ぎょーむ日誌 2004-12-(11-20)

2004 年 12 月 11 日 (土)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0950 自宅発． 雪． 1000 研究室着．
• 朝， またまたぼーっと集団遺伝学問題考えていて， なんだかヘンなことに気づいた． いま調べているいくつかの遺伝子座が完全独立だったとしよう． つまり連鎖がないとする． しかしながら， その遺伝子たちの運び手である植物が無性繁殖 (自分をコピーする増殖) だけやっているとしたら， どうなるか? 「ホントは連鎖がないのに， 見かけのうえでは (そして遺伝子動態のうえでは) 全遺伝子座が完全連鎖」 になってしまうのではなかろーか． いうまでもなく Hardy-Weinberg 平衡なんかも実現しない．
• 1100 より低温研 M2 阿久津君の統計学コンサルタント． R をいろいろ使いこなしておられるよーで …… 1220 ごろ終了． 戸田さんは多変量解析がお好きだそーで．
• 弁当もってくるの忘れたんでいったん帰宅． あいかわらず雪がぱらぱらと． 昼飯． 1350 研究室にもどる．
• 苫小牧直径成長モデルメイルかき． ここにきて， これまでの説明不足が露呈しつつあるような ……
• また 霜月さん にいろいろとご教示いただく． Felsenstein の Inferring Phylogenies なる本が面白そうなので， (研究費も尽きつつあるようなんで) Amazon で私費で買おうとしたところ， 割高な used ものしか受注してない． しょうがないので， 北大生協 でオンライン発注． 時間はかかりそうだけど 6000 円ちょいですむ．
• やるべきこともやらずに， 当面の仕事に関係なさそうな本など読む． いわば研究室内怠業というべきだろう．
• ちかごろ google の応答が遅いような気がする． ときどき． くだらぬ検索は自粛せよ， というメッセージなのか?
• うーむ， じつにまぬけなことに …… ThinkPad X31 の無線 LAN 機能は Linux から使えない， と思いこんでいたんだが， madwifi なるドライヴァー (kernel module) が昔からあった， ということに今日になって気づいた． いつかインストールしてみよう．
• アタマの中が， 集団遺伝学とベイズ統計のあいだをいったりきたりしてるんだが …… 考えれば考えるほどこれは難問という気がしてきた． 分集団の大きさを有限とするか無限大とみなすかで， ずいぶんと結果がかわってきたり． まったく非現実的なんだが， 案外「無限大」仮定のほうが面倒がすくないのか? 相互作用あらわすパラメーターたちに依存する 「平衡状態」 らしきものを計算できそうなんで． これって 初期値依存性ありそうだけど． しかも， 無限大だけど「サイズ」が与えられる …… むちゃくちゃだ．
• 1950 研究室発． 2000 帰宅． 体重 74.0kg． 運動． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 45 分間．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． キャベツ・エノキダケ・さつまあげの煮物．
  • 昼 (1300): 米麦 1.0 合． キャベツ・エノキダケ・さつまあげの煮物．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． タマネギ・ニラ・エノキダケ・豆腐のカレー．

2004 年 12 月 12 日 (日)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー．
• また集団遺伝学問題にとりつかれる …… 一種の怠業にほかならぬわけだが． モデルを考えては， 尤度方程式をたててみて「こりゃダメか」 と投げる， という反復作業がつづく． どうもうまくいかん． しかしながら heterozygosity とか計算するやりくちも集団を うまく表現できているようには見えない． 特に多遺伝子座かつ連鎖が無視できんとき．
• アタマが無限ループにおちいったようなので， 考えるのはヤメて， 少しは生活の改善につながることを． 洗濯． そして， すごくひさしぶりに部屋の掃除をしてみる …… うわっ， すっごくきたない． たすけてー
• ThinkPad X31 に madwifi をインストールしようとしててこずる． もうちょいなんだが …… 解決策がわからん． しばらく放置．

