ぎょーむ日誌 2005-10-(11-20)

2005 年 10 月 11 日 (火)

• 0710 起床． 朝飯． コーヒー． 0845 自宅発． 晴． 0900 研究室着．
• ThinkPad X31 のこれまでの不調， やはり AC アダプター 02K6810 に原因の一端あることまちがいないない， という観察．
  1. 周期的な奇妙な「電子音」が AC アダプター内部から発生
  2. 何かあったのかと電源側のケイブルぬくと沈黙， ThinkPad は動作したまま
  3. 電源ケイブルさしなおすとまた 1. と同じ状態
  4. 今度は ThinkPad がわのケイブルをひねっていると， いきなり shutdown
  AC アダプターにできること， を考えてみると 4. では大電流が流れて ThinkPad の power manager まわりをおかしくしている， といったところか． また修理にださんといかん． 面倒だ．
• この怪現象については 2004 年 12 月 10 日 にも同じ記録があり， その二日後 に「発火」して壊れた …… つまり今つかってるのは二代目なんだよね． 先代と同様の不具合なんだろーね． いまのところ昨年事故時と同じく ThinkPad 240Z 用の AC アダプター 02K6657 で代替させている．
• 訪花シミュレイション中核部構築 in R つまり井田君したうけの作業のつづき． 複数の独立反復試行のとりまとめ， という中核部からはちょっと「外側」にある関数もいくつか試作してみる …… と中核部のデータ構造の問題点がわかったりするので， そのあたり修正．
• 1030 より 研究室セミナー， 森君のシウリザクラのハナシなんだが …… genet の空間分布パターンを説明したいのかそうでないのか， よくわからんかった． サンゴみたいに構造と直接的「戦闘」がはっきり観測できる生き物ならともかく， クローナル樹木では動態モデリングでは難しいような気がする． 1200 すぎ終了．
• 井田君したうけを少しススめてから昼飯．
• さらに井田君したうけ …… 1340 ごろひととーりできたか?
• ちょっと雑用． メイリングリストまわりの管理とか， 明日の 苫小牧研究林 におじゃまする件の連絡とか． おっとこれは出張だから申告必要だな．
• 1400 すぎに， マルハナバチ訪花ミュレイション発注者井田君に， 中核部品 (といってもこれだけで動く) のひきわたし …… なんだが， 準備しといた例題による使いかたの説明してるうちに， いろいろとぬけとかが発見されたり． そうそう， ハチには花色による「好み」があったんだっけ (これは sample() の prob 指定で簡単に解決できる)．
• R で一変数 (1 パラメーター) による最大化・最小化は optim() ではなく optimize() を使うべきなんだな (と親切な optim() が警告してくれた)．
• てなかんぢでぢたばたしながら 1600 ごろ納品 (とゆーか検収とゆーか) 作業終了． 一件落着．
• 生態学会さーばー不安定かも， という恐怖のメイルが． くだんの cgiwrap 疑惑がらみ． しかし …… 調査してみても /var/log/httpd/error_log とかには何も記録されてないんだよね． 次からは簡単に現状確認できる準備をしとく．
• 先週の時間の多くをとられてしまった査読報告， もいちど点検しなおす． まあこれでいいかということで送信してしまう．
• 1845 研究室発． 1900 帰宅． 晩飯．
• うーむ． 仕事すすまん．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． 卵焼き．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． トマト・タマネギ・サンマの煮物．
  • 晩 (1920): キャベツ・ニラ・豚肉の焼きそば．

2005 年 10 月 12 日 (水)

• 0650 起床． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 晴． 0820 研究室着． 0834 同発． 2510 円． 0918 JR 苫小牧着． 1010 苫小牧研究林 着．

[苫小牧市の貝]

であるホッキ貝だそーです． 異様な目つき， とゆーか．

• いきなりぎょーむ相談， とはならずに， おいしいコーヒーいただき， あたかもくつろいでるふりをしてると …… (調査にきたらしい) 地環研・生態遺伝の教授である木村さんがとつぜん登場． 「よう，なんでこんなところにいるの? 拉致されたのか?」 とあまりにも核心ついた発言が その場にいた人々のひきつった笑いを誘発したのであった．
• 午前中は苫小牧樹木直径成長モデリングのとりまとめについて， 鍋嶋さん・日浦さんと相談． 個体ごとの「事後分布」をださねば， といったハナシなど． なぜかしら今ごろになって「個体間競争」項が入ることに (うかつにもあとで気づいたんだけど， モデル選択過程がまたたいへんになるな)．
• 昼飯は鍋嶋さん・平尾君に蕎麦屋に連れていっていただく． もどるときに研究林から流れでる幌内川のサケを見物したり．

[幌内川]

このへぼい写真ではわからないけど， 対岸のちょっと淵になってるところに 5-6 匹のサケ (80-90cm ぐらい?) がうろうろしてる． 三年ぐらい前からこの川にも遡上するようになってきた， とのこと．

• 午後は苫小牧 leafminer 寄生蜂モデリング， 平尾君・村上さんと相談． 午前・午後どちらのハナシも， 次第に Bayesian ぢみてくる …… そういう時代なんでしょうなぁ．
• そして午前・午後どちらでも (やはりというか) 〆切の重圧が ……
• ともあれ今回も無事に釈放されて 1750 苫小牧研究林 平尾君に駅まで送っていただく． 1812 JR 苫小牧発． 1858 JR 札幌着． 買いものなどして 1925 帰宅． 晩飯．
• ここは粘らずに早寝．
• [今日の運動]
  • 苫小牧市徒歩縦断 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): 米麦 0.7 合． 海藻・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1300):

[藤そば]

大もり 660 円． 今日もおいしくいただきました． ネット上 にも藤そば情報ふえてきたな．

• 晩 (2030): 米麦 0.7 合． ネギ・ニンジン・豆腐の味噌汁． キャベツ・豚ハツの炒めもの．

2005 年 10 月 13 日 (木)

