ぎょーむ日誌 2004-12-13

2004 年 12 月 13 日 (月)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 雪． 0940 研究室着．
• また北大のメイルサーヴァー壊れてるな …… と思ったら今回は自分のところのミスだった．
• 勉強ってのは逃避だな …… と仕事に復帰しようとしたタイミングで， 北大生協から注文していた統計学本の一部がとどいてしまった． うーむ． おもしろい， とまた逃避の世界へ． ところでいろいろ書籍をたのんでしまったけど， 合計 10 万円は超えそうだね． だいじょうぶなのか?
• 私自身は何も関与してないはずの plotnet なる予算問題． 昨年このアヤしげなお金で購入したソフトウェアの update を今年度の plotnet 予算でやろうとしたら却下されてしまった． なぜか? 担当部門の説明らしきものによると 「『国』の機関ではなくなったので『立場』が弱くなった」 だそーで …… なるほど， 国の機関のままであれば， 環境省からもらったお金を アヤしげ・いんちき・でたらめに使えていたのか． よしこうなったら， いまさらながらに， 独法化はんたーい．
• 外は大雪．
• まぬけなことという気もするけど …… 朝から逃避勉強していたおかげで， Markov Chain Monte Carlo (MCMC) 法つかった もっとも簡単な Bayes 推定計算における， Gibbs sampler (GS) 法と Metropolis-Hastings (M-H) 法の違い， そのあたりがようやくにしてわかった． と言っても， 自分でゼロから推定計算プログラムを書けるていどに理解できた， というだけなんだが．
• GS 法は各ステップにおいて， 生成した乱数 (確率) に合致するような (暫定的な) 推定値を選ぶ単純なやりかた． M-H 法はそれに加えて選ばれた推定値を使った場合に データへのあてはまりが良くなるかどうかで採否を決めてから (悪くなる場合でも確率論的に採用) transition する， というやり口． それぞれのやりかたで事後分布 のカタチが違ってくるような気がするんだけど， 事後分布の平均値だけわかればそれでヨシというのであれば， 問題ないのかもしれぬ．
• 時刻はすでに 1410 か． えーい． 気分かえるために昼飯たべるか． なぜかあまり空腹ではないんだけど． 昼飯． 食後にすこし事務雑用． すこしおちつく．
• またよせばいいのに引き受けてしまった査読原稿が届く． しばらく放置する予定だけど， ぱらぱらとながめる …… ああ， またヘンてこな変数変換やってるよ． なんだかねえ． 放置．
• ところでしばらく前から， というか， よーやく最近になって明確に認識できるようになったんだけど …… MCMC 法つかってるからといって 常に Bayes 推定やってるわけではない， ということだ． ちょーど ひと月前 なんかに書いてるのをみると， そのあたりの区別ができていないわけだが．
• つまり生態学まわりでの使われかたでみると， MCMC 法による推定計算やっているとしたら， それは以下のどちらか， ということ．
  • ベイズ推定やってる: これはごくふつーにパラメーターの 確率分布を計算している． 利点は最近の流行なので道具だてが 豊富であること． 欠点は …… よくわからんけど， あんがい使い勝手がよくないような気がする． たとえば， 苫小牧直径成長モデルみたいな 「ランダム効果もつ 個体 (あるいは何かのクラス) の longtitudinal data の解析」 というような混合モデルと等価な推定式は 形式的には書けるんだろうけど， これって個体差とかではなく パラメーターの分布を見てるわけだしなぁ ……
  • ベイズ推定やってない: 例としては， その一ヶ月前になやんでいた間瀬さんの イジング林冠動態モデルとか， あるいは Hubbell たちの auto-logistic 樹木死亡モデルなど auto- しりーづ (auto-poisson モデルなどもある)． これは Gibbs 分布にしたがう集団 の統計量を計算して推定計算に利用するため MCMC 法使っているのであって (pseudo likelihood estimates の「補正」 に用いる)， Bayes 推定ではない． こっちのほうが， まだしも 生態学現象と対応がつけやすいような気もする …… そのためにはちょっとトリッキーな 説明が必要にはなりそうだけど．
• さらにベイズ推定といった場合に， 経験ベイズ法 とそうでないの (personal probability 概念に基づくもの) があって， 近ごろよく使われてるのは経験ベイズ法 (たぶん階層ベイズもこれとほぼ同義?)．
• うう， 思考が MCMC とかに癒着してしまって， 他のことに切り替わらない． アタマの中でモンテカルロシミュレイションするのは， よせ …… 理解がススむのは良いのかもしれないが， ぎょーむ上はたいへん， よろしくない．
• 大阪大会の 自由集会， 最終日の夜に開催， という日程が決まる．
• 2010 研究室発． 雪はやんだ． ふらふらと歩きながら 2050 帰宅． 運動． 晩飯．
• ぎょーむ日誌にいろいろうだうだ書いていたら， 粕谷さんから Handbook of statistical genetics (Balding, Bishop and Cannings eds.) というのがあると教えていただく． こんど医学部図書館まで行ってみようかな? ここにあるのは 2001 年の第一版だけど， すでに 2003 年に 第二版 でているな． ``statistical genetics'' ってのがいいよね．
• ふと気になって検索してみると …… "statistical ecology" で 13700 件も該当した． Ecological Society of America (ESA) には ``Statistical Ecology Section'' というすぺしゃるな部門まであるみたいね． 日本はどんどん引き離されていきますなぁ ……
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.7 合． タマネギ・ニラ・エノキダケ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． タマネギ・ニラ・エノキダケ・豆腐のカレー．
  • 晩 (2240): 米麦 1.0 合． コンブあえもの． ハクサイ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．