$ sudo /sbin/modprobe ath_pci
Warning: loading /lib/modules/2.4.27/net/ath_hal.o will taint the kernel: non-GPL license - Proprietary
  See http://www.tux.org/lkml/#export-tainted for information about tainted modules
Module ath_hal loaded, with warnings
Module wlan loaded, with warnings
Module ath_rate_onoe loaded, with warnings
/lib/modules/2.4.27/net/ath_pci.o: init_module: No such device
Hint: insmod errors can be caused by incorrect module parameters, including invalid IO or IRQ parameters.
      You may find more information in syslog or the output from dmesg
/lib/modules/2.4.27/net/ath_pci.o: insmod /lib/modules/2.4.27/net/ath_pci.o failed
/lib/modules/2.4.27/net/ath_pci.o: insmod ath_pci failed

• 1415 自宅発の北大構内走． 曇天． 舗道の雪氷被覆度 0.5 ぐらいか． つるつるすべって走りにくい． 1450 帰宅． 体重 74.4kg． なんで重いままなのかねえ． 昼飯．
• 風呂トイレの掃除 …… 住み場所， というところは， たまには掃除をせんと， いかんね．
• 掃除をしながらいまさら気づく． アロザイムみたいなのしかない集団遺伝学データであっても， deviance (尢離度) みたいな量を考えれば確率論的距離でもって遺伝的距離， とすることができる． 連鎖の効果や， 分集団間のサンプル数の違いなんかも 考慮した計算ができる …… あ， しかしこれは各分集団の標本数の相違に左右されるな． 割り算とかやりたくないし， どうしたもんかのう．
• まあ， モデルどうしの比較に帰着できるなら， 標本数は関係ないけどねえ． しかしそういうのはイヤだなぁ．
• 1710 自宅発． 夜． 1720 研究室着．
• ThinkPad X31 が時々突然死 (AC アダプターつけてんのに強制停止) する原因， いよいよ AC アダプターがおかしい， という気がしてきた． 不調なときは何やら奇妙な電子音 というか何か周期的なノイズ (高い音) も聞こえるし．
• あとひと月ほどは保証期間内なんで， 無償交換させてもいいんだが …… AC アダプターに難ありを立証すんのが面倒， 下手すると本体までまた内地の工場おくりにされる， この呪われアダプターも安静にしてれば (つまり稼働中にさわったりしなければ)， 「突然死」することはないし …… ということで， IBM 通販で安売りしてる 02K6881 (ウルトラスリム 56W ACアダプターII) を一個かうことにする (現在つかっている 02K6810 と同じ)． 5040 円． IBM に搾取されてるよーな気がしないでもないけど．
• おそらく「突然死」すんのは， 定格以上の大電流が流れるからだろうな …… おそるべし．
• …… などと書いていたら， 突然くだんの AC アダプターが 火を吹きはじめた !! ThinkPad X31 またもや突然死． 出火の原因は出力がわのケイブルが燃えたためである．

[02K6810 鎮火後のようす]

この写真でケイブルの折れ曲がってるところから， とつぜん「ばしゅっ」と火花が飛び散り数秒間にわたって炎がめらめらと …… けっこう驚いた． 完全に断線してしまい， 上の写真のように折れ曲がっている．

• よくもまぁ， 代替 AC アダプターを発注した直後をネラったかのように， 壊れてくれることよ …… とりあえず ThinkPad X31 は 240Z 用の AC アダプターで動かす． これはまったく保証のない使いかたで原則的には 避けるべき使用方法なんだが (私はこれで一台壊した ことがある) …… IBM サイトその他をよくよく調べて， たぶん大丈夫だろうと判断してみた． さて， どうなることやら．
• なんというか， IBM の「PC 事業なんかやってられるか」 気分を表現するかのよーな机上火災事件でありました．
• この壊れ AC アダプター， 北大生協にもちこんでみるかな …… いやはや， さっきのネット上 IBM ショップでの買い物は 取引解除できないようになっているな (「同意」ボタンを押したんで)． この AC アダプター 2 台あってもなぁ． さて， どうしたもんかな．
• 集団遺伝学 & 統計学勉強にはまりこんでしまって， 脱出できん …… なんというか， 仕事ほっぽりだし状態で， すごくまずいんですが． とてもまずい．
• まずいまずいと言いつつ無策のうちに撤退． 2230 研究室発． 2300 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 1415-1450 北大構内走．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.7 合． キャベツ・エノキダケ・さつまあげの煮物．
  • 昼 (1510): スパゲッティー． タマネギ・ニラ・エノキダケ・豆腐のカレー．
  • 晩 (2340): うどん． タマネギ・ニラ・エノキダケ・豆腐のカレー．