• 0640 起床． 朝飯． 紅茶． 洗濯． 仕事． 0850 自宅発． 晴． 0905 研究室着．
• まずはメイルかきとか．
• いきなり井田君のマルハナバチ訪花シミュレイションの修繕．
• 明日の 論文セミナー の準備をぢりぢりと進める． 今日中にオワらせなくては．
• 昼飯．
• 準備のつづき． LaTeX で Euler script font を使うときの package よびだしは \usepackage[mathscr]{eucal}．
• お茶部屋道民大学院生会話傍聴．
  「ラムしゃぶ って初めて食べたんだけど意外とおいしかった」
  「私も最近たべて驚いた……ジンギスカンだけじゃないんだねー」
  「ジンギスカン以外にこんな食べかたがあったなんて」
  「ともかくもっとラム肉たべなきゃ」
  「そう，もっと普及しなきゃ」
• まだ完成ではないけどひととーりできたので撤退． 1920 研究室発． 1940 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.6 合． ネギ・ニンジン・ブナシメジ・豆腐の味噌汁． キャベツ・豚ハツの炒めもの．
  • 昼 (1230): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． キャベツ・豚ハツの炒めもの．
  • 晩 (2010): 米麦 0.7 合． ニラ・サケ卵炒飯． ネギ・ニンジン・ブナシメジ・豆腐の味噌汁．

2005 年 10 月 14 日 (金)

• 0550 起床． いやはや昨晩はすごく早くに寝たんで． コーヒー． 論文セミナー準備をオワらせる作業．
• 0730 作業終了． 論文セミナー ペイジから解説メモ (PDF file) をダウンロードできるようにする． この解説メモはともかく (まだ説明が足りん)， もと論文 (Clark JS, Mohan J, Dietze M and Ibanez I. 2003. Ecology 84:17-31) は読む価値がある (というか， そもそも論文中の図をみないと何をやっているのかよくわからない) …… いままでの「trade-off 検出しました」研究のたぐいは， すごくウソくさいですよと警告する内容になっているんで． 生態学データ解析に Bayes 統計学的手法を応用する良い具体例にもなっている．
• アップロード． 朝飯． 0835 自宅発． 晴． 0850 研究室着．
• 論文みなおし， とか． 細かい点がいろいろ気になる． 解説メモも微修正して五回ぐらい再アップロード．
• 1000 すぎから 論文セミナー． 参加者は私もいれて八名． 本日の担当は私． とにかく原論文の計算結果は図を示しながらでないと 説明できないんで液晶プロジェクターで論文 PDF file の図を投影しつつ． 「えーと， このうぢゃうぢゃしてるのが『明るさ』の prior (事前分布) で， こっちのがしゃがしゃしてるのが個体差の事後分布です」 などといった説明を聞かされる生態学な大学院生たちはなかば呆然としている． ようこそ Bayesian の世界へ．
• 1110 ごろ終了． どうも私の ThinkPad X31 (OS は Vine Linux 3.2)， /etc/X11/xorg.conf の設定がマズいのか本体 LCD と外部 LCP の同時表示ができん． あとで調べたほうがよさそう．
• お茶部屋でひとやすみ．
• また生態学会さーばー， 「参加申込データが消える」 事件発生． このために準備しといた試験運転用 CGI プログラム動かしてみる …… やっぱ cgiwrap か．
• とりあえず /etc/init.d/httpd restart で /usr/lib/cgiwrap/cgiwrap の呪いは一時的に 解除される．
• さて， 生態学会まわりから cgiwrap を抜本的にぬきたい． どうすればよいか …… どうもこの apache-1.3.27-31 のコンパイルの問題のような気がするんだよね (10 分後にこれは完全にまちがいとわかった)． それぢゃ， apache の再コンパイルやってみますか (不幸中の幸いで再コンパイルは直接的な実害はなかったわけだが)．
• 腐れ TurboLinux Appliance Server (TLAS) の srpm 置場は隠匿されてるんで (あるいは存在しない?)， Turbo8 の srpm 置場から apache-1.3.27-33.src.rpm ダウンロード． /var/src/rpm/ 以下に展開してみたんだが …… いやはや， SPEC file にも patch にも cgiwrap すぺしゃるな設定は何もない． 釈然とせぬまま rpm -ba --clean ... して rpm -Uvh ...． これは 1-2 分で終わった．
• で， 当然ながら cgiwrap な呪いはとけない．
• となると /etc/httpd/conf/httpd.conf だな． うん． で， きあいをいれて設定よみなおしてみると (腐れ TLAS の場合はさらに vhosts/site... が付け加わるわけだが) …… 何のこたーない， ふつーの CGI 設定まわりが何もなされてない， とわかった (cgiwrap にまるなげしてるからだろう)．
• とゆーことで， ふつーに設定．

  <Directory /home/*>
      AllowOverride FileInfo AuthConfig Limit
      Options MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch IncludesNoExec ExecCGI
      <LimitExcept GET POST OPTIONS PROPFIND>
          Order deny,allow
          Deny from all
      </LimitExcept>
  </Directory>
  

