業もいろいろあったしねえ ……
• と， 仕事がススんでない言いわけをアタマの中で いろいろと列挙してみる．
• といったさらに非生産的なことに時間をついやすのもなんなので， 現在滞納しつつあるぎょーむ一覧とその対策を くだんの雑用 Wiki に書き出してみる． やっぱ ゐき はお手軽だわ …… 共同研究の役にもたつしね (皆さんとネット上で図表をふくむ情報を共有できるんで)．
• あ． また研究費消耗雑用にはまりこんでた． 具体的には本の発注リスト作成． いつのまにか Ecology 4th ed. (著者順が Begon, Townsend and Harper になってる) が出てたんだねえ．
• Gnome desktop なんてつかってないんだけど， Gnome まわりの挙動不審で苦闘してしまう．
• とうだうだしただけで時間がすぎてしまって， 昼飯時間． いやはや．
• さらにいやはやつづく． いろいろやることあるのに， なぜかしら，

  Gilks, WR et al. 1995. Markov Chain Monte Carlo in Practice. Chapman & Hill.

  のあちこち読むことに没頭してしまった． 10 年前の本だけど (だからこそ?)， これは初心者むけだよなぁ． とりあつかってる内容もいろいろあるし．
• と読みはじめると関連文献よみが止まらなくなる． 以前よんだときにはよくわからなかった部分， 今回はかなりわかったような気分になる．
• で， 夕方から夜にかけて屋久島葉っぱ脱落速度推定計算方法の再検討． なるほど， じつはこれが気になってたから他のことに手がつかなかったのか， と今さらながらにわかった．
• 「a 齢までに死亡する確率」 を logistic 曲線で近似すんのはまちがい， と以前にかいた． 各齢における「年ごとの死亡確率」がだんだん低下するからだ．
• これは人間の集団みたいに 10 万人とか 1 億人の標本数をあつかうときには重要である …… しかし今回のよーに 「葉っぱが 5 枚でて 3 年でほぼぜんぶ脱落しました」 みたいな状況では 「ほとんどの個体が死んでる状況での年間死亡確率」 なんてどうせ正しく推定できないんだから， いいかげんな関数形でも実害はなさそう．
• というようなことを， (人間の生残解析でよくつかわれる) Weibull 分布 や 極値分布である Gumbel 分布 (うん? Wikipedia では Fisher-Tippett distribution となってるな) などヒネりながら考えたのであった．
• まあ， どっちにしろ glm() とかでお手軽に推定できる問題ではないんで， 「a 齢までに死亡する確率」 は単調増加で [0, 1] なら何でもいいんだけど．
• ふーむ， おそらく logistic 曲線で代用した場合， 齢 a の二次の項ぐらいまでいれとけば実用的には十分かも． 等差数列の和がそれぐらいの order であるからだ．
• 1920 研究室発． 1950 帰宅．
• 2140 自宅発北大構内走． いろいろと文献からアタマにつめこまれた知識， 走ってると相互の連関が単純化されるような気がする． 葉っぱ脱落推定に使うかどうかわからんけど， EM アルゴリズム についてアタマの中で勝手に整理されていく．
• 今までよくわからなかった部分， 排他事象ごとに尤度を計算してその期待値を最大化すべきところを， この手法では対数尤度の期待値 最大化におきかえるわけだが …… これは簡単そうなことながら実感として 「なぜそうしてよいのか」 わからなかった．
• しかしながら紙も鉛筆もない状況で検討してみると， これはいつものごとく 「対数尤度は尤度の単調増加関数」 といったごくあたりまえの関係から 「対数尤度の期待値を最大化するパラメーターは最尤推定値にほかならない」 と実感できるようになった． こういう実感がないと自分の道具として使えないんだよね …… ともあれ一件落着．
• EM アルゴリズムは安心して使える道具， となったんでこれでまた少し「自由」になれた， というかモデリングにおける発想の不自由さの制約がひとつとれた， というか．
• 2230 帰宅． 体重 73.4kg． 晩飯．
• 「(書類上の) 夏休み」最終日終了． しつこく うそ日記 を書く．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): マカロニ． キャベツ・ピーマン・豆腐のカレースープ．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ニンニク茎・ショウガ・鶏ハツ炊きこみ飯． キャベツ・ピーマン・豆腐のカレースープ．
  • 晩 (2305): 米麦 0.8 合． キャベツ・ピーマン・豆腐のカレースープ． ネギ・タマネギ・ピーマン・卵の炒めもの．