2004 年 12 月 13 日 (月)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 雪． 0940 研究室着．
• また北大のメイルサーヴァー壊れてるな …… と思ったら今回は自分のところのミスだった．
• 勉強ってのは逃避だな …… と仕事に復帰しようとしたタイミングで， 北大生協から注文していた統計学本の一部がとどいてしまった． うーむ． おもしろい， とまた逃避の世界へ． ところでいろいろ書籍をたのんでしまったけど， 合計 10 万円は超えそうだね． だいじょうぶなのか?
• 私自身は何も関与してないはずの plotnet なる予算問題． 昨年このアヤしげなお金で購入したソフトウェアの update を今年度の plotnet 予算でやろうとしたら却下されてしまった． なぜか? 担当部門の説明らしきものによると 「『国』の機関ではなくなったので『立場』が弱くなった」 だそーで …… なるほど， 国の機関のままであれば， 環境省からもらったお金を アヤしげ・いんちき・でたらめに使えていたのか． よしこうなったら， いまさらながらに， 独法化はんたーい．
• 外は大雪．
• まぬけなことという気もするけど …… 朝から逃避勉強していたおかげで， Markov Chain Monte Carlo (MCMC) 法つかった もっとも簡単な Bayes 推定計算における， Gibbs sampler (GS) 法と Metropolis-Hastings (M-H) 法の違い， そのあたりがようやくにしてわかった． と言っても， 自分でゼロから推定計算プログラムを書けるていどに理解できた， というだけなんだが．
• GS 法は各ステップにおいて， 生成した乱数 (確率) に合致するような (暫定的な) 推定値を選ぶ単純なやりかた． M-H 法はそれに加えて選ばれた推定値を使った場合に データへのあてはまりが良くなるかどうかで採否を決めてから (悪くなる場合でも確率論的に採用) transition する， というやり口． それぞれのやりかたで事後分布 のカタチが違ってくるような気がするんだけど， 事後分布の平均値だけわかればそれでヨシというのであれば， 問題ないのかもしれぬ．
• 時刻はすでに 1410 か． えーい． 気分かえるために昼飯たべるか． なぜかあまり空腹ではないんだけど． 昼飯． 食後にすこし事務雑用． すこしおちつく．
• またよせばいいのに引き受けてしまった査読原稿が届く． しばらく放置する予定だけど， ぱらぱらとながめる …… ああ， またヘンてこな変数変換やってるよ． なんだかねえ． 放置．
• ところでしばらく前から， というか， よーやく最近になって明確に認識できるようになったんだけど …… MCMC 法つかってるからといって 常に Bayes 推定やってるわけではない， ということだ． ちょーど ひと月前 なんかに書いてるのをみると， そのあたりの区別ができていないわけだが．
• つまり生態学まわりでの使われかたでみると， MCMC 法による推定計算やっているとしたら， それは以下のどちらか， ということ．
  • ベイズ推定やってる: これはごくふつーにパラメーターの 確率分布を計算している． 利点は最近の流行なので道具だてが 豊富であること． 欠点は …… よくわからんけど， あんがい使い勝手がよくないような気がする． たとえば， 苫小牧直径成長モデルみたいな 「ランダム効果もつ 個体 (あるいは何かのクラス) の longtitudinal data の解析」 というような混合モデルと等価な推定式は 形式的には書けるんだろうけど， これって個体差とかではなく パラメーターの分布を見てるわけだしなぁ ……
  • ベイズ推定やってない: 例としては， その一ヶ月前になやんでいた間瀬さんの イジング林冠動態モデルとか， あるいは Hubbell たちの auto-logistic 樹木死亡モデルなど auto- しりーづ (auto-poisson モデルなどもある)． これは Gibbs 分布にしたがう集団 の統計量を計算して推定計算に利用するため MCMC 法使っているのであって (pseudo likelihood estimates の「補正」 に用いる)， Bayes 推定ではない． こっちのほうが， まだしも 生態学現象と対応がつけやすいような気もする …… そのためにはちょっとトリッキーな 説明が必要にはなりそうだけど．
• さらにベイズ推定といった場合に， 経験ベイズ法 とそうでないの (personal probability 概念に基づくもの) があって， 近ごろよく使われてるのは経験ベイズ法 (たぶん階層ベイズもこれとほぼ同義?)．
• うう， 思考が MCMC とかに癒着してしまって， 他のことに切り替わらない． アタマの中でモンテカルロシミュレイションするのは， よせ …… 理解がススむのは良いのかもしれないが， ぎょーむ上はたいへん， よろしくない．
• 大阪大会の 自由集会， 最終日の夜に開催， という日程が決まる．
• 2010 研究室発． 雪はやんだ． ふらふらと歩きながら 2050 帰宅． 運動． 晩飯．
• ぎょーむ日誌にいろいろうだうだ書いていたら， 粕谷さんから Handbook of statistical genetics (Balding, Bishop and Cannings eds.) というのがあると教えていただく． こんど医学部図書館まで行ってみようかな? ここにあるのは 2001 年の第一版だけど， すでに 2003 年に 第二版 でているな． ``statistical genetics'' ってのがいいよね．
• ふと気になって検索してみると …… "statistical ecology" で 13700 件も該当した． Ecological Society of America (ESA) には ``Statistical Ecology Section'' というすぺしゃるな部門まであるみたいね． 日本はどんどん引き離されていきますなぁ ……
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.7 合． タマネギ・ニラ・エノキダケ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． タマネギ・ニラ・エノキダケ・豆腐のカレー．
  • 晩 (2240): 米麦 1.0 合． コンブあえもの． ハクサイ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．