  /etc/init.d/httpd restart． 試験運転． cgiwrap の呪いが解除された， と確認．
• 上のよーな記述を読んで 「あたしにゃ関係ないもんねー」 と思っておられるかもしれませんが， これは生態学会新潟大会の申し込みサイトで 住所氏名その他あれこれ入力して「送信」おしたとたん突然 「データ入力されてません・データ入力されてません・データ入力されてません……」 攻撃くらわなくなったってコトなんですよっ …… あ， 新潟大会とか参加しないヒトたちには何の関係もないか．
• これにて一件落着 …… と言いたいところだけど， 今度こそホントに私以外にはどうでもよい問題が 併発してることを発見． 腐れ TLAS の web application がまったく使えなくなった． apache いれかえたせいか?
• しかしすっかりイヤになってしまったので放置して昼飯． すでに 1300 すぎぢゃん． 大学院生と持病問答．
  「久保さんは持病ないんですか?」
  「とくに無いんだけど …… そういや， 最近睡眠中にノドが渇いて朝までに一回ぐらい水分補給することあって， ですね． 今朝ふと『これって糖尿病の初期症状かも?』 とか心配になって思わず検索したんだけど， 糖尿病だったらこんなモンぢゃない， ってことらしくて」
  うーむ， 糖尿病で「水分摂取量が多くなる」ってのは 「(血糖排出のため) 尿排出量が多くなる」 ってのと連動してるらしいんで， 後者がなければだいじょうぶ， とゆー自己診断なんですが． 別に大量に水のむわけでもないし．
• A802 の LBP-2810 のトナー (マゼンダ) がきれたので交換する． なんか交換頻度が高いような．
• で， 私以外にはまさにどうでもよい腐れ TLAS いんたーふぇいす復旧問題． 解決までの手順は以下のとーりでした．
  1. これこそコンパイル問題か， としばらく疑っていたんだけど， こんなものを apache に組みこむバカはいないだろう， と結論
  2. いちおう /etc/httpd/conf/httpd.conf まわりを点検 …… 関係ナシと判明
  3. えーと， 腐れ TLAS の起源は Cobalt なシステムで， とゆー故事来歴からそれっぽいファイルを slocate するも見つからず
  4. /etc/httpd/conf.d に sausalito.conf なる奇怪なファイル (cgiwrap 呼びだしなど --- ただし上のよーに httpd.conf 書き換えたら放置してよい) があったよな …… といった断片的事実から気の狂った論理の飛躍 (が時々できないと研究商売はツトまらない) でもって slocate sausalito してみると ……
  5. あった …… /usr/sausalito/ 以下に腐れ TLAS あれこれ一式が …… こんなのわかるか!!
  6. で， この下を精査するとひどく (ど) 素人っぽい システム管理用 Perl スクリプトがぞろぞろとみつかり， そいつらを解読してゆくと答えがわかった
  7. /etc/init.d/admserv restart …… これにて一件落着 (腐れ TLAS が動いているシステムで apache を入れ換えた場合この操作が必要， ということ)
  消耗しました． 時刻はすでに 1630 すぎ．
• Sausalito (そーさりと) とはかりほるにあ州の地名， 金門橋の北端部の市だそーで．
• 非ネット雑用． 消耗品 を収納したり． 研究室雑用 Wiki の整理もちょっとすすめる．
• 1840 研究室発． 1900 帰宅． 晩飯．
• 北大構内走に出ようかな， と思ったら雨がふってきた．
• [今日の運動]
  • 本日もうんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.6 合． 海藻スープ．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． サケのソテー (といってもフライパンで焼いただけなんだが)． 海藻スープ．
  • 晩 (1910): 米麦 0.7 合． 麻婆春雨 (といっても 永谷園の)．

2005 年 10 月 15 日 (土)

• 0640 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• 1015 自宅発北大構内走． 曇天． 北大駅伝なんかで走らされると走ること自体がイヤになるんで 火水木金と走らなかった． とゆーことで， ゆっくり走るりはびり走． 1125 帰宅． 体重 73.8kg． 運動不足ふとり． 昼飯．
• 1320 自宅発． 曇． 1335 研究室着．
• しかし仕事ススまず．
• 井田君のマルハナバチ訪花シミュレイションこんさる． 久保 R こーどは 1 時間に 100 試行しかススまぬ激遅ものだそーで …… いいわけをするなら「読みやすさ」を優先したもんで (一般にこれは「速さ」と ``trade-off'' の関係になりがち)．
• とりあえず data.frame() 逐次つぎたしのメモリ確保に時間くってるみたいだから， そのあたりから改良してみたら， というようなハナシで． 500-1000 試行を 10 分以内に片づけねばならんな …… ひょっとしたらプログラミング言語ちぇんぢか?
• 統計こんさるつづく． 赤坂君と「ゼロがやたらと多い観測データの統計モデリング」， について． 先月の広島 で聞いた南さんの発表のごとく zero inflated negative binomial (ゼロがむやみに多い負の二項分布) をあてはめるか， という方向 (同時期に露崎さんもネット検索でこのあたり行きついてた) で検討中． R にはこのあたりの最尤推定計算やる zicounts なる package ある．
• てなハナシをしてると， いかなる偶然の帰結か， しぇふぃーるど大学の田中健太さんから zero inflated データの解析 review が Ecology Letters に出てるよ， とのご教示メイルいただく． ありがたいことです．

  Martin, Tara G., Wintle, Brendan A., Rhodes, Jonathan R., Kuhnert, Petra M., Field, Scott A., Low-Choy, Samantha J., Tyre, Andrew J. & Possingham, Hugh P. (2005) Zero tolerance ecology: improving ecological inference by modelling the source of zero observations. Ecology Letters 8 (11), 1235-1246.

  すたんだーとな zero-inflated poisson (ZIP)， zero-inflated negative binomial (ZINB) モデル， これを WinBUGS で計算しとるな．
• これから数年間は (べいづな計算に関しては) WinBUGS な時代になるんでせう． 非ゐんどーづな人間としてはいまいちおもしろくない． OpenBUGS の発展を祈るばかりなんだが …… まあ， しばらくは自分で MCMC コード書くことになりそう (勉強もかねて)． R の MCMCpack も「自作派」には便利な道具になるかもしれんし．
• でも院生には (面倒になって) 「そんなのゐんばぐすでやればー」 とか言いそう．
• 自分のコトは進展なく撤退． 帰りぎわに井田君とちょっとだけ雑談．
  「訪花シミュレイション， 速くなった?」
  まだ高速化に着手してません． まあ， なんとかなるんでは．
  「いやー， けっこうたいへんだよ …… だっていまの計算は 100 試行で一時間かかってるんだろう? 一試行なら 36 秒だ． これを『10 分以内に 500-1000 試行』にしようと思ったら， 一試行 (= 100 花序訪問) を 1 秒未満にせんといかんわけでしょ? 40 倍以上の高速化が必要だ …… まあ， がんばって」
  1840 研究室発． 夜道を歩きながら気づいた． この高速化って R (本体) では絶対に無理だ． なにしろ， マルハナバチ訪花シミュレイションは vector 化できない計算なんで (マルハナバチの状態変化が逐次的だから)． となると …… うーむ， これって呪われ言語 C++ の領域か? 一試行 = 100 花序訪問 = 約 1000 訪花， だよな． これが一秒未満で計算終了． うーむ …… どうしたもんかねえ， と夜の札幌市内 (といってもこの付近は郊外住宅地みたいなところなんだが …… 都市中央駅から 1000m ぐらいしか離れていないのに) 歩きまわって 1940 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 70 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): スパゲッティー． バジリコ．
  • 昼 (1200): ネギ・ニンジン焼きそば． 食後にリンゴと紅茶．
  • 晩 (2030): 蕎麦． ニラ卵．

