ぎょーむ日誌 2005-10-15

2005 年 10 月 15 日 (土)

• 0640 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• 1015 自宅発北大構内走． 曇天． 北大駅伝なんかで走らされると走ること自体がイヤになるんで 火水木金と走らなかった． とゆーことで， ゆっくり走るりはびり走． 1125 帰宅． 体重 73.8kg． 運動不足ふとり． 昼飯．
• 1320 自宅発． 曇． 1335 研究室着．
• しかし仕事ススまず．
• 井田君のマルハナバチ訪花シミュレイションこんさる． 久保 R こーどは 1 時間に 100 試行しかススまぬ激遅ものだそーで …… いいわけをするなら「読みやすさ」を優先したもんで (一般にこれは「速さ」と ``trade-off'' の関係になりがち)．
• とりあえず data.frame() 逐次つぎたしのメモリ確保に時間くってるみたいだから， そのあたりから改良してみたら， というようなハナシで． 500-1000 試行を 10 分以内に片づけねばならんな …… ひょっとしたらプログラミング言語ちぇんぢか?
• 統計こんさるつづく． 赤坂君と「ゼロがやたらと多い観測データの統計モデリング」， について． 先月の広島 で聞いた南さんの発表のごとく zero inflated negative binomial (ゼロがむやみに多い負の二項分布) をあてはめるか， という方向 (同時期に露崎さんもネット検索でこのあたり行きついてた) で検討中． R にはこのあたりの最尤推定計算やる zicounts なる package ある．
• てなハナシをしてると， いかなる偶然の帰結か， しぇふぃーるど大学の田中健太さんから zero inflated データの解析 review が Ecology Letters に出てるよ， とのご教示メイルいただく． ありがたいことです．

  Martin, Tara G., Wintle, Brendan A., Rhodes, Jonathan R., Kuhnert, Petra M., Field, Scott A., Low-Choy, Samantha J., Tyre, Andrew J. & Possingham, Hugh P. (2005) Zero tolerance ecology: improving ecological inference by modelling the source of zero observations. Ecology Letters 8 (11), 1235-1246.

  すたんだーとな zero-inflated poisson (ZIP)， zero-inflated negative binomial (ZINB) モデル， これを WinBUGS で計算しとるな．
• これから数年間は (べいづな計算に関しては) WinBUGS な時代になるんでせう． 非ゐんどーづな人間としてはいまいちおもしろくない． OpenBUGS の発展を祈るばかりなんだが …… まあ， しばらくは自分で MCMC コード書くことになりそう (勉強もかねて)． R の MCMCpack も「自作派」には便利な道具になるかもしれんし．
• でも院生には (面倒になって) 「そんなのゐんばぐすでやればー」 とか言いそう．
• 自分のコトは進展なく撤退． 帰りぎわに井田君とちょっとだけ雑談．
  「訪花シミュレイション， 速くなった?」
  まだ高速化に着手してません． まあ， なんとかなるんでは．
  「いやー， けっこうたいへんだよ …… だっていまの計算は 100 試行で一時間かかってるんだろう? 一試行なら 36 秒だ． これを『10 分以内に 500-1000 試行』にしようと思ったら， 一試行 (= 100 花序訪問) を 1 秒未満にせんといかんわけでしょ? 40 倍以上の高速化が必要だ …… まあ， がんばって」
  1840 研究室発． 夜道を歩きながら気づいた． この高速化って R (本体) では絶対に無理だ． なにしろ， マルハナバチ訪花シミュレイションは vector 化できない計算なんで (マルハナバチの状態変化が逐次的だから)． となると …… うーむ， これって呪われ言語 C++ の領域か? 一試行 = 100 花序訪問 = 約 1000 訪花， だよな． これが一秒未満で計算終了． うーむ …… どうしたもんかねえ， と夜の札幌市内 (といってもこの付近は郊外住宅地みたいなところなんだが …… 都市中央駅から 1000m ぐらいしか離れていないのに) 歩きまわって 1940 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 70 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): スパゲッティー． バジリコ．
  • 昼 (1200): ネギ・ニンジン焼きそば． 食後にリンゴと紅茶．
  • 晩 (2030): 蕎麦． ニラ卵．