2004 年 12 月 14 日 (火)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• 1000 より修論中間発表会の会． 植物生態学篇． 8F にいる 3 名．
• 1200 ごろ終了． D3 平尾君も無理やりまきこんで集団遺伝学雑談． ここしばらくアタマを悩ませていた問題は， それほど的外れではなかったかも， というかんぢだ．
• 昼飯．
• 去年の修論下請け計算でやった 森君のシウリザクラ計算ふたたび． 新データのもとでの下請け計算． 父親の遺伝子みることで 「どういう個体が父親として成功するか」 を推定している． 興味ある人は 解説メモ (PDF, 57KB --- 計算のやりかたとかだけで， 結果はのってない) でも．
• 1500 より修論中間発表会の会． 「地域計画学」篇． 同じ講座内なんだけどぜんぜん交流のない 7F の 2 名． その地域計画学な教授は病欠． で， 内容はあいかわらずというか …… 北海道のとある過疎の町 (3450 世帯) では燃料電池を買えば買うほど 何もないところからぢゃんぢゃん金がわいてきて 町の GDP が指数関数的に増大してますます電池を買って 経済が加速しつつ発展していくといった未来予測をする 「超」経済学的シミュレイションとか …… いつもこういうハナシばかり． 高橋知事 にでも報告しろよ．
• まあ， かかるでっちあげ話のたぐい (例: t 検定認識事件 など) もこれまでだ． この指導教官殿は次の 3 月に退官なんで．
• シウリザクラ下請け計算のつづき． 新しいデータのフォーマットが前回と少し違っていて …… めんどうになったので， 昨年用・今年用と計算ディレクトリをわけてしまう． プログラム修正してから， 最尤推定 & モデル選択． 結果アップロード． 下請け計算終了．
• お茶部屋雑談に時間つかってしまった． ヘンなハナシを聞かされたあとの浄化作業みたいなもんで． いやはや． 1920 研究室発． 1930 帰宅． 運動． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 40 分間．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): ヨーグルト．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ハクサイ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
  • 晩 (2200): 米麦 1.0 合． ハクサイ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．

2004 年 12 月 15 日 (水)