2005 年 10 月 16 日 (日)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー．
• 井田君のマルハナバチ訪花シミュレイション， もののためしとて R で書いてあるのを Perl で書き直してみる (時間測定のため中核部のみ)． この移植作業には一時間ほど必要だった．
• 計算時間は R だと一試行 (= 100 花序訪問)およそ 36 秒らしい (井田談)． これはお茶部屋 iMac (PowerPC G4 1.0GHz, MacOS X 10.3) による測定． Linux 上の R だともっと速いはずで， いま私の ThinkPad X31 (PentiumM 1.6GHz, VineLinux 3.2) で計ってみると (system.time(...)) …… 11 秒ぐらいか． MacOS X はよけーなことばかりやってるから遅いのか? まあ， カーネルによる資源分配の方針が違うってことなのかもしれんけど．
• それでは ThinkPad 上の Perl だと …… 6 秒ぐらい． 言語のちがいでこれぐらい速くなるのはまったく当然． ということで， 処理の手順はほとんど同じであっても OS と言語をかえるだけでで 6 倍の高速化はできた (CPU のちがいを考えると 4 倍ぐらいか)．
• ThinkPad 上の R → Perl で二倍ぐらいしか速くならん …… これは思ったほど速くなってない． たぶん R が関数間での「参照わたし」をかなり多用してるんだろう， と思うんだけど． しかしふつーの参照わたしでもないはず． このあたり， 私にとって R 最大のナゾなんだよね． だれか ``Effective R'' とかいった Effective 本を書いてくれんかな．
• しかしながら， 高速化されたとはいえ Perl プログラム 100 試行で 10 分， 1000 試行だと 100 分かかることになるので …… うーむ， まだ「遅い」かも．
• R → ケガれ言語 Perl 移植作業は予想どーり手ばやく片づいたわけだが (つまり移植やりやすい， ってこと) …… これを呪われ言語 C++ に移植するとなると 少なくともまる一日を費すだろうな． そして呪語をもちいたからといって， がんばってもせいぜい 3-4 倍の …… いやはや． とりあえず放置．
• 1125 自宅発北大構内走． 今日もゆっくり走る． とゆーか北大構内走は常にゆっくりである． 1235 帰宅． 体重 74.0kg． うーむ． 重いまま． 昼飯． 怠業． 洗濯．
• 1600 自宅発． 曇． 1810 研究室着．
• 粕谷さんから科研費申請に関する問い合わせが． 今回は自分では出さずに， 粕谷さんの分担者になるんで． 問い合わせに回答するべく， 研究者番号などまとめてる このあたり 参照 (さらに暗号化した別の個人情報ファイルもあるんだが)．

[Gmail ちょいす]

粕谷さんへの返信 (私が書いたもの) をなんとなく Gmail 上でながめたら， 親切にも 「関連ある記事」 を示してくれていた． メイルの文中に科研費うんぬんと書いてあるだけなのに ……

• マルハナバチ訪花シミュレイション， A801 の Dell デスクトップ機 (Pentium4 2.4GHz, Vine Linux 3.2) で計算したら， とうぜん ThinkPad より速くなる． それはいいとして， だ ……
• ふと思いついて ThinkPad X31 上の Vine Linux 上で動作する VMware (PC emulator) 上のゐんどーづ XP 上で計算させてみたら， なぜか Linux 上で直接計算するよりかなり速い， というすごくしょっきんぐ なことがわかってしまった …… 何で emulator 上の OS に負けるんだ． (後記: これは VMware 内の clock がヘンであるため， とわかった …… 10/18 参照)

	[R 版]	[Perl 版]
[ThinkPad X31] PentiumM 1.6GHz (Vine Linux)	11 秒	6.0 秒
[ThinkPad X31] (Cygwin on WinXP on VMware on Linux)	5.1 秒	3.9 秒
[Dell desktop 機] Pentium4 2.4GHz Vine Linux	6.4 秒	2.3 秒

• VMware って同じ CPU 同じ Linux カーネルで動作する 単なる一ソフトウェアに他ならない． とすると Perl の差か? Vine と Cygwin でそんなに違うのか? SiteTMYM や Radium Software などのありがたい記述を参考にして， $HOME/.rpmrc を設定して perl の rpm -ba にとりくんでしまう． これまた時間かかる．
• しかし結果はよろしくなく， ほとんど改善されない． というか， 下手するとさらに悪化する場合もある， と確認できてしまった． うう．
• R も再コンパイルしてみたんだが …… こちらも多少マシになったぐらいか．
  • ThinkPad X31: 11 秒が 8.5-9.5 秒ぐらいに．
  • Dell desktop 機: 6.4 秒が 5.4-5.8 秒ぐらいに．
  なぜかしら， R は測定値のばらつきが大きい．
• 院生の PC 上で使うと， 明らかにゐんどーづ用の R とか動作がニブいのになぁ， 数秒で終わる計算じゃなくて数十秒とかになると結果が変わるんだろうか， などといぶかしみつつ 2320 研究室発． 2335 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 70 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): クロワッサン．
  • 昼 (1300): タマネギ・ニンジン・卵の焼きそば．
  • 晩 (2420): 米麦 0.7 合． ニラ・ナメコ・豆腐・煮干の味噌汁． 塩サバ電磁波蒸し．

2005 年 10 月 17 日 (月)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0925 自宅発． 曇． 0940 研究室着．
• 粕谷さんが申請者で私が分担者の科研費申請， その申請文案に関するコメント書き， で午前おわった．
• つまり生態学のデータ解析やりますって申請なんだけど， 「生態学のデータ解析」って何か他と違うんだろうか? 先月 の統計連合学会広島大会を見物してみたら， 他の分野もまあ似たようなものでということはわかる． もちろん分野ごとに固有のちがいがいろいろある． たとえば人間に関するデータの場合， 個人情報がもれないようなデータ解析方法の研究は その分野の統計学としてひとつのテーマになっている．
• 生態学まわりの場合， そういうよけーな制約がなく気楽， まあ何でもありの世界という気がする． しかしながら申請文には何かもっともらしいことを書かねばならないので， 以下のような「生態学的データの特徴とは」 といった趣旨の文案をでっちあげてみた:
1. 個体差など random effects の重要性
個体差・ブロック差・地域差・年差などがばらつきを増大させる． さらに重要なのは多くの random effects は (とくに野外調査では) 測定困難または不可能であり， われわれはこれらを統計モデリングの中で現象論的に扱わねばならぬことも多い (つまり混合モデル・Bayes モデル)．
2. データの階層構造
生態学的データ (……に限らないのだが) の特徴のひとつは階層構造の重要性であり， 地域差の中にブロックの差があり， さらにブロックの中の個体間にも (さらに植物では個体の中の部品ごとの) ばらつきがあって，この階層性を考慮して random effects を扱うことが重要である． これが階層 Bayes モデルの導入の必要性につながる．
3. 因果関係が不明 (とゆーか，見てないときにいろいろ事件が連鎖する)
生態学の経時調査では観測と観測のあいだに生じる 「連鎖的」な事象が重要であり， これが観測される時間的・空間的なパターンに大きな影響を及ぼす． 具体的には，たとえば一ヶ所で生じた事象 (撹乱・捕食・寄生・病気発生) が 短期間に周辺に波及するような場合， 次の観測において空間的に集中してその事象が生じたかのように見える． このようなときに「引き金」になった事象と それが周辺に波及していく事象を区別することはこれまで困難だった． 近年の隠れマルコフモデル・MCMC 計算・EM アルゴリズムは こういった問題を解決するべく整備されてきたとも言える．
• といったことどもなどをうだうだと書いて 1200 すぎコメント書き終了． 送信． 昼飯．
• 昨日の計算速度 Vine Linux 大敗北事件 (vs VMware 世界) についてかとー先生に報告したところ (後記: これは VMware 内の clock がヘンであるため， とわかった …… 10/18 参照)， そりゃ GCC がへぼいんでは， とのご指摘． そうかも． 誰でも簡単に入手できる free software である「汎用」 compiler GCC より遅い生成物しか作れない 「特化」 compiler は (理論的には) この世に存在しえない (存在する価値がない)．
• いっぽうで GCC の価値は速度ではなく (速度面でもすごく努力してるわけだが) むしろ互換性にあるわけだし …… しかし R のコンパイルとか完敗ですなぁ．
• さて， 次は 苫小牧 樹木直径成長モデリング再開の準備に着手せんといかんな …… 苫小牧ボスは着々と作業をススめておられるようだし (冷汗)． と思ったらメイルが ……
• ともかくやるべきことは，
  • Clark 御大 いましめる ところの「モデル複雑化」に対応させる (あわてて追記: これは日浦さん指示によるもの)
  • 樹木個体ごとの事後分布を計算できるようにする
  といったところか． C で書いた拡張モジュールの点検が必要だな．
• で， 点検しているとわりとトンでもなまちがい をみつけてしまった． これは冷汗どころのハナシではない． とりあえず Dell 機で再計算させてみる …… ぢつに不幸中の幸いだったんだけど最終的な計算結果はまったく変わらなかった (モデル選択でその項はいずれにせよ削除されるから)． ひねくれきったヘンな理解なんだろうけど， 個体差考慮した混合モデルの結果はこの程度のミスではくつがえらない， ということか．
• 同じく苫小牧の平尾君から寄生モデル pseudo likelihood 計算プログラムのまちがい指摘 …… こいつは正真正銘のばぐだ． コードおっかけてるうちにどうやってこれが入りこんだのかも アタマの中で再現できてしまった．
• まー， こっちもそもそも計算全部やりなおす予定だったわけだし …… とかいいかげんなことを言ってる場合ではないな． 反省．
• ともかく両者に共通するのは 「仕様おもいつき変更 → つけたし」 はすごく危険だということ． いまさらながら．
• 今回のプログラムはどちらも R (直径成長推定のほうは R を拡張するモジュールを C で書いていてそこにバグあったわけだが)． 私の場合， R でちょっと難しい処理を書くと， コード全体の見とおしが悪くなる． そうならないように， かなり配慮しているにもかかわらず， だ．
• その原因のひとつは非おぶぢぇくと指向的に書いてるからなのかも …… 非おぶぢぇくと指向で良いコードが書けるのは， かなりアタマが整理されたヒトだと思う． これに対して， 整理されてないヒトたちのために整理の形式を与えるのが object oriented programming (oop)， とも言える． たとえば私なんかだと， Perl なら 100 行こえると oop が必要になり， C は 20 行が限界でそれ以上は (呪われであろうが) C++ を使わないとうまく書けない．
• R でもおぶぢぇくと指向的に書けるはず， というか R という言語 (つまり S 言語は) そもそも「ほぼ何でもオブジェクト」設計なはずだ …… RjpWiki とかで解説されてる method, attribute, generic function あたりを勉強せんといかんのでしょうなぁ．
• R Newsletter の Volume 1/3 (2001) にも簡単な解説が掲載されている． OOP Programming in the S Language なるペイジもあるな …… これはかなりわかりやすいような気がする (もしあなたがケガれ言語 Perl で oop したことあるなら)． しかしこの library(OOP) は無理矢理感あるというかちょっと邪悪だという気もする．
• R ぷろぐらみんぐ， 取りつきはとても簡単． 誰でもすぐにできる． しかし中級あたりに難所があるよーな気がする． Object & Class まわりの文法， それからプログラム内でのおぶぢぇくとやりとりの実態， というあたり．
• メイルやりとり．
• 帰ろうとしたら香川の小林さんからメイルいただく． アカマツ投稿論文 (光合成補償のほう)， 査読報告のうちひとつが送られてきたとのことで． うーむ …… まぢなヒトには冗談つうじない， 実験屋に現象論つきつけてはいけない， というところか．
• しかし言ってることは教科書的だけど， データ解析まわりというか実験設計法まわりについては 「よく訓練されている」 的まともさがある． 日本人ではなさそう． というのも， (おそらく分野を問わず) 本邦の実験屋はこのあたり鈍感とゆーか しろーとっぽいんだよね (その理由はいまだによくわからない)．
• 2010 研究室発． 2030 帰宅． 2245 自宅発北大構内走． 2315 帰宅． 体重 74.0kg． あいかわらず重い． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 30 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． ニラ・ナメコ・豆腐・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ニラ・ナメコ・豆腐・煮干の味噌汁． 塩サバ電磁波蒸し．
  • 晩 (2340): 米麦 0.7 合． サンマのショウガ煮． 海藻スープ．