• 0930 起床． どうも絶不調だな． 朝飯． コーヒー． 1020 自宅発． 曇． 1030 研究室着．
• ようやく苫小牧直径成長モデルの appendix 書きに着手．
• LaTeX わざ． \usepackage{amsmath} で \boldsymbol{\beta} するとギリシア文字の太字がでる．
• 昼飯．
• またぢりぢりと匍匐前進的作業．
• とびこみの統計学こんさるに対応．
• 1630 より Trendy セミナー ， 本日は帯畜大の紺野さんで， 繁殖開始サイズの demographic cost の review． 参加者多数． 論文紹介しつつ議論しつつハナシが進行する．
• えー， この議論の最中にうっかり間違ったことを言ってしまった． とある論文が「それって一年草だけあつかったものでは」 というもので． これは正しくは， 初期は栄養器官・繁殖器官のサイズを増加， あるサイズに到達したらこれらの器官の最終到達サイズ増大は停止して， あまり資源を繁殖器官に投資， というものだった． いやはや．
• 1830 ごろ終了． お茶部屋で議論のつづき． けっきょく高木は進化の規準がよくわからん． 行列モデルで固有値計算してりゃあいいってもんじゃない． それなら 高田-中島定理 が使えるかというと， 樹木はそれも難しいかもしれない． ということで， 言うところの観測データから推定できる至近要因から敷衍していって， 樹木の可能な反応性を見れるか， あたりが
• つくづく樹木は難しい． いや， 多年生草本もイヤになる． 多年草でも一回繁殖はまだマシなかんぢだ． 一年草は良い． ということで， みなさんもっと一年草を研究してください．
• 1940 研究室発． 紺野さんや院生たちと JR 札幌駅北口居酒屋 「山の猿」 へ． その後， 紺野さんの宿である東横インのロビーで 最尤推定法解説． 2310 帰宅． ばてた．
• [今日の運動]
  • 運動休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): 米麦 0.8 合． オムレツ．
  • 昼 (1440): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ハクサイ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
  • 晩 (1950): 紺野さんや院生たちと JR 札幌駅北口居酒屋 「山の猿」 でいろいろと．

2004 年 12 月 16 日 (木)

• 0900 起床． うう． 朝飯． コーヒー． 0950 自宅発． 雪． また積もりそうだな． 1000 研究室着．
• またぢりぢりと苫小牧直径成長モデル appendix 書き． 1250 ごろ， とりあえず GLMM を定義する部分は書けた． 次は階層的モデル選択にとりくむ．
• その前に郵便局に行って生態学会年会費はらう． 11000 円 + 手数料 120 円． 帰りに北大生協によって昼飯調達． ついでに書籍部にいって本をながめる …… 意外にもというか， 「ばいおいんふぉまちっくす」 というちゃらいかんぢの書名の一群の本の中に， かなり硬派な遺伝統計学 (statistical genetics) がらみのものも何冊かあったので， 思わず 2 冊ほど買ってしまった． このあたりはまた後日にでも． 研究室にもどって昼飯． 昼飯後も作業のつづき．
• などとのんびりやってると …… うわっ， 当方うだうだしてるもんだから 苫小牧ボスから原稿が． いまさらながらに， アセる．
• とりあえず， いただいた原稿拝読する …… うーむ， 私の説明不足が露呈している苦闘の作文， というかんぢだ．
• とまたのんびりやってると …… 今度はその作図プログラムのバグ報告． これは， 幸いにもすぐに間違いが見つかったので， 修正してアップロード．
• 原稿読みにばててきたのでいったん撤退． 1910 研究室発． また雪． 1930 帰宅． 晩飯くうと眠くなりそうなんで， ビスケット & 紅茶で持久しつつ， 原稿読みのつづき．
• しかしばててくると， 考えが散慢になるもので …… いつのまにやら， アタマが遺伝学方面にドリフトしてしまっている． そっかー， 距離依存性パラメーターは一般性を失うことなく 1 とおける …… などとウカれた状態からふと我に帰る． こりゃいかん， ととりあえずアタマの中は紙の上の数式メモにダウンロードして， 2 時間ばかりの迷走状態から復帰する．
• 「どうなおせば， このしち面倒なモデルの説明がすっきりするのかなあ」 と苦吟していても作業は進展しないので， 戦略を変更する． 段階的コメントで先方の応答を見つつ， こちらのでかたを変えよう． コメント書き開始． 時刻はすでに ……
• 2523， 苫小牧ボスあてに たいした内容もないコメント送信． モデリング副節はまたあとで， とトバしたのになぁ． 晩飯． うーむ， 眠れん．
• [今日の運動]
  • 今日もうんどうしてない ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): ヨーグルト．
  • 昼 (1445): 研究室お茶部屋． 北大生協パン．
  • 晩 (2540): 米麦 0.8 合． モヤシ・ニラ・マイタケ・卵の炒めもの．