2005 年 10 月 18 日 (火)

• 0715 起床． 朝飯． コーヒー． おっと …… コードみなおしに没頭してしまった． 0930 自宅発． 晴． 0945 研究室着．
• 霜月さんとこ でいろいろご指摘うけたんで， とりあえず ActivePerl さがしてみる． これは ActiveState 社が (何やら手を加えて) 無料で配布している perl である …… あらら， ゐんどーづ用だけかと思ったら いろいろな OS に対応してたんだな． Linux 版もダウンロードしてみよう． しかし， 試験運転十分ススまぬうちに ……
• 1030 より 研究室セミナー， 今日の発表は D1 小林君で道南の 「ぼくたちなんでこんな寒いところにいるんだろ?」 「まわりに仲間がいないよ」 ブナ林のハナシ． ミズナラ樹冠下でブナ実生の生残が良さそう， というような結果が示されている． 今は集団遺伝学的なことをやろうとしてるみたいなんだけど …… これはどうなるのか， というところがまだよく見えてないんだよねえ．
• 1200 すぎ終了． 実生生残の logistic 回帰分析について， 修正案を提示してみる． 昼飯．
• ActivePerl と VMware についての調査つづく． ぢつに驚くべきことがわかった．
  • ActivePerl はその他の Perl より速い (場合もあるし，変わらない場合もある)
  • VMware の「中」ではわれわれの世界より (三倍ぐらい遅い) ゆっくりした時間が流れている
  後者はとくに重要で， ここ数日「Vine Linux は emulator 内 OS にも負けるのか!」 とゆーありえんハナシが (またしてもというか) まちがい でした， とゆーこと．
• つまり「3 秒で計算終了しました」と (Linux 上の VMware 上のゐんどーづ XP 上の) R や cygwin が報告してきても， 実際には 9 秒ぐらい実時間を使っていたわけで． これは systemcall で測定した時間 (つまり「中」の時間) と実際にストップウォッチで計測した時間を比較して判明した．
• なぜこうなるのか， はかとーさんが調べてくださった …… VMware knowledge base Answer 892 あたりを参照． ここでは guest OS が特殊であるばあいにそうなる， と言いたいようであるが R や cygwin でもそうなるよーで．
• また訪花シミュレイション (今回は試行回数を 10 回にした) による計算時間を測定してみた． VMware 上での計算時間はストップウォッチで計測した (vt は VMware 上の R や Cygwin が報告した計算所用時間である)． [ふつーの Perl] は cygwin perl か Vine Linux perl．

	[ActivePerl]	[ふつーの Perl]
[ThinkPad X31] (Cygwin on WinXP on VMware on Linux)	62 秒 (vt 24 秒)	95 秒 (vt 35 秒)
[ThinkPad X31] PentiumM 1.6GHz Vine Linux 3.2	44 秒	62 秒
[Dell desktop 機] Pentium4 2.4GHz Vine Linux 3.2	23 秒	23 秒

• ThinkPad X31 上ではなぜか ActivePerl が 1.5 倍ぐらい速く， Dell desktop 機上ではそうではない． そして実時間で測定すると， (安堵すべきことにというか) とうぜんながら emulator 上での実行は遅い．
• さらに蛇足ながら …… VMware 上の guest OS であるゐんどーづには VMware Tools (コントロールパネル部品みたいに見える) なる utility がインストールされており， これで host OS の時計に追随すると設定しておくと， (「中」ではゆっくり時間が流れてるにもかかわらず) 現実世界の時計に OS の時計をこまめにあわせていくのである．
• また 「アライブネット サポートセンターで御座います」 とゆー独特な慇懃メイルがきた …… 例の生態学会さーばーを置いてるレンタルさーばー屋である． なかなか素晴しい告白．

以前ミラーリングについてご案内した点に誤りがありました。
誠に申し訳御座いませんが、以下訂正内容を送らせて頂きます。
◆HDDの異常検出について
OSの自己監視機能により検出し、アクティブモニタ上に異常の
場合は警告を発します。
具体的には、ディスクの整合性 という項目が赤くなります。
◆同期について
前回異常を検出した際に自動で交換する、と御連絡しましたが、
自動では交換されません。
◆復旧作業について
お客様側でアクティブモニタでの異常を確認後、
HDDの入れ替え指示を弊社まで御連絡下さい。
御連絡を頂き基本的にはご指定いただいた日時でHDDの
入れ替えを行います。
この作業によるIPの変更等御社作業に携わるものの変更は御座いません。
本件は、ご案内時のものと大幅に内容が異なる事をお詫び申し上げます。
何かご不明な点や確認事項がありましたら改めて御連絡下さい。