2004 年 12 月 17 日 (金)

• 0930 起床． 朝飯． コーヒー． 1030 自宅発． 雪． 1040 研究室着．
• また苫小牧直径成長モデルのメイル書き． そして当方の作文のつづき．
• 昼飯． 昼飯後も作文．
• 今週二度目の Trendy セミナー ， 本日は森林総研の 渡辺力さん でのっぺりした森林で Large Eddy Simulation やってみると， 垂直・水平方向それぞれにヘンてこな構造が出て空気がかきまわされ， CO₂ がそれに乗ってとびまわる， というような計算． 水平方向には一様なはずなのに ストリーク構造 なんかが出たりして， ですね． 丁寧な解説で， いろいろと勉強になる．
• で， flux tower の収支つじつまあわぬ部分を解明するあたりの計算は， 今後の課題 …… というようなところで 1530 ごろ終了．
• お茶部屋で雑談のつづき． vortex と eddy はどちらも日本語では「渦」なんだけど， びみょーに意味が異なるそーだ． おそらく， eddy の一部として vortex がある， というような ……
• 苫小牧作文つづき． とりあえず GLMM 尤度方程式を導出するところまで make pdf して， 苫小牧ボスにお送りしてみる．
• かとーさんと樹木の超高解像度直径成長データの観測・解析をしている 依田さんが見えて， 二人して晩飯に出られるんで私も金魚のふんのごとくついていく． 1900 研究室発． 北 15 の中華料理屋 美食楼 へ． フランスでの樹木研究のハナシなど伺う． AMAP は発散しつつあって， 意外と使われていないかも， というような． 2100 帰宅． いきなり寝る．
• [今日の運動]
  • いかん， 今日もうんどうしてない ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): リンゴ．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． モヤシ・ニラ・マイタケ・卵の炒めもの．
  • 晩 (1930): 美食楼 水餃子定食 630 円． 依田さんにごちそうになってしまった．

2004 年 12 月 18 日 (土)

• 0200 起床． なぜかこんか時刻に起きる． そして眠れん． あけがたごろ朝飯． するとまた寝てしまった． うう．
• 1140 起床． コーヒー． 洗濯． 怠業． いやはや．
• 1800 自宅発． 夜． 1810 研究室着．
• 苫小牧問題にとりくむべきところを， (じつは昼間からのつづきなんだが) N 遺伝子座・非半数体の連鎖不平衡問題の検討に没頭してしまう …… そのへんうろうろ歩き回って， ようやくアタマの中が整理できた． N (N - 1) / 2 個のペア遺伝子座におけるすべての allele ペア組み合わせ個数を用いて， 多項分布の尤度を評価するしかない． この問題における連鎖不平衡とは， 遺伝子座ペア個数分布の多項分布からの逸脱として表現される …… randomized pair で計算した多項分布尤度との比較． 問題はこのランダムペアの生成において， 復元ぬきとりと非復元ぬきとりのふたつがありえるわけで． あ， 両方ためしてみればいいのか?
• いやぱや， もうこんな時間かよ． 無能モードのまま撤退． 2250 研究室発． 2310 帰宅． 運動． 晩飯． 生活周期がヘンなままだ．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 40 分間．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0600): 米麦 0.5 合． モヤシ・ニラ・マイタケ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1500): スパゲッティー． レトルトパウチドのカレー．
  • 晩 (2500): 米麦 1.0 合． ネギ卵炒飯．

2004 年 12 月 19 日 (日)