• 具体的にはどこを監視してれば異常が検出できるのか， と質問してみたら， 20 分ほどして返信きて， 腐れ TurboLinux Appliance Server の異常時メイル送信先設定しろとのこと．

アクティブモニタに異常を検出した際に警告メールを送る設定項目が御座います。
管理画面より、アクティブモニタ⇒設定
警告メールの送信先にメールアドレスを入力してください。
デフォルトでは、admin宛に送信するようになっております。
adminを直接送受信に利用するのはあまり実用的ではありませんので、
以下の設定もご検討下さい。
adminでログイン後、管理画面から個人プロフィール⇒電子メール
転送先アドレスの項目に実際に利用出来るメールアドレスを入力してください。
この時コピーを保存しないにしておけばメールは入力したアドレスでのみ確認出来ま
す。
尚、警告が電子メールによるものですのでSMTPの機能自体がダウンしていると
直接管理画面にアクセスしなければ確認が難しいかと存じます。
また、アクティブモニタの監視サイクルは15分おきとなっております。
※参考 マニュアル125P

• なんだかあちこちからメイルいろいろきて ……
• どれにも対処できづに撤退． 1935 研究室発． 2000 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米麦 0.6 合． サンマのショウガ煮． 海藻スープ．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． サンマのショウガ煮． 海藻スープ．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・ジャガイモ・ブナシメジ・豚肉のシチュー．

2005 年 10 月 19 日 (水)

• 0840 起床． 朝飯． コーヒー． 昨日あれこれ放置した問題にとりくむ …… 1000 自宅発． 晴． 1015 研究室着．
• で， 朝から泥沼にはまりこんでるのは「密度」の問題． 昨日， 苫小牧の平尾君が新しい計算結果とか送ってくれたんだけど， 見ているうちにいろいろわからなくなってきた． というかそもそも難問なのである．
• 苫小牧 leafminer 研究の観測で得られたのは
  • ある樹木個体の一部 (小樹木の場合は全部) にどれぐらい host (葉もぐりな虫たち) がいるか
  • その host のうちどれだけが parasitoid (寄生蜂) に寄生されていたか
  という数だけなのである． ところがモデリングで必要になるのは
  • 寄生者である parasitoid は「どれだけいた」のか
  というあたりだ． これは観測されていない． そもそも 「どれだけいた」 に曖昧性がある (モデリングの文脈に依存する)． parasitoid の個体数が知りたいのか (それはどの空間スケイルでのハナシなのか)， host と parasitoid の個体数の関係を知りたいのか， それとも parasitoid の寄生産卵活動の強度を知りたいのか ……
• さらに対象樹木が巨大である場合， 当然ながら
  • その樹木個体全体でどれぐらい host (葉もぐりな虫たち) がいるか
  • その全 host のうちどれだけが parasitoid (寄生蜂) に寄生されていたか
  もわからない． むろん parasitoid 集団の全貌もわからない．
• ある host 個体にとって「寄生される確率」 p が logisitc model で近似されたとしよう． こんなかんぢになる． parasitoid density とは (実際のところ) 何なのかよくわからないけれど， いま注目してる host のまわりに (局所的に) 存在している parasitoid の「密度」のごときものなのだろう．

• このときに「対数おっづ比」(log odds ratio) なる奇妙な量に変換すると， その対数おっづ比 (すなわち log(寄生 host数) - log(全 host 数 - 寄生 host 数)) とやらが parasitoid density とかいうのに比例する， ことがわかる．

• ところで寄生確率のモデルを少し変えると， 見てくれも多少かわる． 確率 p の関数型をこうしてみると，

• 対数おっづ比とやらはまったく別ものになる． しかしながら今度は逆に考えて， 「parasitoid density とやらに比例する量は何か?」 を計算すると， 下のようになる． これは上の対数おっづ比ってのとはまた別モノのようにも見える (けど， そんなに違わないと見ることもできる)．

• ともあれどちらをとるにしても， log(寄生 host数) - log(全 host 数 - 寄生 host 数) あるいは log(全 host数) - log(全 host 数 - 寄生 host 数) といった量が parasitoid density をあらわしてるのかもしれない， と考えたいところなんだけど， 状況はそれほど簡単ではない．
• というのも， ここでいう parasitoid density とは 「ある一匹の host からみた parasitoid の密度みたいなもの」 (いぜんとしてこのように定義があいまいなままなんだけど) であって， もっと大きい空間スケイル， たとえば樹木全体とか調査区画内に 「parasitoid がどれぐらいいるのか」 という量はまた別モノかもしれないからだ．
• よくわからぬまま昼飯．
• 研究費消費活動 (今後はホントに必要なぶんだけ申請しようと反省しつつ)． 雪野さんに調べていただいたところ， 今年度は (かなり努力して消費してるにもかかわらず) 40 万円以上がまだ残っている． もでる業者ないしは「安楽椅子」研究者からすると， とほうもない大金である．
• 院生が desktop 機が必要ということで， オンラインでコストを算定してみる． 計算機はやすくなったというけれど， Pentium4 の 3GHz超 だのメモリ 1G 超だの (院生がどうしても必要と主張するので --- とゆーか指導教員の圧力も考慮すべきかも --- はなはだ不本意のきわみながら) おひすソフトウェアだのを選択していくと， やはり 20 万円ぐらいにはなる．
• 昨日放置してしまった統計学こんさるメイル書き二通ほど．
• 夕方から夜にかけて M2 牛原さんと屋久島照葉樹しゅーとのデータ解析． つまり R プログラミング講習． 本日の重点は tapply() 駆使する樹種ごと集計わざ． 今年も修論の季節ですなぁ．
• 芽鱗痕 のこる「二度のび」なる現象は照葉樹まにあどもが言いたてるほどには 頻発する現象ではなさそう (中小サイズ個体では)． しかしながら 「伸びない」 という現象は樹種 (と明るさなど) によってはわりと発生しているような． とはいえ， 観測期間は今年の 3-9 月に限定されてるわけだが．
• 1930 ごろ終了． 1950 研究室発． 2010 帰宅． 晩飯． 晩飯くったらいきなり寝てしまった．
• そしてこういうときにかぎって問い合わせメイルが夜中にきていたり．
• [今日の運動]
  • 寝たきりうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.5 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・ジャガイモ・ブナシメジ・豚肉のシチュー．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・ジャガイモ・ブナシメジ・豚肉のシチュー．
  • 晩 (2050): 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・ジャガイモ・ブナシメジ・豚肉のシチュー．

2005 年 10 月 20 日 (木)

• 0640 起床． 9 時間ほど寝てしまった． アタマを使うことはアタマをこわすことで， こわれたアタマは寝ることでのみ修繕されるような気がする． 朝飯． コーヒー． 昨日の密度問題の検討をつづけてみたものの， やはりよくわからづ． 0900 自宅発． 晴． 0915 研究室着．
• で， 研究室にきてもうだうだ考えつづけているんだけど， うだうだ考えてもよくわからづ．
• 観測データを少しみなおしてみる． 第一 season において
  • 標本集団数: 507
  • 標本集団が全部寄生されていた集団数: 46
  • 標本集団が全部寄生されていなかった集団数: 224
  とうぜんながら「全滅」だの「全員無事」だのという事象は ……

[個体少ない標本に偏る]

たまたま「全滅」，たまたま「全員無事」といった事象が発生しやすい． host 数 20 の標本が多いのはそういうふうにサンプリングしているため． ただし「全員無事」に関しては「見つけにくさ」効果あるかも． それはともかく …… えーい， 黒線 (全標本) がこんな分布になってるとは今まで気づかなかった． うかつ．

• これって 超幾何分布 をもちだしてきて何かを考えるべき状況だよなぁ， いやこの確率分布そのまま使って最尤推定値とか計算しても 使いどころがないなぁ (事前分布としてなら使えるのか?)， などとうだうだしてると ……
• 甲山さんがいまさらながらに科研費申請やるんで 私も分担者として巻きこまれていく， とゆーわりこみ発生． とりあえずまた申請に必要な項目をメイルで送る． すでに粕谷さんとの申請でえふぉーととやらを 80% にしているんで， ここはふんぱつして残り 20% を甲山申請に献上してやる． ということで， (両方採択されれば) 来年度以降から東さんのアリ科研費や 占部さんの「地球環境研究推進費」はえふぉーと 0% だ． ははは．
• IBM ThinkPad X31 AC アダプター壊れ問題． これを IBM とかに修理だして， もし交換されたところで 02K6810 という型番の「ぴぴぴ」とヘンな音をだしたり発火して壊れる 不良製品がまた使うことになるだけだよな …… ということで， さーどぱーてぃー製のものを一個買ってみることに． Mobile-PowerII EC (型番 NB1-01)， 北大生協経由で発注． 税込で 6500円， 納期はおよそ一週間， 製造元に在庫僅少．
• 弁当がないので北大生協に昼飯調達の旅にでる． 研究室にもどって昼飯．
• 苫小牧 leafminer 寄生問題， 平尾君の作図だと何もかもがあまりにも無秩序のように思われたので， 手もとで図をいくつか作り直してみる …… とちょっと違った結果が得られたような気がする． とりあえず問い合わせ．

[対数おっづ比]

なるものは「寄生された全個体数 (- 自分)」に依存するか， という図 (空間統計学でつかう pseudo likelihood 的な文脈の図)． この私の作図だと「相関」ありそうな． というか「相関」といっても一種のニセ相関なんで， あるほうがふつーなんだが．

• 生態学会さーばー雑用． 学会の常任委員会とやらのメイリングリスト構築． 設定していて 「ここって肥大おひすファイルとかびゅんびゅん飛び交う， とてもイヤなところになるんだろうな」 という気がしてきたので， ファイルサイズの上限を 10MB に …… したんだけど， やっぱ腐れたソフトウェアの巨大排泄物をメイリングリストでばらまく犯罪行為 を可能にする設定にしとくとおぢさん連中が 「あ， こういうのってばんばん送っていいんだ」 と錯覚するだろうから (ぶっしゅふう に述べるなら 「敵どもにまちがった message を送ることになる (it would send the wrong message to the enemy)」ので)， 50KB にもどす． すぐにくれいむが来そうな気もするが．
• センター試験， りすにんぐの予行演習 …… あー， やだやだ． 面倒頻発しそうなヘンな試験ふやすのやめてほしい．
• 1850 研究室発． 1905 帰宅． 帰宅は歩くのがやや速いかもしれん． 2015 自宅発北大構内走． 2105 帰宅． 体重 73.6kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• 低温研の大竹さんが今年も 北大駅伝の記録 をアップロードしてくれている …… そして私はすごくしんどい思いで走ったのにかなり遅い， とわかった． ということで， 今年かぎりで北大駅伝からは引退します． 引退宣言．
• 粕谷さんからいろいろメイルくる． 来年三月の生態学会新潟大会の自由集会で混合モデルのハナシをしろとか， 大会後にデータ解析「合宿」やるんで参加するように， とか ……
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): クロワッサン． ヨーグルト．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 北大生協サンドイッチ． 三角形ではなく， 黒パン楕円形のほう． これってオーブントースターで焼くとちょっとマシかも．
  • 晩 (2245): 米麦 0.7 合． ネギ・タマネギ・ニンジン・ブナシメジ・ハンペン・ サケの味噌汁． キャベツ酢のもの．