• 0930 起床． 朝飯． コーヒー．
• 怠業 …… だめだ怠業ばかりでは生活周期がりせっとされん．
• ということで， 昼飯後に， とりあえず明日の輪読会の予習にとりくんでみる． 洗濯したり， 煮物など作りつつ．
• 途中， なんどか怠業しつつ 2100 すぎまでかかって， 明日とりあつかう長大な章 (37 ペイジ) をひととーり読む． こりゃあ， 難解ですなぁ． 植物の senescence (老化，なんだけど aging とは 違うものらしい ) の「進化」を取り扱ってる， まあどちらかといえば理論よりの章なんだが …… サイズ構造モデルから齡依存な統計量を推定し， その値がある条件を満たしていることが， senescence の進化 (というか厳密に言えば， senescence に応答する能力の進化可能性) の必要条件になっている (十分条件ではない)， というあたりはかなりとりっきーというほかない．
• さーてさて， 大学院生たちはこの長文から この要点を読み取ることができるのか? と偉そうに言う私はこの章はたぶん即読即解できんだろう， と予測したんで， かくのごとく時間をかけて予習てる次第で …… この本， 章によっては個体群動態 & 生活史進化の 理解がキビしく要求されるんで， けっこう難しいよ． 院生たちは数多くの候補の中から， わざわざこれを選んだわけだが． おなじ個体群モノでも Silvertown & Charlesworth "Introduction to Plant Population Biology" (4th; 2001) あたりのほうが無難だったんじゃないかな．
• 運動． 風呂． 風呂に入るのは鹿児島いらい， という気がする． 晩飯． 今日は部屋から一歩も出なかったな．
• [今日の素読]
  • Bård Pedersen. Senescence in plants. in Life History Evolution in Plants (Timo Olavi Vuorisalo and Pia Kristina Mutikainen eds). Kluwer Academic Publishers.
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): リンゴ・ヨーグルト．
  • 昼 (1400): 蕎麦．
  • 晩 (2320): 米麦 1.0 合． ネギ・ピーマン・豆腐・卵の炒めもの． 切り干しダイコン・コンニャク・サバブシの煮物． サバブシはよけいだったか．

2004 年 12 月 20 日 (月)

• 0740 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 雪． あらら， 降雪のせいで 研究科「中庭」のケムリ実験温室の屋根がとうとう …… 今まで札幌にあまり雪が降らなかった原因は， このケムリ実験の大学院生が 「実験おわるまで雪つもるな」 と強く念じていたから， というのが通説だ． 0910 研究室着．
• 1000 から輪読会 …… と思ったら， 担当の M1 が自動車にはねられて交通事故， 現在はどこかの病院に運びこまれたらしい． 病院から本人が他の院生にメイルおくってその後は音信不通． お茶部屋でみなさんと状況を想定してみた． 輪読会の準備で徹夜 (?) → いったん家に帰る (歩いて 20 分ぐらい) → また学校にくる (ふらふら?) → いままで無雪地帯に住んでいたので 「雪国では車は急に止まらない」 「横断歩道信号 青になったらまず車が突入してこないのを確認してから横断」 といった常識がなかった …… といったあたりでは， という憶測． いやはや．
• 苫小牧モデル作文， モデリングに関する部分を 苫小牧ボス文案に則して我流で書き直してみる． あ， 先週書いた appendix に交互作用つけとくの忘れた．
• 昼飯． 昼飯後に講座の大掃除に巻き込まれる． 今年も お茶部屋掃除．
• 掃除の途中に， 今朝がた車にあてられた， という院生が病院からもどってきた． 不幸中のさいわいで顔面横をすりむいただけ， とか ……
• えーい， このお茶部屋の電磁波加熱機の内部は凄惨というほかない …… しかも汚れがなかなか落ちない， と苦闘してみる． 1700 ごろそうじ終了．
• 苫小牧 M2 平尾君から， 空間モデリングに関する質問メイルいただく． 読んでいると， ここまで勉強してきた空間統計学あれこれが アタマの中で励起状態になる …… それはともかく， なんだか指導教官に情報エントロピー高い情報をふきこまれて， あれこれと苦闘されているようで． とりあえずの救援メイルを送信する．
• 1830 研究室発． 札幌上空の天気を支配しているらしい大学院生の 「雪つもるな」 念力おそるべしで， 12 月だというのに雨になってしまっている． 1930 帰宅． 運動． 晩飯．
• 空間統計学問題を考えつづける …… 空間相関のある系のパラメーター推定， これは一種の混合モデルとして考えれば， めんどう一式を省略して単純に最尤推定できるんではなかろーか? というのも， よく使われている auto-logistic model の推定， ってのは見とおしが良くないわりには …… まあ， このあたり簡単に改良できるんであれば， すでに誰かがやっているだろう， という気もするけれど．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.8 合． ネギ・ピーマン・豆腐・卵の炒めもの．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． 切り干しダイコン・コンニャク・サバブシの煮物．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ニラ・モヤシ・ショウガ・鶏レバの炒めもの．